磁珠富集法制备翘嘴红微卫星分子标记

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用磁珠富集法快速制备银鲫微卫星标记

测，估计ＤＡ浓度为１０ｇ。取约１Ｎ５／Ｌｎ５银鲫基因组ＤＡ，加入含有限制性内切酶Ｍｏ的酶切ＮｂＩ
缓冲体系（０Ｌ中，于３２０）７℃下温育３ｈ后，加入不同浓度的蔗糖（０、２００、４０ｇＬ，１００、３００／）离心（２０ｒｎ２）２０ｒａ，２ｈ，收集４０～０ｐ目０／ｉ０９０ｂ的片段并纯化。
备的感受态大肠杆菌ＥｃｅｃｉｃｉＨｏ中，得到微卫星序列文库；经用同位素一ｓｒｈｌＤ５ｔｈｉａｏＰ标记的探针（Ａ二次筛选，获得２５个阳性克隆，对其测序，得２４个含微卫星序列，Ｃ）３２完美型、非完美型、复合型序列分别占总数的５．％、２．％、１．％。除探针中使用的（ＡＧ）复单元外，还观察到（Ａ２８８７８５Ｃ／Ｔ重Ｇ／Ｃ）（ＣＣ的重复序列。设计］ＴＡＴ）６３对引物，择合成３选Ｏ对引物，经聚丙烯酰胺凝胶筛选，对可以获９
哮
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第６期
１３接头的制备与连接．
姬长虹，：等用磁珠富集法快速制备银鲫微卫星标记
得清晰条带，其中３对为单态，６对为多态。
关键词：银鲫；微卫星；磁珠富集
中图分类号：９７９９４８￥１；Ｑ５．６
文献标识码：Ａ
银鲫Ｃｒｓｓｕａｓｉｌ是鲫的近缘亚种，ａｓｕａｒｔｂｉａｉｕｇｅｏ广泛分布于亚、欧大陆的温带水域，在中国盛产于

微卫星标记

鳗及其近交后代微卫星分子标记研究RAPD指纹方面的初步研究，但采用微卫星分子标记进行分析的研究还相对较少。

而微卫星分子标记方法在动植物育种上己经作为一种育种辅助标记广泛应用。

2遗传标记的发展及应用遗传标记(GelleticMarkers)是指与目标性状紧密连锁，同该性状共同分离可以明确反映遗传多态性的生物特征，是基因型特殊的可识别的表现形式，它是生物分类学、育种学、遗传学和物种起源与进化等研究的主要技术指标之一。

广义的遗传标记是指可遗传的并可检测的DNA序列或蛋白质，狭义的遗传标记概念只是指DNA分子标记(Parke:。

tal.，1998)。

理想的遗传标记一般必须达到以下几个要求: (1)具有高度的多态性;(2)共显性遗传，即利用分子标记可鉴别二倍体中杂合和纯合基因型;(3)能明确辨别等位基因;(4)遍布整个基因组;(5)除特殊位点的标记外，要求分子标记的位点均匀分布于整个基因组;(6)选择中性，即无基因多效性;(7)检测片段简单、快速，实验程序易自动化;(8)开发成本和使用成本尽量低廉;(9)在实验室内和实验室间重复性好，便于数据交换。

但是，目前发现的任何一种分子标记均不能满足以上所有要求(贾继增，1996;邱芳等，1998;赵淑清等，2000)。

遗传标记已作为一种辅助育种标记广泛应用于动、植物及其它领域。

从不同层次水平上看，它可分为形态学标记、细胞学标记、生化标记、分子标记四种2.1形态学标记形态学标记(MO甲hologicalmarkers)是指那些从表型上看显示遗传多态性的特征，即生物特征，如鱼的体高、体长、体色等。

由于形态学标记易观察、识别，因此它一直是选种、育种的重要标记，也是孟德尔遗传学创立的重要基础。

由自发突变或物理化学诱变均可获得具有特定优良性状的形态特征，通过人工选育工作使那些优良胜状稳定遗传下来，从而达到选育的目的和效果，自上个世纪80年代，我国科研工作者就开始采用形态学方法对鱼类种质资源鉴定进行研究，李思发等(1990) 对长江、珠江、黑龙江鳞、墉、草鱼种质资源进行了调查和研究。

