第四章 克隆基因的表达
基因工程chapt6
在含有去污剂,如SDS或CTAB的溶液中,植物细胞会被裂解释放出细胞核中的基因组DNA,通过氯仿/异戊醇的抽提和离心去除掉裂解液中的细胞碎片、蛋白质以及其它杂质,这时的基因组DNA分配在水相中。 然后用乙醇(或异丙醇)将水相的DNA分子沉淀出来,最后溶于TE缓冲液或纯水中备用。
第六章 基因工程的基本技术
第一节 DNA的提取和检测 第二节 DNA切割、连接与细胞转化 第三节 DNA聚合酶链式反应 第四节 Southern杂交技术 第五节 DNA的序列分析 第六节 植物转基因技术
第三节 DNA聚合酶链式反应
The polymerase chain reaction (PCR) is an enzymatic synthesis approach to DNA. It allows the rapid manufacture of large quantities of specific DNA sequences without the need for cloning in E. coli, growth of the bacteria and isolation of the DNA. The reaction can take place on just one single molecule of target DNA and has found application in many areas of science, from DNA cloning and sequencing to Forensic science and biosystematics. PCR技术是一种模拟DNA体内复制过程的体外DNA复制过程,在一个离心管的缓冲液体系中,加入DNA模板,dNTPs,
4重组表达质粒的构建——基因的克隆
重组表达质粒的构建——基因的克隆长片段基因在大肠杆菌中表达往往比较困难,作为抗原使用的重组蛋白可以考虑选择抗原性好的区段原核表达,前文已作阐述。
对整个蛋白结构研究,必须全长表达该蛋白,此时最好考虑真核表达系统,特别是含有跨膜区的蛋白。
选定要克隆的区段,需先富集纯化之后才方便插入载体,常用的富集方法是PCR或者质粒繁殖复制。
为了防止在PCR扩增过程中引入碱基错误或者碱基缺失,PCR扩增基因时候必须使用高保真Taq酶。
为了满足科研工作者不同实验需求,福因德生物将高保真Taq酶优化为即用型Mix,使用时直接加引物和模板就可以扩增。
除此之外,福因德生物还开发出LA Taq、S-Taq Mix以及SYBR荧光定量PCR Mix(需要更高品质的可选用SYBR PCR SuperMix)。
原核重组表达常用克隆技术主要有以下几种:1)酶切连接这个是目前应用最为广泛的的克隆技术,主要优点是技术稳定;缺点是周期长、步骤多,任何一个环节产生的误差都会影响克隆构建的成败。
如用酶切连接的策略进行载体批量构建,不同载体和不同外源基因尽可能选用相同的上下游酶切位点,比如,批量克隆基因到某个载体上,可一次性大量双酶切将载体线性化后保存备用,每次构建载体只需酶切外源基因片段,载体可直接取用,不必每次都酶切,省时省力(此处需特别留意的是基因内部不能有与上述所用冲突的酶切位点)。
2)TA克隆TA克隆必须使用商业的线性化载体,线性载体3´末端有一个T碱基,与PCR扩增产物3´末端A正好匹配。
这种克隆策略最大的优点是载体使用方便,扩增产物可以直接克隆到载体上,不需要酶切位点等冗余序列;缺点是:必须依赖商业化载体,载体选择受限;扩增外源片段所使用的Taq酶也必须是可以在3´末端加A,这种Taq酶的保真度不高;外源片段插入之后还必须鉴定方向。
目前,这种构建表达载体的策略已经逐渐被淘汰。
3)TOPO克隆TOPO克隆载体利用DNA拓扑异构酶I识别序列中的CCCTT松弛双螺旋并重新连接,同时兼具限制性内切酶和连接酶的功能。
第四章克隆载体的特征及类型
吸附
LamB受体 注入
复制
包装
噬菌体或病毒DNA
大肠杆菌的 l 噬菌体DNA
受体细胞内,pBR322以多拷贝存在,一般一个细胞内可达到 50-100个,而在蛋白质合成抑制剂存在条件下,如氯霉素, 可达到1000-3000拷贝。 缺点: 有被动迁移的可能,不够安全。 抗生素标记插入失活筛选为负筛选法,比较麻烦。
Amp Tet
pBR322
插入片段
Tet平板
Amp平板
质粒
重要的大肠杆菌质粒载体
ColE1、pMB1 拥有相似的复制子结构,彼此不相容 p15A及其衍生质粒拥有相似的复制子结构,彼此不相容 亲缘关系密切的质粒;野生型质粒与其衍生的重组质粒。
