高通量测序分析人工养殖成年林麝粪便古菌菌群多样性
林麝养殖项目的可行性分析
林麝养殖项目的可行性分析林麝是国家一级保护动物,也是我国重要的资源动物。
由于数年来野生林麝资源遭到严重破坏,加上国际高价走私,林麝的人工养殖已成为提供天然麝香的最有效途径。
本文对全国的林麝养殖的发展历程和研究现状,做了简要的回顾,并对林麝养殖产业的经济效益进行了探析,最后对林麝的繁殖养育提出了合理化的建议。
麝是我国重要的药用动物,其分泌物——麝香用途广泛,可作为香料和中成药原料,具有重要的经济和药用价值。
目前,我国养殖3 种麝,即林麝(Moschus berezovsk ii)、马麝(M.chrysogaster)和原麝(M.m oschiferus),其中林麝为重要养殖种,林麝的饲养量占全国总饲养量的86.8%(徐正强等,2023)。
林麝(Moschus berezovsk ii)从属于麝科Moschidae 麝属M oschus,别名香獐、麝鹿、林獐等,2023年10月24日经国务院批准,由国家Ⅱ级重点保护野生动物调整为国家Ⅰ级重点保护野生动物。
目前,全国养殖林麝的省份重要是陕西和四川。
麝是珍稀名贵的经济兽类,其所产麝香的应用价值至今无可替代,而林麝养殖是经济效益、药用效益俱佳的产业。
因此,加大科研力度,尽快解决制约其发展的技术难题,以实现产业化养殖,是满足麝香的市场供应和需求的主线途径,具有重要的现实意义。
一、林麝养殖的发展历程和研究概况(一)林麝的资源价值林麝所产的麝香,是我国名贵的传统动物中药材,近代科学研究及临床医学证明麝香具有消炎、抑菌、抗肿瘤之功效,对动物的中枢神经系统、心血管系统和泌尿生殖系统具有一定的药理作用。
此外,麝香作为香料珍品历史悠久,麝香具有独特、柔和而幽雅的香气,它的扩散和透发力极强,具有良好的提香作用和极佳的定香能力,它是最适宜于调制各类高级香水的动物性香料。
据北京中经纵横经济研究院(2023)的预测报告显示,我国对麝香的需求量在2023年至2023年期间始终成上升趋势。
林麝养殖可行性研究报告
林麝养殖可行性研究报告概述林麝是一种珍稀的野生动物，主要分布在中国和东南亚地区。
由于栖息地的破坏和非法捕猎，林麝的数量日益减少，面临濒危的威胁。
为了保护这一物种，人工养殖林麝的可行性成为关注的焦点。
本报告将探讨林麝养殖的可行性，包括市场需求、技术要求和经济效益等方面。
市场需求林麝的肉和麝香是市场上的高价值产品，被广泛应用于医药、香料和化妆品等行业。
由于野生林麝的数量稀少，其价格也居高不下。
因此，人工养殖林麝可以满足市场对林麝产品的需求，同时减少对野生资源的压力。
对于养殖企业来说，通过合理的市场定位和品牌推广，林麝养殖业有望取得可观的经济效益。
技术要求林麝是一种较为难养的野生动物，其繁育和饲养需要一定的技术和设施支持。
养殖场需要提供适宜的栖息环境，包括控制温度、湿度和草木气味等因素，以模拟野生环境。
此外，合理的饲养管理也是成功养殖的关键，包括饲料配方、饲喂频率和疾病防控等方面。
尽管林麝养殖存在一定的技术难题，但随着相关研究的进展，养殖技术已经逐渐成熟。
生态保护人工养殖林麝不仅可以满足市场需求，还可以推动生态保护工作的开展。
通过养殖林麝，可以减少对野生林麝的依赖，从而减少非法捕猎和栖息地破坏的现象。
此外，养殖场也可以为保护野生动物提供一个良好的观赏和教育的场所，促进公众对生态保护的关注。
通过与相关机构的合作，人工养殖林麝将在保护生态平衡和物种多样性方面发挥积极的作用。
经济效益从经济角度来看，林麝养殖具有较高的盈利潜力。
根据市场需求和价格波动，林麝养殖企业可以利用养殖产出，获得较高利润。
此外，养殖场还可以开展相关旅游和观光等业务，进一步增加收入来源。
然而，需要注意的是，养殖企业在盈利的同时应注意生态环境的保护，避免给周边环境带来负面影响。
结论综上所述，林麝养殖具有较高的可行性。
通过满足市场需求、遵循科学的养殖技术和促进生态保护，林麝养殖业可以成为一项具有良好发展前景的产业。
政府和养殖企业应共同努力，加强研究与合作，推动林麝养殖业的可持续发展，同时保护野生林麝的生存环境。
林麝粪便中类固醇激素的提取方法[发明专利]
![林麝粪便中类固醇激素的提取方法[发明专利]](https://img.taocdn.com/s3/m/367db0fd0408763231126edb6f1aff00bed570ac.png)
(10)申请公布号(43)申请公布日 (21)申请号 201510031151.8(22)申请日 2015.01.21C07J 5/00(2006.01)C07J 1/00(2006.01)C07J 75/00(2006.01)(71)申请人北京林业大学地址100083 北京市海淀区清华东路35号北京林业大学(72)发明人王毅花 刘树强 周俊彤 葛兴芳胡德夫(74)专利代理机构北京纪凯知识产权代理有限公司 11245代理人关畅 任凤华(54)发明名称林麝粪便中类固醇激素的提取方法(57)摘要本发明公开了林麝粪便中类固醇激素的提取方法。
本发明所提供的动物粪便中类固醇激素的提取方法，包括用提取液浸提所述动物粪便得到含有所述类固醇激素的浸提液的步骤；所述提取液为乙醇水溶液、甲醇水溶液、乙醇或甲醇；所述乙醇水溶液中乙醇的体积百分比浓度为大于等于60％小于100％；所述甲醇水溶液中甲醇的体积百分比浓度为大于等于60％小于100％；所述类固醇激素为皮质醇、雌二醇和睾酮中的全部或两种或一种。
实验证明，可以利用本发明的林麝粪便中类固醇激素的提取方法从林麝粪便中提取类固醇激素，最佳提取液为90E(体积百分比浓度为90％的乙醇水溶液)。
(51)Int.Cl.(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请权利要求书1页 说明书12页 附图2页(10)申请公布号CN 104558084 A (43)申请公布日2015.04.29C N 104558084A1.动物粪便中类固醇激素的提取方法，包括用提取液浸提所述动物粪便得到含有所述类固醇激素的浸提液的步骤；所述提取液为乙醇水溶液、甲醇水溶液、乙醇或甲醇；所述乙醇水溶液中乙醇的体积百分比浓度为大于等于60％小于100％；所述甲醇水溶液中甲醇的体积百分比浓度为大于等于60％小于100％。
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述类固醇激素为皮质醇、雌二醇和睾酮中的全部或两种或一种。
林麝粪便细菌多样性研究
