手把手教你绘制信号通路图
干货 细胞信号通路图解之MAPK通路【值得珍藏】
干货细胞信号通路图解之MAPK通路【值得珍藏】科研小助手原创,转载请注明来源。
公众号内回复“Cell Signaling Pathway”获取全套信号通路图本文由百度贴吧nosce吧吧主黄杰投稿一、MAPK信号通路:(1)有丝分裂原激活的蛋白激酶(MAPK)是一族在真核生物中非常保守的丝/苏氨酸蛋白激酶,在许多细胞活动中起作用,如生长增殖,细胞分化,细胞运动或死亡。
MAPK级联信号传导由3 个不同层次的分子所组成。
MAPK被MAPK的激酶( MAPKK)磷酸化后激活,MAPKK被MAPKK的激酶(MAPKKK )磷酸化而激活。
而MAPKKK通过与小GTPase和/或其他蛋白酶相互作用而被激活,从而将MAPK和细胞表面的受体以及胞外的信号联系在一起。
(2)许多参与生长和分化的受体都能够激活MAPK/ERK信号通路,比如说受体酪氨酸激酶(RTK),整合素,和离子通道。
响应特定信号所涉及到的具体分子会相差很大,但通路的结构是一致的,那就是接头分子(adaptor,如Shc, GRB2, Crk等)将鸟苷酸交换因子(SOS, C3G 等)和受体连接在一起,然后把信号向小GTP 结合蛋白(Ras, Rap1)传递,后者又激活核心的级联反应,这是由一个MAPKKK( Raf) ,一个MAPKK( MEK1/2)和MAPK( Erk)所构成的。
活化的ERK 二聚体能调节胞浆中的目标分子,也可以转移到细胞核中,然后对一系列转录因子进行磷酸化以调节基因表达。
SciRes(3)很多外部的刺激都能够激活G蛋白偶联受体(GPCR)。
在受体活化以后,G 蛋白将GDP 转换成GTP ,然后结合了GTP的α和β/γ亚基从受体脱离开,启动信号向胞内的传导。
与不同亚型的异质三聚体G 蛋白结合的受体可以采取不同的手段激活小G 蛋白/MAPK级联反应,至少有三个不同家族的酪氨酸激酶参与其中。
Src家族激酶响应活化的PI3Kγ,而后者被β/γ亚基激活。
姿势一文理清TGF-β信号通路家谱(图文并茂)
姿势一文理清TGF-β信号通路家谱(图文并茂)作者:解螺旋.墨斗鱼转载请注明来源:解螺旋,医生科研助手导读TGF-β的命名TGF-β的命名是根据这种细胞因子能使正常的成纤维细胞的表型发生转化,即在表皮生长因子(EGF)同时存在的条件下,改变成纤维细胞贴壁生长特性而获得在琼脂中生长的能力,并失去生长中密度信赖的抑制作用。
TGF-β信号在早期胚胎发育与组织器官形成、免疫监督、组织修复与成体稳态平衡中发挥重要作用。
TGF-β信号转导异常TGF-β信号转导异常则可能导致多种疾病的发生,比如胚胎发育异常、肿瘤、组织纤维化、心血管疾病和免疫性疾病等。
目前知道在人类中共存在33个TGF-β家族蛋白,包括3个TGF-β(TGF-β1/2/3)、10个BMP(Bone Morphogenetic Protein)和11个GDF(Growth and Differentiation Factor,其中GDF2=BMP9,GDF8=myostatin),以及activin、nodal、inhibin和AMH/MIS等,它们都是二聚体的分泌型多肽,根据序列、结构及信号转导分子的差异, TGF-β细胞因子大致被分为两个亚家族,其中TGF-β、activin和nodal等属于同一个亚家族,而BMP、GDF和AMH等组成BMP亚家族。
自从1981年确认TGF-β活性并于1982年成功纯化TGF-β以来,过去三十多年的研究不仅使我们发现TGF-β家族具有广泛的生物学功能,而且对于TGF-β细胞信号转导通路有了深入的认识。
简单的说:TGF-β家族配体二聚体与膜上相应的II型受体和I型受体形成复合物,诱导II型受体磷酸化I型受体并激活其激酶活性,然后I型受体招募并活化下游的Smad蛋白,从而诱导Smad蛋白在细胞核内聚集并作为转录因子发挥转录调控作用。
Smad(由线虫的Sma和果蝇的Mad缩写而来)蛋白是TGF-β家族受体下游的信号转导分子。
高大上的信号通路图,自己画!