质粒的基本特征
质粒
质粒的不相容性:分子机制
两种含有不同复制子结构的不同质粒,在复制时各受自己的 拷贝数控制系统的调节,致使两种质粒的最终拷贝数恒定, 因此在经过若干复制周期和细胞分裂周期后仍能共处于同一 细胞内(亲和性质粒) 两种含有相似复制子结构的不同质粒,在复制时受到同一种 拷贝数控制系统的干扰,致使两种质粒的最终拷贝数不同, 其中拷贝数多的质粒在以后的细胞分裂周期中更具优势
质粒的基本特征
4. 质粒的重组性
质粒
由rec基因控制,使质粒整合到染色体基因组上。 在基因工程应用的是重组缺陷型(rec–)的质粒和菌株。
质粒的基本特征
质粒
5. 携带特殊的遗传标记
野生型的质粒DNA上往往携带一个或多个遗传标记基因,这
使得寄主生物产生正常生长非必需的附加性状,包括:
物质抗性 抗生素、重金属离子、毒性阴离子、有机物
黏性末端
cos
DNA合成控制基因
阻遏基因 早期控制基因
必修二第四章 基因的表达整章练习
必修二第四章基因的表达整章练习1.关于基因的概念,错误的叙述是()A.基因是有遗传效应的DNA片段 B.基因是DNA上有一定功能的特异碱基排列顺序C.基因是染色体的一段 D.基因是控制生物性状的遗传物质的结构单位和功能单位2.遗传信息是指DNA分子上()A.碱基互补配对的种类 B.A与T、G与C的数量比C.基因的碱基排列顺序 D.脱氧核糖的含量和分布3.组成核酸的碱基种类和核苷酸种类分别有()A.4种,8种 B.5种,4种 C.4种,4种 D.5种,8种4.下列哪种碱基不是构成RNA分子的碱基()A.腺嘌呤 B.鸟嘌呤 C.胞嘧啶 D.胸腺嘧啶 E.尿嘧啶5.右面为DNA转录过程中的一段示意图,此段中共有几种核苷酸()A.4种 B.5种C.6种 D.8种6.DNA的主要功能是遗传信息的()A.储存与分配 B.转录与翻译 C.储存与释放 D.传递与表达7.遗传信息的表达是指()A.子代获得了亲代一样的遗传物质 B.亲代遗传物质控制子代蛋白质的合成C.亲代和子代的遗传物质各自控制自身蛋白质合成 D.DNA分子控制RNA的转录8.信使RNA的来源是()A.由DNA转录而来 B.由DNA翻译而来 C.由DNA转变而来 D.由DNA复制而来9.在蛋白质合成过程中,信使RNA能够行使直接模板功能的结构基础是()A.DNA 信息链为模板转录而成 B.转录遵循碱基互补配对原则C.以三联体密码形式携带遗传信息 D.进入细胞质后与核糖体结合10.下图是一组模拟实验,假设实验能正常进行,四个试管都有产物生成。
请回答:(1)a、d两试管内的产物都是,但a试管内模拟的是过程,d试管内模拟的是过程。
(2)b、c两试管内的产物都是,但b试管内模拟的是过程,c试管内模拟的是过程。
(3)假如b试管内加入的DNA含有306个碱基,那么产物中最多含有个碱基,有个密码子。
(4)d试管中加入的酶比a试管加入的酶多了。
11.根据基因表达的有关知识回答下列问题:(1)根据理论推测,mRNA上的三个相邻碱基可以构成种排列方式,实际mRNA上决定氨基酸的密码子共有种。
基因工程概论
基因工程的安全性
一、基因工程的安全隐患
1. 对环境的影响 重新组合一种在自然见尚未发现的的生物性 状有可能给现有的生态环境带来不良影响。
2. 新型病毒的出现
制造带有抗生素抗性基因或有产生病毒能力 的基因的新型微生物有可能在人类或其它生 物体内传播。
1978年, Goeddel等,人胰岛素的发酵生产成功。 1979年, Goeddel等,又在大肠杆菌中成功表达了人生长激素基因。 1980年, Nagata等, 遗传工程菌生产干扰素获得成功。 1981年, 用遗传工程菌生产的生物制剂包括动物口蹄疫疫苗、乙型肝 炎
病毒表面抗原及核心抗原、牛生长激素等。
第一章 导 论
第一节 基因工程的诞生 第二节 基因工程的研究内容 第三节 基因工程的成就和前景展望
基因工程的兴起
1977年,激素抑制素的发酵生产成功。Itakara等,化学合成的激素抑制素
基因和大肠杆菌-半乳糖(苷)激酶基因插入到PBR322中得到重组质粒,并通 过大肠杆菌生产出含有激素抑制素的嵌合型蛋白,经溴化氰处理后释放出了有 生物活性的激素抑制素。首次实现了真核基因的原核表达。用价值几美元的9升 培养液生产出50毫克的生物活性物质,这相当于50万头羊脑的提取量。
心脏 肺 心脏(新生) 心脏(新生) 心脏(新生) 心脏(正常) 心脏 心脏 心脏 肺 心脏 肾 心脏 肾 肺 肺 肾
基因构件