(2):A g ricultural U niversity D01: 10. 11841/j. i ssn. 1007-4333. 2016. 02. 12林爵粪便细菌多样性研究杨营2摘要2 : 8的饲粮，收集其新鲜粪便，提驭其总D NA，然后用16S rl<NA细茵通用引物进行PCl<扩增，并用lllumina)借助Il111mina Miseq25ClPE洲序平台对样品进行现l序，共获得8.')cl川条有效序列，5l:i3个有效。
TUo(35. 6%::5，其总和达到茵群相对含量的94.1%;将其进一步分为240个茵属，其中18个为共享茵属，拟杆菌目('(16.5%:::!:10.2川)、瘤胃茵科(' Rllminococcaceae) (14. 7 %:::!:13. 8 %)和才发(U. 7 %::3. �) %)含量相对较高。
3)OTUs稀释关键词林康;茵群结构;OTU稀释曲线;共享茵群中图分类号S 865.4 1 文章编号1007-4333 (2016) 02-01 00-07 文献标志码 AExploring the diversity of musk deer fecal bacterial communityZHOU Mei-li'， WANG Li-zhi" ， YAN Tian-hai'， YANG Ying2， XU Qin'， WANG Ji-wen'， GUO Wei'(1. Institute 01 Anlmal Nutritlo门，Slchuan Agricultural Univ巳rsity，Key Laboratory lorAnlmal Dlsease-Reslsta门ce Nutntlon 01 Mi门Istry01 Education， an 625014， Chl门a，2. Sichuan Institute 01 Musk Deer Breeding， Dujlangya门611800，Chlna)Abstract To i门vestigate the diversity 01 the male musk deer hindgut bacterial communlty， h ealthy musk deer (门二6;23 years 01 were led u四ng the dlet co门sisting01 20% concentrate a门d80% roughage ad libitum. T hen wesampled Ilesh leces and extracted total DNA. The universal bacterial pnmers were used to ampllly the V4-V5 reglon 01 16S rRNA genes. We identilied and characterized the overall lecal bacteria composition by all musk deer using the 16S rRNA high-throughput sequenclng on the Illumlna Miseq seque们CI门9platform. R esults showed that the sequenclng data exhibited that the overall number 01 OTUs and valid reads using the Miseq sequencing 01 16S rRNA gene reached 5 133 OTUs (similarity二三97%) and 85 091 reads， r espectively. I n total， 23 phyla were detected in the samples. Among them， the Firmicutes (51. 1%:t 19. 9%). Bacteroidetes (35. 6% :t 15. 5%儿呢Unassigned(2. 2% :t 1. 0%) a们d Proteobacteria(5. 2 %土5.6%)were the domina门t phyla which co们sisted94. 1%01 the overall bacteria community. A t the genus level ，240 genera could be lound In all samples or part 01 samples. Amo门9ge口era，the 18 shared ge口era were present in all lecal samples， and the卡Bacteroidales(16.5%士10.2%)、Ruminococcaceae(14.7%士13.8%)、(13.7 %:t 3. 9%the predominant shared genera. T he OTU rarelactlon curves didn' t reach the 收丽日期:2015-04-03E-mail: w*******************第2期1ü1saturatio口plateau i口the samples rellecting there were 门ot enough coverage estimations. F urtherr口ore，UPGMA analysis 01 the samples showed that the similanty 01 B a门d E、C and F bacteria communitles were the hlghest. Therelo阻，our research revealed that hmdgut bacterla communities Irom healthy musk deer led usi门9the basal dlet were classilied 23 phyla. A mo门9them， Firmicutes， Bacteroidetes and Proteobacteria were regarded as the domina门t hindgut bacteria phyla. F urther ge口us-Ievel analysis showed that 240 genera were discovered across all stool samples， 18 genera 01 which were common bacteria communities. The similarity 01 hi门dgut bacteria distribution among dillerent musk deer was relatively high， which was also similar with the dominant hi们dgut bacteria communities from the other herbivores. Keywords musk deer; structure 01 bacteria commu门ity;OTU rarefactlon curve; shared bacteria community 林庸(Mo schus berezovsk ii ) ，又名香猎、林璋、主要分布于巾国西南部，是我国一级重点野生保护庸疾病发生率非常高4，其中尤其以细菌感染所引:研究了12个林扉死亡的例，其中有9例均为细菌感染，比例高达75%。
