miRNA目标位点预测工具介绍

miRNA结合位点预测软件RNAhybrid的使用教程

miRNA结合位点预测软件RNAhybrid的使⽤教程RNAhybrid的介绍RNAhybrid是Behmsmeier M等基于miRNA和靶基因⼆聚体⼆级结构开发的miRNA靶基因预测软件。

RNAhybrid预测算法禁⽌分⼦内、miRNA分⼦间及靶基因间形成⼆聚体，根据miRNA和靶基因间结合能探测最佳的靶位点。

尽管随着靶基因序列长度增加，运算复杂度也相应增加，但RNAhybrid和其它RNA⼆级结构预测软件诸如mfold, RNAfold, RNAcofold和pairfold相⽐，仍具有明显的速度优势。

此外，RNAhybrid允许⽤户⾃定义⾃由能阈值及p值，也允许⽤户设置杂交位点的偏向，如杂交位点必须包含miRNA 5’端2-7nt等。

1.RNAhybrid的下载与安装1wget https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/applications/rnahybrid/resources/downloads/RNAhybrid-2.1.2.tar.gz2tar -xzvf RNAhybrid-2.1.2.tar.gz3 cd /path/to/ RNAhybrid-2.1.24 ./configure5 sudo make #这⾥尽量使⽤管理员模式，不然容易出错6 sudo make install验证是否安装成功，可以输⼊which RNAhybrid，如显⽰地址，则安装成功，以下是⽤win10下的WSL下的ubuntu做的⽰范：2.输⼊⽂件的准备1.target sequence(s)This contains one or more sequences that are used by RNAhybrid to hybridize the miRNA(s) on. RNAhybrid uses all this sequences to find minimal free energy hybridisations between miRNA(s) and target sequence(s). Sequences should be in RNA.fasta format but RNAhybrid can also use DNA.fasta files. A single Sequences one can use can contain up to 50000 basepairs.2.miRNA sequence(s)contains one or more micro RNA(s) that RNAhybrid uses to hybridize with the RNA sequences and to find the minimal free energy hybridization. A single micro RNA sequence can contain up to 2000 basepairs.3.RNAhybrid的使⽤Usage: RNAhybrid [options] [target sequence] [query sequence].options:-b <number of hits per target> #意思是⼀个miRNA和⼀个target sequence的某⼀段序列匹配情况最多列出⼏次，⽐如⼀个miRNA和⼀个target sequence的某⼀段序列匹配存在多种情况，则-b 1就是列出最优的匹配情况，⼀般选1就⽐较好。

miRNA预测步骤

miRNA的预测采用Vitulo等(2011)的方法，并加以改进，具体步骤是：(1)从miRbase数据库中(18.0)下载所有的已鉴定的植物miRNA，去除重复序列后作为搜索序列库，与7DL的Survey序列进行Blast比对，参数设置为阈值为E-10。

(2)挑选小于或等于4个碱基的错配,且在同一个序列上既有正向匹配，又有反向匹配区段的Survey序列，作为候选的序列。

(3)将候选序列中与已知miRNA匹配的位点的上、下游各13个nt及上下之间的序列提取出来进行序列二级结构预测。

(4)用mFold软件(Zuker 2003)预测miRNA前体的二级结构，并计算其最小自由能指数(MFEI)MFEI=AMFE/(G+C)%,其中AMFE是100nt的最小自由能，G+C是序列的GC含量。

MFEI大于0.85的作为候选miRNA (Zhang et al 2005)。

(5)将候选的miRNA与NCBI中的蛋白数据库(Uniprot)进行比对，剔除可能的蛋白编码序列，筛选标准是E-value 0.001，一致性大于30%, 相似性50%，read coverage 50%，Protein coverage 1%，得到7DL的miRNA前体及其成熟miRNA。

教你玩转miRNA靶基因及其结合位点的预测

教你玩转miRNA靶基因及其结合位点的预测研究miRNA的老师们都清楚miRNA靶基因预测的重要性，之前的文章《研究miRNA，这些数据库你必须得知道！| 常用数据库汇总》给各位老师介绍了一些常用的miRNA研究数据库，今天就为大家挑选几个常用的数据库介绍一下其使用方法。

这些数据库一般是通过预测miRNA种子区与mRNA的结合情况来预测靶基因。

种子区（seedregion）指的是miRNA上进化最为保守的片段，从第2个到第8个核苷酸，通常与mRNA 3’-UTR上的靶位点完全互补。

每个数据库都有自己独特的一套规则，但主要遵循以下几个基本原则：miRNA与其靶位点的互补性；miRNA 靶位点在不同物种之间的保守性；miRNA-mRNA双链之间的热稳定性；miRNA 靶位点处不应有复杂的二级结构等。

