利用斑茅cDNA芯片研究甘蔗受黑穗病菌侵染后基因差异表达
用基因组原位杂交方法分析甘蔗-斑茅杂种及回交后代的染色体组成
１Ｇｕ ｎ ｄ ｎ ｙＬ ｂ ｏ ｕ ａｃ ｎ ｍ ｐｏ ｅ ｎ ｄＢｉｒｆ ｒ，Ｇｕ ｎ ｚ ｏ ｕ ａｃ ｅＩ ｄ ｓｒ ｓａｃ ｓｉ ｔ，Ｇｕ ｎ ｚ ｏ ， ０ ６ ＥＳ ａ ｇ ｏ ｇ Ｋｅ ａ ｆＳ ｇ ｒ ａ ｅＩ ｒｖ ｍｅ ｔａ ｏｅ ｎｅｙ ｎ ｉ ａ ｇ ｈ ｕ Ｓ ｇ ａ ｎ ｕｔｙ Ｒｅ ｅ ｈＩ ｔｕ ｅ ｒ ｎ ｒ ｎ ｔ ａ ｇ ｈ ｕ ５１ ３１ ；２ ＢＳ
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陈健 文 Ｎａ ａｅ ｉｅｉｉ ｎｅ ｆ ｙ 李 奇伟 陈 勇生 符成 Ｐ ｉｉＪｃｓｎ Ｇｅｒｅ ｉｅｉｉ ｔ ｌ ｐｒ ｓ（ｅ ａ） ｈ ｉＰ ｄ Ｒｅ ’ ｈｌｐ ａｋｏ ｌ ｏｇ ｐｒ ｓ Ｐ ｄ
邓海 华 １ ”
１广州甘蔗 糖业研 究所， 东省甘蔗 改 良与生物炼 制重点实验 室， 广 广州， １ ３６ ２澳大利亚甘蔗试验站管理局（ Ｅ ）麦凯， ７ １澳大利亚； ５０ １ ； ＢＳ Ｓ， ４４ ， ３ 澳大利亚联邦科学 与工业研 究组织（ ＳＲＯ） Ｃ Ｉ 植物部， 里斯班， ８ ４ 澳 大利亚 布 ４ １， ・同等贡献作者
” Ｃ ｒ ｓｏｄｎ ｕｈ ｒｈ ｉｕｄ ｎ ＠１ ６ｔｍ ｏｒ ｐ ｎ ｉｇ ｔｏ，ａｈ ａｅ ｇ ２ ． ｅ ａ ｏ
对甘蔗受黑穗病菌侵染后差异表达基因的分离与鉴定
作物学报 ACTA AGRONOMICA SINICA 2009, 35(3): 452−458/zwxb/ISSN 0496-3490; CODEN TSHPA9E-mail: xbzw@本研究由国家高技术研究发展计划(863计划)项目(2007AA100701), 农业部引进国际先进农业科学技术计划(948计划)项目(2006-G37), 国家自然科学基金项目(30170639)资助。
*通讯作者(Corresponding author): 许莉萍, E-mail: xlpmail@; Tel: 0591-********第一作者联系方式: E-mail: queyouxiong@Received(收稿日期): 2008-06-27; Accepted(接受日期): 2008-09-05.DOI: 10.3724/SP.J.1006.2009.00452对甘蔗受黑穗病菌侵染后差异表达基因的分离与鉴定阙友雄 杨志霞 许莉萍* 陈如凯福建农林大学 / 农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室, 福建福州350002摘 要: 采用12个3′锚锭引物和8个5′随机引物构建引物组合, 运用DDRT-PCR 差异显示方法, 分析NCo376和F134两品种接种黑穗病菌前后的基因表达差异。
经克隆、测序和半定量RT-PCR 验证, 获得7条真实差异表达片段, 这些片段分别同GenBank 中编码细胞色素C 氧化酶基因、核糖体蛋白基因、NAD-依赖型苹果酸脱氢酶基因、氨基转移酶基因、乙烯响应相关结合蛋白基因、RNA 聚合酶特异转录起始因子和反转录转座子的序列的同源性达28%~99%。
半定量RT-PCR 分析表明, 细胞色素C 氧化酶基因的表达受甘蔗黑穗病菌和水杨酸的调控, 不依赖于过氧化氢的作用机制, 在甘蔗根、茎、叶中表达的抗病基因组成型表达, 但表达水平较低。
推测甘蔗受黑穗病菌侵染后, 可能通过细胞色素C 氧化酶基因的诱导, 促使植保素合成增多, 以此抵抗或抑制病原菌的胁迫。
甘蔗黑穗病研究进展
第43卷第2期2021年4月Vol.43,No.2Apr.,2021中国糖料Sugar Crops of Chinadoi：10.13570/ki.scc.2021.02.011甘蔗黑穗病研究进展王长秘，李婕，张荣跃，王晓燕，单红丽，仓晓燕，尹炯，罗志明，黄应昆（云南省农业科学院甘蔗研究所/云南省甘蔗遗传改良重点实验室，云南开远661699）摘要：甘蔗黑穗病是一种世界性的重要真菌病害，严重影响甘蔗的产量和品质，可使甘蔗产量损失10%～50%，糖分下降0.5～1个百分点，威胁到甘蔗产业的稳定和发展。
本文综述了甘蔗黑穗病的发生及危害、病原、症状、遗传多样性及其检测方法，从甘蔗不同组织、防御酶系统、基因方面阐述了对黑穗病菌的胁迫响应，其防治方法最根本的是选用抗黑穗病甘蔗品种，其次是农业防治、化学防治和生物防治。
并对甘蔗黑穗病的深入研究提出了展望：（1）进一步明确生理小种分布；（2）探索不同轮作方式；（3）抗黑穗病基因应用；（4）新型生物农药研发。
关键词：甘蔗；黑穗病；病原；胁迫响应；防控对策中图分类号：S433.661文献标识码：A文章编号：1007-2624（2021）02-0065-06王长秘，李婕，张荣跃，等.甘蔗黑穗病研究进展[J].中国糖料，2021，43(2)：65-70.WANG Changmi,LI Jie,ZHANG Rongyue,et al.Research progress of sugarcane smut disease[J].Sugar Crops of China, 2021,43(2):65-70.0前言甘蔗是热带和亚热带地区的重要经济作物，主要用于生产蔗糖、乙醇、生物燃料和纤维相关制品[1]。
全球甘蔗种植国有100多个，种植面积达2610万hm2，甘蔗产量约18.3亿t[2]。
我国种植面积仅次于巴西和印度[3]，主要蔗区包括广西中南部、云南西南部、广东西部和海南北部，这些产区位于北纬18.5°～32°和东经92°～122°[4]。
甘蔗叶片全长cDNA文库构建及EST序列分析_许莉萍
农业生物技术学报Journal of Agricultural Biotechnology 2009,17(5):843~850*基金项目:国家高技术研究发展(863)项目(No.2007AA100701)、农业部引进国际先进农业科学技术(948)项目(No.2006-G37)、福建省科技厅国家科技项目备案(No.F2007AA100701)和现代农业产业技术体系建设专项资金(No.nycytx-024)资助。
**通讯作者。
Author for correspondence.博士生导师,主要从事甘蔗遗传育种研究。
E-mail:<fafu948@>.收稿日期：2008-11-21接受日期：2008-12-20·研究论文·甘蔗叶片全长cDNA 文库构建及EST 序列分析*许莉萍,阙友雄,刘金仙,郭晋隆,郑益凤,徐景升,袁照年,陈平华,陈如凯**（福建农林大学农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室,福州350002）摘要：以甘蔗(Saccharum Complex)3个生长时期的功能叶片为材料,利用Oligo-capping 法构建了一个甘蔗叶片全长cDNA 文库。
经鉴定该文库库容为3.0×106cfu,重组率为89%,全长率为85%,平均插入片段约为1kb 。
利用该文库获得了228条5'端有效表达序列标签(EST)。
