如何用MEGA5.0和Clustalx1.83构建进化树

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用MEGA构建进化树

如何用MEGA构建进化树MEGA3.1是一个关于序列分析以及比较统计的工具包，其中包括有距离建树法和MP 建树法；可自动或手动进行序列比对，推断进化树，估算分子进化率，进行进化假设测验，还能联机的Web数据库检索。

下载后可直接使用，主要包括几个方面的功能软件：i)DNA 和蛋白质序列数据的分析软件。

ii)序列数据转变成距离数据后，对距离数据分析的软件。

iii)对基因频率和连续的元素分析的软件。

iv)把序列的每个碱基/氨基酸独立看待（碱基/氨基酸只有0和1的状态）时，对序列进行分析的软件。

v)绘制和修改进化树的软件，进行网上blast搜索。

用MEGA构建进化树有以下步骤：1. 16S rDNA测序和参考序列选取从环境中分离到单克隆，去重复后扩增16S rDNA序列并测序，然后与数据库/blast/Blast.cgi比对，找到相似度最高的几个序列，确定一下你分离的细菌大约属于哪个科哪个属，如果相似度达到百分之百那基本可以确定你分离得到的就是Blast到的那个，然后找一到两个同科的，再找一到两个同目的，再找一到两个同纲的细菌，把序列全部下下来，以FSATA形式整合在TXT文档中，如>TS1GCAGTCGAACGATGAAGCCCAGCTTGCTGGGTGGA TTAGTGGCGAACGGGTGAGTAA CACGTGGGTGATCTGCCCTGCACTTCGGGATAAGCCTGGGAAACTGGGTCTAATACCG GA TAGGACCTCGGGA TGCA TGTTCCGGGGTGGAAAGGTTTTCCGGTGCAGGATGGGCC>gi|117572706|gb|EF028124.1| Rhodococcus sp. Atl25 16S ribosomal RNA gene, partial sequence CGATTAGAGTTTGA TCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAA GTCGAACGATGAAGCCCAGCTTGCTGGGTGGA TTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACAC GTGGGTGATCTGCCCTGCACTTCGGGATAAGCCTGGGAAACTGGGTCTAA TACCGGA T>TS2TGCAAGTCGAGCGAATGGA TTAAGAGCTTGCTCTTA TGAAGTTAGCGGCGGACGGGTG AGTAACACGTGGGTAACCTGCCCA TAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAA TACCGGATAACA TTTTGAACTGCATGGTTCGAAA TTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACT>gi|56383044|emb|AJ809498.1| Bacillus cereus partial 16S rRNA gene, strain TMW 2.383GA TGAACGCTGGCGGCGTGCCTAA TACATGCAAGTCGAGCGAA TGGATTAAGAGCTTG CTCTTA TGAAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAGAC TGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAACYGCATGGTTC ………………………….………………………….参考序列选择有几个原则：a，不选非培养(unclutured)微生物为参比；b，所选参考序列要正确，里面无错误碱基；c，在保证同属的前提下，优先选择16S rDNA全长测序或全基因组测序的种；d，每个种属选择一个参考序列，如果自己的序列中同一属的较多，可适当选择两个参考序列。

进化树构建方法-MEGA

利用MEGA 来构建进化树（molecular evolutionary genetics analysis 分子进化遗传分析）打开mega5，选择Align----edit/built alignment----create a new alignment—OK选择DNA/protein出现新的对话框Open------选择已经保存好的用clustalx 经过比对保存的以.aln格式的文件打开之后，出现下面的页面双击文件名可以进行修改的。

我的就是从这里开始修改把A,B,C 都去掉，只留号码就好右键菜单点击delete 删除带※的那一行。

得到下面的图示，点击保存，重新起名字。

之后点击此图内的Alignment 选择Align by clustalW即可。

默认设置即可，点击OK就进行比对了，此后会出现一个过渡对话框，显示的是两两比对和多序列比对的过程之后回到初始页面，就是这个页面之后点File---点开，把刚才保留的文件点开然后出现下面的页面多了几个内容，点击TA的那个框框。

之后出现这样的框框图片然后在主程序中选择phylogeny---construct/test neighbor-joining tree,然后出现下面的页面黄色框框处的的参数是可以改变的，该图为我已经改变好的，把Bootstrap 的值改为1000 Methods根据文献上的参考改为了Kimura2-parameter model.之后点击compute,就出现了，而且还带有必需的支持率即自展值，是用来检验你所计算的进化树分支可信度的。

简单地讲就是把序列的位点都重排，重排后的序列再用相同的办法构树，如果原来树的分枝在重排后构的树中也出现了，就给这个分枝打上一分，如果没出现就给0分，这样经过你给定的repetitions 次（至少1000次）重排构树打分后，每个分枝就都得出分值，计算机会给你换算成bootstrap值。

重排的序列有很多组合，值越小说明分枝的可信度越低，最好根据数据的情况选用不同的构树方法和模型。

MEGA-5软件——系统发育树构建方法

MEGA-5软件——系统发育树构建方法MEGAv5软件——系统发育树构建方法1)序列文本构树之前先将每个样品的序列都分别保存为txt文本文件中，序列只包含序列字母（ATCG或氨基酸简写字母）。

文件名名称可以已经您的想法随意编辑。

2)序列导入MEGA 5首先打开MEGA 5软件，界面如下：然后，导入需要构建系统进化树的序列：点击OK如果是DNA序列，点击DNA，如果是蛋白序列，点击Protein。

出现新的对话框，创建新的数据文件如果是DNA序列，点击DNA，如果是蛋白序列，点击Protein。

导入成功3)序列比对分析点击W，开始比对。

比对完成后删除序列两端不能完全对其的碱基。

系统分析然后，关闭该窗口，在弹出的对话框中选择保存文件，文件名随便去，比如保存为1。

4)系统发育树构建以NJ为例Bootstrap选择1000，点Computer，开始计算计算完毕后，生成系统发育树。

以下“系统发育树树的修饰”方法沿用斑竹brightfuture01的方法5)树的修饰建好树之后，往往需要对树做一些美化。

这个工作完全可以在word中完成，达到发表文章的要求。

点击image，copy to clipboard。

新建一个word文档，选择粘贴。

见下图：在图上点击右键-编辑图片，就可以对文字的字体大小，倾斜等做出修饰。

见下图：这个时候可以通过Adobe professional 对其进行图像导出：先将此word文档打印成PDF，见下图：将打印出来的PDF保存在桌面上，打开，如下图：此时，点击工具，高级编辑工具，裁剪工具，如下图所示：选择需要的区域以删除周围的空白区，双击发育树，会出现下图：点击确定，出现下图 (把空边切掉了)：点击文件，另存为，在保存类型一栏中选择TIFF格式，点击确定后会生成下面这个图片，所生成图片绝对可以满足文章的发表：OK，结束了，自己玩一把吧。