高大上的信号通路图,自己画!本讲目的本讲我们尝试绘制G蛋白受体介导的信号转导通路,最终的效果如所示:Figure 1. G蛋白偶联受体介导的信号转导通路(示意图)解题思路绘制示意图,常用的软件有PowerPoint和Illustrator,现在我们先将Figure 1的示意图拆解成单个元素,来比较一下两款软件的优缺点。
此外,在绘制示意图方面,Illustrator的主要优点是功能齐全,而PowerPoint的主要优点则是上手容易。
本讲,我们使用Illustrator 来绘制上述示意图,展示一下其功能。
操作步骤打开Adobe Illustrator CS5,新建一个A4纸大小的文档,颜色模式选择RGB。
现在我们来逐个绘制示意图中的元素。
文字和五角星的绘制最为简单,分别从Illustrator的工具栏中选择“文字工具”和“星形工具”,直接使用即可。
渐变填充椭圆在工具栏中的“矩形工具”上长按鼠标左键,调出其折叠菜单(如Figure 2所示),从中选择“椭圆工具”,在画布上拖动即可绘制一个椭圆。
Figure 2. 矩形工具的折叠菜单然后执行“菜单→窗口→色板”,调出色板面板。
单击色板面板左下角按钮→渐变→简单径向,调出一个简单径向色板库(如Figure3所示)。
Figure 3. 简单径向色板库保持所绘椭圆处于选中状态,然后点击简单径向色板库中的一个样式来完成调用,即可绘制一个渐变填充椭圆,如所示。
Figure 4. 渐变填充椭圆直线箭头从工具栏中选择“直线段工具”,在画布上拖动来绘制一条直线。
然后执行“菜单→窗口→描边”,调出描边面板。
在该面板的箭头选项的下拉菜单中选择末端箭头的样式,如Figure 5所示。
这样便绘制了一个直线箭头,亦可以在该面板中来调节直线箭头的粗细,以及箭头的相对比例等。
Figure 5. 描边面板的箭头选项虚线箭头绘制好一个箭头后,在描边面板中勾选上“虚线”选项,便可使其成为虚线箭头。
干货细胞信号通路图解之干细胞发育分化相关信号通路
干货细胞信号通路图解之干细胞发育分化相关信号通路(1)Wnt / β-Catenin Signaling:保守的Wnt/β-Catenin信号通路可以调节发育中干细胞的多能性和细胞命运的决定过程。
在发育过程中的许多不同的细胞和组织里,Wnt/β-catenin整合许多其他通路所传递的信号,如视黄酸,FGF,TGF-β和BMP。
Wnt配体(Wnt-ligand)是一个分泌的糖蛋白,它和Frizzled受体结合,引起信号的级联反应,最后导致多功能激酶GSK-3β从APC/Axin/GSK-3β复合体中被释放出来。
在没有Wnt信号刺激时(关闭状态),β-catenin,既是一个完整的细胞-细胞粘附接头蛋白也是一个转录调节辅因子,被APC/Axin/GSK-3β复合体标记而降解。
CK1和GSK-3β协同对β-catenin磷酸化使它通过β-TrCP/SKP被泛素化和蛋白酶体降解。
当Wnt结合后(开启状态),共受体LRP5/6和与Wnt结合的Frizzled被带进了复合体内,这导致Dishevelled (Dvl)被依次磷酸化,泛素化和多聚化从而被激活,这就取代了APC/Axin中的GSK-3β,其中的机制不清楚,有可能是通过捕获底物和/或内涵体封存。
Wnt配体的转录效应是由β-catenin依赖Rac1的核转运并结合到LEF/TCF DNA结合因子上来介导的,在其中充当转录的共激活因子,通过代替Groucho-HDAC共抑制因子发挥部分作用。
另外,与同结构域因子Prop-1形成复合体后,β-catenin已被发现存在于条件依赖的活化和抑制复合体中。
重要的是,在一些癌症中发现β-catenin存在点突变使它阻止GSK-3β的磷酸化从而导致异常的累积。
还有E-cadherin,APC和axin的突变在肿瘤样品中也有记录,这说明这条通路非正常的激活与癌症有关。
除此之外,通路中的GSK-3β还参与糖原代谢和其他的关键通路,所以它的抑制与糖尿病和神经退行性疾病相关。
信号通路合辑
信号通路合辑纵观现如今的科研发展趋势,⽆论哪⽅⾯的研究都脱离不了分⼦机制,其实归根结底就是搞明⽩信号通路中上下游的基因是如何调控的,受到了哪些因素的影响。
华美⽣物特别整理了各研究领域信号通路⽰意图,以便于我们获取最直接的科研思路。