hDAF +hCD59 hCD59 hDAF hDAF hDAF hCD59 hDAF hDAF hCD59/hDAF hCD59/hDAF hDAF hCD59/hDAF hCD55+ hCD59+ hCD46 hCD55+ hCD59+ hCD46 hMCP(Hcd46) hCD59 +hDAF hDAF
第四章基因克隆的载体、噬菌体载体
溶源周期的主要特征
λ噬菌体的特征: 1、噬菌体的DNA分子注入细菌细胞 2、经过短暂的转录之后,需要合成一种整合酶,于是
转录活性便被一种阻遏物所关闭 3、噬菌体的DNA分子插入到细菌染色体基因组DNA上,
变成原噬菌体 4、细菌继续生长、增值,噬菌体的基因作为细菌染色
体的一部分进行复制。
烈性噬菌体溶菌生长的基本过程:
1、吸附 吸附到位于感染细胞表面的特殊接受器上 2、注入 噬菌体DNA穿过细胞壁注入寄主细胞 3、转变 被感染的细胞成为制造噬菌体颗粒的场所 4、合成 大量合成噬菌体特有的核酸和蛋白质 5、组装 包装了DNA头部和尾部组装成噬菌体的颗粒 6、释放 合成的子代噬菌体颗粒从寄主细胞内释放出来
替换式载体
野生型噬菌体染色体的中段对于噬菌体的感染和复制是非必要的, 外源DNA可以取代这一片段,例如Charon 4A、 λEMBL 3/4、 Charon40等载体,这些载体是用Lac 5(乳糖操纵子的大部分系列, 包括完整的Lac Z)替换入噬菌体的中间区段,同时将Lac5作为选择 标记,使用时用EcoRI水解,去掉中间的片段,再与欲克隆片段在体
2.2λ噬菌体载体
溶菌阶段
(复制和释放)
λ phage
48.5 kb in length Linear or circular genomecos ends(cohesive-end site )
5‘-CGGGGCGGCGACCTCG-3’ 3’-GCCCCGCCGCTGGAGC-5’
外进行重组、包装。而后,感染E.coli使之在E.coli内繁殖,并裂解 E.coli,形成空斑。
spi-选择 λ噬菌体的red和gam基因产物可抑制噬菌体在宿主细菌 中正常生长,red-和gam-突变型λ噬菌体则可正常生长。当置换型载 体的可置换片段中放上red和gam基因后,外源DNA片段取代了置换 片段,则同时除去了red、gam基因,就可在宿主菌中生长,否则就 不能正常生长。
基因的克隆PPT课件
载体的种类
质粒
1.大肠杆菌质粒 2.革兰氏阳性菌的质粒
噬菌体 真核细胞为宿主的克隆载体
1.酵母为宿主的载体 2.植物细胞为宿主的载体 3.DNA病毒载体
反转录病毒载体
大肠杆菌的质粒
pBR322质粒:它是由4361个核苷酸组成,属于松弛型质粒, 可以用抗氨苄西林和抗四环素基因作为标记,具有多种常用 内切酶的切点。
基因表达产物的鉴定
基因表达:指某基因在细胞中转录为mRNA继而翻译 成蛋白质的过程。
DNA
RNA
Protein
转录
翻译
研究基因表达的手段
1、RT-PCR (RNA) 2、Northern blot (RNA) 3、Western blot (蛋白质) 4、免疫组化 (蛋白质)
1、RT-PCR
基因的克隆 -----DNA重组技术。
克隆:是用无性繁殖的方法产生一组遗传上相同的细 胞或生物群体的过程,而这些细胞或个体均来自无性 繁殖的单一原型细胞。
基因的克隆:用DNA重组技术使一个基因或DNA片 段产生出很多相同拷贝的过程。
基因克隆的技术路线的大体步骤
得出结论
步骤三: 步骤二: 步骤一:
多 克 隆 位 点
X-gal :5-溴-4-氯-3-吲哚-B-D-半乳糖苷
表示 外源 基因 插入 编码 半乳 糖苷 酶的 基因 区段
带有正确插入目的基因序列的菌落,白色菌落
不对 能照 是目 培的 养基 基因 变本 色身
使用含Amp+X-Gal的琼脂糖平板筛选克隆,可能出现三种情况。 1 . 载体自身环化,产生蓝色菌落; 2 带有正确插入目的基因序列的菌落,白色菌落。 3 未转化的细胞,不能生长。
目的基因插入 到抗四环素基 因的位置,则 导入菌体后的 菌株则不能在 有四环素的培 养基上生长
第四章 基因克隆的质粒载体
流程:
首先加入溶菌酶或十二烷基硫酸钠( SDS)来促进大肠杆菌的细胞裂解。
将溴化乙锭的氯化铯溶液加到清亮的 大肠杆菌裂解液中,EB会嵌入到DNA链 的碱基中去。
在EB达到饱和时,进行氯化铯密度 梯度离心。
2021/8/4
2021/8/4
2021/8/4
碱变性法:
根据共价闭合环状质粒DNA与线性染色体 DNA片段之间,在拓扑学上的差异而发展出来 的。
2021/8/4
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8.质粒DNA的分离与纯化
