引物设计软件oligo应用简介
primer5和oligo使用技巧概况
一、Primer Premier 5.0 的使用技巧简介1. 功能“Premier”的主要功能分四大块,其中有三种功能比较常用,即引物设计、限制性内切酶位点分析和DNA 基元(motif查找。
“Premier”还具有同源性分析功能,但并非其特长,在此略过。
此外,该软件还有一些特殊功能,其中最重要的是设计简并引物,另外还有序列“朗读”、DNA 与蛋白序列的互换、语音提示键盘输入等等。
有时需要根据一段氨基酸序列反推到DNA 来设计引物,由于大多数氨基酸(20 种常见结构氨基酸中的18 种的遗传密码不只一种,因此,由氨基酸序列反推DNA 序列时,会遇到部分碱基的不确定性。
这样设计并合成的引物实际上是多个序列的混和物,它们的序列组成大部分相同,但在某些位点有所变化,称之为简并引物。
遗传密码规则因物种或细胞亚结构的不同而异,比如在线粒体内的遗传密码与细胞核是不一样的。
“Premier”可以针对模板DNA 的来源以相应的遗传密码规则转换DNA 和氨基酸序列。
软件共给出八种生物亚结构的不同遗传密码规则供用户选择,有纤毛虫大核(Ciliate Macronuclear、无脊椎动物线粒体(Invertebrate Mitochon drion、支原体(Mycoplasma、植物线粒体(Plant Mitochondrion、原生动物线粒体(P rotozoan Mitochondrion、一般标准(Standard、脊椎动物线粒体(Vertebrate Mitochondr ion和酵母线粒体(Yeast Mitochondrion。
2. 使用步骤及技巧“Premier”软件启动界面如下:其主要功能在主界面上一目了然(按钮功能如上述。
限制性酶切点分析及基元查找功能比较简单,点击该功能按钮后,选择相应的限制性内切酶或基元(如-10 序列,-35 序列等,按确定即可。
常见的限制性内切酶和基元一般都可以找到。
你还可以编辑或者添加新限制性内切酶或基元。
oligo使用说明
oligo使用说明一、介绍oligo是一款功能强大的软件，用于处理DNA或RNA序列的设计和分析。
本文档提供了oligo的使用说明，包括软件安装、功能介绍和操作指南等内容。
二、安装1、软件包在oligo官方网站（）上oligo软件的安装包。
2、安装软件双击安装包，按照安装向导的指示完成软件的安装过程。
三、功能介绍oligo拥有以下主要功能：1、序列设计- DNA或RNA序列的快速设计和合成。
- 引物和探针的设计。
- 引物二聚体和杂交结构的模拟。
2、序列分析- 序列的一致性和变异性分析。
- 序列的限制酶切位点分析。
- 序列的物理性质和二级结构预测。
四、操作指南1、序列设计a：创建新项目：在菜单栏中选择“文件”，然后选择“新建项目”。
b：输入序列：在新建项目中，输入待设计的序列。
c：设计引物：选择“设计引物”功能，根据需要设置引物的参数，“开始设计”按钮。
d：查看设计结果：设计完成后，查看引物设计的结果，根据结果选择合适的引物。
2、序列分析a：导入序列：在菜单栏中选择“文件”，然后选择“导入序列”。
b：分析序列：选择“分析序列”功能，根据需要选择相应的分析方法，“开始分析”按钮。
c：查看分析结果：分析完成后，查看分析结果，进行相关的数据分析和解释。
五、附件本文档涉及的附件包括：oligo软件安装包、示例项目文件等。
六、法律名词及注释1、DNA（脱氧核糖核酸）：一种存在于细胞中的生物大分子，携带遗传信息。
2、RNA（核糖核酸）：一种通过转录过程从DNA中合成的分子，参与蛋白质的合成。
3、引物（primer）：DNA或RNA序列，在PCR等实验中用于引导扩增或反向转录。
4、探针（probe）：DNA或RNA序列，通过与目标序列特异性结合，进行检测或识别。
七、结束。
Oligo引物设计使用手册
引物分析著名软件，主要应用于核酸序列引物分析设计软件，同时计算核酸序列的杂交温度（Tm）和理论预测序列二级结构。
点击查看生.物.秀实验频道与引物设计相关的文章Oligo使用方法介绍作为目前最好、最专业的引物设计软件，Oligo的功能很强，在这里我们介绍它的一些主要功能：如：普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以及评估引物对质量等等。
在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是向Oligo程序导入模板序列，根据不同的实验情况，导入模板有三种方法：1，直接用键盘输入：a，点击file菜单中的New Sequence 浮动命令，或直接点击工具栏中的New Sequence 命令，进入序列展示窗口；b，此时即可键入DNA序列；c，如果需要的话，Oligo提供碱基回放功能，在边键入时边读出碱基，防止输入错误。
点击Edit菜单中的“Readback on”即可。