AMPK signaling pathway腺苷酸激活蛋⽩激酶 (AMPK) 在细胞能量稳态调节中起到关键作⽤。
在低⾎糖、低氧、缺⾎和热休克等情况下,可激活AMPK。
AMPK可作为异源三聚体复合体出现,内含⼀个催化性α亚单位和调节性β和γ亚单位。
AMP结合到γ亚单位后,可变构激活复合体,使其苏氨酸172位点更易磷酸化的底物,在α亚单位的激活环中更易被主要的上游AMPK激酶LKB1 磷酸化。
AMPK还能被CAMKK2在苏氨酸172位点直接磷酸化,这是由代谢激素(如脂联素和瘦素)刺激后胞内钙离⼦⽔平变化引起的反应。
作为细胞能量感受器,AMPK 可对ATP低⽔平做出反应,被激活后,可对补充细胞 ATP 供应的信号转导通路做出正向调控,这些通路包括脂肪酸氧化和⾃噬。
Apoptosis细胞凋亡,为⼀种细胞程序性死亡。
相对于细胞坏死(necrosis),细胞凋亡是细胞主动实施的。
细胞凋亡⼀般由⽣理或病理性因素引起。
⽽细胞坏死则主要为缺氧造成,两者可以很容易通过观察区分开来。
Caspase家族属于半胱氨酸蛋⽩酶。
起始组Caspase包括caspase-2,-8,-9,-10,-11和-12,与促凋亡信号紧密相连,⼀旦激活,这些酶会切割并激活下游的效应组Caspase,包括Caspase-3,-6,-7。
效应 Caspase通过对细胞内蛋⽩特定的天冬氨酸残基位置处进⾏切割实现细胞的凋亡。
FasL和 TNF对Fas和 TNFR的结合能够激活caspase-8和-10。
DNA损伤诱导PIDD的表达,PIDD与RAIDD 和caspase-2结合并激活caspase-2。
受损线粒体中释放的细胞⾊素C与caspase-9的活化相关。
手把手教三种信号通路可视化方法
手把手教三种信号通路可视化方法任何涉及到基础实验的设计当中,都会涉及到通路的变化的。
那我们要怎么反应一个通路里面的变化呢?灵魂画手一些的完全可以自己画。
但是一般这样画的可信度和好看程度也会欠佳一些。
所以如果要可视化一些通路的话,其实可以借助网上的一些现成的工具的。
接下来就为大家介绍一下这些工具吧。
先给大家看下成品。
KEGG是一个经典的通路数据库。
在这个数据库里面。
我们可以通过里面的工具KEGG Mapper 来对通路进行可视化的富集。
下面让我们看看怎么做吧。
按照下图的方式。
我们依次选择我们输入的基因注意:在数据ID的里面是不接受基因名的。
所以我要进行转换。
这个之前好多帖子都接受过。
大家就去自己搜一下吧。
如下图,我们输入想要标注的基因和对应基因想要标注的颜色。
然后点击'exec'提交即可。
最终我们会得到这些基因主要位于哪个通路。
然后选择想要标注的通路即可。
但是呢,KEGG mapper出来的图形呢。
不是矢量图。
所以会出现模糊的现象。
这个要么自己修复一下要么和别的工具自己画吧。
通过这两个功能。
我们就完全可以自己DIY自己想要的通路了。
同时呢。
这个网站还包括了一部分之前TCGA数据发表的通路。
我们可以在'network'— 'TCGA'中选择。
如下图则是我们选择内置的一个通路图除了基本的绘制通路的功能之后。
这个网站还是可以给每个通路里面添加数据进而用颜色进行区分。
具体怎么做呢。
我们在绘制好通路之后,类似于下图的表格。
其实就是一列是基因另外的列根据需要自己添加。
下图是不同器官的表达量。
然后“alteration”—'load from file'导入我们自己编写的文件。
即可得到下图这样的可视化结果最后通过export我们就可以导出图片了。
如果我们这次没画完怎么办。
同样可以把画的先导出来。
然后下次画的时候重新导进去就行。
是不是很方便。
维基百科相信大家都很清楚的吧,他们可能觉得如果只在生活领域进行百科进行普及的话,彰显不出权威。
干货细胞信号通路图解之细胞代谢相关通路
干货细胞信号通路图解之细胞代谢相关通路(1)Insulin Receptor Signaling:胰岛素是控制关键的能量代谢功能如葡糖和脂代谢过程中的主要激素。
胰岛素激活胰岛素受体酪氨酸激酶,后者磷酸化并召集不同的底物接头蛋白如IRS家族蛋白。
IRS上酪氨酸被磷酸化后成为众多信号传导关联蛋白的结合位点。
其中,PI3K在胰岛素功能中起主要的作用,大部分是通过活化Akt/PKB和PKCζ级联来完成的。
