分子克隆实验中常用的计算机软件
物理化学实验中常用的数据处理软件及在化学中常见应用方法
物理化学实验中常用的数据处理软件及在化学中常见应用方法随着计算机技术的不断发展，数据处理软件在物理化学实验中的应用越来越普遍。
这些软件可以帮助实验人员处理实验数据，提高实验效率和准确度。
本文将介绍几种常用的数据处理软件及在化学中常见的应用方法。
一、常用的数据处理软件1. ExcelExcel是微软公司开发的一款电子表格软件，广泛应用于各个领域。
在物理化学实验中，Excel可以用来制作数据图表、计算平均值和标准偏差、进行线性回归等。
对于数据量较小的实验，Excel是一个简单易用的数据处理工具。
2. OriginOrigin是一款专业的科学数据分析和绘图软件，主要应用于科学研究、工程设计和教学等领域。
在物理化学实验中，Origin可以用来制作各种类型的图表、进行数据拟合和统计分析等。
Origin的功能非常强大，但学习起来也比较复杂。
3. MatlabMatlab是一款用于数学计算、数据分析和可视化的软件，被广泛应用于科学研究、工程设计和金融分析等领域。
在物理化学实验中，Matlab可以用来进行数据处理、信号处理和图像处理等。
Matlab的功能非常强大，但学习起来也比较困难。
二、在化学中的应用方法1. 数据图表的制作在物理化学实验中，数据图表是非常重要的，可以帮助实验人员更直观地了解实验结果。
在Excel中，可以选择不同的图表类型，如折线图、柱状图、散点图等，来展示实验数据。
在Origin中，可以制作更复杂的图表，如等高线图、三维图等，以展示更多的信息。
在Matlab中，可以利用其强大的绘图功能，制作各种复杂的图表。
2. 数据拟合和统计分析在物理化学实验中，常常需要对实验数据进行拟合和统计分析。
在Excel中，可以使用函数进行线性回归、非线性拟合和数据统计等。
在Origin中，可以使用各种拟合和统计分析工具，如最小二乘法拟合、方差分析等。
在Matlab中，可以使用其强大的数学计算和统计分析功能，进行各种数据拟合和统计分析。
常用分子生物学软件简介
常用分子生物学软件简介常用分子生物学软件一、基因芯片：1、基因芯片综合分析软件。
ArrayVision 7.0一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。
Arraypro 4.0Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。
phoretix?Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。
J-express挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。
2、基因芯片阅读图像分析软件ScanAlyze 2.44，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。
输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。
3、基因芯片数据分析软件Cluster斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。
SAMSignificance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。
4．基因芯片聚类图形显示TreeView 1.5斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。
现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。
FreeView是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。
5．基因芯片引物设计Array Designer 2.00DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具二、RNA二级结构。
高二物化生报考学科实验数据处理软件推荐
高二物化生报考学科实验数据处理软件推荐随着科技的发展和实验技术的进步，物化生等学科中的实验数据处理变得越来越重要。
传统的手工计算方式已经不能满足大量实验数据的处理和分析需求。
因此，寻找适合的数据处理软件成为了高二物化生学生们的需求之一。
本文将介绍几款推荐的高二物化生报考学科实验数据处理软件，帮助同学们提高实验数据处理的效率。
一、MATLABMATLAB是一种常用的科学计算软件，它具备强大的数据处理功能和灵活的编程特性，被广泛应用于各个学科领域。
对于高二物化生学生来说，MATLAB不仅可以处理实验数据，还可以进行数据可视化、统计分析等操作。
通过其丰富的函数库和绘图工具，同学们可以轻松实现数据处理、绘图和结果分析。
尤其是在数据拟合曲线、实验误差分析和统计检验等方面，MATLAB具备较强的功能和应用优势。
二、OriginOrigin是一款流行的科学绘图和数据分析软件，它以其直观的界面和丰富的功能而备受欢迎。
对于高二物化生学生来说，Origin提供了丰富的数据处理功能，包括数据导入、清洗、修正以及曲线拟合等。
同学们可以通过Origin实现实验数据的图像化展示，探究数据之间的相关关系，快速分析实验结果。
此外，Origin还支持Python编程语言，可以根据需要进行自定义的数据处理和分析。
三、Excel虽然Excel在数据处理软件中算不上专业级别，但它对于高二物化生学生来说是最为熟悉和方便的工具之一。
Excel作为微软办公套件中的一员，拥有强大的电子表格功能，非常适合处理实验数据。
同学们可以通过Excel对实验数据进行整理、排序、筛选和计算，还可以使用自带的图表功能进行数据可视化。
Excel的简单操作、广泛的应用和良好的兼容性，使得它成为了许多高二物化生学生的首选工具。
综上所述，MATLAB、Origin和Excel是三款适合高二物化生学科实验数据处理的软件。
每款软件都具备自己的特点和优势，同学们可以根据不同的需求选择合适的软件进行实验数据处理。
分子生物学软件简要功能介绍
分子生物学软件简要功能介绍在进行分子生物学研究时，常需要用到各种计算机软件。
这些软件种类不少，功能大致相同，到底使用哪个，其实可根据各人的使用习惯来选择。
下列的软件，大部分可在网上找到全功能的版本或各种演示版或试用版，只要以软件名为关键词用搜索引擎搜索就可以了。
网上也有此类各种软件的总结。
下面为此类软件的简单介绍：1.三维分子类RASMOL：观看生物分子3D微观立体结构RasTop：为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件CHIME：直接在浏览器中观看3D分子MolMol：将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件raswin.exe.gz：rasmol(win)2.7.0.1 rasmol新版本及汉化版本CrystInfo：用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3D结构PDViewer：PDB格式文件的查看程序Weblab Viewlite：三维分子浏览工具及大量分子文件例子Weblab ViewerPro：三维分子浏览工具ICMLite：三维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能VMD：三维分子浏览工具，可以进行动态显示CN3D：3D分子结构观察软件WPDB：PDB文件检索显示分析软件DTMM：三维分子模型显示、编辑与构建程序Mole：高性能的大分子三维图形显示计算工具gopenmol：显示并分析分子结构及其特性POV-Rayv：生成三维图像工具软件MolPOV：将PDB文件转化为POV格式文件的软件Mol2Mol：分子文件格式转换软件PovChem：将PDB文件转化为POV格式的文件Ortep-3 for Windows：生成分子的热椭圆形点图PLATON：通用结晶学软件工具Mage：读取并演示Kinemage格式文件的专用软件 Prekin ：将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件Swiss-Pdb Viewer：PDB文件显示与分析软件DINAMO：蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具PCMoleeule2 Lite：查看PDB格式文件的免费软件StrukEd ：化学分子编辑与三维模型生成软件JMVC：使用JAVA技术编写的三维分子查看器ReView：读取及分析XYZ格式三维分子文件Oscail：用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包Moilin：分子构建与观察软件Tinker：与Moilin配套的DOS下的分子设计建模Biodesigner：免费的分子建模与显示软件MoluCAD：全功能的分子建模与显示工具软件 Viewer Activex Control：三维分子显示控件MarvinView：JAVA语言编写的化学分子二维与三维显示程序ACD/3D Viewer for ISIS：免费的ISISDraw三维显示插件Amira：高等三维显示建模系统AmiraMol：Amira 2.3 相应的显示三维分子的增强工具Visualize：分子建模和研究软件包ScientificGL：C++OpenGLAPI三维分子开发工具Sojourner：找出小蛋白的最小能量构形并实时演示的软件2.DNA分析DNAClub：DNA处理软件JaMBW：分子生物学软件包DNATool：功能很全面的DNA序列分析工具包pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图ANNHYB：用来帮助进行PCR引物设计与基因探针设计的软件RESTRICTION ANALYSIS：限制酶消化工具ABIView：ABI格式文件显示与编辑软件Chromas：ABI格式文件显示与编辑软件Sequence viewer：获取与观察从GSDB获取的DNA序列数据及其关联特性的工具DNAssist：DNA序列分析工具DNAProbe：核苷酸序列设计工具DnaSP：DNA序列种群遗传学分析软件DFW：DNA分析软件Artemis R4：以Java语言写成的序列查看工具’ACT R1：以Java语言写成的序列比较查看器GDA：主要用来进行不连续基因数据的统计分析 RDP：从一组排队比较(Align)的核酸序列中查找潜在的重组体软件Sequencher：装配DNA小片段为大的连续序列或毗连(序列)群"Contig"软件MehCalc：自动计算DNA序列热力学数据的Excel电子表格宏软件基因探索者：中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析软件ConsInspector：DNA蛋白结合位点预测识别软件MatInd与Matlnspector：快速匹配DNA序列与已知共有序列的软件工具GBuilder：JAVA语言编制的用来分析与显示DNA序列的软件GenomePixelizer：帮助理解基因组中的簇基因(C1ustermggene)之间的相互关系的软件LabBook Genomic XML Viewer：图形化显示并处理GenBank序列数据的免费软件Gene Construetion Kit 2 ：管理并显示克隆策略中的分子构建过程软件Genalysis：比较基因组或大量基因序列的工具软件3.RNA分析RNAdraw：RNA二级结构分析软件RNAstructure：预测RNA 级结构图RnaViz：RNA二级结构图绘制程序4.蛋白质分析ANTHEPROT：蛋白序列分析软件包pSAAM：蛋白序列分析软件包VHMPT：螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件aminoXpress：免费的多功能蛋白分析软件包5.生化教学mmp.zip：将生化代谢中的各种途径用图表的形式表示出来linpath.zip：线性酶反应模拟软件protlab：蛋白质纯化仿真软件MOLMED.ZIP：生化基础概念演示教学程序Biochem：生化教学文件photo：光合作用教学程序Adrenalin：肾上腺素在肝糖原代谢中的作用演示Virtual Cell Lab：多媒体细胞生物学教学程序6.生化工程brd.zip：生物反应器(发酵罐)设计软件BioStat：BioStatB发酵罐控制程序PenSimv：青霉素发酵模拟软件BioProSim：发酵实时模拟软件7.序列格式转换vised：序列输入分析和格式转换软件ForCon：多序列文件格式转换软件SeqVerter：序列格式转换软件GeneStudio LE Version：序列格式显示、编辑与转换工具软件FASTA/BLAST SCAN：FASTA与BLAST查询输出文件的处理软件RevComp：序列格式转换软件8.引物分析primer Premier 5.0：引物设计工具Oligo：引物分析著名软件Primer Designer：专门用 pASK-IBA～pPR-IBA表达载体免费的引物设计辅助软件Array Designer：批量设计DNA和寡核苷酸引物工具Beacon Designer：PCR定量分析分子信标(Molecularbeacon)设计软件NetPrimer：基于WEB界面的引物设计程序9.序列综合分析pcgene：分子生物应用软件 MACAW：多序列构建与分析软件Clustal W：用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较的软件Clustal X：ClustalWWindows界面程序FASTA：数据库中查找同源序列软件GeneDoc：对序列进行相关分析等操作BLAST与Blastcl3：数据库中查找类似序列的软件及客户端软件SeqPup 0.9：生物分子序列编辑与分析软件K-Estimator 5.5：进化基因学研究软件，评估两条核酸序列核苷酸替代数BioEdit：序列编辑器与分析工具软件DAMBE：综合性序列工具软件LaserGene：综合性序列工具软件SeaView：图形化多序列队列编辑器 Jalview：用Java语言写的多序列队列编辑器DNASIS：序列综合分析工具Genamics Expression：是一个DNA与蛋白序列分析工具Vector NTIViewer：载体查看软件Jellyfish：多功能序列分析软件ProSeq：核酸序列编辑与种群遗传学分析软件Gap4 database viewer：Gap4基因装配数据库读取显示软件SMS：DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具集合Omiga：核酸与蛋白序列综合性分析软件Staden：综合序列分析工具软件包Vector NTISuite：综合性蛋白核酸分析工具包INCA：Java脚本语言写成的BLAST服务器客户端程序ISYS：NCGR开发的用JAVA语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台DNA Scriptor：DNA与蛋白序列综合分析软件Sequence Quickie-Calc：非常紧凑的分子生物学工具软件PhyloGrapher：用来显示与研究相类似的基因与蛋白序列之间的进化关系的软件10.进化树分析phylip：进化树分析软件，并可绘制进化树TreeView：进化树处理软件GeneTree：比较基因与种系进化树的程序NDE：用来编辑NEXUS格式文件的程序TreeMap：用来可视化地比较主、从进化树的程序Spectrum：分析进化信息而不用将之转化为进化树的软件Phyltools：计算与处理进化树数据的软件tree-puzzle：核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具ATV：JAVA语言编写的显示"New Hampshire"与NHX格式的进化树文件软件TREECON：构建和绘制进化树的软件包ProBiosys比较表现型分类法数据和分析计算核酸序列数据距离值的软件。
分子生物学实验中的分析软件使用方法介绍
分子生物学实验中的分析软件使用方法介绍随着科技的发展和进步，分子生物学实验的数据量不断增加，对于这些大量的数据进行分析成为了科研工作者不可或缺的一部分。