2，利用复制和粘贴：当我们序列已经作为TXT文件存在或其它oligo不能直接open的文件格式，如word文件.html格式，这个功能就显得很有用了。
在相应文件中复制序列后在序列展示窗口粘贴，oligo会自动去除非碱基字符。
当序列输入或粘贴完成后，点击Accept/Discard菜单中的Accept浮动命令，即可进入引物设计模式。
3，如果序列已经保存为Seq格式或者FASTA，GenBank格式时，oligo就可以直接打开序列文件。
wpe.mB0A .点击File菜单中的“Open”浮动命令，找到所需文件，打开即可。
进入引物设计模式后，oligo一般会弹出三个窗口，分别是6－碱基频率窗口，碱基退火温度窗口以及序列内部碱基稳定性窗口，其中的退火温度窗口是我们引物设计的主窗口，其它的两个窗口则在设计过程中起辅助作用，比如6－碱基频率窗口可以使我们很直观地看到所设计引物在相应物种基因组中的出现频率，如果我们的模板是基因组DNA或混合DNA时，该信息就显得有用了，而内部稳定性窗口则可以显示引物的5’端稳定性是否稍高于3’端等。
引物设计软件oligo应用简介
引物设计软件oligo应用简介在专门的引物设计软件中，“Oligo”是最著名的。
它的使用并不十分复杂，但初学者容易被其复杂的图表吓倒。
Oligo 5.0的初始界面是两个图：Tm图和ΔG图；Oligo 6.0的界面更复杂，出现三个图，加了个Frq图。
“Oligo”的功能比“Premier”还要单一，就是引物设计。
但它的引物分析功能如此强大以至于能风靡全世界。
oligo的下载和安装我就不多说了，打开oligo相信也无需多讲。
打开oligo的页面如下：单击file菜单再点open或点击“打开”快捷图标或者用快捷键“CTrl＋O”可打开下面的窗口在打开的OPEN窗口内选择FreqSeq再点“打开”选择drosfr或者其它一个文件点击“打开”出现以下窗口，点击“window”再点击“Tile”出现以下窗口，图中显示的三个指标分别为Tm、ΔG和Frq，其中Frq是6.0版本的新功能，为邻近6至7个碱基组成的亚单位在一个指定数据库文件中的出现频率。
该频率高则可增加错误引发的可能性。
因为分析要涉及多个指标，起动窗口的cascade排列方式不太方便，可从windows菜单改为tile方式。
如果觉得太拥挤，可去掉一个指标，如Frq，这样界面的结构同于Oligo 5.0，只是显示更清楚了。
∆G值反映了序列与模板的结合强度，最好引物的∆G值在5’端和中间值比较高，而在3’端相对低（如图：）Tm值曲线以选取72℃附近为佳，5’到3’的下降形状也有利于引物引发聚合反应。
Frq曲线为“Oligo 6”新引进的一个指标，揭示了序列片段存在的重复机率大小。
选取引物时，宜选用3’端Frq值相对较低的片段再点击Search再点“For Primers and probes”或使用快捷键F3出现以下窗口，点OK就OK了。
当然你也可以点击“Prameters”和“Search Range”选择你要的参数和你上下游引物的位置及你扩增产物的长度。
Oligo_6_Primer_Premier_5__中文说明书王
使用Oligo 6和Primer Premier 5.0等软件设计PCR引物张新宇（中国医科院肿瘤研究所，北京100021）电子邮件: zhangxy@在当今分子生物学研究中，PCR技术已成为使用最多，最广泛的技术之一。
而引物设计是PCR技术中至关重要的一环。
在PCR扩增以前，一般模板序列已被全部或部分确定。
要想扩增出理想的目的片断，一般都得通过正确设计PCR 引物。
也有的人不经过设计直接取模板序列的两个片断作为引物，这样很可能导致实验失败，如扩增出多条带（引发错配所致），不出目的带或出目的带很弱（引物引发效率低下），引物二聚体带（引物与引物之间形成稳定二聚体）等等。
现在PCR引物设计都通过计算机软件进行。
生物信息学发展至今日，具有引物设计功能的软件有很多，其中大部分是免费软件，可直接从网上下载，安装并运行。
这类软件大都简单易用，但其引物设计功能一般不很强，通过它们设计的引物常常不尽如人意，而专门进行引物设计的商业版软件功能强大，但使用起来不太容易。
本文就这一问题进行探讨。
引物设计的原则引物设计有几条基本原则：首先引物要跟模板紧密结合，其次引物与引物之间不能有稳定的二聚体或发夹结构存在，再次引物不能在别的非目的位点引起DNA聚合反应(即错配)。
围绕这几条基本原则，设计引物需要考虑诸多因素，如引物长度（primer length），产物长度（product length），序列Tm值 (melting temperature)，ΔG值(internal stability)，引物二聚体及发夹结构（duplex formation and hairpin），错误引发位点（false priming site），引物及产物GC含量（composition），有时还要对引物进行修饰，如增加限制酶切点，引进突变等。