活化的Akt通过抑制GSK-3诱导糖原的合成,通过mTOR和下游元件影响蛋白合成,通过抑制几个促凋亡分子(Bad,Forkhead家族转录因子,GSK-3)影响细胞生存。
胰岛素促进肌肉和脂肪细胞对葡糖的吸收,这是因为它能促使还有GLUT4的囊泡转移到细胞膜上。
GLUT4的移位需要PI3K/Akt通路的参与和IR介导的CAP 的磷酸化和形成CAP:Cbl:CrkII复合体。
胰岛素信号通路也会影响细胞生长和有丝分裂,主要是通过Akt级联进行,也会有Ras/MAPK通路的参与。
另外,胰岛素信号通路可以通过中断CREB/CBP/Torc2的结合抑制肝脏中的糖异生。
胰岛素信号通路还可以通过激活SREBP-1C,USF1和LXR来促进脂肪酸的合成。
从Akt/PKB,PKCζ,p70 S6K和MAPK级联得到的负反馈信息会导致丝氨酸的磷酸化和IRS信号通路的失活。
(2)AMPK Signaling:AMP激活的蛋白激酶( AMPK, AMP-activated protein kinase)是细胞能量稳态平衡调节的关键分子。
这个激酶的激活响应细胞耗竭胞内ATP的压力,如低葡萄糖,缺氧,缺血和热激。
该激酶是一个异质三聚体,由一个α催化亚基和β、γ调节亚基组成。
AMP与γ亚基结合后,该复合体发生异构化并激活,成为上游主要激酶AMPKK,LKB1更适合的底物,在α亚基的Thr172位发生磷酸化。
当代谢激素包括adiponectin和leptin刺激时,AMPK响应细胞内钙的改变也能被CAMKK2在Thr172直接磷酸化。
手把手教你绘制信号通路图
手把手教你绘制信号通路图
信号通路是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路。
细胞信号通路图是科研研究过程中最常见也是最常用到的,如何绘制适合我们自己科研课题的信号通路图呢?可以试试pathway builder tool 软件。
这款软件简单易学,即便是零基础的同学,也可以做出漂亮的信号通路。
1. 首先,打开Pathway Builder Tool
2.0 软件,软件自带分子生物学会用到的基本元素,如不同的细胞、细胞器、分子甚至箭头等等。
2. 打开一张画布,添加信号通路中细胞膜,细胞器等基本骨架。
3. 选择所需要的蛋白分子,Pathway Builder Tool 2.0 提供了非常多的选择,如受体模型、分子模型、化学结构模型等,可以根据实际需要进行绘图。
4. 通路图中一般使用带箭头的连接线、虚线或者「T」字线,我们可以选中该连接线,添加到相应位置。
5. 根据参与的蛋白分子,输入相应名称。
6. 也可以在Background 中更改背景边框等相关信息。
7. 同时,这个软件自带很多经典通路的模板,比如NF-KB,JAK/STAT 通路的模板,在上面可以直接修改,非常方便。
8. 软件自带常用的人体肌肉系统、循环系统、神经系统等解剖图,附加器官模型、细胞种类,对于临床研究也很实用。
干货细胞信号通路图解之免疫和炎症相关信号通路
干货细胞信号通路图解之免疫和炎症相关信号通路(1)Jak/Stat Signaling: IL-6 Receptor Family。
Jak和Stat 是许多调节细胞生长、分化、存活和病原体抵抗信号通路中的关键部分。
就有这样一个通路涉及到IL-6(gp130)受体家族,它帮助调节B 细胞的分化,浆细胞生成和急性期反应。
细胞因子结合引起受体的二聚化同时激活受体结合的Jak蛋白,活化的Jak蛋白对受体和自身进行磷酸化。
这些磷酸化的位点成为带有SH2结构的Stat蛋白和接头蛋白的结合位置,接头蛋白将受体和MAP激酶,PI3激酶/Akt还有其他的通路联系在一起。
受体结合的Stat蛋白被Jak磷酸化后形成二聚体,转移进入细胞核调节目的基因的表达。
细胞因子信号传导抑制分子(SOCS)家族的成员通过同源或异源的反馈减弱受体传递的信号。
Jak或Stat参与其他受体蛋白的信号传导,在下面Jak/Stat使用表格中有这方面的列举。
研究人员已经发现Stat3和Stat5在一些实体肿瘤中被酪氨酸激酶而不是Jaks组成性激活。
JAK/STAT途径介导细胞因子的效应,如促红细胞生成素,血小板生成素,G-CSF,这些细胞因子分别是用于治疗贫血,血小板减少症和中性粒细胞减少症的蛋白质类药物。