为了更好地处理和解读这些数据，科研人员们使用各种分析软件来辅助他们的研究工作。
本文将介绍一些常用的分析软件及其使用方法。
一、基因序列分析软件基因序列分析软件是分子生物学实验中最常用的软件之一，它们用于分析DNA或RNA序列以及蛋白质序列。
其中，NCBI Blast是一种非常常用的基因序列比对软件，它可以通过将待比对的序列与已知的序列数据库进行比对，从而确定序列的相关性和相似性。
使用NCBI Blast，我们可以快速找到与我们研究对象相关的序列信息。
二、基因表达分析软件基因表达分析软件用于分析基因在不同组织或条件下的表达水平，以及基因调控网络等。
在这方面，R语言是一种非常强大的工具。
通过使用R语言中的各种包和函数，我们可以对基因表达数据进行聚类分析、差异表达分析、通路富集分析等。
同时，R语言还提供了丰富的数据可视化功能，可以帮助我们更好地展示和解读实验结果。
三、蛋白质结构分析软件蛋白质结构分析软件主要用于预测蛋白质的三维结构以及模拟蛋白质的动力学行为。
其中，Swiss-PdbViewer是一种常用的蛋白质结构可视化软件，它可以帮助我们观察和分析蛋白质的结构特征。
而GROMACS则是一种常用的分子动力学模拟软件，它可以模拟蛋白质在不同环境下的运动轨迹，帮助我们理解蛋白质的功能和机制。
四、基因组学分析软件基因组学分析软件主要用于处理和分析整个基因组的数据，包括基因组序列、基因组注释以及基因组变异等。
在这方面，Ensembl是一种非常常用的基因组分析软件。
它提供了大量的基因组数据和工具，可以帮助我们进行基因组注释、基因组比对以及基因组变异的分析。
五、细胞图像分析软件细胞图像分析软件用于分析和处理细胞图像数据，帮助我们了解细胞的形态和功能。
其中，ImageJ是一种非常流行的细胞图像分析软件，它提供了丰富的图像处理和分析工具，可以帮助我们进行细胞计数、细胞形态分析以及细胞追踪等。
分子生物学常用软件
在互联网上，有很多软件可以解决对单个基因进行研究的分子生物实验人员从立项到最后写论文的实际问题。
以下是在对相同作用的很多软件进行比较后，推荐给一线实验人员使用的Windows应用软件。
一、资料收集整理阶段二、序列分析、实验设计模拟阶段三、实验操作和数据分析阶段四、文章写作和结果发表阶段五、分子生物学实验室常用数据库一、资料收集整理本阶段需要查找某个项目专题的文章,并写出对该专题的综述,以便对自己所要做的课题的现状有一个基本的了解。
★推荐软件：Reference Manager 10.0同类参考软件：Endnote 6.0二、序列分析、实验设计模拟1.综合性软件这类软件要求对本阶段上述的大部分功能均具备，而且这类软件在一些专项分析上仍有绝对优势。
★推荐软件：DNASTAR同类参考软件：Vector NTI Suite 6.0、Omiga 2.0、DNASIS 2.5、DNATools 5.12.制酶分析可能是最简单的功能了，用普通的文本搜索也能找出相应的序列位点。
正因如此，我们希望软件在结果输出上有更完美的表现。
另外几乎所有的软件都没有考虑在酶切位点前应该有保护碱基，所以该分析通过，并不能在实验中总能通过。
★推荐软件：DNAssist 1.0同类参考软件：Primer Premier 5.0、Vector NTI Suite 6.0和其他多种软件3.引物设计引物设计一般包括用于检测和用于进一步分子操作的引物。
其中用于分子操作的在原来序列上设计，加上接头和保护碱基。
但几乎所有软件都没有考虑接头和保护碱基的设计。
因此能否对假定的引物进行各种属性的分析，参考各种结果，最后找到合适的引物序列便成为选择软件的最关键。
★推荐软件：Primer3同类参考软件：Primer Premier 5.0,Vector NTI Suite 6.0 DNAClub、Oligo 5.04.序列比对序列比对包括部分完全相同序列查找和序列相似性排列两类。
常用分子生物学软件(一)
常用分子生物学软件（一）引言概述：分子生物学软件在当今生物学研究中发挥着重要的作用。
它们以其功能强大和易用性而受到科研人员的青睐。
本文将介绍常用的分子生物学软件，并对它们的主要功能和特点进行详细说明。
正文：一、序列分析软件1. 序列比对软件- BLAST: 用于快速比对蛋白质或核酸序列与已知数据库中的相似序列。
- ClustalW: 对多个序列进行比对，并生成多序列比对结果。
2. DNA/RNA序列分析软件- Primer3: 用于设计引物序列。
- M-fold: 对RNA序列进行二级结构预测。
3. 蛋白质序列分析软件- GRAVY: 计算蛋白质氨基酸序列的相对水溶性。
- ProtParam: 提供氨基酸序列的各种生化性质分析。
4. 基因表达软件- ExPASy Translate: 用于将DNA序列翻译成蛋白质序列。
- Primer-BLAST: 用于设计引物并进行特异性检验。
5. 组学数据分析软件- Galaxy: 提供了一个高度集成的平台，用于处理和分析基因组学数据。
- Cytoscape: 用于可视化和分析分子和基因网络。
二、结构生物学软件1. 分子建模软件- Swiss-PdbViewer: 用于分子可视化和蛋白质模型构建。
- Autodock: 用于模拟蛋白质与小分子之间的相互作用。
2. 蛋白质结构预测软件- Rosetta: 提供了一种高效精确的蛋白质结构预测方法。
- I-TASSER: 通过蛋白质比对和拓扑结构模板识别，预测蛋白质三维结构。
3. 蛋白质结构比对软件- Dali: 用于比对两个或多个蛋白质结构，分析它们之间的结构和功能相似性。
- TM-align: 使用局部结构比对算法，对两个蛋白质的结构进行全局比对。
4. 蛋白质模拟软件- GROMACS: 用于分子动力学模拟和能量最小化。
- NAMD: 适用于分子动力学和分子模拟的高性能软件。
5. 蛋白质结构可视化软件- PyMOL: 用于可视化和分析蛋白质结构。
常用分子生物学软件简介
常用分子生物学软件一、基因芯片：1、基因芯片综合分析软件。
ArrayVision 7.0一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。
Arraypro 4.0Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。
phoretix™Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。
J-express挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。
2、基因芯片阅读图像分析软件ScanAlyze 2.44，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。
输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。
3、基因芯片数据分析软件Cluster斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。
SAMSignificance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。
4．基因芯片聚类图形显示TreeView 1.5斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。
现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。
FreeView是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。
5．基因芯片引物设计Array Designer 2.00DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具二、RNA二级结构。
RNA Structure 3.5RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。
上海市考研生物信息学常用软件与算法分享
