第六章 微生物生态学的研究方法
微生物生态学研究中的分子生物学方法
微生物生态学研究中的分子生物学方法微生物是地球上最为丰富、多样且广泛分布的生物，有着重要的生态功能。
在微生物生态学研究中，许多问题需要考虑微生物的多样性、生态学分布及其作用和适应性。
传统的微生物学研究通常依赖于纯培养和形态学特征进行分类和鉴定，但存在着很大的缺陷，许多微生物无法进行纯培养，而且在分布及功能上存在巨大的多样性和复杂性。
因此，利用分子生物学方法，在微生物生态学研究中推进更为深入的探索和解决问题尤为重要。
分子生物学方法已经成为微生物学研究中的常规手段。
其中，分子生态学作为微生物生态学研究的一个重要分支，是利用微生物群落的DNA序列来描述微生物的多样性和结构、分布模式、演化规律以及生态功能。
分子生态学是利用分子生物学技术，以微生物群落DNA为物质基础，分析微生物群落的结构及其变化和生态功能的研究领域。
常见的分子生态学方法有PCR-DGGE、PCR-SSCP、PCR-RFLP 等。
PCR-DGGE技术是一种评价微生物群落构成的分子生物学方法，也是分子生态学研究中最常采用的一种方法。
此技术通过扩增轮廓分析电泳，能够在不进行序列测定的情况下，迅速知道样品中微生物群落的构成情况。
DGGE是一种革命性的电泳技术，可以使得同样长度、不同序列的DNA分子发生不同程度的变性而达到不同的电泳迁移率，因此，能够从PCR扩增产物中分离出不同种群、不同数量的DNA序列，可用于分析种群的构成和动态变化。
PCR-SSCP技术是用来研究微生物群落中小亚基的分子生物学方法。
它可以通过分析不同峰的数量及大小，评估群落的多样性和结构。
其原理是在一定条件下，所有长度相同的PCR产物的突变体将由于核酸热变性、缺陷组态和电泳带电性质等不同而形成不同的电泳迁移率，从而显示在聚丙烯酰胺凝胶上。
PCR-RFLP技术是将PCR扩增的外显子或内含子序列用限制酶切法切开后，根据限制酶切后DNA片段的数目、大小、分布等特征，依据电泳迁移率或其他方式进行分离鉴定。
第六章 微生物生态学的研究方法ppt课件
4.数学模型法
研究微生物生态学过程中惯用的方法，是以感官 观察为基础，经过一些实验将搜集的资料加以分析和 解释，并进一步归纳、假设和推理。在这过程中，其 结果大多数是描述性的，数据基本是孤立的。将数学 研究应用于微生物生态学研究中，以统计数据和建立 生态模型来定量描述微生物生态学问题。
首先在实验室中建立人工的经过简化的环境。
• 目前已经进行测序的核酸序列数目很有限， 这样对某些生态系统中存在的微生物和核 酸序列就不可能进行全面的了解，必须对 各种生物的16SrRNA和23SrRNA进行测序和 研究，才能设计足够的探针来监测高度可 变的目标样品中的所有微生物。
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图8-1 核酸探针和杂交技术的基本过程（池振明，2005）
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2.培养法
➢培养微生物的方法是很多的，一般来说对所采集的样品应 进行适当的稀释，以便每一个平板上只能生长有一定数目的 微生物菌落。 ➢其最大优点便是可以计算自然样品中的活微生物数目，并 可以辨认真菌、放线菌和细菌。 ➢其缺点是造成计算误差的因素很多。比如： A.自然中的许多微生物细胞成群粘接在一起，用普通的方法 很难把它们分开，这样形成的菌落可能是由许多个细胞增殖 而来的，而不是由单个细胞形成的菌落.
• 微生物生态学研究中采用的分子生物学方法主要 有核酸探针技术、PCR扩增技术、rRNA序列同源性 分析方法、梯度凝胶电泳方法等。
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一、核酸探针杂交技术
• 核酸杂交技术快速，能灵敏地探测出环境微生物中 特殊的核酸序列，并且用光密度测定法可直接比较 核酸杂交所得到的阳性条带或斑点就能得出定量的 结果，从而反映出相关微生物的存在及功能。
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3.生理生化法
同位素示踪法。我们知道一个微生物群体的大 小，那么通过测定H3标记的胸腺嘧啶组入微生 物群体DNA中的速率便可以估计微生物的代时。
微生物生态学复习资料
Microbial Ecology绪论1. 名词解释：微生物生态学:是研究微生物与其周围生物和非生物环境之间相互关系的一门科学。
微生态学：是生态学的一个层次，是研究正常微生物在细胞或分子水平上相关关系的科学环境、自然环境+生物环境生境、指生物的个体、种群或群落生活地域的具体环境。
生物＋非生物栖息地、生物生活或居住的范围的物理环境。
如林地生境中的不同树冠层、树干生态位、一个种群在生态系统中，在时间空间上所占据的位置及其与相关种群之间的功能关系与作用。
基础生态位、一个物种能够占据的生态位空间，由物种的变异和适应能力决定，而非其地理因素。
基本生态位是实验室条件下的生态位，里面不存在捕食者和竞争。
实际生态位、自然界中真实存在的生态位。
物种流是指物种的种群在生态系统内或系统之间时空变化的状态。
2.微生物生态学的研究意义有哪些？①发现新的在工农业（如固氮）、食品（如发酵）、医药（如抗生素）和环境保护（如生物修复）方面有重要用途的微生物菌株（包括极端环境中微生物资源的发掘）；②微生物在地球物质化学循环中具有重要作用；③开发和利用自然界中的微生物资源，保护好微生物基因资源；④控制有害微生物，利用微生物净化环境，保护环境，维持环境生态平衡；⑤保护人类健康和保护生态平衡发挥微生物的最佳作用。
3.微生物生态学主要研究内容有哪些？①正常自然环境中的微生物种类、分布及变化规律；②极端自然环境中的微生物；③微生物之间、微生物与动植物相互关系；④微生物在净化污染环境中的作用；⑤现代分子微生物生态学的研究方法。
4.生态系统的功能有哪些？物种流能量流食物链营养级信息流5.什么是微生物生态系统？其特点是什么？是指各种环境因子如物理、化学及生物因子对微生物区系（即自然群体）的作用和微生物区系对外界环境的反作用。
