分子检测实验室设置、人员及质量管理体系建立要求-肖艳群

（八） 严重违反国家实验室生物安全有关规定或不具备实验室生物安全保障条件的
国家相关技术指南

测序技术的个体化医学检测应用指南（试行） 遗传性相关个体化医学检测应用指南（试行） 肿瘤个体化治疗检测应用指南（试行）



孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断技术规范
实验室建设

硬件
实验室设置
实验室设备
《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》
第二十条 医疗机构临床基因扩增检验实验室出现以下情形之一的，由省级卫生行政部门责令其 停止开展临床基因扩增检验项目，并予以公告： （一） 开展的临床基因扩增检验项目超出省级卫生行政部门核定范围的 （二） 使用未经国家食品药品监督管理局批准的临床检验试剂开展临床基因扩增检验的 （三） 在临床基因扩增检验中未开展实验室室内质量控制的 （四） 在临床基因扩增检验中未参加实验室室间质量评价的 （五） 在临床基因扩增检验中弄虚作假的 （六） 以科研为目的的基因扩增检验项目向患者收取费用的 （七） 使用未经培训合格的专业技术人员从事临床基因扩增检验的
•
•

NGS实验室设置原则：工作有序、互不干扰、防止污染、报告及时
普通PCR实验室
产物分析区
扩增区
标本制备区
试剂准备区
缓冲区
缓冲区
缓冲区
缓冲区 工作流向
注意事项：各区有独立的缓冲区 各区都有水池 各区有独立的通风系统（建议有窗户的房间为PCR实验室） 标本制备区有冲眼器和生物安全柜
产前筛查与产前诊断（全基因组低拷贝测序技术）
历及能力记录档案，并定期更新，内容包括： a)证书或执照复印件 b)教育或以前的工作资料 c)职务说明 d)继续教育记录 e)能力评估等
质量管理体系

质量管理体系如何建立？

文件和记录如何管理？
质量管理体系建立

作用
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建立并保持质量管理体系有效运行的重要基础
质量 手册 程序文件
•
规范各项工作，保证工作质量

Why：目的 Where：范围 Who：职责 What：做什么




When：何时做
How：如何做

注意：适合自身实际情况，可操作性 现行有效 做、写、记一致
操作规程

项目：（1）项目名称、检验方法名称；（2）方法学原理；（3）试剂品牌、代号、包装 规格、内含物；（4）仪器品牌、型号；（5）具体操作步骤（包括主要的仪器测定参数）； （6）质控品使用方法、使用水平和频率、质控规则；（7）操作性能概要，如精密度、正 确度、线性范围、可报告范围、灵敏度、特异性、方法的局限性（如干扰物质等）、操作

内容：质量手册、程序文件、操作规程、记录

依据：基于标准文件、实验室实验工作经验积累
操作规程
记录
质量体系建立
1.组织和人员管理方面的文件，应包括实验室各类人 员的岗位职责、岗位培训、继续教育以及定期考核 2.环境、设施及安全管理 3.仪器、设备的采购、验收、使用、维修、校准 4.检验试剂及其他相关消耗品的采购、验收、保管、 领用及使用 5.样品的采集、运送、接收、处理及保存 6.检验方法的选择、确认或验证 7.检验项目及仪器设备标准操作程序的建立和管理 8.检验结果质量保证 9.检验报告管理的规定。 10.记录的管理文件或程序 11.对差错事故及不符合工作的纠正及预防措施 12.对服务对象投诉处理



其他：实验室通风、生物安全柜等要求参照普通PCR实验室
空间要求

实验室空间足以保证：标本处置符合分析前、后样本分区放置、仪
器放置符合维修和操作要求、打印检验报告时交叉污染的控制

标本接收区建议放在四个区域以外的房间

开展基于组织的分子病理项目宜有独立的切片制备和前处理（脱蜡、
水化）区域 。脱蜡、水化应在通风设施中进行。有防止切片时造成 标本污染措施（有独立的前处理区、不同患者标本更换新的刀片）
分子检测实验室设置、人员及质量 管理体系建立要求
上海市临床检验中心 肖艳群

医疗机构临床实验室管理办法 卫医发〔2006〕73号

医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法 卫办医政发〔2010〕194号
《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》

总则
第二条 临床基因扩增检验实验室是指通过扩增检测特定的DNA或RNA，进行疾 病诊断、治疗监测和预后判定等的实验室，医疗机构应当集中设置，统一 管理。 第三条 本办法适用于开展临床基因扩增检验技术的医疗机构。 第五条 以科研为目的的基因扩增检验项目不得向临床出具检验报告，不得向患者 收取任何费用。
《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》