生物信息学分析表明,EST 序列拼接出154个假定独立转录本(tentative unique transcript,TUT);NCBI 同源比对分析表明,其中117条EST 拼接的87个TUTs 与已知功能基因具有较高的同源性,这些EST 涉及细胞生长、信号转导、蛋白质合成、转录、抗逆反应、能量代谢等功能。
关键词：甘蔗叶片;cDNA 文库;表达序列标签(EST)中图分类号：S188文献标识码：A文章编号：1006-1304(2009)05-0843-08Construction of Full-length cDNA Library from SugarcaneLeaves and the Corresponding EST AnalysisXU Li-ping,QUE You-xiong,LIU Jin-xian,GUO Jin-long,ZHENG Yi-feng,XU Jing-sheng,YUAN Zhao-nian,CHEN Ping-hua,CHEN Ru-kai**(Key Laboratory of Sugarcane Genetic Improvement,Ministry of Agriculture,FujianAgriculture and Forestry University ，Fuzhou 350002,China)Abstract:In order to analyze gene expression pattern in the sugarcane (Saccharum Complex)leaves and set the basis for the cloning of some important functional genes,the functional leaves were taken as plant material from 3development stage of sugarcane,and a full-length cDNA library was constructed by the method of Oligo-capping.After identification,the storage capacity of the library was 3.0×106cfu,the recombinant rate was 89%,the full-length rate was 85%,and the average size of inserted fragment was about 1.0kb.In total,two hundred and twenty-eight efficient ESTs (expressed sequence tags)of 5'end were obtained from this cDNA library.Bioinformatics analysis showed that these ESTs were assembled into 154TUTs(tentative unique transcript).The homologous analysis of the 154TUTs on NCBI showed that these 87TUTs (including 117ESTs)were determined to be the tags of gene with putative function,these genes were found to be involved in the biological process including cell development,signal transport,protein synthesis,transcription,stress tolerance response,energy metabolism and so on.Key words:sugarcane leaf;cDNA library;expressed sequence tags(EST)表达序列标签（expressed sequence tags ，EST ）是从一个随机选择的cDNA 克隆进行5'和3'端单向测序获得的一段基因表达序列，其长度一般从20~7000bp 不等,平均长度为360±120bp(Adams et al.,1991)。
甘蔗应答黑穗病菌侵染的转录组与蛋白组研究及抗性相关基因挖掘
甘蔗应答黑穗病菌侵染的转录组与蛋白组研究及抗性相关基因挖掘一、本文概述甘蔗作为一种重要的经济作物，在全球糖业生产中占有举足轻重的地位。
然而，甘蔗应答黑穗病菌侵染的问题一直是困扰甘蔗种植业的难题。
黑穗病菌的侵染不仅导致甘蔗产量的大幅下降，同时也严重影响了甘蔗的品质，给甘蔗种植户带来了严重的经济损失。
因此，深入研究甘蔗应答黑穗病菌侵染的分子机制，挖掘甘蔗中的抗性相关基因，对于提高甘蔗的抗病性，保障甘蔗产业的可持续发展具有重要意义。
本文综合运用了转录组学和蛋白质组学的研究方法，全面解析了甘蔗应答黑穗病菌侵染过程中的基因表达变化和蛋白质互作网络。
我们通过对甘蔗接种黑穗病菌后的转录组和蛋白组数据进行深度挖掘，旨在揭示甘蔗应答黑穗病菌侵染的分子机制，并筛选出与甘蔗抗病性紧密相关的关键基因。
这些研究结果将为甘蔗抗病育种提供新的基因资源和理论依据，同时也为其他作物的抗病性研究提供借鉴和参考。
在接下来的章节中，我们将详细介绍实验材料的准备、实验方法的选择、数据分析的过程以及结果的解读。
我们期望通过本文的研究，能够为甘蔗抗病育种和病害防治提供有力的科学支撑，为甘蔗产业的健康发展贡献一份力量。
二、材料与方法本研究选用了对黑穗病菌侵染具有不同抗性表现的甘蔗品种，包括高感品种、中抗品种和高抗品种。
同时，我们采集了健康植株以及在侵染早期、中期和晚期的受黑穗病菌侵染的甘蔗样本。
主要试剂包括RNA提取试剂盒、反转录试剂盒、qPCR试剂盒等。
仪器主要包括离心机、PCR仪、凝胶成像系统、高通量测序仪、质谱仪等。
将采集的甘蔗样本进行清洗、剪碎并立即放入液氮中冷冻，以保留样品的RNA。
按照RNA提取试剂盒的说明提取总RNA，并使用质检方法对RNA的质量和完整性进行检测。
将提取的总RNA反转录为cDNA，构建测序文库，并在高通量测序仪上进行测序。
测序数据经过质量控制后，使用生物信息学方法进行组装、注释和差异表达分析。
将甘蔗样本进行蛋白提取，并使用质谱仪进行蛋白组测序。
甘蔗与斑茅割手密复合体的回交后代真实性鉴定及染色体遗传分析
甘蔗与斑茅割手密复合体的回交后代真实性鉴定及染色体遗传分析作者：黄玉新罗霆高轶静张保青周珊杨翠芳段维兴雷敬超韦金菊张革民李杨瑞来源：《南方农业学报》2016年第10期摘要：【目的】掌握斑茅割手密复合体（简称斑割复合体）在杂交利用过程中的染色体遗传规律，为斑割复合体适宜回交利用代数提供参考依据。
【方法】选用4对引物对甘蔗与斑茅割手密复合体的回交后代进行SSR标记鉴定，并利用甘蔗根尖细胞酶解去壁低渗法对真实杂种进行染色体数目观察。
【结果】供试的28个杂交后代材料（15个GT05-164与GXASF108-2-28杂交BC1代，13个GT42与GXASBC112-A6-25杂交BC2代）均为真实杂种。