用MEGA构建进化树

如何用MEGA构建进化树MEGA3.1是一个关于序列分析以及比较统计的工具包，其中包括有距离建树法和MP建树法；可自动或手动进行序列比对，推断进化树，估算分子进化率，进行进化假设测验，还能联机的Web数据库检索。

下载后可直接使用，主要包括几个方面的功能软件：i)DNA和蛋白质序列数据的分析软件。

ii)序列数据转变成距离数据后，对距离数据分析的软件。

iii)对基因频率和连续的元素分析的软件。

iv)把序列的每个碱基/氨基酸独立看待（碱基/氨基酸只有0和1的状态）时，对序列进行分析的软件。

v)绘制和修改进化树的软件，进行网上blast搜索。

用MEGA构建进化树有以下步骤：1. 16S rDNA测序和参考序列选取从环境中分离到单克隆，去重复后扩增16S rDNA 序列并测序，然后与数据库/blast/Blast.cgi比对，找到相似度最高的几个序列，确定一下你分离的细菌大约属于哪个科哪个属，如果相似度达到百分之百那基本可以确定你分离得到的就是Blast到的那个，然后找一到两个同科的，再找一到两个同目的，再找一到两个同纲的细菌，把序列全部下下来，以FSATA形式整合在TXT文档中，如>TS1 GCAGTCGAACGATGAAGCCCAGCTTGCTGGGT GGATTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGG GTGATCTGCCCTGCACTTCGGGATAAGCCTGGG AAACTGGGTCTAATACCGGATAGGACCTCGGGA TGCATGTTCCGGGGTGGAAAGGTTTTCCGGTG CAGGATGGGCC>gi|117572706|gb|EF028124.1| Rhodococcus sp. Atl25 16S ribosomal RNA gene, partial sequence CGATTAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACG CTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACG ATGAAGCCCAGCTTGCTGGGTGGATTAGTGGC GAACGGGTGAGTAACACGTGGGTGATCTGCCC TGCACTTCGGGATAAGCCTGGGAAACTGGGTCTAATACCGGAT>TS2 TGCAAGTCGAGCGAATGGATTAAGAGCTTGCTC TTATGAAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACA CGTGGGTAACCTGCCCATAAGACTGGGATAACT CCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTT TGAACTGCATGGTTCGAAATTGAAAGGCGGCTT CGGCTGTCACT>gi|56383044|emb|AJ809498.1| Bacillus cereus partial 16S rRNA gene, strain TMW 2.383 GATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAA GTCGAGCGAATGGATTAAGAGCTTGCTCTTATG AAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGG GTAACCTGCCCATAAGACTGGGATAACTCCGGG AAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAAC YGCATGGTTC………………………….………………………….参考序列选择有几个原则：a，不选非培养(unclutured)微生物为参比；b，所选参考序列要正确，里面无错误碱基；c，在保证同属的前提下，优先选择16S rDNA全长测序或全基因组测序的种；d，每个种属选择一个参考序列，如果自己的序列中同一属的较多，可适当选择两个参考序列。

Mega的使用以及进化树的绘制

1.MEGA构建系统进化树的步骤2.CLUSTALX进行序列比对1.MEGA构建系统进化树的步骤1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致( 5’-3’)。

如图：2. 打开MEGA软件，选择"Alignment" - "Alignment Explorer/CLUSTAL"，在对话框中选择Retrieve sequences from a file, 然后点OK，找到准备好的序列文件并打开，如图：。

3. 在打开的窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalX” 进行对齐，对齐过程需要一段时间，对齐完成后，最好将序列两端切齐，选择两端不齐的部分，单击右键，选择delete即可，如图：。

4. 关闭当前窗口，关闭的时候会提示两次否保存，第一次无所谓，保存不保存都可以，第二次一定要保存，保存的文件格式是.meg。

根据提示输入Title，然后会出现一个对话框询问是否是Protein-coding nucleotide sequence data, 根据情况选择Yes或No。

最后出现一个对话框询问是否打开，选择Yes，如图：。

5. 回到MEGA主窗口，在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” -“Neighbor-joining”，打开一个窗口，里面有很多参数可以设置，如何设置这些参数请参考详细的MEGA说明书，不会设置就暂且使用默认值，不要修改，点击下面的Compute按钮，系统进化树就画出来了，如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Minimun-evolution”,如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Maximun-parsimony”,如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“UPGMA”，如图：6. 最后，使用TreeExplorer窗口中提供的一些功能可以对生成的系统进化树进行调整和美化。

干货师兄，我想用MEGA建个树，咋整？

干货师兄，我想用MEGA建个树，咋整？作者：解螺旋.冬至转载需授权并注明来源：解螺旋，医生科研助手师妹：师兄，我想建个树。

师兄：啥树啊！你家的family tree啊？师妹：师兄，你不要调戏我，我就建一个简单的进化树！这个怎么做啊？简单呀，你可以用MEGA，先去MEGA官网（/）下载这个软件，免费的啊。

MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis ）是一个功能非常强大的分子进化遗传分析软件，可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。

下面师兄给你详细介绍如何利用Mega软件构建进化树。

1.首先将需要进行建树的序列保存为fasta格式，并将文件扩展名改为.fasta。

.fasta序列格式以“>”开头。

“>”后面这一行写名称，回车，下一行写序列，氨基酸序列类似，所有序列保存在一个txt文件中。

例如：>gene1/speciesname NCBI accession numberATCGGCGTAGCTAGATGCTAGTATCGTA>gene1/speciesname NCBI accession numberAGTAGCTAGTGATGTA2. 点击Align－－Edit／built Alignment，选择创建一个新的比对，点OK根据要求选择DNA或者蛋白质序列3.打开需要比对的.fasta文件4. 点击Alignment－Align by Clustal W，选择所有序列，出现下图，所有参数为默认，点击OK。

5. 我们看到在未对齐之前，由于序列长度不一样，有些序列长出来很多，而有的序列在这些位点全是gap，为了排除gap位点的干扰。

我们需要将序列两端对齐。

两端以比对上最短的序列为准，删除其他序列5’和3’多余的部分，可以看到在序列比对上的部分，最上面一行软件标记为“*”，我们需要将没有标记“*”的位点删除，可以用shift一起选择没有标记“*”开始和末端的位点，选好后点击鼠标右键，单击delete删除。

Mega构建进化树的方法

Open a saved alignment session：使用它可以打开一个已经比对好的序列文件；
Retieve a sequence from a file ：这种情况同第一种情
况相似。
3
选择选项1，弹出下面对话框
4
• 根据情况选择“yes”或“no”
5
从”Data”菜单中读取序列文件,如6 选择保存的fasta格式的序列文件,如7
MEGA构建进化树的方法
MEGA简介
Molecular Evolutionary Genetics Analysis Functions
• conducting automatic and manual sequence alignment • inferring phylogenetic trees • mining web-based databases • estimating rates of molecular evolution • testing evolutionary hypotheses.
9
10
在窗口10中点击“Phylogeny”下拉菜单
11
然后选择Bootstrap Test of Phylogeny。最大简约法 Maximum Parsimony；邻接法 Neighbor Joining；最小进化法 Minimum Evolution。
三种方法中选择Neighbor Joining，出现窗口12
12
在12窗口设置好各种参数，然后，点击“Compute”进行运算，构建进化树
结果如窗口13所示：在实际运行得到拓扑图之后，上面有两个选项，点击 Original tree，可以选择查看计算所得到的所有结构树。

