生物信息学分析实例

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生物信息学高性能计算平台 应用实例分析
Bioinformatics Center Lingyun Zou
Tel: 023-6877193 Cell：13512395250 Email 来自百度文库 lyzou@tmmu.edu.cn
CTCTCTCTOHOHOHOHLILLILIIRLRRLLRLDEDDEEDEGGGMGMMMEEEEIIIILOLLOOLOIIIFITFFFTTTABAABBABRARARARAYSYSYSYSIIIIMCMCMM CCEMEMEMEMDDDEDEEEIIDIDIDDCCCCIIIIAAAACCCCLLLLAAAALLUULLUUNNNNSSSSCCIICCIIVVIIVVIIEEEEEEEENNNRNRRRSCSCSCSCIEIEIIEETTTTSSYSSYYY
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第一种策略
SSH登录某个计算节点 使用Xmanager登录高性能计算系统 登录计算节点，如登录compute-0-5的命令为： [zouly@big ~]$ ssh compute-0-5
上传6个基因组数据到当前目录 启动Mauve程序：/disk1/biosoft/mauve_2.3.1/Mauve 输入序列，执行比对 分析比对结果
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第3步：启动mauve程序： [zouly@big mauve-test]$ /disk1/biosoft/mauve_2.3.1/Mauve
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第4步：导入序列，执行比对
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第5步：显示和分析比对结果
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第二种策略
使用Xmanager登录高性能计算系统 从基因组ftp数据库下载6个基因组数据 编写计算任务的sge脚本
提交脚本，执行运算 分析比对结果
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第1 步: SSH登录高性能计算系统
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第2步：下载基因组数据到当前目录
/disk1/zouly/mauve-test/NC_000913.gbk， 18431416 bp /disk1/zouly/mauve-test/NC_004337.gbk， 14528918 bp /disk1/zouly/mauve-test/NC_004741.gbk， 14940486 bp /disk1/zouly/mauve-test/NC_011283.gbk， 18555868 bp /disk1/zouly/mauve-test/NC_011353.gbk， 17665584 bp /disk1/zouly/mauve-test/NC_012731.gbk， 17281536 bp
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第3步：编写计算脚本文件mauve-test.sge
[zouly@big mauve-test]$ vi mauve-test.qsub #!/bin/bash #$ -cwd #$ -j y #$ -S /bin/bash # /disk1/biosoft/mauve_2.3.1/linux-x64/mauveAligner --output =ec_sf1_sf2.mauve --output-alignment=ec_sf1_sf2.alignment NC_000913.gbk NC_000913.gbk .sml NC_011353.gbk NC_011353.gbk .sml NC_004337.gbk NC_004337.gbk .sml NC_004741.gbk NC_004741.gbk .sml NC_011283.gbk NC_011283.gbk .sml NC_012731.gbk NC_012731.gbk.sml
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分析方法
第一种策略：
SSH登录高性能计算系统，继续SSH登录某个计算节点 使用Mauve软件（/disk1/biosoft/Mauve2.3.1）进行比
对 分析比对结果
第二种策略：
SSH登录高性能系统 编写计算脚本，使用Mauve软件进行比对 提交计算任务 分析计算结果
CTCTCTCTOHOHOHOHLILLILIIRLRRLLRLDEDDEEDEGGGMGMMMEEEEIIIILOLLOOLOIIIFITFFFTTTABAABBABRARARARAYSYSYSYSIIIIMCMCMM CCEMEMEMEMDDDEDEEEIIDIDIDDCCCCIIIIAAAACCCCLLLLAAAALLUULLUUNNNNSSSSCCIICCIIVVIIVVIIEEEEEEEENNNRNRRRSCSCSCSCIEIEIIEETTTTSSYSSYYY
Outline
多个肠道杆菌全基因组比对实例 使用modeller进行蛋白质结构模拟 使用Gromacs进行分子动力学模拟
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1、肠道杆菌不同菌株全基因组比较
问题：
对以下六个肠道杆菌的全基因组序列进行比对分析 1、Escherichia coli O157:H7 str. EC4115 2、Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 3、Shigella flexneri 2a str. 2457T 4、Shigella flexneri 2a str. 301 5、Klebsiella pneumoniae 342 6、Klebsiella pneumoniae NTUH-K2044
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第一种策略演示
第1步：使用Xmanager软件SSH登录系统
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第2步：下载6个基因组数据到当前目录 NC_000913.gbk， 18431416 bp NC_004337.gbk， 14528918 bp NC_004741.gbk， 14940486 bp NC_011283.gbk， 18555868 bp NC_011353.gbk， 17665584 bp NC_012731.gbk， 17281536 bp