PubMed

一个或多个检索词(系统默认空格为AND检索)如：
placenta growth oxygen genbacev o 著者姓名,姓在前,名在后,如: smith ab


刊名，可输全称或MEDLINE认可的标准缩写形式如：
clin exp immunol

布尔逻辑运算式： (运算符须大写）如 ：



In process citation 提供MEDLINE尚未经规范处理的数 据。 获MeSH词后，再加入MEDLINE。 记录中[in process]的标记。
Publisher Supplied Citations 出版商直接向PubMed提供电子记录 包括MEDLINE未收录的部分记录

蛋白疏水 特性图
待检序列与库存 序列对排
Genoma Map viewer的主要功能

在所感兴趣的基因区域，获得基因组序列； 已知物理或遗传图谱数据，可用显示器在该 区域中查找代表疾病基因； 用显示器查找或显示、分析基因； 开发转录模型； 寻找基因家族成员； 查找基因编码蛋白质等。
引文匹配器 （Citation Matcher）:
输入题录信息，查找特定文献进行
补缺。 刊名要准确，缩写要标准 著者姓名大小写不敏感 如查找：Taiwan I Hsueh Hui Chih由 Chang PY（taiwan yi xue hui za zhi ) 撰写、 1975 发表文献的其他著者
(stem[ti] AND ("neurosciences"[MeSH Terms] OR neuroscience[Text Word]))

截词检索：treat* 强迫短语检索：“brca 1”（不再 自动转换匹配和扩展检索）



自动扩展检索 系统自动对主题词、副主题词进行 扩展检索，如： 输入“hypertension therapy,系统自 动将高血压的药物治疗、饮食疗法，
Stem
[ti] AND neuroscience
自动转换检索词（automatic term mapping）



自动对照规范词表,期刊名表，短语， 著者名索引, 依次寻找转换 短语寻找转换 单词转换 单词在上述四个字段寻找转换 在所 有字段中转换


如：输入stem[ti] AND neuroscience Details显示：
NCBI网站介绍 www.ncbi.nlm.nih.gov
National Center for Biotechnology Information NCBI网站简介





1988年，美国的参议员 Claude Pepper 发起 1988年11月4日通过立法建立国立生物技术信 息中心 NCBI的任务: 建立基于计算机的信息处理的关于分子生物学， 生物化学，和遗传学知识的存储和分析的自动 系统。并进行先进方法的研究。 促进生物技术研究者和医药治疗人员对数据库 和软件的使用。 促进全世界范围内的生物技术信息收集的合作

PubMed 与MEDLINE的区别



收录范围广：MEDLINE收录的部分生命 科学相关文章的非医学专业期刊（物理、 天文、化学等） 收录记录新：在MEDLINE数据标引前的 最新题录 文献类型全：提供电子原文链接（部分 免费）
二.PubMed 基本检索功能
在检索栏中输入:


保存检索策略


Details 中的URL ，可以让检索匹配的详 细策略放入检索框，该检索页面可以存 储入浏览器收藏夹。 Cubby 灰色栏中的功能按钮，存储在数 据库的个人文档中。
打印检索结果

1 浏览器打印（当前显示的网页） 2 show功能键，增加网页显示的记录数
3 保存后一起打印（word)
四.检索结果输出


显示检索结果 保存检索结果 保存检索策略 打印检索结果
显示字段选择（Display)



Abstract report:来源期刊、标题、著者、 著者地址、记录性质、文献类型、勘误、 评论、PMID或UI、摘要。 Citation Report: 显示除上述内容外，加 MeSH叙词、化学物质名称、资助项目 号等字段。 MEDLINE Report: (最完整，有标识符）
பைடு நூலகம்

Previw/index（检索策略预览）
浏览检索式 改变检索式 （可用检索式编号#1 OR #2） 浏览索引（index）


Index（索引字顺表）





选择限制字段 输入检索词（词根） 在字顺表中选择检索词 选用逻辑算符建立检索式 点击GO


History 检索式回顾 编辑检索式 如#3 AND child
期刊数据库 （Journal database）:

通过输入刊名、缩写名、等浏览期刊文 献。 提供电子原文的超链键。
临床问题 （Clinical Queries）:

专门检索临床研究方法学（循证医学） 文献，主要涉及治疗、诊断、病因、和 预后四个分类，并提供强调选择，即敏 感度（强调查全）或专指度（强调查 准）。
Details


显示检索词转换匹配运算详细过程 用途： 转换、确定规范词 如：liver cancer liver neoplasms 修改检索策略
修改检索策略


1.检索框中随时修改 2.“Limit” 、 “Preview/index”、 “History” “Details”功能键实现。

PubMed提供的个性化服务

使用MyNCBI需要先注册一个账号,并且 需登录才能使用。登录后,点击PubMed 主页左侧的MyNCBIHome,首次登录的账 号,还没有检索记录,即My Saved Data下 面Saved Search显示为“0”。
PubMed提供的个性化服务