当然，具体允许有多少个错配，哪里有错配，这就因数据库而异了。

当然，这种预测也并不是完全正确的，因为动物miRNA:mRNA双链往往含有错配、缺口或凸出，因此，预测并不一定是准确的。

不过，对于分值最高的匹配，后续实验的成功率还是挺高的。

以下便是人们常用的miRNA靶点预测工具及其使用方法。

>>>>植物miRNA靶基因的预测psRNATarget网址：/psRNATarget/该网址有三种模式可以选择：载入miRNA的信息预测其靶基因；载入一个基因预测miRNA；同时载入miRNA和基因预测结合情况。

我们将拟南芥的miRNA: ath-miR156a-5p Fasta格式序列输入，cDNA选择拟南芥最新数据库，点击Upload&Submit：>ath-miR156a-5pMIMAT0000166UGACAGAAGAGAGUGAGCAC结果就是酱紫的：>>>>动物靶基因预测动物靶基因预测数据库比较多，我们只挑选几个最常用的介绍一下。

TargetScan网址：/vert_71/TargetScan（）由麻省理工学院的Benjamin Lewis等人在2003年开发，它通过搜索与每个miRNA的种子区匹配的保守位点而预测miRNA的靶基因。

miRNA分析介绍【高通量测序】

封面页（设计好之后可以删掉这个文本框哦）miRNA分析介绍袁力赟2015-8-28主要内容❝背景介绍❝实验流程❝分析流程、常用软件❝初级分析❝高级分析❝生物学意义分析Non-Coding RNANon-coding RNA的分类❝管家ncRNA:持续表达，是保持细胞正常和活力的所必须，rRNA, tRNA, snoRNA, snRNA, scRNA❝调控ncRNA:只在特定时期表达（比如物种发育，外界刺激）等调控其他基因的表达；micRNA, siRNA, piRNA等rRNA tRNAPiRNA ：Gene silencingsnRNA ：Pre-mRNA splicing snoRNA ： rRNA modificationscRNA ：protein synthesis and transport miRNA ：gene expressionSmall RNARNA Length(nt)rRNA 120-tRNA 70-90snoRNA 60-400snRNA 100-300scRNA 100-300miRNA 18-25siRNA 18-21piRNA 22-33siRNA miRNAmiRNA的产生过程miRNA hairpinmicRNA❝在所有的small RNA中miRNA是最保守的，调控作用和范围比较广泛，目前研究的比较成熟的调控RNA。

❝1993年Victor Ambros等人在线虫中发现第一个miRNA LIN-4,调控lin-14蛋白质丰度。

❝2000 年发现第二个let-7, 抑制lin-41, lin-14, lin-28, lin-42, daf-12蛋白质的表达。

❝2014年 miRBase已经收录219个物种，28646个成熟miRNA序列。

micRNA权威数据库❝miRBase : miRNA序列数据、注释、预测靶基因等信息的全方位数据库，存储信息最全的公共数据库之一❝miRGene : miRNA基因组及调控数据库❝miRNAMap : miRNA 基因组图谱及miRNA靶基因❝PMRD：植物miRNA数据库/index.shtmlmiRBase❝miRBase 包含3个内容：❝miRBase Sequences所有发表的miRNA序列，基因组位置和相关的注释信息。

microRNA靶基因预测算法概述

microRNA靶基因预测算法概述从《科学》杂志公布2007十大科技进展（）看,miRNA这个2002年的"明星分子"(记得92还是96年也有个明星分子"NO")仍将成为今后一段时间内生物医学领域的研究热点。

现越来越多的医务工作者、基础医学工作开始关注miRNA潜在的临床应用，但miRNA靶基因实验证实现还没有统一规范的操作方案，大多仍依赖于计算预测的方法，现就目前常用的miRNA靶基因预测算法归纳如下：1.第一代靶基因预测软件1.1 miRandamiRanda是John等[12]于2003年5月开发的第一个miRNA靶基因预测软件。

miRanda适用范围广泛（见表1），不受物种限制，同时提供了windows, linux, 和macintosh多平台版本，可以下载到本地运行。

碱基互补方面，miRanda算法和Smith-Waterman算法[13]相似，但它以碱基互补（如A=U, G≡C等）代替Smith-Waterman算法中的碱基匹配(如A-A,U-U等) 来构建打分矩阵，允许G=U错配，为了体现miRNA 3’端和5’端和靶基因作用过程中的不对称性，软件给出了scale参数（5’端11个碱基得分值乘以该值，然后和3’端11个碱基得分值相加作为碱基互补得分）。

同时强调miRNA第2到4位碱基和靶基因精确互补，第3到12位碱基和靶基因错配不得多于5个，9到L- 5（L为miRNA总长）位碱基至少一个错配，最后5个碱基错配不得多于两个。

在热力学方面，miRanda利用维也纳软件包中的RNA二级结构程序包RNAlib（Vienna 1.3 RNA secondary structure programming library）评估miRNA-靶基因二聚体的结合能，对于潜在的杂交位点，miRanda也给予打分。