用磁珠富集法制备史氏鲟的微卫星分子标记

基金项目：国家科技条件平台建设项目资助（０４Ｋ３４０— ０）２０ＤＡ０７０５作者简介：于冬梅（９１，，１８一）女硕士研究生。Ｅ— ａ：ｙｄｎｍｉ＠１３ｔｍｍｉｕｏｇｅ０６．ｏｌＳ
通讯作者：孙效文（９５一）１５，男，研究员。Ｅ—ｍｌ：ｓｎｗ０２１３ｔｍａｌｕｘ２０＠６．ｏ
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第２２卷第６期
２００７年１２月
大连水产学院学报
ＪＲＮＡＬＯＦＤＡＬＡＮＦＳＯＵＩＩＨＥＲＥＮＩＲＳＴＩＳＵＶＥＩＹ
Ｖ０．２Ｎｏ６１２．
Ｄｅｃ．２００７
—
１材料与方法
１１史氏鲟基因组ＤＡ片段的提取．Ｎ
试验用史氏鲟采自黑龙江水产研究所房山实验站，共６，剪取其鳍条，参照文献［］中的试尾９
验方法进行高分子量基因组ＤＡ的提取和纯化。Ｎ
１２微卫星序列的获得．
中分散分布等优点，常应用于物种遗传多样性、种
２大连水产学院生命科学与技术学院，宁大连１６２）．辽１０３
摘要：采用生物素一磁珠富集法与放射性同位素杂交法相结合的方式，研究了史氏鲟Ａｉｎｒｃｒｃｉｃｅｅｓｅｋ基ｐｓｈｎ
因组的微卫星资源。结果表明：在得到的１４０多个细菌中，有３０多个阳性克隆，将其中９００６个进行测序，在这些序列中共有１５个微卫星核心序列，含９重复次数大于１的微卫星核心序列。其中完美１９个０次型标记４０个，占４．％；非完美型标记５，占５．％；混合型标记共７个，占７１。随机选取侧翼０４２个２５．％

微卫星分子标记技术及其在水产动物研究中的应用

微卫星分子标记技术及其在水产动物研究中的应用作者：黎玉元姚一彬孙念来源：《湖南饲料》 2013年第2期黎玉元姚一彬孙念（湖南农业大学水生生物学实验室长沙410128）摘要：微卫星分子标记与普通分子标记相比，它具有更多的优点，因其重复性好，多态性高，含量丰富且呈共显性遗传的特点，已成为目前最受欢迎的分子标记之一，并且得到了广泛应用。

本文结合国内外的研究，主要对微卫星的形成机理、特点，以及在水产动物中的应用等方面进行综述，并对其前景进行了展望。

关键词：微卫星标记：水产动物：应用微卫星(Micro-satellite)是一种比小卫星DNA具有更短重复单元的DNA序列，它是由少数几个核苷酸（多数为2-4个）为单位多次串联重复的DNA序列，因此又被称之为简单重复序列(SingleSequence Repeats，SSR)、简短串联重复序列(ShortTandem Repeats，STR)或简单序列长度多态性(Simple sequence length Polymorphism,SSLP)。

在对微卫星的构成与分布的研究中发现重复单元的构成与分布是不一致的，因此可以将微卫星DNA序列分为3种类型：间断型(interrupted)、单一型(pure)和复合型(compound)，由于微卫星具有诸多优点，因此很快就发展为一种新兴的分子标记技术，并得到了广泛应用。

1 微卫星形成的机理关于微卫星形成的机理存在着多种说法，其中主流说法有两种：第一种形成机理是DNA聚合酶滑动，在一个或多个重复单位未配对的构型中，DNA复制期间模板链和新生链瞬间分离，如果由不配对的重复序列引起的变性不断修复，则导致一个或多个重复单位的增加或丢失：第二种形成机理是DNA重组过程中，由于与不同DNA分子简单重复单位，以错位排列的构型配对和发生遗传变换导致重复单位的增加或减少。

2微卫星分子标记的特点微卫星分子标记是一种中性”标记，受生物发育时期和环境”的影响非常小，所以能够更加客观地反映生物之间的本质差异及种群结构和进化历史，微卫星作为一种新兴的分子标记主要具有以下特点：2.1 分析操作简单易行因为微卫星分子标记采用了单位点DNA指纹技术，所以它使取样的范围得到了一定程度的扩大，同时也相应地减轻了取样工作的困难和对研究对象的影响，再加上它具有检测容易、方便，重复性较好的特点，因而使其应用更加大众化。