16SrDNA高通量测序技术分析油藏微生物多样性
16S rDNA高通量测序技术分析油藏微生物多样性*许颖1,2**马德胜1,2宋文枫1,2魏小芳1,21中国石油勘探开发研究院北京1000832提高石油采收率国家重点实验室北京100083摘要本研究以16S rDNA为分子标记，通过高通量测序技术对三口采油井的油藏微生物多样性进行了全面和深入的分析。
对三个DNA样本中细菌16S rDNA的PCR扩增产物进行高通量测序，得到123,360条优化序列，测序深度指数超过99.9%。
根据序列相似性进行聚类分析，得到139个OTU。
基于OTU的物种分类分析发现三个样本中的细菌种类覆盖91个属、29个纲和20个门，其中包括多种采油有益菌。
分别对各个样本的菌种组成和相对丰度进行分析，发现不同采油井的主要菌种组成和优势类群呈现出差异性。
结果表明，16S rDNA高通量测序能更加全面、准确和深入地反映油藏微生物多样性情况，为微生物采油技术提供有用和必要的背景信息。
图6表1参27关键词油藏；微生物多样性；16S rDNA；高通量测序CLC TE357收稿日期Received: 接受日期Accepted:*中国石油天然气股份有限公司科技攻关专项（2014A-1006）Supported by CNPC Programs f or Science and Technology Development (2014A-1006).**通讯作者Correspondingauthor(E-mail:*************************.cn)16S rDNA-assisted analysis of microbial diversity in oil reservoirs by NGS*XU Ying 1,2**, MA Desheng1,2, SONG Wenfeng1,2& WEI Xiaofang1,21PetroChina Research Institute of Petroleum Exploration & Development, Beijing 100083, China2State Key Laboratory of Enhanced Oil Recovery, Beijing 100083, ChinaAbstractObjectives:Indigenous microbial community in oil reservoirs has great influenceon the application ofmicrobial enhanced oil recovery technology (MEOR). This paper aims to obtain accurate information about microbial diversity in oil reservoirsby the aid of a recently developed next generation sequencing technology(NGS). In this study, NGSand application of 16S rDNA molecular marker were combined.Methods:Total DNA of three samples was extracted separately, followed by amplification of bacterial 16S rDNA fragment. PCR productswere sequenced on the Illumina Miseq platform.Sequencing datasetwith high quality was collected for further analysis. Identification of bacteria at different taxonomic levels was performed basedon the result of blast against annotated16S rDNA database. Microbial diversity ineach samplewas analyzed separately and comparison among them was alsoperformed.Results: 123,360 16S rDNA sequences with high quality were obtained and thesequencing coverage was more than 99.9%. These sequences were clustered into 139 OTUs. Bacterial species detected in these samples covered 91 genera, 29 classes and 20 phyla, including many groups beneficial for MEOR.Bacteria(e.g.,Arcobacter, Pseudomonas and Acinetobacter)that can utilize petroleum hydrocarbons as sole carbon sources were detected,eventhose with extremely low abundance.Moreover, the analysis of microbial community structure for each sample showeddifferentpatterns