靶位点的跨物种保守性，要求靶位点在多物种3’UTR比对中相同位置碱基相同。

mirna研究方法

mirna研究方法引言：MicroRNA（miRNA）是一类短链非编码RNA，在生物体内起着重要的调控作用。

为了深入了解miRNA的功能和机制，科学家们开展了大量的miRNA研究工作。

本文将介绍一些常用的miRNA 研究方法，包括miRNA检测、miRNA定量和miRNA功能研究等方面。

一、miRNA检测方法1. Northern blottingNorthern blotting是一种最早被用于miRNA检测的方法。

该方法通过RNA电泳分离并转移到膜上，然后使用标记的miRNA探针与目标miRNA发生互补杂交，再通过探针标记物的检测来确定目标miRNA的存在与否。

尽管Northern blotting具有高度特异性，但是它需要大量的RNA样品，并且操作复杂，所以在miRNA检测中逐渐被其他方法所取代。

2. 基于PCR的方法a. Reverse transcription-PCR（RT-PCR）RT-PCR是一种常用的miRNA检测方法。

它首先通过逆转录将miRNA转化为cDNA，然后使用特定的miRNA引物进行PCR扩增，最后通过凝胶电泳分析PCR产物。

RT-PCR可以检测低丰度的miRNA，但是由于miRNA本身长度较短，所以设计引物时需要特别注意。

b. 实时定量PCR（qPCR）qPCR是一种常用的miRNA定量方法。

与常规PCR不同，qPCR 可以实时监测PCR过程中的产物累积量，从而准确测量miRNA的表达水平。

qPCR具有高灵敏度、高特异性和高通量的优点，被广泛应用于miRNA的定量研究。

二、miRNA定量方法1. microarray技术microarray技术是一种高通量的miRNA定量方法。

它基于探针与miRNA的互补杂交，通过检测探针与miRNA的结合信号来确定miRNA的表达水平。

microarray技术可以同时检测数千种miRNA，因此被广泛应用于miRNA表达谱分析和疾病标志物筛选等领域。

干货--microRNA必备知识系列

⼲货--microRNA必备知识系列简介MicroRNA (miRNA) 是⼀类内⽣的、长度约为20-24个核苷酸的⼩RNA，其在细胞内具有多种重要的调节作⽤。

每个miRNA可以有多个靶基因，⽽⼏个miRNA也可以调节同⼀个基因。

这种复杂的调节⽹络既可以通过⼀个miRNA来调控多个基因的表达，也可以通过⼏个miRNA的组合来精细调控某个基因的表达。

据推测，miRNA调节着⼈类三分之⼀的基因。

最近的研究表明⼤约70 %的哺乳动物miRNA 基因是位于TUs区( transcription units , TUs ) ( Rodriguez et al ,2004) ,且其中⼤部分是位于内含⼦区( Kim &Nam , 2006) 。

⼀些内含⼦miRNA 基因的位置在不同的物种中是⾼度保守的。

miRNA 不仅在基因位置上保守, 序列上也呈现出⾼度的同源性(Pasquinelli etal , 2000 ; Ruvkun et al , 2001 ; Lee & Ambros ,2001) 。

miRNA ⾼度的保守性与其功能的重要性有着密切的关系。

miRNA 与其靶基因的进化有着密切的联系, 研究其进化历史有助于进⼀步了解其作⽤机制和功能。

MicroRNAMicroRNA（miRNA）是⼀类内⽣的、长度约20-24个核苷酸的⼩RNA，⼏个miRNAs也可以调节同⼀个基因。

可以通过⼏个miRNAs的组合来精细调控某个基因的表达。

据推测，miRNA调节着⼈类三分之⼀的基因。

MicroRNA存在多种形式，最原始的是pri-miRNA，长度⼤约为300~1000个碱基；pri-miRNA经过⼀次加⼯后，成为pre-miRNA即microRNA前体，长度⼤约为70~90个碱基；pre-miRNA再经过Dicer酶酶切后，成为长约20~24nt的成熟miRNA。