该途径也通过干扰素介导信号通路,干扰素可以用来作为抗病毒和抗增殖剂。
研究人员发现,失调的细胞因子信号有助于癌症的发生。
异常的IL-6的信号或导致自身免疫性疾病,炎症,癌症,如前列腺癌和多发性骨髓瘤的发生。
Jak抑制剂目前正在多发性骨髓瘤模型中进行测试。
Stat3具有潜在促癌性(原癌基因),在许多癌症中持续的表达。
在一些癌细胞中,细胞因子信号传导和表皮生长因子受体(EGFR)家族成员之间存在交流。
Jak激活突变是恶性血液病中主要的分子机制。
研究人员已经在Jak2假激酶域中发现一个特有的体细胞突变(V617F),这个突变常常发生于真性红细胞增多症,原发性血小板增多症和骨髓纤维化症患者。
梅森公式-信号流图PPT课件
作用分解
G1
G2
G3
H1
G4
G1
G2
H3 G3
H1
H3
H1
H3
梅逊公式介绍 R-C : △称为系统特征式
C(s) R(s)
=
∑Pk△k △
△= 1 - ∑La + ∑LbLc -∑LdLeLf+…
其中:
—∑La 所有单独回路增益之和
∑LbLc—所有两两互不接触回路增益乘积之和
∑LdLeLf—所有三个互不接触回路增益乘积之和
1 - G1H1 + G2H2 + G1G2H3 -G1H1G2 H2
信号流图
e
g
R(s) 1
a
b
c
d
C(s)
f
h
前向通路两条
四个单独回路,两个回路互不接触
C(s) R(s)
=
1
abc d + e d (1 – bg) – af – bg – ch– eh g f +af ch
信号流图
• 信号流图是由节点和支路组成的一种信号传递网络。
Uo(s)
Ui(s)
-1
1/R1
1/C1s
IC(s)
-1
U(s)
1/R2
1/C2s
I2(s)
-1
Uo(s) Uo(s)
例3 已知系统信号流图,求传递函数。
解:三个回路:L1 G 2H 2
-H1
L2 G1G 2H2
L3 G 2G 3H1
• 回路相互均接触,则:
R
G1 G2 G3
C
H2 -H2
G4
L 3 a 44 互不接触 L 22 a 23 a 35 a 52 a 44
巧用KEGG数据库绘制pathway通路图分析技能
巧⽤KEGG数据库绘制pathway通路图分析技能来源:联川⽣物技术公司 2017-2-15KEGG 是从分⼦信息⽔平了解⾼级功能和⽣物系统(如细胞、 ⽣物和⽣态系统),尤其是⼤型分⼦数据集⽣成的基因组测序和其他⾼通量实验技术的实⽤程序数据库资源,是由⽇本京都⼤学⽣物信息学中⼼的Kanehisa实验室于1995年建⽴。
是国际上最常⽤的⽣物信息学数据库之⼀,以“理解⽣物系统的⾼级功能和实⽤程序资源库”著称。
在分⼦实验过程中,KEGG Pathway的分析是其中的研究重点,那么绘制⼀张跟实验相关的核⼼通路图就成为很多研究者头疼的事情了,今天⼩编就带⼤家在只有基因序列的情况下,根据需要绘制通路图。
在进⼊正题之前,⼩编先给⼤家科普⼀下:在KEGG分析中,经常会遇到例如K00010和ko00010这样的编号,很多⼈搞不清楚这两者有什么区别,简单来说,⼤写K+五位数字指的是KEGG数据库中某类蛋⽩编号,即某个基因注释到了这种编号,就代表这是某⼀类功能的蛋⽩,⼀个基因对应⼀个这种编号。
⼩写的ko+五位数字,这是pathway的编号,代表某⼀条代谢通路的编号,⼀条通路⾥可以有多个基因共同参与调控,也就是有多个K,同样,⼀个基因可以参与多个通路,也就是⼀个基因有多个ko注释,它们之间是多对多的关系。
不过,现在如果想利⽤KEGG数据库不是那么容易了,因为KEGG数据库核⼼数据是要收费的,价格不菲。
很多研究者只能依赖⽣物公司的帮助进⾏注释。
可是放到⽂章⾥的或者感兴趣的基因没有那么多,那么⼩范围⾃主进⾏的KEGG注释就显得尤为重要。
话不多说,开始今天的分析技能~⼀、准备蛋⽩序列⾸先得有⾃⼰感兴趣的基因信息,有了基因信息,必须有这些基因对应的蛋⽩序列。
因为如果想要获得KEGG注释,我们接下来的教程需要输⼊蛋⽩序列。
若只有核酸序列,可以通过NCBI的BLAST功能去获得相应的同源蛋⽩序列(如需BLAST教程,请留⾔)或者通过软件(例如Genscan)预测其蛋⽩序列。
信号通路途径ppt课件
