SSR标记实验步骤
ssr分子标记原理
ssr分子标记原理SSR分子标记原理引言：SSR分子标记（SSR molecular tagging）是一种用于分析和鉴定生物体内特定分子的技术。
它基于分子生物学和生物化学的原理，通过特定的标记物，可以在细胞、组织或体液中准确地检测和定位目标分子。
本文将介绍SSR分子标记的原理及其在科研和医学领域的应用。
一、SSR分子标记的原理SSR分子标记是一种基于DNA序列多态性的分子标记技术。
它利用了DNA序列中的简单重复序列（simple sequence repeat, SSR），即由1-6个碱基重复组成的核酸序列。
SSR序列在基因组中广泛存在，具有高度变异性和遗传稳定性，因此可以作为DNA分子标记的候选序列。
SSR分子标记的原理可以简单概括为以下几个步骤：1. DNA提取：从样品（如细胞、组织或体液）中提取总DNA。
2. SSR标记物设计：根据目标分子的序列信息，设计特异性引物，引物的两端分别包含互补的SSR序列。
3. PCR扩增：利用PCR技术，使用设计好的引物对DNA进行扩增，扩增产物中包含了目标分子的序列和SSR序列。
4. 电泳分析：将PCR扩增产物进行电泳分析，根据SSR序列的长度变异性，可以将不同样品中的目标分子进行定性和定量分析。
二、SSR分子标记的应用SSR分子标记技术在科研和医学领域具有广泛的应用价值，以下是几个典型的应用案例：1. 遗传多样性研究：SSR分子标记可以用于研究不同物种或不同个体间的遗传多样性。
通过对多个基因座进行SSR分子标记，可以获得物种或个体的遗传背景信息，进而推断种群结构、基因流动和进化关系等。
2. 基因定位和图谱构建：SSR分子标记可以用于构建遗传图谱，帮助研究人员定位和克隆感兴趣的基因。
通过SSR标记物在遗传图谱上的位置，可以确定目标基因的大致区域，为后续的克隆工作提供有力的指导。
3. 疾病诊断和预后评估：SSR分子标记在医学诊断中的应用也日益广泛。
通过对特定基因的SSR序列进行分子标记，可以检测和鉴定与疾病相关的突变或多态性。
SSR标记的原理步骤
SSR:微卫星DNA又叫简单重复序列，指的是基因组中由1～6个核苷酸组成的基本单位重复多次构成的一段DNA，广泛分布于基因组的不同位置，长度一般在200bp以下。
研究表明，微卫星在真核生物的基因组中的含量非常丰富，而且常常是随机分布于核DNA中。
微卫星中重复单位的数目存在高度变异，这些变异表现为微卫星数目的整倍性变异或重复单位序列中的序列有可能不完全相同，因而造成多个位点的多态性。
如果能够将这些变异揭示出来，就能发现不同的SSR在不同的种甚至不同个体间的多态性，基于这一想法，人们发展起了SSR标记。
SSR标记又称为sequence tagged microsatellite site,简写为STMS，是目前最常用的微卫星标记之一。
由于基因组中某一特定的微卫星的侧翼序列通常都是保守性较强的单一序列，因而可以将微卫星侧翼的DNA片段克隆、测序，然后根据微卫星的侧翼序列就可以人工合成引物进行PCR扩增，从而将单个微卫星位点扩增出来。
由于单个微卫星位点重复单元在数量上的变异，个体的扩增产物在长度上的变化就产生长度的多态性，这一多态性称为简单序列重复长度多态性(SSLP)，每一扩增位点就代表了这一位点的一对等位基因。
由于SSR重复数目变化很大，所以SSR标记能揭示比RFLP高得多的多态性，这就是SSR标记的原理。
? 与其它分子标记相比，SSR标记具有以下优点：(1)数量丰富，覆盖整个基因组，揭示的多态性高；(2)具有多等位基因的特性，提供的信息量高；(3)以孟德尔方式遗传，呈共显性；(4)每个位点由设计的引物顺序决定，便于不同的实验室相互交流合作开发引物。
因而目前该技术已广泛用于遗传图谱的构建〔11，12，18，19，33〕、目标基因的标定〔8，9，21，22，26〕、指纹图〔22〕的绘制等研究中。
但应看到，SSR标记的建立首先要对微卫星侧翼序列进行克隆、测序、人工设计合成引物以及标记的定位、作图等基础性研究，因而其开发费用相当高，各个实验室必须进行合作才能开发更多的标记。
SSR分子标记
SSR座位突变率高，对变异反应非常敏感等等。
SSR分子标记的步骤
第一步：DNA 提取： 第二步：PCR :
PCR体系（15微升）：45纳克模板DNA 2.25微摩尔/升引物 11.5毫摩尔/升 氯化镁 各625微摩尔/升 4种dNTP 10X PCR缓冲液 1.5U Taq DNA 聚合酶 PCR反应程序 ： 变性94 摄氏度 3min 30次循环：94摄氏度 25s ，50-60摄氏度 25s ，72摄氏度 45s 最后72摄氏度延伸 10min
根据两端序列的保守性，设计引物；进行PCR， 电泳分离，染色显带以检测、分析微卫星序列多 态性；并确定基因排布序列及表型，最终达到成 功鉴定的目的。 简而言之，就是通过对样本DNA多态性的分析， 从而来得到样本DNA序列以及在遗传性状上的调 控和差异。