实际研究中，pre-miRNA应⽤最早，也最⼴泛，很多商业化的MicroRNA库都是pre-miRNA形式的。

Get新技能，教你一招准确预测靶基因

Get新技能，教你一招准确预测靶基因MicroRNA，是一类进化上高度守的小分子非编码 RNA，约21－25nt长的单链小分子RNA。

它广泛存在于真核生物中，是一组不编码蛋白质的短序列RNA，其本身不具有开放阅读框。

MicroRNA作用机制主要表现为降解或抑制靶基因的表达。

miRNA5’端2-8个碱基被称为miRNA种子序列。

通过种子序列与靶mRNA 的 5'-UTR和3'-UTR区结合实现。

通过种子序列与靶基因完全配对，促进靶基因去掉polyA 尾，降低mRNA稳定性，促进其降解。

miRNA与靶基因的作用是miRNA行使其生物学功能的基础，寻找miRNA的靶基因是miRNA研究的核心内容。

运用生物信息学的方法，研究者可以预测某个基因都有哪些miRNA可能与其作用。

miRNA与靶基因间的相互作用仍然具有一定的规律性。

目前常规的算法主要遵循以下几个常用原则：（1）miRNA与靶基因的互补性。

（2）miRNA靶位点在不同物种之间的保守性。

（3）miRNA-mRNA双链之间的热稳定性。

（4）miRNA靶位点不会有复杂的二级结构。

（5）miRNA 5’端于靶基因的结合能力强于3’端。

基于以上原则，miRNA常用的靶基因预测网站有Targetscan网站，miRanda网站，RNAhybrid网站等。

其中TargetScan提出了“种子区”的概念，增加了预测的精确度。

miRanda是将miRNA-mRNA之间的序列匹配，保守性及热稳定性作为计算参数，有比较好的检出率，但是假阳性率也较高。

RNAhybrid的研究重点在RNA二级结构预测方面，能够更快速准确地计算miRNA-mRNA双链的自由能，降低了假阳性率。

今天为大家重点介绍RNAhybrid网站。

RNAhybrid是Rehmsmeier等人在2004年开发的一种基于分析miRNA和靶基因间形成双链的二级结构，从而预测miRNA靶基因的软件。

miRNA目标位点预测工具介绍

实例如下：
TargetScan网页接口界面
TargetScan网页接口运行结果
在UCSC上显示TargetScan运行结果
二、miRanda Target Detection介绍
2种运行模式：
本地运行 1、运行在linux环境下 2、程序和相关数据下载地址：
/microrna/getDownloads.do
miRanda Target Detection本地运行结果实例
miRanda Target Detection网页接口界面
miRNA search
Target mRNA search
miRanda Target Detection查询结果界面
miRanda Target Detection结果详情界面
2、运行命令行
targetscan_50.pl miR_Family_info_sample.txt UTR_Sequences_sample.txt TargetScan_50_output.txt
3、输出文件
包含以下13列数据：GeneID、miRNA_family_ID、species_ID、 MSA_start、MSA_end、UTR_start、UTR_end、Group_ID、 Site_type、miRNA in this species、Group_type、 Species_in_this_group、Species_in_this_group_with_this_site_type
miRDB 结果界面
根据具体的研究要求，综合考虑来自多个预测工具的结果。
例子：
CDC2L6 CDC2L6 LPHN1 ZNF197
10090 9615 10090 9606

基于机器学习的miRNA靶标预测方法

基于机器学习的miRNA靶标预测方法1刘辉1，张林1，徐钊1中国矿业大学信息与电气工程学院，江苏徐州 (221008)E-mail：lhcumt@摘要：microRNA（miRNA）是一类长约20个核苷酸（nt）的非编码的调控小分子RNA，能够切割靶mRNA或抑制靶mRNA合成蛋白质的过程，因而对后转录调控有非常重大的作用。

正确地预测miRNA的靶基因已经是业界研究的热点之一。

本文提出一种新的基于统计理念的学习方法进行miRNA靶标判别特征的提取，再使用SVM分类器进行miRNA靶标的预测。

经仿真结果表明，该方法能够比目前已有的基于机器学习的miTarget算法获得更佳的性能。

关键词：microRNA 靶标预测生物信息学SVM 分类器中图分类号：TP1811．概述miRNA是一类长度约为20nt的5’端带磷酸基团、3’端带羟基的非蛋白编码的调控小分子RNA，不具备ORF，不编码蛋白质，由一段具有发卡环结构的长度为70～80 nt的单链RNA前体剪切后生成。

通过mRNA的3’端非翻译区（3’UTR）的非完全互补配对抑制蛋白质的合成或完全互补配对切割靶mRNA，从而对生长发育进行后转录调控作用。

因此，识别miRNA调控的基因靶标对于理解其生物功能有着非常重大的意义[1,2]。

目前，比较流行的miRNA靶标预测算法有TargetScan，miRanda和PicTar。

但实际上它们沿袭了相似的方法和理念，并且都是基于已有的人类对miRNA及其靶标的认知。

基于机器学习的miTarget算法[3]，不完全依赖于人类已有认知，但其预测性能还有待提高。

因此本文提出一种新的基于统计理念的学习方法进行判别特征的提取，再使用SVM分类器[4,5]进行miRNA靶标的预测。

首先，建立样本数据集，包括靶标的3’UTR，314对经实验验证配对正确的miRNA和结合位点配对以及186对非正确配对的miRNA和结合位点配对。

非正确的miRNA序列配对通过将基因let-7和lin -14中实际的靶标区域屏蔽而得到。

microRNA靶基因预测算法概述

microRNA靶基因预测算法概述从《科学》杂志公布2007十大科技进展（）看,miRNA这个2002年的"明星分子"(记得92还是96年也有个明星分子"NO")仍将成为今后一段时间内生物医学领域的研究热点。