ofcomposition characteristicsand dominant groups.Conclusions:The results indicate that analysis basedon high-throughput sequencing data of 16S rDNA fragments is powerful in reflecting microbial community structure accurately and provides more information for MEOR compared to traditional methods.Keywords oil reservoirs; microbial diversity; 16S rDNA; high-throughput sequencing/ next generation sequencing (NGS)油藏环境是一种独特的生态环境，其中存在着丰富的微生物资源[1-3]。
《2024年基于高通量测序技术的塞罕坝人工林细菌群落多样性和功能特征分析》范文
《基于高通量测序技术的塞罕坝人工林细菌群落多样性和功能特征分析》篇一一、引言塞罕坝人工林作为我国北方重要的生态屏障，其生态系统健康与稳定对于维护区域生态平衡具有重要意义。
近年来，随着微生物生态学研究的深入，细菌群落在森林生态系统中的作用逐渐受到关注。
高通量测序技术的快速发展为研究森林中细菌群落多样性和功能特征提供了新的手段。
本文基于高通量测序技术，对塞罕坝人工林细菌群落多样性及功能特征进行分析，以期为该地区生态系统的保护和恢复提供科学依据。
二、材料与方法1. 样品采集本研究在塞罕坝人工林内选取具有代表性的样地，根据不同的林龄、海拔、坡度等条件，共采集土壤样品X个。
每个样品采集时均遵循无菌操作原则，以确保数据的准确性。
2. 高通量测序采用高通量测序技术对样品中的细菌群落进行测序。
首先提取样品中的细菌DNA，然后构建细菌16S rRNA基因文库，通过高通量测序仪进行测序。
3. 数据处理与分析对高通量测序数据进行质量控制、OTU聚类、物种注释等处理。
运用生物信息学软件及R语言进行群落结构、多样性、共现网络等分析。
三、结果与分析1. 细菌群落组成与多样性通过对高通量测序数据的分析，发现塞罕坝人工林中的细菌群落主要由变形菌门（Proteobacteria）、酸杆菌门（Acidobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）等组成。
不同林龄、海拔、坡度等条件下，细菌群落组成存在显著差异。
同时，塞罕坝人工林中的细菌群落具有较高的多样性，包括丰富的物种类型和个体数量。
2. 共现网络分析基于OTU之间的共现关系，构建了塞罕坝人工林细菌群落的共现网络。
结果表明，不同细菌物种之间存在复杂的共存和互作关系。
在共现网络中，部分关键物种可能具有重要的生态功能，如影响土壤养分循环、有机物分解等过程。
3. 功能特征分析根据物种注释结果，分析了塞罕坝人工林中细菌群落的功能特征。
结果表明，不同细菌群落在碳、氮、硫等元素循环过程中发挥重要作用。
两种方法从林麝粪便提取DNA效率及分析
组 ２ ｄ和 ４ ｄ与 ０ ｄ相 比较 ＤＮＡ 水 平 显 著 上 升 ，６ ｄ与 ０ ｄ没 有 显 著 差 异 ；对 照 组 仅 在 ２ ｄ提 取 的 ＤＮＡ 水 平 上
升 ，而 ４ ｄ和 ６ ｄ显 著下 降 到 ０ ｄ的 水 平 。 以对 照 组 为参 照 ，两 组 各 时 间 点 相 比 ，试 验 组 获 得 的 ＤＮＡ 水 平 显 著
摘 要 采 集 林 麝 ＤＮＡ 样 本 获 得 快 捷 、有 效 的 ＤＮＡ提 取 方 法 是 其 分 子 标 记 ，良种 遗 传 选 育 的 分 子 基 础 。 以
林 麝 粪 便 为 研 究 对 象 ，用 常 规 和改 良的 方 法 比较 提 取 林 麝 粪 便 ＤＮＡ 的 效 率 ，两 种 方 法 Leabharlann 别 设 为 对 照 组 和 试
养殖 技 术 的关 键 环 节 。林 麝 天 性 胆 小 ，任何 人 为 干扰 都会 造 成应 激 ，可能 会影 响林 麝 生 产性 能 ｌ３］。 自然 掉 落 的 毛发 和粪 便 是 提 取 ＤＮＡ 常 用 样 本 ， 但林 麝 自然 掉 落 的 毛 发 没 有 毛囊 ，影 响 ＤＮＡ 获 得效 率 。如要 获 得 带 有 毛囊 的毛 发 ，这 就需 要 对 林麝 进 行抓 捕拔 毛 ，但 这会 对 其 造 成 不 必 要 的 应 激反 应 ＿４ ］。粪 便 是林 麝 的排 泄物 ，可 在不 干 扰 林 麝 自身 活动 的条 件 下获 得样 本 。野 生林 麝粪 便 采 集 同样 是种 质 资 源监 控 和保 护 的 一部 分 ，野 生 林 麝粪 便 采集 困难 ，新 鲜粪 便 的采 集 就更 难 。粪 便 排泄 后 多长 时 间能有 效 提取 ＤＮＡ，这 是 本研 究 工 作之 一 。传 统粪 便 ＤＮＡ 提取 采 用 商 品化 的 专 用 提取 试 剂 盒 进行 ｜ｌ６］。这 种方 法 获 取 ＤＮＡ 的成 本 高 ，不利 于 大量样 品分析 。本研 究改 进 原有 方法 ， 结合 普 通 细胞 ＤＮＡ 提 取 试 剂 盒 进 行 提 取 ，比 较 和 探索 两种 方法 提 取林 麝 粪 便 ＤＮＡ 以及 粪 便 排 泄 后不 同 时 间 ＤＮＡ 提 取 效 率 ，为 后 续 林 麝 遗 传
两种方法从林麝粪便提取DNA效率及分析
两种方法从林麝粪便提取DNA效率及分析唐婕;李晶晶;王波;索丽娟;李斐然;刘文华;王艳;严兴荣【摘要】采集林麝DNA样本获得快捷、有效的DNA提取方法是其分子标记,良种遗传选育的分子基础.以林麝粪便为研究对象,用常规和改良的方法比较提取林麝粪便DNA的效率,两种方法分别设为对照组和试验组.采集林麝粪便后分别在空气暴露0、2、4、6d.用对照组和试验组两种方法提取粪便DNA,以林麝GAPDH为目的基因,用PCR方法扩增样本.琼脂糖凝胶电泳分离DNA目的条带,以空气暴露0d的粪便DNA条带光密度值为参考,2、4、6d粪便DNA条带光密度值与0d进行比较获得相对光密度值.结果发现,随着时间延长,林麝粪便逐渐失去光泽,表面粗糙;对照组和试验组两种方法均能有效提取林麝DNA.试验组2d和4d与0d相比较DNA水平显著上升,6d与0d没有显著差异;对照组仅在2d提取的DNA水平上升,而4d和6d显著下降到0d的水平.以对照组为参照,两组各时间点相比,试验组获得的DNA水平显著高于对照组.