上海市考研生物信息学常用软件与算法分享进入21世纪以来，生物信息学作为一门交叉学科迅速发展起来，成为生命科学和计算机科学领域的重要联系点。
生物信息学的发展离不开计算机软件和算法的支持，而在上海市的考研生物信息学领域，也有一些常用的软件和算法值得分享和了解。
一、常用软件1. BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）BLAST是生物信息学中最常用的序列比对工具之一。
它可以通过比对两个或多个序列，发现它们之间的相似性以及可能存在的功能区域。
2. CLC Genomics WorkbenchCLC Genomics Workbench是一种全面的生物信息学软件套件，提供了DNA序列分析、RNA测序分析、蛋白质结构预测等功能。
它集成了各种生物信息学工具，并提供了直观易用的界面。
3. R软件R是一种用于统计分析和数据可视化的编程语言和环境，也被广泛应用于生物信息学中。
R提供了丰富的生物信息学包，可以进行基因差异分析、表达谱分析等。
4. GROMACSGROMACS是一种分子动力学模拟软件，广泛应用于蛋白质、核酸和生物膜的研究中。
它可以模拟生物大分子的运动规律，从而揭示其结构、功能和相互作用。
二、常用算法1. Smith-Waterman算法Smith-Waterman算法是一种用于序列比对的局部比对算法。
它通过动态规划的方法，寻找两个序列间的最佳比对及其相似性评分。
2. Needleman-Wunsch算法Needleman-Wunsch算法是一种用于全局比对的算法。
它通过构建一个二维矩阵，评估两个序列间的相似性，并找到它们之间的最佳比对方案。
3. Hidden Markov Model (HMM)HMM是一种用于序列分析的统计模型。
它可以通过学习样本数据的分布，预测新的序列数据，并在生物信息学领域中被广泛应用于基因识别和蛋白质家族分类等任务。
4. Principal Component Analysis (PCA)PCA是一种常用的数据降维方法，用于从高维数据集中提取主要特征。
分子克隆软件NoeClone操作流程
创建入门克隆 选择目的片段
目的片段
创建表达载体
入门克隆
创建TOPO克隆
TOPO克隆
目的基因
选择目的片段
目的基因
重组TOPO质粒
多 文 件
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高通量克隆
NoeClone--新一代分子克隆设计软件
NoeClone为虚拟克隆，凝胶电泳 模拟，序列图谱的展示和分析提供 了更为强大、更为综合的解决方案。 NoeClone能绘制发表质量的质粒 图与序列、载体图及其整个分子克 隆流程图。拥有强大的生物分子图 形化设计功能。
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引物分析
选择引物
分析引物
修饰 结头
选择接头
接头修饰
结头展示 添加结头
限制性内切酶
对位点进行特殊标记和查看
限制酶依据频率概览
依据名字概览展示酶
单一的酶切位点
缺失的酶切位点
友好的用户互动绘图界面 NoeClone实现了序列图谱和用户的完全互动。您可 以像使用其它绘图工具一样，使用鼠标指针方便的操 纵图谱及其图形元素，进而对序列图谱进行操作和调 整。
序列转换
序列/motif查找、ORF查找 氨基酸翻译 引物分析 接头修饰
序列转换
序列转换
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常用分子生物学软件(二)2024
常用分子生物学软件（二）引言概述：随着分子生物学研究的不断深入，分析和处理分子生物学数据的需求日益增长。
为了满足这一需求，许多常用的分子生物学软件被广泛应用于实验室和研究机构中。
本文将介绍一些常用的分子生物学软件，以帮助研究人员更好地理解和应用这些工具进行数据分析和实验设计。
正文：1. 序列分析软件1.1 BLAST：用于快速比对蛋白质或核酸序列，帮助确认其他物种中是否存在与查询序列相似的序列。
1.2 ClustalW：用于多序列比对分析，可以对多个序列进行比较，并生成比对结果。
2. 基因表达和调控软件2.1 DESeq2：用于差异表达分析，可以识别和分析基因在不同样本或条件下的表达差异。
2.2 MEME：用于寻找和分析DNA、RNA或蛋白质序列中的共同模otif，帮助识别某些转录因子的结合位点。
3. 蛋白质结构预测软件3.1 SWISS-MODEL：基于比对分析和模板结构预测，可以预测目标蛋白质的三维结构。
3.2 Phyre2：利用比对、结构推理和模板模拟方法，用于蛋白质序列到结构的预测。
4. 分子模拟软件4.1 GROMACS：用于分子动力学模拟的软件套件，可以模拟蛋白质、核酸和膜蛋白等生物分子的运动和相互作用情况。
4.2 AMBER：常用的分子模拟软件，用于模拟和分析生物大分子的结构、动力学和能量。
5. 生物网络分析软件5.1 Cytoscape：用于构建和分析复杂网络的开源软件平台，尤其适用于生物学领域中的生物网络分析。
5.2 STRING：用于生物网络分析和预测蛋白质相互作用的在线工具，可以帮助解析基因或蛋白质之间的关系网络。
总结：本文介绍了常用的分子生物学软件，包括序列分析、基因表达和调控、蛋白质结构预测、分子模拟和生物网络分析等方面的工具。
这些软件的使用可以帮助研究人员更好地理解、分析和解释分子生物学数据，促进科学研究的进展和创新。
常用生物软件(软件及引物设计总结)
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总结词
NAMD是一款用于大规模并行计算的高 性能分子动力学模拟软件，适用于超大 型生物分子系统的模拟。
ห้องสมุดไป่ตู้VS
详细描述
NAMD采用高效的并行算法和优化的数 据结构，能够在高性能计算集群上快速运 行大规模模拟。它广泛应用于生物医学、 药物设计和材料科学等领域，尤其适用于 模拟蛋白质复合物等大型生物分子的结构 和动力学行为。
SWISS-MODEL
总结词
在线建模工具，适用于预测蛋白质三维结构 。
详细描述
SWISS-MODEL是一个在线建模工具，用于 预测蛋白质的三维结构。它基于模板建模技 术，通过搜索模板库找到与目标序列相似的 已知结构，并利用这些信息构建出目标蛋白 质的结构模型。SWISS-MODEL提供了友好 的用户界面和多种建模选项，方便用户进行
总结词
AutoDock是一款用于分子对接的软件，通过模拟分子间的 相互作用，预测小分子与大分子（如蛋白质）的结合模式。
详细描述
AutoDock使用基于网格的搜索方法，将小分子视为可旋转 和可平移的刚体，通过打分函数评估结合亲和力，并采用遗 传算法进行优化。它广泛应用于药物设计和蛋白质相互作用 研究。
Gromacs
总结词
Gromacs是一款用于分子动力学模拟的软件，通过模拟分子在真实环境中的运 动来研究其结构和功能。
详细描述
Gromacs基于势能面模型，通过求解牛顿方程模拟分子运动轨迹，可以模拟蛋 白质、核酸和脂质等生物大分子的动态行为。它广泛应用于生物物理学、药物 设计和材料科学等领域。
NAMD
Galaxy
总结词
Galaxy是一个基于Web的生物信息学分析平台，提供 了简单易用的界面和强大的数据分析能力。
《2024年MicroRNA靶基因的寻找及鉴定方法研究进展》范文
《MicroRNA靶基因的寻找及鉴定方法研究进展》篇一一、引言MicroRNA（miRNA）是一类内源性的、非编码的小RNA分子，它们在生物体内发挥着重要的调控作用。
近年来，随着生物信息学和分子生物学技术的不断发展，对于miRNA靶基因的寻找及鉴定成为了研究热点。
本文旨在探讨MicroRNA靶基因的寻找及鉴定方法的研究进展，为相关研究提供参考。
二、miRNA靶基因的寻找方法1. 生物信息学方法生物信息学方法是通过计算机软件和算法，对已知miRNA 序列进行预测和分析，从而找出潜在的靶基因。
目前常用的软件包括miRanda、TargetScan等。
这些软件利用已知的miRNA与靶基因之间的互补配对规则，通过分析序列的保守性、序列的匹配程度等因素，预测出潜在的靶基因。
2. 实验方法实验方法主要包括基因表达谱分析、荧光素酶报告实验等。
基因表达谱分析是通过比较miRNA表达水平与靶基因表达水平之间的关系，找出潜在的靶基因。