特点：微环境稳定性适应性7.简述物种流的含义及其特点。
是指物种的种群在生态系统内或系统之间时空变化的状态。
不同生态系统间的交流和联系。
微生物生态学的研究及其在环境修复中的应用
微生物生态学的研究及其在环境修复中的应用微生物生态学是研究微生物在自然界中的分布、数量、交互作用以及与宿主体之间的关系的学科。
微生物生态学中的微生物包括细菌、真菌、病毒、原生生物等各种微生物，它们构成了地球生物圈中最基础、最丰富的群落，生态功能与地球生命系统存在着密切的关系。
微生物生态学的研究内容涉及微生物的生态形态、生态功能、物种组成以及变化规律等方面。
微生物在自然界中扮演着重要的角色，通过分解机械组分、氮循环、光合作用、腐生、水分循环、有机物质降解等多种代谢过程，对自然界的生态系统产生着深刻的影响。
微生物的生态形态通常包括单胞和多细胞两种类型。
单胞生物是最简单的生物体，在细胞膜的保护下进行代谢活动，植物、细菌、病毒、原生生物等都属于单细胞生物。
多细胞生物则指的是由多个细胞组成的生物体，包括人类、动物、植物等。
微生物的生态功能包括有光合作用、有机物质降解、氮循环等，它们在自然界中起着重要的生态服务功能。
其中，光合作用是氧气、食物以及地球生态系统的来源，氮循环则是生命系统中最为常见的一个循环系统。
有机物质降解则是地球生态系统的能量来源。
微生物的物种组成以及变化规律则是微生物生态学中的重要研究内容。
这些规律通常受到环境、生物间关系、资源利用方式以及生物进化的影响。
对于环境修复、污染物减少等问题的解决，微生物生态学研究是重要的基础。
环境修复是保护环境、保障人类健康、构建绿色生态的一项关键的任务。
微生物生态学在环境修复中发挥着重要的作用。
目前，微生物的应用主要集中在以下三个方面。
第一，微生物的应用于重金属污染的修复。
在重金属污染地区，微生物通过生物降解、吸附、还原和修复等作用，去除毒性物质，恢复生态系统的平衡，缓解污染危害。
第二，微生物的应用于有机污染的修复。
在有机污染地区，通过微生物的降解和代谢作用，破坏有机污染物，将有机污染物转化为无害物质，实现有机污染的修复。
第三，微生物的应用于景观植被的修复。
微生物生态学研究中的新思路和新方法
微生物生态学研究中的新思路和新方法微生物生态学研究中涉及广泛的领域，从土地利用和农业生产，到全球气候变化和人类健康。
随着技术的不断进步，微生物生态学研究也得以不断地进展。
本文将探讨微生物生态学研究中的最新思路和方法。
1. 微生物群落分析微生物群落是微生物学界的一个热点领域。
微生物群落分析可以通过研究样品中的微生物数量和组成，进一步了解微生物群落的特性和功能。
利用高通量测序技术，可以快速、准确地鉴定和定量微生物群落，并且通过比较样品之间的差异，了解不同生境中微生物群落的变化规律。
近年来，人们越来越重视微生物群落分析在微生物生态学研究中的应用。
研究人员使用氧化还原梯度（redox gradient）分析样品中不同微生物代谢过程的分布情况，进一步了解微生物群落的硫化、铁化和甲烷氧化等生态过程。
研究人员也利用DNA甲基化和组蛋白修饰等信息，将微生物群落的组成与环境因素联系起来，为了解微生物与环境的互动提供了新的思路。
2. 基于模型的微生物生态学微生物生态学的另一种研究思路是基于模型的微生物生态学。
通过建立模型，可以模拟微生物群落在不同环境下的生长、繁殖和死亡过程，研究微生物群落的动态变化和稳定性。
传统模型主要关注微生物群落的数量和组成，但新兴模型不仅考虑到微生物物种的多样性和功能，还考虑了微生物群落与环境之间的相互作用。
基于模型的微生物生态学是非常有前景的领域。
将微生物群落功能和数量模型化，可以更深入地了解微生物生态学相关问题，如微生物群落的生机、适应性以及稳定性。
此外，基于模型的微生物生态学还可以用于评估环境污染对微生物群落的影响，比如食品加工过程中的微生物群落消耗等问题。
3. 表观遗传学表观遗传学在微生物生态学研究中也发挥着越来越重要的作用。
微生物表观组是一种在DNA序列未发生改变的情况下，会影响基因表达的细胞内结构。
表观修饰因子（epigenetic factors）可以通过DNA甲基化、组蛋白修饰等方式对基因组进行表观遗传学改变。
微生物生态学中的生态位理论与方法研究
微生物生态学中的生态位理论与方法研究微生物是地球上最古老、最广泛分布、数量最多、鉴定最困难的生物类群之一，是支持生态系统运作的基础。
微生物生态学研究微生物在不同生态环境中的数量、分布、功能以及它们之间的相互作用。
生态位理论是微生物生态学中重要的理论基础，对生物的适应性、竞争关系和生态位资源利用具有重要的指导意义。
本文将介绍微生物生态学中的生态位理论以及实验方法的研究进展。
生态位理论生态位是指生物与周围环境中的因素相互作用的空间在物理（生境）和功能（作用）两个方面的总和，是描述物种在生态系统中的占据位置及其与周围物种的关系的一种生态概念。
其基本观点是：生态位可以被人们看成“生态位置”，也可以被看做“生态空间”；任何一种生物对于生存条件的要求都表现在其生态位上。
根据生态位的定义，可以得知生态位有其内部和外部两个方面。
内部生态位主要包括营养特性、生长条件要求等方面，而外部生态位则是由生境的特点如温度、湿度、PH等环境因素所决定。
生态位理论不仅适用于微生物，也可以适用于动植物等多种生物学研究中。
生态位可分为空间生态位和时间生态位。
空间生态位是指一个物种在空间上的所占据的位置，而时间生态位是指一个物种在时间上所占据的位置。
一个物种的时间生态位也可以看做是对多个空间生态位的运用。
生态位的占据程度是一个相对的概念，不同物种占据的生态位是不一样的。
对于同一生态位的不同物种，按照它们在竞争、合作方面所表现出的适应性，来分配它们的占有度，这个分配程度叫做相对占有度。
生态位因此成为微生物生态学研究的核心之一。
生态位理论的应用微生物生态学研究中常常借助生态位理论进行相应的研究。
一个物种在特定的环境条件下所占据的生态位影响着其在生态系统中的角色、数量以及影响力等等。
生态位的作用也可以归纳为以下几个层面。
1. 确定菌群定殖在特定环境条件下，生境能够容纳或支持的微生物种类种类是有限的，具体哪些微生物可以占据生态位分别取决于其相对适应性和浓度势能。
