一、测序样品要求
DNA测序样品的要求
DNA测序样品的要求未纯化PCR产物的要求1. 片段大于200bp;2.请提供50ml PCR扩增产物(总量1ug-2ug);3.取3ml样品,应该能够清晰的分辨出目的条带;自带引物,引物浓度为5-10uM,并请注明。
备注纯化后PCR产物的要求1.PCR产物溶于蒸馏水中(请勿溶解在TE溶液中);2.浓度大于20ng/ml,体积大于10ml,长片段需适当增加量;3.电泳检测条带专一;自带引物。
所有模板均应提供相应的引物信息自带质粒的要求1.质粒溶于30~50ml ddH2O中(请勿溶解在TE溶液中),电泳检测浓度大50~100ng/ml;2. 建议用相关试剂盒提取质粒;3. 如有可能,同时提供1ml含有相应质粒的菌液备用;4. 需注明载体和插入目的片段长度、以及测序要求。
菌液模板的要求1.说明载体抗性类型,我们提供A mp, Kan, Tet及Chl四种抗生素;2. 其余类型抗生素需自备;应为高拷贝质粒,对于低拷贝质粒,请直接提供约1mg纯化质粒;3. 提供1ml左右过夜培养(12h)的菌液,加15%灭菌甘油,于E ppendorf 管中封口保存,防止交叉污染或渗漏;4. 大量样品测序,建议在一次性塑料培养皿固体培养基上穿刺培养;5. 建议尽量提供穿刺培养或斜面培养的菌种(装在EP管中)。
自带引物的要求1.浓度不低于5pmol/ml(或5umol/L),溶液体积15-50ml;2. 随机引物(RA PD引物)和简并引物以及引物长度不足15bp不能用于本公司提供如下通用测序引物:M13+,M13-,T7, SP6, T7 ter,BGH rev, pGL3+, pGL3-,pGEX5’,pGEX3’,5’AOX1,3’A OX1 ,a-factor。
其他引物请自带或提供序列由我们合成。
常用载体特征PCR类型测序模板注意事项∙总反应体积建议为50uL或100uL,扩增结束后取3ul用1%左右的琼脂糖电泳检测,应为单一的条带。
基因测序(一代测序和二代测序)-用于临床疑难病原体鉴定精选全文
(一)难鉴定细菌真菌一代测序方法
细菌核糖体基因结构特征
➢ 16S rRNA编码基因约1500 bp,包含约50个功能域。 ➢ 为细菌分类的金标准,由可变区和保守区组成。 ➢ 保守区为细菌共有,可变区有属或种特异性。
真菌核糖体基因结构特征
➢ 18S RNA基因、5.8S rDNA、28S RNA基因较保守, 不适合区分不同属种。
➢诊断不清、治疗 无效、束手无策
二代测序案例分析
➢48小时 ➢完成脑脊液标本二代测序
➢ 提示钩端螺旋体感染 ➢475条序列,占比0.016% ➢改用青霉素治疗
➢32天 ➢男孩痊愈出院
二代测序案例分析
共得到序列数 3,063,784
二代测序过程 PCR扩增选择 性,可丢失大 量病原体片段
二代测序案例分析
➢ 1个样品3000元以上。
二代测序流程
样本收集 保存转运
RNA病毒 也可建库
二代测序 百万序列
7000种病 原体分析
区分致病 菌污染菌
华大基因二代测序可检测病原体近 7000种
可检测病原种类 细菌 真菌 病毒
寄生虫 分枝杆菌(结核和非结核)
支原体/衣原体
种类数量/种 2328 199 4189 135 83 41
病毒有DNA病毒和RNA病毒之分,如怀疑流感病毒、呼吸道合 胞病毒、冠状病毒等RNA病毒,需要注意送检RNA检测流程。
迅敏康IngeniGen公司二代测序可检 测病原体14000多种
可检测病原种类 细菌 真菌 病毒
寄生虫 分枝杆菌(结核和非结核)
衣原体 支原体 立克次氏体
种类数量/种 5682 812 7098 138 94 85 96 90
➢ 间隔区ITSl、5.8S rDNA和间隔区ITS2 在不同真 菌属及种间表现出较高的差异,目前已用于真菌 分类鉴定和分子检测,以ITS2应用最广泛。
肿瘤基因测序标本要求
肿瘤基因测序标本要求