荧光素酶报告实验则是通过构建含有特定miRNA结合位点的荧光素酶报告载体，测定其活性变化来鉴定miRNA的靶基因。
三、miRNA靶基因的鉴定方法1. 分子克隆技术分子克隆技术是通过构建含有miRNA结合位点的基因片段，将其克隆到表达载体中，通过在细胞内表达并检测其表达水平变化来鉴定miRNA的靶基因。
这种方法可以直接观察miRNA对靶基因的表达调控作用。
2. 基因敲除技术基因敲除技术是通过将特定基因敲除或沉默，观察其对细胞或生物体表型的影响，从而确定该基因是否为miRNA的靶基因。
这种方法可以直接验证miRNA与靶基因之间的相互作用关系。
四、研究进展近年来，随着生物信息学和分子生物学技术的不断发展，对于miRNA靶基因的寻找及鉴定方法也在不断进步。
目前，研究人员已经发现了大量的miRNA靶基因，并通过多种方法进行了验证。
同时，一些新的技术和方法也在不断涌现，如高通量测序技术、CRISPR/Cas9基因编辑技术等，这些技术为miRNA靶基因的研究提供了更加准确和高效的手段。
生名词解释
名词解释：B必需基因：一些基因在突变时会引起致死表型，这些基因被称为必需基因。
表达载体：是指一类用来在受体细胞中表达外源基因的载体。
C操纵子:指启动基因、操纵基因和一系列紧密连锁的结构基因的总称,转录的功能单位。
沉默子：与增强子作用相反，能抑制上游或下游基因转录DNA序列称为沉默子。
cDNA文库：以mRNA为模板，经反转录酶催化，在体外反转录成cDNA，与适当的载体连接后转化受体菌，则每个细菌含有一段cDNA，并能繁殖扩增，这样包含着细胞全部mRNA信息的cDNA克隆集合称为该组织细胞的cDNA文库。
重复序列：真核生物染色体基因组中重复出现的核苷酸序列,这些序列一般不编码多肽,在基因组内可成簇排布,也可散布于基因组。
巢式PCR:一种变异聚合酶链反应,使用两对（而非一对）PCR引物扩增完整的片段。
D第一信使：细胞间通讯的信号分子主要有激素、神经递质、生长因子和细胞因子等，这些都是细胞分泌的化学信号分子，又称第一信使。
第二信使：主要分布于胞浆内的信号分子有环腺苷酸、环鸟苷酸、钙离子、肌醇三磷酸和二酰甘油等，这些胞内信号分子相对应其第一信使而言，又称为第二信使。
断裂基因：真核生物结构基因，由若干个编码区和非编码区互相间隔开但又连续镶嵌而成，去除非编码区再连接后，可翻译出由连续氨基酸组成的完整蛋白质，这些基因称为断裂基因.蛋白质组学：是在基因组学的基础上，从整体水平研究细胞内蛋白质的组成、功能及其活动规律的科学。
蛋白质芯片：是一种高通量的蛋白功能分析技术，可用于蛋白质表达谱分析，研究蛋白质与蛋白质的相互作用，甚至DNA－蛋白质、RNA－蛋白质的相互作用，筛选药物作用的蛋白靶点等。
蛋白质免疫共沉淀：是利用抗原蛋白质和抗体的特异性结合以及细菌蛋白质的特异性地结合到免疫球蛋白的FC片段的现象活用开发出来的方法。
代谢组学:通过考察生物体系受刺激或扰动后其代谢产物的变化或其随时间的变化,研究生物体系的代谢途径的一种学科。
分子生物的学软件简要功能介绍
分子生物学软件简要功能介绍在进展分子生物学研究时，常需要用到各种计算机软件。
这些软件种类不少，功能大致一样，到底使用哪个，其实可根据各人的使用习惯来选择。
如下的软件，大局部可在网上找到全功能的版本或各种演示版或试用版，只要以软件名为关键词用搜索引擎搜索就可以了。
网上也有此类各种软件的总结。
下面为此类软件的简单介绍：1.三维分子类2.DNA分析3.RNA分析4.蛋白质分析5.生化教学6.生化工程7.序列格式转换8.引物分析9.序列综合分析10.进化树分析11.质粒绘图12.图像处理13.数据处理14.检索与阅读15.基因芯片16.其他功能软件17.化学绘图18.化学应用19.在线综合工具20.在线蛋白工具21.RNA analysis22.在线引物设计RASMOL：观看生物分子3D微观立体结构RasTop：为RasMol 的图形用户界面软件CHIME：直接在浏览器中观看3D分子MolMol：将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件raswin.exe.gz：rasmol(win).1 rasmol新版本与汉化版本CrystInfo：用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3D结构PDViewer：PDB格式文件的查看程序Weblab Viewlite：三维分子浏览工具与大量分子文件例子Weblab ViewerPro：三维分子浏览工具ICMLite：三维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能VMD：三维分子浏览工具，可以进展动态显示3D：3D分子结构观察软件WPDB：PDB文件检索显示分析软件DTMM：三维分子模型显示、编辑与构建程序Mole：高性能的大分子三维图形显示计算工具gopenmol：显示并分析分子结构与其特性POV-Rayv：生成三维图像工具软件MolPOV：将PDB文件转化为POV格式文件的软件Mol2Mol：分子文件格式转换软件PovChem：将PDB文件转化为POV格式的文件Ortep-3 for Windows：生成分子的热椭圆形点图PLATON：通用结晶学软件工具Mage：读取并演示Kinemage格式文件的专用软件 Prekin ：将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件Swiss-Pdb Viewer：PDB文件显示与分析软件DINAMO：蛋白序列排队比拟编辑与三维模型构建工具PCMoleeule2 Lite：查看PDB格式文件的免费软件StrukEd ：化学分子编辑与三维模型生成软件JMVC：使用JAVA技术编写的三维分子查看器ReView：读取与分析XYZ格式三维分子文件Oscail：用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包Moilin：分子构建与观察软件Tinker：与Moilin配套的DOS下的分子设计建模Biodesigner：免费的分子建模与显示软件MoluCAD：全功能的分子建模与显示工具软件 Viewer Activex Control：三维分子显示控件MarvinView：JAVA语言编写的化学分子二维与三维显示程序ACD/3D Viewer for ISIS：免费的ISISDraw三维显示插件Amira：高等三维显示建模系统AmiraMol：Amira 2.3 相应的显示三维分子的增强工具Visualize：分子建模和研究软件包ScientificGL：C++OpenGLAPI三维分子开发工具Sojourner：找出小蛋白的最小能量构形并实时演示的软件DNAClub：DNA处理软件JaMBW：分子生物学软件包DNATool：功能很全面的DNA序列分析工具包pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图ANNHYB：用来帮助进展PCR引物设计与基因探针设计的软件RESTRICTION ANALYSIS：限制酶消化工具ABIView：ABI格式文件显示与编辑软件Chromas：ABI格式文件显示与编辑软件Sequence viewer：获取与观察从GSDB获取的DNA序列数据与其关联特性的工具DNAssist：DNA序列分析工具DNAProbe：核苷酸序列设计工具DnaSP：DNA序列种群遗传学分析软件DFW：DNA分析软件Artemis R4：以Java语言写成的序列查看工具’ACT R1：以Java语言写成的序列比拟查看器GDA：主要用来进展不连续基因数据的统计分析 RDP：从一组排队比拟(Align)的核酸序列中查找潜在的重组体软件Sequencher：装配DNA小片段为大的连续序列或毗连(序列)群"Contig"软件MehCalc：自动计算DNA序列热力学数据的Excel电子表格宏软件基因探索者：中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析软件ConsInspector：DNA蛋白结合位点预测识别软件MatInd与Matlnspector：快速匹配DNA序列与共有序列的软件工具GBuilder：JAVA语言编制的用来分析与显示DNA序列的软件GenomePixelizer：帮助理解基因组中的簇基因(C1ustermggene)之间的相互关系的软件LabBook