磁珠富集法筛选白鲢的微卫星分子标记

• 1 材料和方法
• 1.1白鲢基因组DNA片段的提取和酶切
采白鲢的血液，每0.1mL血浆加0.9 mL裂解液, 37 ℃消化过夜，用等体积的酚、氯仿和异戊醇混合液(25： 24 ：1)抽提3 次。然后用0.05 mol/LTris-HCl(pH8.0)和0.01 mol/L EDTA (pH 8.0)透析16 h 。无水乙醇沉淀，溶于0.1×TE。用限制性内切酶Sau3A I酶切，1% 琼脂糖凝胶电泳检测，切下400~ 900 bp片段用试剂盒进行回收备用。
• 1 .6 连接T-载体，克隆建立10µL连接反应体系：2×连接酶缓冲液5µL, pGEM-T vector 1µL，插入DNA片段2µL，T4DNA连接酶1µL(3U/µL )，加无菌去离子水补足10µL，同时T载体自身连接作为对照，4℃连接过夜。用CaCl2制备的感受态大肠核心序列重复次数应当在一个非常高的水平上，避免由于微卫星核心序列过短，造成微卫星标记筛选中多态性引物比例过低而造成浪费。本研究所得到的白鲢微卫星序列重复数在10次以上的占总数的 71.74% ，这对于筛选PIC高的分子标记，进行白鲢野生甚至养殖种群的遗传多样性研究是十分有利的。
• 1 .4 .3 磁珠吸附富集
磁珠上包被有链霉亲和素，可与探针上的生物素结合，从而通过磁力将探针连同所需的微卫星序列一同分离出来。将杂交完毕的杂交液加入已平衡好的磁珠中， 25 ℃温育20min ，并轻轻摇动使生物素和链霉亲和素充分结合。温育结束后，将离心管放置到磁力架上，去除溶液。依次用洗液Ｉ，洗液II，洗液III 洗涤磁珠，去除不含有微卫星的序列。洗涤方法是：洗液I在室温洗2 次，每次静置10min；洗液 II在68℃洗2次，每次静置15 min；洗液III 在室温快速洗2次，即可基本将不含微卫星的序列去除干净。

刺参微卫星DNA分子标记的分离及筛选

１３基因组ＤＡ片段同接头的连接．Ｎ
１３１接头的制备．．
ｌｆｅｔｒｈｉｔｇ
将两组寡核苷酸等比例混合，使每组的终浓度为２ｍｌＬ５￣ｏ，降温条件下进行／
５’ＧＡＣＣＴＧＴＧＡＣＴＧＧＧＡＣＣＡＡＴＣＴＴ３’ ＡＧＣＧＣＡＴＣＡＡＧＡＣＴＣＧＧＴｒＡＣＴＧ
ｅ．件设计引物６ｒ０软５５对。
微卫星ＤＡ分子标记的关键技术在于根据微卫星的两翼序列设计出适用的引物。本试验中，作Ｎ
者采用磁珠富集法分离刺参Ａｏｉｏｕ｝ｏｌｓｐｓｃｐｓａｎｕ的微卫星序列，并对其进行分析和初步筛选，以期ｔｈｐｃ
为刺参群体遗传标记研究和良种选育提供有力的分子遗传学研究工具。鉴于微卫星位点的侧翼序列保
究、个体亲缘关系鉴定、遗传病鉴定、分子进化和生物遗传作图等方面。在水产动物方面，李琪等¨ 应用杂交选择法分离出８对皱纹盘鲍微卫星标记，并采用磁珠富集
法对长牡蛎的微卫星克隆进行快速分离；孙效文等采用小片段法和磁珠吸附法获得了普通鲤的微卫星序列并进行了分析；鲁翠云等采用经典生物学方法获得了８个鳙的微卫星序列，并通过Ｐｉ— ２ｒｍ
摘要：采用磁珠富集法分离刺参Ａｏｉｏｕｊｏｉｓ的微卫星分子标记，ｐｓｃｐｓａｎｕｔｈｐｃ共获得阳性克隆１３个，２
其中１６０个含微卫星ＤＡ序列。分析结果表明：Ｎ完美型有４个，占４．８，非完美型有３个，占８５２％９
３．９％，复合型有１，占１．２；重复碱基数以双核苷酸重复最常见，占８．１，双核苷酸６７９个７９％４９％中又以Ｃ／Ｔ重复所占比例最大；在重复次数方面，以重复数为３一Ｉ、ｌ —ｌＡＧＯ次ｌ８次和ｉ３最为＞５次常见，各占３．２、２．２９６％６４％和１．８，重复数达１０次以上的有５个，最多的达到１８次，有２６９％０４８个微卫星序列微卫星含量丰富。筛选的２２对引物中，可产生出扩增产物的有ｌ，其中１引物７对６对