SSR标记原理示意图
SSR分子标记的优势
SSR标记
SSR标记是一种通过直接分析遗传物质的多态性来鉴别生物内 在的核苷酸排布及其外在状态表现规律的技术
SSR分子标记的分子学基础
微卫星在真核生物的基因组中的含量非常丰 富，而且常常是随机分布于核DNA中。在植 物中通过对拟南芥、玉米、水稻、小麦等的 研究表明微卫星在植物中也很丰富，均匀分 布于整个植物基因组中，但不同植物中微卫 星出现的频率变化是非常大的 常见的二核苷酸重复单位：（AC)n、 （GA)n、（AT)n 常见的三核苷酸重复单位： （AAG)n、 （AAT)n
枣品种鉴定技术规程ssr分子标记法
枣品种鉴定技术规程ssr分子标记法
粒子标记技术（SSR）是一种常用的枣品种鉴定方法，它基于
分子标记技术，通过检测植物基因组DNA中的特定序列，在
枣的品种鉴定中起到了重要作用。
SSR标记法的主要步骤包括：
1. DNA提取：从枣树的叶片、茎或果实中提取DNA。
2. SSR引物选择：选择适合枣品种鉴定的SSR引物，通常选
择在枣基因组中高度保守和多态性较高的位点。
3. PCR扩增：利用选择的SSR引物对提取的DNA进行PCR
扩增，以增加DNA的数量。
PCR扩增的条件包括温度、时间
和引物浓度等。
4. PCR产物分析：通过聚丙烯酰胺凝胶电泳等方法，对PCR
扩增产物进行分析，根据不同的SSR位点在不同品种之间呈
现的多态性差异，判断枣的品种。
利用SSR分子标记法能够获得高度特异性和稳定的分子标记，可用于枣品种的鉴定、遗传多样性分析以及品种保护等方面。
但同时也需要注意该方法的操作技术要求较高，且需要相应的实验设备和试剂支持。
玉米品种鉴定技术规程 ssr标记法
玉米品种鉴定技术规程 ssr标记法SSR（Simple Sequence Repeat）标记法是一种用于玉米品种鉴定的技术规程。
以下是关于玉米品种鉴定技术规程 SSR 标记法的一些基本信息：1. SSR 标记的原理：SSR 标记是基于短小简单重复序列的分子标记技术。
这些重复序列在基因组中广泛存在且具有高度多态性。
通过设计特定的引物，可以扩增并检测这些 SSR 标记，从而识别不同品种之间的差异。
2. DNA 提取：从待鉴定的玉米样本中提取高质量的 DNA 是进行 SSR 分析的重要步骤。
通常使用适当的 DNA 提取方法，如 CTAB 法或商业试剂盒。
3. SSR 引物设计：针对玉米基因组中的 SSR 位点，设计特异性的引物对。
这些引物可以根据已发表的玉米 SSR 数据库或通过自行开发来获得。
4. PCR 扩增：使用设计的 SSR 引物对，对提取的 DNA 进行 PCR 扩增。
PCR 反应条件可以根据引物的特性和设备要求进行优化。
5. 电泳和凝胶分析：扩增产物通过电泳在琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶上进行分离。
根据 SSR 标记的大小差异，可以观察到不同的电泳条带。
6. 数据分析：对电泳结果进行分析，记录每个品种的 SSR 标记图谱。
通过比较不同品种之间的图谱差异，可以鉴定出品种的独特特征。
7. 品种鉴定：根据 SSR 标记的多态性和品种特有的图谱模式，可以对玉米品种进行准确的鉴定和区分。
需要注意的是，SSR 标记法需要专业的实验室设备和技术操作，同时也需要对玉米基因组和 SSR 标记的相关知识有一定的了解。
在进行品种鉴定时，建议遵循相关的标准操作程序和实验室安全规范。
ISSR分子标记法
1、基因组DNA的提取，这个可以用试剂盒或者是传统的CTAB法，提取后的DNA经琼脂糖凝胶电泳，在凝胶成像系统下观测提取DNA的质量2、选取ISSR引物，并请生物公司合成3、利用合成的引物，和自己提取的DNA，进行PCR扩增4、ISSR最关键的便是PCR的扩增过程，在此过程中还要进行体系的优化、退火温度的筛选等，如果这些都可以了，便已经完成了整个实验的99%5、进行数据的分析ISSR(inter-simple sequence repeat)是Zietkeiwitcz等于1994年发展起来的一种微卫星基础上的分子标记。
其基本原理是:用锚定的微卫星DNA为引物，即在SSR序列的3'端或5'端加上2-4个随机核昔酸，在PCR反应中，锚定引物可引起特定位点退火，导致与锚定引物互补的间隔不太大的重复序列间DNA片段进行PCR扩增。
所扩增的inter SSR区域的多个条带通过聚丙烯酞胺凝胶电泳得以分辨，扩增谱带多为显性表现。
ISSR引物的开发不像SSR引物那样需测序获得SSR两侧的单拷贝序列，开发费用降低。
与SSR标记相比，ISSR引物可以在不同的物种间通用，不像SSR标记一样具有较强的种特异性;与RAPD和RFLP相比，ISSR揭示的多态性较高，可获得几倍于RAPD的信息量，精确度几乎可与RFLP相媲美，检测非常方便，因而是一种非常有发展前途的分子标记。
目前，ISSR标记已广泛应用于植物品种鉴定、遗传作图、基因定位、遗传多样性、进化及分子生态学研究中。
