CN7 定量蛋白质组学
定量蛋白质组学和靶向蛋白质组学
定量蛋白质组学和靶向蛋白质组学定量蛋白质组学和靶向蛋白质组学是生物科学中重要的研究领域，它们帮助我们更深入地了解蛋白质在生物体内的功能和调控机制。
在这篇文章中，我们将介绍这两个领域的基本概念、研究方法和应用。
定量蛋白质组学是研究蛋白质组中蛋白质的表达水平和相对丰度的方法。
通过比较不同条件下蛋白质的表达差异，我们可以了解到蛋白质在生物体内的功能和调控机制。
定量蛋白质组学通常使用质谱技术，如液相色谱质谱法（LC-MS/MS），来对蛋白质进行定量分析。
这项技术可以同时鉴定和定量成千上万种蛋白质，从而提供全面的蛋白质组信息。
靶向蛋白质组学是研究特定蛋白质或蛋白质家族的表达、结构和功能的方法。
与定量蛋白质组学相比，靶向蛋白质组学更加注重深入研究某些特定蛋白质在生物体内的作用机制。
靶向蛋白质组学通常使用特定的抗体或亲和剂来选择性地富集和检测目标蛋白质。
这种方法可以帮助我们了解特定蛋白质的功能、调控和相互作用网络。
定量蛋白质组学和靶向蛋白质组学在许多生物学研究领域中都有广泛的应用。
比如，它们可以用于研究疾病的发生机制和诊断标志物的发现。
通过比较疾病组织和正常组织中的蛋白质表达差异，我们可以找到与疾病相关的蛋白质，并开发相应的治疗方法。
此外，定量蛋白质组学和靶向蛋白质组学还可以应用于药物研发和药物靶点的鉴定。
通过研究药物与特定蛋白质的相互作用，我们可以更好地理解药物的作用机制和效果。
定量蛋白质组学和靶向蛋白质组学是生物科学中重要的研究领域，它们帮助我们深入了解蛋白质的功能和调控机制。
通过定量蛋白质组学和靶向蛋白质组学的研究，我们可以揭示生物体内复杂的蛋白质相互作用网络，并为疾病的诊断和治疗提供新的思路和方法。
这些研究为我们更好地认识生命的奥秘提供了重要的工具和手段。
蛋白质组学的研究方法
蛋白质组学的研究方法蛋白质组学是运用先进的分析技术，通过对细胞内的蛋白质分子进行检测、分离、同位素标记与定量等方法，研究不同细胞型、组织型、发育阶段以及病变状态等生物样本中蛋白质组成及其功能性调控的科学。
它是一门综合性学科，既涉及生物化学、蛋白质工程、分子生物学等学科，也涉及信息学及计算机科学等学科，运用了各种生物学技术和数学模型，将复杂的生物体蛋白质组织成一个有机的整体，从而更好地了解蛋白质的结构与功能关系。
蛋白质组学的研究方法主要包括：一、蛋白质分离与鉴定：蛋白质分离是蛋白质组学的基础步骤，其目的是从生物样本中提取蛋白质。
常用的技术包括凝胶电泳、膜分离、微萃取、液相色谱法以及离心分离等。
蛋白质分离之后，还需要进行鉴定，以获得蛋白质的名称及其细胞定位等信息，以便进行后续研究。
常用的方法包括凝集试验、蛋白质印迹、Western blotting、质谱分析以及二级结构分析等。
二、定量蛋白质组学：定量蛋白质组学是指利用有效的检测技术，对生物样本中的蛋白质进行定量分析，以便获得蛋白质组成及其功能性调控情况的精确信息。
定量蛋白质组学技术主要包括酶标记蛋白质定量、质谱定量以及流式细胞蛋白质定量等。
三、蛋白质组学的应用：蛋白质组学的研究结果可以用来研究基因调控、细胞信号转导、疾病机理等方面的问题。
它可以帮助研究人员更好地理解生物的复杂性，并为有效的治疗策略的制定提供重要的参考和指导。
它还可以用于研究新型药物的研究和开发，为疾病的治疗提供新的思路。
蛋白质组学的发展前景广阔，它不仅可以用于解决当前生物学上的实际问题，还可以为未来的研究提供重要的科学研究基础。
随着技术的进步和数据量的增加，蛋白质组学技术将会为生物学研究带来更多的惊喜和发现。
蛋白质组学定量
蛋白质组学定量蛋白质组学是生物学领域中一个受到重视的分支学科，它对研究细胞结构和功能有着重要意义。
定量蛋白质组学是一个复杂的研究领域，它可以帮助我们更好地理解细胞的结构和功能，并预测疾病的发生。
蛋白质组学定量是利用生物质谱技术和其他技术（如质谱、分析技术、定量技术等）对蛋白质进行定量检测的一种方法。
通过此种方法，可以比较一个细胞中不同蛋白质的相对表达量，并研究各种细胞表型的变化，有助于研究物种的进化和调控关系的研究。
蛋白质组学定量的有效实现，需要建立一个高效的细胞样本处理和分析流程。
生物质谱技术是分析一个细胞中不同蛋白质的相对表达量的基本技术。
它可以用来检测蛋白质的组成和表达水平，以及表达水平的变化，这是包括蛋白组学定量在内的所有细胞表型研究的基础。
其他重要技术包括高效液相色谱（HPLC）和高效毛细管电泳（CE），它们可以用来分析不同蛋白质的组成和表达水平，以了解蛋白质组织中表达水平的变化，并分析表达水平变化和细胞生物学表型之间的相互关系。
蛋白质组学定量的有效进行也需要建立一个有效的数据处理和分析管道。
有效的数据处理和分析管道可以帮助我们更好地理解不同蛋白质的组织和表达水平，以及表达水平变化和细胞生物学表型之间的相关性。
为了有效的实现蛋白质组学定量，必须建立一个完整的数据处理管道，包括获取样本、处理样本、定量表达水平和分析定量数据等步骤。
蛋白质组学定量实践中，在处理数据方面，它们也需要建立一个有效的数据分析系统，以便对测定的数据进行有效的分析和统计。
另外，除了细胞表型研究外，蛋白质组学定量还可以用来研究疾病的进化和调控关系。
例如，通过蛋白质组学定量，可以比较不同组织中不同疾病患者蛋白质表达水平的差异，从而了解疾病机理。
因此，蛋白质组学定量是一个重要的研究领域，其有效进行需要建立一个有效的数据处理和分析流程，以及建立一个有效的数据分析系统，通过这些流程，研究者可以更好地理解蛋白质组的组成和表达水平，以及表达水平变化和细胞生物学表型之间的相互关系，帮助我们了解细胞的结构和功能，以及预测疾病的发生。
定量蛋白质组学的方法有哪些
定量蛋白质组学的方法有哪些？1 背景和意义从生命活动的直接执行者——蛋白质的角度研究生命现象和规律（特别是疾病防治和病理研究）已成为研究生命科学的主要手段。