用磁珠富集法从AFLP片段中分离微卫星DNA标记(英文)

用磁珠富集法从AFLP片段中分离微卫星DNA标记(英文)高国庆;HE Guo-Hao;李杨瑞【期刊名称】《Acta Botanica Sinica（植物学报：英文版）》【年(卷),期】2003(45)11【摘要】将花生(Arachis hypogaca L.)基因组DNA经酶切后转变成AFLP DNA 片段,然后用生物素标记的简单重复序列(SSR)作探针与其杂交,杂交复合物固定到包被有链亲和素的磁珠上,经过一系列的洗涤过程,含有SSR的AFLP片段被吸附在磁珠表面。

这些片段经洗脱下来后,先用对应的AFLP引物扩增,再进行克隆和测序,根据SSR两端的保守序列设计引物,经过多态性分析后,便可得到微卫星DNA标记。

整个实验过程操作简单、消耗少,可在一周内完成,可作为从植物中分离SSR的一种简单有效的方法。

【总页数】4页(P1266-1269)【关键词】微卫星DNA标记;AFLP;磁珠分离;花生【作者】高国庆;HE Guo-Hao;李杨瑞【作者单位】广西农科院作物遗传改良生物技术实验室;Center for Biotechnology Research,Tuskegee University,Alabama 36083,USA【正文语种】中文【中图分类】S565.2;Q943【相关文献】1.磁珠富集法分离小黄李基因组微卫星DNA片段 [J], 薛华柏;乔玉山;许宽勇;章镇2.用磁珠富集法从AFLP片段中分离微卫星DNA标记 [J], 高国庆;HE Guo-Hao;李杨瑞3.用磁珠富集法从AFLP片段中分离微卫星DNA标记 [J], 高国庆;He Guohao;李杨瑞4.用磁珠富集法从AFLP片段中分离微卫星DNA标记 [J], 高国庆;HeGuohao;李杨瑞5.用磁珠富集法从AFLP片段中分离鹅微卫星DNA标记 [J], 屠云洁;陈宽维;章双杰;汤青萍;高玉时因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

磁珠富集法开发长臀鮠微卫星分子标记

磁珠富集法开发长臀鮠微卫星分子标记孔杰;蒋晓红;周洲;张竹青;周路;李道友【摘要】为长臀鮠遗传育种、种质鉴定和种苗流放等提供理论依据,采用磁珠富集法开发长臀鮠(Cranoglanis bouderius)微卫星分子标记,筛选获得阳性克隆进行分析,选取侧翼较长的序列,用PrimerPremier 5.0设计合成引物.结果表明:从596个白斑中筛选获得80个阳性克隆,测序获得微卫星序列47个,其中完美型31个(66％),非完美型14个(30％),复合型2个(4％).设计合成32对引物,通过优化反应条件,得到27对引物能扩增特异条带,其中多态性引物24对.【期刊名称】《贵州农业科学》【年(卷),期】2016(044)007【总页数】4页(P14-17)【关键词】磁珠富集;长臀鮠;微卫星标记【作者】孔杰;蒋晓红;周洲;张竹青;周路;李道友【作者单位】贵州省水产研究所,贵州贵阳550025;贵州省水产研究所,贵州贵阳550025;贵州省水产研究所,贵州贵阳550025;贵州省水产研究所,贵州贵阳550025;贵州省水产研究所,贵州贵阳550025;贵州省水产研究所,贵州贵阳550025【正文语种】中文【中图分类】S965.299长臀鮠（Cranoglanis bouderius），俗称牛毛鱼、牯鱼，隶属鲇形目（Siluriformes）、长臀鮠科（Cranoglanididae）、长臀鮠属（Cranoglanis），是珠江水系特有的名贵经济鱼类，在《中国濒危保护动物红皮书》中被列为易危鱼类［1］。