用MEGA构建进化树

下载后可直接使用，主要包括几个方面的功能软件：i)DNA 和蛋白质序列数据的分析软件。

ii)序列数据转变成距离数据后，对距离数据分析的软件。

iii)对基因频率和连续的元素分析的软件。

iv)把序列的每个碱基/氨基酸独立看待（碱基/氨基酸只有0和1的状态）时，对序列进行分析的软件。

v)绘制和修改进化树的软件，进行网上blast搜索。

用MEGA构建进化树有以下步骤：1. 16S rDNA测序和参考序列选取从环境中分离到单克隆，去重复后扩增16S rDNA序列并测序，然后与数据库比对，找到相似度最高的几个序列，确定一下你分离的细菌大约属于哪个科哪个属，如果相似度达到百分之百那基本可以确定你分离得到的就是Blast到的那个，然后找一到两个同科的，再找一到两个同目的，再找一到两个同纲的细菌，把序列全部下下来，以FSATA形式整合在TXT 文档中，如>TS1GCAGTCGAACGATGAAGCCCAGCTTGCTGGGTGGA TTAGTGGCGAACGGGTGAGTAA CACGTGGGTGATCTGCCCTGCACTTCGGGATAAGCCTGGGAAACTGGGTCTAATACCG GA TAGGACCTCGGGA TGCA TGTTCCGGGGTGGAAAGGTTTTCCGGTGCAGGATGGGCC>gi|117572706|gb|EF028124.1| Rhodococcus sp. Atl25 16S ribosomal RNA gene, partial sequence CGATTAGAGTTTGA TCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAA GTCGAACGATGAAGCCCAGCTTGCTGGGTGGA TTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACAC GTGGGTGATCTGCCCTGCACTTCGGGATAAGCCTGGGAAACTGGGTCTAA TACCGGA T>TS2TGCAAGTCGAGCGAATGGA TTAAGAGCTTGCTCTTA TGAAGTTAGCGGCGGACGGGTG AGTAACACGTGGGTAACCTGCCCA TAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAA TACCGGATAACA TTTTGAACTGCATGGTTCGAAA TTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACT>gi|56383044|emb|AJ809498.1| Bacillus cereus partial 16S rRNA gene, strain TMW 2.383GA TGAACGCTGGCGGCGTGCCTAA TACATGCAAGTCGAGCGAA TGGATTAAGAGCTTG CTCTTATGAAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCA TAAGAC TGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAACYGCATGGTTC ………………………….………………………….参考序列选择有几个原则：a，不选非培养(unclutured)微生物为参比；b，所选参考序列要正确，里面无错误碱基；c，在保证同属的前提下，优先选择16S rDNA全长测序或全基因组测序的种；d，每个种属选择一个参考序列，如果自己的序列中同一属的较多，可适当选择两个参考序列。

用MEGA如何画进化树？

用MEGA如何画进化树？今天我们来讲讲MEGA的使用，本例使用的MEGA版本是6.0.6，乃们也可以到官网下载最新版来用。

MEGA下载地址：/MEGA的主界面：使用步骤1. 序列导入可以通过Data导入数据也可以通过file导入数据。

如果打开的文件是比对结果，选择Analyze；如果打开的文件是序列文件，选择Align。

另外双击这些后缀名文件即可自动导入序列，导入后会弹出MEGA比对界面。

如果fasta 序列导入报错，多是因为序列长度不同导致：如果序列长度不同，可以采用新建文件，将序列文件导入的方法。

步骤：Align → Edit/Build Alignment → create a new alignment → Data → open → Retrieve sequences from File将复制输入的序列另存输出看看。

步骤：data → Export alignment → fasta format序列长度都被用横线补齐了。

2. 多序列比对选择muscle或者clustalw进行比对：clustalw 一般用于DNA ，muscle多用于蛋白。

在比对之前需先选中要进行比对的序列（Shift），还可以对序列或者序列名进行编辑（双击）。

比对参数选择：保存比对文件，进化树分析提供数据。

一般导出的比对结果保存为fasta格式，或者直接点击保存按钮将结果，保存为二进制的mas或meg文件。

3. 构建进化树导入数据：将刚刚另存的meg 文件重新导入到mega程序中（直接拖入工作界面），并选择构建进化树。

参数选择：参数设置，Bootstrap method一般选择1000~1500；第一次绘图时建议选择500，这样运行速度会比价快，结果合适再调至1000重新进行进化分析。

描述：进化树可视化：View→Tree/Branch style选择树的模式，也可以通过右图菜单进行选择。

发散树环状树进化树简单美化：可视化文件的保存：•Newick——标准树文件，用于下游可视化软件的导入•png——压缩图像文件•pdf——矢量图像文件保存为png/pdf，显示不全怎么办？——将图和图注复制到WORD中保存即可（Image Copy to Clipboard 粘贴到WORD）。

图文详解MEGA 5构建系统发育树

图文详解MEGA 5构建系统发育树(2013-10-11 20:52:49)如遇不妥，请指正。

软件下载：MEGA 5；DNAMAN 71．准备序列文件准备fasta格式序列文件（fasta格式：大于号>后紧跟序列名，换行后是序列。

举例如下）。

每条序列可以单独为一个文件，也可以把所有序列放在同一文件内。

核酸序列：>sequence1_nameCCTGGCTCAGGATGAACGCT氨基酸序列：>sequence2_nameMQSPINSFKKALAEGRTQIGF2．多序列比对打开MEGA 5，点击Align，选择Edit/Build Alignment，选择Create a new alignment，点击OK。

→这时需要选择序列类型，核酸（DNA）或氨基酸（Protein）。

选择之后，在弹出的窗口中直接Ctrl + V粘贴序列（如果所有序列在同一个文件中，即可全选序列，复制）。

也可以：点击Edit，选择Insert Sequence From File，选择序列文件（可多选）。

序列文件加载之后，呈蓝色背景（为选中状态）。

点击按钮，选择Align DNA（如果是氨基酸序列，则会出现Align Protein）。

弹出的窗口中设置比对参数，一般都是采用默认参数即可。

点击OK，开始多序列比对。

比对完成后，呈现以下状态。

这时需要截齐两端含有---的序列：选中含有---的序列，按键Delete删除（注意：两端都需要截齐）。

截齐之后，保存文件为：filename.mas↓3．构建系统进化树多序列比对窗口，点击Data，选择Phylogenetic Analysis，弹出窗口询问：所用序列是否编码蛋白质，根据实际情况选择Yes或No。

