肠道菌群研究方案设计汇总

肠道菌群研究方案设计汇总

研究菌群与疾病，从整体上看，无外乎三种模式：关联关系探究、因果关系探究和应用菌群干预疾病的研究。其实这三点即独立也相互关联。

一、疾病与菌群关联关系类研究

①特征菌群类研究

此类研究目的主要是客观地描述人体菌群组成的特征，解释某种疾病或现象与其共生菌群的关系。

研究思路：

此类研究方法相对比较简单，设立疾病组和健康组，通过大样本量对比研究，确定特定人群的特征微生物组成。目前此类文章已经发表了很多很多，几乎各种疾病与肠道菌群的关系都有涉及，如今想发高分文章，选题角度一定要新颖，而且一般需要的样本量较大，最好能再结合代谢组学等其他组学做多组学关联分析，在找到差异菌群的同时，对差异的代谢通路进行关联分析，这样文章相对比较容易上档次。

②菌群影响因素类研究

影响肠道菌群的因素有很多：遗传、生活方式、饮食习惯、运动、生活环境等都是影响肠道菌群平衡的重要原因。

例如：对新生婴儿菌群组成影响因素的研究，比如分娩方式、孕期饮食、喂养方式（母乳、提前添加辅食、配方奶粉）、早产儿等，研究对婴儿肠道菌群影响的因素，对后续指导和维护婴儿健康有重要的作用。

二、疾病与菌群因果关系类研究

①细菌功能验证及疾病机理研究

潜在致病菌或有益菌的功能验证及疾病机理研究思路：

1.确定一种或几种目标菌，利用动物实验对该菌进行验证，通过分析临床理化指标，探讨该菌与疾病的关系。

2.收集处理后动物模型粪便样本，测序，探讨该菌如何影响肠道菌群致病或改善疾病；

3.结合临床指标、理化结果、微生物结果，综合分析作用机制。

②疾病的发生发展与菌群相关性研究

研究思路：

三、菌群干预类研究

肠道菌群研究常用的干预手段：

研究思路：

1.研究治疗手段（不同药物干预、同药物不同剂量干预、干预不同天数、益生菌、粪菌移植等）对疾病的治疗效果（临床指标、理化指标等）。基于临床指标判断治疗效果。

2.比较疾病组、疾病干预组、及健康对照组微生物组成的差异

3.验证治疗手段是否是通过改变菌群后治疗效果

至于具体的研究方法，其实现在研究肠道菌群的方法无外乎16S rRNA 测序/宏基因组学测序+代谢组学，可以说这是目前最流行的做法了。代谢组学相对更接近表型，基因测序与代谢组学的结合，能够更全面的阐述深层次的机制问题。