研究结果表明,试验组提取DNA的方法可显著提高林麝粪便DNA的获得率.%Molecular markers is a quick and efficient method for collecting forest musk deer DNA,and is also the fundament for selection of improved varieties.In this study,feces of forest musk deer was used as object,efficiency of DNA extraction from feces of forest musk deer was compared between normal and improved methods,and two methods were used as control and treated group,respectively.The feces were exposed for 0 d,2 d,4 d,6 d after it was collected from forest muskdeer.Two methods with control and treated group were carried out to extract feces DNA,and PCR was used to amplify samples by primer of GAPDH in forest musk deer.Target DNA fragment was separated byagarose gel electrophoresis.Optical density of DNA sample from feces exposed in air for 0 d for reference,and relative optical density was obtained by comparing optical density from that of 2 d,4 d and 6 d with that of 0 d.The results showed that feces were gradually tarnished and roughened with timedependant.DNA was efficiently extracted from forest musk deer feces by both methods in control and treated groups.In treated groups,DNA level significantly increased by comparing 2 d and 4 d with 0 d,and there was no difference at 6 d,compared with 0 d;in control group,DNA level was only obviously elevated at 2 d,compared with 0 d,and DNA level at 4 d and 6 d was declined to that of 0 d.With control groups used as reference,DNA level from treated group was significantly higher than that of control group at all time points.The results demonstrated that DNA could be efficiently obtained from forest musk deer feces from treated groups,which would provide the basis for molecular marker and breeding in forest musk deer.【期刊名称】《西北农业学报》【年(卷),期】2018(027)003【总页数】5页(P326-330)【关键词】林麝;DNA;粪便【作者】唐婕;李晶晶;王波;索丽娟;李斐然;刘文华;王艳;严兴荣【作者单位】陕西省动物研究所,西安710032;秦岭珍稀濒危动物保育重点实验室,西安710069;西北大学生命科学学院,西部资源与生物技术教育部重点实验室,西安710069;秦岭珍稀濒危动物保育重点实验室,西安710069;西北大学生命科学学院,西部资源与生物技术教育部重点实验室,西安710069;秦岭珍稀濒危动物保育重点实验室,西安710069;陕西省动物研究所,西安710032;秦岭珍稀濒危动物保育重点实验室,西安710069;陕西省动物研究所,西安710032;秦岭珍稀濒危动物保育重点实验室,西安710069;陕西省动物研究所,西安710032;秦岭珍稀濒危动物保育重点实验室,西安710069;陕西省动物研究所,西安710032;秦岭珍稀濒危动物保育重点实验室,西安710069;西北大学生命科学学院,西部资源与生物技术教育部重点实验室,西安710069;秦岭珍稀濒危动物保育重点实验室,西安710069【正文语种】中文【中图分类】S865.4+1;Q523野生动物是维持全球生物多样性的重要组成部分，对野生动物的保护也成为中国一项基本国策。
高通量测序分析红棕紫泥土土壤细菌多样性
高通量测序分析红棕紫泥土土壤细菌多样性王谢;张建华;庞良玉;林超文;唐甜;许文志;杨育林;向成华【摘要】[目的]通过研究四川盆地丘陵区红棕紫泥土壤细菌群落结构,从而了解区域土壤健康状况、发挥土壤潜在肥力和提升区域农林产品质量.[方法]本文以四川资阳土壤保护站坡耕地的红棕紫泥土为研究对象,利用16S扩增子高通量测序技术获取其土壤细菌群落结构特征.[结果]检测到的土壤细菌种类占所有分类物种的11.39％,Chao指数和Simpson多样性指数分别为2738.54种和0.99.所有样品中都检测到序列分属于25个细菌的大类,且以变形菌门细菌为第一优势菌群,其下β-变形菌纲、γ-变形菌纲、α-变形茵纲和8-变形菌纲细菌的相对丰度分别为17.29％、13.16％、11.92％和6.86％.其次,酸杆菌门和拟杆菌门细菌为第二优势菌群,其相对丰度分别为11.55％和10.87％.[结论]红棕紫泥土土壤细菌种类复杂、多样,且优势类群明显.