以使用Oligo软件分析设计引物为例，笔者总结出以下的要点：1.引物的长度一般为15-30bp，常用的是18-27bp，但不能大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，即Taq酶的最适温度。
oligo软件使用方法介绍
oligo软件使用方法介绍在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是向Oligo程序导入模板序列，根据不同的实验情况，导入模板有三种方法:1，直接用键盘输入：a，点击file菜单中的New Sequence 浮动命令，或直接点击工具栏中的New Sequence命令，进入序列展示窗口；b，此时即可键入DNA序列；c，如果需要的话，Oligo提供碱基回放功能，在边键入时边读出碱基，防止输入错误。
点击Edit菜单中的“Readback on”即可。
2，利用复制和粘贴：当我们序列已经作为TXT文件存在或其它oligo不能直接open的文件格式，如word文件格式，这个功能就显得很有用了。
在相应文件中复制序列后在序列展示窗口粘贴，oligo会自动去除非碱基字符。
当序列输入或粘贴完成后，点击Accept/Discard菜单中的Accept浮动命令，即可进入引物设计模式。
3，如果序列已经保存为Seq格式或者FASTA，GenBank格式时，oligo就可以直接打开序列文件。
点击File菜单中的“Open”浮动命令，找到所需文件，打开即可。
进入引物设计模式后，oligo一般会弹出三个窗口，分别是6－碱基频率窗口，碱基退火温度窗口,以及序列内部碱基稳定性窗口.其中的退火温度窗是我们引物设计的主窗，其它的两个窗口则在设计过程中起辅助作用，比如6－碱基频率窗口可以使我们很直观地看到所设计引物在相应物种基因组中的出现频率，如果我们的模板是基因组DNA或混合DNA时，该信息就显得有用了，而内部稳定性窗口则可以显示引物的5’端稳定性是否稍高于3’端等。
一，普通引物对的搜索：以Mouse 4E（cDNA序列）为例。
我们的目的是以Mouse 4E（2361 bp）为模板，设计一对引物来扩增出600－800bp长的PCR产物。
1，点击“Search“菜单中的”For Primers and Probes“命令，进入引物搜索对话框；2，由于我们要设计的是一对PCR引物，因此正、负链的复选框都要选上，同时选上Compatible pairs.在Oligo默认的状态下，对此引物对的要求有：a，无二聚体；b，3’端高度特异，GC含量有限定，d，去除错误引发引物等。
引物设计软件Oligo使用方法介绍荧光定量PCR仪
引物设计软件Oligo使用方法介绍荧光定量PCR仪|荧光定量PCR基因扩增仪作为目前最好、最专业的引物设计软件，Oligo的功能很强，在这里我们介绍它的一些主要功能，如：普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以及评估引物对质量等等。
在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是向Oligo程序导入模板序列，根据不同的实验情况，导入模板有三种方法：1、直接用键盘输入：a、点击file菜单中的New Sequence 浮动命令，或直接点击工具栏中的New Sequence命令，进入序列展示窗口；b、此时即可键入DNA序列；c、如果需要的话，Oligo提供碱基回放功能，在边键入时边读出碱基，防止输入错误。
点击Edit菜单中的“Readback on”即可。
2、利用复制和粘贴：当我们序列已经作为TXT文件存在或其它oligo不能直接open的文件格式，如word文件。
html 格式，这个功能就显得很有用了。
在相应文件中复制序列后在序列展示窗口粘贴，oligo会自动去除非碱基字符。
当序列输入或粘贴完成后，点击Accept/Discard菜单中的Accept浮动命令，即可进入引物设计模式。
3、如果序列已经保存为Seq格式或者FASTA,GenBank格式时，oligo就可以直接打开序列文件。
点击File菜单中的“Open”浮动命令，找到所需文件，打开即可。
进入引物设计模式后，oligo一般会弹出三个窗口，分别是6-碱基频率窗口，碱基退火温度窗口以及序列内部碱基稳定性窗口，其中的退火温度窗口是我们引物设计的主窗口，其它的两个窗口则在设计过程中起辅助作用，比如6-碱基频率窗口可以使我们很直观地看到所设计引物在相应物种基因组中的出现频率，如果我们的模板是基因组DNA或混合DNA 时，该信息就显得有用了，而内部稳定性窗口则可以显示引物的5‘端稳定性是否稍高于3’端等。
一、普通引物对的搜索：以Mouse 4E（cDNA序列）为例。
Oligo引物设计软件使用方法
作为目前最好、最专业得引物设计软件,Oliｇo得功能很强,在这里我们介绍它得一些主要功能:如:普通引物对得搜索、测序引物得设计、杂交探针得设计以及评估引物对质量等等。