现越来越多的医务工作者、基础医学工作开始关注miRNA潜在的临床应用，但miRNA靶基因实验证实现还没有统一规范的操作方案，大多仍依赖于计算预测的方法，现就目前常用的miRNA靶基因预测算法归纳如下：1.第一代靶基因预测软件1.1 miRandamiRanda是John等[12]于2003年5月开发的第一个miRNA靶基因预测软件。

miRanda适用范围广泛（见表1），不受物种限制，同时提供了windows, linux, 和macintosh多平台版本，可以下载到本地运行。

碱基互补方面，miRanda算法和Smith-Waterman算法[13]相似，但它以碱基互补（如A=U, G≡C等）代替Smith-Waterman算法中的碱基匹配(如A-A,U-U等) 来构建打分矩阵，允许G=U错配，为了体现miRNA 3’端和5’端和靶基因作用过程中的不对称性，软件给出了scale参数（5’端11个碱基得分值乘以该值，然后和3’端11个碱基得分值相加作为碱基互补得分）。

同时强调miRNA第2到4位碱基和靶基因精确互补，第3到12位碱基和靶基因错配不得多于5个，9到L- 5（L为miRNA总长）位碱基至少一个错配，最后5个碱基错配不得多于两个。

在热力学方面，miRanda利用维也纳软件包中的RNA二级结构程序包RNAlib（Vienna 1.3 RNA secondary structure programming library）评估miRNA-靶基因二聚体的结合能，对于潜在的杂交位点，miRanda也给予打分。

靶位点的跨物种保守性，要求靶位点在多物种3’UTR比对中相同位置碱基相同。

SomamiR：肿瘤细胞miRNA突变位点专用数据库

SomamiR：肿瘤细胞miRNA突变位点专用数据库SomamiR是microRNA（miRNA）及其靶点中癌症体细胞突变的数据库，集成了多种类型的数据，用于研究体细胞和种系突变对癌症中miRNA功能的影响。

数据库还提供了存在miRNA靶序列体细胞突变与肿瘤相关的基因及其参与的通路。

这些突变可能改变miRNA与竞争性内源RNA（ceRNA）之间的相互作用，包括mRNA，环状RNA（circRNA）和长非编码RNA（lncRNA），它还为这些体细胞突变的功能分析提供了一个集成平台。

SomamiR DB在miRNA或与癌症密切相关的靶位点中包含体细胞和种系突变的集合。

具体而言，这些突变中的大多数符合以下标准（a）与GWAS或CGAS中的癌症风险相关；（b）有实验证据表明该突变改变了miRNA的功能。

通过点击将miRNA相关多态性与癌症或癌症相关联的实验证据，可以浏览符合这些条件的miRNA及其靶位点的突变。

实验证据分别将miRNA中的多态性与癌症联系起来。

SomamiR/SomamiR/home.phpSomamiR主页SomamiR DB包含体细胞突变，可改变mRNA，lncRNA和circRNA中的miRNA序列和miRNA靶位。

我们通过将它们与大量GWAS，CGAS，KEGG途径相关联来注释这些体细胞突变。

集成了新开发的Web服务器miR2GO，用于功能分析miRNA种子中的体细胞突变。

如上图所示，我们可以从六个模块认识、使用这个数据。

Somatic mutations in miRNA sequence查看miRNA序列中的体细胞突变我们可以在中间框框这里滑动待选的癌种类型，提交后可以看到下面表格中进行更新，可以看到对于的microRNA ID对于的突变和突变ID、位置、数目、样品名称、癌症类型（组织位置）还有miR2GO 对体细胞突变的功能分析。

点击蓝色类型的字，可以跳转相关链接。

这个数据表也是可以下载的。

速读miRNA生物信息学工具的发展趋势

速读miRNA生物信息学工具的发展趋势MicroRNAs(MiRNAs)是一种通过识别同源序列和干扰转录、翻译或表观遗传过程来调控基因表达的小型非编码RNA。

为miRNA研究开发的生物信息学工具包括用于miRNA预测和发现、结构、分析和目标预测的工具。

可以预见，未来的miRNA生物信息学工具将具有以下特点：(1)针对新的miRNA知识，(2)分析高通量miRNA技术数据，(3)整合多水平组学数据，(4)重点研究人类疾病。

本综述突出了miRNA生物信息学工具开发的趋势，这可能有助于指导和改进未来的活动和努力。

虽然不存在用于完整miRNA分析的全面工具，但可以从现有工具构建健壮的分析管道。

一个通用的miRNA生物信息学分析工作流程见下图。

作者手动编制了95篇评论论文和∼1000 miRNA生物信息学工具，这些工具自2003年以来出版。

根据引文数或PageRank评分对它们进行分类和排序，然后进行网络分析和文本挖掘(TM)，以研究miRNA 工具的发展趋势。

可分为以下几个主要主题：miRNA识别、miRNA目标预测、miRNA调控网络、表达谱、特征(疾病或胁迫、生物标志物)关联、NGS工具、基于机器学习算法的工具和植物专用工具。