ISSR标记ISSR（inter-simple sequence repeat）标记是一种类似RAPD，但利用包含重复序列并在3’或5’锚定的单寡聚核酸引物对基因组进行扩增的标记系统，即用SSR引物来扩增重复序列之间的区域。
其原理具体是，ISSR标记根据生物广泛存在SSR的特点，利用在生物基因组常出现的SSR本身设计引物，无需预先克隆和测序。
SSR分子标记实验操作及其注意事项
SSR分子标记实验操作及其注意事项SSR(Simple Sequence Repeats ) 又称微卫星DNA，是一类由几个(多为1~6个) 碱基组成的基序(motif )串联重复而成的DNA序列，其长度一般较短，它们广泛分布于整个基因组的不同位置上，每个座位上重复单位的数目及重复单位的序列都可能不完全相同，因而造成了每个座位上的多态性。
SSR标记数量丰富，覆盖整个基因组，而且分布均匀，多态性高，呈共显性遗传，重复性好，操作简便，是一种理想的分子标记技术，被广泛应用于构建基因连锁图分子辅助育种品种鉴定遗传资源的保存等方面。
一、试剂配制1.0.2%亲水binding silence（现配现用）：1500μL95%乙醇，7.5μL冰醋酸，再加入3μLbinding silence，混匀后使用。
2.0.5%疏水repel silence（购买后可直接使用）3.TBE母液（5×TBE）：Tris Base,54g;硼酸,7.5g;EDTA(0.5M pH8.0),20ml.搅拌溶化，定容至1000ml，无需灭菌，室温保存，母液的pH值应保持在8.3左右。
4.Urea－TBE(一块胶板用量)：5×TBE,12ml;尿素,27g.加双蒸水溶解后定容至51ml，使用漏斗过滤。
5.40％丙烯酰胺：丙烯酰胺,380g;甲叉双丙烯酰胺,20g.加热至37℃使之溶解，加水定容至1000ml，用醋酸纤维素滤膜（入Nalge滤器，0.45μm孔径）过滤，棕色瓶避光保存于室温。
6.10％APS（过硫酸铵）：超纯过硫酸铵,2g;超纯水,18ml.溶解后，4℃保存。
7.TEMED（购买后可直接使用）：电泳级的TEMED可购自Bio-Rad，Sigma或其他供应商。
8.Loading buffer：去离子甲酰胺,50ml;0.5MEDTA(pH8.0),1ml;二甲苯腈蓝cyanol,0.125g;溴酚蓝,0.125g.混匀后置于4℃保存。
ssr分子标记方法
ssr分子标记方法《SSR 分子标记方法，跟我轻松学！》嘿，朋友！今天我要跟你唠唠 SSR 分子标记方法，这可是个超厉害的“武功秘籍”！首先呢，咱得准备好家伙什儿。
就像你要出门旅行得收拾行李一样，做 SSR 分子标记也得准备齐全。
你得有高质量的 DNA 样本，这就好比是做菜得有新鲜的食材。
然后还得有 PCR 扩增的试剂，这可是“魔法药水”，能让咱的实验顺利进行。
还有引物，这玩意就像是给 DNA 指方向的箭头。
接下来，就是设计引物啦！这一步可得长点心眼儿。
想象一下，引物就是你要去寻宝的地图，得设计得准准的，不然可就找不到宝贝啦。
要根据已知的 SSR 序列，用专业的软件或者网站来设计。
这就像是在网上找攻略，得找靠谱的！我之前有一次，没仔细设计引物，结果实验做得那叫一个乱七八糟，简直就是“车祸现场”，所以这一步千万不能马虎！设计好引物，咱们就可以开始 PCR 扩增啦！把 DNA 样本、引物、试剂啥的都放到PCR 仪里，设定好温度和时间，让它们在里面“狂欢”。
这 PCR 仪就像是个魔法盒子，能把咱们需要的东西变出来。
温度和时间可得设置好，不然就像炒菜火大了或者时间长了，菜就糊啦！扩增完了，就得检测扩增产物啦。
这就像是检查你做的蛋糕有没有烤熟。
一般用琼脂糖凝胶电泳或者聚丙烯酰胺凝胶电泳。
看着那些条带出现，心里那叫一个激动，就跟看到自己种的花开了一样。
然后呢，就是分析结果啦！这一步可得瞪大眼睛，仔细瞅瞅那些条带的位置和大小。
就像你在一堆水果里挑出好的坏的一样。
根据条带的特征，判断样本的基因型。
这可需要点耐心和细心，不然一不小心就看错啦。
最后，重复实验来验证结果。
可别觉得麻烦，这就跟你考试检查卷子一样重要。
多做几次，心里才有底。
总之，SSR 分子标记方法其实没那么可怕，只要咱们一步一步来，认真仔细，肯定能搞定！朋友，加油，相信你也能成为这方面的高手！现在就赶紧行动起来吧！。
SSR分子标记剖析
三、实验用品
1. 仪器设备与耗材：PCR扩增仪、电泳仪和电泳槽、 微型移液器、恒温水浴锅、凝胶成像系统等，离心 管、PCR管、移液器枪头等 2. 试剂 ① 提取缓冲液：100mmol/L Tris· Cl，20mmol/L EDTA ，500mmol/L NaCl，1.5% SDS。 ② 氯仿：异戊醇：乙醇（80：4：16）。
引物 设计
二
使用,筛选SSR位点
5'锚定PCR 分离SSR标记