%[Objective] Red-brown purple soil is one of the main type soils of sloping farmland in the hilly areas of Sichuan.Understanding of the bacteria community structure of red-brown purple soil,could help us to gain a better understanding of soil health,increase soil fertility and improve the quality of regional agricultural and forestry products,and will provide important reference basis for the sustainable use offarmland.[Method] The bacteria community structure of red-brown purple soil red-brown purple soil of sloping farmland was studied by highthroughput sequencing of 16s rDNA.[Result] There were 11.39 ％ of all classified sequences of bacteria detected in re.d-brown purple soil.Chaos index and Simpson diversity index were 2738.54 and0.99,respectively.Sequences were detected in all samples belonging to 25bacterial categories,and dominated by Proteobacteria bacteria.Among the proteobacteria,the relati ve abundance of β-proteobacteria,γ-proteobacteria,α-proteobacteria and δ-proteobacteria were17.29 ％,13.16 ％,and 6.86 ％ respectively.Acidobacteria and bacteroidetes were the second dominant groups of bacteria in red-brown purple soil,and their relative abundances were 11.55 and 10.87,respectively.[Conclusion] Our study revealed an extensive diversity of soil bacteria in red-brown purple soil.【期刊名称】《西南农业学报》【年(卷),期】2018(031)003【总页数】4页(P557-560)【关键词】丘陵;紫色土;坡耕地;细菌多样性;土壤生物【作者】王谢;张建华;庞良玉;林超文;唐甜;许文志;杨育林;向成华【作者单位】四川省农业科学院土壤肥料研究所,四川成都610066;四川省农业科学院土壤肥料研究所,四川成都610066;四川省农业科学院土壤肥料研究所,四川成都610066;四川省农业科学院土壤肥料研究所,四川成都610066;四川省农业科学院土壤肥料研究所,四川成都610066;四川省农业科学院土壤肥料研究所,四川成都610066;四川省林业科学研究院,四川成都610081;四川省林业科学研究院,四川成都610081【正文语种】中文【中图分类】S155.2+5【研究意义】土壤微生物在农业生态系统中营养元素循环、有机物质的形成和分解、土壤肥力的保持和提高、生态环境改善、植物生长发育的调节、作物病虫害防治等方面起着极其重要的作用[1]。
利用Illumina MiSeq测序平台分析野生树鼩粪便微生物多样性
利用Illumina MiSeq测序平台分析野生树鼩粪便微生物多样性张飞燕;金洁;马玉华;王芸;张庆宇;赵玲;邬继文;吕龙宝【摘要】目的应用高通量测序技术分析野生树鼩粪便菌群的结构与组成,为进一步开发利用这种新型实验动物奠定基础.方法在云南昆明野外捕捉3只野外成年雄性树鼩,采取粪便,用细菌16SrRNA通用引物扩增V3～V4区,采用Illumina MiSeq 测序平台对树鼩粪便微生物进行研究.结果共测序获得181657条有效序列与624个OTU,shannon稀释曲线证明此次测序量能够覆盖样本中的绝大部分物种.树鼩粪便中的细菌共鉴定出9个门、17个纲、31个目、56个科、124个属和172个种.其中,(1)优势门是厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes),分别为68.38％和20.52％;(2)丰度最高的纲为为芽孢杆菌纲(Bacilli)54.81％和拟杆菌纲(Bacteroidia)20.52％;(3)乳杆菌目(Lactobacillales)和拟杆菌目(Bacteroidales)的丰度最高,为50.01％和20.52％;(4)优势菌科为链球菌科(Streptococcaceae)和普雷沃氏菌科(Prevotellaceae),为40.52％和12.13％;(5)乳杆菌属(Lactobacillus)和链球菌属(Streptococcus)的丰度最高,分别为20.03％和19.62％;(6)有益菌群如乳酸杆菌属、乳球菌属丰度相对较高,双歧杆菌属丰度较低,但在所检测样本中都含有;(7)16 s功能预测发现:氨基酸转运与代谢、碳水化合物转运与代谢等功能丰度较高.结论应用高通量测序技术,第一次较全面的检测了野生树鼩粪便菌群,野生树鼩粪便细菌组成具有丰富的多样性,其中还有许多未被分类鉴定且相对丰度较高的细菌,需要进一步研究.【期刊名称】《中国实验动物学报》【年(卷),期】2018(026)006【总页数】7页(P786-792)【关键词】野生树鼩;粪便;高通量测序;优势菌群【作者】张飞燕;金洁;马玉华;王芸;张庆宇;赵玲;邬继文;吕龙宝【作者单位】中国科学院昆明动物研究所,昆明 650000;中国科学院昆明动物研究所,昆明 650000;中国科学院昆明动物研究所,昆明 650000;中国科学院昆明动物研究所,昆明 650000;中国科学院昆明动物研究所,昆明 650000;中国科学院昆明动物研究所,昆明 650000;中国科学院昆明动物研究所,昆明 650000;中国科学院昆明动物研究所,昆明 650000;中国科学院昆明灵长类研究中心,昆明 650223【正文语种】中文【中图分类】Q95-33随着生物医学、药学及生命科学的诸多研究领域发展，灵长类动物模型是跨越基础和临床研究之间所必需的、有时甚至是唯一的桥梁。