2005年以来回顾中提到的miRNA识别和miRNA目标预测的圆形图形。

每个部门都载有每年发表的审查报告。

每一列代表一篇评论论文，每个颜色不同的块都表示评审论文中的特定主题。

作者观察到五大发展趋势：(1)miRNA识别和目标预测是近十年来的热点；(2)手工管理和TM是收集文献中miRNA知识的主要方法；(3)大多数早期工具得到了很好的维护和广泛应用；(4）经典的机器学习方法保留了它们的实用性；然而，新的机器学习方法已经开始出现；(5)与疾病相关的miRNA工具正在出现。

作者的分析对miRNA工具的过去发展和未来方向有着重要的洞察力。

【资源】miRNA数据库及靶基因分析软件

【资源】miRNA数据库及靶基因分析软件【资源】miRNA数据库及靶基因分析软件miRNA数据库及靶基因分析软件1.miRBase: miRBase序列数据库是一个提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。

miRBase提供便捷的网上查询服务，允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息。

2.miRecords: /动物mirna的靶相互作用的数据库, 包括人工收集实验验证的, 预测的miRNA的靶目标. 靶标预测工具DIANA-microT, MicroInspector, miRanda, MirTarget2, miTarget, NBmiRTar, PicTar, PITA, RNA22, RNAhybrid, and TargetScan/TargertScanS.3.PMRD: /PMRD/ PMRD是一个关于植物microRNA数据库，包括了microRNA序列和它们的靶基因、二级结构、表达谱、基因组搜索等等，并且该数据库尝试着整合大量的关于植物microRNA的数据。

4.CoGeMiR: http://cogemir.tigem.it/CoGeMiR数据库总结关于在进化过程中microRNA在不同9.miRGen:/miRGen.htm lmiRGen是一个整合型数据库,包括：(i)动物miRNA和基因组元件之间的位置关系;(ii)通过结合广泛使用的靶基因预测程序得到动物miRNA靶基因。

10.miRNAMap:.tw/ miRNAMap数据库搜集了多个物种的经过试验证明的microRNA和miRNA靶基因，其中包括人类的、小鼠的、大鼠的以及其他多细胞动物的基因组。

11.Vir-Mir:.tw/cgi-bin/miRNA/ miRNA.cgiVir-Mir数据库提供预测的病毒miRNA的候选发夹结构序列。

经典的miRNA靶标预测数据库

经典的miRNA靶标预测数据库“胡，starbase是干嘛的？”“不就是预测miRNA与mRNA结合的数据库嘛。

”“还有呢？”“。

”相信大家都听说过starbase，很火，是的，连实验外包公司都用它，能不火嘛！但是你对它真正了解多少呢？好啦，下面我们就来系统的介绍一下它。

首先，官网地址要知道：/starbase是从高通量的CLIP-Seq实验数据和降解组实验数据中搜寻micorRNA靶标，提供了各式各样的可视化界面去探讨microRNA 的靶标，包含了miRNA-mRNA、miRNA-lncRNA、miRNA-circRNA、miRNA-ceRNA和RNA-protein等的调控关系。

总而言之，该数据库从多维测序数据中识别出超过110万个miRNA-ncRNA，250万个miRNA-mRNA，210万个RBP-RNA和150万个RNA-RNA 相互作用，它还提供了进行miRNA，lncRNA，假基因和mRNA的存活和差异表达分析的平台。

根据官网地址，打开后主页面如下：根据其菜单栏模块多少就能知道该数据库内容极其丰富，下面小编就几个常用的模块来简单介绍一下该数据库的用法。

1. miRNA-Target预测miRNA的靶基因。

该模块提供miRNA-mRNA、miRNA-lncRNA、miRNA-pseudogene、miRNA-circRNA和miRNA-sncRNA的相互作用网络，这里我们以miRNA-mRNA为例，展示如何根据特定的miRNA预测与其结合的mRNA，具体操作如下图所示。

以hsa-let-7a-5p为例，通过左侧面板进行具体设置。

比如我们搜索人体内该miRNA的结合靶标时，进行如下设置即可。

其中mammal代表哺乳动物，CLIP Data可以调整支持CLIP-seq实验的次数以控制预测的严格性，Program Number选择实验数目，Predicted Program可以选择使用哪些预测软件来进行预测：提交后结果如下：点击上图基因NAP1L1所在行TargetScan列的，可以看到TargetScan预测的hsa-let-7a-5p与基因NAP1L1的具体结合位点。

miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测

miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测
1. miRBase数据库介绍及miRNA数据下载
2.miRBase物种名缩写
3.miRNA 靶向预测软件targetscan
4.RNA相互作用神器——ENCORI
也给大家介绍过一些miRNA数据处理相关的内容
1.如何获取人的所有miRNA ID
2.三种方法提取miRNA成熟体序列
3.R下载合并ENCORI miRNA靶基因数据
还给大家介绍过如何基于ENCORI数据库和Targetscan数据库里面的数据，利用R来批量预测miRNA的靶基因，包括miRNA-mRNA,miRNA-lncRNA以及miRNA-circRNA之间的调控关系。