此时，多序列比对文件就激活了，可以返回MEGA 5主界面建树了。

MEGA 5主界面。

点击Phylogeny，选择Construct/Test Neighbor-Joining Tree…弹出的对话框询问：是否使用当前激活的数据，选择Yes。

图文详解MEGA5构建系统发育树

图文详解MEGA 5构建系统发育树(2013-10-11 20:52:49)如遇不妥，请指正。

软件下载：MEGA 5 ; DNAMAN 71 •准备序列文件准备fasta格式序列文件(fasta格式：大于号> 后紧跟序列名，换行后是序列。

举例如下)。

每条序列可以单独为一个文件，也可以把所有序列放在同一文件内。

核酸序列：>sequence1_nameCCTGGCTCAGGATGAACGCT氨基酸序列：>sequence2_nameMQSPINSFKKALAEGRTQIGF2 .多序列比对打开MEGA 5，点击Align，选择Edit/Build Alignment ，选择Create a new alignment ，点击OK。

MEGA 5,05File Analysis HelpOpen Saved Alignment Session,..玄Show Web Browser& Query DstabankEDo BLAST SearchSelect an Option -■ * Create a new dig nment( Open a saved alignment sessiDn「Retrieve sequencer from a file4 OK X Parcel这时需要选择序列类型，核酸（DNA ）或氨基酸（Protein ）选择之后，在弹出的窗口中直接 Ctrl + V 粘贴序列（如果所有序列在同一个文件中，即可全选序列，复制）。

也可以：点击 Edit ，选择Insert Seque nee From File ，选择序列文件（可多选）。

用MEGA构建进化树

怎么样用MEGA建坐进化树之阳早格格创做是一个关于序列分解以及比较统计的工具包，其中包罗有距离建立法战MP建立法；可自动大概脚动举止序列比对付，估计进化树，估算分子进化率，举前进化假设考验，还能联机的Web数据库检索.下载后可间接使用，主要包罗几个圆里的功能硬件：i)DNA战蛋黑量序列数据的分解硬件.ii)序列数据转形成距离数据后，对付距离数据分解的硬件. iii)对付基果频次战连绝的元素分解的硬件.iv)把序列的每个碱基/氨基酸独力瞅待（碱基/氨基酸惟有0战1的状态）时，对付序列举止分解的硬件.v)画造战建矫正化树的硬件，举止网上blast搜索.用MEGA建坐进化树有以下步调：1. 16S rDNA测序战参照序列采用从环境中分散到单克隆，去沉复后扩删16S rDNA序列并测序，而后与数据库比对付，找到相似度最下的几个序列，决定一下您分散的细菌约莫属于哪个科哪个属，如果相似度达到百分之百那基础不妨决定您分散得到的便是Blast到的那个，而后找一到二个共科的，再找一到二个共脚段，再找一到二个共目的细菌，把序列齐脚下下去，以FSATA形式调整正在TXT文档中，如>TS1GCAGTCGAACGATGAAGCCCAGCTTGCTGGGTGGATT AGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGGGTGATCTGCC CTGCACTTCGGGATAAGCCTGGGAAACTGGGTCTAAT ACCGGATAGGACCTCGGGATGCATGTTCCGGGGTGGA AAGGTTTTCCGGTGCAGGATGGGCC>gi|117572706|gb|EF028124.1| Rhodococcus sp. Atl25 16S ribosomal RNA gene, partial sequence CGATTAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGC GGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGATGAAGCCC AGCTTGCTGGGTGGATTAGTGGCGAACGGGTGAGTAA CACGTGGGTGATCTGCCCTGCACTTCGGGATAAGCCTG GGAAACTGGGTCTAATACCGGAT>TS2 TGCAAGTCGAGCGAATGGATTAAGAGCTTGCTCTTATG AAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAAC CTGCCCATAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGG CTAATACCGGATAACATTTTGAACTGCATGGTTCGAAA TTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACT GATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCG AGCGAATGGATTAAGAGCTTGCTCTTATGAAGTTAGCG GCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATA AGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAA CYGCATGGTTC………………………….………………………….参照序列采用有几个准则：a，不选非培植(unclutured)微死物为参比；b，所选参照序列要精确，内里无过失碱基；c，正在包管共属的前提下，劣先采用16S rDNA齐少测序大概齐基果组测序的种；d，每个种属采用一个参照序列，如果自己的序列中共一属的较多，可适合采用二个参照序列. 2. 序列比对付将整治佳的序列导进，如图接着步调自动运止，得出截止，自动输出 .aln战.dnd 为后缀的二个文献.序列比对付也不妨间接用MEGA去搞.MEGA，如下图所示：4.只可挨启meg要领的文献，然而是它不妨把其余要领的多序列比对付文献变换过去，用.aln要领（Clustal的输出文献）变换.meg文献.面File:Convert to MEGA Format，挨启变换文献对付话框，从脚段文献夹中选中Clustal 对付比分解后所爆收的.aln文献，面打挨启.5. 变换佳的meg文献，会弹出一个提示疑息，面打ok.查看meg序列文献末尾是可平常，若存留clustal. *止，即可简略.面存盘保存meg文献，meg文献会战aln文献保存正在共一个目录.6. 关关变换窗心，回到主窗心，当前面里板上的“Click me to activate a data file”挨启刚刚才的meg文献.如果为蛋黑量序列，采用“protein sequence”，电打“OK”，得到以下图示，数据输进之后的格式，窗心底下有序列文献名战典型.而正在其余一个窗心内，出现以下数据文献面打采用战编写数据分类图标，可对付所采用的序列举止编写，完成后面打close即可.序列编写完成后，可举止保存，面打保存后出现以下界里，面打ok即可.7. 建坐进化树的算法主要分为二类：独力元素法（discrete character methods）战距离依赖法（distance methods）.所谓独力元素法是指进化树的拓扑形状是由序列上的每个碱基/氨基酸的状态决断的（比圆：一个序列上大概包罗很多的酶切位面，而每个酶切位面的存留与可是由几个碱基的状态决断的，也便是道一个序列碱基的状态决断着它的酶切位面状态，当多个序列举前进化树分解时，进化树的拓扑形状也便由那些碱基的状态决断了）.而距离依赖法是指进化树的拓扑形状由二二序列的进化距离决断的.进化树枝条的少度代表着进化距离.独力元素法包罗最大简约性法（Maximum Parsimony methods）战最大大概性法（Maximum Likelihood methods）；距离依赖法包罗除权配对付法（UPGMAM）战邻位贯串法（Neighbor-joining）.（1）phylogeny→UPGMA（2）用Bootstrap建坐进化树，MEGA的主要功能便是搞Bootstrap考证的进化树分解，Bootstrap考证是对付进化树举止统计考证的一种要领，不妨动做进化树稳当性的一个度量.百般算法虽然分歧，然而是支配要领基础普遍.进化树的建坐是一个统计教问题.咱们所建坐出去的进化树不过对付真正在的进化关系的评估大概者模拟.如果咱们采与了一个适合的要领，那么所建坐的进化树便会靠近真正在的“进化树”.模拟的进化树需要一种数教要领去对付其举止评估.分歧的算法有分歧的适用目标.普遍去道，最大简约性法适用于切合以下条件的多序列：i 所要比较的序列的碱基不共小，ii 对付于序列上的每一个碱基有近似相等的变同率，iii 不过多的颠换/变换的倾背，iv 所考验的序列的碱基数目较多（大于几千个碱基）；用最大大概性法分解序列则不需以上的诸多条件，然而是此种要领估计极其耗时.如果分解的序列较多，有大概要花上几天的时间才搞估计完成.历程如下①参数的树坐：phylogeny→bootstrap test of phylogeny→NJ②系统进化树的尝试要领，不妨采用用Bootstrap，也不妨采用不举止尝试.沉复次数(Replications)常常设定起码要大于100比较佳，随机数种子不妨自己随意设定，不会做用估计截止.普遍采用500大概1000.有许多Model供采用，默认为Kimura 2-paramete r，分歧的Model 有分歧的算法，简曲请参照博业的死物疑息教书籍籍.设定完成，面compute，启初估计.②截止输出：那个历程所耗时间战序列的数量战少短成正比，步调便会爆收那样一个树，该窗心中有二个属性页，一个是本初树，一个是bootstrap考证过的普遍树.树枝上的数字表示bootstrap考证中该树枝可疑度的百分比.截止如下：8. 进化树的劣化：１）利用该硬件可得到分歧树型，如下图所示：除此除中，还不妨有多种树型，根据需要去采用.２）隐现建立的相关疑息：面打图标i.３）面打劣化图标，可举止各项劣化：Tree栏中，不妨举止树型采用：rectangular tree/circle tree/radiation tree.每种树皆不妨举止少度，宽度大概角度等的设定Branch：可对付树枝上的疑息举止建改.Lable：可对付树枝的名字举止建改.Scale：标尺树坐Cutoff：cutoff for consensus tree.普遍为50%. 9、进化树的分类劣化Place root on branch：不妨去回变换.Flip subtree：180度翻转分枝，名字翻转180度.Swab subtree：接换分枝，名字不翻转.Compress/expand subtree与Set divergent time：不妨把共一分枝的基果压缩大概扩展.面打Compress/expand subtree后，正在要压缩的分枝处面打，出现以下界里，正在name/caption 中输进文献名（比圆wwww），其余另有很多的选项，树坐佳了，面打OK.所得到的截止，不妨正在压缩战扩展之间变换. 10. 安排进化树根据所的进化树的效验，要举止安排，包罗多余序列简略、缺累序列增加、种属称呼标注等等，还要根据投稿纯志央供正在PHOTOSHOP中建改等.完成后的进化树应包罗充脚的疑息.自己所搞进化树完成图如下：。