选择在2对SSR引物中均扩增出父本特征带的后代（5个BC1代和7个BC2代）进行染色体观察，结果发现，5个BC1代的染色体数目介于95～98条，其染色体按“n+n”方式传递；7个BC2代的染色体数目介于94～101条，其染色体也按“n+n”方式传递。
【结论】甘蔗与斑割复合体杂交BC1和BC2代中染色体传递方式均为“n+n”，母本甘蔗的染色体未加倍，高贵化育种进程减慢，可能需要更高的杂交代数才能获得聚集斑茅和割手密血缘的优良品种（系）。
关键词：甘蔗；斑割复合体；杂交后代；SSR标记；染色体传递中图分类号： S566.1 文献标志码：A 文章编号：2095-1191（2016）10-1642-060 引言【研究意义】甘蔗（Saccharum officinarum）是禾本科高光效C4作物，也是全球性最高效的糖能兼用可再生能源作物（廖芩等，2015）。
但由于长期的种间种内近交，育成品种的生活力、适应性、抗逆性、宿根性等普遍下降，致使甘蔗育种工作难以取得重大进展。
甘蔗野生种质斑茅和割手密具有抗逆性强、适应性广、多蘖、宿根性强等优良特性（Piperidis et al.，2000）。
斑茅割手密复合体（简称斑割复合体）为斑茅与割手密的属间杂种，遗传了双亲的优点，且在长势、综合农艺性状及抗性上具有超亲优势（高轶静等，2012；刘昔辉等，2012a）。
甘蔗黑穗病菌的hda1基因
甘蔗黑穗病菌的hda1基因引言甘蔗（学名：Saccharum officinarum）是一种经济作物，广泛种植于热带和亚热带地区。
然而，甘蔗黑穗病是严重威胁甘蔗生产的一种病害。
该病是由黑穗病菌（Xanthomonas spp.）引起的，在甘蔗种植过程中造成了巨大的经济损失。
因此，研究黑穗病菌的hda1基因对于理解甘蔗黑穗病的发病机制和寻找有效的防治方法具有重要意义。
甘蔗黑穗病菌概述甘蔗黑穗病菌是一类革兰氏阴性细菌，属于黄单胞菌科（Xanthomonadaceae）。
它以寄生方式在甘蔗体内生长繁殖，引起甘蔗叶片和茎基部出现黑色病斑，严重影响甘蔗的生长发育和产量。
黑穗病菌主要通过侵入甘蔗叶片或茎基部的伤口或气孔进行感染，随后在植物内部扩散。
hda1基因的功能hda1基因编码了黑穗病菌中的一个蛋白质。
研究表明，hda1基因在黑穗病菌的生长、侵染和致病过程中发挥着重要的调控作用。
具体来说，hda1基因在以下几个方面发挥功能：1. 侵染能力hda1基因参与了黑穗病菌的侵染能力的调控。
实验研究发现，当hda1基因表达水平较高时，黑穗病菌的侵染能力明显增强，能够更加有效地侵入甘蔗体内。
这是因为hda1基因编码的蛋白质参与了侵染相关的信号传导途径，调控了侵染相关基因的表达。
2. 毒力调控hda1基因还参与了黑穗病菌的毒力调控。
毒力是指病原体对寄主产生损害的能力。
研究发现，hda1基因的表达水平与黑穗病菌的毒力呈正相关关系。
hda1基因编码的蛋白质能够与寄主植物的防御系统发生互作，抑制植物的防御反应，使黑穗病菌更容易感染和侵染甘蔗。
3. 生长调控hda1基因对黑穗病菌的生长发育也有影响。
实验研究表明，当hda1基因的表达受到干扰时，黑穗病菌的生长速度明显减慢，且菌落形态发生变化。
这表明hda1基因编码的蛋白质在黑穗病菌的细胞分裂和营养代谢中起到了重要的调控作用。
hda1基因的调控机制hda1基因的表达受到多种环境因素和内部信号的调控。
甘蔗斑茅杂种的DNA鉴定方法[发明专利]
![甘蔗斑茅杂种的DNA鉴定方法[发明专利]](https://img.taocdn.com/s3/m/2a3e80cebd64783e08122b86.png)
专利名称：甘蔗斑茅杂种的DNA鉴定方法专利类型：发明专利
发明人：张木清,陈如凯,郑雪芳,邓祖湖
申请号：CN03138821.3
申请日：20030710
公开号：CN1566362A
公开日：
20050119
专利内容由知识产权出版社提供
摘要：甘蔗斑茅杂种的DNA鉴定方法，包括甘蔗、斑茅基因组DNA提取、试剂配制、扩增和电泳检测。
该鉴定方法能从DNA分子水平上获得最直接的杂种证据，具有准确、直观、便捷的特点，鉴定速度快，环境影响因素小，鉴定的准确率高，成功地解决了长期以来甘蔗斑茅杂种鉴定的困难，确保了被鉴定杂种的真实性，提高了育种利用的有效性。
申请人：福建农林大学
地址：350002 福建省福州市福州、金山、福建农林大学甘蔗综合研究所
国籍：CN
代理机构：福州元创专利代理有限公司
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一种检测甘蔗黑穗病菌的实时荧光定量PCR方法[发明专利]
![一种检测甘蔗黑穗病菌的实时荧光定量PCR方法[发明专利]](https://img.taocdn.com/s3/m/3ae2e18bcaaedd3382c4d34b.png)
专利名称：一种检测甘蔗黑穗病菌的实时荧光定量PCR方法专利类型：发明专利
发明人：苏亚春,许莉萍,阙友雄,薛扳佟,郭晋隆,林庆良
申请号：CN201310153767.3
申请日：20130428
公开号：CN103205504A
公开日：
20130717
专利内容由知识产权出版社提供
摘要：本发明涉及一种检测甘蔗黑穗病菌的实时荧光定量PCR方法，包括甘蔗基因组DNA提取、实时荧光定量PCR检测体系建立、实验有效性判定和实时荧光定量PCR检测。
本发明根据甘蔗黑穗病菌基因设计特异性定量PCR检测引物与Taqman探针，利用实时荧光定量PCR方法，通过构建的标准曲线方程，计算待检样品中黑穗病菌的数量；本发明提供一种特异性强、灵敏度高、操作简便、快速高效的甘蔗黑穗病菌检测方法，可应用于甘蔗黑穗病抗性鉴定和田间甘蔗感染黑穗病菌的早期检测与诊断。
申请人：福建农林大学
地址：350002 福建省福州市仓山区建新镇金山学区
国籍：CN
代理机构：福州元创专利商标代理有限公司
代理人：蔡学俊
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甘蔗与斑茅若干杂交后代抗性初步评价
甘蔗与斑茅若干杂交后代抗性初步评价吴嘉云;刘少谋;邓祖湖;杨川毓;廖振阳;符成;黄忠兴;黄永吉;林彦铨【期刊名称】《福建农林大学学报（自然科学版）》【年(卷),期】2013(042)006【摘要】本研究以甘蔗与斑茅杂交后代为材料,利用人工接种花叶病毒和黑穗病菌,人工水分胁迫,初步评价甘蔗和斑茅杂交后代的抗花叶病、抗黑穗病和抗旱性表现.结果表明:不同的甘蔗与斑茅杂交后代抗黑穗病、抗花叶病和抗旱表现分离.初步评价出了甘蔗与斑茅杂交后代BC1YCE01-134和YCE01-116,其对花叶病和黑穗病表现“0”感染率且抗旱性生理指标良好,有望成为供甘蔗育种利用的高抗的抗源亲本.【总页数】5页(P565-569)【作者】吴嘉云;刘少谋;邓祖湖;杨川毓;廖振阳;符成;黄忠兴;黄永吉;林彦铨【作者单位】福建农林大学农业部福建甘蔗生物学与遗传育种重点实验室,福建福州350002;广州甘蔗糖业研究所,广东广州510316;广州甘蔗糖业研究所,广东广州510316;福建农林大学农业部福建甘蔗生物学与遗传育种重点实验室,福建福州350002;福建农林大学农业部福建甘蔗生物学与遗传育种重点实验室,福建福州350002;福建农林大学农业部福建甘蔗生物学与遗传育种重点实验室,福建福州350002;广州甘蔗糖业研究所,广东广州510316;广州甘蔗糖业研究所,广东广州510316;福建农林大学农业部福建甘蔗生物学与遗传育种重点实验室,福建福州350002;福建农林大学农业部福建甘蔗生物学与遗传育种重点实验室,福建福州350002【正文语种】中文【中图分类】S326;S332.1【相关文献】1.