Genomic XML Viewer：图形化显示并处理GenBank序列数据的免费软件Gene Construetion Kit 2 ：管理并显示克隆策略中的分子构建过程软件Genalysis：比拟基因组或大量基因序列的工具软件RNAdraw：RNA二级结构分析软件RNAstructure：预测RNA 级结构图RnaViz：RNA二级结构图绘制程序ANTHEPROT：蛋白序列分析软件包pSAAM：蛋白序列分析软件包VHMPT：螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件aminoXpress：免费的多功能蛋白分析软件包mmp.zip：将生化代谢中的各种途径用图表的形式表示出来linpath.zip：线性酶反响模拟软件protlab：蛋白质纯化仿真软件MOLMED.ZIP：生化根底概念演示教学程序Biochem：生化教学文件photo：光合作用教学程序Adrenalin：肾上腺素在肝糖原代谢中的作用演示Virtual Cell Lab：多媒体细胞生物学教学程序brd.zip：生物反响器(发酵罐)设计软件BioStat：BioStatB发酵罐控制程序PenSimv：青霉素发酵模拟软件BioProSim：发酵实时模拟软件vised：序列输入分析和格式转换软件ForCon：多序列文件格式转换软件SeqVerter：序列格式转换软件GeneStudio LE Version：序列格式显示、编辑与转换工具软件FASTA/BLAST SCAN：FASTA与BLAST查询输出文件的处理软件Revp：序列格式转换软件primer Premier 5.0：引物设计工具Oligo：引物分析著名软件Primer Designer：专门用 pASK-IBA～pPR-IBA表达载体免费的引物设计辅助软件Array Designer：批量设计DNA和寡核苷酸引物工具Beacon Designer：PCR定量分析分子信标(Molecularbeacon)设计软件NetPrimer：基于WEB界面的引物设计程序pcgene：分子生物应用软件 MACAW：多序列构建与分析软件Clustal W：用来对核酸与蛋白序列进展多序列比拟的软件Clustal X：ClustalWWindows界面程序FASTA：数据库中查找同源序列软件GeneDoc：对序列进展相关分析等操作BLAST与Blastcl3：数据库中查找类似序列的软件与客户端软件SeqPup 0.9：生物分子序列编辑与分析软件K-Estimator 5.5：进化基因学研究软件，评估两条核酸序列核苷酸替代数BioEdit：序列编辑器与分析工具软件DAMBE：综合性序列工具软件LaserGene：综合性序列工具软件SeaView：图形化多序列队列编辑器 Jalview：用Java语言写的多序列队列编辑器DNASIS：序列综合分析工具Genamics Expression：是一个DNA与蛋白序列分析工具Vector NTIViewer：载体查看软件Jellyfish：多功能序列分析软件ProSeq：核酸序列编辑与种群遗传学分析软件Gap4 database viewer：Gap4基因装配数据库读取显示软件SMS：DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具集合Omiga：核酸与蛋白序列综合性分析软件Staden：综合序列分析工具软件包Vector NTISuite：综合性蛋白核酸分析工具包INCA：Java脚本语言写成的BLAST服务器客户端程序ISYS：NCGR开发的用JAVA语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台DNA Scriptor：DNA与蛋白序列综合分析软件Sequence Quickie-Calc：非常紧凑的分子生物学工具软件PhyloGrapher：用来显示与研究相类似的基因与蛋白序列之间的进化关系的软件phylip：进化树分析软件，并可绘制进化树TreeView：进化树处理软件GeneTree：比拟基因与种系进化树的程序NDE：用来编辑NEXUS格式文件的程序TreeMap：用来可视化地比拟主、从进化树的程序Spectrum：分析进化信息而不用将之转化为进化树的软件Phyltools：计算与处理进化树数据的软件tree-puzzle：核酸序列、蛋白序列相似性分析与进化树构建工具ATV：JAVA语言编写的显示"New Hampshire"与NHX格式的进化树文件软件TREECON：构建和绘制进化树的软件包ProBiosys比拟表现型分类法数据和分析计算核酸序列数据距离值的软件Plasmid Processor：绘制质粒图软件Plasmid ProcessorPro：绘制质粒图软件，与Plasmid Processor是同一个作者WinPlas：质粒绘图软件商业版DMUP：环状质粒绘图软件测试版Plasmid Toolkit：质粒绘制软件pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图SimVector：质粒图绘制软件Image Tool：科学用途的处理图像软件Image J：用Java语言写成的科学用途的处理图像软件Cross Checker：基因指纹图分析软件ALFmap：ALF(Amersham Pharmacia)图像格式转换软件Band Leader：凝胶图像处理软件Scion lmage：图像处理与分析工具OSIRIS：通用医学图像处理与分析软件Melanie 3 Viewer：免费Melanie图像查看器Smart Draw：流程图绘制软件演示版GIMPWin：图像处理自由软件ChromoZoom：比拟两个图像的一样与不同之处软件bandscan：蛋白凝胶电泳图像分析软件SigmaScanPro：图像分析软件30天全功能演示版SigmaGel：凝胶图像分析软件TotalLab：图像分析软件Lablmage：凝胶图像分析软件GelDiff：定量比拟两个2D凝胶图像的不同之处的JAVA软件Timediff：分析蛋白/基因表达图谱时间序列的JAVA软件QuantiScan：使用简单功能专一的凝胶扫描、分析软件PDQuest：分析2维凝胶并生成数据库的标准软件CurveExpert：用于ELISA标准曲线拟合的软件Cliekh Graph：实验数据作图软件Statistica：专业统计软件GraphPad PRISM：著名的数据处理软件NoSA：中文非典型数据统计分析系统CrossGraphs：多变量数据库图形显示软件SigmaPlot：绘图和数据分析软件包30天全功能评估版SYSTAT：数据统计分析与作图的利器30天全功能演示版SigmaStat：智能统计软件30天全功能演示版PeakFit：自动别离、拟合与分析非线性数据软件TableCurve：自动两维曲线拟合与经验公式查找软件TableCurve ：自动三维曲面拟合与经验公式查找软件SPSS：非常权威且有名的数据统计处理软件30天全功能演示版Origin：易于使用的科学用途数据绘图与数据分析处理工具软件DATb：进展生物曲线拟合与数据分析的免费软件数据作图助手：对实验结果进展数据分析和作图的专业软件PatentIn：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件Checker：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件ica32t.exe：中国生物学文献数据库检索客户端软件PathDB检索程序：(代谢途径数据库)检索程序PubCrawler：Medline文献库与GenBank核酸序列库检索软件NetRoseBrowser：PDG格式浏览器Book Express：专门用于超星数字图书下载的工具软件EndNote：专业参考文献查询软件Reference Manager：专业参考文献查询软件Procite：参考资料检索管理软件Sequin：数据库GenBank，EMBL，DDBJ查询软件MiniViewer：数图阅览器presslt：G(NLC)〞JPG转换功能软件Refs：参考文献管理软件Scholars