其分布于中国南部珠江水系，海南岛，云南的元江水系，贵州省南、北盘江和红水河流域以及越南的红河水系。

长臀鮠肉质鲜美、营养丰富，含有人体所需的7种必需氨基酸和10种非必需氨基酸，不饱和脂防酸含量高，深受大众欢迎，具有较高的经济价值［2］。

目前，对长臀鮠的研究主要集中在生理、营养和生物学特性方面，关于遗传多样性的报道甚少，且多为采用线粒体基因组［3］和AFLP分析的方法［4］。

磁珠富集法分离草鱼微卫星分子标记

磁珠富集法分离草鱼微卫星分子标记孙效文;鲁翠云;梁利群【期刊名称】《水产学报》【年(卷),期】2005(29)4【摘要】磁珠富集法是一种快速、高效的分离微卫星分子标记的方法.本研究通过该方法分离草鱼的微卫星分子标记.将草鱼(Ctenopharyngodon idella)基因组DNA经Sau3AI酶切,回收纯化400～900 bp片段,连上接头,构建"基因组PCR文库".用生物素标记的简单重复序列(CA)15作探针与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,经一系列的洗涤过程,去除磁珠表面不含有微卫星的片段.将吸附在磁珠上的片段洗脱,PCR扩增放大,再进行克隆和测序,根据微卫星两端的保守序列设计引物,即可得到微卫星分子标记.本研究又通过同位素标记的探针(CA)15进行二次杂交筛选,获得阳性克隆132个,所得到的阳性克隆经测序,86.36%含有微卫星序列,共获得130个微卫星DNA序列.用引物设计软件Primer Premier 5.0设计引物83对.【总页数】5页(P482-486)【作者】孙效文;鲁翠云;梁利群【作者单位】中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江,哈尔滨,150070;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江,哈尔滨,150070;大连水产学院生命科学与技术学院,辽宁,大连,116023;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江,哈尔滨,150070【正文语种】中文【中图分类】S917【相关文献】1.磁珠富集法开发长臀鮠微卫星分子标记 [J], 孔杰;蒋晓红;周洲;张竹青;周路;李道友2.磁珠富集法筛选池蝶蚌微卫星分子标记 [J], 陶然;史建伍;邱齐骏;盛军庆;王军花;洪一江3.磁珠富集法筛选兰州鲇微卫星分子标记 [J], 魏大为;连总强;吴旭东;王发新;肖伟;张利平4.磁珠富集法筛选实验豚鼠微卫星分子标记 [J], 朱亮;蔡月琴;屠珏;应华忠;徐剑钦;陈民利5.用磁珠富集法分离亚麻基因组微卫星分子标记 [J], 邓欣;陈信波;龙松华;王孝纯;高原;何东锋;王进;王玉富因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

磁珠富集法筛选大弹涂鱼CA微卫星序列

磁珠富集法筛选大弹涂鱼CA微卫星序列张晓菊;薛良义;林天势;蔡灿【摘要】以大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)基因组DNApool为材料,构建基因组PCR文库,采用链霉亲和素包被的磁珠富集法筛选目的片段.目的片段经克隆、测序验证后获得大弹涂鱼微卫星序列.在筛选的409个菌落中共获得209个阳性克隆,其中具有144个微卫星序列(GenBank登录号为HQ852252 -HQ852395),除去重复测序和侧翼链不足的序列,可以设计引物的微卫星序列有117条.【期刊名称】《生物技术通报》【年(卷),期】2011(000)011【总页数】6页(P193-198)【关键词】大弹涂鱼;微卫星;磁珠【作者】张晓菊;薛良义;林天势;蔡灿【作者单位】宁波大学生命科学与生物工程学院,宁波315211;宁波大学生命科学与生物工程学院,宁波315211;宁波大学生命科学与生物工程学院,宁波315211;宁波大学生命科学与生物工程学院,宁波315211【正文语种】中文大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)，俗称花跳、星跳及花弹涂鱼等，隶属于鲈形目、鰕虎鱼亚目、弹涂鱼科及大弹涂鱼属，系沿岸暖水广温广盐性两栖鱼类，在我国主要产于江苏、浙江、福建、台湾、广东和广西沿海。

大弹涂鱼的肉味鲜美，营养丰富，具有滋补功效，含有常见的16种氨基酸，深受国内外消费者喜爱，市场需求量大。

但由于自然海区大弹涂鱼滥捕现象日趋严重及海水污染等原因，大弹涂鱼自然资源大幅度减少，已趋衰退。

因此，加强对大弹涂鱼资源的保护和合理开发利用、广泛开展大弹涂鱼的人工养殖繁育工作是十分必要的。

微卫星(microsatellite)是指以少数几个核苷酸为单位多次重复的简单序列，其中以双核苷酸重复最为常见。

同其他分子标记相比，微卫星标记不仅具有极高的个体特异性、可重复性，而且能够提供丰富的多态位点及基因座位杂合度和纯合度等遗传信息，被广泛的应用到群体多态性检测[1，2]和遗传连锁图谱的构建[3－5]。