甘蔗与斑茅割手密复合体(GXAS07-6-1)杂交后代的染色体遗传分析 [J], 黄玉新;罗霆;刘昔辉;周珊;杨翠芳;高轶静;杨翠凤;段维兴;周会2.甘蔗斑茅的杂交利用及其杂种后代鉴定系列研究(三)--拔地拉与斑茅耐盐性差异分析 [J],3.甘蔗和斑茅的杂交利用及其杂种后代鉴定系列研究(四) 甘蔗与斑茅抗旱生理生化差异性分析 [J], 张木清;潘婕;翁笑艳;陈如凯4.甘蔗斑茅的杂交利用及其杂种后代鉴定系列研究Ⅲ.甘蔗斑茅远缘杂交后代细胞遗传分析 [J], 刘文荣;邓祖湖;张木清;卓晓蕾;符成;张垂明5.甘蔗斑茅的杂交利用及其杂种后代鉴定系列研究(二):甘蔗斑茅远缘真实杂种的分子鉴定 [J], 郑雪芳;张木清;李奇伟;劳方业;邓祖湖;陈如凯;杨业后因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
AAAA利用cDNA-SRAP 分析赤霉素诱导甘蔗节间伸长的差异表达
中国农业科学 2010,43(19):3937-3944Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2010.19.005 利用cDNA-SRAP分析赤霉素诱导甘蔗节间伸长的差异表达 吴建明1，2，3，4，李杨瑞1，2，3，4，王爱勤3，4，杨 柳1，2，3，4，杨丽涛3，4 （1广西甘蔗研究所，南宁 530007；2广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室，南宁 530007；3广西大学广西亚热带生物资源保护利用重点实验室，南宁 530004；4中国农业科学院甘蔗研究中心，南宁 530007）摘要：【目的】探寻赤霉素诱导甘蔗节间伸长基因表达差异的分子基础，为分离节间伸长相关基因奠定基础。
【方法】以新台糖22号为材料，在伸长初期以浓度为200 mg·L-1的赤霉素进行叶面喷施，以喷施清水为对照，分别提取总RNA进行等量混合，获得2种不同处理的样品池，采用cDNA-SRAP技术进行基因差异表达分析。
【结果】700对引物组合共扩增到约15 000条、大小在50—750 bp的cDNA片段。
在GA3处理组和对照组中，甘蔗幼茎中的转录水平具有很大的差异，获得134条差异条带。
从反向Northern杂交结果阳性的S-TDFs中选取24个片段进行克隆和序列分析，按照功能可以将24个差异表达基因片段S-TDFs（cDNA-SRAP transcript derived fragments）分为6类，分别为能量与代谢相关基因（4条，占总数的16.67%）、未知功能蛋白基因（6条，占总数的25%）、未知基因（10条，占总数的41.66%）、细胞壁生物合成与修饰相关基因（1条，占总数的4.17%）、信号传导相关基因（2条，占总数的8.33%）和转录因子相关基因（1条，占总数的4.17%）。
【结论】cDNA-SRAP完全适用于差异表达分析，从中获得一些与甘蔗节间伸长相关的差异基因片段，这些基因可用于甘蔗节间伸长的分子机理研究。
不同抗性甘蔗品种应答黑穗病菌侵染的生理生化特性及蛋白质组学研究
不同抗性甘蔗品种应答黑穗病菌侵染的生理生化特性及蛋白质组学研究甘蔗是重要的经济作物,种植在包括中国在内的90多个国家。
病害是甘蔗产量和糖分含量下降的主要影响因素。
在甘蔗种植区,黑穗病已经成为全球性的重要疾病,且患病率在逐年提高。
如果感染严重,可造成甘蔗生产20%-50%的损失。
目前,控制甘蔗黑穗病最经济且有效的措施是用抗病品种来代替感病品种。
然而甘蔗对黑穗病的抗性机制仍知之甚少。
本研究选用抗黑穗病品种桂糖29号(GT29)和感黑穗病品种崖城71-374(Yacheng71-374)。
处理组用浸渍法接种黑穗病菌,对照组用无菌水模拟接菌,在接菌30 d、60 d、90 d和180 d后测量株高、鲜重、叶面积、叶绿素含量的变化,并测定两个品种甘蔗叶片的几丁质酶、β-1,3-葡聚糖酶、过氧化氢酶活性的变化及生长素、细胞分裂素、乙烯含量变化。
使用iTRAQ蛋白质组学分析技术对接菌180 d的样品进行差异表达蛋白分析。
试验结果如下:1.通过比较甘蔗感病后株高、鲜重、叶面积、叶绿素含量的变化,发现与对照相比,在感病前期(30 d、60 d)株高高于对照,但植株鲜重并没有显著高于对照,表现为前期植株徒长,蔗株细长;在感病后期株高、鲜重均显著低于对照,且在感病后叶面积减小,Yacheng71-374差异最为显著,但叶绿素含量变化在不同时期表现不同。
2.在整个侵染期间,几丁质酶、β-1,3-葡聚糖酶活性以及生长素、细胞分裂素含量总体呈逐步下降趋势,而过氧化氢酶活性呈上升趋势,可能甘蔗在不同时期应答黑穗病抗性机制不同,同时感病品种与抗病品种的防御机制可能存在差异。
3.对接菌180 d后样品采用iTRAQ技术进行蛋白质组学分析,结果显示GT29中有定量信息蛋白1429个,差异表达蛋白290个,其中上调表达蛋白153个,下调表达蛋白137个;Yacheng71-374中有定量信息蛋白1576个,差异表达蛋白125个,其中上调表达蛋白55个,下调表达蛋白70个。
甘蔗应答黑穗病菌侵染的转录组与蛋白组研究及抗性相关基因挖掘
甘蔗应答黑穗病菌侵染的转录组与蛋白组研究及抗性相关基因挖掘甘蔗应答黑穗病菌侵染的转录组与蛋白组研究及抗性相关基因挖掘黑穗病是甘蔗重要的病害之一，对甘蔗的生长发育和产量造成了严重的影响。
了解甘蔗对黑穗病菌侵染的应答机制，寻找与抗性相关的基因，对于甘蔗黑穗病的防治具有重要意义。
近年来，通过转录组和蛋白组研究的方法，研究者们已经取得了一系列有意义的发现。
在转录组研究中，研究者采用高通量测序技术，对甘蔗在感染黑穗病菌前后的转录变化进行了全面的分析。
结果表明，甘蔗在感染黑穗病菌后，大量的基因表达发生了变化。
特别是一些与免疫相关的基因表达显著上调，这些基因编码了一系列重要的调节因子和信号转导通路中的蛋白质。
通过进一步的功能注释和代谢通路分析，研究者们发现，甘蔗在应对黑穗病菌侵染时，主要通过激活病害相关信号通路和调节细胞壁合成来增强抗性。
在蛋白组研究中，研究者们通过质谱技术鉴定了甘蔗感染黑穗病菌前后的蛋白质组成，并对其功能进行了分析。
结果显示，甘蔗在感染黑穗病菌后，许多蛋白质的表达发生了变化。
这些蛋白质的功能主要涉及免疫应答、信号传导、胁迫响应等重要的生物学过程。
进一步的功能分析发现，其中一些蛋白质具有抗菌能力或调节免疫反应的能力，这些蛋白质可能在甘蔗的抗黑穗病过程中发挥重要的作用。
值得注意的是，在转录组和蛋白组研究中，研究者们还发现了一些与抗性相关的基因。
通过对这些基因进行功能注释和遗传验证，研究者们确认了它们在甘蔗抗黑穗病过程中的重要性。
这些基因可能编码了一些抗性相关的蛋白质，通过参与抗黑穗病的免疫反应或调节抗性相关信号通路，增强了甘蔗对黑穗病菌的抵抗能力。
综上所述，甘蔗应答黑穗病菌侵染的转录组和蛋白组研究为了解甘蔗抗黑穗病机制提供了重要的线索。
