普通PCR技术简介
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聚合酶链式反应 链式反应（ 聚合酶链式反应（PCR）
简述
内容
• 发展简史 • 定义 • 应用 • 特点 • 技术原理 • 反应体系与反应条件 • 反应条件的选择 • PCR反应分类
发展简史
• 20世纪60年代末70年代初，人们致力于研究基因的体外分离技术。Khorana 于1971年最早提出核酸体外扩增的设想。但是，当时的基因序列分析方法尚 未成熟，对热具有较强稳定性的DNA聚合酶还未发现。 • 1985年，美国科学家Kary Mullis发明了PCR技术，并在Science杂志上发表了 关于PCR技术的第一篇学术论文。从此，PCR技术得到了生命科学界的普遍 认同，Kary Mullis也因此而获得1993年的诺贝尔化学奖。 • 1988年初，Keohanog通过对所使用的酶的改进，提高了扩增的真实性。尔 后，Saiki等人又从生活在温泉中的水生嗜热杆菌内提取到一种耐热的DNA聚 合酶，使得PCR技术的扩增效率大大提高。
•
引物： 引物：引物质量、引物的浓度、两条引物的浓度是否对称，是PCR失败或扩增条带 不 理想、容易弥散的常见原因。有些批号的引物合成质量有问题，两条引物一条 浓度 高，一条浓度低，造成低效率的不对称扩增，对策为：①选定一个好的引物 合成单 位。②引物的浓度不仅要看OD值，更要注重引物原液做琼脂糖凝胶电泳， 一定要有引物条带出现，而且两引物带的亮度应大体一致，如一条引物有条带， 一条引物无条带，此时做PCR有可能失败，应和引物合成单位协商解决。如一条引 物亮度高，一条亮度低，在稀释引物时要平衡其浓度。③引物应高浓度小量分装 保存，防止多次冻融或长期放冰箱冷藏部分，导致引物变质降解失效。④引物设 计不合理，如引物长度不够，引物之间形成二聚体等。
工作步骤
PCR反应的基本过程 反应的基本过程 标准的PCR过程分为三步： 过程分为三步： 标准的 过程分为三步 • 1.DNA变性（90℃-96℃）：双链DNA模板在热作用下， 氢键断裂，形 成单链DNA • 2.退火（复性）（40℃-65℃）：系统温度降低，引物与 DNA模板结合， 形成局部双链。 • 3.延伸（68℃-75℃）：在Taq酶（在72℃左右最佳的活 性）的作用下， 以dNTP为原料，从引物的5′端→3′ 端延 伸，合成与模板互补的 DNA链。 • 每一循环经过变性、退火和延伸，DNA含量既增加一倍。
反应体系与反应条件
标准的PCR反应体系： 反应体系： 标准的 反应体系 • • • • • • • 10×扩增缓冲液10ul 4种dNTP混合物各200umol/L 引物各10～100pmol 模板DNA0.1～2ug TaqDNA聚合酶2.5u Mg2+1.5mmol/L 加双或三蒸水至100ul
应用 • 用于基因分离、克隆和核酸序列分析等基 础研究，定性判核酸含量； • 用于疾病的诊断或任何与DNA、RNA相关。
反应特点
• • • • 特异性强 灵敏度高 简便、快速 对标本的纯度要求低
特异性强
PCR反应的特异性决定因素为： 反应的特异性决定因素为： 反应的特异性决定因素为 •
• • • ①引物与模板DNA特异正确的结合； ②碱基配对原则； ③Taq DNA聚合酶合成反应的忠实性； ④靶基因的特异性与保守性。