要保存一个检索式,点击“0 Saved Searches”在 接下来的界面中点击超链接“Create Some Saved Searches”在进行PubMed检索后,点击检 索式输入框右侧的Save Search链接,这时又回 到My NCBI界面,然后给检索式命名(也可使用 默认名称),选择是否以E-mail接收该检索式的 自动更新文献;如果选择接收,还需要确认接收 的E-mail邮箱和更新周期,更新周期可以是每月、 每周或每天等 。
角化过度症 异常基因
PubMed提供的个性化服务
PubMed的个性化服务主要是通过MyNCBI来 实现, MyNCBI可以保存检索式,并且可以设置对 保存的检索式进行自动更新检索,将检索结果发送 到指定的E-mail信箱。MyNCBI还可以对检索结 果设定过滤器,设置外部链接LinkOut等服务选 项。
BioMedNet Evaluated Medline
(http://www.bmn.com)
Healthgate Medline
(http://www.healthgate.com)
PubMed

数据类型：期刊论文、综述、以
及与其他数据资源链接。


特点：
1.免费提供题录和文摘 2.可与提供原文的网址链接 (部分免费获取） 3. 提供检索词自动转换匹配 4. 操作简便、快捷
核酸序列报告
碱基数
原序列
蛋白质序列数据库


内容包括序列及功能信息、蛋白识别及 其他功能 SWISS-PROT （瑞士日内瓦大学）蛋白 质序列数据库 http://www.Expasy.ch
PIR 蛋白质序列信息资源库（美、德） http://www -nbrf.georgetown.edu/pir/
PubMed提供的个性化服务

MyNCBI的另一个重要功能是过滤器 (Filter)。过滤器是将用户感兴趣的检索 结果聚合起来以供用户浏览,如:有关检索 课题的综述、免费全文、最近半年的文 献等,均可设为过滤器,相当于给当前检索 式增加一个限定条件;
PubMed提供的个性化服务

也可以给检出记录设置一个外部机构所 提供资源的链接图标。一般来说,对于偶 尔才用到的限定条件,在检索式中直接添 加即可;而对于经常使用的限定条件,将其 设置为过滤器则比较方便 。
因特网上检索免费MEDLINE
一.历史与背景


INDEX MEDCUS MEDLARS ONLINE MEDLINE CD MEDLINE WEB
MDLINE Web (Free) 检索特点:
MEDLINE Web (FREE)


PubMed
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed)


五.获取原文及相关资源



1.联机获取原文（文摘中超链） 2.向NLM索取原文（order)（由 图书馆出面向成员馆订购） 3.相关文献查找（related article) 4.其他数据库资源（生物信息学 等）
六.其他检索



Mesh Database 功能： 确定规范检索词 查看词义注释、树状结构表 副主题词、扩展、主要主题词
Entrez的含义

Entrez是基于文本的科学文献检索体系， 是用于多种数据库的跨库检索平台
Entrez系统包含




PubMed—生物医学文献 Neccleotide—核苷酸序列数据库 Protein—蛋白质序列数据库 Structure—大分子三维结构 Genome—完整的基因组汇编 Popset—以DNA和Pro.分析生物间的进化关系 Taxonomy—分类学数据库 OMIM—孟德尔人类遗传学数据库 Books—生物医学网络版书 Probeset—基因表达选集 3D Domain—特定功能域三维结构
例：欲查SARS（严重急性呼吸窘迫症）是否有相 关规范词，什么时候在系统中建立该词，有关 治疗有无文献？
附加检索

引文匹配器（Citation Matcher） 期刊浏览器（Journal Browser） 临床问题（Clinical Queries） 临床警示（Clinical Alert）:
收录范围 1 MEDLINE 2 PreMEDLINE 3 Publisher supplied citations
数据收录



MEDLINE 4300余种生物医学期刊，内容涉及医学、 护理、牙科、兽医、健康保健系统、前 临床医学等学科。这些期刊来源于美国 和世界上70多个国家和地区。 文献量达1千1百万条记录，并回溯到 1966年。 [indexed for MEDLIEN]


显示记录选择 单一记录：著者姓名 所有记录：选格式、点按display 选定记录: 方框内打钩
输出格式选择（send to )


选中题录（或文摘）后——
Text当前网页文本格式 用浏览器文件保存 File所有记录文本格式 用对话框保存 Clipboad 剪贴板 允许存储1000条，多项检索后一起保存 Email: 通过邮件发送
NCBI生物信息整合系统 Entrez 用途


PubMed书目文献数据 获取GenBank, EMBL等数据库的核酸序列； 获取Swiss-port,PIR,PRF,PDB等蛋白质 序列；从核酸序列翻译到蛋白质的序列； 蛋白质三维结构数据及大分子模式 （MMDB）等其他生物信息数据库检索 获取基因组图谱信息
临床警示（Clinical Alert）:

1991年开始，NIH美国卫生健康研究所 不定期公布能引起死亡率和致病率升高 的临床试验项目重要新闻稿。
Pubmed习题


1 查找肾功能衰竭的饮食疗法的文献， 写出作者Rao M所写文献所涉及的化学 物质 2 已知：第一作者是Challis DE,出处是 Pediatric Research,2000,47(3):309~15。 要求写出其他合著者
三.PubMed的辅助检索功能






Limits（检索限制选择） 字段限制：著者、刊名、篇名、滤过（filter原 文收藏处）等 数据输入时间：默认检索可回溯到1966年， 限制选择30天-10年 7种文献类型限制： 7种语种： 12种子文档：(01年新增2种Space Life Sciences and Bioethics ）