生物信息学实验报告1(一)生物信息学数据库

（一）生物信息学数据库

实验目的：了解生物信息学的各大门户网站,了解数据库的内容及结构，理解各数据库注释的含义。

1、分别读取人CDK4的核酸序列及蛋白质序列，保存FASTA格式序列，熟悉数据库记录的flatfile格式，看懂其中的注释。

在NCBI数据库中读取人CDK4的核酸序列，步骤入下：

（1）选择核酸输入搜索栏中，点击Search。

（2）在Top Organisms中选择人（Homo sapients）

(3)在数据库出现的数据中选择合适的核酸序列，选择FASTA可以使序列以FASTA 的格式显示出来。GenBank形式则显示该序列的详细信息。

（4）保存的FASTA格式序列如下

>gi|345525417|ref|NM_000075.3| Homo sapiens cyclin-dependent kinase 4 (CDK4), mRNA CACCTCCTGTCCGCCCCTCAGCGCATGGGTGGCGGTCACGTGCCCAGAACGTCCGGCGTTCGCCCCGCC CTCCCAGTTTCCGCGCGCCTCTTTGGCAGCTGGTCACATGGTGAGGGTGGGGGTGAGGGGGCCTCTCTA GCTTGCGGCCTGTGTCTATGGTCGGGCCCTCTGCGTCCAGCTGCTCCGGACCGAGCTCGGGTGTATGGG

(5) 在NCBI数据库中读取人CDK4的蛋白质序列，步骤入下：选择蛋白质(Protein）将CDK4输入搜索栏中，点击Search。

选择CDK4[Homo sapiens]的FASTA格式

2、2BXI练习使用Jmol浏览蛋白质的三维结构。(/)先进入PDB，再查看。

无法访问此网站

3、练习使用Pubmed文献数据库

（1）Pubmed检索运算符

逻辑与：AND；逻辑或：OR；逻辑非：NOT。注：当当一个检索表达式中同时含有三个运算符时，运算顺序从左至右，括号可以改变运算顺序。

截词符：*，一个词或字拼写出部分字母后面加上一个截词符，chem*表示用词根进行检索。

双引号：“”，表示对引号中的短语进行检索。

检索字段标识符：[tag]，tag为字段名称。[ti]，[au]，[ta]，[la]，[pt]。常用字段组成如下：

(2) Pubmed文献数据库网址如下：

（3）Pubmed文献数据库界面如下：

（4）PubMed检索方法包括：基本检索、高级检索、主题检索、其他辅助检索。

I、基本检索：

①默认检索字段为主题、作者、期刊。

在检索栏里输入关键词、词(词组)或短语，其中，带有双引号” ”作为短语检索：”cancer therapy”；带有连接号”-”作为一个词组检索：interleukin-6。还可以限制检索字段如liver cancer[ti]；作者：Smith J 、Smith[au]（注2002年以后的文献如果作者有全称，可用全称）。期刊刊名：可用期刊全称：GENE THERAPY[TA]；可用期刊简称：JAMA[TA]，(The Journal of the American Medical Association)；刊名中含有特殊字符，如[]、&等，要去掉：如J HAND SURG[AM] 输入时要写成J HAND SURG AM 。截词：chemo*，复杂表达式：liver cancer AND therapy，带有摘要文献的检索：liver cancer AND has abstract

②例如：查找关于支气管扩张剂治疗儿童哮喘的引文

关键词是支气管扩张剂、哮喘、儿童。首先将关键词输入搜索栏中，然后点击Search。

检索结果如下：

II 高级检索：搜索特定领域、浏览索引术语、结合搜索历史、预览搜索结果的数量。

①搜索特定领域

点击Advanced进入高级搜索界面

使用高级搜索生成器，在一个特定的搜索领域搜索，如作者、期刊名、出版如期等。

例如：搜索原文为英文的肝癌治疗方面的综述文献

、

②浏览索引术语

首先在All Fields的下拉菜单中选择限定此，如Language

然后点击其中的“—”“+”可以删除和增加限定条目。

预览搜索结果数量：使用Add to history，可以在搜索结果出现前显示找到的引文

③结合搜索历史：使用高级搜索历史，可以将搜索结果合并后再以后的查询中使用。

进入Advance高级搜索中，在中，可以看到历史搜索记录，通过点击Add，可将其合并，然后再进行搜索。

III 主题检索

点击MeSH Database打开主题检索界面。

使用MeSH数据库找到条目。包括副标题。出版类型、补充概念和药理作用，然后建立一个PubMed搜索。MeSH数据库可以通过MeSH主题词，副标题、出版类型。辅助性概念等进行搜索。

IV结果的显示、保存

①结果的显示

显示格式：系统提供的显示格式很多，一般较常用的有以下3种：（1）Summary：为默认显示格式。显示的信息包括文献的标题、著者、出处、PMID、综述出版类型、非英文文献的原文语种等。（2）Abstract：显示信息除了文献标题、著者、出处等基本信息外，还包括摘要信息，以便用户了解文献详细内容。（3）MEDLINE：以MEDLINE数据库的记录格式来显示检索结果。字段内容主要包括PMID、题目、摘要、作者、作者地址、语种、出版类型、出处、MeSH、文献ID、出版状态等。

使用显示设置（Display Setting）:可以改变引文格式；更改每页的条目数量；对搜索结果进行排序。

②使用发送（Send to）：可以将引文保存在一个文件中；将引文暂时保存在剪贴

板将引文永久保存在我的NCBI收藏中；E-mail引文；订购期刊文章；打印搜索结果。使用结果页面控件（esults page controls）将结果移动到另一页。