K可以跟任何核苷酸配对，V不 能与A配对，R不能与G配对， 其他核苷酸均可与它们配对。 这样，VRVRV五个碱基一起 构成了一个封闭碱基群。在 PCR过程中，由于VRVRV不 能与GA配对，该引物与模板 DNA结合的时候，就不会在 (GA)n重复区滑动，只会结合 在如图1所示的位置上，以保 证SSR位点的长度多态性不会 丢失。
SSR座位突变率高，对变异反应非常敏感等等。
2. SSR分子标记的步骤
第一步：基因组DNA 提取 第二步：PCR 第三步：扩增产物电泳检测 第四步：结果分析
微卫星分子标记对18份基因型的扩增结果
3. SSR分子标记引物设计
一
从有关数据库（GenBank, EMBL DDBJ等）或文章中查 询
之用。
2. DNA提取
① ② ③ ④ ⑤ ⑥ ⑦ ⑧ ⑨ 将玉米幼叶在研钵中加液氮磨成粉状后，取约0.1g放入1.5ml离心管中，立 即加入0.5ml提取缓冲液（60℃水浴预热），摇动混匀。 60℃水浴保温30~60min（时间长，DNA产量高），不时摇动。 加入0.5ml氯仿：异戊醇：乙醇（80：4：16）溶液，颠倒混匀，室温下静 置5~10 min，使水相和有机相分层。 室温下12000rpm离心5 min。 小心移取上清液至另一1.5ml离心管，加入等体积异丙醇，混匀，室温下放 置片刻即出现絮状DNA沉淀。 室温下12000rpm离心5 min，去除上清液，再加入100μl TE溶解沉淀。 加入1/10体积（约10μl）的3mol/L NaAc及二倍体积（约300μl）预冷的无 水乙醇，混匀，-20℃放置20 min左右。 室温下12000rpm离心5 min。 去上清，用1ml 70%乙醇漂洗沉淀二次，待沉淀干燥后，重新加入100μl TE溶解，-20℃贮存,备用。
SSR技术原理,方法及步骤课件.doc
SSR技术1. SSR 简介说明：简单重复序列(Simple Sequence Repeat，SSR)，简单重复序(SSR)也称微卫星DNA ，其串联重复的核心序列为1-6 bp，其中最常见是双核苷酸重复，即(CA) n 和(TG) n 每个微卫星DNA 的核心序列结构相同，重复单位数目10-60 个，其高度多态性主要来源于串联数目的不同。
SSR标记的基本原理：根据微卫星序列两端互补序列设计引物，通过PCR 反应扩增微卫星片段，由于核心序列串联重复数目不同，因而能够用PCR 的方法扩增出不同长度的PCR 产物，将扩增产物进行凝胶电泳，根据分离片段的大小决定基因型并计算等位基因频率。
在真核生物中，存在许多2-5bp 简单重复序列，称为“微卫星DNA”其两端的序列高度保守，可设计双引物进行PCR 扩增，揭示其多态性。
SSR具有以下一些优点：(l) 一般检测到的是一个单一的多等位基因位点；(2)微卫星呈共显性遗传，故可鉴别杂合子和纯合子；(3)所需DNA 量少。
显然，在采用SSR 技术分析微卫星DNA 多态性时必须知道重复序列两端的DNA 序列的信息。
如不能直接从DNA 数据库查寻则首先必须对其进行测序。
SSR的分类：根据SSR 核心序列排列方式的不同，可分为 3 种类型：1）完全型(perfect) ，指核心序列以不间断的重复方式首尾相连构成的DNA 。
如：ATATATATATATATATATATATATATATATATAT ；2）不完全型(imperfect) ，指在SSR 的核心序列之间有 3 个以下的非重复碱基,但两端的连续重复核心序列重复数大于 3 。
如：ATATATATGGATATATATATCGATATATATATATATATGGATATATATAT ；3）复合型(compound) ，指2 个或 2 个以上的串联核心序列由 3 个或3 个以上的连续的非重复碱基分隔开,但这种连续性的核心序列重复数不少于 5 。
苹果品种鉴定技术规程 ssr分子标记法全文
苹果品种鉴定技术规程 ssr分子标记法全文苹果品种鉴定技术规程一、引言：苹果（Malus domestica Borkh）是世界上种植面积最广泛、产量最大的水果之一，所以苹果品种的鉴定十分重要。
随着分子生物学和遗传学的发展，利用分子标记法进行苹果品种鉴定成为一种快速、可靠的方法。
二、SSR分子标记法概述：SSR（Simple Sequence Repeats）分子标记法是利用高度保守的微卫星序列进行分子标记的方法。
微卫星序列是基因组中重复出现的短串联重复序列，由重复单元和不同重复单元之间的连续序列组成。
SSR标记法基于PCR扩增微卫星序列，通过测定微卫星序列长度的差异来进行苹果品种的鉴定。
三、实验步骤：1. DNA提取：从苹果叶片或果实中提取总DNA。
采用常规的CTAB法或商用DNA提取试剂盒进行提取。
2. SSR引物设计：选择合适的SSR引物进行扩增。
根据已知的苹果品种的基因组序列，设计特异性的引物。
选择的引物应具有多态性和重复性。
3. PCR扩增：设置PCR反应体系，包括模板DNA、引物、dNTPs和酶。
进行PCR扩增，得到PCR产物。
4. PCR产物分离：将PCR产物经过电泳分离，根据产物的大小来进行分离。