而这些研究往往离不开对细胞、组织或器官中含有蛋白质种类和表达量的研究。
对处不同时期、不同条件下蛋白质表达水平变化的研究，识别功能模块和路径，监控疾病的生物标志物，这些研究都需要对蛋白质进行鉴定和定量。
生物质谱技术的出现和不断成熟为蛋白质差异表达分析提供了更可靠、动态范围更广的研究手段。
基于质谱技术，科学家们不断开发出新的定量蛋白质组学方法，来了解细胞、组织或生物体的整体蛋白质动力学。
2 方法学介绍目前较主流的定量蛋白质组学方法有5种，分别是Label-free、iTRAQ、SILAC、MRM(MRM HR)、和SW ATH。
简述如下：2.1 Label-freeLabel-free定量，即非标记的定量蛋白质组学，不需要对比较样本做特定标记处理，只需要比较特定肽段/蛋白在不同样品间的色谱质谱响应信号便可得到样品间蛋白表达量的变化，通常用于分析大规模蛋白鉴定和定量时所产生的质谱数据。
Label-free操作简单，可以做任意样本的总蛋白质差异定量，但对实验操作的稳定性、重复性要求较高，准确性也较标记定量差。
因此，Label-free技术适合于大样本量的定量比较，以及对无法用标记定量实现的实验设计。
2.2 iTRAQiTRAQ定量是目前定量蛋白质组学应用很广泛的技术，该技术的核心原理是多肽标记和定量，将多肽的含量转化为114、115、116和117同位素的含量(或113、114、115、116、117、118、119和121的8标记)，从而简化了定量的复杂性，最终通过多肽定量值回归到蛋白的定量值，从而最终测定出不同样本之间蛋白质的差异。
iTRAQ定量不依赖样本，可检测出较低丰度蛋白，胞浆蛋白、膜蛋白、核蛋白、胞外蛋白等，且定量准确，可同时对8个样本进行分析，并可同时得出鉴定和定量的结果，特别适用于采用多种处理方式或来自多个处理时间的样本的差异蛋白分析。
蛋白质组学定量分析的方法
蛋白质组学定量分析的方法蛋白质组学定量分析是对细胞或组织中的蛋白质进行定量分析的一种方法。
它是研究蛋白质组学的重要手段之一，可以揭示蛋白质的表达差异、功能变化以及相关的生物学过程和疾病机制。
目前，蛋白质组学定量分析的方法主要包括质谱定量法和定量免疫学方法。
质谱定量法是蛋白质组学定量分析的主要方法之一。
它基于质谱技术和同位素标记原理，使用质谱仪对样品中的蛋白质进行定量分析。
目前常用的质谱定量方法包括多重反应监测（MRM）、定量蛋白质鉴定（iTRAQ）和标记蛋白质鉴定（TMT）等。
多重反应监测（MRM）是一种常用的质谱定量分析方法。
它利用质谱仪中的三重四极杆（triple quadrupole）进行分析。
首先，确定待测蛋白质的肽段序列，然后合成同位素标记的肽段标准品作为内标。
接下来，使用质谱仪对待测蛋白质和内标进行质谱分析，测量待测蛋白质和内标的特定肽段的质荷比和峰面积。
最后，通过内标的峰面积和待测蛋白质的峰面积进行定量计算，得到待测蛋白质的表达量。
定量蛋白质鉴定（iTRAQ）是一种基于同位素标记的质谱定量方法。
在iTRAQ 实验中，待测组织或细胞培养基中的蛋白质经过胰蛋白酶消化后，将消化产物用不同的同位素标记。
这些标记反应产物有不同的质量，通过质谱分析可以得到有关各组分的数量比。
通过比较标记反应产物的相对丰度，可以定量分析待测蛋白质的表达差异。
标记蛋白质鉴定（TMT）是一种与iTRAQ类似的同位素标记质谱定量方法。
TMT 实验中，多个待测样品用不同的同位素标记，然后将这些样品混合在一起通过液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）进行分析。
通过质谱分析可以得到不同样品中蛋白质的相对表达量和差异表达蛋白质的鉴定。
定量免疫学方法也是蛋白质组学定量分析的重要方法之一。
相比于质谱定量法，定量免疫学方法具有高灵敏度、高特异性和高通量等优点。
常用的定量免疫学方法包括酶联免疫吸附实验（ELISA）、西方印迹（Western blotting）和流式细胞术（flow cytometry）等。
蛋白质组学定量分析
蛋白质组学定量分析首先给出蛋白质组学的定义：研究各种蛋白质在生命过程中功能与相互作用规律的分子生物学技术，是近年来发展迅速的生物化学新领域。
蛋白质组学（ pro）是从蛋白质组或蛋白质组相关数据库提取、处理、组装和解析蛋白质组信息的技术。
最终通过相关数据库解析蛋白质组相关知识的蛋白质组学知识体系和结构模式的过程。
蛋白质组学基于生物信息学（ bioinformatics）的基本原理和方法，充分利用生物大数据库对蛋白质组进行准确和可靠的定量研究。
为什么要定量分析呢？我们知道生命过程的基本单位是细胞，而细胞是由不同的组成部分构成，这些不同组成部分叫做“组分”。
细胞内的“组分”在合适的条件下会有一些生命活动，如吸收营养、产生能量、控制物质运输等，就好像人类说话吃饭走路一样，不同的“组分”对应了不同的工作；但是没有这个“组分”也就没有任何工作，人的肌肉组织无法收缩。
因此细胞是生命的基本单位，蛋白质是生命活动的基本材料，蛋白质的生命活动决定细胞生命活动的基本特性，即功能特性。
所以，蛋白质的功能是通过与细胞膜上特定组分结合实现的。
在正常情况下蛋白质与“组分”的结合是随机的，当外界条件改变时，蛋白质与“组分”的结合就会出现异常。
比如缺少某个“组分”或“组分”突然失去活性，就会引起疾病，甚至导致死亡，因此蛋白质是细胞正常功能的重要保证。
那么，蛋白质组学定量分析能帮助我们解决哪些问题呢？ 1。
了解蛋白质组的基本状况，为药物设计提供参考。
2。
探索蛋白质组多样性的分布规律及影响因素。
3。
挖掘蛋白质组学与代谢组学间的联系。
4。
阐明蛋白质组学研究中存在的局限性及未来发展方向。
