转录组分析的思路
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物生长途径。
文献
数据
实验验证（生物学、分子生物学实验）
数据
拼接和注释总况 差异基因 GO分类 KEGG 通路 单独基因分析 系统发育树 BLAST
常规分析 个性化分析
拼接和注释总况：
目的： 为了说明转录组测序质量可靠， 拼接后预测的Unigene数量充足， 并简单描述这些基因的 GO/KOG/KEGG分类等
实践：将AMvsACdown的KEGG聚类作图
信号肽预测
http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
200个差异基 因编码的蛋白
这些蛋白含有信号肽，有可能为分泌型蛋白，这些蛋白大部 分功能未知，但非常有可能参与植物-菌互作过程，值得关注。
很多Unigene和Contig注释上同一个基因， 且同时有上调和下调的，怎么办？？？
实践：将pban家族蛋白做进化树
Export-----list
GO作图
http://wego.genomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl
不改字体比较好
DEG up
实践：将三个down的.lst文件做成GO图
DEG down
用R制作 KEGG聚类图
首先打开RStudio
维恩图可以放图加描述 表明两两样本间差异的 共同部分和特有部分。
差异基因聚类的图可以 放文章中，可以描述样 本间关系。
趋势图可以用来查找在 样本间存在特定趋势的 一类基因。
差异基因的GO富集分 析，一般会放入文章中， 需要GO分类图，如果 富集不到，可以做总体 差异基因的GO分类。
差异基因的KEGG富集 分析，一般会放入文章
转录组文章思路和常用软件
郝昆
问题
预期目标
转录组
符合、不符、相关
解释
目标（真菌与植物互作）
植物免疫应答
植物抗性
植物对营养利用
（次生代谢物质） （激素、氮源等）
Biblioteka Baidu
茉莉酸和水杨酸途径，信 号转导，植物-菌互作免疫
反应信号通路
黄酮类物质、抗病蛋白、 损伤修复、抗逆物质等
硝酸盐、亚硝酸盐代谢相 关通路及基因。IAA等促植
开始------运行-------输入cmd Win+R-------输入cmd
cd：改变当前目录 .代表当前目录 ..代表上一级目录 dir：显示当前目录下所 有文件和文件夹。 cls：清屏
绝对路径 相对路径
批处理文件可以更便捷！
实践：将花生根测序 的差异基因和绿僵菌 基因组比对。
进化树
下机数据-fastq
Run序号
Lane编号
FlowCell号
Swatch
x,y 坐标
• 第一行以“@”开头，随后为Illumina测序标识别符（Sequence Identifiers）和描述文字； • 第二行是碱基序列； • 第三行以“+”开头，随后为Illumina测序标识别符； • 第四行是对应碱基的测序质量，该行中每个字符对应的ASCII值减去33，即为对应第二行碱基的测序质量值。
FASTA
FASTA格式首先以大于号“>”开头，接着是序列的标识符，然后是序 列的描述信息。换行后是序列信息，序列中允许空格、换行和空行，直到 下一个大于号，表示该序列的结束。
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables /blast+/LATEST
测序总量，质量，预测基因总数，N50， 注释基因总数等。描述性语言加表格
总的GO分类、KEGG 和KOG分类。描述性 语言，不用放图，最 多放一个。
差异表达分析：
目的： 为了说明转录组测序结果中各样 本间存在差异，且差异为目的基 因或目标大类。
样本之间的相关 性和FPKM分布， 描述性语言
火山图可以放图加描述 表明样本间差异以及上 下调基因数量。
中，需要KEGG富集分 类图和具体的KEGG通 路图。
本转录组富集到了4个通路， 涉及植物-菌互作，植物激素信 号（茉莉酸信号），氮源代谢， 多巴胺合成。
具体的差异基因需要有针对性的单独查找，分析
HEATMAP
实践：将 D:\TEST\10.DiffExprAnalysis\ 10.5.DEGcluster 中的文件聚 类并输出
为什么？ 1，同一基因的不同区域 2，同一个酶的不同亚基 3，同源基因 4，拼接错误（最不考虑）
如昆虫激素合成途径中， 将所有保幼激素合成途 径中的保幼激素甲基转 移酶（JHAMT）基因挑 出来做成表格。