微生物生态试题及答案
微生物生态试题及答案一、单项选择题（每题2分，共20分）1. 微生物生态学研究的主要内容不包括以下哪一项？A. 微生物群落的结构和功能B. 微生物与环境的相互关系C. 微生物的分类和鉴定D. 微生物在生态系统中的作用答案：C2. 下列哪项不是微生物生态学的研究方法？A. 显微镜观察B. 分子生物学技术C. 化学分析D. 植物栽培答案：D3. 微生物在生态系统中扮演的角色不包括以下哪一项？A. 分解者B. 生产者C. 消费者D. 寄生者答案：D4. 以下哪种微生物不属于原核生物？A. 细菌B. 放线菌C. 酵母菌D. 蓝细菌答案：C5. 微生物生态学中，微生物群落的演替过程通常受到哪些因素的影响？A. 环境条件B. 微生物种类C. 微生物数量D. 所有以上因素答案：D6. 在微生物生态学中，哪种物质不是微生物分解的主要物质？A. 纤维素B. 木质素C. 蛋白质D. 塑料答案：D7. 微生物生态学研究中，哪种技术常用于微生物群落结构的分析？A. 显微镜计数B. 培养基分离C. 16S rRNA基因测序D. 化学分析答案：C8. 微生物在环境中的分布通常受到哪些因素的影响？A. 温度B. pH值C. 营养物质D. 所有以上因素答案：D9. 在微生物生态学中，哪种微生物不是通过光合作用获取能量？A. 蓝细菌B. 绿藻C. 酵母菌D. 红细菌答案：C10. 微生物生态学中，哪种微生物不是通过发酵过程产生能量？A. 酵母菌B. 乳酸菌C. 醋酸菌D. 蓝细菌答案：D二、多项选择题（每题3分，共15分）1. 微生物在生态系统中的功能包括以下哪些？A. 物质循环B. 能量流动C. 环境净化D. 生物多样性维持答案：ABCD2. 微生物生态学研究中，以下哪些因素会影响微生物群落的结构？A. 温度B. pH值C. 营养物质的可用性D. 微生物之间的相互作用答案：ABCD3. 微生物生态学中，以下哪些微生物属于真核生物？A. 酵母菌B. 放线菌C. 原生动物D. 蓝细菌答案：AC4. 微生物生态学研究中，以下哪些技术可以用于微生物的鉴定？A. 形态学观察B. 生化试验C. 16S rRNA基因测序D. 免疫学方法答案：ABCD5. 微生物在环境中的作用包括以下哪些？A. 作为病原体B. 作为生物指示器C. 作为生物修复剂D. 作为生物肥料答案：ABCD三、判断题（每题2分，共10分）1. 微生物生态学是一门研究微生物与环境之间相互作用的科学。
微生物生态学及其应用研究
微生物生态学及其应用研究一、微生物生态学概述微生物广泛存在于各种生态系统中，是生态系统中不可或缺的重要组成部分。
微生物生态学是一门探讨微生物在生态系统中分布，种类，数量以及与环境之间相互作用和影响等方面的学科。
微生物生态学不仅有助于深入理解微生物在自然界中的作用，还能为环境保护和微生物学应用提供理论依据。
二、微生物生态学的研究方向（一）微生物在环境中的分布微生物分布是微生物生态学的基础和起点，微生物在环境中的分布规律和影响因素是研究微生物生态学的重要内容。
微生物分布因素很多，例如光照、温度、湿度、土壤成分、土壤pH值和微生物自身因素等都会影响微生物的分布。
（二）微生物种类的多样性微生物种类的多样性是微生物生态学的又一个重要方向。
微生物多样性包括在空间上的多样性，如不同环境中微生物多样性的差异；在功能上的多样性，如微生物在氮转化、羟基化以及酸化等方面的作用差异；还包括微生物种群的动态变化。
（三）微生物与环境物质的相互作用微生物是一种生物体，它们与环境中的各种物质之间存在多种复杂的相互作用。
微生物可以分解各种复杂的有机物和无机物，同时生产出一些化合物，发挥着生产和净化的作用。
因此，微生物与环境物质的相互作用是研究微生物生态学的重要方向。
（四）微生物在环境中的代谢作用微生物具有广泛的代谢作用，它们能利用环境中各种有机和无机物质，完成各种化学反应，产生能量和物质代谢产物。
微生物在环境中的代谢作用是研究微生物学的又一个重要方向。
三、微生物生态学的应用研究（一）环境污染的控制和治理微生物生态学可以应用于环境污染的控制和治理。
利用微生物降解有机物或吸附重金属等物质，可以有效控制和治理工业和农业污染。
此外，利用微生物及其代谢产物如化学物质，也可以对抗传染病和减轻污染物有害作用。
（二）农业生产的优化和提高微生物生态学可以在农业生产中得到应用。
例如利用微生物降解植物分泌物降低植物病害的发生，促进植物生长，提高作物产量。
微生物生态学与功能基因组学研究
微生物生态学与功能基因组学研究微生物生态学和功能基因组学是现代生物学中重要的研究领域。
它们研究的对象是微生物及其在自然界中的分布、生态功能和它们的基因组结构和功能。
本文将从微生物生态学和功能基因组学的基础知识、研究方法、应用及前景等方面进行阐述。
一、微生物生态学的基础知识微生物是生命进化史上最古老的生物之一，它们占据着地球上大多数生命的生物量。
微生物包括细菌、古菌、真菌、原生动物等。
它们在地球上的分布极为广泛，可以存在于地表和地下的土壤、沉积物、水体、空气中，也可以和其他生物共生共存。
微生物生态学是研究微生物及其与生态环境之间相互作用和协同的学科。
微生物在生态系统内发挥着重要的作用，对物质循环、能量转化、病害防治等都有很重要的贡献。
微生物可以分解有机物，将其转化为无机物，进而为生态环境中其他生物提供养分；微生物可以对氮、磷等元素进行固氮和溶磷，促进农业生产和植物生长；微生物还可以分解有害物质，保护生态环境和人体健康。
二、功能基因组学的基础知识功能基因组学是研究基因组结构和功能之间的关系的学科。
基因组是一种生物体内平衡的体系，它通过基因的调控，控制着生物的发育、生长和代谢等各种生理过程。
基因组学是研究基因组的编码和组织方式、基因在发育过程中的表达和调控等问题的学科。
功能基因组学是基因组学的一个分支，它主要研究基因组中的基因和它们的功能之间的关系。
功能基因组学研究的关键是对基因功能的预测和验证，可以采用基因敲除、基因表达、蛋白质结构分析和分子遗传学等方法来验证基因预测的功能。
三、微生物生态学与功能基因组学的研究方法微生物生态学中，常用的研究方法包括细胞计数、培养和分离、PCR扩增、序列技术等。
