网络药理筛选方法简介
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网络药理学的研究思路 思路一：根据公共数据库和公开发表的已有
数据，建立特定药物作用机制网络预测模型， 预测药物作用靶点/机制，从生物网络平衡的 角度解析药物作用的药理学机制；
思路二：利用各种组学技术以及高内涵/高通
量技术，观察药物对模型( 分子、细胞、组织 或/和动物) 的作用或模型对药物的作用，针 对所产生的大量数据，采用生物信息学的手段 分析和构建药物-靶点-疾病网络，建立预测模 型，进而解析所研究药物的网络药理学机制。
18
连线
背景
为了方便对图进行编辑和更改，我们可以导入attributes。
令通路等于2，化合物名称等于3。
可在此处专一的 对化合物、靶点。 通路进行更改颜 色
19
也可以专一性的 进行形状的更改
20
网络药理学与实验相关的环节
基于实验结果构建网络所需基本数据的获取
对所建立的网络预测模型进行实验验证
16
四、网络药理图
将化合物对应靶点，靶点对应通路于同一EXCELL中。 注意：要做成两列即：
化合物 靶点 靶点 通路
然后将表格导入Cytoscape软件（官方下载地址： http://cytoscapeweb.cytoscape.org/ ），也可使用其他作图软件。
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点击对形状和背景进行更改
节点
3
虚拟筛选步骤
一、准备待筛选分子 二、靶点筛选
三、通路筛选
四、网络药理图
4
一 、准备待筛选分子
Chembiooffice2008以上版本作图，文件格式须为sdf
wenku.baidu.com
5
二、 靶点筛选
http://59.78.96.61/pharmmapper/
点击此处上传分子结构，每次只能投入1个分子结构
6
网络药理虚拟筛选方法简介
刘 培
2013-2-25
什么是网络药理学？
从系统生物学和生物网络平衡的角度阐释疾病 的发生发展过程； 从改善或恢复生物网络平衡的整体观角度认识 药物与机体的相互作用并指导新药发现。 在高通量组学数据分析、计算机模拟计算及 网络数据库检索的基础上，进行生物网络的 构建及分析，进而进行药物作用机制的研究 及创新药物的发现
Jod ID是下载 结果的“密码”
7
下载结果
8
Fit为分子和靶点的匹配 度，越高代表越匹配。
靶点名称
与人类相关的靶点代码
9
三 、通路的筛选
将前面工作中得到的与人类相关的靶点代码全部换成类 似于P00517 的形式，以投入博奥数据库得到与靶点相关 的通路。以靶点PDPK1_HUMAN 为例： http://www.uniprot.org/
此为蛋白编号 靶 点 蛋 白 名 称
10
将得到靶点编号投入到博奥数据库 http://bioinfo.capitalbio.com/mas3/
建议自己申请！
注册并登陆 上传project
11
选择与人类相关的
12
靶点填于此处
13
14
靶点-通路
一般选择p值小 于0.01的通路
15
将选择的靶点在uniprot上查的蛋白名称
目前网络药理学研究在实验研究水平所 涉及的相关技术除了组学( 基因组、蛋白质 组、代谢组和糖组等) 技术外，主要包括3 个方面:高通量/高内涵技术、双高通量基因 表达检测技术和分子相互作用技术。
21
感谢南开大学药物化学生物 学国家重点实验室白钢教授 及其团队指导帮助！
www.themegallery.com
网络药理学的研究思路 思路一：根据公共数据库和公开发表的已有
数据，建立特定药物作用机制网络预测模型， 预测药物作用靶点/机制，从生物网络平衡的 角度解析药物作用的药理学机制；
思路二：利用各种组学技术以及高内涵/高通
量技术，观察药物对模型( 分子、细胞、组织 或/和动物) 的作用或模型对药物的作用，针 对所产生的大量数据，采用生物信息学的手段 分析和构建药物-靶点-疾病网络，建立预测模 型，进而解析所研究药物的网络药理学机制。
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连线
背景
为了方便对图进行编辑和更改，我们可以导入attributes。
令通路等于2，化合物名称等于3。
可在此处专一的 对化合物、靶点。 通路进行更改颜 色
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也可以专一性的 进行形状的更改
20
网络药理学与实验相关的环节
基于实验结果构建网络所需基本数据的获取
对所建立的网络预测模型进行实验验证
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四、网络药理图
将化合物对应靶点，靶点对应通路于同一EXCELL中。 注意：要做成两列即：
化合物 靶点 靶点 通路
然后将表格导入Cytoscape软件（官方下载地址： http://cytoscapeweb.cytoscape.org/ ），也可使用其他作图软件。
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点击对形状和背景进行更改
节点
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虚拟筛选步骤
一、准备待筛选分子 二、靶点筛选
三、通路筛选
四、网络药理图
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一 、准备待筛选分子
Chembiooffice2008以上版本作图，文件格式须为sdf
wenku.baidu.com
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二、 靶点筛选
http://59.78.96.61/pharmmapper/
点击此处上传分子结构，每次只能投入1个分子结构
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网络药理虚拟筛选方法简介
刘 培
2013-2-25
什么是网络药理学？
从系统生物学和生物网络平衡的角度阐释疾病 的发生发展过程； 从改善或恢复生物网络平衡的整体观角度认识 药物与机体的相互作用并指导新药发现。 在高通量组学数据分析、计算机模拟计算及 网络数据库检索的基础上，进行生物网络的 构建及分析，进而进行药物作用机制的研究 及创新药物的发现
Jod ID是下载 结果的“密码”
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下载结果
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Fit为分子和靶点的匹配 度，越高代表越匹配。
靶点名称
与人类相关的靶点代码
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三 、通路的筛选
将前面工作中得到的与人类相关的靶点代码全部换成类 似于P00517 的形式，以投入博奥数据库得到与靶点相关 的通路。以靶点PDPK1_HUMAN 为例： http://www.uniprot.org/
此为蛋白编号 靶 点 蛋 白 名 称
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将得到靶点编号投入到博奥数据库 http://bioinfo.capitalbio.com/mas3/
建议自己申请！
注册并登陆 上传project
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选择与人类相关的
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靶点填于此处
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靶点-通路
一般选择p值小 于0.01的通路
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将选择的靶点在uniprot上查的蛋白名称
目前网络药理学研究在实验研究水平所 涉及的相关技术除了组学( 基因组、蛋白质 组、代谢组和糖组等) 技术外，主要包括3 个方面:高通量/高内涵技术、双高通量基因 表达检测技术和分子相互作用技术。
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感谢南开大学药物化学生物 学国家重点实验室白钢教授 及其团队指导帮助！
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