DNA star Seqman 使用说明 DNA序列拼接
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42 SeqMan
笔记本：A电脑
创建时间：2013/12/10 8:35更新时间：2013/12/10 9:07
1.打开lasergene-dnastart-seqman
2.点击add sequences,注意文件格式为.ab1,该文件为测序峰图文件。
3.添加序列文件，本例为16_xxxx.ab1，点击打开，序列添加到Selected sequences窗口。
4.点击done,序列成功加入主程序窗口
5.选中想要拼接的序列，点击assemble,拼接开始。
6.拼接完成后出现，拼接成功提示，creating new contig1:from xxx entering xxx
7.点击窗口右上角，“-”最小化，将拼接提示最小化，回到主窗口。
8. 此时主窗口上方出现拼接好的contig1的信息，574bp,来源于两条序列。
9.双击contig1出现具体的拼接过程窗口。
10.点击16前的黑色三角符号，可以看到序列峰图（注意峰图非常重要，不同颜色代表不同碱基，峰型表示测序可信度）。
11.详细讲一下峰图：
测序反应开始时和结束时的序列是读不准的（测序的原理决定）。一个测序反应最多能测定500-800个碱基，且测序反应开始和结束的碱基读不准。
ITS45的长度在500bp左右，意味着单向测序末端会读不准。
采用双向测序，在R向峰分辨率极度降低时，F向
正好处在分辨率最高的测序区域，所以这段序列程序会以F向测序结果为准。
seqman在序列拼接的同时，让测序峰图可见，让我们可以判断测序结果的可靠性。
12.接着说拼接完成后如何拷贝拼接好的序列，其实非常简单，选中顶上的consensus中的序列，全选，ctrl+C，拼接好的序列就复制到剪切板中了，可以粘贴到txt中使用。