磁珠富集法筛选实验豚鼠微卫星分子标记

结果从约２０００个转化子中获得２０个阳性克隆。对其中９个进行了测序，成功设计豚鼠微卫星引物１４８并７对。
结论
经过优化的磁珠富集法能够稳定、效地获得豚鼠微卫星标记。本研究获得的微卫星位点将成为豚鼠遗传高
应用磁珠和生物素标记的
微卫星探针与豚鼠基因组酶切片段杂交，获２０～１０ｐ含有微卫星序列的ＤＡ片段，接到ｐＤ１Ｖ载体捕０００ｂＮ连Ｍ一８中，化到感受态细胞ＥｏＨｄ中构建富集微卫星序列的小片段插入文库。然后用ＰＲ法进行筛选。转．ｃｌＤ５ｉＣ
朱亮，蔡月琴，屠珏，应华忠，徐剑钦，陈民利
（江中医药大学动物实验研究中，１医学研究中心，州浙５￣较／杭３０５）１０３
【要】目的直接从实验豚鼠基因组ＤＡ中筛选获得微卫星分子标记。方法摘Ｎ
２１００年６月
中国比较医学杂志
ＣＨＩＮＥＳＯＵＲＮＡＬＯＦＣＯＭＰＡＴＩＥＪＡＲＶＥＭＥＤＩＩＣＮＥ
Ｊｎ，２０ｕｅ０１
Ｖｏ．ＯＮ０６１２．
第２Ｏ卷
第６期
磁珠富集法筛选实验豚鼠微卫星分子标记

磁珠富集法分离柿微卫星标记_阮小凤

DOI:10.13207/ ki.jn wafu.2008.05.026第36卷　第5期西北农林科技大学学报(自然科学版)V ol.36No.5 2008年5月Jour nal of N o rthwest A&F U niver sity(Na t.Sci.Ed.)M ay2008磁珠富集法分离柿微卫星标记阮小凤1,G abi K rczal2,杨　勇1(1西北农林科技大学园艺学院,陕西杨凌712100;2莱茵兰普法尔茨州植物研究所,67435Neu stad t/W ein straβe,德国)[摘　要]　【目的】分离柿属植物的微卫星标记,为柿种质资源的分类、进化等遗传研究奠定基础。

【方法】提取磨盘柿(Diospy ros kaki)基因组DN A后,用Eco RⅠ和MesⅠ2种内切酶酶切并连接接头,再用接头特异引物进行PCR扩增。

扩增产物与生物素标记的(GA)15和(A C)15探针杂交,杂交复合物用链亲和素包裹磁珠进行结合,得到单链DN A目标片段,经PC R扩增,连接pG EM-T载体,转化入感受态大肠杆菌,得到微卫星富集小插入片段D NA文库。

用Co lo ny-PCR法筛选阳性克隆,进行测序分析。

【结果】测序96个克隆,54个含微卫星序列,24个为有效微卫星序列,其中完美型(per fect)9个,占37.5%;非完美型(imperfect)7个,占29.2%;混合型(compound)8个,占33.3%。