蛋白质组学定量分析主要是针对蛋白质定量分析，这里就包含三个方面：一是蛋白质组总体上的蛋白质定量分析；二是蛋白质组层次上的蛋白质定量分析；三是在具体研究中的蛋白质定量分析。
下面具体讲一下前两者：第一是蛋白质组总体上的蛋白质定量分析，主要指的是将一个具体的蛋白质组中的所有蛋白质都检测出来，再把这些蛋白质的序列进行分析，以获得更详细的信息。
标记定量蛋白质组学
标记定量蛋白质组学
标记定量蛋白质组学是一种用于分析生物样本中蛋白质表达水平的技术。
它通过使用稳定同位素标记的氨基酸来对蛋白质进行标记，然后利用质谱技术对标记的蛋白质进行定量分析。
标记定量蛋白质组学的基本原理是利用稳定同位素标记的氨基酸（如 13C、15N 等）来替换蛋白质中的某些氨基酸。
这些稳定同位素标记的氨基酸在生物体内代谢过程中不会发生明显的化学变化，因此可以用来追踪和定量蛋白质的表达水平。
在实验过程中，将不同处理条件下的生物样本分别用稳定同位素标记的氨基酸进行培养，使蛋白质中的某些氨基酸被标记。
然后将这些样本混合在一起进行蛋白质提取和质谱分析。
在质谱分析过程中，标记的氨基酸会产生不同的质量数，通过比较不同质量数的蛋白质丰度，可以定量分析不同处理条件下蛋白质的表达水平差异。
标记定量蛋白质组学技术具有高灵敏度、高准确性和高通量等优点，可以同时定量分析大量蛋白质，并且可以检测到低丰度的蛋白质。
它已经被广泛应用于生物医学研究、药物研发、生物技术等领域。
蛋白组学定量蛋白质组学.ppt
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常用研究方法
以质谱技术为基础的化学标记定量方法 荧 光 差 示 双 向 凝 胶 电 泳 技 术 （ F－2D－
质量变化依赖于氮原子数目，因此对未 知的蛋白质难以进行定量。
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（二）稳定同位素标记的必需氨基酸体 内标记(SILAC法)
高等动物细胞的生长中需要一些必需氨基酸的摄入，如赖氨酸 (Lys)、亮氨酸(Leu)、苯丙氨酸(Phe)等，这些氨基酸细胞自身 无法合成，需要从外界摄入补充。
在培养细胞时，可以在培养介质中特异的加入用稳定同位素标 记的某一种必需氨基酸，在经过适当的培养时间后，细胞中合 成的含有这类氨基酸的蛋白质几乎都掺入了标记的氨基酸 。
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MCAT策略流程：定性
Lys只在Trypsin酶切后的末端，所以产生的b离子都没有被修饰；所有的y 离子带Lys，因此被修饰。
在MS/MS图谱上，所有的b离子是单一条带出现，所有的y离子是成对出现， 丰度比例一样，且相差同样的m/z。
容易区分b离子和y离子，容易读出氨基酸序列。
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MCAT策略流程：定量
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–COOH羧基标记
通过对羧基酯化进行 标记
用H和D标记的甲醇酯 化标记，来定量研究 蛋白质表达量的差异
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羧基酯化标记进行蛋白定量研究
比例＝2 : 1
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缺点：
特异性不是很好，在C末端和Asp和 Glu残基上都有标记，且效率不均
采用的标记条件容易引起天冬酰胺 (Asn)和谷氨酰胺(Gln)的去酰胺
定量蛋白质组学
定量蛋白质组学
定量蛋白质组学是一门研究蛋白质组含量及其变化的学科。
百泰派克生物科技提供基于质谱的定量蛋白组分析服务。
定量蛋白质组学
定量蛋白质组学，就是对一个基因组表达的全部蛋白质或者一个复杂混合体系中所有的蛋白质进行精确的定量与鉴定。
定量蛋白组学是蛋白质组学研究的一个重要分支。
蛋白质的表达水平与生命活动息息相关，因此对蛋白质进行定量分析对阐明蛋白质的生物学功能和细胞的各种生物进程十分重要。
定量蛋白质组学研究技术
现在常用的蛋白质组定量的方法根据定量手段的不同可以分为荧光定量技术、蛋白质芯片技术和基于质谱的定量技术。
荧光定量技术是二维凝胶电泳技术与荧光染色技术相结合的一种技术，运用荧光染料标记蛋白质，在2D胶上进行分离和鉴定，按照荧光强度差异来比较蛋白量的变化。
蛋白质芯片技术是通过蛋白质芯片从待测样品中捕获配体后，利用激光共聚焦显微镜或质谱等检测技术进行蛋白质组定量分析的。
基于质谱的蛋白组定量技术通过比较具有相同离子化能力的蛋白或多肽的质谱峰强弱，可以对它们进行相对定量。
相对于其他技术，该技术不仅可以测定肽序列，而且可以准确定量蛋白质。
目前基于质谱的定量蛋白质组学技术主要分为标记（Label）和非标记的（Label Free）两大类，其中标记的又可分为体内标记（如SILAC标记）以及体外标记（如 iTRAQ、TMT 标记）。
定量蛋白质组学。
定量蛋白质组学研究技术
定量蛋白质组学研究技术定量蛋白质组学研究技术是一种基于质谱技术，通过分析蛋白质组学中的定量变化，来研究细胞、组织或生物体内蛋白质表达的数量变化。
这种技术可以用于诊断疾病、评估治疗效果、揭示蛋白质功能等方面的研究。
本文将介绍定量蛋白质组学研究技术的原理、方法和应用。
定量蛋白质组学研究技术的原理是通过质谱仪来定量分析蛋白质样品中的各个蛋白质的相对或绝对数量。
常用的定量方法有定量蛋白谱法（QuantiSpectrum）、定量蛋白同位素标记法（SILAC）、定量蛋白肽标记法（iTRAQ）和定量蛋白质异位素标记法（TMT）等。
定量蛋白谱法是通过比较不同实验组样品中的质谱图峰强度来确定蛋白质的数量变化。
