生物信息学实验一

EMBL和GenBank数据库格式 和 数据库格式
EMBL GenBank ID DE AC SV KW OS OC RN RA LOCUS DEFINITION ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM REFERENCE AUTHORS 含义 序列简单说明 序列简单描述 序列编号 序列版本号 关键词 序列来源的物种名
3：熟悉GenBank数据库序列格式及其主要 ：熟悉 数据库序列格式及其主要 字段的含义； 字段的含义； 4．了解EBML数据库序列格式及其主要字段 ．了解 数据库序列格式及其主要字段 的含义； 的含义； 5．熟悉GenBank数据库序列格式的 ．熟悉 数据库序列格式的FASTA 数据库序列格式的 序列格式显示与保存； 序列格式显示与保存；
提供一个单一查询界面来找到某一个遗 传位点的序列和描述性信息。 传位点的序列和描述性信息。它展现官 方命名，别名，序列登录，表型， 号 方命名，别名，序列登录，表型，EC号 号码， 聚类， 码，MIM号码，UniGene聚类，同源， 号码 聚类 同源， 图谱位点， 图谱位点，和相关的网站信息
FTP://192.168.2.109 教师课件/生物信息学 教师课件 生物信息学
相关文献题目
相关文献刊物杂志名,或递交序列的作者单位 相关文献刊物杂志名 或递交序列的作者单位
相关文献Medline引文代码 引文代码 相关文献 相关文献注释 相关文献其它注释 关于序列的注释信息 相关数据库交叉引用号 序列特征表起始 序列特征表子项 碱基种类统计数 序列
Entrez查询策略
快速查询 定制查询 交叉引用的信息查询 批处理查询（ 批处理查询（Batch Entrez） ）
二：实验内容及操作步骤
1.登陆 登陆NCBI、EMBL、SWISS-PROT、PDB 登陆 、 、 、 数据库主页，打开数据库的SITE MAP页面， 页面， 数据库主页，打开数据库的 页面 了解各数据库的结构。 了解各数据库的结构。 网址:NCBI:www.ncbi.nlm.nih.gov 网址 EMBL:www.ebi.ac.uk SWISS-PROT: www.expasy.org/sprot/ PDB: www.rcsb.org/pdb/
二：实验内容及操作步骤
5．使用SRS信息查询系统检索在 ．使用 信息查询系统检索在Entrez中 信息查询系统检索在 中 查询的同一条核酸序列， 查询的同一条核酸序列，链接提取该序列内 阅读序列格式的解释，理解其含义； 容，阅读序列格式的解释，理解其含义；比 中序列格式的异同。 较NCBI与EMBL中序列格式的异同。 与 中序列格式的异同 调用Internet浏览器并在其地址栏输入 浏览器并在其地址栏输入SRS 调用 浏览器并在其地址栏输入 网址（ ），查询在 网址（http://srs.ebi.ac.uk/），查询在 ）， Entrez中所查询核酸序列。 中所查询核酸序列。 中所查询核酸序列
序列来源的物种学名和分类地位
相关文献编号，或递交序列的注册信息 相关文献编号，
相关文献作者， 相关文献作者，或递交序列的作者
RT RL RX RC RP CC DR FH FT SQ 空格
TITLE JOURNAL MEDLINE REMARK COMMENT FEATURES BASE COUNT ORIGIN
二：实验内容及操作步骤
练习使用AND OR BUT逻辑词来限定关键词， 逻辑词来限定关键词， 练习使用 逻辑词来限定关键词 如Bird Flu AND human cases 等查询人感 染禽流感的相关记录，比较查询结果。 染禽流感的相关记录，比较查询结果。 2.2 学习使用 学习使用limits等限制字段查询方式，检 等限制字段查询方式， 等限制字段查询方式 索与禽流感相关的文献，并统计检索结果。 索与禽流感相关的文献，并统计检索结果。 比较不同检索方式的查询效率。 比较不同检索方式的查询效率。
二：实验内容及操作步骤
2.2.1进入 进入Entrez Home页面 进入 页面 文献数据库 有关的限制字段设置 选择Pubmed 选择
点击limits，进入与Pubmed 点击limits，进入与Pubmed 如选择Title等不同字 等不同字 如选择
段，及限制期刊类型，作者等进行查询。 及限制期刊类型，作者等进行查询。
二：实验内容及操作步骤
2. 使用 使用Entrez信息查询系统检索与禽流感相关 信息查询系统检索与禽流感相关 的文献，并阅读感兴趣文献的摘要或全文。 的文献，并阅读感兴趣文献的摘要或全文。 2.1调用 调用Internet浏览器并在其地址栏输入 调用 浏览器并在其地址栏输入 Entrez网址 Entrez网址 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez) 进入 NCBI主页 进入Entrez Home页面 选择 主页 进入 页面 pubmed文献数据库 在Search后的输入栏中 文献数据库 后的输入栏中 选择Pubmed 在输入栏内输入关键词 在输入栏内输入关键词Avian 选择 Influenza/Bird Flu 点击 查询。统计查询 点击go查询 查询。 结果，并阅读感兴趣文献的摘要或全文。 结果，并阅读感兴趣文献的摘要或全文。