通常采用琼脂糖凝胶电泳或聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分离。
5. DNA可视化和分析：通过染色剂染色或直接使用荧光标记的引物进行染色。
分析PCR产物的大小和条带图案，根据特定的品种特征进行品种鉴定。
四、结果解释：根据PCR产物的大小和条带图案，可以进行品种鉴定。
如果PCR产物的大小和已知品种相符，则可以判定为该品种。
如果PCR产物的大小和已知品种不符，则可以判定为新品种或可能存在突变。
五、优点和应用：1.快速：SSR分子标记法可以在短时间内得到结果，相对于传统的品种鉴定方法更快捷。
2.可靠：SSR分子标记法具有高度的可重复性和稳定性，结果准确可靠。
3.特异性：SSR引物的设计可以根据不同品种的基因组序列进行选择，具有品种特异性。
玉米品种鉴定技术规程 ssr标记法
玉米品种鉴定技术规程 ssr标记法玉米（Zea mays L.）是世界上最重要的粮食作物之一，具有广泛的生态适应性和经济价值。
为了满足农业生产的需求和科学研究的需要，科学家们开发了多种玉米品种，并针对其进行了鉴定和分类。
其中，SSR标记法是一种常用的玉米品种鉴定技术规程，本文将重点介绍该技术规程的原理和步骤。
SSR（Simple Sequence Repeat）标记法是一种基于已知序列的重复单元寻找多态性位点的分子标记技术。
其原理是利用多态性位点的存在或不存在来鉴定不同的品种。
在玉米品种鉴定中，研究人员根据SSR标记法的原理，选取一些具有丰富多态性的SSR标记位点，通过PCR扩增和凝胶电泳等技术手段，检测和分离出目标位点，并根据目标位点的存在与否来判定玉米品种。
玉米品种鉴定的具体步骤如下：1. 提取玉米DNA：玉米DNA的提取是进行SSR标记法鉴定的关键步骤。
通常采用的方法是将玉米叶片或种子样品经过粉碎处理，使用提取试剂将DNA从细胞中分离出来。
2. PCR扩增：PCR（Polymerase Chain Reaction）是一种通过体外合成技术快速扩增特定DNA片段的方法。
在玉米品种鉴定中，选择目标SSR标记位点进行PCR 扩增，采用合适的引物组合和PCR条件，使目标位点得到特异性扩增。
3. 凝胶电泳：凝胶电泳是一种常用的分子生物学技术，用于分离和鉴定扩增产物。
将PCR扩增产物与DNA分子量标记物一同加载到琼脂糖凝胶孔中，施加电场后，根据扩增产物的大小，观察和记录目标位点的迁移距离。
4. 结果分析：通过观察凝胶电泳图像，可以判断目标位点的存在与否以及不同品种之间的差异。
如果目标位点在某个品种中存在，而在其他品种中不存在，则可以判定该品种具有独特的SSR标记，从而进行鉴定和分类。
SSR标记法作为一种快速、准确、可重复的玉米品种鉴定技术规程，广泛应用于玉米遗传育种和种质资源保护等领域。
它不仅可以用于鉴定玉米品种的纯度和纯度保持，还可用于种质资源的评价、亲源分析和遗传多样性研究等方面。
SSR分子标记实验流程
实验流程及操作SSR分子标记开发的流程主要有DNA提取、DNA质量监测、PCR扩增反应和非聚丙烯酰胺凝胶电泳。
1油棕DNA的提取DNA的提取一般有改良的CTAB法和SDS法，本实验室采用的是CTAB提取法。
由于购买液氮不变，提取液用的是CTAB提取缓冲液，其配方是：2%(w)CTAB，50 mol·L-1Tris·HCl (pH8.0)，1.4 mol·L-1NaCl，20 mmol·L-1EDTA，2%(!) β- 巯基乙醇。
具体操作方法如下：取2g嫩叶片在约600ulCTA提取液进行磨样，直至所磨样品看不到嫩叶残渣为止；将磨好的样品分装到对应离心管中，之后在65℃的水浴锅中煮45min-1h 后，期间每隔10分钟左右将其拿起来轻轻摇匀约30次，水浴时间到后降温至室温；在水浴好后的离心管中加入500ul氯仿异戊醇并缓慢混匀30次，静置5min；在把样品配平后，在离心机中以10000rmp，25℃，离心8min；离心好后用移液枪吸取上清液，加入等体积冰冻的无水乙醇，轻轻混匀后静置10min；最后将DNA用枪头挑出，用75%乙醇或乙醇铵浸泡过夜，让其风干；风干后DNA用50ulddH2O培养于-20℃冰箱中。
2DNA质量检测将获得的DNA样品稀释1000倍后，用紫外分光光度计分别测定不同样品的DNA溶液在260、280nm波长下的OD值,以及OD260/OD280的比值，计算样品的纯度，并通过260nm处的吸光值计算样品中的DNA含量。
取1ulDNA,，加1ul10×loading buffer 和8ulddH2O 于ρ= 0.008 g·mL-1琼脂糖凝胶电泳，电压100v，电泳45min，于紫外透射仪下检测DNA降解情况[5～7]。
其中，水平电泳的步骤是：①、制胶：1﹪琼脂糖凝胶：1×TAE 50ml；REGULAR （琼脂糖） 0.5g；Goldview Nuleie 4ul∕Bioteko Corporation 2ul（染色剂）。
SSR技术原理-方法及步骤
