RNA1

（3）用RNase III 消化长片断双链 RNA制备siRNA
dsRNA消化法的主要优点在于可以跳过检测和筛选有 效siRNA序列的步骤，为研究人员节省时间和金钱 （注意：通常用RNAse III比用Dicer要便宜）。 不过这种方法的缺点也很明显，就是有可能引发非特 异的基因沉默，特别是同源或者是密切相关的基因。 现在多数的研究显示这种情况通常不会造成影响(1-4)。 最适用于：快速而经济地研究某个基因功能缺失的表 型 不适用于：长时间的研究项目，或者是需要一个特定 的siRNA进行研究，特别是基因治疗
RNAi研究的一般技术路线
2、siRNA 的设计
何为siRNAs
越来越多的研究人员开始采用小分子干扰RNA （small interfering RNAs，siRNAs）来抑 制特定的哺乳动物基因表达。 siRNA即为能够以同源互补序列的mRNA为靶 目标并将其降解而介导RNA干扰途径的短片断 双链RNA分子。 如何设计有效的siRNA一直是当前RNAi研究 的热点话题，不同的实验室有不同的结果。
RNAi作用的简单模型
当dsRNA导入细胞后，被一种dsRNA特异的核酸内 切酶识别，切割成21-23核苷酸长的小片段，这些片 段可与该核酸酶的dsRNA结合结构域结合，并且作为 模板识别目的mRNA。 识别之后，mRNA与dsRNA的有义链发生链互换，原 先dsRNA中的有义链被mRNA代替，从酶-dsRNA复 合物中释放出来，而mRNA则处于原先的有义链的位 置。 核酸酶在同样位置对mRNA进行切割，这样又产生了 21-23核苷酸长的dsRNA小片段，与核酸酶形成复合 物，继续对目的mRNA进行切割，从而使目的基因沉 默，产生RNAi现象。 通过遗传分析的方法，目前已从线虫中已分离到 RDE-2,RDE-3和Mut-7等RNAi相关的基因。
RNAi广泛存在于自然界
随后，RNAi现象被广泛地发现于真菌、拟南 芥、水螅、涡虫、锥虫、斑马鱼等大多数真核 生物中。 这种存在揭示了RNAi很可能是出现于生命进 化的早期阶段。 随着研究的不断深入，RNAi的机制正在被逐 步阐明，而同时作为功能基因组研究领域中的 有力工具，RNAi也越来越为人们所重视。
RNAi的提出
直到1998年2月，Fire A和Mello C才首次揭开这个悬 疑之谜。 他们将体外转录得到的单链RNA纯化后注射线虫时 发现，基因抑制效应变得十分微弱；而经过纯化的 双链RNA却正好相反，能够高效特异性阻断相应基 因的表达。 他们证实，Guo S博士遇到的正义RNA抑制基因表 达的现象，以及过去的反义RNA技术对基因表达的 阻断，都是由于体外转录所得RNA中污染了微量双 链RNA而引起。 该 小 组 将 这 一 现 象 称 为 RNA 干 扰 （ RNA interference， 简称RNAi）。
一般设计原则
（1）从mRNA 的AUG起始密码开始，寻找“AA”二连序 列，并记下其3'端的19个碱基序列，作为潜在的siRNA 靶位点。有研究结果显示GC含量在30%—50%左右的 siRNA要比那些GC含量偏高的更为有效。 Tuschl 等 建 议 不 要 针 对 5' 和 3' 端 的 非 编 码 区 （untranslated regions，UTRs）。这些地方有丰富 的调控蛋白结合区域，而这些UTR结合蛋白或者翻译起 始 复 合 物 可 能 会 影 响 siRNP 核 酸 内 切 酶 复 合 物 结 合 mRNA从而影响siRNA的效果。 （2）将潜在的序列和相应的基因组数据库（人，或者小 鼠，大鼠等等）进行比较，排除那些和其他编码序列 /EST同源的序列。例如使用BLAST （3）选出合适的目标序列进行合成。通常一个基因需要 设计多个靶序列的siRNA，以找到最有效的siRNA序列。

