常用的生物信息学软件的介绍和文献依据

14693822
Caryoscope
在基因组环境中查看比较基因组杂交微阵列数据的一个
开源Java应用程序
15488149
CEAS
顺式调控元件注释系统，对ChIP-chip，ChIP-seq的峰进行注释
19689956
CentiLib
网络中心性的综合分析和探索
22390940
Cerebral
一个使用亚细胞定位注释进行生物网络布局和交互的Cytoscape插件
ExpressionPlot
一个分析RNA-Seq和微阵列基因表达数据的基于网络的框架
217979ຫໍສະໝຸດ Baidu1
EZ-Viz
用标签和按钮简化PyMOL中分子查看
21638731
FIMO
扫描一个给定motif的出现
21330290
Flapjack
图示的基因型可视化
20956241
flowViz
一个可视化流式细胞仪数据的Bioconductor包
18445605
Cytoscape Web
一个交互式基于网络的网络浏览器
20656902
DAnTE
一个定量分析组学数据（蛋白质组、微阵列）的统计工具
18453552
DBChIP
用ChIP-seq检测转录因子的差异结合
22057161
Dendroscope
一个交互式大型系统发生树查看器
18034891
16594991
BioCoder
一种标准化及自动化生物学实验方案的编程语言
21059251
BioJava
Java语言编写的一个生物信息学开源框架
18689808
biomaRt
生物学数据库（Ensembl）和微阵列数据分析
（bioconductor）间的强力连接
16082012
Biopython
适用于计算分子生物学和生物信息学的可免费获得的python工具
18978777
ClutrFree
聚类树可视化与解释
15145813
COBrA
一个生物本体论编辑器
15513995
Cobweb
一个网络浏览和可视化Java小程序
21486937
ComBat
使用经验贝叶斯方法调整微阵列表达数据中的批次影响
16632515
coMOTIF
一个识别ChIP-seq数据中转录因子和共调控motif的混合框架
名称
简介
参考文献
备注
ALINE
一个产生出版质量比对的“所见即所得”蛋白质-序列比对编辑器
19390156
AMDA
用于自动微阵列数据分析的一个R包
16824223
AmiGO
访问本体论和注释数据
19033274
AnnotationSketch
基因组注释绘图库，基因组特征可视化
19106120
Arcadia
Jetset
挑选最佳的微阵列探针集来代表一个基因
22172014
JSBML
一个处理SBML的灵活Java库
21697129
jSquid
一个图形化在线网络浏览Java小程序
18445606
JViz.Rna
一个RNA二级结构可视化Java工具
16220684
KEGGgraph
一种用R和bioconductor绘制KEGG PATHWAY的图形方法
18245128
FPV
使用Java 3D进行快速蛋白质可视化
12761052
FunNet
一个探索转录相互作用的整合工具
18799481
FX
一个云端RNA-Seq分析工具
22257667
GaggleBridge
协作的数据分析
21775306
Gap5
编辑数十亿的片段序列装配
20513662
GBParsy
graph2tab
一个转换实验流程图为表格格式的程序库
22556367
GReEn
一个基因组重测序数据高效压缩工具
22139935
GRiP
一个模拟原核生物中转录因子结合的计算工具
22426343
GSEA
基因集合富集分析：一种解释全基因表达谱的基于知识的方法
16199517
HilbertVis
用希尔伯特曲线来可视化基因组数据
21210977
IntervalStats
ChIP-seq数据集相似性的一个有效统计评估
22262674
IVEE
用基因型谱方法分析基因片段的组合模式，检测甲型流感
病毒的传播和重组事件
21824442
J-Express
使用Java来探索基因表达数据
11301307
Jalview
Java多重序列比对编辑器
一个GO术语富集可视化探索Java GUI应用程序
22360891
GOGrapher
一个GO图形展示和分析Python库
19583843
GOlorize
一个带有基于本体论的布局和着色的Cytoscape网络可视化插件
17127678
gputools
使得能够在R中进行GPU计算的一个包
19850754
19307239
KEGGtranslator
可视化并转变KEGG PATHWAY数据库为各种格式
21700675
KGML-ED
KEGG通路图的动态浏览和编辑
17142815
LeARN
检测、聚类和注释非编码RNAs的一个平台
18194551
limmaGUI
一个微阵列数据（双色）线性建模图形用户界面
15297296
21493652
Batch Blast
Extractor
批量Blast提取器：一个自动的blastx剖析器应用程序
18831775
BayesPeak
分析ChIP-seq数据的一个R包，峰识别
21245054
BEDTools
比较基因组特征的一套灵活的实用程序，支持BED，BAM，
GFF格式文件
20110278
17237072
BisoGenet
一个新的基因网络构建、可视化和分析工具，cytoscape插件
20163717
BlastR
非编码RNAs的快速且准确地数据库搜索
21624887
Bowtie
比对短DNA序列片段到大型基因组上的一个超快、
内存高效的程序
19261174
Bpipe
一个运行和管理生物信息学流程的工具
Genomorama
基因组可视化和分析
17570856
GenoViewer
一个高度用户友好、易于操作的SAM/BAM查看器和比对器工具
22359445
GenPlay
一个多用途基因组分析器和浏览器，识别各种微阵列和测序数据格式
21596789
GEOquery
基因表达综合数据库（GEO）和BioConductor间的一个桥梁
一个适用于下一代测序技术的基因组装配查看器
18550804
EASE
在基因列表中识别生物学主题，用于基因列表的快速生物学解释
14519205
Easyfig
