微生物宏基因组测序
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总量≥2 ng OD260/280：1.8~2.0，无 RNA、蛋白 Gb/10 Gb Raw data
多样本标准分析
PCA分析 Heatmap
Cluster Krona物种注释展示
差异显著性分析 OG－物种归属分析
代谢通路分析
多样本高级分析
参考文献
图2 Tara Oceans在全球海洋微生物中发现的新基因多样性
[1] Bäckhed F, Roswall J, Peng Y, et al. Dynamics and Stabilization of the Human Gut Microbiome during the First Year of Life [J]. Cell host & microbe, 2015, 17(5): 690-703.
MRPP分析 NMDS分析 Anosim分析 LEfSe分析 CCA／RD婴儿肠道微生物宏基因组[1]
肠道微生物对人体至关重要，本文采用宏基因组测序技术对98个瑞典产 妇的粪便及婴儿的粪便进行分析，研究出生一年内肠道的微生物，评估 分娩方式和喂养方式对肠道菌群建立的影响。与顺产婴儿的肠道微生物 相比，剖腹产婴儿肠道微生物与母亲相似性明显降低。营养对肠道微生 态的组成和功能有重要影响，促使婴儿肠道微生物向成人肠道微生物群 转变的主要驱动力量并不是开始喂食固体食物，而是停止母乳喂养。微 生物群落组成和生态网络在不同样本阶段具有明显差异，与微生物功能 成熟度相关。
[2] Sunagawa S, Coelho L P, Chaffron S, et al. Structure and function of the global ocean microbiome [J]. Science, 2015, 348(6237): 12613容 项目周期
宏基因组测序
常见环境样本（请使用干冰或冰袋运送）
土壤、淤泥、沉积物≥5 g 粪便≥2 g 组织样本≥1 g 水体送样为过滤后的滤膜（最适滤膜直径3-4cm） 拭子样本≥2个
DNA样本（请使用干冰或冰袋运送） DNA：浓度≥50 ng/μl
1
宏基因组学（Metagenomics），又称元基因组学，以特定生境中的整个微生物群落作为研究对象，采用新一代高通量测序技术，获得环境微生物基因信
息总和，研究环境微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等。宏基因组测序摆脱了传统研究中微生物分离培养的技术限制，直接提取 环境样本DNA进行测序，具有通量高、速度快、信息全等特点，在鉴定低丰度的微生物群落、挖掘更多基因资源方面具有很大优势，基于测序技术和生物信 息学的快速发展，宏基因组技术优势在微生物研究领域中愈发明显，应用范围愈发广泛。
Occurrence frequency（n＝15）
图1 不同生产方式及不同年龄阶段肠道菌群的差异
［案例二］ 全球海洋微生物群体的结构与功能[2] 微生物是生物地球化学进程的主要推动力，但对它们的功能多样性、微 生物种群结构以及生态因素进行总体分析还存在很大的挑战。本研究采 集全球海洋68个位点的上层和中层海水的243个样本进行宏基因组分 析，得到7.2TB数据。对获得的数据进行分析，发现139个样本中含有 的微生物物种数目多于35,000个，而且在上层海水的垂直分层中，温度 是影响微生物种群分布的主要因素。分析海洋微生物核心功能，发现其 与人体肠道微生物的相似性高达73%。
多样本标准分析
PCA分析 Heatmap
Cluster Krona物种注释展示
差异显著性分析 OG－物种归属分析
代谢通路分析
多样本高级分析
参考文献
图2 Tara Oceans在全球海洋微生物中发现的新基因多样性
[1] Bäckhed F, Roswall J, Peng Y, et al. Dynamics and Stabilization of the Human Gut Microbiome during the First Year of Life [J]. Cell host & microbe, 2015, 17(5): 690-703.
MRPP分析 NMDS分析 Anosim分析 LEfSe分析 CCA／RD婴儿肠道微生物宏基因组[1]
肠道微生物对人体至关重要，本文采用宏基因组测序技术对98个瑞典产 妇的粪便及婴儿的粪便进行分析，研究出生一年内肠道的微生物，评估 分娩方式和喂养方式对肠道菌群建立的影响。与顺产婴儿的肠道微生物 相比，剖腹产婴儿肠道微生物与母亲相似性明显降低。营养对肠道微生 态的组成和功能有重要影响，促使婴儿肠道微生物向成人肠道微生物群 转变的主要驱动力量并不是开始喂食固体食物，而是停止母乳喂养。微 生物群落组成和生态网络在不同样本阶段具有明显差异，与微生物功能 成熟度相关。
[2] Sunagawa S, Coelho L P, Chaffron S, et al. Structure and function of the global ocean microbiome [J]. Science, 2015, 348(6237): 12613容 项目周期
宏基因组测序
常见环境样本（请使用干冰或冰袋运送）
土壤、淤泥、沉积物≥5 g 粪便≥2 g 组织样本≥1 g 水体送样为过滤后的滤膜（最适滤膜直径3-4cm） 拭子样本≥2个
DNA样本（请使用干冰或冰袋运送） DNA：浓度≥50 ng/μl
1
宏基因组学（Metagenomics），又称元基因组学，以特定生境中的整个微生物群落作为研究对象，采用新一代高通量测序技术，获得环境微生物基因信
息总和，研究环境微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等。宏基因组测序摆脱了传统研究中微生物分离培养的技术限制，直接提取 环境样本DNA进行测序，具有通量高、速度快、信息全等特点，在鉴定低丰度的微生物群落、挖掘更多基因资源方面具有很大优势，基于测序技术和生物信 息学的快速发展，宏基因组技术优势在微生物研究领域中愈发明显，应用范围愈发广泛。
Occurrence frequency（n＝15）
图1 不同生产方式及不同年龄阶段肠道菌群的差异
［案例二］ 全球海洋微生物群体的结构与功能[2] 微生物是生物地球化学进程的主要推动力，但对它们的功能多样性、微 生物种群结构以及生态因素进行总体分析还存在很大的挑战。本研究采 集全球海洋68个位点的上层和中层海水的243个样本进行宏基因组分 析，得到7.2TB数据。对获得的数据进行分析，发现139个样本中含有 的微生物物种数目多于35,000个，而且在上层海水的垂直分层中，温度 是影响微生物种群分布的主要因素。分析海洋微生物核心功能，发现其 与人体肠道微生物的相似性高达73%。