细胞计数是用来测定微生物数量的方法，可以用法氏染色等染色技术对微生物进行计数。
培养和分离则是从环境样品中获得微生物的方法，可以通过培养菌落来分离不同的微生物，进而对微生物种类和数量进行研究。
PCR扩增和序列技术可以获得 DNA序列，从而确定微生物的种类和数量。
微生物生态学的基本理论和应用研究
微生物生态学的基本理论和应用研究微生物是地球上最早出现的生命形式之一，它们在生态系统中发挥着重要的生物学和生物化学作用。
微生物生态学研究微生物在环境中的分布、演化、生态适应和生态功能。
微生物生态学的研究对于生态保护、生物资源利用和生物技术应用等领域都有重要的意义。
微生物生态学的主要理论包括：基础生态学理论、系统生境学和微生物群落学。
基础生态学理论是微生物生态学的核心，主要是研究微生物在环境中的生物学和生物化学特征，如生长、代谢、遗传、进化、适应和生态关系等。
系统生境学是指微生物和环境的相互作用，包括微生物的资源利用、废物处理、污染治理和生态恢复等方面。
微生物群落学是研究微生物在群体水平上的生态功能和生态调节作用，如微生物种类和数量的变化、微生物协同作用和生物能量流动等。
微生物生态学的应用研究主要包括：环境污染控制、生态修复、农业生产和药物开发等。
环境污染控制是微生物生态学的一个重要应用领域，微生物可以利用有机物和无机物进行酸化、碱化、腐蚀和抗污染等作用，达到净化环境的目的。
生态修复是指通过微生物的作用修复和重建生态系统，从而减轻或消除环境污染，保持生态平衡。
农业生产是将微生物应用于农业生产中，以增加土壤肥力、提高作物产量和品质，预防病虫害和保护环境等。
药物开发是利用微生物的生物化学和生物学特性制备药物，为人类健康服务。
微生物生态学的研究需要通过多种方法和手段进行，如现代分子技术、微生物培养技术、生物信息学、代谢组学和生命流式细胞术等。
现代分子技术可以对微生物生态系统进行快速准确的检测和分析，发现新的微生物种类和将微生物分类。
微生物培养技术可以获取单种微生物的生物学和生物化学特性，利用这些特性研究微生物与环境的相互作用和生物过程。
生物信息学则是对微生物进行基因和蛋白质组学研究的手段，通过对微生物代谢通路、基因表达和生物功能的分析，揭示微生物在环境中的生态和生物学特性。
代谢组学是将系统生物学在代谢水平上的应用，研究微生物代谢反应网络和代谢产物的组成，有助于揭示微生物的代谢过程和功能。
微生物学中的微生态学研究
微生物学中的微生态学研究微生态学是微生物学的一个分支，研究的是微生物与宿主之间的关系以及微生物在环境中的作用。
它是生物学中一个新兴的领域，具有重要的理论和实践意义。
目前，微生态学在生态系统研究、环境保护、医学、农业和食品工业等方面都有广泛的应用。
本文将从微生物的优势、微生态环境、微生物相互作用和微生态治疗等方面介绍微生态学的研究进展。
一、微生物的优势微生物是地球上最古老、最丰富的生物类群之一，其种类和数量远远超过其他生态群落。
微生物群落可以在各种环境条件下生存和繁殖，包括极端高温、高压、低温、高盐和低氧等条件。
在农业生产、医学和环境保护等方面，微生物都有着重要的应用价值。
二、微生态环境微生态环境是指各种生物和非生物因素对微生物生存和繁殖的共同生态环境。
微生物的生态环境通常包括水、土壤、空气、消化道和皮肤表面等。
与微生物群落和微生态环境密切相关的是微生物多样性。
微生物群落的多样性受到许多因素的影响，包括环境因素、遗传因素、竞争、共生和捕食等。
三、微生物相互作用微生物之间的相互作用可以对生态环境和宿主产生多种影响。
在微生态系统中，微生物之间的相互作用是一个非常重要的因素。
许多微生物之间有竞争关系，例如为了获得营养或生存空间，它们之间会进行竞争。
但是在某些情况下，微生物之间也会有共生关系，例如它们可以相互协作分解复杂的有机物。
四、微生态治疗微生态治疗是通过调节微生物相互作用来恢复和改变宿主内部微生态平衡的治疗方法。
临床实践证明，通过选择有效微生物和调节宿主内部微生态平衡可以有效地预防和治疗多种疾病，包括肠道疾病、皮肤炎症、免疫系统疾病和癌症等。
总之，微生态学是一个新兴的领域，涉及微生物与宿主相互作用以及环境中微生物的生态学问题。
微生态学的研究有助于增加对微生物多样性的认识和对微生物相互作用的理解。
广泛运用微生态学的成果有助于提高生态系统的稳定性、促进健康、保障食品安全、改善环境质量和实现可持续发展。
环境微生物生态学的研究方法与技术
环境微生物生态学的研究方法与技术近年来，随着环境问题的加剧，人们对于环境微生物的研究也越来越重视。
环境微生物生态学是研究微生物在环境中的分布、丰度、生态位等方面的学科，其研究方法和技术的不断进步，为我们更好地了解环境微生物的生态特性提供了更多的手段。
一、高通量测序技术高通量测序技术是目前环境微生物研究中应用最广泛的技术之一。
它通过对DNA或RNA进行测序，可以同时分析大量微生物群落的成分与丰度，从而深入研究微生物之间的相互关系、生态功能以及与环境的相互作用等。
同时，高通量测序技术也可以用于监测环境中微生物的变化，如氨氧化菌、亚硝化菌和甲烷菌等，以及分析微生物间的竞争关系或合作关系等。
二、荧光原位杂交技术荧光原位杂交技术是利用荧光标记探针特异性结合细菌或病毒等微生物的DNA或RNA，然后在显微镜下观察标记的信号，以实现微生物的检测和定位的技术。
荧光原位杂交技术在环境微生物的检测和定位、微生物的区分和鉴别、微生物的生物学活动研究等方面具有广泛的应用前景。
它可以应用于水、土壤、生物膜等不同环境中微生物的分析研究，同时还可以帮助我们更好地了解微生物在生态系统中的生态功能。
三、单细胞技术单细胞技术是研究微生物生态学中相对新颖的技术之一。
它能够通过高通量的单细胞隔离、荧光原位杂交、扩增、测序等实验，对微生物在单个细胞水平上的基因表达、功能特性、生态特点等进行分析。
单细胞技术的应用不仅能够研究微生物个体间的差异，也能够研究微生物群落之间动态变化的原因。
四、蛋白质组学技术蛋白质组学技术是通过分离纯化、鉴定和定量生物体内的蛋白质，以及对与蛋白质相关的其他生物大分子进行检测和分析的技术。
