结构化学实验报告
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重庆大学化学化工学院《结构化学》实验报告
姓名学号:
年级专业:
指导老师:
重庆大学化学化工学院
2013年12月21日
实验一利用量子化学计算软件验证分子轨道理论和判断分子点群
一、主要仪器设备及软件
1、仪器:用于计算的计算机。
2、软件:gview
A、建模软件
(1) Chemoffice是一款广受化学学习、研究者好评的化学学习工具。
(2) GaussView 主要功能有创建三维分子模型,计算任务设置全面支持Gaussian 计算,和显示Gaussian计算结果等。
B、计算软件:
(1) Gaussian:量子化学领域最著名和应用最广泛的软件之一,由量子化学家约翰波普的实验室开发,可以应用从头计算方法、半经验计算方法等进行分子能量和结构;过渡态能量和结构;化学键及反应能量;分子轨道;偶极矩;多极矩;红外光谱和拉曼光谱,核磁共振,极化率和超极化率,热力学性质,反应路径等分子相关计算。
(2) Materials Studio:是ACCELRYS 公司专门为材料科学领域研究者所涉及的一款可运行在PC上的模拟软件。
(3) V ASP是使用赝势和平面波基组,进行第一定律分子动力学计算的软件包。
(4) Gamess-US: 由于免费与开放源码,成为除Gaussian以外,最广泛应用的量子化学软件,目前由Iowa State Uinversity的Mark Gorden 教授的研究组主理。
(5) CASTEP:是由密度泛函理论为基础的计算程式所组成,同时采用平面波(plane wave)为基底处理波函数,可针对具有周期性的固态材料表面进行化学模拟计算。
(6) ATK:是由丹麦公司QuantumWise A/S开发的一款通用的电子态结构计算软件。
其他量子化学计算软件目前,除了上面提到的几版著名量子化学计算软件之外,还有大量商业和免费的量子化学计算软件,其中绝大部分是从事量子化学或计算化学研究的实验室自行开发的,此外,一些著名的大型化学软件如HyperChem、Chem3D、Sybyl 等,也包含有量子化学计算包。
二、实验目的
1、了解常用的计算方法及相应的基组,如半经验方法有AM1、PM3等,从头算法有HF、B3LYP、MP n、CCSD等,基组3-21G(d),6-31+G(d)等。
2、学会利用建模软件构建简单的化学分子;会设置Gaussian的计算格式,能够对
计算结果进行利用分析;能够根据已学的理论知识利用软件判断简单分子的点群,且会设置计算。
3、会利用GaussView画分子结构和分子轨道图;能够用分子轨道理论解释O2、N2、F2、等简单分子,将阶层分子轨道能级顺序与分子轨道对应。
4、通过计算用休克尔原理解释苯和氯苯的电子态。
三、实验步骤
1. 利用GaussView建模
打开GaussView软件,执行File-New-Create ModGroup(Ctrl N)打开一个新的窗口,点击File下面的6C按钮,出现元素中期表,点击O,选择下面的中间双键O,在打开的新的窗口中点击两次,第二此点击没有O的双键末端,就建立成O2分子的模型。
2. Gaussian 计算
打开Gaussian窗口从路径找到保存O2-3.gjf和O2-1.gjf文件分别计算。
3.结果分析
(1) out或log文件
(2)GaussView分析
(3) 点开下面Surfaces Available:选择要显示的分子轨道,然后通过Surface Actions-show Surface,调整位置,保存图形为bmp格式,然后通过Surface Actions-hide surface 隐藏显示轨道,选择下一个分子轨道保存。
4.同样的方法计算N2,F2、CO、苯和氯苯。分析苯的休克尔分子轨道及相应的轨道类型。
实验数据:
1.O2单重态价电子组态:
∗)2
(σ2s)2(σ2s∗)2(π2px)2(σ2pz)2(π2py)2(π2px
计算结果:
%chk=D:\struct chemic\g09w\shiyan DATA\O2.chk
# hf/6-31+g(d,p) geom=connectivity
Title Card Required
0 1
O -1.32731959 0.41237113 0.00000000
O -2.48891959 0.41237113 0.00000000
1 2 2.0
2
分子轨道图:
(σ2s )2
(σ2s ∗)2
(π2px )2 (σ2pz )2
O 2三重态 价电子组态:
(σ2s )2(σ2s ∗)2(σ2pz )2(π2px )2(π2py )2(π2px ∗)1(π2py ∗)1
计算结果:
%chk=D:\struct chemic\g09w\shiyan DATA\O 2.chk # hf/6-31+g(d,p) geom=connectivity Title Card Required 0 3
O -1.32731959 0.41237113 0.00000000 O -2.48891959 0.41237113 0.00000000 1 2 2.0 2
分子轨道图:
(σ2s )1 (σ2s ∗)1 (σ2pz )1 (σ2px )1
(π2px ∗)2 (π2py ∗)0
(π2pz ∗)0
(σ2py )2