蛋白结构数据库PPT课件

残基间化学键 氢键 盐桥 顺势残基 特性位点 晶胞参数 直角－PDB坐标 直角部分结晶学坐标 非晶相对称 转换因子
.
25
MODEL ATOM SIGATM ANISOU
多亚基时显示亚基号 标准基团的原子坐标 标准差 温度因子
SIGUIJ
各种温度因素导致的标准差
TER HETATM
链末端 非标准基团原子坐标
4.3 蛋白质结构数据库
.
1
目录
4.3.1 PDB数据库 4.3.2 MMDB数据库 4.3.3 SCOP数据库 4.3.4 DSSP数据库
.
2
引言
4.3.1 PDB数据库
1.简介
美国Brookhaven实验室1971年建立的大
分子结构数据库PDB 蛋白质晶体结构资 料数据库 (Protein Data Bank)。
ENDMDL
亚基结束
CONECT
原子间的连通性有关记录
MASTER
版权拥有者
END
文件结束
.
26
6.结构模型显示软件 RasMol
RasMol是一个进行分子三维立体结构显示 的软件，可以非常方便地观察蛋白质、核酸以 及一些小分子的三维结构，并在自己的个人电 脑上，以各种模式、各种角度，甚至按照自己 的意愿旋转，观察此分子的微观三维立体结构， 进而了解化合物分子结构和各种微观性质与宏 观性质之间的定量关系。
PDB数据库的维护由结构生物信息学研 究合作组织（Research Collaboration for Structural Bioinformatics, RCSB）负责。
.
4
2.数据来源
通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振， 电子显微镜方法等）测定的生物大分子的三 维结构。
主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、 糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。
(5)单击左侧目录中的Download Files下载不同格式和内容 的文件；或下载FASTA序列文件；也可单击1adz 右侧 的Download PDB file 图标下载PDB文件(1adz.pdb)。
.
12
生物学与化学标签
.Байду номын сангаас
13
方法标签
.
14
序列标签
.
15
几何形状标签
.
16
摘要标签
.
17
例2：查询“人calmodulin (钙调素蛋白：一种钙结 合蛋白)”
(1)登陆PDB网站
(2)单击Advanced search→将Structure Title 限制为 human和calmodulin →单击Evaluate Query
(3)得到多个结构数据，其中“PDB ID = 1GGZ”的搜 索结果最符合要求，是人上皮细胞中的钙调素样 蛋白，单击此ID，进入1GGZ的具体界面。
.
10
.
11
数据查看：
(3)分别单击标签Biology & Chemistry生物学和化学， Materials & Methods材料和方法，Sequence Details细 分序列，Geometry几何形态，观察数据信息。也可以 单击Help查看帮助文件。
(4)回到Structure Summary组织摘要，标签，在右侧的 Images and Visualization区域可以观察蛋白的三维结构， 可以单击KiNG，Jmol，WebMol等查看三维结构。
.
27
例如：在RasMol软件下观察1GGZ.pdb结构
(1)下载并安装RasMol 2.7.3.1 （http://www.rasmol.org/software/rasmol/ ）
(2)单击开始→程序→Raswin→Raswin，运行RasMol。
PDB和它的镜像站点提供每个PDB记录 的查询，可按一些专门的查询项目（如提交 数据、作者姓名、结构表达）进行检索。
.
9
例1：查询“PDB ID = 1ADZ”的结构数据 (1)登陆PDB网站 http://www.rcsb.org/pdb/ (2)在上方的搜索栏选中“PDB ID or
keyword ” ，在文本框中输入“1ADZ”， 单击Site Search按钮，出现结果。
.
18
电子教程
5.数据结构
PDB中对于每一个结构记录，包含名 称、参考文献、序列、一级结构、二级结构 和原子坐标等信息。
每条记录有两种序列信息，一种是显式 序列信息(explicit sequence)，一种是隐式序 列信息(implicit sequence)。
.
20
在PDB文件中，以关键字SEQRES作为 显式序列标记，以该关键字打头的每一行都 是关于序列的信息；PDB的隐式序列即为立 体化学数据，包括每个原子的名称和原子的 三维坐标。
JRNL REMARK 1 REMARK 2 REMARK 3 REMARK 4
DBREF SEQADV
结构测定者 修订日期及相关内容 已撤销或更改的相关记录 发表坐标集的文献 有关文献 最大分辨率 用到的程序和统计方法 其他注解 其他序列库的有关记录 PDB与其它记录的出入
.
23
SEQRES MODRES
.
5
3.数据统计
截止2008年4月，PDB数据库已含有 50277 个结构数据，其中约93%是蛋白质的 结构。
.
6
Other 包括 proteins nucleicacids complexes X-ray NMR Microscopy
4.数据查询
PDB中的记录有唯一的PDB-ID，包括4 个字符串，可由大写字母A~Z和数字0~9组 合而成。
HET HETNAM HETSYN FORMUL
HELIX SHEET TURN SSBOND
残基序列 对标准残基的修饰 非标准残基 非标准残基的化学名称 非标准残基的同义字 非标准残基化学式 螺旋 折叠 转角 有二硫键存在
.
24
LINK HYDBND SLTBRG CISPEP
SITE CRYST1 ORIGXn SCALEn MTRIXn TVECT
.
21
PDB数据库的详细字段说明如下：
HEADER OBSLTE TITLE CAVEAT COMPND SOURCE KEYWDS EXPDTA
分子类，公布日期，ID号 注明该ID号已改为新号 说明试验方法类型 可能的错误提示 化合物分子组成 化合物来源 关键词 测定结构所用的试验方法
.
22
AUTHOR REVDAT SPRSDE