1.R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-ENCORI篇
2.R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-TargetScan篇
可能有些小伙伴会觉得公众号里面的内容比较分散，不够系统。

虽然批量预测的代码，我写
了很详细的注释，可能还是有些小伙伴觉得理解起来有些费劲。

所以我特地将miRNA相关数据
介绍和miRNA靶基因批量预测整理成了一个线上课程。

除了公众号里面已经讲解过的miRBase，ENCORI和targetscan这几个数据库，我还增加了另外一些常用的数据库，如mirTarBase，miRcode。

对ENCORI和targetscan这两个数据也进行了更深入和细致的讲解。

对于R批量预测miRNA靶基因的代码，也利用视频进行了详细的讲解，方便大家理解。

课程的详细信息如下
miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测
课程网址：
课程二维码：。

mirna profile age index (mirpai)指数

mirna profile age index (mirna)指数mirna是一种小型RNA分子，对基因表达具有调控作用。

随着年龄的增长，mirna的表达模式会发生改变，从而影响生物体的生理机能。

为了量化这种改变，研究人员提出了mirna年龄指数（mirna Profile Age Index，mirna）。

mirna是一种基于血液样本中mirna表达模式的年龄预测工具。

通过对大量样本进行分析，研究人员发现特定的mirna表达模式与年龄密切相关。

利用这些mirna特征，mirna可以准确地预测个体的年龄。

mirna的应用范围广泛，可以从以下几个方面展开讨论：1.生物标志物：mirna可以作为生物标志物，用于评估个体的年龄。

这种指数有助于研究衰老过程、监测生理机能的改变，以及评估抗衰老治疗的效果。

2.疾病风险预测：随着年龄的增长，人体容易出现各种疾病，如心血管疾病、肿瘤等。

mirna可以用于预测个体患病的风险，从而有针对性地进行预防和干预。

3.个性化医疗：mirna可以为个性化医疗提供依据。

通过分析患者的mirna 表达模式，可以针对其年龄特点制定更合适的治疗方案。

4.抗衰老研究：mirna有助于抗衰老研究。

研究人员可以利用这一工具研究mirna在衰老过程中的作用机制，以及寻找潜在的抗衰老治疗策略。

5.基因调控：mirna可以用于研究mirna在基因调控中的作用。

通过分析mirna表达模式的改变，可以深入了解基因在衰老过程中的调控机制。

总之，mirna作为一种基于mirna的年龄预测工具，为研究衰老过程、监测生理机能改变、评估抗衰老治疗效果以及制定个性化医疗方案提供了新的思路。

miRNA目标位点预测工具介绍(PPT37张)