ﻫﻫ在正式进行引物设计前,我们首先面临得一个任务就就是向Ｏligo程序导入模板序列,根据不同得实验情况，导入模板有三种方法：1，直接用键盘输入：a, 点击fｉｌe菜单中得Ｎew Seqｕence 浮动命令,或直接点击工具栏中得New Seqｕence命令，进入序列展示窗口;b，此时即可键入DNA序列；ﻫｃ, 如果需要得话,Oliｇo提供碱基回放功能，在边键入时边读出碱基，防止输入错误。
点击Ediｔ菜单中得“Readｂaｃｋon”即可。
ﻫ２, 利用复制与粘贴:当我们序列已经作为ＴＸT文件存在或其它oｌigo不能直接ｏpen得文件格式,如word文件、html格式,这个功能就显得很有用了。
在相应文件中复制序列后在序列展示窗口粘贴，ｏligo会自动去除非碱基字符.当序列输入或粘贴完成后,点击Aｃcept/Ｄｉｓcard菜单中得Acｃepｔ浮动命令，即可进入引物设计模式。
3ﻫ，如果序列已经保存为Se ｑ格式或者FAＳＴA,GenＢanｋ格式时，ｏligo就可以直接打开序列文件.点击Filｅ菜单中得“Ｏpen”浮动命令，找到所需文件，打开即可。
进入引物设计模式后,oｌigo一般会弹出三个窗口,分别就是６－碱基频率窗口,碱基退火温度窗口以及序列内部碱基稳定性窗口，其中得退火温度窗口就是我们引物设计得主窗口，其它得两个窗口则在设计过程中起辅助作用,比如6—碱基频率窗口可以使我们很直观地瞧到所设计引物在相应物种基因组中得出现频率，如果我们得模板就是基因组DＮＡ或混合ＤＮA时,该信息就显得有用了,而内部稳定性窗口则可以显示引物得5'端稳定性就是否稍高于3’端等。
ﻫ一，普通引物对得搜索：ﻫ以Ｍousｅ４E(cDNＡ序列）为例。
我们得目得就是以Moｕse 4E（2361 ｂp）为模板，设计一对引物来扩增出600－800ｂp长得pcr产物.1，点击“Seａrｃh“菜单中得"FoｒＰrｉmｅrｓand Ｐroｂeｓ“命令,进入引物搜索对话框；2ﻫ，由于我们要设计得就是一对PCR引物，因此正、负链得复选框都要选上,同时选上ｐatibｌe pairs.在Oligｏ默认得状态下，对此引物对得要求有:a，无二聚体；b，３’端高度特异，GC含量有限定,d,去除错误引发引物等。
primer5和oligo使用技巧
primer5和oligo使用技巧一、Primer Premier 5.0 的使用技巧简介1. 功能“Premier”的主要功能分四大块，其中有三种功能比较常用，即引物设计、限制性内切酶位点分析和DNA 基元(motif)查找。
“Premier”还具有同源性分析功能，但并非其特长，在此略过。
此外，该软件还有一些特殊功能，其中最重要的是设计简并引物，另外还有序列“朗读”、DNA 与蛋白序列的互换、语音提示键盘输入等等。
有时需要根据一段氨基酸序列反推到DNA 来设计引物，由于大多数氨基酸(20 种常见结构氨基酸中的18 种)的遗传密码不只一种，因此，由氨基酸序列反推DNA 序列时，会遇到部分碱基的不确定性。
这样设计并合成的引物实际上是多个序列的混和物，它们的序列组成大部分相同，但在某些位点有所变化，称之为简并引物。
遗传密码规则因物种或细胞亚结构的不同而异，比如在线粒体内的遗传密码与细胞核是不一样的。
“Premier”可以针对模板DNA 的来源以相应的遗传密码规则转换DNA 和氨基酸序列。
软件共给出八种生物亚结构的不同遗传密码规则供用户选择，有纤毛虫大核(Ciliate Macronuclear)、无脊椎动物线粒体(Invertebrate Mitochondrion)、支原体(Mycoplasma)、植物线粒体(Plant Mitochondrion)、原生动物线粒体(Protozoan Mitochondrion)、一般标准(Standard)、脊椎动物线粒体(Vertebrate Mitochondrion)和酵母线粒体(Yeast Mitochondrion)。
2. 使用步骤及技巧“Premier”软件启动界面如下:其主要功能在主界面上一目了然(按钮功能如上述)。
限制性酶切点分析及基元查找功能比较简单，点击该功能按钮后，选择相应的限制性内切酶或基元(如-10 序列，-35 序列等)，按确定即可。
常用生物软件(软件及引物设计总结)
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总结词
NAMD是一款用于大规模并行计算的高 性能分子动力学模拟软件，适用于超大 型生物分子系统的模拟。
ห้องสมุดไป่ตู้VS
详细描述
NAMD采用高效的并行算法和优化的数 据结构，能够在高性能计算集群上快速运 行大规模模拟。它广泛应用于生物医学、 药物设计和材料科学等领域，尤其适用于 模拟蛋白质复合物等大型生物分子的结构 和动力学行为。
SWISS-MODEL
总结词
在线建模工具，适用于预测蛋白质三维结构 。
详细描述
SWISS-MODEL是一个在线建模工具，用于 预测蛋白质的三维结构。它基于模板建模技 术，通过搜索模板库找到与目标序列相似的 已知结构，并利用这些信息构建出目标蛋白 质的结构模型。SWISS-MODEL提供了友好 的用户界面和多种建模选项，方便用户进行
总结词
