肿瘤基因检测的解读流程

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从临床进入基因检测流程是入口，检测结果结合临床信息进行合理解读是出口，临床这一入一出之间需经历检测前临床咨询部分、实验室部分、信息分析部分、患者信其中的第四部分临床解读部分即是根据检测结果、解读部分共四个环节。息、医生共识综合判断，临床和遗传咨询有效衔接、充分沟通，最终出具临床解读报告。包括解读的步在做成临床解读报告之前，首先需要将解读的各个环节进行明确，使解读过程解读的技术细节。这样才有可能真正的做到解读的规范化，骤流程，基因检测才能更好的服有章可循，才能出具一份好的临床解读报告，有据可依，原始数基因检测数据解读可分为三个步骤：务患者和临床医生。从大的框架讲，临床病例结合的解读。据→分析数据、基于数据库的解读→与患者个体表征/ 、读懂原始数据1软件比对至经BWA）将测序的原始序列数据（FASTQ 去除接头及低质量序列，版本）人类基因组参考序列UCSC版本）或NCBIhg19/hg38（GRCh37/38（ANNOVAR使用与SNVIndel变异，检测使用Picard上，去除重复序列，GATK 1.vcf进行变异注释。最后获得一份文件（图）。. .

图1 从测序的原始序列数据到vcf文件的流程

一份vcf文件包含如下基本信息。

Chr：变异所在的染色体

Start：变异在染色体上的起始位置

End：变异在染色体上的结束位置

Ref：参考基因组的序列

Alt：检测样本基因组的序列

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Func.refGene：变异所处参考基因的功能区（exonic，intronic，UTR3，UTR5，splicing，upstream，downstream，intergenic）（此处的exonic特指外显子编码氨基酸区，不包括外显子的UTR区）

Gene.refGene：变异所处参考基因名称（如果是基因间，则是两侧的基因）GeneDetail.refGene：非外显子区处于特定转录本中的具体位置（如果是基因间，则是距离两侧的基因的距离）

ExonicFunc.refGene：外显子区的变异类型（frameshift insertion，frameshiftdeletion，stopgain，stoploss，nonframeshift insertion，nonframeshiftdeletion，synonymous SNV，nonsynonymous SNV），如果这一栏是一个“.”的话，就说明该变异不在外显子区

AAChange.refGene：氨基酸水平的改变（同一个基因可能具有多个转录本，氨基酸改变的位置在不同的转录本中有可能不一样）

经注释后的vcf文件还会包含如下信息：

CLINSIG：该变异在ClinVar数据库中的临床意义（Benign，Likely benign，Uncertain significance，Likelypathogenic，Pathogenic，Drug-response）CLINDBN：该变异所引起的疾病名称

CLINACC：该变异的登记号和版本号（VariantAccession and Versions）

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：该变异所引起疾病所在数据库名称CLINSDBID

：该变异所引起疾病所在数据库中的CLINSDB ：该变异人群中的最大等位基因频率PopFreqMax ：该变异在千人基因组计划数据库中的人群等位基因频率1000_All ：该变异在千人基因组计划数据库中非洲人群的等位基因频率

1000_AFR 1000_AMR：该变异在千人基因组计划数据库中美国人群的等位基因频率1000_EAS：该变异在千人基因组计划数据库中东亚人群的等位基因频率：该变异在千人基因组计划数据库中欧洲人群的等位基因频率1000_EUR ：该变异在千人基因组计划数据库中南亚人群的等位基因频率1000_SAS

ID

dbSNP数据库中的：该变异在Snp138ID

中的Cosmic70：该变异在癌症体细胞突变数据库COSMIC数据库中的

ESP6500：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500siv2_ALL 人群等位基因频率.

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数据库中的ESP6500ESP6500siv2_AA：该变异在美国国家心肺血液研究所的

非洲裔人群等位基因频率数据库中的ESP6500ESP6500siv2_EA：该变异在美国

国家心肺血液研究所的欧洲裔人群等位基因频率ExAC数据库中的人群等位基因频率ExAC_All：该变异在ExAC数据库中非洲人群的等位基因频率

ExAC_AFR：该变异在数据库中美国人群的等位基因频率ExACExAC_AMR：该变异在数据库中东亚人群的等位基因频率ExAC_EAS：该变异在ExAC 数据库中芬兰人群的等位基因频率：该变异在ExACExAC_FIN 数据库中非芬兰欧洲人群的等位基因频率：该变异在ExACExAC_NFE ExAC数据库中除已指定人群之外的人群等位基因频率ExAC_OTH：该变异在数据库中南亚人群的等位基因频率：该变异在ExAC_SASExAC

是由CG46CG46数据库中的人群等位基因频率。CG46：该变异在个样本的全基因组测序而建立的数据库，46BGI（）公司对CompleteGenomics 200002017截止年，他们已经对超过个样本进行了全基因组测序和分析。.

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ICGC_Id：国际癌症基因协作组中各研究的ID

ICGC_Occurrence：该变异在ICGC数据库中的发生情况。该栏数据结构如COCA-CN|1|187|0.00535，指中国结直肠癌的研究（https:///），在187例患者中有1例发生突变，突变比例为0.00535

Nci60：该变异在nci60数据库中的等位基因频率。Nci60是被广泛用于药物筛选的人类60种肿瘤细胞系组合，已经进行了全外测序。随着研究的进步，美国癌症研究所NCI在2016年宣布NCI-60细胞系“退休”，PDX新模型“上任”。Interpro_domain：InterPro算法预测的突变所处的保守结构域

（/interpro/）

dbscSNV_ADA_SCORE：基于adaptive boosting预测变异对剪接位点改变的