它可以分别应用于肿瘤细胞研究、生物标志物发现等方面。
SILAC是一种利用同位素标记技术来定量蛋白质的方法。
在该方法中，通过在不同实验组中添加不同重量比的同位素标记的氨基酸（通常是L-谷氨酰-[U-13C6，U-15N2]丙氨酸），然后进行蛋白质提取、消化、质谱分析。
通过比较同位素标记蛋白质和未标记蛋白质的质谱峰强度，就可以定量蛋白质的数量变化。
iTRAQ是一种通过修饰蛋白质消化产物来定量蛋白质的方法。
在iTRAQ实验中，将不同实验组的蛋白质消化产物用不同的寡肽修饰标记物标记，然后混合，并进行液相色谱-质谱分析。
通过比较同位素标记的寡肽的质谱峰强度，就可以定量蛋白质的数量变化。
TMT也是一种利用同位素标记技术来定量蛋白质的方法。
在TMT实验中，将不同实验组的蛋白质消化产物用不同的同位素标记物标记，然后混合，并进行液相色谱-质谱分析。
通过比较同位素标记的蛋白质肽段的质谱峰强度，就可以定量蛋白质的数量变化。
定量蛋白质组学研究技术在医学、生物学和蛋白质化学等领域有广泛的应用。
例如，在临床医学中，可以用定量蛋白质组学研究技术来寻找患者体内具有预后价值的蛋白质标志物，以辅助诊断、预测疾病进展和评估治疗效果。
在生物科学研究中，可以用定量蛋白质组学研究技术来揭示细胞信号转导通路、细胞功能调控机制等方面的问题。
蛋白质组学定量研究常见方法
蛋白质组学定量研究常见方法蛋白质组学定量研究是通过测定蛋白质样本中蛋白质的相对或绝对含量来了解生物系统中蛋白质表达的变化。
在蛋白质组学定量研究中，有很多常见的方法，包括质谱法、免疫学法、色谱法和光谱法等。
以下将对其中几种常见方法进行介绍。
1.质谱法质谱法是蛋白质组学定量研究中应用最广泛的方法之一、质谱法可以利用质量比较准确测定蛋白质的绝对或相对含量。
常见的质谱方法包括二维凝胶电泳质谱法（2D-DIGE）、液相色谱-串联质谱法（LC-MS/MS）和同位素标记质谱法（SILAC），通过这些方法，可以高效准确地测定蛋白质的绝对或相对表达水平。
2.免疫学法免疫学法是一种广泛使用的定量蛋白质组学方法，其基本原理是利用特异性抗体与目标蛋白质结合，并通过与荧光或酶标记结合进行测定。
常见的免疫学方法包括Western blot、ELISA、流式细胞术和蛋白质芯片技术等。
这些方法具有高灵敏度和高特异性，可以快速准确地测定蛋白质的表达水平。
3.色谱法色谱法是一种常见的蛋白质组学定量方法，通过色谱柱的分离和去除杂质，从而获得纯净的蛋白质。
色谱法可以分为离子交换色谱、逆向相色谱、尺寸排除色谱和亲和层析等。
通过这些技术，可以高效准确地测定蛋白质的含量和纯度。
4.光谱法光谱法是一种快速准确测定蛋白质含量的方法。
在紫外-可见吸收光谱法中，通过测定蛋白质在特定波长下的吸光度，可以间接测定其含量。
此外，还有荧光光谱法和圆二色光谱法等。
这些光谱法可以快速定量蛋白质的含量，并了解蛋白质的构型和结构。
除了上述方法外，还有一些辅助分析方法，如蛋白质互作法（如蛋白质关联网分析）、功能学法（如蛋白质酶活测定）和结构分析法（如X射线晶体学）等，可以进一步了解蛋白质的功能和结构。
总结起来，蛋白质组学定量研究常见方法包括质谱法、免疫学法、色谱法和光谱法等。
这些方法在蛋白质组学研究中发挥重要作用，可以用于研究蛋白质的表达变化、功能与结构。
随着技术的不断发展，蛋白质组学定量研究方法也在不断更新和完善。
定量蛋白组学技术
定量蛋白质组学技术摘要：定量蛋白质组学可以解析蛋白的表达水平，从而寻找差异蛋白，对一些疾病的早期诊断有辅助作用。
定量蛋白质组学技术的发展是此事业的重点，现今主要致力于凝胶电泳和同位素标记质谱的定量技术发展，而新兴的无标记定量技术也占有一定的地位。
基于各种技术的优缺点，人们根据所做的实验特点选择适合自己的定量方法，或者将几种方法结合进行互补，以求可以得到更准确的结果。
关键词：定量蛋白质组学；电泳；同位素标记；互补在阿尔兹海默症研究中，寻找差异表达蛋白可以帮助早期诊断，而寻找差异表达蛋白需要对蛋白进行定性和定量分析，对定性的蛋白进行定量分析可以解析蛋白的表达水平，从而提供了辅助诊断的依据。
随着研究的需求，蛋白定量分析已经发展为一门学科，可以把一个基因组表达的全部蛋白质或一个复杂的混合体系所有的蛋白质进行精确的定量和鉴定。
现今的定量蛋白质组学技术主要有两种，一是基于凝胶，二是基于质谱[1]。
基于凝胶的定量蛋白质技术中，最经典的是双向电泳，第一向按蛋白质的等电点进行分离，第二向则按蛋白质的分子量分离。
双向电泳最早应用于E.coli的蛋白定量，分离出1000个蛋白左右[2]。
双向电泳之所以称之为经典，是因它拥有诸多优势，一是应用的范围广，适合用于各类材料；二是成本较低廉，无论是分析少量的样本，还是分析大量的样本，都比较经济可行；三是出现的早，人们习惯使用且经验足；四是跟上时代的发展，自身在不断的优化，等等。
其中双向电泳的优化是让人们对双向电泳热爱的重点，早期有PH梯度的优化（载体两性电解质pH梯度和固相pH梯度等）、染色法的优化（考马斯亮蓝、银染、负染和荧光法）；后期预制胶的优化；缓冲液的优化，例如2011年，Domenico等[3]用含有4.5％碘乙酰胺代替缓冲液中的二硫苏糖醇；有结合的优化，特别是与新兴的生物信息学结合，体现出诸多优势，慢慢成为人们的关注重点[4]。
双向电泳中的荧光染色法因其更高的动力学范围和灵敏性，又被另称为双向差异凝胶电泳，最早是由UenlueM等[5]使用的。
蛋白质组学定量分析
蛋白质组学定量分析蛋白质组学定量分析蛋白质是生命的物质基础，是人类的第一营养素。
正常情况下，我们身体中约有20％-30％的蛋白质处于亚健康状态，即“营养不良”或“蛋白质缺乏症”，如缺铁性贫血、巨幼红细胞性贫血等，需要及时补充蛋白质以纠正贫血，预防疾病。
蛋白质在细胞中具有多种生物活性，参与细胞内各种生化反应。