定制查询
Properties [PROP] Title Word [TITL] Keyword [KYWD] Organism [ORGN] Text Word [word] Journal Name [JOUR] Feature Key [FKEY]
Entrez查询
Locuslink Entrez Gene
二：实验内容及操作步骤
2.2.3 点击 点击History，可以看到该次练习结果 ， 页面的历史记录。包括所采用的主题词、 页面的历史记录。包括所采用的主题词、查 询字段范围、花费时间、及相应结果等。 询字段范围、花费时间、及相应结果等。
二：实验内容及操作步骤
3.使用 使用Entrez信息查询系统检索与禽流感相关的核 使用 信息查询系统检索与禽流感相关的核 酸序列，链接提取其中一条感兴趣的序列内容， 酸序列，链接提取其中一条感兴趣的序列内容，阅 读序列格式的解释，理解其含义。 读序列格式的解释，理解其含义。 进入NCBI主页 主页 进入Entrez Home页面 进入 进入 页面 选 择Nucleotide数据库 数据库 在Search后的输入栏中 后的输入栏中 选择Nucleotide 选择 在输入栏内输入关键词H5N1 在输入栏内输入关键词 点击go查询 查询。 点击 查询。 阅读查询结果，选择一条感兴趣的核酸序列， 阅读查询结果，选择一条感兴趣的核酸序列，点击 该序列与数据库的超链接，阅读序列格式的解释， 该序列与数据库的超链接，阅读序列格式的解释， 理解其含义。 理解其含义。
二：实验内容及操作步骤
2.2.2 Preview（搜索结果预览）/Index（索 （搜索结果预览） （ 引词表检索）的应用。 引词表检索）的应用。所谓的索引词表检索 是当你选定查询字段并键入检索词如Bird 是当你选定查询字段并键入检索词如 Flu时 点击Index 时 点击 这时返回一个在该 字段中的以“ 开始的索引词表窗口， 字段中的以“Bird Flu”开始的索引词表窗口， 开始的索引词表窗口 后面括弧中的数字代表包含该索引词的记录 选择一个或几个关键词， 条数 选择一个或几个关键词，点击 Preview可进行结果的预览 点击Go可获 可 点击 可获 得查询结果。 得查询结果。
三：作业
1、简要描述NCBI、EMBL和SWISS-PROT 、简要描述 、 和 数据库的结构。 数据库的结构。 2、仔细阅读所查询核酸序列在NCBI和 、仔细阅读所查询核酸序列在 和 EMBL数据库中格式的解释，理解并记录其 数据库中格式的解释， 数据库中格式的解释 含义。 含义。 3、将GenBank数据库中该查询序列以 、 数据库中该查询序列以 FASTA序列格式显示并保存。 序列格式显示并保存。 序列格式显示并保存 4、比较NCBI与EMBL中序列格式的异同。 、比较 中序列格式的异同。 与 中序列格式的异同
主题词（ 主题词（Subject） ） 短语（ 短语（Phrase） ） 作者（ 作者（Author） ） 序列独特识别信息（ 序列独特识别信息（Unique Identifiers） ） 序列分子量 区域 [ACCN] [SLEN] [MDAT] [Molecular Weight] 通配符 如：immuno*
生物信息学实验
生物信息学实验
实验纪律 1、遵守计算机实验室的规章制度Baidu Nhomakorabea、 2、上课时间严禁打游戏、聊天及浏览与 、上课时间严禁打游戏、 课程内容无关的网页。 课程内容无关的网页。
实验一 生物信息学常用数据库的使用 一：实验目的
1：了解NCBI、EMBL、SWISS-PROT、PDB ：了解 、 、 、 数据库的结构。 数据库的结构。 2：了解NCBI、EMBL数据库检索系统 ：了解 、 数据库检索系统 ENTREZ、SRS的操作方法，掌握文献、序 的操作方法， 、 的操作方法 掌握文献、 列的快速高效检索方法。 列的快速高效检索方法。
二：实验内容及操作步骤
4.GenBank数据库序列格式的 数据库序列格式的FASTA序列格式显示 数据库序列格式的 序列格式显示 与保存； 与保存； 以步骤3所获得的感兴趣核酸序列结果页面为例， 以步骤 所获得的感兴趣核酸序列结果页面为例，在 所获得的感兴趣核酸序列结果页面为例 显示模式“ 显示模式“Display”的下拉菜单中选择一个需要的 的下拉菜单中选择一个需要的 序列格式如FASTA序列格式，然后点击 序列格式， 序列格式如 序列格式 然后点击Display按 按 结果就出现该序列的FASTA格式。 格式。 钮，结果就出现该序列的 格式 如果需要保存该条序列信息， 如果需要保存该条序列信息，可以直接通过点击浏 览器IE的 文件” 览器 的“文件”菜单中的另存为命令将序列保存 到本地计算机；也可以利用Entrez系统自身的保存 到本地计算机；也可以利用 系统自身的保存 功能，即点击Send to，选择 功能，即点击 ，选择File,就会出现保存文 就会出现保存文 件相应的窗口，然后按指示操作即可。 件相应的窗口，然后按指示操作即可。