(G A)n重复最为常见。

21条含微卫星序列已登录G enBank(A ccession Number:EF567396～EF567416)。

成功设计21对引物,经初步筛选,14对表现出多态性。

【结论】试验方法分离柿基因组微卫星简便有效,得到的多态性引物可用于柿种质资源的遗传研究。

[关键词]　柿;微卫星;磁珠富集[中图分类号]　S188;S665.202.4[文献标识码]　A[文章编号]　1671-9387(2008)05-0097-06Isolation of microsatellite in Diospyros kaki by m agnetic beadsRUAN Xiao-feng1,Gabi Krczal2,YANG Yong1(1College o f Horticultur e,Nor thwest A&F University,Yang ling,S haan xi712100,China;2RL P A groS cience,AlP lanta,Institute for P lant Resear ch,67435Neustad t/Weinstraβe,Ger many)A bstract:【Objective】Isolating microsatellite markers o f persim mon is impo rtant for germplasm re-sources,the classification and evo lution of persim mon's g enetic study.【Method】Geno mic DNA o f Diospy-ros kak i cv M opanshi w as ex tracted and dig ested with restriction enzy me Eco RⅠand MesⅠ.Adapters w ere ligated to the end of restriction frag ments.Ligated products w ere amplified by PCR w ith primers comple-m entary to adapte rs.The PC R pro ducts w ere hybridized w ith bio tin-labelled Oligo(GA)15and(AC)15 pro bes,hy bridized com plex w as fished by m agne tic beads coated with streptavidin.Then selected frag ments were am plified by using adapter specific prim ers and clo nedinto pGEM-T vecto rs and transformed into E. coli ho sts,SSR enriched genomic DNA library w as constructed.96clones w ere selected by colo ny-PC R method and then sequenced.【Result】24distinct micro satellite lo ci w ere detected.Of these sequences,9 (37.5%)w ere perfect repeat m otif,7(29.2%)im perfect and8(33.3%)compound repeat m otifs.(GA)n mo tif w as the mo st com mo n repeat.PCR primers w ere designed for21lo ci.GenBank Accession Number w as EF567396-EF567416.【Conclusion】14of the primer pairs w ere cha racterized w ith polym orphism by this sim ple and effective method,and could be used for genetic studies o n D iosp yros spp.Key words:Diospy ros kak i;microsatellite;magne tic beads enriched library＊[收稿日期]　2007-05-29[基金项目]　科技部国家科技基础条件平台项目(2005DKA21002-22)[作者简介]　阮小凤(1961-),女,陕西耀县人,副教授,硕士,主要从事果树分子生物学及资源鉴定评价研究。

磁珠富集法制备翘嘴红微卫星分子标记

农业生物技术学报 Journal of Agricultural Biotechnology 2008,16(4):610~615*基金项目：国家重点基础研究发展规划（973）（No.2004CB117405）和国家公益性计划资助项目（No.2005DIB4J024）资助。

**通讯作者。

Author for correspondence.研究员，博士生导师，主要从事水产动物基因工程育种研究。

Email:<sunxw2002@>. 收稿日期：20071111 接受日期： 20080102 ·研究论文· 磁珠富集法制备翘嘴红鲌微卫星分子标记 *张义凤 1,2, 孙效文 1 **, 鲁翠云 1 ,梁利群 1 , 徐伟 1 , 李勇 1,2 , 刘晓锋 1,2 (1.中国水产科学研究院黑龙江水产研究所，哈尔滨 150070；2. 大连水产学院生命科学与技术学院, 大连116023)摘要：根据生物素与链霉亲和素的强亲和性原理，采用生物素磁珠吸附微卫星富集法与传统的放射性同位素杂交法相结合开发翘嘴红鲌（）基因组微卫星资源。

结果表明，从 1400个菌落中筛选出 613个阳性克隆,占38.31%。

将 288 个进行测序,得到 262 个（94.44%）含有微卫星序列的克隆, 其中含有微卫星座位 280 个。

完美型 204 个，占 72.86%；非完美型 49个，占 17.5%；复合型27个，占 9.64%。

设计获得243对微卫星引物,合成 50对经 PCR 筛选,结果30对引物可扩增出特异性条带。

12对具有多态性。

关键词：翘嘴红鲌；微卫星；磁珠富集中图分类号: S188 文献标识码:A文章编号: 10061304(2008)04061006Microsatellite Enrichment by Magnetic Beads in(Bleeker)ZHANG Yifeng 1,2 ,SUN Xiaowen 1 **,LU Cuiyun 1 ,LIANG Liqun 1 ,XU Wei 1 ,LI Yong 1,2 ,LIU Xiaofeng1,2According to the hadroaffinity principle of biotin and streptavidin,microsatellite DNAs were isolated fromgenome by combining biotin capture method and radioactive labeling hybridization.In this experiment,613(38.31%)positive colonies were obtained through 1400colonies.Sequencing of 288positive colonies confirmed that 262of which contained microsatellite sequence clone and 280microsatellite loci.From these sequences,204repeat motifs (about 72.86%) were perfect,49repeat motifs (about 17.5%)were imperfect,27repeat motifs (about 9.64%)were compound.Two hundred and fortythree pairs of primers were designed with the software Primer 3.0,50pairs of primers were composed and screened.Results showed that 30pairs were used successfully to amplify special fragments,and 12pairs of them were polymorphism withinspecies.;microsatellite;enrichment by magnetic beads翘嘴红鲌（）为广分布鱼类，属鲤科（Cyprinidae ），鲌亚科（Abramidinae ） ,红鲌属()，分布于我国各大江河水系，现已成为我国重要的淡水经济鱼类之一。