③延伸温度与时间：Taq DNA聚合酶的生物学活性： 延伸温度与时间： • • • • • 70～80℃ 150核苷酸/S/酶分子 70℃ 60核苷酸/S/酶分子 55℃ 24核苷酸/S/酶分子 高于90℃时， DNA合成几乎不能进行。 PCR反应的延伸温度一般选择在70～75℃之间，常用温度为72℃， 过高的延伸温度不利于引物和模板的结合。
• ①变性温度与时间：变性温度低，解链不完全是导致PCR失败的最主 变性温度与时间： 要原因。一般情况下，93℃～94℃1min足以使模板DNA变性，若低于 93℃则需延长时间，但温度不能过高，因为高温环境对酶的活性有影 响。此步若不能使靶基因模板或PCR产物完全变性，就会导致PCR失败。 • ②退火(复性 温度与时间：退火温度是影响PCR特异性的较重要因素。 复性)温度与时间 退火 复性 温度与时间： 变性后温度快速冷却至40℃～60℃，可使引物和模板发生结合。由于 模板DNA 比引物复杂得多，引物和模板之间的碰撞结合机会远远高于 模板互补链之间的碰撞。退火温度与时间，取决于引物的长度、碱基 组成及其浓度，还有靶基序列的长度。对于20个核苷酸，G+C含量约 50%的引物，55℃为选择最适退火温度的起点较为理想。
灵敏度高
• PCR产物的生成量是以指数方式增加的，能将皮克(pg=10-12)量级的起始待测模板扩增到 微克(μg=10-6)水平。能从100万个细胞中检出一个靶细胞；在病毒的检测中，PCR的灵敏度可 达3个RFU(空斑形成单位)；在细菌学中最小检出率为3个细菌。
简便、 简便、快速
• PCR反应用耐高温的Taq DNA聚合酶，一次性地将反应液加好后，即在DNA扩增液和水浴 锅上进行变性-退火-延伸反应，一般在2～4 小时完成扩增反应。扩增产物一般用电泳分析， 不一定要用同位素，无放射性污染、易推广。
定义：Polymerase Chain Reaction， 简称PCR，又称无细胞分子克
隆或特异性DNA序列体外引物定向酶促扩增技术。 •聚合酶链式反应(PCR)是体外酶促合成特异DNA片段的一种方法,由高温变 性、低温退火（复性）及适温延伸等几步反应组成一个周期,循环进行,使 目的DNA得以迅速扩增。
酶及其浓度
• Taq DNA聚合酶供应 一种是从栖热水生杆菌中提纯的天然酶，另一种为 聚合酶供应: 聚合酶供应 大肠菌合成的基因工程酶。 • dNTP的质量与浓度 dNTP的质量与浓度和PCR扩增效率有密切关系，dNTP 的质量与浓度: 的质量与浓度 粉呈颗粒状，如保存不当易变性失去生物学活性。dNTP溶液呈酸性，使 用时应配成高浓度后，以1M NaOH或1M Tris-HCL的缓冲液将其PH调节到 7.0～7.5，小量分装， -20℃冰冻保存。多次冻融会使dNTP降解。在PCR反 应中，dNTP应为50～200umol/L，尤其是注意4种dNTP的浓度要相等( 等摩 尔配制)，如其中任何一种浓度不同于其它几种时(偏高或偏低)，就会引起 错配。浓度过低又会降低PCR产物的产量。dNTP能与Mg2+结合，使游离 的Mg2+浓度降低。
Fra Baidu bibliotek
• 模板(靶基因 核酸: 模板核酸的量与纯化程度，是PCR成败与否的关 模板 靶基因)核酸 靶基因 核酸 键环节之一，传统的DNA纯化方法通常采用SDS和蛋白酶K来消化处理 标本。 • Mg2+浓度 Mg2+对PCR扩增的特异性和产量有显著的影响，在一般 浓度: 浓度 的PCR反应中，各种dNTP浓度为200umol/L时，Mg2+浓度为1.5～ 2.0mmol/L为宜。Mg2+浓度过高，反应特异性降低，出现非特异扩增， 浓度过低会降低Taq DNA聚合酶的活性，使反应产物减少。
PCR反应条件的选择 反应条件的选择