实践：将CYP作图（shape替换成colour）
局部比对工具BLAST的本地操作
机器号
文献
数据
实验验证（生物学、分子生物学实验）
数据
拼接和注释总况 差异基因 GO分类 KEGG 通路 单独基因分析 系统发育树 BLAST
常规分析 个性化分析
拼接和注释总况：
目的： 为了说明转录组测序质量可靠， 拼接后预测的Unigene数量充足， 并简单描述这些基因的 GO/KOG/KEGG分类等
实践：将AMvsACdown的KEGG聚类作图
信号肽预测
http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
200个差异基 因编码的蛋白
这些蛋白含有信号肽，有可能为分泌型蛋白，这些蛋白大部 分功能未知，但非常有可能参与植物-菌互作过程，值得关注。
很多Unigene和Contig注释上同一个基因， 且同时有上调和下调的，怎么办？？？
实践：将pban家族蛋白做进化树
Export-----list
GO作图
http://wego.genomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl
不改字体比较好
DEG up
实践：将三个down的.lst文件做成GO图
DEG down
用R制作 KEGG聚类图
首先打开RStudio
维恩图可以放图加描述 表明两两样本间差异的 共同部分和特有部分。
差异基因聚类的图可以 放文章中，可以描述样 本间关系。
趋势图可以用来查找在 样本间存在特定趋势的 一类基因。
差异基因的GO富集分 析，一般会放入文章中， 需要GO分类图，如果 富集不到，可以做总体 差异基因的GO分类。
差异基因的KEGG富集 分析，一般会放入文章
转录组文章思路和常用软件
郝昆
问题
预期目标
转录组
符合、不符、相关
解释
目标（真菌与植物互作）
植物免疫应答
植物抗性
植物对营养利用
（次生代谢物质） （激素、氮源等）
Biblioteka Baidu
茉莉酸和水杨酸途径，信 号转导，植物-菌互作免疫
反应信号通路
黄酮类物质、抗病蛋白、 损伤修复、抗逆物质等
硝酸盐、亚硝酸盐代谢相 关通路及基因。IAA等促植
开始------运行-------输入cmd Win+R-------输入cmd
cd：改变当前目录 .代表当前目录 ..代表上一级目录 dir：显示当前目录下所 有文件和文件夹。 cls：清屏
绝对路径 相对路径
批处理文件可以更便捷！
实践：将花生根测序 的差异基因和绿僵菌 基因组比对。
进化树
下机数据-fastq
Run序号
Lane编号
FlowCell号
Swatch
x,y 坐标
• 第一行以“@”开头，随后为Illumina测序标识别符（Sequence Identifiers）和描述文字； • 第二行是碱基序列； • 第三行以“+”开头，随后为Illumina测序标识别符； • 第四行是对应碱基的测序质量，该行中每个字符对应的ASCII值减去33，即为对应第二行碱基的测序质量值。
FASTA
FASTA格式首先以大于号“>”开头，接着是序列的标识符，然后是序 列的描述信息。换行后是序列信息，序列中允许空格、换行和空行，直到 下一个大于号，表示该序列的结束。
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables /blast+/LATEST
测序总量，质量，预测基因总数，N50， 注释基因总数等。描述性语言加表格
总的GO分类、KEGG 和KOG分类。描述性 语言，不用放图，最 多放一个。
差异表达分析：
目的： 为了说明转录组测序结果中各样 本间存在差异，且差异为目的基 因或目标大类。
样本之间的相关 性和FPKM分布， 描述性语言
火山图可以放图加描述 表明样本间差异以及上 下调基因数量。
中，需要KEGG富集分 类图和具体的KEGG通 路图。
本转录组富集到了4个通路， 涉及植物-菌互作，植物激素信 号（茉莉酸信号），氮源代谢， 多巴胺合成。
具体的差异基因需要有针对性的单独查找，分析
HEATMAP
实践：将 D:\TEST\10.DiffExprAnalysis\ 10.5.DEGcluster 中的文件聚 类并输出
为什么？ 1，同一基因的不同区域 2，同一个酶的不同亚基 3，同源基因 4，拼接错误（最不考虑）
如昆虫激素合成途径中， 将所有保幼激素合成途 径中的保幼激素甲基转 移酶（JHAMT）基因挑 出来做成表格。
实践：将CYP作图（shape替换成colour）
局部比对工具BLAST的本地操作
机器号