生物学软件_大全

生物学软件大全

1.三维分子类

RASMOL：观看生物分子3D微观立体结构

RasTop：为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件

CHIME：直接在浏览器中观看3D分子

MolMol：将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件raswin.exe.gz：rasmol(win)2.7.0.1 rasmol新版本及汉化版本CrystInfo：用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3D结构PDViewer：PDB格式文件的查看程序

Weblab Viewlite：三维分子浏览工具及大量分子文件例子

Weblab ViewerPro：三维分子浏览工具

ICMLite：三维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能VMD：三维分子浏览工具，可以进行动态显示

CN3D：3D分子结构观察软件

WPDB：PDB文件检索显示分析软件

DTMM：三维分子模型显示、编辑与构建程序

Mole：高性能的大分子三维图形显示计算工具

gopenmol：显示并分析分子结构及其特性

POV-Rayv：生成三维图像工具软件

MolPOV：将PDB文件转化为POV格式文件的软件

Mol2Mol：分子文件格式转换软件

PovChem：将PDB文件转化为POV格式的文件

Ortep-3 for Windows：生成分子的热椭圆形点图

PLATON：通用结晶学软件工具

Mage：读取并演示Kinemage格式文件的专用软件

Prekin ：将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件

Swiss-Pdb Viewer：PDB文件显示与分析软件

DINAMO：蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具PCMoleeule2 Lite：查看PDB格式文件的免费软件

StrukEd ：化学分子编辑与三维模型生成软件

JMVC：使用JA V A技术编写的三维分子查看器

ReView：读取及分析XYZ格式三维分子文件

Oscail：用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包

Moilin：分子构建与观察软件

Tinker：与Moilin配套的DOS下的分子设计建模

Biodesigner：免费的分子建模与显示软件

MoluCAD：全功能的分子建模与显示工具软件

Viewer Activex Control：三维分子显示控件

MarvinView：JA V A语言编写的化学分子二维与三维显示程序

ACD/3D Viewer for ISIS：免费的ISISDraw三维显示插件

Amira：高等三维显示建模系统

AmiraMol：Amira 2.3 相应的显示三维分子的增强工具Visualize：分子建模和研究软件包

ScientificGL：C++OpenGLAPI三维分子开发工具

Sojourner：找出小蛋白的最小能量构形并实时演示的软件

2.DNA分析

DNAClub：DNA处理软件

JaMBW：分子生物学软件包

DNATool：功能很全面的DNA序列分析工具包

pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图

ANNHYB：用来帮助进行PCR引物设计与基因探针设计的软件

RESTRICTION ANALYSIS：限制酶消化工具

ABIView：ABI格式文件显示与编辑软件

Chromas：ABI格式文件显示与编辑软件

Sequence viewer：获取与观察从GSDB获取的DNA序列数据及其关联特性的工具DNAssist：DNA序列分析工具

DNAProbe：核苷酸序列设计工具

DnaSP：DNA序列种群遗传学分析软件

DFW：DNA分析软件

Artemis R4：以Java语言写成的序列查看工具’

ACT R1：以Java语言写成的序列比较查看器

GDA：主要用来进行不连续基因数据的统计分析

RDP：从一组排队比较(Align)的核酸序列中查找潜在的重组体软件

Sequencher：装配DNA小片段为大的连续序列或毗连(序列)群"Contig"软件MehCalc：自动计算DNA序列热力学数据的Excel电子表格宏软件

基因探索者：中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析软件

ConsInspector：DNA蛋白结合位点预测识别软件

MatInd与Matlnspector：快速匹配DNA序列与已知共有序列的软件工具GBuilder：JA V A语言编制的用来分析与显示DNA序列的软件GenomePixelizer：帮助理解基因组中的簇基因(C1ustermggene)之间的相互关系的软件LabBook Genomic XML Viewer：图形化显示并处理GenBank序列数据的免费软件Gene Construetion Kit 2 ：管理并显示克隆策略中的分子构建过程软件

Genalysis：比较基因组或大量基因序列的工具软件

3.RNA分析

RNAdraw：RNA二级结构分析软件

RNAstructure：预测RNA 级结构图

RnaViz：RNA二级结构图绘制程序

4.蛋白质分析

ANTHEPROT：蛋白序列分析软件包

pSAAM：蛋白序列分析软件包

VHMPT：螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件

aminoXpress：免费的多功能蛋白分析软件包

5.生化教学

mmp.zip：将生化代谢中的各种途径用图表的形式表示出来

linpath.zip：线性酶反应模拟软件

protlab：蛋白质纯化仿真软件

MOLMED.ZIP：生化基础概念演示教学程序

Biochem：生化教学文件

photo：光合作用教学程序

Adrenalin：肾上腺素在肝糖原代谢中的作用演示

Virtual Cell Lab：多媒体细胞生物学教学程序

6.生化工程

brd.zip：生物反应器(发酵罐)设计软件

BioStat：BioStatB发酵罐控制程序

PenSimv：青霉素发酵模拟软件

BioProSim：发酵实时模拟软件

7.序列格式转换

vised：序列输入分析和格式转换软件

ForCon：多序列文件格式转换软件

SeqVerter：序列格式转换软件

GeneStudio LE Version：序列格式显示、编辑与转换工具软件

FASTA/BLAST SCAN：FASTA与BLAST查询输出文件的处理软件

RevComp：序列格式转换软件

8.引物分析

primer Premier 5.0：引物设计工具

Oligo：引物分析著名软件

Primer Designer：专门用 pASK-IBA～pPR-IBA表达载体免费的引物设计辅助软件Array Designer：批量设计DNA和寡核苷酸引物工具

Beacon Designer：PCR定量分析分子信标(Molecularbeacon)设计软件

NetPrimer：基于WEB界面的引物设计程序

9.序列综合分析

pcgene：分子生物应用软件

MACAW：多序列构建与分析软件

Clustal W：用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较的软件

Clustal X：ClustalWWindows界面程序

FASTA：数据库中查找同源序列软件

GeneDoc：对序列进行相关分析等操作

BLAST与Blastcl3：数据库中查找类似序列的软件及客户端软件

SeqPup 0.9：生物分子序列编辑与分析软件

K-Estimator 5.5：进化基因学研究软件，评估两条核酸序列核苷酸替代数BioEdit：序列编辑器与分析工具软件

DAMBE：综合性序列工具软件

LaserGene：综合性序列工具软件

SeaView：图形化多序列队列编辑器