比如肌肉收缩、神经传导、细胞间信息传递、激素的分泌和免疫应答等，以及调节机体代谢和提高免疫力等方面，均离不开蛋白质的功能。
人体中蛋白质总量约占人体重量的40％，是人体的支架和基石。
每天都有新的蛋白质加入到体内，它们是推动人体活动和保持健康必不可少的物质。
我们在食用蛋白质食品后，通过胃肠道消化吸收后进入血液循环系统，为组织细胞供给氨基酸、维生素和矿物质。
人体吸收的蛋白质不但数量变化很大，而且还包括了很多种氨基酸，所以可以说，蛋白质是一种全价的营养素。
多糖也是蛋白质复合体，主要成分为粘多糖，是一类重要的膳食纤维来源。
多糖是具有水溶性或者部分水溶性的单糖、双糖、寡糖等低聚糖类，以淀粉、果胶、树胶等最为常见。
有些多糖能直接作为食品添加剂，但多糖的添加一般不宜超过1%。
一些细菌与病毒的分子构造很特别，难以被人体消化吸收，因此容易残留于肠道、尿道、阴道等部位，而引发泌尿系统炎症、妇科炎症和男性前列腺疾病等。
细菌性疾病的发生是和我们日常的饮食习惯密切相关的，食用了被大肠杆菌、幽门螺旋杆菌等污染的食物，会增加患病几率。
另外，口腔清洁不彻底、牙龈肿痛、龋齿等问题都是导致慢性牙周炎、蛀牙的诱因。
每个蛋白质复合体都是由若干个氨基酸聚合而成的，氨基酸的含量决定了蛋白质的生理活性。
例如，赖氨酸能够通过调节蛋白质的摄入、输送、利用等达到抗脂质过氧化的目的。
赖氨酸也被称为人体必需氨基酸，是所有活细胞中含量最丰富的氨基酸。
因此，如果缺乏这种氨基酸，则会影响其他氨基酸在体内的吸收和代谢。
当然，我们日常食物中的蛋白质大都是混合氨基酸，所以一般不用担心营养不良的问题。
蛋白质组学定量分析的方法
蛋白质组学定量分析的方法
蛋白质组学定量分析的方法主要有两种：定性分析和定量分析。
1. 定性分析：常用的定性分析方法有蛋白质质谱技术，如蛋白质液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）。
这些方法能够对样品中的蛋白质进行分离、鉴定和定性分析，可以确定蛋白质的氨基酸序列和特定的修饰情况。
2. 定量分析：常用的定量分析方法有标记蛋白质定量和非标记蛋白质定量。
标记蛋白质定量方法包括同位素标记法和化学标记法。
同位素标记法主要包括稳定同位素标记法（如氘代谱标法）和放射性同位素标记法（如放射性同位素测量法）。
化学标记法主要包括功能分子标记法（如荧光标记法和生物素标记法）和反应性标记法（如对硝基苯甲酸标记法和丙煮醛标记法）。
非标记蛋白质定量方法常用的有相对定量法和绝对定量法。
相对定量法主要通过蛋白质相关的性质，在样品中不同蛋白质的含量所具有的差别来进行定量。
常用的相对定量方法有比较蛋白质的荧光标记法、差减荧光凝胶法和差异凝胶电泳法等。
绝对定量法主要使用内标法，通过加入已知浓度的内标蛋白质来计算目标蛋白质的浓度。
常用的绝对定量方法有多重反应监测法（MRM）和定量蛋白质标准曲线法等。
简述定量蛋白质组学技术
定量蛋白质组（quantitative proteomics）是把一个基因组所表达的全部蛋白或者是一个复杂体系所有的全部蛋白进行鉴定和定量的方法。
蛋白质组丰度的动态变化对各种生命过程都有重要影响。
例如在许多疾病的发生和发展进程中，常常伴随着某些蛋白质的表达异常。
发展至今，传统的基于双向电泳的2D和2D-DIGE技术正在逐渐被基于NanoLC-MS/MS的液质联用技术取代；后者需要的样品量更少（25ug蛋白），灵敏度更高（ng级），通量也更高（一次分析可以鉴定和定量超过5000种蛋白）。
定量蛋白质组学常见技术如iTRAQ/TMT、Label Free、三类定量方法，百泰派克均可为您提供服务。
在这里我们给大家简要介绍一下这三种定量蛋白质组学方法：iTRAQ(Isobaric Tag for Relative Absolute Quantitation)和TMT(Tandem Mass Tags)技术分别由美国AB Sciex公司和Thermo Fisher公司研发的多肽体外标记定量技术。
该技术采用多个（2-10）稳定同位素标签，特异性标记多肽的氨基基团进行串联质谱分析，能够同时比较多达10种不同样本中蛋白质的相对含量，可用于研究不同病理条件下或者不同发育阶段的组织样品中蛋白质表达水平的差异。
分析原理iTRAQ/TMT标签包括三部分，如下图：1. 报告基团（reporter group）：指示蛋白样品丰度水平。
2. 平衡基团（balance group）：平衡报告基团的质量差，使等重标签重量一致，保证标记的同一肽段m/z相同。
3. 肽反应基团（amine-specific reactive group)：能与肽段N端及赖氨酸侧链氨基发生共价连接，从而标记上肽段。
来自不同样品的同一肽段经试剂标记后具有相同的质量数，并在一级质谱检测（MS1）中表现为同一个质谱峰。
当此质谱峰被选定进行碎裂后，在二级质谱检测（MS2）中，不同的报告基团被释放，它们各自的质谱峰的信号强弱，代表着来源于不同样品的该肽段及其所对应的蛋白的表达量的高低。
定量蛋白质组学的技术及其应用
定量蛋白质组学的技术及其应用随着生物技术的不断发展，蛋白质组学已经成为目前最火热的领域之一。
其中定量蛋白质组学被认为是极具前景的技术，能够高通量地同时比较多份样品中成千上万个蛋白质的表达量水平，从而明确不同组织、状态或疾病的生理或病理生理学差异。
本文将介绍定量蛋白质组学技术的原理、方法、应用范围以及未来发展趋势。
一、定量蛋白质组学的原理在定量蛋白质组学中，最常见的方法是使用质谱技术。
利用液相色谱技术分离样品中的蛋白质，然后用质谱仪进行代谢指纹图和肽质量谱的分析，以确定蛋白质的结构和数量。
在质谱仪中，将质量/电荷比 (m/z) 作为自变量，将每个分子的质量以及分子的相对丰度 (也称为丰度) 表示为因变量。