通过分析转录组和蛋白组的变化，研究者们揭示了甘蔗在应对黑穗病菌侵染时的分子机制，并挖掘了一系列与抗性相关的基因。
这些研究成果对于甘蔗黑穗病的防治和遗传改良具有重要的指导意义，为进一步揭示甘蔗抗病的分子机制提供了基础。
斑茅cDNA中抗病基因同源序列的分离和表达特性分析
作物学报 ACTA AGRONOMICA SINICA 2009, 35(11): 2022−2028/zwxb/ISSN 0496-3490; CODEN TSHPA9E-mail: xbzw@This study was financially supported by the Fujian Natural Science Foundation (2009J05050), the National High Technology Research and Develop-ment Program of China (863 Program) (2007AA100701), the Program of Introducing International Super Agricultural Science and Technology (948 Program) (2006-G37), National Science and Technology Project File of Science and Technology Commission, Fujian Science Department (F2007AA100701), the earmarked fund for Modern Agro-industry Technology Research System. *通讯作者(Corresponding authors): XU Li-Ping and ZHANG Mu-Qing.第一作者联系方式: E-mail: queyouxiong@Received(收稿日期): 2009-02-18; Accepted(接受日期): 2009-06-25.DOI: 10.3724/SP.J.1006.2009.02022Isolation and Characterization of Disease Resistance Gene Analogs from Erianthus arundinaceus cDNAQUE You-Xiong, XU Li-Ping *, LIN Jian-Wei, XU Jing-Sheng, ZHANG Mu-Qing *, and CHEN Ru-KaiKey Laboratory of Sugarcane Genetic Improvement, Ministry of Agriculture / Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002, ChinaAbstract: Plant disease resistance genes (R-genes) encode some conserved motifs. According to the conserved motifs present in the known NBS-LRR R-gene sequences and R gene analogs (RGAs), several degenerate primers were designed and applied in the RGA isolation from Erianthus arundinaceus using PCR approach. In total, 6 RGAs were successfully obtained, with GenBank accession numbers of EU685835, EU685836, EU685837, EU685838, EU685839, and EU685840. Multiple alignments showed that the encoding sequences of the six clones were highly conserved and strikingly similar to the eleven most typical NBS-LRR type R-gene peptide sequences, especially at the four NBS motifs of P-loop, kinase-2, kinase-3a, and HD. The identity percentage at the amino-acid level ranged from 8.3% to 93.0% among all 17 sequences tested and from 30.5% to 45.6% among the six RGAs cloned in this study. The results of cluster analysis and the existence of an aspartic acid residue (D) at the final residue position of the kinase-2 motif also indicated that all of E . arundinaceus RGAs might belong to non-TIR group. The Real-time PCR results showed that all of the RGAs were constitutively expressed in roots, stalks and leaves of E . arundinaceus , and their expression could be up-regulated in leaves by the exogenous signal molecules SA and H 2O 2. Therefore, it suggested that E. arundinaceus RGAs might play important roles in disease resistance in an SA- and H 2O 2-dependent defense response pathway. Further studies should aim to clone full-length R-genes in E. arundinaceus and characterize their functions in defense responses. Keywords: Erianthus arundinaceus ; Resistance gene analogs (RGAs); Degenerate primers; Real-time PCR斑茅cDNA 中抗病基因同源序列的分离和表达特性分析阙友雄 许莉萍* 林剑伟 徐景升 张木清* 陈如凯福建农林大学 /农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室, 福建福州350002摘 要: 植物抗病基因具有一些特定的保守结构域。