Gene symbol or transcript ID
Species/taxonomy ID Sequence 例子：
CDC2L6 CDC2L6 LPHN1 ZNF197 10090 9615 10090 9606 CCCACUCCCU---CU------------……. CCG-CCACGG--------------------……. GGGGC-CUCAUGGACCCGA……. A-AGACACCACGAGAAACAG……来自多个预测工具的结果。
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1、想要体面生活，又觉得打拼辛苦；想要健康身体，又无法坚持运动。人最失败的，莫过于对自己不负责任，连答应自己的事都办不到，又何必抱怨这个世界都和你作对？人生的道理很简单，你想要什么，就去付出足够的努力。 2、时间是最公平的，活一天就拥有24小时，差别只是珍惜。你若不相信努力和时光，时光一定第一个辜负你。有梦想就立刻行动，因为现在过的每一天，都是余生中最年轻的一天。 3、无论正在经历什么，都请不要轻言放弃，因为从来没有一种坚持会被辜负。谁的人生不是荆棘前行，生活从来不会一蹴而就，也不会永远安稳，只要努力，就能做独一无二平凡可贵的自己。 4、努力本就是年轻人应有的状态，是件充实且美好的事，可一旦有了表演的成分，就会显得廉价，努力，不该是为了朋友圈多获得几个赞，不该是每次长篇赘述后的自我感动，它是一件平凡而自然而然的事，最佳的努力不过是：但行好事，莫问前程。愿努力，成就更好的你！ 5、付出努力却没能实现的梦想，爱了很久却没能在一起的人，活得用力却平淡寂寞的青春，遗憾是每一次小的挫折，它磨去最初柔软的心智、让我们懂得累积时间的力量；那些孤独沉寂的时光，让我们学会守候内心的平和与坚定。那些脆弱的不完美，都会在努力和坚持下，改变模样。 6、人生中总会有一段艰难的路，需要自己独自走完，没人帮助，没人陪伴，不必畏惧，昂头走过去就是了，经历所有的挫折与磨难，你会发现，自己远比想象中要强大得多。多走弯路，才会找到捷径，经历也是人生，修炼一颗强大的内心，做更好的自己！ 7、“一定要成功”这种内在的推动力是我们生命中最神奇最有趣的东西。一个人要做成大事，绝不能缺少这种力量，因为这种力量能够驱动人不停地提高自己的能力。一个人只有先在心里肯定自己，相信自己，才能成就自己！ 8、人生的旅途中，最清晰的脚印，往往印在最泥泞的路上，所以，别畏惧暂时的困顿，即使无人鼓掌，也要全情投入，优雅坚持。真正改变命运的，并不是等来的机遇，而是我们的态度。 9、这世上没有所谓的天才，也没有不劳而获的回报，你所看到的每个光鲜人物，其背后都付出了令人震惊的努力。请相信，你的潜力还远远没有爆发出来，不要给自己的人生设限，你自以为的极限，只是别人的起点。写给渴望突破瓶颈、实现快速跨越的你。 10、生活中，有人给予帮助，那是幸运，没人给予帮助，那是命运。我们要学会在幸运青睐自己的时候学会感恩，在命运磨练自己的时候学会坚韧。这既是对自己的尊重，也是对自己的负责。 11、失败不可怕，可怕的是从来没有努力过，还怡然自得地安慰自己，连一点点的懊悔都被麻木所掩盖下去。不能怕，没什么比自己背叛自己更可怕。 12、跌倒了，一定要爬起来。不爬起来，别人会看不起你，你自己也会失去机会。在人前微笑，在人后落泪，可这是每个人都要学会的成长。 13、要相信，这个世界上永远能够依靠的只有你自己。所以，管别人怎么看，坚持自己的坚持，直到坚持不下去为止。 14、也许你想要的未来在别人眼里不值一提，也许你已经很努力了可还是有人不满意，也许你的理想离你的距离从来没有拉近过......但请你继续向前走，因为别人看不到你的努力，你却始终看得见自己。 15、所有的辉煌和伟大，一定伴随着挫折和跌倒；所有的风光背后，一定都是一串串揉和着泪水和汗水的脚印。 16、成功的反义词不是失败，而是从未行动。有一天你总会明白，遗憾比失败更让你难以面对。 17、没有一件事情可以一下子把你打垮，也不会有一件事情可以让你一步登天，慢慢走，慢慢看，生命是一个慢慢累积的过程。 18、努力也许不等于成功，可是那段追逐梦想的努力，会让你找到一个更好的自己，一个沉默努力充实安静的自己。 19、你相信梦想，梦想才会相信你。有一种落差是，你配不上自己的野心，也辜负了所受的苦难。 20、生活不会按你想要的方式进行，它会给你一段时间，让你孤独、迷茫又沉默忧郁。但如果靠这段时间跟自己独处，多看一本书，去做可以做的事，放下过去的人，等你度过低潮，那些独处的时光必定能照亮你的路，也是这些不堪陪你成熟。所以，现在没那么糟，看似生活对你的亏欠，其实都是祝愿。

miRNA 结合位点查找的具体方法及步骤

miRNA 结合位点查找的具体方法及步骤寻找基因的3’UTR 和miRNA 的碱基序列，最终预测miRNA 与目标mRNA 在3’UTR 的结合位点，例如咱们在starbase 看到如下结果：划红线的结果是miR34A-5P 与BCL2 存在结合位点，有三个数据库预测到这种关系。

现在咱们用RNA22Sites 这个网站也来寻找miRNA 结合位点。

进入这个网站：https:///rna22/Interactive可以见到两个文本框，第一个是写miRNA 的序列，miRNA 查找基因序列一般用miRBase 查找，第二个文本框是写预测基因的UTR 序列，一般miRNA 结合在mRNA 的3’UTR 区，所以一般下面输的是某mRNA 的3’UTR 序列，直接进入NCBI 里找。

现在咱们先用miRBase 查找miRNA 的序列。

进入网站：/search.shtml在文本框里输入miRNA 的名字例如hsa-miR-34a-5p, 点击提交，进入点击进入下一页面这个结果就能输入到第一个文本框里头接下来到NCBI 里找到BCL2 的3’UTR 区，进入pubmed点击search 进入下一页点击红色方框人源的BCL2 进入下一页找到这一页底下的mRNA and Protein(s)，点击红色方框的NM000633.2找到CDS(这是Coding sequence 编码序列的意思)，点击它进入上图深色的是编码区，深色上方的四百多个碱基是5’UTR 区，深色下方所有碱基均为3’UTR 区，咱们需要的是FASTA 格式的碱基序列，所以先复制一小段3’UTR 起始段，如agtcaac，然后移动到此页上方找到点击FASTA, 进入下一页，用CTRL+F，在小方框内输入agtcaac 如下图找到3’UTR 区起始部，将下方的所有碱基全部复制到第二个文本框里头，如下图如上图在碱基序列的前方一定要「> 某基因」，这样这个网站才能识别，接着点击submit, 进入下一页结果此图即为预测到的结果图。