SSR技术1. SSR简介说明：简单重复序列(Simple Sequence Repeat，SSR)，简单重复序(SSR)也称微卫星DNA，其串联重复的核心序列为1-6 bp，其中最常见是双核苷酸重复，即(CA) n和(TG) n每个微卫星DNA的核心序列结构相同，重复单位数目10-60个，其高度多态性主要来源于串联数目的不同。
SSR标记的基本原理：根据微卫星序列两端互补序列设计引物，通过PCR反应扩增微卫星片段，由于核心序列串联重复数目不同，因而能够用PCR的方法扩增出不同长度的PCR 产物，将扩增产物进行凝胶电泳，根据分离片段的大小决定基因型并计算等位基因频率。
在真核生物中，存在许多2-5bp简单重复序列，称为“微卫星DNA”其两端的序列高度保守，可设计双引物进行PCR扩增，揭示其多态性。
SSR具有以下一些优点：(l)一般检测到的是一个单一的多等位基因位点；(2)微卫星呈共显性遗传，故可鉴别杂合子和纯合子；(3)所需DNA量少。
显然，在采用SSR技术分析微卫星DNA多态性时必须知道重复序列两端的DNA序列的信息。
如不能直接从DNA数据库查寻则首先必须对其进行测序。
SSR的分类：根据SSR核心序列排列方式的不同，可分为3种类型：1）完全型(perfect)，指核心序列以不间断的重复方式首尾相连构成的DNA。
如：ATATATATATATATATATATATATATATATATAT；2）不完全型(imperfect)，指在SSR的核心序列之间有3个以下的非重复碱基,但两端的连续重复核心序列重复数大于3 。
如：ATATATATGGATATATATATCGATATATATATATATATGGATATATATAT；3）复合型(compound) ，指2个或2个以上的串联核心序列由3个或3个以上的连续的非重复碱基分隔开,但这种连续性的核心序列重复数不少于5 。
如：ATATATATATATATGGGATATATATATATA 。
大豆品种纯度鉴定技术规程ssr分子标记法
大豆品种纯度鉴定技术规程ssr分子标记法1 引言大豆是我国重要的经济作物之一，为推进大豆的品种改良和选育具有高产、高蛋白、多抗性的良种，品种纯度的鉴定技术显得尤为重要。
本文将介绍一种常见的大豆品种纯度鉴定技术——ssr分子标记法。
2 ssr分子标记法简介ssr是微卫星序列（Simple Sequence Repeats）的缩写，是一类宽泛分布在生物体DNA序列中的短小（1-6个核苷酸重复单元）序列。
ssr序列被广泛应用于种子杂交及品种纯度鉴定中。
根据ssr序列多态性重复单元数以及其分布范围的不同，ssr分子标记法可分为几种类型，其中以SSR-PCR（简称ssr法）为最为常见。
3 ssr分子标记法的原理ssr编码的区域在不同品种之间的长度不同，拥有不同的多态性，它们不断遗传的特点使之成为品种鉴定、种系筛选及杂交亲本选择的理想分子标记。
采用ssr分子标记法，可以根据不同的ssr序列扩增出长度差异明显的DNA片段，标记每个不同品种的特征，通过对PCR扩增后的产物形态和条带等特征进行分析，可以较准确地区别同一种类的不同品种。
4 ssr分子标记法的操作步骤ssr分子标记法主要有以下几个步骤：4.1 DNA提取：从样品中提取基因组DNA，一般采用提取试剂盒进行提取。
4.2 ssr-PCR反应：反应体系中包括模板DNA、引物、酶、dNTPs等成分，并进行PCR反应。
4.3 PCR产物分离：利用胶体电泳分离，目标PCR产物多态性可经由不同的电泳条件（电流密度、电位、电泳胶浓度、染色方法以及形态学等）反映出来。
4.4 产物分析：由于PCR产物多为同一长度，专家可通过对片段形态和条带高度等特征进行分析，从而区别同一种类不同品种。
5 ssr分子标记法的优点ssr分子标记法具有多样性、重复产生、稳定等特点，其科学鉴定和准确性能更好地保障了大豆品种的准确选育与纯度识别。
6 结论ssr分子标记法是一种有效、准确、重复性强的分子标记技术，因此应用范围也更加广泛，为品种纯度鉴定提供了一种新的思路和手段。
苹果品种鉴定技术规程 ssr分子标记法全文
苹果品种鉴定技术规程 ssr分子标记法全文苹果品种鉴定技术规程—— SSR分子标记法一、技术原理SSR（Simple Sequence Repeats）分子标记法是一种常用的遗传标记技术，也称为微卫星标记法。
该技术基于植物DNA中包含的重复序列，通过PCR扩增特定的SSR位点，进而对DNA序列进行分析，从而实现对苹果品种的鉴定。
二、实验步骤1. DNA提取：从苹果叶片或幼芽中提取基因组DNA。
2. SSR扩增反应：选择特定的SSR引物对DNA进行PCR扩增反应，得到扩增产物。
3. PCR产物分析：将PCR产品通过电泳方法分离在聚丙烯酰胺凝胶上，通过比较DNA片段迁移距离，鉴定不同苹果品种之间的差异。
三、实验材料1.离心管和PCR试管：用于提取DNA和进行PCR反应。
2. DNA提取试剂盒：用于提取DNA样品。
3. SSR引物组合：根据需要选择适宜的SSR引物。
4. PCR试剂盒：用于PCR反应。