பைடு நூலகம்


的一种，操纵一段小的发夹siRNA在哺乳动物细胞中的表达。 包括的人源和鼠源的U6启动子和人H1启动子。 之所以采用RNA pol III启动子是由于它可以在哺乳动物细胞中 表达更多的小分子RNA，而且它是通过添加一串（3到6个）U 来终止转录的。 使用这类载体，需要2段编码短发夹RNA序列的DNA单链，退 火，克隆到相应载体的pol III 启动子下游。 由于涉及到克隆，这个过程需 要几天的时间，同时也需要经 过测序以保证克隆的序列是正 确的。 不过幸好载体容易大量扩增， 这个优点足以弥补所有缺陷， 特别是当载体在实验中确实有 效的时候。
（1）化学合成
尽管化学合成是最贵的方法，但是却是最方便的—— 研究人员几乎不需要做什么工作。许多公司都可以根 据用户要求提供高质量的化学合成siRNA。 主要的缺点包括价格高，定制周期长，特别是有特殊 需求的。 由 于 价 格 比 其 他 方 法 高 ， 为 一 个 基 因 合 成 3—4 对 siRNAs 的成本就更高了，比较常见的做法是用其他 方法筛选出最有效的序列再进行化学合成。 最适用于：已经找到最有效的siRNA的情况下，需要 大量siRNA进行研究； 不适用于：筛选siRNA等长时间的研究，主要原因是 价格因素
（2）体外转录
相对化学合成法而言成本比较低，是一种性价比高的 筛选siRNAs的好方法。 更重要的是能够更快的得到siRNAs。 值得一提的是体外转录得到的siRNAs只要较低的浓 度就可以达到化学合成siRNAs较高浓度得到的效果。 不足之处：实验的规模受到限制，虽然一次体外转录 合成能提供足够做数百次转染的siRNAs，但是反应 规模和量始终有一定的限制。 最 适 用 于 ： 筛 选 siRNAs ， 特 别 是 需 要 制 备 多 种 siRNAs，化学合成的价格成为障碍时。 不适用于：实验需要大量的，一个特定的siRNA。长 期研究。
（5） siRNA表达框架
siRNA 表 达 框 架 (siRNA expression cassettes ， SECs)是一种由PCR得到的siRNA表达模版，能够直 接导入细胞进行表达而无需事前克隆到载体中。 这个方法最早是由Castanotto采用，包括一个RNA pol III启动子，一段发夹结构siRNA，一个RNA pol III 终止位点。 和siRNA表达载体不同的是，SECs不需要载体克隆、 测序等颇为费时的步骤，可以直接由PCR得到，不用 一天的时间。 因此，SECs成为筛选siRNA的最有效工具，甚至可以 用来筛选在特定的研究体系中启动子和siRNA的最适 搭配！
RNAi的发现
1995年，Guo S等试图阻断秀丽新小杆线虫（C. elegans）中的par-1基因的表达。
设计： 反义RNA 特异性地阻断par-1基因的表达； 正义RNA 以期观察到基因表达的增强。
结果: 二者都同样地切断了par-1基因的表达途 径。这是与传统上对反义RNA技术的解释不相 符合。该研究小组一直没能给这个意外以合理 解释。
Ku-70 levels were reduced 86% in cells transfected with the siRNA cocktail, compared to non-transfected controls.
（4）siRNA表达载体
多数的siRNA表达载体依赖3种RNA聚合酶III 启动子(pol III)中
HeLa cells expressing cycle 3 GFP were transfected with pSilencer 2.1-U6 hygro containing an insert encoding an siRNA targeting cycle 3 GFP or pSilencer 2.1-U6 hygro without an siRNA-encoding insert. Following transfection, the cells were selected with hygromycin. Three weeks following selection, the cells were analyzed for GFP expression by fluorescence microscopy. Green: GFP. Blue: DAPI stained nuclei. GFP levels were remarkably reduced (94%) in cells transfected with the GFP siRNA-encoding pSilencer 2.1U6 hygro siRNA Expression Vector as compared to those transfected with an "empty" siRNA expression vector.
Figure. Use of Chemically Synthesized and in Vitro Transcribed siRNAs targeting ß -Actin to Induce Gene Silencing.
（3）用RNase III 消化长片断双链 RNA制备siRNA
其他制备siRNA的方法的缺陷是需要设计和检验多个 siRNA序列以便找到一个有效的siRNA。 这种方法——制备一份混合有各种siRNAs “混合鸡 尾酒” 就可以避免这个缺陷。 这个方法是选择通常是200—1000碱基的靶mRNA模 版，用体外转录的方法制备长片断双链dsRNA ，然 后用RNase III (or Dicer) 在体外消化，得到一众 siRNAs“混合鸡尾酒”。 在除掉没有被消化的dsRNA后，这个siRNA混合物 就可以直接转染细胞，方法和单一的siRNA转染一样。 由于siRNA混合物中有许多不同的siRNAs，通常能 够保证目的基因被有效地抑制。
（4）siRNA表达载体
毫无疑问，siRNA表达载体的优点在于这是众多方法中唯一可以 进行长期研究的方法——带有抗生素标记的载体可以在细胞中持 续抑制靶基因的表达，持续数星期甚至更久。 即使是对转染带有筛选标记质粒的细胞进行瞬时筛选，也有助于 富集带质粒的细胞。这也可以帮助解决一些难转染的细胞由于转 染效率低造成的问题。 开始研究逆转录病毒和其他病毒载体用于siRNA表达，其优势在 于可以直接高效率感染细胞进行基因沉默的研究，避免由于质粒 转染效率低而带来的种种不便。 最适用于：已知一个有效的siRNA序列，需要维持较长时间的基 因沉默，或者需要用抗生素筛选能表达siRNA的细胞。长期研究。 不适用于：筛选siRNA序列（其实主要是指需要多个克隆和测序 等较为费时、繁琐的工作）