中国圈养麝内寄生虫感染情况调查
中国圈养麝内寄生虫感染情况调查蔡永华;林海;程建国;王宇;付文龙;朱萍;吴杰;杨光友【摘要】为了掌握我国圈养麝内寄生虫感染情况,为圈养麝内寄生虫病防控技术的研究提供科学依据.本研究抽样采集圈养麝新鲜粪样,采用循序沉淀法、离心漂浮法和贝尔曼法进行粪样中寄生虫虫卵(或卵囊)和幼虫的检查.从四川、陕西、甘肃和湖北等地24个养麝场中抽样采集了1049只麝的新鲜粪样,共查到9种(类)寄生虫虫卵(或卵囊)和幼虫,总阳性率为71.21％.其中,球虫Eimeria sp.卵囊阳性率达44.61％,卵囊密度(OPG)为800～54 400;线虫卵(未定科属)阳性率次之,为11.73％,虫卵密度(EPG)为300～ 18 700;而肺线虫(网尾属Dictyocaulus sp.)幼虫、毛细线虫Capillaria sp.卵、毛圆线虫Trichostrongyloides sp.卵、食道口线虫Oesophagostmum sp.卵、绦虫Anoplocephalidae sp.卵、类圆线虫Strongyloides sp.卵和毛首线虫(鞭虫Trichuris sp.)卵的阳性率分别为6.01％、2.00％、1.81％、1.53％、0.95％、1.24％和1.33％.调查表明我国圈养麝感染的内寄生虫种(类)多,感染率较高,其中以球虫和线虫感染情况最严重.【期刊名称】《四川动物》【年(卷),期】2016(035)001【总页数】4页(P74-77)【关键词】圈养麝;内寄生虫;感染;调查【作者】蔡永华;林海;程建国;王宇;付文龙;朱萍;吴杰;杨光友【作者单位】四川养麝研究所,四川都江堰611830;四川农业大学动物医学院,成都611130;四川养麝研究所,四川都江堰611830;四川农业大学动物医学院,成都611130;四川养麝研究所,四川都江堰611830;四川养麝研究所,四川都江堰611830;四川养麝研究所,四川都江堰611830;四川农业大学动物医学院,成都611130【正文语种】中文【中图分类】Q959.8;Q958.9麝是亚洲特产的动物，属偶蹄目Artiodactyla麝科Moschidae麝属Moschus，我国分布有林麝Moschus berezovskii、马麝M. sifanicus、原麝M. moschiferus、黑麝M. fuscus、喜马拉雅麝M. leucogaster和安徽麝M. anhuiensis共6种，均已被列为我国Ⅰ级重点保护动物(吴家炎，王伟，2006；宋兴超等，2008；吴民耀等，2011；Huang et al.，2013)。
林麝分子遗传学研究进展
林麝分子遗传学研究进展林麝是目前养殖规模较大、数量最多的麝科动物之一，雄麝能分泌名贵中药材麝香，具有很高的药用价值和经济价值，由于栖息地的丧失及乱捕乱猎，该物种野生种群数量及分布范围已急剧减少。
因此，深入了解林麝分子遗传学相关研究，能为林麝遗传资源保护和遗传选育工作奠定坚实的基础。
该文综述了近年来有关林麝分子标记、遗传分类、人工繁育、泌香性能、疾病等方面的分子遗传学研究进展，以期为后续的分子遗传工作提供一定的理论依据。
标签：林麝；分子遗传学；分子标记；人工繁育；泌香林麝Moschusberezovskii又名麝鹿、香獐，属偶蹄目Artiodactyla、麝科Moschidae、麝属Moschus，是目前养殖规模较大、数量最多的麝科动物之一。
雄麝香腺分泌的外激素——麝香在传统中药领域发挥着重要的作用[1-2]。
由于国际香料市场和医疗行业对麝香需求量的大增，人类“杀麝取香”和对其栖息地的严重破坏，已使该物种野生种群数量急剧减少，现存麝类已面临濒危。
目前，林麝已被列人CITES附录Ⅰ中，《中国濒危动物红皮书》将麝列为濒危或易危动物[3]。
我国1988年颁布的野生动物保护法将林麝列为国家二级保护动物，2002年又将其提升为一级保护动物。
麝的珍贵引起了许多生物学工作者的浓厚兴趣，在林麝的生态学[4]、行为学[5]、分类学[6]、生理学[7]以及麝香的药理学与临床应用[8]等方面开展了积极的探索。
近年来，随着现代生物技术的不断发展，细胞生物学、分子生物学等新兴生物技术开始被不断地运用到林麝遗传育种工作中，为林麝的育种保护工作注入新的活力。
其中，以新兴发展起来的分子遗传标记技术最引人注目，分子遗传标记的出现使基于此类标记的选择育种技术有了实现的可行性，显现出了巨大的应用潜力。
当前，分子遗传标记在林麝遗传育种中的应用主要体现在遗传分类、人工繁育、泌香、疾病等方面。
本文就分子遗传学在林麝研究中的应用现状做一综述，并对后期研究进行了展望，以期为提高林麝的生产性能提供参考。
关于林麝分期伺喂的研究
关于林麝分期伺喂的研究牛、羊，鹿和麝等均系反刍动物，具有复胃，不同于单胃动物。
反刍动物具有容积较大的瘤胃、网胃、瓣胃和真胃，这四个部分总称为复胃。
反刍动物采食饲料后通常不经充分咀嚼，在口腔中同大量唾液混合吞咽进入瘤胃。
瘤胃内容物含水分80～90%左右，内容物因胃壁的周期性收缩而使之不断地顺着收缩方向移动和混合。
瘤胃中经过软化和浸润的饲料经逆呕返回口腔细细地咀嚼，同时混合唾液，然后再次吞咽，这是反刍动物消化饲料所特有的现象。
反刍动物的蛋白质营养，主要是瘤胃中微生物体蛋白质的营养，这是反刍动物蛋白质营养的特点。
反刍动物瘤胃中有大量的微生物和纤毛虫。
据测定中国林麝每g瘤胃内容物中约有30～43亿个嫌氧菌；每g瘤胃内容物中约有42～64万个纤毛原虫。
当饲料进入瘤胃后，由于细菌的作用，使蛋白质分解为肽、氨基酸和氨，细菌又利用这三种物质合成菌体蛋白质。
试验证明，绵羊由瘤胃转移到真胃的蛋白质中，约有82%属于菌体蛋白质，这就表明饲料中的蛋白质在瘤胃内已经大部分转化为细菌蛋白质，尚未转化的饲料蛋白质随同瘤胃中的细菌一起进入真胃，继续进行消化。
林麝瘤胃中的纤毛原虫需要有多耱、淀粉和纤维素作为碳源，需要饲料的蛋白质作为氮源，以供给生活和繁殖之用。
当碳源和氮源供给充足时，纤毛虫的数量增多，可以将植物性蛋白质转变为菌体蛋白质，即变成动物性蛋白质，这一点与细菌是不相同的。
细菌可以利用氨化物中的氮，而纤毛原虫则没有利用氨化物中氮的能力。
仅用小麦秸喂绵羊，每1ml瘤胃液中含有10万个纤毛原虫，加喂含蛋白质较多的苜蓿干草时，则每1ml瘤胃液中纤毛原虫数增加到20～50万个。