5. DNA电泳试剂盒：用于DNA样品分离。
四、实验操作细节1. DNA提取：按照DNA提取试剂盒的说明进行操作，提取苹果叶片或幼芽中的基因组DNA。
2. SSR扩增反应：准备PCR反应体系，包括DNA模板、引物、酶和缓冲液等。
根据引物选择，设置合适数量的PCR反应管。
3. PCR条件设置：根据引物的特性，设置适当的扩增温度和周期。
4. PCR产物分析：将PCR反应产物通过电泳方法分离在聚丙烯酰胺凝胶上，根据DNA片段大小进行鉴定。
5.结果解读：根据电泳图像，比较不同苹果品种之间的DNA条带差异，判断品种间的差异和相似性。
五、结果分析1. SSR分离电泳图像：根据电泳分离的结果，分析苹果品种之间的遗传关系和差异。
2. SSR结构鉴定：通过比对已知品种的SSR位点，来反推未知品种的SSR结构和遗传关系。
3. SSR图谱构建：通过整理分析的SSR位点数据，构建苹果品种的SSR图谱，进一步研究苹果品种的遗传表达规律。
小麦品种纯度鉴定ssr分子标记法
小麦品种纯度鉴定ssr分子标记法
小麦品种纯度鉴定是指通过分子标记技术对小麦品种的遗传纯
度进行鉴定。
SSR（Simple Sequence Repeat）分子标记法是一种常
用的分子标记技朮，也称为微卫星分子标记。
下面我将从几个方面
来详细介绍小麦品种纯度鉴定SSR分子标记法。
首先，SSR分子标记法的原理是利用DNA序列中的微卫星序列
进行分子标记。
微卫星是DNA序列中短重复的核苷酸序列，它们在
基因组中存在广泛且具有高度多态性。
通过PCR扩增和电泳分析，
可以检测微卫星位点的多态性，从而对不同小麦品种进行鉴定。
其次，小麦品种纯度鉴定SSR分子标记法的步骤包括DNA提取、PCR扩增、电泳分析和数据解读。
首先是DNA提取，从不同小麦品
种的叶片或种子中提取DNA样品；然后进行PCR扩增，利用特定的
微卫星引物对DNA进行扩增，得到特定微卫星位点的DNA片段；接
下来是电泳分析，将PCR产物进行电泳分离，根据片段大小进行鉴定；最后是数据解读，根据电泳图谱分析不同小麦品种的微卫星位
点多态性，从而判断它们的遗传纯度。
另外，SSR分子标记法具有高度多态性、重复性强、稳定可靠
等特点，可以对小麦品种进行高效的鉴定。
通过分析不同小麦品种
的微卫星位点多态性，可以快速、准确地鉴定小麦品种的遗传纯度，为小麦育种和品种纯度管理提供重要的技术支持。
综上所述，小麦品种纯度鉴定SSR分子标记法是一种有效的分
子标记技朮，通过对小麦品种的微卫星位点多态性进行分析，可以
实现对小麦品种遗传纯度的准确鉴定，为小麦育种和种质资源管理
提供重要的技术手段。
浅析SSR分子标记实验操作
2017年第10期本文DOI ：10.16675/14-1065/f.2017.10.072浅析SSR 分子标记实验操作□张肖逢刘姗摘要：SSR 是新兴起的一种较为理想的遗传标记技术，在科学研究中已经得到广泛的应用。
本文简单介绍了SSR 分子标记的实验过程，以期为SSR 分子标记技术的普及而服务。
关键词：SSR ；PCR 扩增；步骤文章编号：1004-7026（2017）10-0101-01中国图书分类号：S511文献标志码：A （河北农业大学农学院河北保定071000）1SSR 实验步骤1.1DNA 提取常用的DNA 提取主要有：CTAB 法和SDS 法。
提取过程中要减少物理、化学等因素对核酸结构的破坏，也要防止核酸自身的生物降解。
1.2引物的筛选为了提高PCR 扩增的效率，引物分为正、反两类。
现在可直接从公司购买。
1.3PCR 扩增扩增反应体系为15μl ，包含3μl 模板DNA 、7.5μlMIX 、正反引物各0.5μl 和超纯水3.5μl （在冰板上进行）。
反应程序：①95℃预变性5min②94℃变性30s③55℃退火30s④72℃延伸30s ，②③④这三个步骤循环35次，⑤72℃延伸10min ，可在4℃过夜。
1.4电泳（以变性聚丙烯胺凝胶电泳为例）1.4.1实验中所用试剂及其配制。
变性胶的配制：40%丙烯酰胺150ml 、5×TBE200ml 、尿素420.24g 三种试剂混合，加蒸馏水至1g 000ml ，用玻璃棒搅拌至溶液变澄清即可。
变性胶不需要现配现用。
丙烯酰胺有毒，配制过程中要戴手套。
过硫酸铵的配制：超纯过硫酸铵2g 在超纯水18ml 中溶解并混合均匀，可放置在4℃中保存。
TEMED ：购买后可直接使用。
银染溶液：取4g 硝酸银充分溶于2g 000ml 蒸馏水，实验过程中可重复使用，染色9~12块板换一次。
显色溶液：取30g 氢氧化钠充分溶于2g 000ml 蒸馏水中，放入胶板前加入8ml 甲醛。
SSR标记实验步骤
SSR标记实验步骤简介：SSR简单序列重复标记（Simple sequence repeat, 简称SSR标记），也叫微卫星序列重复，是由一类由几个核苷酸（1－5个）为重复单位组成的长达几十个核苷酸的重复序列，长度较短，广泛分布在染色体上。