AutoDock是一款用于分子对接的软件，通过模拟分子间的 相互作用，预测小分子与大分子（如蛋白质）的结合模式。
详细描述
AutoDock使用基于网格的搜索方法，将小分子视为可旋转 和可平移的刚体，通过打分函数评估结合亲和力，并采用遗 传算法进行优化。它广泛应用于药物设计和蛋白质相互作用 研究。
Gromacs
总结词
Gromacs是一款用于分子动力学模拟的软件，通过模拟分子在真实环境中的运 动来研究其结构和功能。
详细描述
Gromacs基于势能面模型，通过求解牛顿方程模拟分子运动轨迹，可以模拟蛋 白质、核酸和脂质等生物大分子的动态行为。它广泛应用于生物物理学、药物 设计和材料科学等领域。
NAMD
Galaxy
总结词
Galaxy是一个基于Web的生物信息学分析平台，提供 了简单易用的界面和强大的数据分析能力。
常用生物信息学软件介绍
常用生物学软件简介1. Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件，除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外，还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能： a) 已知一个PCR引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列。
b) 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物。
c) 对环型DNA片段，设计反向PCR引物。
d) 设计多重PCR引物。
e) 为LCR反应设计探针，以检测某个突变是否出现。
f) 分析和评价用其他途径设计的引物是否合理。
g) 同源序列查找，并根据同源区设计引物。
h) 增强了的引物/探针搜寻手段。
设计引物过程中，可以“Lock”每个参数，如Tm 值范围和引物3’端的稳定性等。
i) 以多种形式存储结果；支持多用户，每个用户可保存自己的特殊设置。
网址：/2． Vector NTI Suite是一套功能最全，而且界面最美观，最友好的分子生物学应用软件包。
主要包括四个大型软件，它们分别可以对DNA、RNA、蛋白质分子进行各种分析和操作。
Vector⑴ NTI：作为Vector NTI Suite的核心组成部分，它可以在生物研究的全过程中提供数据组织和序列编辑的软件支持。
Vector NTI 是以一种窗口形式，且支持项目组织的数据库来完成这一功能的；通过这个数据库，可以保存和组织大部分的实验数据，比如：基因结构、载体、序列片断、引物、蛋白质、多肽、电泳Markers和限制性内切酶等。
实际上，该数据库还支持对Vector NTI Suite 中各种小型的绘图和结果展示工具的管理。
Vector NTI 可以按照用户要求设计克隆策略。
用户只需提供克隆载体，外源片断序列，明确载体克隆的大致位置或酶切位点，其它工作由软件完成。
设计结果以图文形式输出到屏幕；最后根据客户定制的条件进行模拟电泳。
Vector NTI 还具有强大的设计和评估PCR引物、测序引物和杂交探针功能。
BioPlot⑵：BioPlot是一个对蛋白质和核酸序列进行各种理化特性分析的综合性工具，它是一种方便的桌面程序。
primer5和oligo使用技巧概况
一、Primer Premier 5.0 的使用技巧简介1. 功能“Premier”的主要功能分四大块,其中有三种功能比较常用,即引物设计、限制性内切酶位点分析和DNA 基元(motif查找。
“Premier”还具有同源性分析功能,但并非其特长,在此略过。
此外,该软件还有一些特殊功能,其中最重要的是设计简并引物,另外还有序列“朗读”、DNA 与蛋白序列的互换、语音提示键盘输入等等。
有时需要根据一段氨基酸序列反推到DNA 来设计引物,由于大多数氨基酸(20 种常见结构氨基酸中的18 种的遗传密码不只一种,因此,由氨基酸序列反推DNA 序列时,会遇到部分碱基的不确定性。
这样设计并合成的引物实际上是多个序列的混和物,它们的序列组成大部分相同,但在某些位点有所变化,称之为简并引物。
遗传密码规则因物种或细胞亚结构的不同而异,比如在线粒体内的遗传密码与细胞核是不一样的。
“Premier”可以针对模板DNA 的来源以相应的遗传密码规则转换DNA 和氨基酸序列。
软件共给出八种生物亚结构的不同遗传密码规则供用户选择,有纤毛虫大核(Ciliate Macronuclear、无脊椎动物线粒体(Invertebrate Mitochon drion、支原体(Mycoplasma、植物线粒体(Plant Mitochondrion、原生动物线粒体(P rotozoan Mitochondrion、一般标准(Standard、脊椎动物线粒体(Vertebrate Mitochondr ion和酵母线粒体(Yeast Mitochondrion。
2. 使用步骤及技巧“Premier”软件启动界面如下:其主要功能在主界面上一目了然(按钮功能如上述。