用磁珠富集法分离亚麻基因组微卫星分子标记

用磁珠富集法分离亚麻基因组微卫星分子标记邓欣;陈信波;龙松华;王孝纯;高原;何东锋;王进;王玉富【期刊名称】《作物学报》【年(卷),期】2008(34)12【摘要】应用Dynal磁珠一生物素标记的微卫星探针(CT)15与亚麻基冈组DNA 酶切片段杂交,捕获300～1 500 bp含有微卫星序列的DNA片段,连接到pMD18-T载体中,构建富集微卫星序列的小片段插入文库.利用接头引物和根据微卫星核心序列设计的引物VRV(CT)15使用PCR方法直接对文库筛选,从422个转化子中获得了104个阳性克隆,对其进行测序分析,获得了97个微卫星序列,微卫星序列的富集效率达到22.99%,PCR扩增筛选效率93.27%.对97个微卫星序列进行比对分析,其中51个重复序列的两端序列高度相似,据其设计的特异引物对阳性克隆进行2次筛选,能淘汰相似度高的同类序列,提高筛选亚麻微卫星标记的效率.【总页数】7页(P2099-2105)【作者】邓欣;陈信波;龙松华;王孝纯;高原;何东锋;王进;王玉富【作者单位】中国农业科学院麻类研究所/农业部麻类遗传改良与工程微生物重点实验室,湖南长沙,410205;中国农业科学院麻类研究所/农业部麻类遗传改良与工程微生物重点实验室,湖南长沙,410205;湖南农业大学/作物基因工程;中国农业科学院麻类研究所/农业部麻类遗传改良与工程微生物重点实验室,湖南长沙,410205;黑龙江大学资源与环境研究室,黑龙江哈尔滨,150080;中国农业科学院麻类研究所/农业部麻类遗传改良与工程微生物重点实验室,湖南长沙,410205;湖南农业大学/作物基因工程;中国农业科学院麻类研究所/农业部麻类遗传改良与工程微生物重点实验室,湖南长沙,410205;湖南农业大学/作物基因工程;中国农业科学院麻类研究所/农业部麻类遗传改良与工程微生物重点实验室,湖南长沙,410205;中国农业科学院麻类研究所/农业部麻类遗传改良与工程微生物重点实验室,湖南长沙,410205【正文语种】中文【中图分类】S5【相关文献】1.磁珠富集法开发长臀鮠微卫星分子标记 [J], 孔杰;蒋晓红;周洲;张竹青;周路;李道友2.抑制PCR富集法分离三化螟基因组微卫星分子标记 [J], 周宇;杨琼;韩光杰;方继朝3.磁珠富集法分离小黄李基因组微卫星DNA片段 [J], 薛华柏;乔玉山;许宽勇;章镇4.磁珠富集法制备莲藕基因组的微卫星分子标记 [J], 潘磊;郑鹏;徐杰;全志武;李双梅;刘宏高;柯卫东;丁毅5.磁珠富集法分离草鱼微卫星分子标记 [J], 孙效文;鲁翠云;梁利群因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

磁珠富集法筛选池蝶蚌微卫星分子标记

磁珠富集法筛选池蝶蚌微卫星分子标记陶然;史建伍;邱齐骏;盛军庆;王军花;洪一江【摘要】Microsatellites molecular markers of Hyriopsis Schlegelii were obtained by using magnetic beads enrichment.The genomic DNA was firstly cut by Sau3AI,Then,the purified fragment was linked to Brown adapter.These fragments were hybridized with a biotin-labeled SRS (simple repeat sequenced)probe (AC) 12.The hybrid mixture was incubated with magnetic beads coated with streptavidin.After washing to re-move thenon-SSR fragments,the eluted single-stranded DNA contained the selected microsatellites DNA. The target DNA were amplified by using primers according to the linkers.The PCR product was cloned in-to the pMD19-T vector and transformed into DH5α.In this study,110 of 212 positive clones were se-quenced and 60 clones were identified as microsatellites sequences.In microsatellites sequences,the repeat-ed number of 80% sequences were above 10 repeats and 21.4% sequences were perfect.In addition,30 pairs of primers were designed according to microsatellites sequences and 10 pairs were used to amplify spe-cial fragments.These results showed that magnetic beads enrichment was an efficient methodto acquire microsatellites.In a word,the microsatellites which were obtained can offer useful genetic markers for stud-ying the diversity of Hyriopsis Schlegelii in the future.%通过磁珠富集的方法分离池蝶蚌（Hyriopsis Schlegelii）的微卫星分子标记。