PCR反应条件为温度、时间和循环次数 温度、 环次数。 温度
• 温度与时间的设置： 基于PCR原理三步骤而设置变性-退火-延伸 温度与时间的设置： 三个温度点。在标准反应中采用三温度点法，双链DNA在90～ 95℃变性，再迅速冷却至40 ～60℃，引物退火并结合到靶序列 上，然后快速升温至70～75℃，在Taq DNA 聚合酶的作用下， 使引物链沿模板延伸。对于较短靶基因(长度为100～300bp时) 可采用二温度点法， 除变性温度外、退火与延伸温度可合二为 一，一般采用94℃变性，65℃左右退火与延伸(此温度Taq DNA 酶仍有较高的催化活性)。
电泳检测时间
• 一般为48h以内，有些最好于当日电泳检测，大于48h后带型不规则甚 至消失。假阴性，不出现扩增条带 。
PCR失败原因
• PCR反应的关键环节有①模板核酸的制备，②引物的质量与特异性，③酶的质量及， ④PCR循环条件。寻找原因亦应针对上述环节进行分析研究。 • 模板：①模板中含有杂蛋白质，②模板中含有Taq酶抑制剂，③模板中蛋白质没有 模板 消 化除净，特别是染色体中的组蛋白，④在提取制备模板时丢失过多，或吸入酚。 ⑤模 板核酸变性不彻底。在酶和引物质量好时，不出现扩增带，极有可能是标本 的消化处 理，模板核酸提取过程出了毛病，因而要配制有效而稳定的消化处理液， 其程序亦应 固定不宜随意更改。 • 酶失活：需更换新酶，或新旧两种酶同时使用，以分析是否因酶的活性丧失或不 酶失活 够而 导致假阴性。需注意的是有时忘加Taq酶或溴乙锭。
4、循环中的变性步骤 • 循环中一般95℃，30秒足以使各种靶DNA序列完全变性： • 变性时间过长损害酶活性，过短靶序列变性不彻底，易造成扩增失败。 5、循环数 • 大多数PCR含25-35循环，过多易产生非特异扩增。 PCR 25-35 6、最后延伸 • 在最后一个循环后，反应在72℃维持5-15分钟．使引物延伸完全，并 使单链产物退火成双链。
对标本的纯度要求低
• 不需要分离病毒或细菌 细菌及培养细胞，DNA 粗制品及RNA均可作为扩增模板。可直接用临 细菌 床标本如血液、体腔液、洗嗽液、毛发、细胞、活组织等DNA扩增检测。
技术原理
• DNA的半保留复制 半保留复制是生物进化和传代的重要途径。双链DNA在多种酶 半保留复制 的作用下可以变性解链成单链，在DNA聚合酶与启动子的参与下，根 据碱基互补配对原则复制成同样的两分子挎贝。 • 在聚合酶链式反应实验中发现，DNA在高温 高温时也可以发生变性解链 变性解链， 高温 变性解链 当温度降低后又可以复性成为双链。因此，通过温度变化控制DNA的 变性和复性，并设计引物做启动子，加入DNA聚合酶、dNTP就可以完 成特定基因的体外复制。（ DNA高温变性低温复性） （ 高温变性低温复性） 高温变性低温复性 • 发现耐热 耐热DNA聚合同酶 聚合同酶--Taq酶对于PCR的应用有里程碑的意义，该酶 耐热 聚合同酶 酶 可以耐受90℃以上的高温而不失活，不需要每个循环加酶，使PCR技 术变得非常简捷、同时也大大降低了成本，PCR技术得以大量应用， 并逐步应用于临床。
循环参数
1、预变性（Initial denaturation）． • 模板DNA完全变性对PCR能否成功至关重要，一般95℃加热3-5分钟。 2、引物退火（Primer annealing） • 退火温度一般需要凭实验（经验）决定。 • 退火温度对PCR的特异性有较大影响。 3、引物延伸 • 引物延伸一般在72℃进行（Taq酶最适温度）。 • 延伸时间随扩增片段长短及所使用Taq酶的扩增效率而定。