Aid：文献参考资料等日常资料的整理软件paperworks：免费的参考文献管理软件KD：知识仓库建库管理系统AMADA：用来组织、研究、显示、分析微数组(Microarray)数据软件ScanAlyze：进展微矩阵荧光图像分析软件Cluster：对大量微矩阵数据组进展分析处理的软件TreeView：用图形来显示Cluster软件分析的结果软件AMAD：微数组数据库ArrayMakerv：Stanford大学Brown实验室提供的基因芯片研究全套设备相配套的软件与文档J-Express：分析微矩阵(Microarray)实验获得的基因表达数据的软件digitizer：图形数字化软件，可以将曲线图转化为数据与等式Graph Paper：坐标纸打印软件DynaFit：酶动力学数据或配体—受体结合数据处理软件Migrate：从遗传学角度，估算人口移民率程序arlequin：人口遗传学软件正交设计助手：正交实验设计辅助工具软件FBAT：家族遗传相联检验的统计程序GGT32：图形化基因型表示软件CERVUS：使用共显性标记数据推断亲缘关系的软件Jarnac：代谢过程模拟软件包Gepasi：化学与生物化学反响动力学仿真与优化软件BCT：微生物趋向性模拟程序StochSim：随机生物化学反响模拟软件Bio_MW：生物化学分子量计算软件MatchCode：将蛋白和核酸序列进展简单匹配和格式化输出的中文软件Map Manager：回交、杂交与重组自交系分析遗传作图实验结果的软件MolEco：以遗传学方法评估杂乱交配频率的软件Canvas：绘图软件免疫室管理系统：中文免疫室综合软件Cyrillic：家谱绘图软件Frozen Cell Stock Monitor：用来管理储存在液氮容器中的生物样品(例如细胞系、血清等等)的程序MICE：虚拟动物饲养设施，用来帮助管理饲养设施中的实验动物软件DBsolve：代谢与酶—受体结合模拟软件boxit：管理生物样品的数据库系统GRR：检测系谱误差(pedigreeerrors)的应用软件健康药霸：药典类的软件AceDB：基因组数据库软件MAPL98、DIAL98与GEST98：El本学者编制的几个统计基因学(StatisticalGenetics)软件PED：系谱(Pedigree)绘制软件PEDRAW：系谱(Pedigree)绘制软件quantiRT：内置宏程序，用来辅助定量RT-PCR实验的Excel文件BateView：管理与追踪小型的实验鼠生殖群体的Excel文件MassXpert：帮助科学家预测与分析从蛋白组学研究中获得的蛋白质质谱数据的软件MestRe-C与MestRe-D：分析、显示与仿真1D与2D磁共振图谱的软件ACD/SpecViewer：免费光谱数据显示软件ACD/MR Viewer：ACD/HNMR用来显示ACD/NMR Predictors预测的所绘化学结构式Viewer：磁共振图谱文件的免费软件WinMDIver：分析流式细胞仪数据文件的免费软件TestDNA：根据成分值生成细胞周期FCS文件的免费工具软件Cylchred：细胞周期分析(CELLCYCLEANALYSIS)软件gX-Path Vision：生成、编辑与显示生物代谢途径的工具软件生物五笔：生物医学专业输入法ACD/CHEMSKETCH：绘制分子结构的免费软件与其汉化版Chemfont：化学符号与TureType字体，可以在Word中直接插入文章中clip.zip：化学图片集，含有近400幅与化学有关的GIF图片ISIS DRAW：绘制化学结构式的免费软件AutoNom：ISIS／Draw软件的插件(自动生成符合IUPAC命名规如此的化合物名称) ChemWindows：绘制化学结构式的免费软件MarvinSketch：JAVA语言编写的小巧好用的化学结构式绘制程序ACD/Structure Drawing Applet：绘制化学结构式免费JAVA小程序ChemPen：绘制化学结构式软件ChemPen+：绘制化学结构式软件ChemPen：绘制化学结构式软件mmcalc.exe：分子量计算器hxfc.zip：化学方程式配平软件cmcalc10.exe：化学试剂制备计算器alkne.exe：有机化学命名练习程序chembl32.zip：Windows95下的免费化学方程式配平程序 periodic.zip：小巧的元素周期表ptab32.zip：高级元素周期表CAF：计算机辅助配方软件CFT：化学式教师元素屋：查询112种元素的各个信息的中文软件化学反响方程式编辑器：制作化学反响方程式、离子方程式、分子式、离子式等CRS：化学反响方程式配平器Model ChemLabv：化学实验教育软件与其汉化版periodic.exe：免费的元素周期表化学品电子手册：一个综合性的化学品手册Biology Workbench：基于WEB的生物学综合工具sewer：网上常用在线工具集合，本地版BCM Search Launcher：蛋白序列二级结构预测综合站点DAS：蛋白跨膜预测服务器、输入蛋白序列，预测跨膜区域TopPred：蛋白预测服务器提供的膜蛋白拓扑学预测在线工具SOSUI：膜蛋白分类和二级结构预测在线工具PSIpred-MEMSAT：进展二级结构预测与跨膜拓朴结构预测HMMTOP：预测蛋白序列的跨膜螺旋与拓扑结构服务器SMART：提供蛋白序列，在结构域数据库中查询/显示出其结构域与跨膜区等TMpred：预测蛋白序列跨膜区TMHMM：预测蛋白的跨膜螺旋The PredictProtein server：提供蛋白数据库查询，预测蛋白各种结构的服务SPLIT：膜蛋白二级结构预测服务器PRED-TMR：提供基于SwissProt数据库统计分析的预测蛋白跨膜片段的服务CoPreThi：基于INTERNET的JAVA程序，预测蛋白的跨膜区TMAP：提供预测蛋白跨膜片段的服务21.RNA analysisPattern Search and Discovery：巴斯德研究所提供的常用RNA在线分析工具DNA sequence analysis：巴斯德研究所提供的常用特征序列查询工具Search Genes and Coding Regions：巴斯德研究所提供的常用DNA在线分析工具Oligonucleotide Calculator：巴斯德研究所提供的基因与编码区查找工具解链温度计算器：JAVA语言写的寡核苷酸计算器，给出核酸序列，计算GC百分比、解链温度、长度、分子量。
三种常用分子模拟软件介绍
三种常⽤分⼦模拟软件介绍三种常⽤分⼦模拟软件介绍⼀、NAMDNAMD（NAnoscale Molecular Dynamics）是⽤于在⼤规模并⾏计算机上快速模拟⼤分⼦体系的并⾏分⼦动⼒学代码。
NAMD ⽤经验⼒场，如Amber，CHARMM和Dreiding，通过数值求解运动⽅程计算原⼦轨迹。
1. 软件所能模拟的体系的尺度，如微观，介观或跨尺度等微观。
是众多md 软件中并⾏处理最好的，可以⽀持⼏千个cpu 运算。
在单机上速度也很快。
模拟体系常为为10,000-1,000,000 个原⼦。
2. 软件所属的类型，如MD，DPD，DFT，MC，量化，或交叉等全原⼦md，有⽂献上也⽤它做过cgmd。
3. 软件能研究的相关领域，使⽤者的背景最好是？使⽤的⼒场有charmm,x-plor,amber 等，适合模拟蛋⽩质，核酸，细胞膜等体系。
也可进⾏团簇和CNT 系统的模拟软件原理经典，操作简单。
但需要对体系的性质⾜够了解。
4. 软件中主要涉及的理论⽅法范畴经典的md，以及⽤多种⽅法计算⾃由能和SMD模拟。
数据分析时候⼀般很少涉及复杂的热⼒学和统计热⼒学的原理，但知道⼀些最好。
5.软件主要包含的处理⼯具namd 是计算部分，本⾝不能建模和数据分析（unix 的哲学kiss）。
但vmd 同namd 系出同门，已同namd 实现⽆逢链接。
vmd 的tcl 脚本⼀定要搞懂，别的就不多介绍了。