(1)氯化铯密度梯度离心法 (2)碱变性法 (3)微量碱变性法
2021/8/4
氯化铯密度梯度离心法
1、质粒DNA占总DNA的1%~2%; 2、在细胞裂解及DNA分离过程中,大分子
量的细菌染色体易断裂成线性片段,而质 粒DNA分子量小,结构紧密仍保持完整的 状态; 3、染色剂溴化乙锭(EB)能掺入到DNA链 的碱基中,导致链的解旋;而且形成的 EB- DNA复合物中,EB含量越高,密度会 越低。
线性分子(lDNA):经限制性内切酶切割之后,双链断裂而 形成。称L构型。
2021/8/4
什么是超螺旋(superhelix 或supercoil) ? DNA是以双螺旋的形式围绕着同一轴缠绕的,当双螺
旋DNA的这个轴再弯曲缠绕时,DNA就处于超螺旋状态, DNA超螺旋状态是结构张力的表现。超螺旋是DNA三级结构 的一个重要特征。
迁移作用(mobiligation): 由共存接合型质粒引发的非接合型质粒的迁移过程.
2021/8/4
2021/8/4
从基因工程安全角度考虑,接合型质粒不宜作为克隆载体。 因为从理论上存在着发生使DNA跨越生物种间遗传屏障 的潜在危险.
基因克隆原核表达
=1:1-3 • 酶量:平端连接时需加大酶量
26
(三)转化—Cacl2法、电击法
(四)重组子的筛选及鉴定
1、筛选:平板法(抗生素、蓝白斑)
原位杂交
2、鉴定:
• 长度鉴定:酶切、PCR
• 方向鉴定:联合酶切
• 测序
27
原核基因表达系统
57
主要元件:强启动子 SD: ATG:第一个密码子
58
非融合型表达载体----pPL-Lamda
PL启动子---温度 诱导 插入位点--HpaI
59
(三)分泌型表达载体: 1、主要元件: 启动子和SD序列 信号肽序列 :SD下游,编码信号肽, 可引导蛋白跨膜 2、优点:分泌表达,避免降解。
60
分泌型表达载体----pINIII-ompA1
61
分泌型融合表达载体----pEZZ18
62
五.提高表达水平的手段 1、选择合适载体 • 强启动子----提高转录水平 • 核糖体结合位点(ATG---SD) • 避免产物降解 :分泌/融合表达
细菌蛋白酶抑制剂
63
2、选择合适宿主 Lac 启动子----LacI菌 PL/PR -------- CI857 溶源菌
➢基因克隆(gene clonging) ➢基因表达(gene expression)
-原核基因表达 -真核基因表达
1
基因克 隆 Gene Cloning
2
➢概述 ➢克隆载体 ➢受体细胞 ➢体外重组的策略 ➢基因克隆工作流程
3
一、概 述
4
1973年Cohen完成第一个基因工程实验 经体外重组获得杂合DNA 杂合子转化入大肠杆菌
第四章 基因的鉴定与表达分析
灵敏度,可以检测到一些稀有转录子。
CpG岛法
CpG岛(CpG island)是基因组DNA序列中富含C、G的 DNA区域。在大规模的DNA测序中,每发现一个CG岛,意 味着在此区域有一个基因。利用CpG岛稀有酶如SacⅡ、
BssHⅢ、EagⅠ、HpaⅡ、NotⅠ识别其位点,切割基因组
DNA。CpG岛又称HIF岛,即用HpaⅡ酶将CpG岛周围的DNA 切成许多小片段,这些序列称为HIF序列。 原理: 2) 载体上要有功能强大的真核基因启动子,以获得高 效表达; 3)还要有原核生物的复制子与生长选择标记(如Amp),
能在大肠杆菌中扩增,又要有真核生物的复制子、启动
子、加尾信号等以便在真核细胞中扩增及转录。
cDNA选择方法
基因组图谱绘制和基因定位克隆的常见问题 是大片段基因组编码DNA的鉴定。为解决此问题,
IEF)和十二烷基硫酸钠—聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDSPAGE),把复杂的蛋白质混合物中的蛋白在二维平面上分 离展开。
基因差异表达法
---二维电泳(two-dimensional electrophoresis)技术
步骤: 样品制备→等电聚焦→平衡转移→ SDS— PAGE→斑点染色→图像捕捉和图谱结构确定
随着人类基因组计划的完成,基因的鉴定与表 达分析已经成为功能基因组研究的一个重要内容。
基因的特异性特征:
整体上的高度进化保守;
表达RNA转录物----具有可读框(ORF);
脊椎动物-----CpG岛
一、基因的鉴定方法
常规方法
特异方法
(thern印迹杂交; 同源序列比对; 动物基因组印迹杂交;
• 主要步骤:
制备载体→将基因组片段亚克隆至表达载体中→
分子生物学 基因克隆及克隆基因的表达
Bam HⅠ GGATCC CCTAGG
Bg lⅡ AGATCT TCTAGA
互连后?