Hh信号传递受靶细胞膜上两种受体 Patched(Ptc)和Smoothened(Smo)的控制。受体Ptc由 肿瘤抑制基因Patched编码,是由12个跨膜区的单 一肽链构成,能与配体直接结合,对Hh信号起负 调控作用。受体Smo由原癌基因Smothened 编码, 与G蛋白偶联受体同源,由7个跨膜区的单一肽链 构成,N端位于细胞外,C端位于细胞内,跨膜区 氨基酸序列高度保守,C 末端的丝氨酸与苏氨酸 残基为磷酸化部位,蛋白激酶催化时结合磷酸基 团。
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受体络氨酸介导的信号通路主要有Ras信号通路、 PI3K信号通路、磷脂酰肌醇信号通路等等。
信号分子间的识别结构域主要有三类: SH2结构域:介导信号分子与含磷酸酪氨酸
蛋白分子结合; SH3结构域:介导信号分子与富含脯氨酸的
蛋白质分子结合; PH结构域:与磷脂类分子PIP2、PIP3、IP3
代谢改变 基因表达 细胞形状
改变
或运动改变
4
cAMP是第一个被发现的第二信使。
NH2
N
N
O CH2O N
O P O OH OH
N
萨瑟兰(EaEral rWl Wilb. uSruSthuethrelralnandd, JJrr) 1915.( 111.991~5 1- 9197744.3).9
1971年获诺贝尔生理学和医学奖
17
18
IP3信号的终止:是通过去磷酸化形成IP2、或磷酸化为 IP4 。Ca2+被质膜上的钙泵和Na+- Ca2+交换器抽出细胞,
或被内质网膜上的钙泵抽回内质网。
DAG信号的终止:
-----被DAG激酶磷酸化成为磷脂酸,进入磷脂酰肌醇 循环;
-----被DAG酯酶水解成单酯酰甘油。
教你用AI绘制“CST”家的信号通路图
教你用AI绘制“CST”家的信号通路图人靠衣装,佛靠金装,科研成果靠技术装。
每每看到CST官网或海报上的信号通路,脸上总是一脸崇拜,前两天看到隔壁师姐用PS绘制通路图,脸上只有大写的“为难”二字!现在的科研汪们,不仅要会做实验,还要学会把好不容易花了三四年才打通的信号通路成果美美的展示出来才行。
硬画肯定是画不出的,如果有简单的方法可以打造通路图,那做起来可就事半功倍啦~今天就给大家推荐AI(Adobe Illustrator)软件,简单易学上手快,绘制图片主编爱!第1步下载和安装AI软件你们比我都懂去哪里找资源第2步了解界面首先,打开软件,新建一个画板。
可以命名,可以任意设置画板尺寸,如果不印刷,可不需要留出血位。
接下来,了解AI工作面板。
1、菜单栏,良工巧匠,包罗万象;2、工具栏,打杂小将,使用最多,用于绘制创建图像和文字的工具;3、属性栏,又称控制面板,显示当前正在使用工具的属性,不同工具属性也不同;4、工作区;5、活动面板,借助这里,可以更方便图像处理。
第3步绘制专业的信号通路比如绘制炎症小体的信号通路点击看原图(点击图片看原图)1. 基本图形(直线、曲线、标注箭头、蛋白靶点)的绘制该段教学,可以Get到的技能有:选择工具、多种形状(直线、曲线、圆)、颜色填充、描边、渐变、同比例缩放(小窍门:Control+ D,快速重复上一次操作)。
2. 降解蛋白后的碎片的绘制及蛋白剪切的绘制该段教学,可以新Get的技能有:多种形状、路径查找器、取消编组、对齐3. 炎性小体复合物的绘制该段教学,可以新Get的技能有:旋转工具4. 细胞膜磷脂双分子层的绘制该段教学,可以新Get的技能有:平行复制(Alt+鼠标拖动)、编组、对称看完这些教学视频,是不是瞬间信心满满呢,别急着开心,首先点赞加收藏,然后一定要多加练习哦,择日不如撞日,就今天,就现在,赶紧练起来吧。
额外放送 1CST官网提供77条信号通路图免费查询,亦可免费下载,点击下图了解详情:额外放送 2另,点击图片,前往CST学术资源下载中心,免费下载实验应用PPT、研究领域PPT、研究领域手册、多种实验应用的成功指南、实验操作步骤、信号通路海报等:。
干货如何才能做出美美的信号通路图
干货如何才能做出美美的信号通路图
作者:解螺旋.子非鱼
转载请注明来源:解螺旋,医生科研助手
刚写完国自然标书,大家都想歇两天的时候,大老板突然出现,宣布噩耗:“下周开组会,准备PPT汇报一下进展吧,你们的图可不能画成上次那样,有合作的教授过来听你们汇报。
”
然后,师弟开始画信号通路图,用PS画了半天了,还没画好……“用PS画通路图?”小鱼露出鄙夷的眼光说,“听着都觉得费劲。
”
师弟:“那师姐有何高见?”