在环境微生物生态学的研究中，蛋白质组学技术能够帮助我们更好地了解微生物在生态系统中的生物学活动和代谢特性，并揭示微生物与其他生物、环境等之间复杂关系的机制。
总之，环境微生物生态学的研究方法和技术不断发展，为我们更好地了解微生物与环境之间的相互作用提供了强有力的手段。
微生物生态学中的数据分析方法研究
微生物生态学中的数据分析方法研究微生物是生态系统中不可或缺的一部分，它们扮演着重要的生态角色和功能，包括能量和物质的循环、生态系统的稳定性、生物防御、土壤肥力等等。
了解微生物在生态系统中的活动和相互关系，对于维护生态系统的健康和可持续发展至关重要。
微生物群落组成随着地理位置、气候、土地种类、植被和人类活动等因素的差异而异，而且具有很大的复杂性、多样性和动态性。
数据分析方法是微生物生态学研究中的重要环节。
由于微生物群落组成的多样性和数量之大，采用高通量测序技术得到的数据量庞大且复杂，因此需要特定的数据处理和分析方法来揭示微生物群落的生态学特征和变化规律。
下面将介绍微生物生态学中的常用数据分析方法。
1. Alpha多样性分析微生物群落的多样性分析通常分为Alpha多样性和Beta多样性。
Alpha多样性是指样本内微生物群落的多样性和均匀度指标，包括Shannon指数、Simpson指数、Chao1等。
这些指标可以评估微生物群落内物种数目、相对数量分布和均匀度等，能够揭示样品内不同微生物群落的多样性和结构差异。
在大量的样品中，Alpha多样性可以通过图形化展示方法（如箱线图、散点图）有效地描述不同条件下样品内微生物群落的多样性。
2. Beta多样性分析Beta多样性分析是指不同样品之间物种丰度和组成的相似性和差异性分析。
Beta多样性可以通过多样性指标（如Bray Curtis距离、Unifrac距离等）来定义。
一般通过PCA（主成分分析）、NMDs（非度量多维标度法）和PCoA（主坐标分析）等多元统计方法把各个样品群聚在一个平面地图中或三维坐标系中，以展示不同样品中微生物群落的相对组成和丰度差异。
此外，可以进行差异性分析，比较样品组之间的微生物群落组成差异，探寻对群落变化有贡献的微生物物种和环境因素。
3. 功能组分析微生物群落功能组成分析是指对微生物群落进行基因功能注释，从功能角度探究微生物群落的特性及生态学功能。
微生物生态学研究进展
微生物生态学研究进展微生物生态学是生态学领域的一个重要分支，研究微生物在不同环境中的分布、功能和相互作用，以及微生物与宿主生物和环境之间的关系。
在过去的几十年里，微生物生态学研究取得了许多重要进展，为我们深入了解微生物的角色和功能在地球生物圈中发挥着重要作用。
一、微生物生态学的研究方法随着技术的不断发展，现代微生物生态学已经应用了许多先进的研究方法，比如高通量测序技术、原位基因组学和功能基因组学等。
这些方法使得我们能够更加精确地研究微生物的多样性、功能和活动特征。
1. 高通量测序技术高通量测序技术的出现，使得我们能够快速准确地获得微生物样品中的DNA或RNA序列，从而对微生物的多样性进行研究。
通过对微生物样品进行测序分析，我们可以了解微生物的物种组成、群落结构和变化规律，以及微生物在不同环境中的功能和相互作用。
2. 原位基因组学原位基因组学是一种用于研究微生物在环境中的功能和活动的方法。
通过将微生物样品中的细胞固定在载玻片上，并使用荧光原位杂交（FISH）技术标记目标微生物的特定基因，然后使用显微镜观察目标微生物的在环境中的分布情况和活动特征。
3. 功能基因组学功能基因组学是一种通过对微生物样品中的基因进行筛选和分析，以了解微生物在不同环境中的功能特征和代谢能力的方法。
通过功能基因组学的研究，我们可以更好地理解微生物的生态功能和对环境的适应能力。
二、微生物生态学的应用研究微生物生态学研究的应用广泛，涉及到农业、环境保护、能源生产等多个领域。
下面以几个典型的应用研究为例进行介绍。
1. 农业生态系统中的微生物在农业生态系统中，微生物对土壤有着重要的影响。
通过研究微生物在农田土壤中的分布和功能特征，可以更好地了解土壤质量和肥力的变化规律，从而指导农业生产和土壤管理。
此外，微生物还可以作为一种有效的生物肥料，用于提高农作物的产量和抗病能力。
2. 水体环境中的微生物水体环境中的微生物生态学研究对水质监测和环境保护具有重要意义。
微生物生态学复习资料
Microbial Ecology绪论1.名词解释：微生物生态学:是研究微生物与其周围生物和非生物环境之间相互关系的一门科学。
微生态学：是生态学的一个层次，是研究正常微生物在细胞或分子水平上相关关系的科学环境、自然环境+生物环境生境、指生物的个体、种群或群落生活地域的具体环境。
生物＋非生物栖息地、生物生活或居住的范围的物理环境。
如林地生境中的不同树冠层、树干生态位、一个种群在生态系统中，在时间空间上所占据的位置及其与相关种群之间的功能关系与作用。
基础生态位、一个物种能够占据的生态位空间，由物种的变异和适应能力决定，而非其地理因素。
基本生态位是实验室条件下的生态位，里面不存在捕食者和竞争。
实际生态位、自然界中真实存在的生态位。
物种流是指物种的种群在生态系统内或系统之间时空变化的状态。
2.微生物生态学的研究意义有哪些？①发现新的在工农业（如固氮、食品（如发酵、医药（如抗生素）和环境保护（如生物修复）方面有重要用途的微生物菌株（包括极端环境中微生物资源的发掘）；②微生物在地球物质化学循环中具有重要作用；③开发和利用自然界中的微生物资源，保护好微生物基因资源；④控制有害微生物，利用微生物净化环境，保护环境，维持环境生态平衡；⑤保护人类健康和保护生态平衡发挥微生物的最佳作用。
3.微生物生态学主要研究内容有哪些？①正常自然环境中的微生物种类、分布及变化规律；②极端自然环境中的微生物；③微生物之间、微生物与动植物相互关系；④微生物在净化污染环境中的作用；⑤现代分子微生物生态学的研究方法。
4.生态系统的功能有哪些？物种流能量流食物链营养级信息流5.什么是微生物生态系统？其特点是什么？是指各种环境因子如物理、化学及生物因子对微生物区系（即自然群体）的作用和微生物区系对外界环境的反作用。
特点：微环境稳定性适应性7.简述物种流的含义及其特点。
是指物种的种群在生态系统内或系统之间时空变化的状态。
