跨膜区分析

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步骤一: 打开在线工具, http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/
步骤二:提交序列
步骤三:参数设置
参数介绍:
Extensive, with graphics(图形化显示) Extensive, no graphics (不以图形化 显示)
One line per protein (每个蛋白遵行显示)
跨膜区分析(TMHMM)
SIB
跨膜区分析(TMHMM)
蛋白质含有跨膜区,提示它可能作为膜受体起作用, 也可能是定位在膜上的膜蛋白的膜锚定蛋白或离子通 道蛋白。 跨膜区常见的分析软件有TMHMM.TMPERD.TMP。TMHMM 是一个基于马尔可夫模型预测跨膜螺旋的程序,它综 合了跨膜区疏水性、电荷偏倚、螺旋长度和膜蛋白拓 扑学限制等性质,可对跨膜区及膜内外区进行整体预 测。由于其在区分可溶性蛋白和膜蛋白方面尤为见长 ,故常用于判定一个蛋白是否为膜蛋白。
步骤四:显示结果
结果解读
结果显示: P8蛋白的1--405 位氨基酸位于细 胞膜表面,406-426位氨基酸之 间形成一个典型 的跨膜螺旋区。
结果显示: 与该蛋白的疏水 性区域分析结果 基本一致,表明 P8蛋白可能是一 个与细胞源自文库号传 导有关的膜受体 蛋白。
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