斑茅割手密杂种后代真实性鉴定及遗传分析
作物学报 ACTA AGRONOMICA SINICA 2012, 38(5): 914−920/zwxb/ISSN 0496-3490; CODEN TSHPA9E-mail: xbzw@本研究由国家自然科学基金项目(31101195, 30971837, 30860150), 国家科技支撑计划项目(2007BAD30B00), 国家现代农业产业技术体系建设专项(CARS-20-3), 广西自然科学基金项目(0991009Z, 2010GXNSFB013027, 2011GXNSFF018002)和广西农科院基金项目(200906Z, 200923, G2010005, G2009008, G2009010, 桂农科2011YT01, 桂农科2012YZ10)资助。
*通讯作者(Corresponding authors): 张革民, E-mail: zhanggm68@; 李杨瑞, E-mail: liyr@第一作者联系方式: E-mail: liuxihui@Received(收稿日期): 2011-07-25; Accepted(接受日期): 2012-01-19; Published online(网络出版日期): 2012-03-05. URL: /kcms/detail/11.1809.S.20120305.1038.009.htmlDOI: 10.3724/SP.J.1006.2012.00914斑茅割手密杂种后代真实性鉴定及遗传分析刘昔辉 方锋学 高轶静 张荣华 宋焕忠 杨荣仲 方位宽 段维兴 罗 霆 张革民∗ 李杨瑞∗广西农业科学院甘蔗研究所 / 广西甘蔗遗传改良重点实验室 / 中国农业科学院甘蔗研究中心 / 国家糖料改良中心广西甘蔗品种改良分中心 / 甘蔗育种与栽培国家地方联合工程研究中心, 广西南宁 530007摘 要: 以斑茅GXA87-36(♀)与割手密GXS79-9(♂)杂交获得的经形态鉴别为真杂种的后代材料GXAS07-6-1 (斑茅割手密杂合体)及其双亲为材料, 利用体细胞染色体计数以及SSR 、SRAP 分子标记对杂种进行真实性鉴定, 并利用SRAP 分子标记对斑茅GXA87-36、割手密GXS79-9及其杂种后代遗传位点的传递进行分析。
甘蔗ScCRT1基因克隆及其应答SCMV侵染分子机制的研究
作物学报ACTA AGRONOMICA SINICA 2021, 47(1): 94 103 / ISSN 0496-3490; CN 11-1809/S; CODEN TSHPA9E-mail: zwxb301@DOI: 10.3724/SP.J.1006.2021.04156甘蔗ScCRT1基因克隆及其应答SCMV侵染分子机制的研究张海程光远杨宗桃王彤刘淑娴商贺阳赵贺徐景升*福建农林大学国家甘蔗工程技术研究中心 / 农业农村部福建甘蔗生物学与遗传育种重点实验室 / 教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室, 福建福州 350002摘要: 钙网蛋白(calreticulin, CRT)在真核生物中广泛表达, 是重要的分子伴侣和钙离子结合蛋白, 参与调控Ca2+稳态、钙依赖信号、内质网质量控制、植物生长发育、免疫反应和逆境应答等多种生物学过程。
甘蔗(Saccharum spp. hybrid)中CRT应答甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus, SCMV)侵染尚未见报道。
本研究从热带种Badila (S. offi-cinarum)中克隆了1个CRT1/CRT2亚型的CRT编码基因, 命名为ScCRT1。
该基因开放读码框(open reading frame, ORF)长度为1281 bp, 编码长度为426 aa的蛋白。
生物信息学分析表明, ScCRT1具有典型的CRT蛋白结构域, 为稳定的亲水性蛋白, 其N端有一个信号肽, 具有典型的跨膜结构域, C端有典型的内质网定位信号; 二级结构多为无规则卷曲; 系统进化树分析表明, 该蛋白是典型的CRT蛋白, 在单子叶和双子叶植物中具有明显的分化。
亚细胞定位表明ScCRT1定位于内质网。
实时荧光定量PCR分析发现, ScCRT1基因在甘蔗各组织中都有表达, 在第8节间中的表达量最低, 在心叶中的表达量较高; 该基因在SCMV侵染早期表达量上调, 后期下调表达。
甘蔗与斑茅杂交染色体组构成特征研究
甘蔗与斑茅杂交染色体组构成特征研究薛丽;李心怡;黄勇泰;欧财篮;吴小青;余泽怀;崔泽田;张木清;邓祖湖;余凡【期刊名称】《作物学报》【年(卷),期】2024(50)3【摘要】斑茅是甘蔗重要的野生种质资源,渗入斑茅血缘来提高甘蔗抗性是目前甘蔗育种的重要途径之一。
对甘蔗与斑茅杂交后代进行染色体分型有利于高效利用斑茅的各种优异性状。
本研究利用斑茅特异引物鉴定斑茅与甘蔗杂交高世代材料的真实性,通过荧光原位杂交对甘蔗与斑茅染色体进行分型,以探究斑茅和甘蔗染色体在子代中的遗传与分离,并分析其染色体组结构特征。
结果表明,杂交群体中有30份为斑茅的真实后代,包含斑茅染色体从1~10条不等,说明其后代群体基本服从n+n 的遗传方式,占整个真实后代群体的60%。
斑茅与甘蔗发生染色体水平的重组约16.67%,并且斑茅与不同血缘甘蔗重组的概率趋近一致。
割手密种特异探针共定位结果表明,斑茅血缘的渗入降低了近现代栽培甘蔗种中热带种血缘与重组血缘的占比,并同时提高了割手密血缘的比例。
本研究分析的甘蔗与斑茅杂交后代中不同血缘染色体组的遗传及结构特点,为提高斑茅种质资源在甘蔗育种中的开发利用提供了细胞遗传学基础。
【总页数】12页(P633-644)【作者】薛丽;李心怡;黄勇泰;欧财篮;吴小青;余泽怀;崔泽田;张木清;邓祖湖;余凡【作者单位】亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室/广西甘蔗生物学重点实验室/广西大学农学院;福建农林大学农学院国家甘蔗工程技术研究中心【正文语种】中文【中图分类】S51【相关文献】1.甘蔗斑茅的杂交利用及其杂种后代鉴定系列研究(三)--拔地拉与斑茅耐盐性差异分析2.甘蔗和斑茅的杂交利用及其杂种后代鉴定系列研究(四) 甘蔗与斑茅抗旱生理生化差异性分析3.甘蔗斑茅的杂交利用及其杂种后代鉴定系列研究Ⅲ.甘蔗斑茅远缘杂交后代细胞遗传分析4.甘蔗斑茅的杂交利用及其杂种后代鉴定系列研究(二):甘蔗斑茅远缘真实杂种的分子鉴定5.用基因组原位杂交方法分析甘蔗-斑茅杂种及回交后代的染色体组成因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
不同遗传类群甘蔗黑穗病菌分离物与甘蔗互作防御酶差异的研究