如何用MEGA作进化树（一）

如何⽤MEGA作进化树（⼀）
听说MEGA可以作进化树，听说你还不会，这么巧，我正好会。

曾⼏何时，我们看着别⼈家的进化树这么好看，⼼⾥不由得也想⾃⼰制作⼀下，周末教⼤家怎么绘制进化树吧。

⾸先，⼤家先把数据下载⼀下
⽰例⽂件名： species.fasta
species.fasta 部分序列截图
然后，构建进化树两步⾛
（1）序列⽐对
常见算法:Muscle、ClustalW
①打开MEGA软件，这⾥以7.0版为例，依次按照箭头⽅向进⾏选择
②序列⽐对
经以上步骤后弹出新的对话框：M7:Alignment Explorer
若没有显⽰我们的⽬标fasta⽂件，请注意修改这⾥的⽂件后缀名称
③打开后的species.fasta⽂件
注意：重点来啦！
④然后呢？然后就⽐对好了，查看⼀下⾸位是否⽐对齐，没有⽐齐的碱基就删除掉
⑤最后，将⽐对好序列⽂件进⾏保存就好了，此处保存为mega format，⽂件名为species
（2）构建进化树
常见算法：Neighbor-Joining、Maximum Likelihood
点击Phylogeny构建进化树，可以看出构建进化树的⽅法也有好多种，此处我们选择相对常⽤的NJ⽅法
就这么简单，树就构好了，感觉幸福来得太突然！
通过⼯具栏可以对树的形状进⾏调整
记得把树的⽂本⽂件也保存了，这⾥保存为Newick格式点击上⼀步的export以后，⼜出现下⾯的窗⼝，继续保存。