不同生态系统间的交流和联系。
微生物生态学的研究方法和应用
微生物生态学的研究方法和应用微生物是生命的重要组成部分，无论在自然界还是人类工业、农业、医疗等多个领域中都发挥着重要的作用。
微生物的数量庞大，种类繁多，研究微生物生态学的过程并不容易。
微生物生态学的研究方法是如何进行的呢？又有哪些应用呢？本文将从这两个方面进行阐述。
一、微生物生态学的研究方法1. 分离培养技术微生物的种类多样，通过分离技术可以得到纯培养物进行研究。
通常采用的分离方法有压缩平板法、液体平板法和过滤法等。
分离的过程中应注意无菌操作以避免污染。
2. 序列技术随着生物技术的发展，利用序列技术可以获得微生物的基因组序列信息。
其中比较常用的技术是16S rRNA序列分析，可以用于微生物种类的鉴定和分类。
3. 生态学研究技术生态学研究技术包括湿度温度测定、微生物数量测定、酸碱度测定、光照强度测定等。
这些技术可以对微生物生态环境进行深入研究，了解微生物在不同生态环境下的表现和生态角色。
二、微生物生态学的应用1. 环保领域微生物在环保领域中有着广泛的应用。
例如，使用生物肥料来代替化学肥料，以降低农作物生产所造成的环境污染。
另外，在处理废物、污水、油污等环境中，微生物也能够发挥作用清除有害物质。
2. 医学领域微生物在医学领域中有广泛的应用，例如，使用微生物制备药物、生物农药和抗生素等，对疾病的治疗起到一定的帮助。
另外，在预防疾病上，微生物的作用也非常重要。
3. 生物工程领域微生物在生物工程领域中有着广泛的应用。
例如，通过微生物的代谢作用来制造某些特定化学物质，如生产酶、发酵乳、生物柴油等。
这些微生物代谢产物的生产对工业生产有很重要的作用。
除了以上三个领域，微生物在食品工业、奶业、饮料工业、建筑防水、纺织业等多个领域中都有广泛的应用。
三、结语微生物是一大类在自然界中普遍存在、种类繁多、数量庞大的生物。
微生物生态学的研究，利用各种研究方法可以深入研究微生物在不同生态环境中的表现和生态角色。
而微生物在环保、医学、生物工程等领域的应用也发挥着重要的作用。
微生物生态学的研究
微生物生态学的研究微生物生态学是生态学的分支学科，它专门研究微生物在生态系统中的分布，组成，动态变化，以及所造成的影响和反应。
微生物是指大小在1微米和1毫米之间的生物体，包括细菌、古细菌、真菌、病毒、藻类以及一些原生生物。
它们虽然微小但是在这个星球上却起着至关重要的作用，它们参与了各种生物循环，控制了环境污染，推动了生态系统的平衡和发展，而微生物生态学的研究则为我们提供了一种途径来深入了解这些微观的世界。
微生物生态学的研究范畴很广，主要涉及土壤、水体、深海或地下以及其他栖息环境等方面，它的目的是研究微生物在这些自然环境中的组成、群落结构、种类丰度、生长繁殖以及其在水文循环以及化学循环等方面的作用。
这需要微生物学、生物地球化学、分子生物学、生态学等多个领域的协同合作才能完成。
土壤生态微生物的研究土壤微生物是土壤生态系统中的重要组成部分，它们对土壤有着重要影响。
首先，它们促进了土壤物质循环过程中的有机质分解、养分释放、元素转化等化学作用，促进了土壤肥力的提高。
其次，土壤微生物能够降解一些污染物，在环境治理方面具有很大潜力。
但是，随着城市化、工业化进程的加快，大量化学物质进入土壤，对微生物生存产生了威胁，土壤变得越来越贫瘠。
因此研究土壤微生物生态学变得至关重要。
水体微生物生态的研究水体也是微生物生态的一个重要研究方向。
水体微生物群落的组成和变化与水体水质密切相关，同时也直接关系到水生生态系统的健康。
一些污染物质、化学品和药物等会降解微生物的DNA，引起水体生态系统的重大变化，具有较高的环境生态风险。
因此，研究水体微生物生态的组成、作用、影响等对于保护水环境具有重要意义。
深海或地下微生物生态的研究深海或地下微生物生态的研究可以帮助人们了解各个极端环境中的微生物活动与适应机制。
微生物在此类极端环境中展现出了强大的适应性和生存能力，对于了解生命的起源和发展机制有着重要意义。
微生物对环境的污染与治理在人类的生产和生活中，一些化学物质、抗生素等废品和残留物以及各种有毒有害物质都会进入水体和土壤环境中，微生物也不例外。
微生物生态学试题及答案
微生物生态学试题及答案一、单项选择题（每题2分，共20分）1. 微生物生态学是研究微生物在（）中的作用和地位的科学。
A. 自然界B. 实验室C. 工业生产D. 人类社会答案：A2. 微生物在生态系统中扮演的角色不包括（）。
A. 分解者B. 消费者C. 捕食者D. 光合作用者答案：D3. 下列哪项不是微生物生态学的研究内容？（）A. 微生物群落的结构和功能B. 微生物与环境的相互作用C. 微生物的分类和鉴定D. 微生物的地理分布答案：C4. 微生物生态学中，微生物的生物量通常不包括（）。
A. 细菌B. 真菌C. 原生动物D. 植物答案：D5. 微生物在自然界中的作用不包括（）。
A. 物质循环B. 能量流动C. 环境净化D. 制造塑料答案：D6. 微生物生态学研究方法中，不包括（）。
A. 显微镜观察B. 分子生物学技术C. 培养技术D. 化学分析答案：D7. 下列哪项不是微生物群落结构研究的内容？（）A. 物种多样性B. 物种丰富度C. 物种均匀度D. 物种之间的竞争答案：D8. 微生物生态学中，微生物的代谢类型不包括（）。
A. 自养B. 异养C. 光能合成D. 化学合成答案：D9. 微生物在生态系统中的作用不包括（）。
A. 促进物质循环B. 影响全球气候变化C. 影响土壤肥力D. 制造电子设备答案：D10. 微生物生态学研究中，不涉及的领域是（）。
A. 农业B. 环境科学C. 医学D. 机械工程答案：D二、多项选择题（每题3分，共15分）11. 微生物生态学的研究方法包括（）。
A. 显微镜观察B. 分子生物学技术C. 培养技术D. 统计分析答案：ABCD12. 微生物在生态系统中的作用包括（）。
A. 促进物质循环B. 影响全球气候变化C. 影响土壤肥力D. 制造电子设备答案：ABC13. 微生物生态学中，微生物的生物量包括（）。
A. 细菌B. 真菌C. 原生动物D. 植物答案：ABC14. 微生物群落结构研究的内容不包括（）。