如再加喂玉米粉，纤毛原虫数目可增到200万个。
据测定．绵羊瘤胃内容物的氮素含量中，有10～20%属于纤毛原虫。
这些纤毛原虫在消化过程中，进入到瓣胃时已被分解，随着被消化为动物机体所吸收。
由于纤毛原虫活动的结果，改善了饲料蛋白质的营养价值。
因此，纤毛原虫对于反刍动物蛋白质代谢具有十分重要的意义。
《2024年内蒙古三种草原类型土壤中固氮菌群多样性分析及其分离鉴定》范文
《内蒙古三种草原类型土壤中固氮菌群多样性分析及其分离鉴定》篇一一、引言内蒙古地区是我国草原资源的重要区域，其多样的气候和地理环境孕育了不同类型的草原生态系统。
固氮菌群作为土壤微生物的重要组成部分，对于提高土壤肥力和维护生态平衡具有重要作用。
本文旨在分析内蒙古三种草原类型土壤中固氮菌群的多样性，并对分离出的固氮菌进行鉴定，以期为内蒙古地区草原生态系统的保护和可持续发展提供科学依据。
二、研究区域与样品采集本研究选取了内蒙古地区的三种典型草原类型，分别为温带草原、典型草原和荒漠草原。
在每个类型的草原中，分别设置采样点，并按照标准方法采集土壤样品。
采集的土壤样品经过筛选、处理后，用于后续的固氮菌群分析和分离鉴定。
三、实验方法1. 固氮菌群多样性分析采用PCR扩增、高通量测序等技术手段，对三种草原类型土壤中的固氮菌群进行多样性分析。
具体步骤包括DNA提取、PCR 扩增目标片段、构建测序文库、上机测序等。
2. 固氮菌的分离与纯化采用选择性培养基法，从土壤样品中分离出固氮菌，并进行纯化。
通过观察菌落的形态特征、生理生化反应等，初步鉴定分离出的固氮菌。
3. 固氮菌的鉴定对分离出的固氮菌进行分子生物学鉴定。
采用16S rRNA基因序列分析等方法，对菌株进行分类和鉴定。
同时，通过测定菌株的固氮酶活性等指标，评估其固氮能力。
四、结果与分析1. 固氮菌群多样性分析结果通过对三种草原类型土壤中的固氮菌群进行高通量测序，共获得大量序列数据。
经过生物信息学分析，发现温带草原、典型草原和荒漠草原的固氮菌群具有不同的物种组成和结构特点。
其中，温带草原的固氮菌群物种丰富度较高，而荒漠草原的固氮菌群则以耐旱、耐盐碱的菌种为主。
2. 固氮菌的分离与纯化结果通过选择性培养基法，成功从三种草原类型土壤中分离出多种固氮菌。
纯化后的菌株在形态特征、生理生化反应等方面表现出一定的差异，初步表明这些菌株可能属于不同的物种。
3. 固氮菌的鉴定结果通过16S rRNA基因序列分析和固氮酶活性测定，对分离出的固氮菌进行了鉴定。
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动物营养学报2016，28（2）：477-
484C hi ne s e J our nal of A ni m al N ut r i t i on d o i ：10.3969/j .i ssn .1006-267x.2016.02.021高通量测序分析人工养殖成年林麝粪便古菌菌群多样性
王立志1 徐谊英1 蔡永华2（1.
四川农业大学动物营养研究所，动物抗病营养教育部重点实验室，雅安625014；
2.四川养麝研究所，都江堰611845）摘 要：本试验的目的是采用高通量测序技术研究人工养殖成年林麝粪便中古菌的结构和组成，并对比不同性别之间的差异。
选取12只3岁健康的林麝依据性别分为雄性组（M 组）和雌
性组（F 组），每组各6只。
采集其新鲜粪便，提取D N A ，用古菌通用引物P
C R 扩增古菌16S r R N A 的V 4～V 5区，用Mi S e q 300P E 测序平台对扩增产物进行高通量测序，用Q I I ME 等软件对测序序列进行分析统计。
结果表明：在从门到属的各级分类水平上，F 组与M 组古菌的相对丰
度差异均不显著（P ＞0.
05）。
M 组和F 组的组内遗传距离分别为0.16±0.03和0.27±0.06，组间为0.
24±0.07，样品的相似度很高。
林麝粪便中的古菌可以分为3个门，优势门为阔古细菌门（E ur ya r c ha e ot a ）；在属水平上可以分为7个已知属，优势属为甲烷短杆菌属（M e t hanobr e v i bac t -e r ），其次为热裸单胞菌属（T he r m ogy m nom onas ）。
结果提示，雄性和雌性林麝粪便中古菌的结构
和组成都没有显著差异，M e t hanobr e v i bac t e r 是林麝粪便中的优势古菌属关键词：林麝；古菌；产甲烷古菌；多样性
中图分类号：S
852.6 文献标识码：A 文章编号：1006-267X （2016）02-0477-08收稿日期：2015-08-01
基金项目：科技部国际合作项目“畜禽低碳养殖关键调控技术合作研究”（2014D F
A 32860）作者简介：王立志（1974—），男，湖北襄阳人，副教授，博士，主要从事动物营养学研究。
E -m a i l ：w a ngl i z hi @a l i yun.c om 林麝（M os c hus be r e z ov s k i i ）属偶蹄目，麝科，麝属，是一种珍贵的野生药用、香料资源动物，曾经广泛分布于我国的中部和南部[1]。
近年来由于栖息地遭受破坏和过度捕猎，数量已急剧下降。
目
前已被国际自然和自然资源保护联盟（I
U C N ）列为濒危物种（ht
t p ：//w w w .i uc nr e dl i s t .or g /de t a i l s /13894/0）。
我国从20世纪60年代开始人工驯化养殖林麝，至今已有近60年的历史，但发展速度很慢。
其中一个主要的原因是人们对林麝的消化生理知识了解很少。
林麝是草食性反刍动物，但其胃肠道微生物菌群的组成和结构还不为人所知。
为了更好保护和人工驯化养殖，有必要对林麝胃肠道微生物菌群进行系统研究。
众所周知，反刍动物瘤胃中栖息着大量微生物，包括细菌、真菌、原虫和古菌等。
近年来瘤胃产甲烷古菌越来越受到人们的关注，因为人们相信它们与全球越来越严重的温室效应有关[2]。
产甲烷古菌广泛存在于草食动物的胃肠道中，迄今为止，人们已经从水牛[3-4]、绵羊[5]、袋鼠[6]、奶牛[7]、犀牛[8]、肉牛[9-10]、骆驼[11]、牦牛[12]
等动物上分离鉴定出了多种产甲烷古菌。
综合这些研究可以发现，动物胃肠道产甲烷古菌的多样性具有宿主特异性。
因此作者推测，相对于其他动物而言，林麝肠道古菌的结构和组成可能有很大的差异。
而有关林麝肠道产甲烷古菌的研究还未见报道。
本试验的目的就是用高通量测序技术对林麝粪便中古菌的结构和组成进行研究，并对比不同性别之间的差异。