构建系统进化树的详细步骤

构建系统进化树的详细步骤1. 建树前的准备工作相似序列的获得——BLASTBLAST是目前常用的数据库搜索程序,它是Basic Local Alignment Search Tool 的缩写,意为“基本局部相似性比对搜索工具”Altschul et al.,199062;199763;国际著名生物信息中心都提供基于Web的BLAST服务器;BLAST算法的基本思路是首先找出检测序列和目标序列之间相似性程度最高的片段,并作为内核向两端延伸,以找出尽可能长的相似序列片段;首先登录到提供BLAST服务的常用网站,比如国内的CBI、美国的NCBI、欧洲的EBI和日本的DDBJ;这些网站提供的BLAST服务在界面上差不多,但所用的程序有所差异;它们都有一个大的文本框,用于粘贴需要搜索的序列;把序列以FASTA格式即第一行为说明行,以“>”符号开始,后面是序列的名称、说明等,其中“>”是必需的,名称及说明等可以是任意形式,换行之后是序列粘贴到那个大的文本框,选择合适的BLAST程序和数据库,就可以开始搜索了;如果是DNA序列,一般选择BLASTN搜索DNA数据库;这里以NCBI为例;登录NCBI主页-点击BLAST-点击Nucleotide-nucleotide BLAST blastn-在Search文本框中粘贴检测序列-点击BLAST-点击Format-得到result of BLAST;BLASTN结果如何分析参数意义:>gi||gb|| Nocardia sp. ATCC 49872 16S ribosomal RNA gene, completesequenceScore = 2020 bits 1019, Expect =Identities = 1382/1497 92%, Gaps = 8/1497 0% Strand = Plus / PlusQuery: 1 gacgaacgctggcggcgtgcttaacacatgcaagtcgagcggaaaggccctttcgggggt 60|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| Sbjct: 1 gacgaacgctggcggcgtgcttaacacatgcaagtcgagcggtaaggcccttc--ggggt 58Query: 61 actcgagcggcgaacgggtgagtaacacgtgggtaacctgccttcagctctgggataagc 120|| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||| Sbjct: 59 acacgagcggcgaacgggtgagtaacacgtgggtgatctgcctcgtactctgggataagc 118Score :指的是提交的序列和搜索出的序列之间的分值,越高说明越相似; Expect:比对的期望值;比对越好,expect越小,一般在核酸层次的比对,expect小于1e-10,就比对很好了,多数情况下为0;Identities:提交的序列和参比序列的相似性,如上所指为1497个核苷酸中二者有1382个相同;Gaps:一般翻译成空位,指的是对不上的碱基数目;Strand:链的方向,Plus / Minus意味着提交的序列和参比序列是反向互补的,如果是Plus /Plus则二者皆为正向;序列格式:FASTA格式由于EMBL和GenBank数据格式较为复杂,所以为了分析方便也出现了十分简单的FASTA数据格式;FASTA格式又称为Pearson格式,该种序列格式要求序列的标题行以大于号“>”开头,下一行起为具体的序列;一般建议每行的字符数不超过60或80个,以方便程序处理;多条核酸和蛋白质序列格式即将该格式连续列出即可,如下所示:>1 aaattgaaga gtttgatcat ggctcagatt gaacgctggc ggcaggccta acacatgcaa61 gtcgaacggt aacaggaaga agcttgcttc tttgctgacg agtggcggac ……>AY631071 Jiangella gansuensis YIM 002 1 gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc ggaaaggccc tttcgggggt61 actcgagcgg cgaacgggtg agtaacacgt gggtaacctg ccttcagctc tgggataagc……其中的…>‟为Clustal X默认的序列输入格式,必不可少;其后可以是种属名称,也可以是序列在Genbank中的登录号Accession No.,自编号也可以,不过需要注意名字不能太长,一般由英文字母和数字组成,开首几个字母最好不要相同,因为有时Clustal X程序只默认前几位为该序列名称;回车换行后是序列;将检测序列和搜索到的同源序列以FASTA格式编辑成为一个文本文件例:C:\temp\,即可导入Clustal X 等程序进行比对建树; 2. 构建系统树的相关软件和操作步骤构建进化树的主要步骤是比对,建立取代模型,建立进化树以及进化树评估;鉴于以上对于构建系统树的评价,结合本实验室实际情况,以下主要介绍N-J Tree构建的相关软件和操作步骤;用Clustal X构建N-J系统树的过程1 打开Clustal X程序,载入源文件.File-Load sequences- C:\temp\. 2 序列比对Alignment - Output format options - Clustal format; CLUSTALW sequence numbers: ONAlignment - Do complete alignment Output Guide Tree file,C:\temp\;Output Alignment file, C:\temp\; Alignwaiting……等待时间与序列长度、数量以及计算机配置有关;3 掐头去尾File-Save Sequence as…Format: CLUSTALGDE output case: LowerCLUSTALW sequence numbers: ONSave from residue: 39 to 1504 以前后最短序列为准Save sequence as: C:\temp\ OK将开始和末尾处长短不同的序列剪切整齐;这里,因为测序引物不尽相同,所以比对后序列参差不齐;一般来说,要“掐头去尾”,以避免因序列前后参差不齐而增加序列间的差异;剪切后的文件存为ALN格式;4 File-Load sequences-Replace existing sequences-Yes- C:\temp\重新载入剪切后的序列;5 Trees-Output Format Options Output Files : CLUSTAL format tree Phylip format tree Phylip distance matrix Bootstrap labels on: NODECLOSETrees-Exclude positions with gaps Trees-Bootstrap N-J Tree :Random number generator seed1-1000 : 111 Number of bootstrap trails1-1000: 1000 SAVE CLUSTAL TREE AS: C:\temp\ SAVE PHYLIP TREE AS: C:\temp\ OKwaiting……等待时间与序列长度、数量以及计算机配置有关;在此过程中,生成进化树文件.njbphb,可以用TreeView打开查看;6 Trees-Draw N-J TreesSAVE CLUSTAL TREE AS: C:\temp\ SAVE PHYLIP TREE AS: C:\temp\ SAVE DISTANCE MATRIX AS: C:\temp\ OK此过程中生成的报告文件.nj比较有用,里面列出了比对序列两两之间的相似度,以及转换和颠换分别各占多少;7 TreeViewFile-Open-C:\temp\Tree- phylogramunrooted, slanted cladogram,Rectangular cladogram多种树型 Tree- Show internal edge labels Bootstrap value显示数值Tree- Define outgroup… ingroup >> outgroup OK定义外群Tree- Root with outgroup通常需要对进化树进行编辑,这时首先要Edit-Copy至PowerPoint上,然后Copy 至Word上,再进行图片编辑;如果直接Copy至Word则显示乱码,而进化树不能正确显示; Mega建树虽然Clustal X可以构建系统树,但是结果比较粗放,现在一般很少用它构树,Mega因为操作简单,结果美观,很多研究者选择用它来建树;1 首先用Clustal X进行序列比对,剪切后生成C:\temp\文件;同上2 打开BioEdit 程序,将目标文件格式转化为FASTA格式,File-Open- C:\temp\,File-Save As- C:\temp\ ;3 打开Mega程序,转化为mega格式并激活目标文件,File-Convert To MEGA Format- C:\temp\C:\temp\ ,关闭Text Editor窗口-Do you want to save your changes before closing-Yes; Click me to activate a data file- C:\temp\Protein-coding nucleotide sequence data-No;Phylogeny-Neighbor-JoiningNJDistance Options-Models-Nucleotide: Kimura 2-parameter;d: Transitions+Transversions;Include Sites-Pairwise DeletionTest of Phylogeny-Bootstrap; Replications 1000; Random Seed 64238OK;开始计算,得到结果;4 Image-Copy to Clipboard-粘贴至Word文档进行编辑;此外,Subtree中提供了多个命令可以对生成的进化树进行编辑,Mega窗口左侧提供了很多快捷键方便使用;View中则给出了多个树型的模式;下面只介绍几种最常用的: Subtree-Swap:任意相邻两个分支互换位置;-Flip:所选分支翻转180度;-Compress/Expand:合并/展开多个分支;-Root:定义外群;View-Topology:只显示树的拓扑结构;-Tree/Branch Style:多种树型转换;-Options:关于树的诸多方面的改动;TREECON打开Clustal X,File-Load ,File-Save Sequence as…Format-PHYLIP;Save from residue-1 to 末尾;Save sequence as : C:\temp\;打开TREECON程序,1 Distance estimation点击Distance estimation-Start distance estimation,打开上面保存的文件,Sequence Type-Nuleic Acid Sequence,Sequence format-PHYLIP interleaved,Select ALL,OK; Distance Estimation-Jukes&Cantoror Kimura,Alignment positions-All,Bootstrap analysis-Yes,Insertions&Deletions-Not taken into account,OK;Bootstrap samples-1000,OK;运算,等待……Finished-OK;2 Infer tree topology点击Infer tree topology-Start inferring tree topology,Method-Neighbor-joining, Bootstrapanalysis-Yes,OK.;运算,等待……Finished-OK;3 Root unrooted trees点击Root unrooted trees-Start rooting unrooted trees,Outgroup opition-single sequenceforced,Bootstrap analysis-Yes,OK;Select Root-X89947,OK;运算,等待……Finished-OK;4 Draw phylogenetic tree点击Draw phylogenetic tree,File-Open-new