GCCTAG+
GATCC G
A
+GATCT
TCTAG
ALOGO
Ⅱ型限制性内切酶具有一些共性和特性:
5. 不同的酶可以识别同一个序列 同工异源酶(isoschizomer)或同裂酶 能识别同一序列(切割位点可同或不同)但来源不同的两种酶。
LOGO
聚合酶链式反应
Polymerase Chain Reaction, PCR
体外高效特异性的扩增目的DNA片段
LOGO
LOGO
LOGO
LOGO
LOGO
PCR的基本原理
• PCR反应条件 • PCR过程 • PCR的特点
1
2
3
高温变性 低温退火 适温延伸
94
温
度 72
(℃)
55
22
DNA 2
3’
3’
5’
上游引物、5’ 引物、Sense primer
PCR反应扩增的就是一对引物之间的DNA片段,PCR反应 成功扩增的关键在于引物的正确设计。
引物设计的总原则——提高引物与模板结合的特异性。
LOGO
PCR引物设计的基本原则: 1.引物与模板的序列要紧密互补。 2.引物自身、引物之间不应存在互补序列。 3.引物不能在模板的非目的位点引发PCR。
LOGO
分子生物学关键的技术突破: DNA重组技术
1972年, 世界上第一个重组DNA分子诞生
1980年, 获诺贝尔化学奖
猿猴病毒DNA
噬菌体DNA
限制性内切酶
限制性内切酶
DNA连接酶 重组DNA分子
第四章 目的基因
4.重组cDNA分子的转移和的建立:选用载 体为质粒,可直接转化E.coli;若为λ载体, 则需进行体外包装、感染等。
二、细胞总RNA的提取和mRNA的分离
一段仅由脱氧胸腺嘧 啶核苷组成的寡聚核 苷酸【oligo(dT)】 能够同惰性物质如纤 维素或琼脂糖结合, 这样当细胞总RNA通过 寡聚纤维素柱时, mRNA分子的poly(A) 尾巴便会同oligo(dT) 序列杂交而粘附到柱 子的填充物上。
特点: ① cDNA无内含子, 长度较基因组基因小, 使操 作更为方便。 ② mRNA比基因组中基因少, 因此筛选某一特定 功能基因工作量较小。 ③ mRNA中拷贝数大于基因组中的拷贝数, 利于 获得较多的模板。(转录特征) ④ 可在原核细胞中表达有生物活性蛋白。 ⑤ 不同种类不同状态的细胞的cDNA不同。 ⑥ 不能研究基因组的结构功能。
七、基因组大小的计算1975年L.Clar式:
In(1-P) N = ——————为插入的限制片断长度/整个基因组DNA总长度。 例如:从人为99%,那么这 个基因组要多大?基因组DNA
四. 利用λ载体构建 基因组基因组DNA + λ噬 菌体 重组DNA包 装成噬菌体 感 染细菌 噬菌斑
限制性内切酶
基因重组
体外包装
转化细菌五、人工染色体构建 包括酵母人工 染色体、 细菌人工染外源DNA 片段为100kb1Mb
⑤重组克隆能稳定保存、扩增、筛选。的质量检测:
平均插入片段:PFGE电泳检测一定数目克隆 子插入片段的平均值 插入效率:有插入片段的克隆在所 ① 平均插入片段长度×克隆数 基因组DNA长度 ②库, 是指某个生物的基因组DNA或cDNA片段与适 当的载体在体外重组后,转化宿主细胞,并 通过一定的选择机制筛选后得到大量的阳性 菌落(或噬菌体),主组成。
克隆基因的表达(expression of cloned gene)(2)
克隆基因的表达(expression of cloned gene)(2)在双链 DNA 分子中,只有一条链转录成 mRNA,这条链称为有意义链(sense strand),该基因的另一条链则称反意义链(antisense stran d)。