[2]6.与此软件密切相关的软件vmd，及其他数据统计分析软件（excel，OOo-calc 等⾜够了）NAMD在window环境下的编译安装1.下载NAMD_2.7b2_Win322.解压到任意⽬录下（建议最好直接是C：或D：下）3.添加windows的环境变量：右键单击我的电脑----属性-----⾼级-----环境变量(在右下⾓)-----在系统的Path变量⾥添加你NAMD所在⽂件夹，⽐如我的%SystemRoot%\system32;%SystemRoot%;%SystemRoot%\System32\Wbem;C:\ProgramFiles\CommonFiles\ThunderNetwork\KanKan \Codecs; C:\NAMD_2.7b2_Win32注意：添加的变量名称要和⽂件夹得名称⼀致（如果⽂件夹得名称你改为namd，那么变量名称为C：NAMD）4.namd2.7需要后⾯跟conf ⽂件才可以正确运⾏，并且要在conf ⽂件所在⽬录执⾏命令。
常用生物软件(软件及引物设计总结)
质粒作图
Gene Construction Kit WinPlas 2.7 Plasmid Premier2.02 Plasmid Toolkit
5、结构域(motif)查找
推荐软件：Primer Premier 5.0 Primer Premier 5.0的结构域查找功能与它的引物设计一样强，结果能以图形、表格、序列三种方式输出。同时还提供了一些未知的结构域的列表；当然软件本身也提供了大量的已知结构域的序列。
引物二级结构
引物3’端
3’端的连续3个G 或C ，如GGG或CCC，会导致引物在G+C富集序列区错误引发
单击此处添加小标题
引物3’端的碱基一般不用A（3’端碱基序列最好是G、C、CG、GC）。另外引物间3’端的互补、二聚体或发夹结构也可能导致PCR反应失败。
单击此处添加小标题
引物的延伸从3’端开始，因此3’端的几个碱基与模板DNA均需严格配对，不能进行任何修饰，否则不能进行有效的延伸，甚至导致PCR扩增完全失败。
03
DNASIS
04
DNATools
05
DNAclub
06
Jellyfish
07
Omiga
08
Vector NTI Suite
09
（Bioxm）
10
三、应用实例 -----------PCR引物设计及相关软件使用
→
←
Sense primer
Antisense primer
选择模板序列保守区域
1、引物设计原则
9、电泳图谱分析
推荐软件：band leader 3.0
提供处理DNA或蛋白分子凝胶电泳图象和从凝胶电泳图象获得相关数据的工具。它可以对电泳图谱进行半定量分析，识别扫描得到的WINDOWS图象格式 .BMP，是一个难得的好软件。
医学遗传学课件_t电子克隆及相关分子生物学软件介绍_终稿_.doc
电子克隆及相关软件介绍郭奕斌医学遗传学教研室目录一、何谓电子克隆？二、传统的cDNA 克隆过程三、主要数据库及电子克隆所需软件(P16)四、常用分子生物学软件介绍概述众所周知，新基因的搜寻和蛋白质功能分析是今后的研究热点,随着人类基因组计划(Human Genome Project, HGP)研究的不断深入,表达序列标签(Expressed Sequence Tag, EST)在基因组研究尤共是人类基因和模式牛物新基因鉴怎中的应川也口益广泛。
因此，利川人类基因组计划的研究成果以及网络人量生物信息资源，通过物种表达序列标签数据库，运川电子克隆的方法获得人类基因以及在其他物种中的同源基因的cDNA全序列，从而为今后大规模快速克降新的功能基因，开展其结构与功能等研究奠定了基础。
一.何谓电子克隆通过对物种数据库中的大量表达序列标签EST进行分类、整合、组装，可以得到潜在的全长cDNA,这种方法即电子克隆，也有人称之为计算机克隆或硅片克隆(insilico cloning)o详言Z,电子克隆就是以数学算法为手段，以计算机和互联网为工具，利用现有的EST和牛物信息数据库，在未注释的人类基因组序列上发掘未知功能的新基因，并通过生物学实验进行编码序列和功能验证，从而得到新基因的一种方法。
其过程是通过将互为重叠的某物种EST序列进行排列，然后进行比对即可获知该物种某棊因全长cDNA序列。
与实验室克隆大片段的真核基因纽DNA或cDNA繁杂、耗时、效率不髙的过程相比，电子克隆方法更为快速、精确且适用性强。
随着多种模式牛物的基因组测序工作的完成，EST分析必将广泛用于指导物种的新基I大I发现。
二、传统的cDNA克隆过程1川反转录酶在oligo(dT)引导下合成cDNA第一链；2.JIJ RNA酶H和人肠杆菌DNA 聚介酶I 合成cDNA第二链；3.ECORI位点的甲某化(若用Notl或Sall,则不需)4.与磷酸化EcoRI接头相连接并消化接头产生粘端；5.根据大小筛选cDNA片段；6、连接到入噬菌体臂，将DNA包装入入噬菌体颗粒，并在大肠杆菌中铺平板进行检测；7、小量提取入噬菌体，分析cDNA插入片段；8、产生完整的cDNA文库；9、扩增cDNA文库。
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PCR引物设计 PCR引物设计
1、PCR原理 、 原理
高温变性 低温退火 适温延伸
2、引物设计原则 、
引物设计有3 条基本原则：首先引物与模 板的序列要紧密互补，其次引物与引物之间 避免形成稳定的二聚体或发夹结构，再次引 物不能在模板的非目的位点引发DNA 聚合反 应(即错配)。引物设计应注意如下要点：
5、引物长度 、
PCR产物长度 ≤ 500bp 引物长度 16 ～ 18 bp PCR产物长度 ≈ 5kb 引物长度 ≈ 25bp 引物长度 > 20bp 产物长度 > 1kb
6、引物 端的末位碱基对 引物3’端的末位碱基对 端的末位碱基对Taq 酶的 酶的DNA 合成效率有较大的影响。 合成效率有较大的影响。
多重序列比对分析 序列对齐的结果可以用不同的颜 色来表示，还可以显示各序列之间的 同源树和系统进化树。
限制性酶切分析 提供限制性酶切分析的功能， 同时提供克隆构建、质粒绘图、 序列突变分析等功能。
蛋白质序列分析 1翻译 可按照所选择的遗传密码表将 核酸序列翻译为蛋白质序列，同时计 算出蛋白质序列的分子量。 2亲水性和疏水性分析 3蛋白质二级结构预测，包括a-螺旋、 B-片层和无规则卷曲。 4跨膜区预测
NCBI上blast的程序
blastp:将待查询的蛋白质序列及其互补序列一起对蛋 白质序列数据库进行查询； blastn:将待查询的核酸序列及其互补序列一起对核酸 序列数据库进行查询； blastx:先将待查询的核酸序列按6种可读框架(逐个向 前3个碱基和逐个向后3个碱基读码)翻译成蛋白质序列， 然后将翻译结果对蛋白质序列数据库进行查询； tblastn：先将核酸序列数据库中的核酸序列按6种可 读框架翻译成蛋白质序列，然后将待查询的蛋白质序列及 其互补序列对其翻译结果进行查询； tblastx：先将待查询的核酸序列和核酸序列数据库中 的核酸序列按6种可读框架翻译成蛋白质序列，然后再将2 种翻译结果从蛋白质水平进行查询。
Primer premier5.0的其他功能
序列变换 DNA基元查找 限制性酶切位点的查找 同源性法分析
DNAMAN软件的功能 1.序列显示 2多重序列比对分析 3限制性酶切分析 4引物设计 5蛋白质序列分析
序列显示 提供多种序列显示方案，包括 显示核酸序列的组成及分子量的大 小、序列反转、序列互补、序列反 向互补、序列双链显示等。
3、 引物可能出现的二级结构
1、发夹结构（Hairpin） 发夹结构 引物单链自身互补 2、自身二聚体（Dimer） 自身二聚体 两个同型引物互补 3、交叉二聚体（Cross Dimer） 交叉二聚体 两个异型引物间互补
4、引物的唯一性
防止错配发生 错配（或称假引发） 错配（或称假引发） False Priming 将导致产生非专一产物
分子克隆实验中常用的 计算机软件
推荐使用软件
Primer5.0 and OLIGO DNAMAN Bioedit 序列编辑、外挂分析程序和 序列编辑、外挂分析程序和RNA分析 分析 Clustalw and ClustalX 多重序列比对分析 Rasmal and Cn3D 载体构建 Vector advance and Vector NTI Invitr‘末端限制
端防止连续三个C 3’端防止连续三个C或G 端防止连续三个 3’端防止互补 端防止互补
2、引物互补限制
尽量避免发夹结构、自身二聚体和交叉二聚体 尽量避免发夹结构、 出现
G+C含量一般为40%含量一般为40% 3、G+C含量一般为40%-60% 退火温度一般为50 50° 80° 4、退火温度一般为50°C -80°C，最好接 72° 近72°C
The end