微生物学的实验技术和研究方法
微生物学的实验技术和研究方法微生物学是一个涉及微观生命领域的学科，对人类和自然界的生态环境有着重要的意义。
微生物可以是细菌、真菌、病毒等单细胞或单核细胞生物，其中很多都是人类健康和生产活动的重要影响因素。
微生物学的实验技术和研究方法不仅能够探索微生物在生态环境中的行为，还可以深入研究微生物与我们生活息息相关的各种人类疾病的原因和治疗方法。
一、培养技术细菌和真菌需要特定的培养基，在特定的物理、化学条件下生长。
例如，一般的培养基是TSB（液体），TSA（固体），这些培养基有不同功效，包括适合以某种特定生长方式的菌种和提供菌体所需的某些蛋白质和营养物质等。
在实验室中，通常使用灭菌技术来保持培养基的无菌。
使用灭菌设备，例如高压灭菌器和自动化微生物分类器等，可以使得微生物得到安全且正确地运作和增殖。
二、生物分子技术生物分子技术是微生物学实验中常用的手段，它包括PCR技术、DNA测序、RNA干扰等多种方法。
PCR技术可以制造大量重复的DNA序列，使得细胞的DNA更容易提取和研究；同时，PCR技术还可以检测病原菌的存在和确定病原菌的DNA序列。
DNA测序技术还可以揭示菌群之间的变化和在不同环境中的分布情况，这对理解微生物生态学是非常必要的。
三、细胞生物学技术细胞生物学技术可以揭示微生物与宿主的互动方式。
例如，一个流行病学家可以标记病毒，并研究它在宿主体内的移动行为。
细胞生物学技术中，光镜、电镜等显微镜技术成为不可或缺的工具之一，可以让研究者们研究细菌或病毒在单一细胞和群体层面的行为和互动效应。
在使用显微镜的过程中，需要控制自由游动的细胞，并使其可以在碳涂片上留下显著的痕迹，从而定量研究其行为。
四、流式细胞分析技术流式细胞分析也是微生物学中常用的实验技术之一。
通过该技术，可以将微生物群体的重要特征分类、定量和解析，例如大小、形状、表面性质和成分等等。
利用流式细胞分析技术，可以研究微生物在不同纬度和维度上的组成和动态变化，还可以对微生物的反应速度和耐受力进行研究，为改善和预防疾病提供支持。
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一、核酸探针杂交技术
• 核酸杂交技术快速，能灵敏地探测出环境微生物中 特殊的核酸序列，并且用光密度测定法可直接比较 核酸杂交所得到的阳性条带或斑点就能得出定量的 结果，从而反映出相关微生物的存在及功能。
• 其基本原理是:人工合成能与某类群微生物特征基 因序列互补的寡聚DNA或RNA探针，并以荧光或放射 性标记该探针，然后利用该探针与微生物基因杂交， 通过荧光显微镜技术或放射自显影技术对微生物的 群落结构进行分析和研究。
• AFLP 技术与其他的DNA 指纹技术相比有其独特的
优点：（1）AFLP 标记具有比RFLP 、RAPD标记更
为可靠、有效的揭示物种多态性水平的能力，为研
究原核生物属以下物种之间的亲缘关系，乃至菌株 之间关系提供了一种有效手段；（2）具有一定的 灵活性，可通过特异性PCR 引物设计和内切酶组合 的选择，来调整AFLP 图谱中限制性片段的适宜数 目；（3）由于使用了严格的PCR条件和高分辨率的 聚丙烯酰胺凝胶电泳，因而重复性好，分辨率高。
需要克隆基因探针，DNA的用量较大且纯度要求很 高，因此应用受到了一定限制。将PCR应用于RFLP 的PCR-RFLP技术则克服了这一缺点。
4、PCR-RFLP法是将PCR引物中的一条加以荧光标记，
反应后用合适的限制酶切、电泳分析，再根据片断 的大小不同以及标记片断种类和数量的不同分析群
落的结构及组成多样性。此方法对微生物遗传多样
• 其主要步骤是：（1）提取细菌基因组DNA； （2）用PCR扩增16SrDNA或16S-23SrDNA间 隔区片段；（3）将特异的PCR扩增产物变 性，而后快速复性，使之成为具有一定空 间结构的单链DNA分子；（4）该单链DNA 分子进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳； （5）银染或放射自显影；（6）分析得到 的特异指纹图谱，与标准菌株的图谱相比 较，即可分析菌群，对菌株进行鉴定。亦 可对特异条带回收、测序，进行菌种鉴定 和分类。
很难把它们分开，这样形成的菌落可能是由许多个细胞增殖 而来的，而不是由单个细胞形成的菌落.
B.有些微生物在平板上只能形成微菌落，不便于肉 眼观察。
C.一般情况下实验室所用的培养条件很难满足所有 微生物的生长，所用的有限种类的培养基也无法 满足所有微生物的生长。
D.在平板上形成的丝状微生物菌落不知是从孢子而 来的还是从菌丝而来的。
三、rRNA基因同源性分析方法
• rRNA基因同源性分析方法是综合应用多项 分子生物学技术对细菌中rRNA基因进行分 析，从而揭示微生物多样性。这是分子微 生物生态学中最重要的方法，取得的成果 也最多。rRNA在所有的微生物中，功能和 进化上是同源的，同源物种之间rRNA结构 是相当保守的。因此，为了确定一个分离 物为一个分类单元，或证明属于一个新的 分类单元，rRNA基因序列分析还是最可靠 的方法。
二、PCR特异性扩增技术
PCR技术主要特点是短时间内在实验室 条件下人为地控制并特异扩增目的基因或 DNA片段，使研究的目的基因及其环境样品
中的微量微生物基因得到无限CR技术可将靶序列放大几个数
量级，再用探针杂交探测对被扩增序列作
定性或定量研究分析微生物群体结构。
1、反转录PCR (RT-PCR)技术是利用反转录
酶，使样品中mRNA反转录为DNA，然后利 用DNA分析方法进行研究。虽然在活的微 生物细胞中mRNA的含量较高，但当细胞死 亡和裂解以后，释放到环境中的mRNA迅速 被降解。因此， RT-PCR技术常被用来分 析环境样品中活体微生物生存状况和活性。
2、竞争性PCR曾被用来测定受多环芳香烃污
染的沉降物中的编码邻苯二酚-2，3-加双 氧酶的dmpB基因的浓度。对PCR扩增dmpB的 基因片段进行人工改造，使其带有一个 40bp大小的缺失，作为PCR扩增的竞争模板。 因此，竞争模板的 PCR产物就比目的模板 的PCR产物短。用竞争性PCR对二者进行共 扩增，通过与竞争模板的浓度进行比较， 来定量沉降物中dmpB基因的浓度。