tree,Show-Bootstrap values/ Distance scale; File-Copy,粘贴至Word文档,编辑;TREECON的操作过程看起来似乎较MEGA烦琐,且运算速度明显不及MEGA,如果参数选择一样,用它构建出来的系统树几乎和MEGA构建的完全一样,只在细节上,比如Bootstrap值二者在某些分支稍有不同;在参数选择方面,TREECON和MEGA 也有些不同,但总体上相差不大;PHYLIPPHYLIP是多个软件的压缩包,下载后双击则自动解压;当你解压后就会发现PHYLIP 的功能极其强大,主要包括五个方面的功能软件:i,DNA和蛋白质序列数据的分析软件;ii,序列数据转变成距离数据后,对距离数据分析的软件; iii,对基因频率和连续的元素分析的软件;iv,把序列的每个碱基/氨基酸独立看待碱基/氨基酸只有0和1的状态时,对序列进行分析的软件;v,按照DOLLO简约性算法对序列进行分析的软件;vi,绘制和修改进化树的软件;在此,主要对DNA序列分析和构建系统树的功能软件进行说明; 1 生成PHY格式文件首先用Clustal X等软件打开剪切后的序列文件C:\temp\另存为C:\temp\使用File-Save Sequences As命令,Format项选“PHY”;用BioEdit或记事本打开2 打开Phylip软件包里的SEQBOOT: can't find input file "infile" Please enter a new file name> C:\temp\ 按路径输入刚才生成的 .PHY文件,显示如下:Bootstrapping algorithm, versionSettings for this run:D Sequence, Morph, Rest., Gene Freqs Molecular sequences J Bootstrap, Jackknife, Permute, Rewrite Bootstrap B Block size for block-bootstrapping 1 R How many replicates 100W Read weights of characters NoC Read categories of sites NoF Write out data sets or just weights Data sets I Input sequences interleaved Yes0 Terminal type none1 Print out the data at start of run No2 Print indications of progress of run YesY to accept these of type the letter for one to changeRNumber of replicates1000Settings for this run:D Sequence, Morph, Rest., Gene Freqs Molecular sequences J Bootstrap, Jackknife, Permute, Rewrite Bootstrap B Block size for block-bootstrapping 1 R How many replicates 1000W Read weights of characters NoC Read categories of sites NoF Write out data sets or just weights Data sets I Input sequences interleaved Yes0 Terminal type IBM PC 1 Print out the data at start of run No2 Print indications of progress of run YesY to accept these of type the letter for one to changeYRandom number seed must be odd5any odd numbercompleted replicate number 100completed replicate number 200completed replicate number 300completed replicate number 400completed replicate number 500completed replicate number 600completed replicate number 700completed replicate number 800completed replicate number 900completed replicate number 1000上面的D、J、R、I、O、1、2代表可选择的选项,键入这些字母后敲回车键,程序的条件就会发生改变;D选项无须改变;J选项有三种条件可以选择,分别是Bootstrap、Jackknife和Permute;R选项让使用者输入republicate的数目;所谓republicate就是用Bootstrap法生成的一个多序列组;根据多序列中所含的序列的数目的不同可以选取不同的republicate;当我们设置好条件后,键入Y按回车;得到一个文件outfile:C:\Program Files\Phylip\exe\ outfile.重命名outfile infile;3 打开Nucleic acid sequence Distance Matrix program, versionSettings for this run:D Distance F84 G Gamma distributed rates across sites No T Transition/transversion ratio C One category of substitution rates Yes W Use weights for sites NoF Use emperical base frequencies Yes L Form of distance matrix SquareM Analyze multiple data sets NoI Input sequences interleaved Yes0 Terminal type 1 Print out the data at start of run No 2 Print indications of progress of run YesY to accept these of type the letter for one to changedD Distance Kimura 2-parametermMultiple data sets or multiple weighs type D or W dHow many data sets1000Settings for this run:D Distance Kimura 2-parameterG Gamma distributed rates across sites No T Transition/transversion ratio C One category of substitution rates Yes W Use weights for sites NoF Use emperical base frequencies YesL Form of distance matrix SquareM Analyze multiple data sets Yes, 1000 data sets I Input sequences interleaved Yes0 Terminal type IBM PC 1 Print out the data at start of run No 2 Print indications of progress of run YesY to accept these of type the letter for one to changeY选项D有四种距离模式可以选择,分别是Kimura 2-parameter、Jin/Nei、Maximum-likelihood和Jukes-Cantor;选项T一般键入一个之间的数字;选项M 键入1000;运行后生成文件C:\Program Files\Phylip\exe\ outfile;重命名outfile infile;4 打开Neighbor-Joining/UPGMA method versionSettings for this run:N Neighbor-Joining or UPGMA tree Neighbor-Joining O Outgroup root No, Use as outgroup species 1 L Lower-triangular data metrix NoR Upper-triangular data metrix NoS Subreplication NoJ Randomize input order of species No, Use input order M Analyze multiple data sets No0 Terminal type 1 Print out the data at start of run No 2 Print indications of progress of run Yes 3 Print out tree Yes4 Write out trees onto tree file YesY to accept these of type the letter for one to changemHow many data sets1000Random number seed must be odd5Settings for this run:N Neighbor-Joining or UPGMA tree Neighbor-Joining O Outgroup root No, Use as outgroup species 1 L Lower-triangular data metrix NoR Upper-triangular data metrix NoS Subreplication NoJ Randomize input order of species YesM Analyze multiple data sets Yes, 1000 sets 0 Terminal type IBM PC 1 Print out the data at start of run No 2 Print indications of progress of run Yes 3 Print out tree Yes4 Write out trees onto tree file YesY to accept these of type the letter for one to changeY生成文件C:\Program Files\Phylip\exe\ outtree&outfile;重命名outtreeintree;outfileinfile;打开Consensus tree program, versionSettings for this run:C Consensus type Majority rule extendedO Outgroop root No, use as outgroup species 1R Trees to be treated as Rooted NoT Terminal type 1 Print out the sets of the species Yes 2 Print indications of progress of run Yes 3 Print out tree Yes4 Write out trees onto tree file YesAre these settings correctRTSettings for this run:C Consensus type Majority rule extendedR Trees to be treated as Rooted YesT Terminal type IBM PC 1 Print out the sets of the species Yes 2 Print indications of progress of run Yes3 Print out tree Yes4 Write out trees onto tree file Yes Y生成文件C:\Program Files\Phylip\exe\ outtree;重命名outtree ;打开TreeView打开C:\Program Files\Phylip\exe\ ;以下操作参照前述详细说明即可;。