小鱼:“试试pathway builder吧!”
今天小鱼跟大家分享这个画信号通路图的小工具,简单易学,图片美观大方,软件本身自带一些信号通路、细胞器、分子等模型,可以按需要选择模型作出个性化的信号通路图。
自带信号通路模型:
细胞器:
分子模型:
各种箭头:
其他:
回复Pathway,下载软件pathway builder tool 2.0,打开软件:开始作图:
5分钟搞定:。
B细胞活化的双信号途径示意图PPT课件
TI抗原引起的体液免疫应答
wTI抗原分为I型和II型两种,前者含有两种分子结构, 即特异性抗原决定簇部分和B细胞有丝分裂原两部分, 其中第一部分同BCR结合产生B细胞活化的第一信号, 第二部分同B细胞上的丝裂原受体结合提供第二信号; II型抗原表面具有众多重复排列的相同抗原决定簇, 没有有丝分裂原部分,但它在体内不易降解,因此 呈线性排列的结构可同BCR持久交联并长期提供B细 胞的活化信号,最终使B细胞活化。
第7页/共42页
B细胞与CD4+TH细胞间的相互作用
wB细胞的双重功能身份:抗体产生细胞和抗原呈递细胞。
wB 细 胞 作 为 抗 原 呈 递 细 胞 , 其 功 能 的 发 挥 必 须 通 过 T H细 胞 的介导才能完成,二者的相互作用模式和机制同前述的 APC和TH细胞间的作用机制是一样的。
wB 细 胞 作 为 抗 体 产 生 细 胞 , 除 了 自 身 表 达 的 B C R 识 别 结 合 并摄入抗原而产生B细胞活化的第一信号外,还必须有第 二信号的参与。该信号的产生也是由共刺激分子对间的相 互作用产生的,只是这些分子对分别位于B细胞和 CD4+TH细胞上:即B细胞首先吞噬处理并呈递抗原,继 而CD4+TH细胞识别此呈递的抗原,同时提供导致该B细 胞活化的共刺激信号,最后导致B细胞活化。这种处于活 化状态的B细胞,又在CD4+ TH细胞提供的细胞因子作用 下发生增值和分化,成为为能产生抗体的浆细胞。
第26页/共42页
• 致敏Tc细胞的功能特征: 1.只能杀伤携带有特异性抗原的靶细胞或微生
物; MHC-I类分子的限制; 3.Tc细胞在分化为致敏Tc时有部分细胞可以成
为记忆性Tc细胞,参与再次应答时的细胞免 疫反应; Tc细胞在杀伤靶细第胞27后页/共,42页可以继续杀伤带有相
第3节:G蛋白偶联受体介导的信号转导
途径一:激活离子通道的G 蛋白偶联受体所介导的信号通路G 蛋白偶联受体介导的信号转导受体:G 蛋白结构三个亚基组成G α:分子开关锚定在膜上G β、G γ:二聚体形式,锚定在膜上7次跨膜α螺旋(右图上)N 端在胞外、C 端在胞内激活的普遍机制(右图下)根据效应蛋白分类1、激活离子通道的G 蛋白偶联受体2、激活或抑制腺苷酸环化酶,以cAMP 为第二信使的G 蛋白偶联受体3、激活磷脂酶C ,以IP 3和DGA 作为双信使的G 蛋白偶联受体三类方式比较典型例子心肌细胞M 乙酰胆碱受体激活G 蛋白开启K +通道附图p168(下图⑤)Gt 蛋白偶联的光敏感受体的活化诱发cGMP 门控阳离子通道的关闭附图p168(下图⑥)第二信使:cGMP图⑤ 图⑥途径二:激活或抑制腺苷酸环化酶的G 蛋白偶联受体腺苷酸环化酶的G 蛋白偶联受体刺激AC 的物质肾上腺素、胰高血糖素、促肾上腺皮质激素受体:刺激性激素受体(Rs ),Gs α抑制AC 的物质前列腺素、腺苷受体:抑制性激素受体(Ri ),Gi αAC AC 结构12次跨膜蛋白C 端与N 端均在细胞内胞质侧有两个大的相似的结构域,跨膜区有两个整合结构域AC 