限制性酶切点分析及基元查找功能比较简单,点击该功能按钮后,选择相应的限制性内切酶或基元(如-10 序列,-35 序列等,按确定即可。
常见的限制性内切酶和基元一般都可以找到。
你还可以编辑或者添加新限制性内切酶或基元。
Oligo—引物设计软件电子教程
[原创]Oligo—引物设计软件电子教程（引物设计和评估）Oligo使用方法介绍作为目前最好、最专业的引物设计软件，Oligo的功能很强，在这里我们介绍它的一些主要功能：如：普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以及评估引物对质量等等。
在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是向Oligo程序导入模板序列，根据不同的实验情况，导入模板有三种方法：1，直接用键盘输入：a，点击file菜单中的New Sequence 浮动命令，或直接点击工具栏中的New Sequence命令，进入序列展示窗口；b，此时即可键入DNA序列；c，如果需要的话，Oligo提供碱基回放功能，在边键入时边读出碱基，防止输入错误。
点击Edit菜单中的“Readback on”即可。
2，利用复制和粘贴：当我们序列已经作为TXT文件存在或其它oligo不能直接open的文件格式，如word文件.html格式，这个功能就显得很有用了。
在相应文件中复制序列后在序列展示窗口粘贴，oligo会自动去除非碱基字符。
当序列输入或粘贴完成后，点击Accept/Discard菜单中的Accept浮动命令，即可进入引物设计模式。
3，如果序列已经保存为Seq格式或者FASTA，GenBank格式时，oligo 就可以直接打开序列文件。
点击File菜单中的“Open”浮动命令，找到所需文件，打开即可。
进入引物设计模式后，oligo一般会弹出三个窗口，分别是6－碱基频率窗口，碱基退火温度窗口以及序列内部碱基稳定性窗口，其中的退火温度窗口是我们引物设计的主窗口，其它的两个窗口则在设计过程中起辅助作用，比如6－碱基频率窗口可以使我们很直观地看到所设计引物在相应物种基因组中的出现频率，如果我们的模板是基因组DNA或混合DNA时，该信息就显得有用了，而内部稳定性窗口则可以显示引物的5’端稳定性是否稍高于3’端等。
一，普通引物对的搜索：以Mouse 4E（cDNA序列）为例。
用软件设计引物（PrimerPremierOligo）
用软件设计引物（PrimerPremierOligo）用软件设计引物（Primer Premier & Oligo）使用不合适的PCR 引物容易导致实验失败：表现为扩增出目的带之外的多条带（如形成引物二聚体带），不出带或出带很弱，等等。
现在PCR 引物设计大都通过计算机软件进行，软件的立足点也是按照引物设计的基本原则，只是更加快速和自动化而已。
我们可以直接提交模板序列到特定网页，如著名的primer3（/），得到设计好的引物，也可以在本地计算机上运行引物设计专业软件。
一般来说，专门进行PCR引物设计的专业软件功能更为强大，但使用起来却不太容易。
软件的引物设计功能主要体现在两个方面：首先是引物分析评价功能，该功能只有少数商业版软件能够做到，其中以“Oligo 6”最优秀；其次是引物的自动搜索功能，各种软件在这方面的侧重点不同，因此自动搜索的结果也不尽相同。
据笔者的经验，自动搜索功能以“Premier Primer”为最强且方便使用，“Oligo 6”其次，其他软件如“Vector NTI Suit”、“DNAsis”、“Omiga”和“Dnastar”都带有引物自动搜索功能，但搜索结果不是十分理想。
要想得到效果很好的引物，在自动搜索的基础上还要辅以人工分析。
笔者认为引物设计软件的最佳搭配是“Oligo”和“Premier”软件合并使用，以“Premier”进行自动搜索，“Oligo”进行分析评价，如此可快速设计出成功率很高的引物。
Primer Premier 5.0 的使用技巧简介1. 功能“Premier”的主要功能分四大块，其中有三种功能比较常用，即引物设计、限制性内切酶位点分析和DNA 基元(motif)查找。
“Premier”还具有同源性分析功能，但并非其特长，在此略过。
此外，该软件还有一些特殊功能，其中最重要的是设计简并引物，另外还有序列“朗读”、DNA 与蛋白序列的互换、语音提示键盘输入等等。
oligo7评价引物标准
oligo7评价引物标准
Oligo 7是一款引物设计软件，可以对引物进行评价。
以下是Oligo 7评价引物的标准：
1. 引物的特异性：评价引物与非特异性序列的结合能力，以及在基因组中的潜在结合位点。
2. 引物的长度：引物的长度会影响其特异性，太长或太短的引物可能导致不准确的PCR产物。
3. 引物的GC含量：GC含量过高或过低可能导致PCR过程中退火温度的选择和产物稳定性出现问题。
4. 引物二聚体和发卡结构：这些结构可能导致引物自身结合，影响PCR扩增效率。