普通PCR反应流程
反应原理
PCR循环
与荧光定量PCR技术相比较 主要缺点
常规PCR结合电泳分析方法的缺点： 结合电泳分析方法的缺点：
只能对终产物进行分析，无法对起始模版准确定量 必须在扩增反映结束后借助电泳方法分析，费时费事 无法对扩增反应实时检测 EB有毒
反应五要素 五种即引物、 五种即引物、酶、dNTP、模板和 、模板和Mg2+ • 引物： 引物是PCR特异性反应的关键，PCR 产物的 引物： 特异性取决于引物与模板DNA互补的程度。理论上， 只要知道任何一段模板DNA序列， 就能按其设计互 补的寡核苷酸链做引物，利用PCR就可将模板DNA在 体外大量扩增。
设计引物应遵循以下原则： 设计引物应遵循以下原则 • • • ①引物长度： 15-30bp，常用为20bp左右。 ②引物扩增跨度： 以200-500bp为宜，特定条件下可扩增长至10kb的片段。 ③引物碱基：G+C含量以40-60%为宜，G+C太少扩增效果不佳，G+C过多易出现非 特异条带。ATGC最好随机分布，避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。 • ④避免引物内部出现二级结构，避免两条引物间互补，特别是3'端的互补，否则 会形成引物二聚体，产生非特异的扩增条带。 • ⑤引物3'端的碱基，特别是最末及倒数第二个碱基，应严格要求配对，以避免因 末端碱基不配对而导致PCR失败。 • ⑥引物中有或能加上合适的酶切位点， 被扩增的靶序列最好有适宜的酶切位点， 这对酶切分析或分子克隆很有好处。 • ⑦引物的特异性：引物应与核酸序列数据库的其它序列无明显同源性。引物量： 每条引物的浓度0.1～1umol或10～100pmol，以最低引物量产生所需要的结果为好， 引物浓度偏高会引起错配和非特异性扩增，且可增加引物之间形成二聚体的机会。
简述
内容
• 发展简史 • 定义 • 应用 • 特点 • 技术原理 • 反应体系与反应条件 • 反应条件的选择 • PCR反应分类
发展简史
• 20世纪60年代末70年代初，人们致力于研究基因的体外分离技术。Khorana 于1971年最早提出核酸体外扩增的设想。但是，当时的基因序列分析方法尚 未成熟，对热具有较强稳定性的DNA聚合酶还未发现。 • 1985年，美国科学家Kary Mullis发明了PCR技术，并在Science杂志上发表了 关于PCR技术的第一篇学术论文。从此，PCR技术得到了生命科学界的普遍 认同，Kary Mullis也因此而获得1993年的诺贝尔化学奖。 • 1988年初，Keohanog通过对所使用的酶的改进，提高了扩增的真实性。尔 后，Saiki等人又从生活在温泉中的水生嗜热杆菌内提取到一种耐热的DNA聚 合酶，使得PCR技术的扩增效率大大提高。
•
引物： 引物：引物质量、引物的浓度、两条引物的浓度是否对称，是PCR失败或扩增条带 不 理想、容易弥散的常见原因。有些批号的引物合成质量有问题，两条引物一条 浓度 高，一条浓度低，造成低效率的不对称扩增，对策为：①选定一个好的引物 合成单 位。②引物的浓度不仅要看OD值，更要注重引物原液做琼脂糖凝胶电泳， 一定要有引物条带出现，而且两引物带的亮度应大体一致，如一条引物有条带， 一条引物无条带，此时做PCR有可能失败，应和引物合成单位协商解决。如一条引 物亮度高，一条亮度低，在稀释引物时要平衡其浓度。③引物应高浓度小量分装 保存，防止多次冻融或长期放冰箱冷藏部分，导致引物变质降解失效。④引物设 计不合理，如引物长度不够，引物之间形成二聚体等。