二、定量蛋白质组学的方法由于质谱技术的复杂性，定量蛋白质组学的方法是多样的。
在这里我们举例两种常见的方法：1、 TMT 组识别法Tandem Mass Tag (TMT) 是通过标记样品中生物分子的专利方法，它可以同时检测到多达10个不同样品的蛋白质，并使结构相似的蛋白质以预定的比例标记标识。
TMT 标记的水平和单个蛋白质质量的频谱群体，可以唯一地确定每个蛋白质的背景丰度。
2、SILAC 技术SILAC 是 Stable Isotope Labelling by Amino acids in Cell culture 的缩写，即细胞培养过程中使用含有不同重稳定同位素的氨基酸标记试验样品。
标记的样品与非标记的样品混合，并进行液相色谱/质谱分析。
SILAC通过使用同位素的缩放系数，计算出蛋白质浓度的相对变化。
它优点是对样品不受限制，同时由于与增加等量重的同位素的可中和性不同而导致的分子质量的差异，因此有助于区分样品和对照组。
三、定量蛋白质组学的应用1、癌症生物标志物的鉴定蛋白质组学在癌症生物标志物的鉴定中表现出了很多潜力。
癌症生物标志物通常是包含在体液中的特定蛋白质，其表达因肿瘤而发生变化。
通过定量蛋白质组学技术，可以在大规模存储的样本中同时分析成千上万个蛋白质，从而鉴定并量化癌症生物标志物，以提高癌症的早期检测率。
定量蛋白质组学原理
定量蛋白质组学原理嘿，朋友！你有没有想过，在我们身体这个小小的“宇宙”里，蛋白质就像一个个忙碌的小工匠，它们构建起我们的身体结构，还负责各种各样神奇的功能。
今天呀，我就来给你讲讲定量蛋白质组学这个超级有趣的东西。
那什么是定量蛋白质组学呢？简单来说，就是要去测量细胞或者组织里面蛋白质到底有多少，它们的量是怎么变化的。
这就好比你有一个装满各种小零件（蛋白质）的大盒子（细胞或者组织），你想知道每种小零件有多少个，还想知道在不同情况下这些小零件的数量是增加了还是减少了。
想象一下，我们的细胞就像一个超级繁忙的工厂。
蛋白质就是这个工厂里的工人，它们各自有不同的岗位，有的负责搬运东西（运输功能的蛋白质），有的负责建造房子（构建细胞结构的蛋白质）。
定量蛋白质组学就像是这个工厂的统计员，要精确地数出每个岗位上有多少工人，而且在工厂发生变化的时候，比如说订单变多了（细胞受到刺激或者处于不同的生理状态），这些岗位上的工人数量是怎么调整的。
那怎么去做这个定量呢？这里面可有不少巧妙的方法呢！有一种方法就像是给每个蛋白质都贴上一个独特的小标签。
这个标签可不是我们平常那种看得见的小纸片标签哦，而是一种化学标记。
就好像我们给每个工人穿上一件有特殊编号的工作服，这样我们就能很容易地把他们区分开来，数清楚每个岗位上穿不同编号工作服的工人数量。
比如说，有一种叫同位素标记的方法。
它利用同位素之间微小的质量差异，就像不同颜色的工作服，来标记不同样本中的蛋白质。
这样我们就可以把不同样本混合在一起，然后通过专门的仪器（质谱仪）来检测，这个质谱仪呀，就像是一个超级厉害的扫描仪，它能准确地识别出那些带有不同标签的蛋白质，然后告诉我们每个蛋白质在不同样本里的量。
还有一种方法呢，是不依赖标签的，就像直接观察每个工人的特征来统计数量。
这种方法通过比较蛋白质的一些固有特性，比如说它们的大小、电荷等。
质谱仪在这个时候就更像是一个超级侦探了。
它能根据这些蛋白质自身的特点，把它们一个一个找出来，然后计算它们的量。
蛋白质组学和定量蛋白质组学
百泰派克生物科技
蛋白质组学和定量蛋白质组学
蛋白质组学是以蛋白质组为研究对象，从整体水平上分析一个有机体、细胞或者组织的蛋白质组成及其活动规律的科学，其研究的主要内容包括蛋白质表达鉴定、翻译后修饰形式鉴定、结构与功能分析、蛋白质定位、蛋白质差异表达以及蛋白质间的相互作用分析等方面。
定量蛋白质组学就是对一个混合体系中的全部蛋白质组分进行精确的含量鉴定，是蛋白质组学研究的一个重要分支。
定量蛋白质组学这一概念的提出标志着蛋白质组学研究已经从对蛋白质进行简单定性向精确定量方向发展。
百泰派克生物科技采用Thermo公司最新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪结合Nano-LC纳升色谱技术，提供高效精准定量蛋白质组学服务技术包裹，您只需要将
您的实验目的告诉我们并将您的细胞寄给我们，我们会负责项目后续所有事宜，包括细胞培养、细胞标记、蛋白提取、蛋白酶切、肽段分离、质谱分析、质谱原始数据分析、生物信息学分析，欢迎免费咨询。
定量蛋白质组学
定量蛋白质组学对特定已知蛋白质进行质谱检测，而不会像发现蛋白质组那样对所有未知蛋白进行全检测定量蛋白质组是指对特定已知蛋白质进行质谱检测，而不会像发现蛋白质组那样对所有未知蛋白进行全检测。
中文名定量蛋白质组学科技如荧光显微镜，流式细胞仪核心是利用MRM扫描方式实质对特定已知蛋白质进行质谱检测诞生在现代研究技术，如荧光显微镜，流式细胞仪和蛋白质芯片技术中，抗体仍然扮演着非常重要的角色。
但依赖于抗体的蛋白质检测存在一些缺点，其中最大的限制就是，抗体的可用性和质量差别很大。
一些大规模项目，比如人类蛋白质图谱（Human Protein Atlas），Antibodypedia，以及美国NIH研究院的Health Protein Capture Reagents Program等，都在通过分析人类蛋白靶标有关的抗体的系统生发和特征，来寻找解决这些问题的方法。
不过还有另一条路——质谱，这也许是蛋白组学研究中最熟悉的一种技术了，这种方法能用于特异性分析靶标兴趣蛋白。
在最成熟的定向分析技术，也就是选择反应监控技术（selected reaction monitoring，SRM）中，一种称为三重四极杆质谱仪（triple quadrupole）技术的质谱方法能检测到独一无二的特异性肽段，帮助研究人员高灵敏度，可重复性的定量监测这些蛋白。