5. 引物间的互补性：评价引物之间是否存在互补区域，这可能导致引物二聚体的形成。
6. 引物与模板的互补性：评价引物与模板DNA的结合能力，以确保PCR 产物的一致性。
7. 引物的突变和多态性：评价引物对基因突变和多态性的敏感性，以确保引物适用于不同基因型。
8. 引物的热稳定性：评价引物的解离温度（Tm），以确保PCR过程中选择合适的退火温度。
9. 引物的安全性：评价引物是否可能产生任何安全性问题，如对实验者的毒性或对环境的污染。
这些标准可以帮助您评估Oligo 7设计的引物质量，以确保PCR实验的成功和准确性。
引物设计Oligo
出现以下窗口，图中显示的三个指标分别为Tm、 ∆G和Frq
点击“window”再点击“Tile”
∆G值反映了序列与模板的结合强度，最好引物的 ∆G值在5’端和中间值比较高，而在3’端相对低。 Tm值曲线以选取72℃附近为佳，5’到3’的下降形 状也有利于引物引发聚合反应。 Frq曲线为“Oligo 6”新引进的一个指标，揭示了 序列片段存在的重复机率大小。选取引物时，宜 选用3’端Frq值相对较低的片段。 ’
在Choose Search Set栏中： Database根据预操作基因的种属定了，本引物可选 Human genomic + transcript或Others (nr etc.)。
点击Basic BLAST中的nucleotide blast选项
在Program Selection中：选择Somewhat similar sequences (blastn)项，如下图：
在此界面最下面 关键要点击Algorithm parameters参数设置，进入参数设 置界面。
在General Parameters中：Expect thresshold期望阈值 须改为1000，大于1000也可以；在Word size的下拉框将数 字改为7。如下图：
图中①代表这些序列与引物匹配的得分值小于40分 图中②代表这些序列与引物匹配的得分值位于40～50分 图中③代表这些序列与引物匹配的得分值位于50-80分， 图中④代表这些序列与引物匹配的得分值位于80-120分 分值越高，特异性越好。线段代表上或下游引物，其颜色和上面对照后就可得出该条引物的 分值。 图中两线段间有连线的代表这些序列与上游引物匹配（Strand=Plus/Plus）、并与下游引物 两线段间有连线的 两线段间有连线 互补（Strand=Plus/Minus），理论上可以扩增出基因片断。没有连线的，表示单条引物与该 基因一致。 点击线段，就能跳转到该基因的结果信息概要。
oligo作为逆转录引物的原理
oligo作为逆转录引物的原理一、引物的作用和概述引物是在DNA或RNA复制、扩增或逆转录反应中起关键作用的分子。
在逆转录反应中，引物被用来诱导逆转录酶将RNA模板转录成DNA。
引物的设计和选择对于逆转录反应的成功与否至关重要。
二、oligo引物的选择oligo引物是一种短的寡聚核苷酸序列，通常由DNA或RNA构成。
在选择oligo引物时，需要考虑以下几个因素：1. 引物长度：通常，引物的长度在18-30个核苷酸之间，较长的引物可以提高特异性，但也会增加反应的复杂性。
2. 引物的碱基组成：引物的碱基组成应该在理论上和目标序列相互补充，以确保引物与模板的特异性结合。
3. 引物的熔解温度（Tm）：引物的Tm应该与反应温度相匹配，以确保引物可以在反应温度下稳定地结合和解离。
三、oligo引物的设计oligo引物的设计可以通过计算机软件或在线工具来实现。
这些工具可以根据所需的引物属性和目标序列，自动设计合适的引物。
在设计引物时，需要注意以下几点：1. 引物的特异性：引物应该能够特异性地结合目标序列，而不与其他非目标序列产生杂交。
2. 引物的稳定性：引物应该具有足够的稳定性，以确保在逆转录反应中可以有效地结合和解离。
3. 引物的位点选择：引物应该选择在目标序列上合适的位点，以确保所需的区域可以被逆转录酶合成DNA。
四、oligo引物的应用oligo引物广泛应用于逆转录反应中。
逆转录反应是将RNA转录成DNA的过程，其中逆转录酶使用oligo引物作为引导。
逆转录反应在许多实验室中用于研究RNA的表达和功能，以及在分子诊断中用于检测RNA病毒或转录本。
在逆转录反应中，oligo引物与RNA模板的互补区域结合，并被逆转录酶使用作为起始点合成DNA链。
随后，逆转录酶继续扩增DNA 链，直到达到整个RNA模板的长度。
通过选择合适的oligo引物，可以确保逆转录反应具有高特异性和高效率。
除了在逆转录反应中的应用，oligo引物还被广泛应用于核酸序列分析、基因克隆和遗传工程等领域。
Oligo_6.44_引物设计
Oligo 6.44 使用说明
主要功能：专门的引物设计软件Oligo 6.44 启动界面
3个弹出窗口
用Oligo 设计引物时的3个标准
Tm 值曲线以选取5’到3’的下降形状有利于引物引发聚合反应。
Frq 曲线宜选用3’端Frq 值相对较低的片段。
ΔG 值在5’端和中间值比较高，而在3’端相对低