工作步骤
PCR反应的基本过程 反应的基本过程 标准的PCR过程分为三步： 过程分为三步： 标准的 过程分为三步 • 1.DNA变性（90℃-96℃）：双链DNA模板在热作用下， 氢键断裂，形 成单链DNA • 2.退火（复性）（40℃-65℃）：系统温度降低，引物与 DNA模板结合， 形成局部双链。 • 3.延伸（68℃-75℃）：在Taq酶（在72℃左右最佳的活 性）的作用下， 以dNTP为原料，从引物的5′端→3′ 端延 伸，合成与模板互补的 DNA链。 • 每一循环经过变性、退火和延伸，DNA含量既增加一倍。
反应体系与反应条件
标准的PCR反应体系： 反应体系： 标准的 反应体系 • • • • • • • 10×扩增缓冲液10ul 4种dNTP混合物各200umol/L 引物各10～100pmol 模板DNA0.1～2ug TaqDNA聚合酶2.5u Mg2+1.5mmol/L 加双或三蒸水至100ul
应用 • 用于基因分离、克隆和核酸序列分析等基 础研究，定性判核酸含量； • 用于疾病的诊断或任何与DNA、RNA相关。
反应特点
• • • • 特异性强 灵敏度高 简便、快速 对标本的纯度要求低
特异性强
PCR反应的特异性决定因素为： 反应的特异性决定因素为： 反应的特异性决定因素为 •
• • • ①引物与模板DNA特异正确的结合； ②碱基配对原则； ③Taq DNA聚合酶合成反应的忠实性； ④靶基因的特异性与保守性。
③延伸温度与时间：Taq DNA聚合酶的生物学活性： 延伸温度与时间： • • • • • 70～80℃ 150核苷酸/S/酶分子 70℃ 60核苷酸/S/酶分子 55℃ 24核苷酸/S/酶分子 高于90℃时， DNA合成几乎不能进行。 PCR反应的延伸温度一般选择在70～75℃之间，常用温度为72℃， 过高的延伸温度不利于引物和模板的结合。
• ①变性温度与时间：变性温度低，解链不完全是导致PCR失败的最主 变性温度与时间： 要原因。一般情况下，93℃～94℃1min足以使模板DNA变性，若低于 93℃则需延长时间，但温度不能过高，因为高温环境对酶的活性有影 响。此步若不能使靶基因模板或PCR产物完全变性，就会导致PCR失败。 • ②退火(复性 温度与时间：退火温度是影响PCR特异性的较重要因素。 复性)温度与时间 退火 复性 温度与时间： 变性后温度快速冷却至40℃～60℃，可使引物和模板发生结合。由于 模板DNA 比引物复杂得多，引物和模板之间的碰撞结合机会远远高于 模板互补链之间的碰撞。退火温度与时间，取决于引物的长度、碱基 组成及其浓度，还有靶基序列的长度。对于20个核苷酸，G+C含量约 50%的引物，55℃为选择最适退火温度的起点较为理想。
灵敏度高
• PCR产物的生成量是以指数方式增加的，能将皮克(pg=10-12)量级的起始待测模板扩增到 微克(μg=10-6)水平。能从100万个细胞中检出一个靶细胞；在病毒的检测中，PCR的灵敏度可 达3个RFU(空斑形成单位)；在细菌学中最小检出率为3个细菌。
简便、 简便、快速
• PCR反应用耐高温的Taq DNA聚合酶，一次性地将反应液加好后，即在DNA扩增液和水浴 锅上进行变性-退火-延伸反应，一般在2～4 小时完成扩增反应。扩增产物一般用电泳分析， 不一定要用同位素，无放射性污染、易推广。
定义：Polymerase Chain Reaction， 简称PCR，又称无细胞分子克