性尤其是微生物的种以下分类具有重要意义。
5、随机引物扩增多态性(RAPD)也是应用比较广泛的
一项技术。RAPD是用那些对某一特定基因的非特 异性的引物来扩增某些片段。RAPD分析用于探测 含有混合微生物种群的各种生物反应器中的微生
物多样性。用RAPD分析所得到的基因组指纹图谱
在比较一段时间内微生物种群的变化以及比较小
• 核酸探针杂交法的基本的步骤：先对 rRNA(基因)序列比对，并对这些序列的特 异性进行鉴定，然后进行互补核酸探针的 合成和标记，最后对探针的特异性和测定 敏感性进行评价和优化。 • 目前已经进行测序的核酸序列数目很有限， 这样对某些生态系统中存在的微生物和核 酸序列就不可能进行全面的了解，必须对 各种生物的16SrRNA和23SrRNA进行测序和 研究，才能设计足够的探针来监测高度可 变的目标样品中的所有微生物。
• Biolog 微孔板最初是由Biolog 公司为了 鉴定纯种微生物而设计的，其碳源代谢指 纹图可用来鉴定1900多种细菌、酵母和霉 菌。1991 年，Garland 首次将Biolog 微 孔板应用于土壤微生物群落的研究。现在 Biolog 微孔板已被广泛应用于描述各种环 境包括土壤、淡水、沉积物、活性污泥和 海水的微生物群落生理状况。
2.培养法
培养微生物的方法是很多的，一般来说对所采集的样品应
进行适当的稀释，以便每一个平板上只能生长有一定数目的
微生物菌落。 其最大优点便是可以计算自然样品中的活微生物数目，并 可以辨认真菌、放线菌和细菌。 其缺点是造成计算误差的因素很多。比如：
A.自然中的许多微生物细胞成群粘接在一起，用普通的方法
4.数学模型法
研究微生物生态学过程中惯用的方法，是以感官 观察为基础，经过一些实验将搜集的资料加以分析和 解释，并进一步归纳、假设和推理。在这过程中，其 结果大多数是描述性的，数据基本是孤立的。将数学 研究应用于微生物生态学研究中，以统计数据和建立 生态模型来定量描述微生物生态学问题。 首先在实验室中建立人工的经过简化的环境。 分解成许多小的、较为简单的亚系统。这些亚系统 之间的相互作用，亚系统之内各种因素的作用则用数 学方程式描述。可以大大地压缩真实过程的时间、人 力和物力，并在短时间内调查生态演变过程的规律， 并预测生态演变过程的发展趋势，提供最优利用方案。
尽管如此，这种方法还是被广泛用于微生物生态 学研究中，特别适合用于研究细菌生态学.
3.生理生化法
同位素示踪法。我们知道一个微生物群体的大 小，那么通过测定H3标记的胸腺嘧啶组入微生 物群体DNA中的速率便可以估计微生物的代时。
代谢活力测定法。是分析某些特殊酶类的酶活
力，这一方法是假设所有待测的细胞都含有这
试规模和中试规模的反应器方面是有用的，但还
不足以用来估测群落的生物多样性。
6、扩增片段长度多态性(AFLP)是RFLP技术和PCR
技术相结合发展而成的一种新型DNA指纹图 谱技术。具有可靠、有效地揭示微生物多 态性水平的能力，为研究微生物属以下物 种之间的亲缘关系，乃至菌株间差异提供 了非常有效手段。该技术的主要步骤：（1） 样品染色体DNA的提取和纯化；（2）DNA的 修饰和模板的制备；（3）AFLP反应；（4） 聚丙烯酰胺凝胶电泳分析PCR产物；（5） 放射自显影及数据的数值分析。
图8-1 核酸探针和杂交技术的基本过程（池振明，2005）
• 寡聚核苷酸探针由人工合成，一般为30kb左右， 具有很高的灵敏度，可用于检测环境微生物的单 一基因和点突变。 • 目前应用较多的寡聚核苷酸探针是根据细菌rRNA 基因的多拷贝且高度保守的DNA片段设计的。这种 技术在微生物生态学研究时具有重要的用途： （1）用于检测环境中的微生物、指示生物及某些特 定基因型的存在与否；（2）用于检测某一特定环 境中的微生物种群、数量、分布及其变化，从而 预测该环境中的微生物种群变化趋势；（3）用于 检测某些微生物的特定基因型在环境中的动态。
测定的对象是O2和CO2量的变化。
生理学的方法——Biolog 微孔板法
Biolog GN 板是一种多底物的96 孔ELISA 反 应平板。除对照孔只装有四氮叠茂，其余95孔作 为反应孔还装有不同的单一碳底物。在进行ELISA 反应时，各孔中的微生物利用碳底物，呼吸作用 产生电子传递，引起四氮叠茂发生还原反应变为 紫色。微生物对不同碳底物的利用情况可用发生 反应的孔的分布及反应孔的颜色变化―― 时间关 系即群落水平生理图谱（CLPP）来表示。通过对 孔中颜色变化的光吸收值的测量，可获得较系统 的信息。
成的差异，造成单链构像的不同，使单链 DNA或RNA分子在电泳时产生特异性谱带。 被应用于微生物鉴定、微生物区系、微生 物多样性等研究领域。此法的原理是：DNA 单链构象具有多态性，由于碱基序列不同 而影响其空间构象，它的正常序列与变异 序列的单链构象不同，因此在电泳上的迁 移率也不同。从而可以在非变性聚丙烯酰 胺凝胶电泳中来分析DNA单链中的基因突变。
第二节 微生物生态学的分子生物学 研究方法
• 微生物分子生态学方法弥补了传统的微生物生态
学方法的不足，使人们可以避开传统的分离培养 过程而直接探讨自然界中微生物的种群结构及其 与环境的关系。 • 微生物生态学研究中采用的分子生物学方法主要 有核酸探针技术、PCR扩增技术、rRNA序列同源性 分析方法、梯度凝胶电泳方法等。
7、末端限制性片段长度多态性( T-RFLP)，是根据
16S rRNA 的保守区设计通用引物。其中一个引物 的5′端用荧光物质标记。提取待分析样品的总 DNA，以它为摸板进行PCR扩增，所得到的PCR产物 一端就带有这种荧光标记。将PCR产物用合适的限 制性内切酶消化。由于在不同细菌的扩增片段内 存在核苷酸序列的差异，酶切位点就会存在差异， 酶切后就会产生许多不同长度的限制性片段。消 化产物用自动测序仪进行检测，只有末端带荧光 标记的片段能被检测到，而其他没有带荧光标记 的片段则检测不到。这些末端标记的片段就可以 反映微生物群落组成情况，因为不同长度的末端 限制性片段必然代表不同的细菌，也就是说一种 末端限制性片段至少代表一种细菌。