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所得到的结果，可以在压缩和扩展之间转换。

10. 调整进化树
根据所的进化树的效果，要进行调整，包括多余序列删除、不足序列添加、种属名称标注等等，还要根据投稿杂志要求在 PHOTOSHOP中修改等。完成后的进化树应包含充足的信息。
4、贝叶斯法：保留了最大似然法的基本原理，又引进了马尔科夫链的蒙特卡洛方法，来模拟演化树的较晚期可能性分布，并使计算时间大大缩短。

（1） phylogeny→UPGMA
具体构建过程如下参数的设置：点击，选择该菜单中的Construct/test Neighbor-Joining tree，选择前面转换得到的*meg文件，得到下图
4、运行程序MEGA 5.0，如下图所示：
点击：File导入Clustal程序得到的
*.aln文件。再点File/Convert to MEGA Format，打开转换文件对话框，从目的文件夹中选中Clustal 对比分析后所产生的*.aln文件，转换为*.meg文件。转换时一路确认相关界面。最后查看meg序列文件最后是否正常，命名新文件存盘保存*.meg文件，*.meg 文件会和aln文件保存在上述*.txt同一个文件夹中。核酸序列的获取
保存文件并命名
合并文件

>XXXX AGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGGAGCGAGGGTGCT TGCACCTTAGCTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCTT AGGAATCTGCCTATTAGTGGGGGACAACATTCCGAAAGG AATGCTAATACCGCATACGCCCTACGGGGGAAAGCAGG GGATCTTCGGACCTTGCGCTAATAGATGAGCCTAAGTCG GATTAGCTAGTTGGTGGG >gi|289469964|gb|GU388381.1| Acinetobacter tandoii strain DSM 14970 16S ribosomal RNA gene, partial sequence ACTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCTTAGGAATCTG CCTATTAGTGGGGGACAACATTCCGAAAGGGATGCTAAT ACCGCATACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGATCTTCG GACCTTGCGCTAATAGATGAGCCTAAGTCGGATTAGCTA GTTGGTGGGGTAAAGGCCTACCAAGGCGACGATCTGTA GCGGGTCTGAGAGGATGA……
2、最大简约法：是居于形态特征分类的需要发展起来的，优点是该法无需引入处理核苷酸或者氨基酸替代时所必须的假设，对分析某些特殊的分子数据（如插入序列和插入/缺失）等特别有用，在分析的序列位点上没有回复突变或平行突变，并且在被检查的序列位点树很大时，也恩呢该获得正确的系统树。

3、最大似然法：该法是考虑到每个位点出现残基的似然性，将每个位置所有可能出现的残基替换概率进行累加，产生特定位点的似然性。该法是与进化事实吻合最好的建树算法，其缺点是计算强度非常大，耗时。
对下图的参数进行设置：说明：系统进化树的测试方法Test of Phylogeny，通常要选择 Bootstrap method，也可以选择不进行测试；重复次数No. of bootstrap Replications——通常设定至少要大于100比较好，随机数种子可以自己随意设定，不会影响计算结果。一般选择500或1000。 Model/Method——通常选择 Kimura 2-parameter。
(1)利用该软件可得到不同树型，如下图所示：
除此之外，还可以有多种树型，根据需要来选择。
２）显示建树的相关信息：点击图标i 。
３）点击优化图标，可进行各项优化： �� Tree栏中，可以进行树型选择：rectangular tree/circle tree/radiation tree。每种树都可以进行长度，宽度或角度等的设定
MEGA简要介绍

MEGA是有亚利桑那州立大学生命科学学院的Sudhir Kumar教授主持开发和维护的一款免费的构建进化树软件。主要功能：序列比对、格式转换、数据修订、距离计算、系统树重建和可行度评估等全套功能，能对DNA、mRNA 、氨基酸序列及遗传距离进行系统发生分析，目前最新版本为MEGA 5.1。
序列编辑完成后，可进行保存，点击保存后出现以下界面，点击ok即可。

常用的构树方法 1、邻接法：是居于最小进化原理经常被使用的一种算法，它不检查素有可能的拓扑结构，同时给出拓扑结构和分支长度。可以通过确定距离最近的成对分类单位来使系统树的总距离达到最小。优点是重建的树相对准确，假设少，计算速度快，只得一棵树，而缺点是在将序列上的所有位点等同对待，且所分析序列的进化距离不能太大。
�� Branch：可对树枝上的信息进行修改。
�� Lable：可对树枝的名字进行修改。
��
Scale：标尺设置
�� Cutoff：cut off for consensus tree。一般为50%。
9、进化树的分类优化 �� Place root on branch：可以来回转换。
�� Flip subtree：180度翻转分枝，名字翻转180度。 �� Swab subtree：交换分枝，名字不翻转。 �� Compress/expand subtree与Set divergent time：可以把同一分枝的基因压缩或扩展。
点击Compress/expand subtree后，在要压缩的分枝处点击，出现以下界面，在name/caption 中输入文件名（例如wwww），其他还有很多的选项，设置好了，点击OK。
5、关闭转换窗口，回到主窗口，现在从File中打开刚才保存的*.meg文件。
如果为核酸序列，选择“Nucleotide sequence”，点击“OK”，得到以下图示。
选择默认的Standard，点击OK后，如图所示。
点击程序中的，可以得到下图
在另外一个窗口内，出现以下数据文件点击选择和编辑数据分类图标，可对所选择的序列进行编辑，完成后点击close即可。

构建进化树的基本步骤： 1、核酸序列的获取：数据库查询、测序 2、序列比对：BLAST、Clustal X、Clustal W2等。 3、进化树分析：MEGA、PAUP4.0 、 Phylip 、NETWORK4.11 、SplitsTree4 、 TCS1.8 等。

参考序列选择注意事项： 1、不选非培养(unclutured)微生物为参比； 2、不选未定分类地位的微生物，最相近的仅作参考；c，在保证同属的前提下，优先选择16S rDNA全长测序或全基因组测序的种；d，每个种属选择一个参考序列，如果自己的序列中同一属的较多，可适当选择两个参考序列。 3、使用clustalx1.83进行序列比对
用MEGA5.1和 Clustalx1.83构建进化树
组员：汤宏赤曾伟董明右
构建进化树的意义

进化树：用来表示物种之间的进化关系，又称“系统树”、“系谱树”。根据各类生物间的亲缘关系的远近，把各类生物安置在有分枝的树状的图表上，简明地表示生物的进化历程和亲缘关系。意义：研究从单细胞有机体到多细胞有机体的生物进化过程，而且可以粗略估计现存的各类种属生物的分歧时间。通过蛋白质的分子进化树分析，为从分子水平研究物种进化提供了新的手段，可以比较精确的确定某物种的进化地位。
点击File/load sequences，将整理好的 *.txt序列文件导入clustalx1.83，如图
接着点击Alignment/Do Complete Aligment
程序自动运行，得出结果，自动输出*.aln 和* .dnd 为后缀的两个文件，并自动存入你*.txt文件所在的文件夹内。序列比对也可以直接用MEGA来做。
设定完成，点compute，开始计算得到进化树构建的结果。如下图所示；
该窗口中有两个属性页，一个是原始树Original tree，一个是bootstrap 验证过的一致树 Bootstrap concensus tree。树枝上的数字表示bootstrap验证中该树枝可信度的百分比。得到构建的进化树后可以对该进化树进行优化。 (本文参考网友的文章，同Mega的其它版本使用基本相同，在此表示感谢。以下进化树的优化部分直接引用)