隆或特异性DNA序列体外引物定向酶促扩增技术。 •聚合酶链式反应(PCR)是体外酶促合成特异DNA片段的一种方法,由高温变 性、低温退火（复性）及适温延伸等几步反应组成一个周期,循环进行,使 目的DNA得以迅速扩增。
酶及其浓度
• Taq DNA聚合酶供应 一种是从栖热水生杆菌中提纯的天然酶，另一种为 聚合酶供应: 聚合酶供应 大肠菌合成的基因工程酶。 • dNTP的质量与浓度 dNTP的质量与浓度和PCR扩增效率有密切关系，dNTP 的质量与浓度: 的质量与浓度 粉呈颗粒状，如保存不当易变性失去生物学活性。dNTP溶液呈酸性，使 用时应配成高浓度后，以1M NaOH或1M Tris-HCL的缓冲液将其PH调节到 7.0～7.5，小量分装， -20℃冰冻保存。多次冻融会使dNTP降解。在PCR反 应中，dNTP应为50～200umol/L，尤其是注意4种dNTP的浓度要相等( 等摩 尔配制)，如其中任何一种浓度不同于其它几种时(偏高或偏低)，就会引起 错配。浓度过低又会降低PCR产物的产量。dNTP能与Mg2+结合，使游离 的Mg2+浓度降低。
Fra Baidu bibliotek
• 模板(靶基因 核酸: 模板核酸的量与纯化程度，是PCR成败与否的关 模板 靶基因)核酸 靶基因 核酸 键环节之一，传统的DNA纯化方法通常采用SDS和蛋白酶K来消化处理 标本。 • Mg2+浓度 Mg2+对PCR扩增的特异性和产量有显著的影响，在一般 浓度: 浓度 的PCR反应中，各种dNTP浓度为200umol/L时，Mg2+浓度为1.5～ 2.0mmol/L为宜。Mg2+浓度过高，反应特异性降低，出现非特异扩增， 浓度过低会降低Taq DNA聚合酶的活性，使反应产物减少。
PCR反应条件的选择 反应条件的选择
PCR反应条件为温度、时间和循环次数 温度、 环次数。 温度
• 温度与时间的设置： 基于PCR原理三步骤而设置变性-退火-延伸 温度与时间的设置： 三个温度点。在标准反应中采用三温度点法，双链DNA在90～ 95℃变性，再迅速冷却至40 ～60℃，引物退火并结合到靶序列 上，然后快速升温至70～75℃，在Taq DNA 聚合酶的作用下， 使引物链沿模板延伸。对于较短靶基因(长度为100～300bp时) 可采用二温度点法， 除变性温度外、退火与延伸温度可合二为 一，一般采用94℃变性，65℃左右退火与延伸(此温度Taq DNA 酶仍有较高的催化活性)。
电泳检测时间
• 一般为48h以内，有些最好于当日电泳检测，大于48h后带型不规则甚 至消失。假阴性，不出现扩增条带 。
PCR失败原因
• PCR反应的关键环节有①模板核酸的制备，②引物的质量与特异性，③酶的质量及， ④PCR循环条件。寻找原因亦应针对上述环节进行分析研究。 • 模板：①模板中含有杂蛋白质，②模板中含有Taq酶抑制剂，③模板中蛋白质没有 模板 消 化除净，特别是染色体中的组蛋白，④在提取制备模板时丢失过多，或吸入酚。 ⑤模 板核酸变性不彻底。在酶和引物质量好时，不出现扩增带，极有可能是标本 的消化处 理，模板核酸提取过程出了毛病，因而要配制有效而稳定的消化处理液， 其程序亦应 固定不宜随意更改。 • 酶失活：需更换新酶，或新旧两种酶同时使用，以分析是否因酶的活性丧失或不 酶失活 够而 导致假阴性。需注意的是有时忘加Taq酶或溴乙锭。
4、循环中的变性步骤 • 循环中一般95℃，30秒足以使各种靶DNA序列完全变性： • 变性时间过长损害酶活性，过短靶序列变性不彻底，易造成扩增失败。 5、循环数 • 大多数PCR含25-35循环，过多易产生非特异扩增。 PCR 25-35 6、最后延伸 • 在最后一个循环后，反应在72℃维持5-15分钟．使引物延伸完全，并 使单链产物退火成双链。