第四章 实验室监督管理
第十八条 省级以上卫生行政部门指定机构对室间质量评价不合格的医疗机构临床基 因扩增检验实验室提出警告。
对于连续2次或者3次中有2次发现临床基因扩增检验结果不合格的医疗机构临床
基因扩增检验实验室，省级卫生行政部门应当责令其暂停有关临床 基因扩增检验项 目，限期整改。整改结束后，经指定机构组织的再次技术审核合格后，方可重新开展 临床基因扩增检验项目。
工作区域要求

实验室各分区应配置固定和移动紫外线灯，波长为 254nm，照射时离 实验台的高度一般为 60～90cm

样品制备区应配置二级生物安全柜和洗眼器，实验室附近应有喷淋装置
储存设施要求

用以保存临床样品和试剂的设施应设置目标温度和允许范围，并记录。 实验室应有温度失控时的处理措施并记录
实验室环境
岗；或有NGS技术服务行业从事数据分析工作经验（有详细记录或证 明资料）
岗位描述

实验室应至少具有 2 名本单位在职检验/检查人员。

开展遗传性疾病或基于组织、细胞等分子病理并出具诊断报告的实验
室，应至少具有1名具备出具相关诊断报告资质的医师。
人员管理

应建立分子诊断技术人员相关的教育背景、专业资格、培训、经

各工作区域应有明确的标记 进入和使用实验室各区域应有明确的限制和措施，防止患者和其 他非相关人员的随意进出


实验室应根据所用仪器和检测过程对环境温、湿度的要求，规定 实验室温、湿度允许范围，有效实施监控，并有记录
实验室工作要求

进入各工作区域应按照单一方向进行
不同工作区域内的设备、物品不得混用 不同的工作区域宜使用不同的工作服，工作人员离开各工作区域时不 得将工作服带出

签发分子遗传报告的医师：至少具有中级遗传学专业技术职务任职资格， 并有从事分子遗传工作的经历
NGS实验室人员要求

NGS检测实验室管理和技术人员：专业、学术水平、教育培训情况需
符合要求

NGS实验室技术人员：需有PCR上岗证，且应接受NGS技术的理论与 实验培训，经考核合格后方可上岗

NGS数据分析人员：应参与NGS数据分析培训，并考核合格后方可上

第二章 实验室审核和设置
《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》

第三章 实验室质量管理
第十四条 医疗机构临床基因扩增检验实验室人员应当经省级以上卫生行政部门指 定机构技术培训合格后，方可从事临床基因扩增检验工作。
第十五条 医疗机构临床基因扩增检验实验室应当开展实验室室内质量控制，参加 卫生部临床检验中心或指定机构组织的实验室室间质量评价。室间质量 评价结果及时通报医疗机构和相应省级卫生行政部门。
SOP源于一些标准文件和实验室实验工作经验的积累 SOP应包括试剂准备（试剂来源及配制）、样品采集、样品接收与预处 理、核酸提取、测序方法和参数、测序仪器操作、生物信息学算法/软 件包和流程、结果分析和报告、实验室安全措施等
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NGS项目SOP编写要求


描述检测项目分析靶区域（例如，多基因组合、外显子组、全基因组、染色体非整倍性等）

软件
人员资质、能力 质量管理体系建立
质量管理体系Hale Waihona Puke Baidu施

实验室信息管理系统
实验室设置

普通PCR实验室设置原则上分为四个区：试剂准备区、标本制备区、扩增区、产
物分析区
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如使用全自动扩增分析仪，后两区可合并 如使用核酸提取、扩增和产物分析一体化的全自动分析系统，后三区可合并 具体实验室分区应根据其所使用的技术平台及检验项目和工作量而定

包括标本接收、报告发放流程

定期评估检验项目、检验结果输入、输出一致性
人员资质

实验室负责人：至少具有中级专业技术职称、医学检验或相关专业背景。 有从事分子诊断工作的经历

实验室操作人员：具备相关资质并经过有资质的培训机构培训合格取得上 岗证后方可上岗

签发分子病理报告的医师：至少具有中级病理学专业技术职务任职资格， 并有从事分子病理工作的经历



工作结束后，必须立即对工作区进行消毒。可使用可移动紫外灯在工 作完成后调至实验台上60～90cm内照射

实验室的清洁应当按试剂贮存和准备区→标本制备区→扩增区→扩增 产物分析区的方向进行

有消毒和清洁相关的记录
实验室工作要求

实验室所有操作应符合《实验室生物安全通用要求》 标本处理需在生物安全柜内进行，对具有潜在传染危险性的材料，必 须在生物安全柜内开盖
测序区
文库扩增 与检测区
标本与文 库制备区
试剂准备区
缓冲区
缓冲区
缓冲区 工作流向
缓冲区