同期Nature Methods杂志的另外一篇“Mass spectrometry–based targeted proteomics”文章，简要介绍了这项技术的总体情况，对比介绍了以发现为基础的蛋白质组学分析的定向质谱技术流程，作为一种入门材料，值得一看。
定向蛋白质组的核心是利用串联四级杆质谱特有的MRM扫描方式来定向检测蛋白质，通过软件计算要检测蛋白质的肽对应的母子离子对，用串联四级杆质谱进行MRM扫描，得到MRM色谱峰，一般还会进行MSMS扫描，以对这些肽的MRM进行序列确认，或利用MSMS进行定性和翻译后修饰位点检测等。
定量蛋白质组学操作步骤
定量蛋白质组学操作步骤1试剂配制裂解缓冲液：8M 尿素，PBS缓冲体系, pH8左右, 1 mM PMSF, 1 mM蛋白酶抑制剂cocktailBCA试剂盒用于测定蛋白浓度，平行测定三次胰蛋白酶（1 μg/μL，Promega质谱级）二硫苏糖醇（1M，用超纯水配制），碘乙酰胺（1M，用超纯水配制），三氟乙酸，乙腈注意：裂解缓冲液必须要有缓冲体系（PBS或者Tris-HCl），防止蛋白聚沉；8M尿素配制好后，避免长时间放置于室温，可存放在-20°或者现配先用。
2 蛋白提取（1）向细胞或者研磨好的组织中加入裂解缓冲液，PMSF用时现加，充分混匀；（2）超声裂解细胞及核酸，至溶液没有粘稠感，比较澄清；（3）于4°条件下以12000 rpm离心20-30 min，取上清；（4）用BCA试剂盒测定蛋白浓度，适当稀释蛋白，使得测定的浓度在标准曲线的线性范围之内，最终原始蛋白浓度应该在1 mg/mL以上；（5）取100-200 μg蛋白用于溶液内酶解。
3 溶液内酶解（1）将100-200 μg蛋白的体积，用含8M尿素的PBS将浓度调至1 mg/mL，即最终体积在100 μL-200 μL；（2）加入一定量的二硫苏糖醇，终浓度为5 mM，室温放置1 h；（3）加入一定量的碘乙酰胺，终浓度为12.5 mM，避光室温放置30 min以上；（4）将样品从黑暗环境中取出，室温不避光放置5-10 min，终止碘乙酰胺的反应；（5）缓慢的向样品中注入5倍体积的PBS，将尿素浓度稀释至1.5 M以下；（6）按照蛋白：胰蛋白酶=100:1的比例，加入胰蛋白酶酶，混匀后放置于37°，12-16 h；（7）2000×g离心，10 min，取上清；（8）加入0.4%的TFA，将pH调至2以下；（9）用Sep-Pak柱子（Waters）除盐；（10）干燥除盐后的样品。
注意：蛋白浓度不宜过大，否则后续处理中蛋白容易聚沉；一定要用含8M尿素的PBS调节蛋白浓度，并且该缓冲液中不用加入任何蛋白酶抑制剂，否则容易影响胰蛋白酶的酶解效率；二硫苏糖醇和碘乙酰胺的浓度不宜过大，加入的二硫苏糖醇和碘乙酰胺的体积应该不会样品的最终体积；加入胰蛋白酶前的稀释步骤，一定要缓慢加入PBS，否则容易沉淀，并且，在稀释时，有少许沉淀，不用离心，经过过夜的酶解，胰蛋白酶会将沉淀酶解成肽段；如果在稀释后有沉淀并且高速离心，会导致蛋白量受损，而且胰蛋白酶无法将这些沉淀酶解开；在用三氟乙酸终止酶解反应前，一定要2000×g离心，取上清再调节pH，否则之前的沉淀在调节pH时会导致更多的沉淀。
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定量策 略 建立在2 DE基础之上的染料染色法 建立在2-DE基础之上的染料染色法
通过比较蛋白质在不同胶上的染色强度来进行相对定量。 通过比较蛋白质在不同胶上的染色强度来进行相对定量。 在这个过程中，理想的染色方法必须具备以下几点： 在这个过程中，理想的染色方法必须具备以下几点： 1.具有良好的线性范围 1.具有良好的线性范围 3.具有高的灵敏度 3.具有高的灵敏度 缺点： 缺点： 2-DE不能检测出具极端等电点 分子量太大的、 不能检测出具极端等电点、 1. 2-DE不能检测出具极端等电点、分子量太大的、太小 低丰度的蛋白质及膜蛋白； 的、低丰度的蛋白质及膜蛋白； 2-DE分离效果不绝对 分离效果不绝对， 2. 2-DE分离效果不绝对，许多单一的蛋白质点包含了一 个以上的蛋白质。 个以上的蛋白质。 2.具有良好的通用性 2.具有良好的通用性 4.染色不影响后续的鉴定过程 4.染色不影响后续的鉴定过程
每结合一个 15N ， 该肽比正常 14N 的相同肽 大一个质量单位， 大一个质量单位，使得不同细胞状态来源的肽 段得以区分，肽质谱峰信号成对出现， 段得以区分，肽质谱峰信号成对出现，从而根 据质谱峰的信号强度来进行准确的定量。 据质谱峰的信号强度来进行准确的定量。 缺点： 缺点：由于相同肽段的不同同位素标记形 式之间的质量变化依赖于氮原子数目， 式之间的质量变化依赖于氮原子数目，因此对 未知蛋白难以进行定量。 未知蛋白难以进行定量。
二、同位素亲和标签技术
此法由Gygi 1999年提出 年提出。 此法由Gygi 等1999年提出。 ICAT试剂包括三部分 ： 反应基团， ICAT 试剂包括三部分： 1. 反应基团 ， 可特异地 试剂包括三部分 与蛋白质侧链上的半胱氨酸（ Cys） 残基的-SH进行 与蛋白质侧链上的半胱氨酸 （ Cys ） 残基的 -SH 进行 反应， 使试剂共价结合在蛋白质侧链上； 反应 ， 使试剂共价结合在蛋白质侧链上 ； 2. 同位素 标记的接头， 含有稳定同位素（ 的标记； 标记的接头 ， 含有稳定同位素 （ H 和 D ） 的标记 ； 3. 亲和标记的生物素， 用于分离标记的蛋白质或多肽。 亲和标记的生物素 ， 用于分离标记的蛋白质或多肽 。 ICAT试剂中 位置被H 取代时， ICAT 试剂中 8 个 X 位置被 H 取代时 ， 称为轻试剂 位置被D取代时，称为重试剂（ （D0），8个X位置被D取代时，称为重试剂（D8）。 轻试剂和重试剂的相对分子量差8Da或 Da（ 轻试剂和重试剂的相对分子量差 8Da 或 4Da （ 肽段带 两个电荷） 两个电荷）