不同遗传类群甘蔗黑穗病菌分离物与甘蔗互作防御酶差异的研究徐刚红;沈万宽;吴夏明;陈双;罗明珠;陈培寿【摘要】In order to investigate the changes of defensive enzyme activities in sugarcane infected by Sporisori-um scitamineum isolates originated from different molecular genetic groups.Five representative S.scitamineum isola-tions,including isolates 16,24,25,47 and 89,were injected to the resistant variety Q171 and susceptible variety ROC22 by using injected inoculation method.The activities of superoxidedismutase(SOD),peroxidase(POD),cat-alase(CAT),phenylalanine ammonialyase(PAL)and polyphenol oxidase(PPO)were determined during the interac-tions of Q171 and ROC22 sugarcane varieties with isolates of S.scitamineum.The results showed that the activities of SOD,POD and CAT existed 2 peaks,PPO of resistant variety Q171 and PAL of susceptible variety ROC22 also existed 2 peaks.PeakⅠappeared in the first day,peak Ⅱ appeared in the third to fifth days after inoculation.Dur-ing the peakⅡ,activities of five defensive enzymes mentioned above were higher in sugarcane plants inoculated by five isolates of S.scitamineum than those in the corresponding non-inoculated controls.However peak Ⅱ values and occurrence time of the SOD,POD and PAL showed significant difference among five isolates.Especially,peak Ⅱ of isolate 89 was earlier 1 -2 days than other four isolates in the occurrence time and its value also showed significant difference from other isolates.It was initially considered that theisolate 89 might be represent a new physiological race which was different from other four isolates.%为研究来源于不同遗传类群甘蔗黑穗病菌分离物侵染寄主甘蔗防御酶活性变化差异，采用注射接种法，将5个不同遗传类群的代表分离物（分离物编号依次为16，24，25，47，89号）侵染抗病甘蔗品种 Q171和感病甘蔗品种ROC22，测定甘蔗与甘蔗黑穗病菌分离物互作过程中超氧化物歧化酶（SOD）、过氧化物酶（POD）、过氧化氢酶（CAT）、苯丙氨酸解氨酶（PAL）和多酚氧化酶（PPO）的活性变化。
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作物学报 ACTA AGRONOMICA SINICA 2009, 35(5): 940−945/zwxb/ISSN 0496-3490; CODEN TSHPA9E-mail: xbzw@本研究由国家高技术研究发展计划(863计划)项目(2007AA100701), 农业部引进国际先进农业科学技术计划(948计划)项目(2006-G37), 国家自然科学基金项目(30170639), 福建省科技厅国家科技项目备案(F2007AA100701), 现代农业产业技术体系建设专项资助。
*通讯作者(Corresponding author): 许莉萍, E-mail: xlpmail@第一作者联系方式: E-mail: queyouxiong@Received(收稿日期): 2008-09-01; Accepted(接受日期): 2008-12-13.DOI: 10.3724/SP.J.1006.2009.00940利用斑茅cDNA 芯片研究甘蔗受黑穗病菌侵染后基因差异表达阙友雄 许莉萍* 林剑伟 徐景升 张积森 张木清 陈如凯福建农林大学 / 农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室, 福建福州 350002摘 要: 为了解甘蔗抗黑穗病的分子机制, 利用斑茅干旱胁迫cDNA 芯片检测了甘蔗受黑穗病菌胁迫后的基因差异表达。
经杂交, 在cDNA 芯片的3 860个模板中, 有效差异表达(Ratio 值≥2.0或≤0.5)的基因为101个, 其中上调55个, 下调46个。
部分基因的定量PCR 验证表明, 芯片杂交结果可靠。
上调表达基因经测序、冗余序列剔除, 一共获得36个unique ESTs 。
已知功能的22个上调表达基因, 涉及多条生理代谢途径, 如光合作用、离子转运和核酸代谢途径; 以及多种分子水平的进程, 如基因转录、蛋白质合成与修饰以及细胞信号转导等。
另外, 还检测到14个未知功能基因。
结果表明, 甘蔗对黑穗病的抗性具有复杂的机制。
本研究为解释甘蔗受黑穗病菌胁迫后的基因差异表达及其网络构建奠定了基础, 还为今后系统研究甘蔗对生物与非生物胁迫的响应机制提供技术支持。
关键词: 甘蔗; 黑穗病菌; 斑茅; cDNA 芯片; 差异表达基因Application of E. arundinaceus cDNA Microarray in the Study of Differentially Expressed Genes Induced by U. scitamineaQUE You-Xiong, XU Li-Ping *, LIN Jian-Wei, XU Jing-Sheng, ZHANG Ji-Sen, ZHANG Mu-Qing, and CHEN Ru-KaiKey Laboratory of Genetic Improvement for Sugarcane, Ministry of Agriculture, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002, ChinaAbstract: RNAs of sugarcane leaves with (treatment) or without (control) the infection of U. scitaminea were extracted, subjected to hybridization of