标本与文库制备区：血浆分离、DNA提取、末段修复与纯化、加“A”与纯化、接头连接与纯 化 文库扩增与检测区：PCR扩增与纯化、文库浓度检测、pooling 、pooling后文库定量 测序区：测序前准备（乳液PCR及磁珠富集）、测序上机、信息分析、报告审核及发放




数据分析、报告发放
遗传病诊断+肿瘤诊断与治疗
（杂交捕获测序技术+Sanger测序验证）
电泳区 测序区 文库检测区 文库扩增区 杂交铺获区 DNA打断区 标本与文 库制备区 试剂准备 区
（扩增二区） （扩增一区）
缓冲区
缓冲区
缓冲区
缓冲区
缓冲区
缓冲区
缓冲区
缓冲区
标本与文库制备区：DNA提取及检测、纯化测OD、末端修复与纯化、加“A”与纯化、Adapter连接与纯化 杂交捕获区：Pre-Captured-PCR与纯化 、OD值检测及pooling、杂交、洗脱与纯化 文库扩增与检测区：Post-Captured-PCR与纯化、Pooling及文库定量检测 测序区：测序前准备（C-Bot制备)、测序仪上机 数据分析、结果解读、Sanger验证、报告发放 Sanger测序验证 标本与文库制备区：DNA提取与检测、目的片段PCR反应准备 扩增一区：目的片段扩增与纯化、测序PCR前准备 电泳区：电泳 扩增二区：测序PCR扩增与纯化 测序仪上机、结果分析与解读、报告发放


所有经过检测的反应管不得在扩增区打开

凝胶电泳、杂交、测序等应在产物分析区进行，应注意此区扩增产物
的污染

实验室应严格管理实验标本，医疗废弃物应按《医疗废弃物管理条例》
进行管理
实验室信息系统

建立信息系统管理制度，制订计算机（办公用除外）和计算机网 络使用权限、登陆密码、维护的规定，有计算机安全保密和病毒 防范的要求，并定期备份计算机数据，保证信息安全和完整。

NGS实验室设计注意事项

电泳区：DNA提取、DNA纯化后大小检定等步骤需用电泳，单独成区，但不 同的检测项目可共用

测序区：应根据使用仪器要求设定温、湿度 分区设置可根据自动化仪器设备做适当区间整合 无创产前筛查实验室，因血浆提取为胎儿微量DNA，为防止污染，不能与其 他项目的标本制备区共用
描述检测项目可以适用的样品类型（例如外周血、血浆、FFPE石蜡标本），并指明本项目建 立和验证过程中所采用的样品类型 核酸提取和文库构建的方法和试剂 靶区域（例如多基因组合、外显子组）捕获的方法和试剂 湿实验分析过程的对照与设置方法 测序平台、测序反应的试剂或耗材的版本（例如反应池/flow cells、芯片） 测序设备上用于产生原始数据及输出格式（如fastq文件）的软件和版本号 监控和评估测序过程的指标和质量控制参数 分析流程的接受和拒绝标准（例如，如果测序覆盖度不能达到特定检测项目的最低要求，采 用NGS进行靶向区域测序的结果就可能存在假阳性或假阴性，从而与后续的Sanger测序验 证结果不符，因此就需要对于这类项目建立可以接受的靶向区域覆盖度标准 ）
注意事项；（8）参考值或参考范围；（9）临床意义；（10）病人准备、标本要求；
（11）参考文献；（12）编写者和日期；（13）科主任对每个项目操作规程的签字认可， 确定生效日期。

仪器设备：使用、维护保养、校准等内容
NGS项目SOP编写要求

实验室必须为每一个NGS检测项目建立齐全和规范的SOP
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植入前胚胎遗传学诊断（全基因组低拷贝测序）
电泳区
测序区
文库检测区
扩增一区
WGA制备区
试剂准备区
缓冲区
缓冲区
缓冲区
缓冲区
缓冲区 工作流向
缓冲区

WGA制备区：全基因组扩增

电泳区：DNA检测及结果反馈、DNA打断
扩增一区：末端修复及纯化、加“A”与纯化、接头连接与纯化、pooling 、缺口平移 文库检测： 测序区：扩增前准备（乳液PCR及磁珠富集）、测序仪上机