在含有许多基因的 DNA 双链中,每个基因的有意义链并不是在同一条 DNA 链上。
也就是说,一条链上既具有某些基因的有意义链,也含有另外一些基因的反意义链。
由于 mRNA 聚合酶是沿着 DNA 链的3’→5’方向移动,DNA 链与合成的 RNA链有反平行关系,所以 mRNA 链的合成方向是5’→3’,mRNA 上的信息的阅读是从多核苷酸链 5'末端向3’末端进行。
从转录和翻译的方向也可看出,在原核生物细胞内当 mRNA的合成还没有完成时,蛋白质或多肤的翻译就己经开始了。
④原核基因一般不含有内含子(intron),在原核细胞中缺乏真核细胞的转录后加工系统。
因此当克隆的含有内含子的真核基因在原核细胞中转录成 mRNA 前体后,其中内含子部分不能被切除。
⑤原核生物基因的控制主要在转录水平,这种控制要比对基因产物的直接控制要慢。
对RNA 合成的控制有两种方式,一是起始控制(启动子控制),二是终止控制(衰减子控制)。
⑥在大肠杆菌mRNA的核糖体结合位点上,含有一个转译起始密码子及同16S核糖体RNA 3'末端碱基互补的序列,即 SD 序列,而真核基因则缺乏此序列。
从上述特点可以看到,欲将外源基因在真核细胞中表达,必须考虑表达载体、外源基因的性质、原核细胞的启动子和 SD 序列、阅读框架及宿主菌调控系统等基本条件,也就是说必须满足以下条件:⑴通过表达载体将外源基因导入宿主菌,并指导宿主菌的酶系统合成外源蛋白;⑵外源基因不能带有间隔顺序(内含子),因而必须用 cDNA 或全化学合成基因,而不能用基因组 DNA(genomic DNA);⑶必须利用原核细胞的强启动子和 SD序列等调控元件控制外源基因的表达;⑷外源基因与表达载体连接后,必须形成正确的开放阅读框架(open reading f rame);⑸利用宿主细胞的调控系统,调节外源基因的表达,防止外源基因的表达对宿主菌的毒害。
克隆基因的表达
2. 周质中表达
(1)周质(periplasm)
格兰氏阴性大肠杆菌位于内膜和外膜之间 的细胞结构部分。
蛋白质从细胞质转运到周质的复杂 机理目前不完全清楚
优点: 容易被浓缩和纯化、有利于正确折叠、 被降解的少。
(2)信号肽(signal peptide)
能带领蛋白穿过膜到达周质。但以后需 要正确切割掉。
② 多聚A/U
由于茎环3’段紧接一串A/U的配对,稳定性 比较差,有利于转录物脱落而不利于转录 延续。
5-CCCACAGCCGCCAGTTCCGCTGGCGGCATTTTAA CT TCT TTCT-3 3-GGGTGTCGGCGGTCAAGGCGACCGCCGTAAAATTGAAGAAAGA-5(模板)
5’
有意义链
3’
3’
反意义链
5’
转录
5’
mRNA
3’
翻译
N
蛋白质
C
4. 不含内含子,缺乏转录后的加工系统。 5. 调控主要在转录水平上。 6. mRNA的核糖体结合位点
Shine-Dalgarno(S-D)sequence:
含有一个启始密码子和一段同核糖体 16SRNA3’末端碱基互补的序列,叫ShineDalgarno(S-D)序列。
一般位于N端。
(3)常用的原核信号肽
①大肠杆菌的信号肽: phoA、OmpA、OmpT、OmpF、 LamB、β-内酰胺酶(lactamase)、 肠毒素(enterotoxin)ST-II、LT-B等
②金黄色葡萄球菌的蛋白A。 ③枯草芽孢杆菌的内切葡聚糖酶 (endoglucanase)。 ④胡萝卜欧氏杆菌的PelB蛋白。
以pBR322为 基础构建的。 调节基因不必 借助于宿主的 lacI.