对标本的纯度要求低
• 不需要分离病毒或细菌 细菌及培养细胞，DNA 粗制品及RNA均可作为扩增模板。可直接用临 细菌 床标本如血液、体腔液、洗嗽液、毛发、细胞、活组织等DNA扩增检测。
技术原理
• DNA的半保留复制 半保留复制是生物进化和传代的重要途径。双链DNA在多种酶 半保留复制 的作用下可以变性解链成单链，在DNA聚合酶与启动子的参与下，根 据碱基互补配对原则复制成同样的两分子挎贝。 • 在聚合酶链式反应实验中发现，DNA在高温 高温时也可以发生变性解链 变性解链， 高温 变性解链 当温度降低后又可以复性成为双链。因此，通过温度变化控制DNA的 变性和复性，并设计引物做启动子，加入DNA聚合酶、dNTP就可以完 成特定基因的体外复制。（ DNA高温变性低温复性） （ 高温变性低温复性） 高温变性低温复性 • 发现耐热 耐热DNA聚合同酶 聚合同酶--Taq酶对于PCR的应用有里程碑的意义，该酶 耐热 聚合同酶 酶 可以耐受90℃以上的高温而不失活，不需要每个循环加酶，使PCR技 术变得非常简捷、同时也大大降低了成本，PCR技术得以大量应用， 并逐步应用于临床。
循环参数
1、预变性（Initial denaturation）． • 模板DNA完全变性对PCR能否成功至关重要，一般95℃加热3-5分钟。 2、引物退火（Primer annealing） • 退火温度一般需要凭实验（经验）决定。 • 退火温度对PCR的特异性有较大影响。 3、引物延伸 • 引物延伸一般在72℃进行（Taq酶最适温度）。 • 延伸时间随扩增片段长短及所使用Taq酶的扩增效率而定。
普通PCR反应流程
反应原理
PCR循环
与荧光定量PCR技术相比较 主要缺点
常规PCR结合电泳分析方法的缺点： 结合电泳分析方法的缺点：
只能对终产物进行分析，无法对起始模版准确定量 必须在扩增反映结束后借助电泳方法分析，费时费事 无法对扩增反应实时检测 EB有毒
反应五要素 五种即引物、 五种即引物、酶、dNTP、模板和 、模板和Mg2+ • 引物： 引物是PCR特异性反应的关键，PCR 产物的 引物： 特异性取决于引物与模板DNA互补的程度。理论上， 只要知道任何一段模板DNA序列， 就能按其设计互 补的寡核苷酸链做引物，利用PCR就可将模板DNA在 体外大量扩增。
设计引物应遵循以下原则： 设计引物应遵循以下原则 • • • ①引物长度： 15-30bp，常用为20bp左右。 ②引物扩增跨度： 以200-500bp为宜，特定条件下可扩增长至10kb的片段。 ③引物碱基：G+C含量以40-60%为宜，G+C太少扩增效果不佳，G+C过多易出现非 特异条带。ATGC最好随机分布，避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。 • ④避免引物内部出现二级结构，避免两条引物间互补，特别是3'端的互补，否则 会形成引物二聚体，产生非特异的扩增条带。 • ⑤引物3'端的碱基，特别是最末及倒数第二个碱基，应严格要求配对，以避免因 末端碱基不配对而导致PCR失败。 • ⑥引物中有或能加上合适的酶切位点， 被扩增的靶序列最好有适宜的酶切位点， 这对酶切分析或分子克隆很有好处。 • ⑦引物的特异性：引物应与核酸序列数据库的其它序列无明显同源性。引物量： 每条引物的浓度0.1～1umol或10～100pmol，以最低引物量产生所需要的结果为好， 引物浓度偏高会引起错配和非特异性扩增，且可增加引物之间形成二聚体的机会。