基因组比较可视化，创建多个基因组位点的线性比较图形
21278367
EMBOSS
欧洲分子生物学序列分析开放软件套件
12002227
EnzymeTracker
一个开源的样品跟踪实验室信息管理系统
22280360
Eoulsan
一个促进高通量测序分析的基于云计算的框架
22492314
ESBTL
用于生物大分子结构和几何分析的高效PDB剖析器和数据结构
20185407
Expander
一个整合的基因表达数据分析软件平台，支持微阵列数据
分析的所有阶段
20134430
一个注释ChIP-seq和ChIP-chip数据（峰）的Bioconductor包
20459804
ChIPseqR
核小体定位和组蛋白修饰ChIP-seq实验分析
21281468
Chipster
用于微阵列和其他高通量数据的用户友好的分析软件
21999641
CisGenome
一个分析ChIP-chip和ChIP-Seq的整合软件系统
22500002
BRAT
重亚硫酸盐处理的片段分析工具
20031974
BRAT-BW
重亚硫酸盐处理的片段的高效且准确地比对
22563065
Brian
一个Python编写的脉冲神经网络模拟器
19115011
BSMAP
全基因组重亚硫酸盐测序比对程序
19635165
BugView
用于比较基因组的一个浏览器，Java编写
14960472
Java Treeview
微阵列数据可视化，树状图查看
15180930
JBrowse
下一代基因组浏览器，通过平滑地动态移动，缩放，导航基因组注释
19570905
jClust
一个聚类和可视化工具箱
19454618
JColorGrid
生物学测量值可视化，绘制热图，颜色网格等
16640789
17496320
GIMP
一个跨平台的处理数字图像的免费、开源软件
19457798
GLITR
基于对照数据的随机采样计算一个倍数变化以从ChIP-Seq
数据中提取转录因子靶点
19553195
GO::TermFinder
访问基因本体论信息并找到与一列基因相关的显著富集的基因本体论术语
15297299
GoBean
LogoBar
带有空位的蛋白质logos柱状图可视化
16269415
MACS
基于模型的ChIP-Seq峰识别软件
18798982
MAGIC Tool
整合的微阵列数据分析工具，开源，多平台
一个基因组数据处理和可视化框架
18388141
GeneTUKit
一个文档水平基因标准化软件
21303863
GeneXplorer
微阵列数据的可视化和分析
15458579
GenomeView
使用动态导航和语义缩放动态地浏览高容量的比对短片段数据
22102585
GenomeViz
可视化微生物基因组
15601465
DIME
基于一套混合模型的差异ChIP-seq结合位点识别R包
21471015
DendroPy
一个系统发生计算Python库
20421198
DrugViz
一个在生物网络中可视化和分析小分子药物的Cytoscape插件
18658180
dsrc
FASTQ格式中DNA序列片段的压缩
21252073
EagleView
一个高速的GenBank平面文件解析器库
18652706
Generic HTML
Form Processor
一个保存网络收集的数据到一个MySQL数据库中的多功能PHP脚本
16629305
GeneNotes
第一个允许用户收集和管理有关基因/ESTs的多媒体生物
信息的应用程序
15686593
GeneTrack
19304878
BioRuby
适用于Ruby编程语言的生物信息学软件
20739307
BioWarehouse
一个生物信息学数据仓库整合工具包
16556315
birgHPC
为生物信息学和分子动力学创建即时计算集群，自启动linux发行版
21398666
Biskit
python编写的一个结构生物信息学软件平台（库）
17309895
ChemmineR
一个化合物挖掘（结构相似性搜索和小分子聚类）R框架
18596077
ChIPDiff
从ChIP-seq数据中进行差异组蛋白修饰位点的全基因组识别
的一种HMM方法
18667444
ChIPMunk
ChIP-Seq数据中结合motif的深度和广度挖掘
20736340
ChIPpeakAnno
代谢通路的一个可视化工具，翻译文本的生物学网络描述为图示
20453003
ArchTEx
下一代测序数据片段的最佳延长及准确提取和可视化
22302569
ArrayExpress
将ArrayExpress数据集导入到R/Bioconductor中
19505942
ArrayExpressHTS
用于RNA-seq数据处理和质量评估的一个流程
21233166
arrayMagic
双色cDNA微阵列质控和预处理
15454413
arrayQCplot
用图形分析和统计分析检查微阵列数据质量的软件
16864592
BALL
生物化学算法库
20973958
BALLView
用于分子建模研究和教育的一个工具
16332707
BamTools
分析和管理BAM文件的一个C++应用程序接口和工具包
19297348
i-cite
一个浏览器扩展，增强了生命科学文献的导航，及链接术语到
相应的非文本数据
19767300
IGB
整合基因组浏览器：用于基因组规模数据集的发布、探索、可视化
19654113
Interpol
一个蛋白质序列预处理R程序包
21682849
interPopula
一个访问HapMap计划数据集的Python API
BEST
结合位点评估工具套件，整合了4种普遍使用的motif发现程序
15814553
BIGpre
一个下一代测序数据质量评估程序包
22289480
BiNGO
一个评估基因本体论类别在生物网络中过代表的Cytoscape插件
15972284
Bio++
用于序列分析、系统发生学、分子进化和群体遗传学的一套C++库
21775309
ContEst
评估下一代测序数据中人类样品的交叉污染
21803805
Conscript
RasMol到PyMOL的脚本转换器
21567873
CoXpress
基因表达数据中的差异共表达分析（R包）
17116249
Cytoscape ESP
使用逻辑操作符和通配符在多属性领域搜索复杂生物
网络的Cytoscape插件