功能在Mg 2+或Mn 2+存在下,催化ATP 生成cAMP 蛋白激酶A (PKA )未激活状态2个调节亚基与2个催化亚基结合激活状态激活物:cAMP调节亚基与催化亚基分开作用底物特点磷酸化基序:X-Arg-(Arg/Lys)-X-(Ser/Thr)-Φ(X :任意AA ,Φ:疏水AA )cAMP 与PKA 的结合协同方式(类似血红蛋白结合氧)cAMP 的降解环腺苷酸磷酸二酯酶(PED )降解cAMP 生成5'-AMP 信号通路模式图p169(图⑦)cAMP-PKA 信号通道对肝细胞和肌细胞糖原代谢的调节p171(下图⑧)、对真核细胞基因表达的调控p171(下图⑨)图⑧ 图⑨ 图11激活磷脂酶C 、以IP 3和DGA 作为双信使G 蛋白偶联受体介导的信号通路 图10第三条途径双信使(图10)来源磷脂酰肌醇(PI)代谢(图11)双信使介绍肌醇三磷酸(IP 3)机制与内质网上IP 3R 结合,开放Ca 2+通道功能引发贮存在内质网中的Ca 2+转移到细胞质基质中,使胞质中Ca 2+浓度升高二酰甘油(DAG)机制激活蛋白激酶C(PKC)降解DAG 激酶磷酸化后进入磷脂肌醇代谢DAG 脂酶水解成单酰甘油DAG 的维持原因细胞增殖、分化需要维持DAG 活性生成途径磷脂酶催化膜上磷脂酰胆碱断裂产生DAG 蛋白激酶C(PKC)(图12)激活的信号分子与细胞分泌、肌肉收缩、细胞增殖、分化有关的信号分子作用途径一:磷酸化MAP 激酶途径二:磷酸化一种抑制蛋白激活离子通道的G蛋白偶联受体激活/抑制腺苷酸环化酶的G蛋白偶联受体激活磷脂酶C的G蛋白偶联受体心肌细胞上K+通道的启闭视杆细胞的光受体启闭效应蛋白G蛋白PDE 腺苷酸环化酶(AC) 磷脂酶C(PLC)第二信使无cGMP cAMP IP3、DAG生物学功能调节心肌细胞内外K+浓度,影响心肌收缩频率生物感光调节肝细胞和肌细胞糖原代谢,对真核细胞基因表达调控调节基因表达,与肌肉收缩、细胞增殖、分化有关图12。
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手把手教你绘制信号通路图
信号通路是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路。
细胞信号通路图是科研研究过程中最常见也是最常用到的,如何绘制适合我们自己科研课题的信号通路图呢?可以试试pathway builder tool 软件。
这款软件简单易学,即便是零基础的同学,也可以做出漂亮的信号通路。
1. 首先,打开Pathway Builder Tool
2.0 软件,软件自带分子生物学会用到的基本元素,如不同的细胞、细胞器、分子甚至箭头等等。
2. 打开一张画布,添加信号通路中细胞膜,细胞器等基本骨架。
3. 选择所需要的蛋白分子,Pathway Builder Tool 2.0 提供了非常多的选择,如受体模型、分子模型、化学结构模型等,可以根据实际需要进行绘图。
4. 通路图中一般使用带箭头的连接线、虚线或者「T」字线,我们可以选中该连接线,添加到相应位置。
5. 根据参与的蛋白分子,输入相应名称。
6. 也可以在Background 中更改背景边框等相关信息。
7. 同时,这个软件自带很多经典通路的模板,比如NF-KB,JAK/STAT 通路的模板,在上面可以直接修改,非常方便。
8. 软件自带常用的人体肌肉系统、循环系统、神经系统等解剖图,附加器官模型、细胞种类,对于临床研究也很实用。