6蛋白质组分析

蛋白质组研究涉及的领域
4. 蛋白质组学研究大致分为3大方向
（1）针对已完成基因组测序的生物体，建立其蛋白质组或 亚蛋白质组（或蛋白质表达谱）及其蛋白质组连锁群； （2）比较蛋白质组学研究； （3）蛋白质组学支撑技术平台和生物信息学的研究。随着 蛋白质组学研究的深入，其研究领域也在不断拓宽，现已涉 及到蛋白质翻译后修饰、蛋白质-配基相互作用和蛋白质跨 膜结构等研究领域
以ExPASy 中PROSITE分析工具的使用为例
pPROSITE数据资源非常丰富,适合于从感兴趣的保 守结构入手,获取和分析某个或某一类具有相同共同 保守结构序列的蛋白质信息。 p数据库配套分析预测工具也很实用 ，它可以动用世 界上最大最全的蛋白质motif信息资源，来对待测序 列进行全方位扫描,具有较高的可信度。 p窗口命令输入形式具有多样化 ，适合于不同层次和 不同要求的实验需要。
定量蛋白质组学是指通过某种方法或技术，对生物 样品（细胞、组织或体液等）在某些过程中蛋白质 的含量进行比较分析。它标志着蛋白质组学研究已 从定性向精确的定量方向发展。其研究的主要分析 技术为：荧光定量分析、质谱定量分析和蛋白质芯 片技术。
四、蛋白质组分析工具软件
ExPASy (Expert Protein Analysis System，国际蛋白质数
Ø界面简洁，大大简化了搜索结果的表现形式形式。不会出现BLAST结果 令人头晕目眩式的视觉效果。 Ø配套序列分析工具尽管不是很全 ，但都是初级准备实验中非常适用的分 析工具。
搜索范围建立在包括PROSITE在内的很多数据 库的基础之上,搜索结果具有很高的参考价值考 价值..������������ ������������ 可以自己选择不同的搜索参数 ,进而可以有针 对性对某一个或一类数据库进行搜索..������������ ������������ 搜索结果不仅包含了最大可能性的保守性结构 预测 ,而且还包括了与具有该结构的相关蛋白 的比对信息和保守位点残基的频率，也即它具 备SMART和和MEME分析特点，还具备有序 列基础性比对分析的多种功能。
Mitochondrion and chloroplast/ Insects/ Invertebrates/ Plants/ Fungi/ Bacteria/ Insects/ Viruses and phages/uses and phages/������������ ������������
ØHuman mutation databases /resources ----)
序列扫描功能强大， 结果选择项目，适用于 对未知序列的多种可能性motif预测。有效改变 了其它相关分析工具搜索结果单一的不利状况， 搜索结果中还有对蛋白质初步细胞定位的信息。
chloroplast transit peptides (cTP)
本章完
ØProtein related databases������������
������������
ØProtein 3D structure related databases ØProteomics databases and links ØNucleotide and related databases ØCarbohydrates resources ØSpecies specific databases (Human/Vertebrates/
(1)首先，根据蛋白质的等电点不同，通过等电聚焦 （isoelectric focusing，IEF）技术分离；其次， 用SDS-PAGE进行电泳。蛋白质首先通过一维的等 电点不同而分离，再通过分子量差异得以分离。 (2)双向凝胶电泳的分离方式仍然存在一些限制，不 适于高通量的分析，目前人们仍在开发一些新的方 法，希望能解决上述的蛋白质组分析中的瓶颈。
据库和分析中心 ) （http://www.expasy.org）服务器，为蛋
白质分析和应用提供了一系列软件，可以通过氨基酸 序列、质谱图、肽序列标签、预测的等电点和分子量 等信息来对所获得的质谱分析结果进行鉴定，具体介 绍较为常用的蛋白质分析工具软件PROSITE （http//www.expasy.org/prosite/），该软件运用蛋 白质motif数据库进行氨基酸序列功能分析。
第六章
蛋白质组分析
第一节
蛋白质组学概论
一、蛋白质组学(proteomics)的概念 1.蛋白质组(proteom)： 一个细胞内的全套蛋白质，反映了特殊阶段、 环境、状态下细胞或组织在翻译水平的蛋白质的 表达谱。
2. 蛋白质组学(proteomics)是蛋白质组概念的延伸， 是在整体水平上研究细胞内蛋白质组成及其活动规 律的学科。 蛋白质组学采用高通量和大规模的研究手段，与 传统的针对单一蛋白质的研究相比，涉及到有关生 命活动机制的基本问题。
二、质谱分析技术
质谱技术分析是在真空系统中将样品分子离解成带电的离子， 并通过对生成的离子的质量和强度测定，进行样品成分和结构 分析的一种研究方法。目前已有的质谱可分成4大类：同位素 质谱、无机质谱、有机质谱和生物质谱。
Ø MALDI-TOF-MΒιβλιοθήκη Baidu Ø ESI离子化质谱技术 Ø 质谱联用技术
三、定量蛋白质组学技术
第二节 蛋白质组分析的主要方法
一、基于双向凝胶电泳的蛋白质组分 析方法
Ø双向电泳 （two dimension electrophoresis,2-DE）： 蛋白质具有等电点和分子量的特异性，将蛋白 质混合物在电荷（等电聚焦，IEF）和分子量（变 性聚丙烯酰胺凝胶电泳，SDS-PAGE）两个水平上 进行分离。
3.蛋白质组学的研究领域
作为以蛋白质组为研究对象的新研究领域，蛋白质组学可分为： （1）表达蛋白质组学（expression proteomics），即研究 细胞、组织中的蛋白质，建立蛋白质定量表达图谱。该方法依 赖双向凝胶电泳和图像分析技术。 （2）细胞图谱蛋白质组学（cell map proteomics），即确 定蛋白质在亚细胞结构中的位置；通过纯化细胞器或用质谱仪 鉴定蛋白质复合物组成等来确定蛋白质间的相互作用。 （3）功能蛋白质组学（functional proteomics），即研究细 胞内与某个功能有关或在某种条件下的一组蛋白质的功能。 （4）比较蛋白质组学（comparative proteomics），即对 模式生物或重要生命过程的蛋白质组学特征进行比较。