cDNA microarray based on E. arundinaceus cDNA sequence and further validated by Real-time qPCR. There were about 101 differentially expressed ESTs (with ratio value ≥2.0 or ≤0.5) among 3 860 genes sets in a microarray plate, with 55 up-regulated, and 46 down-regulated by U. scitaminea . After sequencing and redundant sequences elimination, we totally ob-tained 36 unique ESTs up-regulated after the infection of U . scitaminea . Among them, 22 were involved in several metabolism pathways, such as photosynthesis, ion transport and nucleotide metabolism, as well as some genes related to transcription factors, proteins synthesis and modulation, and cellular signal transduction. And the function of the 14 remaining ESTs was unknown. In conclusion, the molecular mechanism of sugarcane smut resistance is complex. This investigation would provide an understanding for differentially expressed genes induced by U. scitaminea and set a mode for the systematic research on molecular mechanism of sugarcane responses to biotic and abiotic stress.Keywords: Sugarcane; Ustilago scitaminea ; E. arundinaceus ; cDNA microarray; Differentially expressed gene甘蔗黑穗病是一种真菌病害。
迄今, 许多研究者在黑穗病菌的小种分化以及甘蔗对黑穗病的形态、细胞学和生理生化抗性等方面开展了不少的研究, 但甘蔗对黑穗病抗性的分子机制涉及众多基因的协同作用, 相关研究还比较少。
Orlando 等[1]利用cDNA-AFLP 技术研究了甘蔗与黑穗病菌互作后的分子响应; Que 等[2]克隆了甘蔗NBS-LRR 类抗病相关基因, 并利用定量PCR 技术研究了该基因在甘蔗对黑穗病抗性中的作用; 阙友雄等[3]利用DDRT-PCR 技术研究了甘蔗受黑穗病菌侵染后基因的差异表达。
cDNA 芯片, 又称cDNA 微阵列, 是一种反向Northern 杂交技术(Reverse Northern)[4]。
利用结构基因组提供的信息, cDNA 芯片技术能够有效地对基因功能进行系统分析, 在植物功能基因组研究, 尤其是在植物和病第5期阙友雄等: 利用斑茅cDNA 芯片研究甘蔗受黑穗病菌侵染后基因差异表达 941原互作响应中相关基因的鉴定和分离中, 有着广阔的应用前景[4]。
近几年来, cDNA 芯片技术已经被广泛应用到植物与病原互作机制的研究当中, 在阐释病菌胁迫下植物体内信号传导网络和基因差异表达模式等方面, 发挥了重要的作用[5]。
已有研究认为对于尚无可直接利用芯片的特定植物, 在尚未开发出芯片之前, 可借用已开发的模式植物或近缘植物芯片研究其基因表达[6]。
类似地, 应用该技术有望为甘蔗抗黑穗病相关基因的克隆和功能鉴定提供更多的信息。
本实验运用农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室开发的斑茅干旱胁迫cDNA 芯片, 筛选黑穗病菌胁迫下甘蔗中诱导表达的EST 。
对克隆的EST 进行序列比对和功能分析, 目的是深入了解甘蔗受黑穗病菌胁迫后的基因差异表达情况, 探讨甘蔗抗黑穗病的分子基础。
1 材料与方法1.1 供试材料植物材料为甘蔗高抗黑穗病品种NCo376, 由福建农林大学农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室提供。
因主要目的为研究甘蔗抗黑穗病品种的抗性机制, 仅使用抗病品种为材料。
接种所用病原菌为甘蔗黑穗病菌(U . scita-minea Syd.)小种2, 采集自感小种2, 抗小种1的甘蔗品种F134。
为保证实验数据可靠, 采用相同方法同时处理2份实验材料, 分别进行芯片杂交, 仅将2次杂交中表达趋势一致的芯片位点进行下一步分析。
芯片相关信息见刘文龙等文章[7]。
1.2 试验设计选取30条生长健壮、长势一致蔗茎, 双芽茎段, 平均分为2份, 50℃热水脱毒处理2 h 后, 采用人工针刺接种法, 其中一份接种黑穗病菌孢子悬浮液(实验组), 接种浓度为5×105个 mL −1, 另一份接种灭菌双蒸水(对照组)。
接种后置25℃下保湿24 h, 再种植于田间[8]。
待甘蔗生长到出现黑穗病症状后, 分别采集实验组和对照组的甘蔗+1叶(可见肥厚带下第1个叶片), 用于RNA 提取。
1.3 总RNA 的提取和纯化提取甘蔗叶片总RNA [9], 采用QIAGEN RNeasy Kit 纯化RNA 。
RNA 线性放大和荧光探针制备与定量参照Message Amp aRNA Kit (Ambion)说明书。
1.4 芯片杂交与洗涤芯片杂交与洗涤具体步骤见阙友雄博士学位论文[10]。
1.5 cDNA 芯片杂交的数据分析图像获取和数据分析具体步骤见阙友雄博士学位论文[10]。
设定Ratio 值在0.5~2.0范围内的基因表达差异不显著, Ratio 值≥2.0和≤0.5分别为表达上调(up-regulated)和下调(down-regulated)基因。
散点图显示基因表达丰度差异。
片内相关系数反映芯片杂交重复性。
检出率反应探针和模板匹配性。
1.6 cDNA 克隆测序及序列分析挑选芯片杂交中表达上调(Cy3/Cy5≥2)的克隆送到上海生工生物工程技术有限公司测序。
剔除冗余序列后, 得到unique EST 。
在NCBI 网站上(http://www.ncbi.nlm. )将unique EST 进行比对, 根据蛋白相似性, 参考拟南芥测序计划(Arabidopsis Sequencing Project)的功能分类方法对EST 进行分类, 并分析各个EST 在甘蔗抗黑穗病分子机制中的潜在功能。
部分EST 序列同数据库中已知功能基因的同源性较低, 但考虑到本实验所获得的EST 序列较短, 仍然认为这些序列之间具有相同的功能。