选中引物
引物分析
首先检查引物二聚体尤其是3’端二聚体形成的可能性。
二项检查是发夹结构（hairpin）；与二聚体相同，发夹结构的能值越低越好。
第三项检查为GC 含量，以45-55％为宜。
Search for primer using Oligo 6.44
随机引物
适用于长的或具有发卡结构的RNA。
适用于rRNA、mRNA、tRNA 等所有RNA的反转录反应。
主要用于单一模板的RT-PCR反应。
Oligo dT
适用于具有PolyA尾巴的RNA。
（原核生物的RNA、真核生物的 Oligo dT rRNA和tRNA不具有PolyA尾巴。
）由于Oligo dT要结合到PolyA 尾巴上，所以对RNA样品的质量要求较高，即使有少量降解也会使全长cDNA合成量大大减少。
PCR扩增后出现的条带与预计的大小不一致，或大或小，或者同时出现特异
性扩增带与非特异性扩增带。
4. 操作多份样品时，制备反应混合液，先将dNTP、缓冲液、引物和酶混合好，然后分装，这样即可以减少操作，避免污染，又可以增加反应的精确度；
5. 最后加入反应模板，加入后盖紧反应管。
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引物设计软件oligo 应用简介
作者： 来源： 时间： 2007-03-07 字体： [大 中 小]
在专门的引物设计软件中，“Oligo”是最著名的。
它的使用并不十分复杂，但初学者容易被其复杂的图表吓倒。
Oligo 5.0的初始界面是两个图：Tm 图和ΔG 图；Oligo 6.0的界面更复杂，出现三个图，加了个Frq 图。
“Oligo”的功能比“Premier”还要单一，就是引物设计。
但它的引物分析功能如此强大以至于能风靡全世界。
oligo 的下载和安装我就不多说了，打开oligo 相信也无需多讲。
打开oligo 的页面如下：
单击file 菜单再点open 或点击“打开”快捷图标或者用快捷键“CTrl＋O”可打开下面的窗口
在打开的OPEN窗口内选择FreqSeq再点“打开”
选择drosfr或者其它一个文件点击“打开”
出现以下窗口，点击“window”再点击“Tile”
出现以下窗口，图中显示的三个指标分别为Tm、ΔG和Frq，其中Frq是6.0版本的新功能，
为邻近6至7个碱基组成的亚单位在一个指定数据库文件中的出现频率。
该频率高则可增加错误引发的可能性。
因为分析要涉及多个指标，起动窗口的cascade排列方式不太方便，可从windows菜单改为tile方式。
如果觉得太拥挤，可去掉一个指标，如Frq，这样界面的结构同于Oligo 5.0，只是显示更清楚了。
∆G值反映了序列与模板的结合强度，最好引物的∆G值在5’端和中间值比较高，而在3’端相对低（如图：）
Tm值曲线以选取72℃附近为佳，5’到3’的下降形状也有利于引物引发聚合反应。
Frq曲线为“Oligo 6”新引进的一个指标，揭示了序列片段存在的重复机率大小。
选取引物时，宜选用3’端Frq值相对较低的片段
再点击Search再点“Fo'r Primers and probes”或使用快捷键F3
出现以下窗口，点OK就OK了。
当然你也可以点击“Prameters”和“Search Range”选择你要的参数和你上下游引物的位置及你扩增产物的长度。
出现Search Status窗口，点“OK”
出现Primer pairs窗口，
＃代表引物对的编号，
依次为引物对所处的位置、
产物的长度、最适合的退火温度
和GC的百分含量
点击任一行出现“PCR”窗口，告知你扩增片断的位置，最合适的退火温度等等信息。
关掉“PCR窗口”和“primer Pairs窗口”回到原来的窗口你就能看到你引物的序列和位置，图中手型鼠标所指即为引物序列。
至此引物设计已经完成，你可以用“Analyse”菜单分析你的引物：有无引物二聚体、发卡结构等等。
当上下游引物全选好以后，需要对引物进行评价并根据评价对引物进行修改。
首先检查引物二聚体尤其是3’端二聚体形成的可能性。
需要注意的是，引物二聚体有可能是上游或下游引物自身形成，也有可能是在上下游引物之间形成（cross dimer）。
二聚体形成的能值越高，越不符合要求。
一般的检测（非克隆）性PCR，对引物位置、产物大小要求较低，因而应尽可能选取不形成二聚体或其能值较低的引物。
第二项检查是发夹结构（hairpin）；与二聚体相同，发夹结构的能值越低越好。
一般来说，这两项结构的能值以不超过4.5为好。
当然，在设计克隆目的的PCR引物时，引物两端一般都添加酶切位点，必然存在发夹结构，而且能值不会太低。
这种PCR需要通过灵活调控退火温度以达到最好效果，对引物的发夹结构的检测就不应要求太高。
第三项检查为GC含量，以45-55％为宜。
有一些模板本身的GC含量偏低或偏高，导致引物的GC含量不能被控制在上述范围内，这时应尽量使上下游引物的GC含量以及Tm值保持接近，以有利于退火温度的选择。
好了，oligo使用的简单介绍到此结束。
谢谢各位！。