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tac启动子是药物诱导型 调节基因lacⅠ(位于宿主基因组内或载体上))始 终产生阻遏物。
• 无IPTG:阻遏物与lac操纵基因结合,抑制 外源 基因转录。宿主大量生长。
• 有IPTG:阻遏物与IPTG结合,lac操纵基因解放, 外源基因大量转录。宿主生长受抑制。
(2)表达载体诱导复制
将宿主的生长与载体的复制分开。
2.获得目的片段: (1)通过PCR方法:以含目的基因的克隆质粒为
模板,按基因序列设计一对引物(在上游和下游 引物分别引入不同的酶切位点),PCR循环获得 所需基因片段。
(2)通过RT-PCR方法:用TRIzol法从细胞或组 织中提取总RNA,以mRNA为模板,逆转录形成 c环获得产物。
特定的时间顺序发生,称之为基因表达的 时间特异性。
• 多细胞生物基因表达的时间特异性又称阶 段特异性。
(二)空间特异性 • 在个体生长全过程,某种基因产物在个体
按不同组织空间顺序出现,称之为基因表 达的空间特异性
• 基因表达伴随时间顺序所表现出得这种分 布差异,实际上是由细胞在器官的分布决 定的,所以空间特异性又称细胞或组织特 异性
当需要宿主大量生长时,抑制载体质粒的复制。
当宿主大量生长后,再诱导载体质粒的复制,增 加拷贝数。
6.提高表达产物的稳定性
防止被宿主的酶降解 (1)设计成融合蛋白
这是避免被降解的最好措施。 N末端:由原核基因编码一段多肽, C末端:是完整的真核外源基因。
λ△Z载体系列
提供三种融合插入阅读框
λ△ZUV5载体 λ△Z2载体
第四章 克隆基因的表达
第一节 基因表达的过程
• 基因表达(gene expression)是指储存遗 传信息的基因经过一系列步骤表现出其生 物功能的整个过程。
• 典型的基因表达是基因经过转录、翻译, 产生有生物活性的蛋白质的过程。
• 基因表达是受调控的
一、基因表达的基本规律
• (一)时间特异性 • 按功能需要,某一特定基因的表达严格按
3.启动子与外源基因之间的距离 SD距离AUG的距离也影响翻译(7个较好)
4.转录终止区对表达效率的影响 转录终止区的存在保证载体不会转录非必须基因, 不必浪费源量和能量,不会干扰正常的表达。
5.载体拷贝数及稳定性对表达效率的影响 增加载体的拷贝数会增加转录出的mRNA数目。 增加表达效率。 但过度的外源基因的表达会影响宿主的正常生长。
Lac乳糖操纵子:启动子Plac + 操纵基因lacO + 结 构基因。
其转录受CAP正调控和lacI负调控。
lacUV5突变能够在没有CAP的存在下更有效地起始 转录,该启动子在转录水平上只受lacI的调控,
lacI产物是一种阻遏蛋白,能结合在操纵基因lacO 上从而阻遏转录起始。乳糖的类似物IPTG可以和 lacI产物结合,使其构象改变离开lacO,从而激活 转录。
6.外源蛋白在菌体中的稳定性对表达效率的影响。
五、提高表达水平常用的方法 1.选择强启动子序列,如tac等 2.调整SD序列与AUG将的距离
3.改变起码密码下面的几组密码子 能提高翻译的起始效率。
4.增加mRNA的拷贝数和稳定性
在外源基因的下游插入“重复性基因外回文 序列”能防止mRNA受到3’ 5’外切酶的 攻击。
• 基因分类: 管家基因 表达很少受环境因素影响 可调节基因 受环境因素的诱导或阻遏 可诱导 可阻遏
按对刺激的反应性,基因表达的方式分为:
(一) 组成性表达
某些基因在一个个体的几乎所有细胞中 持续表达,通常被称为管家基因 (housekeeping gene)
• 无论表达水平高低,管家基因较少受环境因素影 响,而是在个体各个生长阶段的大多数或几乎全 部组织中持续表达,或变化很小。区别于其他基 因,这类基因表达被视为组成性基因表达 (constitutive gene expression)
(二)构建原核表达载体 适宜的选择标志;
具有能调控转录、生产大量mRNA的启动子; 含适当的翻译调控序列,和翻译起始点和 终止序列等;含合理设计的多接头克隆位 点,以确保目的基因按一定的方向与载体 正确连接(定向克隆 )。
⑴启动子
要求是:①强启动子②是诱导性的, 如热诱导和化学诱导
启动子
启动子
2.外源基因不能带有内含子。必须用cDNA,不能直 接用真核基因组DNA。
3.必须利用原核细胞的强启动子和 SD序列等调控元 件控制外源基因的表达
4.外源基因与表达载体连接后,必须形成正确的开 放阅读框架
5.防止外源基因产物对宿主细胞的毒害。
四、影响外源基因表达效率的因素
1.启动子的结构对表达效率的影响 (1)一致顺序 ①-35box • RNA聚合酶亚基的识别位点 ②-10box(Pribnow Box)
