pymol作图的一个实例

Pymol作图的实例
这是一个只是用鼠标操作的初步教程
Pdb文件3ODU.pdb
打开文件
pymol右侧
All指所有的对象，2ODU指刚才打开的文件，(sele)是选择的对象
按钮A:代表对这个对象的各种action，
S：显示这个对象的某种样式，
H：隐藏某种样式，
L：显示某种label，
C：显示的颜色
下面是操作过程：
点击all中的H，选择everything，隐藏所有
点击3ODU中的S，选择cartoon，以cartoon形式显示蛋白质
点击3ODU中的C，选择by ss，以二级结构分配颜色，选择
点击右下角的S，窗口上面出现蛋白质氨基酸序列，找到1164位ITD，是配体
点击选择ITD ，此时sele中就包含ITD这个残基，点击（sele）行的A，选
择rename selection，窗口中出现，更改sele
为IDT，点击（IDT）行的S选择sticks，点击C，选择by element，选择，，调
整窗口使此分子清楚显示。

寻找IDT与蛋白质相互作用的氢键：
IDT行点击A 选择find，选择polar contacts，再根据需要选择，这里选择to other atoms in
object ,分子显示窗口中出现几个黄色的虚线，IDT行下面出现了新的一行，这就是氢键的对象，点击这一行的C，选择
red red，把氢键显示为红色。

接着再显示跟IDT形成氢键的残基
点击3ODU行的S，选择lines，显示出所有残基的侧链，使用鼠标转动蛋白质寻找与IDT 以红色虚线相连的残基，分别点击选择这些残基。

注意此时selecting要是
residures。

选择的时候要细心。

取消选择可以再次点击已选择的残基。

使用上述的方法把选择的残基（sele）改名为s1。

点击S1行的S选择sticks，C选择by elements,点击L选择residures显示出残基名称.在这个例子中发现其中有一个N含有3个氢键有两个可以找到与其连接的氨基酸残基，另一个找不到，这是因为这个氢键可能是与水分子形成的，水分子在pdb文件中只用一个O表示，sticks显示方式没有显示出来水分子，点击all行S选择nonbonded，此时就看到一个水与N形成氢键
，点击分子空白处，然后点击选择这个水分子，更改它的名字为w。

在all 行点击H，选择lines，在选择nonbonded，把这些显示方式去掉只留下cartoon。

点击w行s 选择nb-spheres.
到目前为止已经差不多了
下面是一些细节的调整
残基名称位置的调整：点击右下角是3-button viewing
转变为3-button viewing editing，这样就可以编辑修改
pdb文件了，咱们修改的是label的位置。

按住ctrl键点击窗口中的残基名称label，鼠标拖拽到适合的部位，是显示更清晰。

然后调整视角方向直到显示满意为止，这时就可以保存图片了，file>>save image as>>png
这样的图片勉强能用，为了得到更高质量和更漂亮得图片在作如下处理
Setting >> cartoon>>highlight color
Setting >> cartoon>>fancy helix
Setting >> transperency>>cartoon>>50% 调节透明度
Setting >>label>>size 可以调节label字体大小
Display>>background color>>white 背景设置为白色
此时窗口中的图像应该不怎么好看，点击右上角的ray
，等待一会，完成后就发现图片好多了，这时千万不要再在图片上点击了，赶快保存图片。

最后再介绍几个命令，还是命令更厉害
set label_size,28 设置字体大小
在最后一步ray的时候，可以输入命令ray，要得到其他分辨率的图片可以打命令ray x,y
如ray 2000,1400就生成2000*1400分辨率的图片。

打包的文件包括3ODU.pdb 3ODU.pse 1.png 2.png打开pse文件可以直接看到制作完成时的样子
飞毛腿2011-4-18。