由于重复单位的次数的不同或重复程度的不完全相同，造成了SSR长度的高度变异性，由此而产生SSR标记或SSLP标记。
虽然SSR在基因组上的位置不尽相同，但是其两端序列多是保守的单拷贝序列，因此可以用微卫星区域特定顺序设计成对引物，通过PCR技术，经聚丙烯酰胺凝胶电泳，即可显示SSR位点在不同个体间的多态性。
优点：（1）标记数量丰富，具有较多的等位变异，广泛分布于各条染色体上；（2）是共显性标记，呈孟德尔遗传；（3）技术重复性好，易于操作，结果可靠。
缺点：开发此类标记需要预先得知标记两端的序列信息，而且引物合成费用较高。
操作程序：取叶片→磨样→提取DNA→PCR扩增→电泳检测→染色→读带标记1、DNA提取按照Doyle和Dickson(1987)CTAB法（`Cetyl triethyl ammonium bromide）并略加改进的程序进行，具体步骤如下：①成熟期取叶片加液氮研磨成粉末状，转入1.5ml离心管中，-20℃冰箱保存；②加入600ul 65℃的2×CTAB混匀并置于65℃水浴中保温30～60分钟；③取出，冷却，上下摇匀后，加入600微升24:1的氯仿异戊醇；④12000转/分钟离心10分钟，取上清液于另一个1.5ml的离心管中；⑤加异丙醇，12000转/分钟离心10分钟，倒掉上清液；⑥干后用100%的洒精清洗，干后加适量TE2、PCR扩增模板DNA的浓度大约25ng/ul，扩增反应体系为20ul。
具体如下：Sterile ddH2O 11ulPCR Buffer 3uldNTP-mix 0.5ulPrimer1 1ulPrimer2 1ulTaq polymerase 0.5ul(2U/μL)DNA 3ulPCR扩增程序为：（2h30min）①预变性：94℃，5分钟；②变性：94℃，40秒；③退火：55℃40秒；④延伸：72℃，1分钟；⑤循环：从2到4共38个循环；⑥72℃下最后延伸5分钟；4℃5min,扩增产物置于4℃的冰箱保存。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
SSR标记实验步骤
简介：
SSR简单序列重复标记（Simple sequence repeat, 简称SSR标记），也叫微卫星序列重复，是由一类由几个核苷酸（1－5个）为重复单位组成的长达几十个核苷酸的重复序列，长度较短，广泛分布在染色体上。
由于重复单位的次数的不同或重复程度的不完全相同，造成了SSR长度的高度变异性，由此而产生SSR标记或SSLP标记。
虽然SSR在基因组上的位置不尽相同，但是其两端序列多是保守的单拷贝序列，因此可以用微卫星区域特定顺序设计成对引物，通过PCR技术，经聚丙烯酰胺凝胶电泳，即可显示SSR位点在不同个体间的多态性。
优点：（1）标记数量丰富，具有较多的等位变异，广泛分布于各条染色体上；（2）是共显性标记，呈孟德尔遗传；
（3）技术重复性好，易于操作，结果可靠。
缺点：开发此类标记需要预先得知标记两端的序列信息，而且引物合成费用较高。
操作程序：
取叶片→磨样→提取DNA→PCR扩增→电泳检测→染色→读带标记
1、DNA提取
按照Doyle和Dickson(1987)CTAB法（`Cetyl triethyl ammonium bromide）并略加改进的程序进行，具体步骤如下：
①成熟期取叶片加液氮研磨成粉末状，转入1.5ml离心管中，-20℃冰箱保存；
②加入600ul 65℃的2×CTAB混匀并置于65℃水浴中保温30～60分钟；
③取出，冷却，上下摇匀后，加入600微升24:1的氯仿异戊醇；
④12000转/分钟离心10分钟，取上清液于另一个1.5ml的离心管中；
⑤加异丙醇，12000转/分钟离心10分钟，倒掉上清液；
⑥干后用100%的洒精清洗，干后加适量TE
2、PCR扩增
模板DNA的浓度大约25ng/ul，扩增反应体系为20ul。
具体如下：
Sterile ddH2O 11ul
PCR Buffer 3ul
dNTP-mix 0.5ul
Primer1 1ul
Primer2 1ul
Taq polymerase 0.5ul(2U/μL)
DNA 3ul
PCR扩增程序为：（2h30min）
①预变性：94℃，5分钟；
②变性：94℃，40秒；
③退火：55℃40秒；
④延伸：72℃，1分钟；
⑤循环：从2到4共38个循环；
⑥72℃下最后延伸5分钟；4℃5min,扩增产物置于4℃的冰箱保存。
3、扩增产物的电泳分离
制胶→灌胶→上样→电泳
扩增产物用8%的聚丙烯酰胺变性胶电泳分离，步骤如下：
①准备电极液（1×TBE）；
②将梳子拨出，并迅速用电极液冲洗胶面；
③不预电泳；
④点样，电泳220v；
⑤拆板，并及时将内板、边条及梳子洗净。
4、凝胶染色
①固定：10%醋酸，5分钟；
②染色：10分钟；
③漂洗：dH2O，5～10秒；
④Na2S2O3 1min
⑤显色：甲醛- NaOH,直到满意为止；
⑥漂洗：dH2O，2分钟。
5、自封带封胶，读带标记，数码照相摄像，室温风干。