实际的启动子中很少具备与上述序列完全一 致的区域,启动子的这两个区域与上述保 守序列的相似程度越高,该启动子的表达 能力也就越强。
(2)-35区与-10区之间的距离
这两个保守区间的距离越是接近于17bp,启 动子的活性就越强。
2.翻译起始序列对表达效率的影响 (1)SD序列
SD序列与16SrRNA分子之间的碱基互补程 度,可明显影响mRNA的翻译速度,当序列 为5‘-GGAGG-3’,可与16SrRNA3’端完 全互补,翻译效率最高;而当该序列发生 单碱基突变时,翻译效率会下降30倍。
•
• ③、BL21(DE3)菌株
• 该菌株用于以T7RNA聚合酶为表达系统 的高效外源基因的蛋白表达宿主。T7噬菌 体RNA聚合酶基因的表达受控于λ噬菌体 DE3区的lacUV5启动子,该区整合于BL21 的染色体上。该菌适合于非毒性蛋白的表 达。
二、原核生物基因表达的特征
1.只有一种RNA多聚酶
4.不含内含子,缺乏转录后的加工系统。 5.调控主要在转录水平上。一是起始控制(启动子控
制),二是终止控制(衰减子控制)。
6.mRNA的核糖体结合位点 含有一个起始密码子和一段同核糖体16SRNA3’ 末端碱基互补的序列,SD序列
三、原核表达系统的注意事项
1.通过表达载体将外源基因导入宿主菌,并指导宿 主菌的酶系统合成外源蛋白
(3)细胞内的转运机制。 信号肽酶,信号肽酶等近20种蛋白质的参与。
六、外源蛋白质表达后的正确修饰
1.形成正确的二硫键
• 分子内二硫键、分子间二硫键。二硫键异 构酶催化。使蛋白质能够正确折叠。
人胰岛素分子
人血红蛋白分子
抗体分子
• 2.前体切割 如信号肽、内含肽等序列的切割。
3.蛋白质糖基化 • 增加蛋白质的稳定性和某些特殊性质。
• ①、JM109菌株
• 可作为大多数质粒载体的受体菌,也可以用于 制备M13等噬菌体载体的单链DNA。该菌株易于 培养,并且可以用较多的转化方法进行有效的转
化。 α-互补,容易鉴别重组体菌株
• ②、DH5α菌株
• 一种常用于质粒克隆的菌株。其j80lacZ△M15 基因的产物可与pUC载体编码的β-半乳糖苷酶氨 基端实现α互补,可用于蓝白斑筛选。recA1和 endA1的突变有利于克隆DNA的稳定和高纯度质 粒DNA的提取。
三、基因表达调控的生物学意义 (一)适应环境、维持生长和增殖 (二)维持个体发育与分化
基因表达调控的多级调控 (一)DNA水平
基因丢失;基因扩增 基因重排;甲基化修饰 染色质的结构状态 (二)RNA水平 转录水平调控 RNA的转录后加工 mRNA从核内向胞浆转运 mRNA稳定性 (三)蛋白质水平 翻译过程 翻译后加工 蛋白质的稳定性
大肠杆菌作为表达外源基因受体菌的特征
大肠杆菌表达外源基因的优势
1.全基因组测序,共有4405个开放型阅读框架 2.基因克隆表达系统成熟完善 3.繁殖迅速、培养简单、操作方便、遗传稳定 4.被美国FDA批准为安全的基因工程受体生物
大肠杆菌表达外源基因的劣势
1.缺乏对真核生物蛋白质的复性功能 2.缺乏对真核生物蛋白质的修饰加工系统 3.内源性蛋白酶降解空间构象不正确的异源蛋白 4.细胞周质内含有种类繁多的内毒素
PlL PrecA
PtraA
Ptrp Plac
Ptac
-35 区序列 -10 区序列
TTGACA TTGATA TAGACA TTGACA TTTACA TTGACA
GATACT TATAAT TAATGT TTAACT TATAAT TATAAT
Ptac = 3 Ptrp = 11 Plac
Lac启动子
5.减轻宿主细胞的代谢负荷
合理地调节代谢负荷与外源基因高效表达的 关系。
(1)诱导表达 将宿主生长代谢与外源基因表达分开。
一般采用温度诱导或药物诱导。
λPL启动子是温度诱导型
32℃
cⅠ857阻遏物有活性,抑制λPL启动子,外源基因 不表达,宿主大量生长。
42℃:
cⅠ857阻遏物失活,PL启动子启动,外源基因高 水平表达,宿主生长受到限制。
一、宿主菌
受体细胞的基因型: 野生型大肠杆菌的基因(指没有发生突变的基因)
野生型加“+”,突变型加“-”(但后者往往被 省略),表示的方法的规则如下: ①根据基因产物或作用产物的英文名称,取其单 词的第一字母,拼成三个字母并以斜体来表示。 如:DNA Adenine Methylase, 即dam。 ② 变异基因不同,用作用结果的英文名称的前三 个字母斜体表示,并加上一大写字母,以示区别。 如:Recombination , recA、recB、recC。 ③ 某个基因缺失时,在该基因型前加“△”。 ④由于某个基因变异导致大肠杆菌的特征发生变 化,也可以用该特征的英文名来表示,但第一个 字母要大写,并加上“+”或“r”表示有抗性, 加上 “-”则表示敏感。如:Ampicillin(氨卞青霉素),抗 性标记为Ampr, 敏感性为Amp-。