在质谱图上这对标记蛋白质的肽段离子峰 m/z 相差8 相差 8 或 4 ， 从而能将来自不同样品的同一蛋白质 分离开。 分离开。 优点： 能兼容分析任何条件下体液、细胞、 ☺ 优点：1.能兼容分析任何条件下体液、细胞、 组织中绝大部分蛋白质。 即使在盐、 去垢剂、 组织中绝大部分蛋白质 。 2. 即使在盐 、 去垢剂 、 稳定剂存在下都可进行。 只需分析含Cys Cys残基的 稳定剂存在下都可进行。3.只需分析含Cys残基的 肽段， 降低了蛋白混合物分析的复杂性。 肽段 ， 降低了蛋白混合物分析的复杂性 。 4.ICAT 战略允许任何类型的生化、 免疫、 战略允许任何类型的生化 、 免疫 、 物理的分离方 能很好的定量分析微量蛋白质。 法，能很好的定量分析微量蛋白质。
DIGE） 二、荧光双向差示凝胶电泳（2-D DIGE） 荧光双向差示凝胶电泳（ 运用不同的荧光染料分别标记不同的蛋白 质样品， 然后将它们等量混合起来， 在单一 质样品， 然后将它们等量混合起来， 的双向胶上进行分离和检测， 按照它们所发 的双向胶上进行分离和检测， 出荧光的不同， 来比较在不同细胞状态下蛋 出荧光的不同， 白质量的变化。 白质量的变化。 它克服了在二维电泳过程中不同凝胶间 重复性差的问题，定量更加准确。 重复性差的问题，定量更加准确。
第二节 以质谱检测技术为基础 的化学标记定量方法 对于具有相同离子化能力的蛋白质或多肽， 对于具有相同离子化能力的蛋白质或多肽， 可以通过比较质谱峰的强弱， 可以通过比较质谱峰的强弱，得到其相对量 的数值。 的数值。 一、体内标记
15N体内代谢标记
用富含15N的介质来培养细胞，15N被渗入合 的介质来培养细胞， 成的蛋白质中，从而充当其定量的内部标准。 成的蛋白质中，从而充当其定量的内部标准。
利用质谱检测技术
质谱监测到的信号强度对来自单一样品的蛋白质不具有定量 功能
对来自不同样品的肽段标上一个内部标准（ 对来自不同样品的肽段标上一个内部标准（internal standards)，使得可以识别不同样品来源的肽段，同 ，使得可以识别不同样品来源的肽段， 时标记好的肽段的化学性质基本上是一样的， 时标记好的肽段的化学性质基本上是一样的，这样就可 以确保同一次质谱扫描中两者的离子化效果是相同的， 以确保同一次质谱扫描中两者的离子化效果是相同的， 此时质谱信号成对出现， 此时质谱信号成对出现，质谱峰的信号强度就可以量的蛋白质组分析技术 适用于检测蛋白质的荧光染料（两种） 一、 适用于检测蛋白质的荧光染料（两种） 1.一种是能与蛋白质共价结合的荧光染 1.一种是能与蛋白质共价结合的荧光染 如花青染料。 料，如花青染料。 缺点：这种结合是多位点的， 缺点：这种结合是多位点的，降低了蛋 白质的溶解度；染料的用量很少， 白质的溶解度；染料的用量很少，使其灵敏 度降低；在二维电泳中，由于有大量未标记 度降低；在二维电泳中， 蛋白质存在，给后续的分析带来困难。 蛋白质存在，给后续的分析带来困难。
第六章
定量蛋白质组学研究技术
崔娜 沈阳农业大学生物科学技术学院
监控蛋白质的表达水平对弄清细胞体内的各种生物进程是非常重要的。 监控蛋白质的表达水平对弄清细胞体内的各种生物进程是非常重要的。
是把一个基因组表达的全部蛋白质或一个复杂的 混合体系中所有的蛋白质进行精确的定量和鉴定的一 门学科。 门学科。 通常情况是只需对两种不同状态细胞的蛋白质进 行比较，只需相对含量的变化进行准确的定量即可。 行比较，只需相对含量的变化进行准确的定量即可。 因为不同的蛋白质或多肽具有不同的离子化能力， 因为不同的蛋白质或多肽具有不同的离子化能力 ， 所以不能够通过质谱图进行定量分析。 所以不能够通过质谱图进行定量分析。
稳定同位素标记的必需氨基酸体内标记
在培养介质中加入稳定同位素标记的必需氨 基酸， Lys、 Leu、 Phe等 基酸 ， 如 Lys 、 Leu 、 Phe 等 。 这主要用于高等动物 细胞中蛋白质的定量以及鉴定。 细胞中蛋白质的定量以及鉴定。 优点： ☺ 优点：省去了标记化学反应和分离纯化等步 因而减少了样品的损失， 骤，因而减少了样品的损失，有利于低丰度蛋白质 的高灵敏度检测。 的高灵敏度检测。 缺点： 不能对组织来源的蛋白质进行分析。 缺点：1.不能对组织来源的蛋白质进行分析。 同位素介质可能会影响蛋白质的表达水平。 2.同位素介质可能会影响蛋白质的表达水平。3.受 成本限制，不能对整个动物体进行标记。 成本限制，不能对整个动物体进行标记。4.无法确 定标记物与肽段之间量的关系。 定标记物与肽段之间量的关系。
2.非共价结合荧光染料 2.非共价结合荧光染料 一种是荧光染料探针与蛋白质没有特定的 亲和力， 亲和力，在疏水性环境中和亲水性环境中性 质不同，只在疏水性环境中才会产生荧光。 质不同，只在疏水性环境中才会产生荧光。 Red， Ruby。 如：Sypro Red，Sypro Ruby。 另一种是荧光染料与蛋白质有特定的亲和 RuBPS。 力，如RuBPS。
缺点： ICAT的相对分子量400Da左右， 的相对分子量400Da左右 缺点：1.ICAT的相对分子量400Da左右， 这对肽段来说是很大的修饰物， 这对肽段来说是很大的修饰物，这会增加数 据库搜索算法的复杂性。 据库搜索算法的复杂性。2.这一方法无法分 析不含Cys的蛋白。 Cys的蛋白 析不含Cys的蛋白。 • 目前发展了一种“磷酸多肽同位素亲和标 目前发展了一种“ 记标签” PhIAT） 技术。 记标签 ” （ PhIAT ） 技术 。 可以标记蛋白质 上磷酸化的Ser Thr残基 Ser和 残基， 上磷酸化的Ser和Thr残基，用来进行蛋白质 磷酸化程度的定量检测。 磷酸化程度的定量检测。