【CN109880905A】一组用于三阴性乳腺癌免疫组化分型的基因及其应用【专利】

(19)中华人民共和国国家知识产权局

(12)发明专利申请

(10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请号 201910220678.3

(22)申请日 2019.03.22

(71)申请人 复旦大学附属肿瘤医院

地址 200032 上海市徐汇区东安路270号

(72)发明人 邵志敏　江一舟　赵珅　杨文涛　

马丁　肖毅　

(74)专利代理机构 上海市汇业律师事务所

31325

代理人 王函

(51)Int.Cl.

C12Q 1/6886(2018.01)

C12N 15/11(2006.01)

(54)发明名称一组用于三阴性乳腺癌免疫组化分型的基因及其应用(57)摘要本发明公开了一组用于三阴性乳腺癌(简称TNBC)免疫组化分子分型的基因，包括：AR基因、CD8基因和FOXC1基因。本发明还公开了该组用于TNBC免疫组化分型的基因在制备TNBC分型检测试剂盒中的应用。本发明基于目前最大的TNBC多组学数据集，筛选出用于TNBC免疫组化分型的基因组合，建立了TNBC的免疫组化分型方法，并在TNBC组织样本中进行了实施和验证，结果与金标准——基于RNA测序的mRNA分子分型结果——有高度的一致性，该免疫组化分型对患者预后具有提示意义，各免疫组化亚型的TNBC具有的不同病理、分子特征，提示潜在的治疗策略。本发明弥补了通过表达谱测序进行TNBC分子分型技术复杂、价格昂贵、耗费时间、难以应用于临床等缺点，为

TNBC亚型特异性治疗的临床应用提供了基础。权利要求书1页 说明书19页 附图7页CN 109880905 A 2019.06.14

C N 109880905

A

权　利　要　求　书1/1页CN 109880905 A

1.一组用于三阴性乳腺癌免疫组化分型的基因，其特征在于，包括如下3个基因：AR基因、CD8基因和FOXC1基因。

2.如权利要求1所述的基因，其特征在于，所述基因采用如下步骤筛选得到：

步骤一，对具有mRNA表达谱数据的三阴性乳腺癌进行亚型间差异基因分析，鉴定各亚型高表达基因,完成差异基因初筛；

步骤二，利用癌症基因组图谱数据库的mRNA表达数据以及质谱蛋白表达数据，进行mRNA表达水平与蛋白表达水平的Pearson相关性分析；

步骤三，利用基因的mRNA表达值鉴定对应亚型的ROC分析，确定各个亚型前十位的基因；

步骤四，确定了AR基因、CD8基因和FOXC1基因组合。

3.如权利要求2所述的基因，其特征在于，步骤一中，所述亚型间差异基因分析使用R语言DESeq2包，所述差异基因初筛以Log2(Fold change)≥1.5和校正后P值<0.05为标准。

4.如权利要求2所述的基因，其特征在于，步骤二中，所述Pearson相关性分析以相关系数≥0.5，相关性检验P值<0.05作为标准，对差异基因进行进一步的筛选和过滤。

5.如权利要求2所述的基因，其特征在于，步骤三中，所述ROC分析利用候选基因的mRNA 表达值鉴别出对应亚型的准确度，以曲线下面积AUC作为准确度的衡量标准，根据AUC大小确定各个亚型前十位的候选基因。

6.如权利要求1所述的基因，其特征在于，所述三阴性乳腺癌免疫组化分型的方法为:

AR阳性，任意CD8和FOXC1表达：免疫组化LAR型；

AR阴性，CD8阳性，任意FOXC1表达：免疫组化IM型；

AR阴性，CD8阴性，FOXC1阳性：免疫组化BLIS型；

AR、CD8、FOXC1均为阴性：免疫组化MES型；

其中，AR阳性定义为AR阳性肿瘤细胞占全体肿瘤细胞百分比≥10％；CD8阳性定义为CD8阳性细胞占全体细胞百分比≥20％；FOXC1阳性定义为FOXC1阳性肿瘤细胞占全体肿瘤细胞百分比≥10％。

7.如权利要求1-6任一项所述的一组用于三阴性乳腺癌免疫组化分型的基因在制备三阴性乳腺癌分型检测试剂盒中的应用。

8.一种三阴性乳腺癌分型检测试剂盒，其特征在于，该试剂盒包含如下生物标志物，所述生物标志物为如权利要求1-6任一项所述的一组用于三阴性乳腺癌免疫组化分型的基因。

9.如权利要求8所述的检测试剂盒，其特征在于，所述生物标志物是核酸、寡核酸链、PCR引物组或者抗体。

10.如权利要求8或9所述的试剂盒在制备诊断、预后三阴性乳腺癌的制剂中的用途。

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