肿瘤基因测序的标本要求包括以下几点:
1. 肿瘤样本量足够大,以确保检测结果的准确性。
2. 肿瘤细胞应充分存活,以避免检测结果的误导。
3. 肿瘤标本应保持新鲜,以确保基因表达的稳定性和可靠性。
4. 肿瘤标本质量应高,操作稳定可靠,以减少误差和偏差。
5. 肿瘤标本材料必须清晰明确,样本必须足够多,以避免遗漏或误判。
在实际操作中,为了获得最佳的基因测序结果,还需要注意以下几点:
1. 固定组织标本时,建议固定最多5mm厚的组织,福尔马林与组织的比例至少应为10:1。
固定的时间不应超过24小时,以避免过度固定。
2. 组织标本应完全脱水,因为残留的水分可能导致样品降解。
3. 在石蜡包埋过程中,应避免温度过高,使用熔解温度低的石蜡,并避免包含添加剂如蜂蜡,因为它们可能干扰生物分子的回收。
4. 染色过程中,某些染料和试剂可能对核酸造成不利影响,特别是那些用于免疫组化染色的试剂。
因此,应选择对核酸影响小的染料和试剂。
5. FFPE样品应在最佳温度下保存,以减缓核酸和蛋白的降解。
在比较不同保存温度的实验中,如果FFPE样品保存在4°C,而不是室温或更高,则RNA在1年后仍基本完整。
通过遵循这些要求和建议,可以获得更准确和可靠的肿瘤基因测序结果,有助于医生更好地诊断和治疗肿瘤。
临床测序样本筛选原则
临床测序样本筛选原则
临床测序样本筛选原则主要包括以下几点:
1.样本的来源和类型:根据测序目的和目标基因的不同,选择合适的样本来源和类型。
例如,对于遗传性疾病的研究,通常会选择患者的血液或细胞样本;对于肿瘤研究,则可能会选择肿瘤组织样本。
2.样本的代表性:选择的样本应能够代表目标基因或表型的变异情况。
如果目标基因在某些亚型或特定组织中表达,则应选择来自这些亚型或组织的样本。
3.样本的数量和质量:为了保证测序结果的可靠性和可重复性,通常需要足够的样本数量,并确保样本质量良好,无严重降解或污染。
4.伦理和法律考虑:在选择临床测序样本时,应遵守相关伦理和法律法规,确保患者的隐私和权益得到保护。
同时,应获得患者或其监护人的知情同意。
5.成本效益分析:根据测序目的和预算限制,选择合适的样本数量和测序方案,确保能够获得有价值的测序结果,并避免浪费资源和成本。
总之,临床测序样本筛选原则是确保测序结果的可靠性和可重复性的关键因素之一。
在选择样本时,应综合考虑以上因素,并根据具体情况进行权衡和取舍。
高通量测序样品要求及注意事项高通量测序样品要求及注意事项
高通量测序样品要求及注意事项高通量测序样品要求及注意事项BIOPIC面向北京大学校内提供高通量测序服务,所使用的测序仪为Illumina公司的HiSeq 2000测序仪。
为保证获得高质量的测序结果,一个重要前提是提供给我们高质量的DNA、RNA样品。
请仔细阅读本说明并严格按照要求准备样品,这将帮助您得到最佳的测序数据和结果。
如果所递交的样品质量不能符合下述要求,您的样品将不被处理并将被通知退回。
接到我们的退回通知后,请到测序中心取回您的样品。
通知一个月后未被领取的退回样品我们将不再保留。
样品信息单一、样品信息单所有样品必须随同《样品信息单》一起递交,请在BIOPIC网站上下载表格或者联系中心的工作人员(62744052,sequencing@)索取表格。
请详细填写信息单上所要求的各项样品信息及您的测序要求,并打印两份、签名后随同样品一起递交至BIOPIC中心测序实验室。
样品要求二、DNA/RNA样品要求我们接受的样品包括提取好的Genomic DNA,Total RNA, ChIP-Seq产物等。
提交的DNA或者RNA样品由中心的工程师建立测序文库并上机测序,结果将以碱基序列的形式提交给用户。
针对基因组测序、mRNA转录组测序、外显子组测序、染色质免疫沉淀测序等不同测序要求,所需样品量略有不同,请参见下表:建议总量/(最低量*) 建议浓度/(最低浓度*)RNA转录组测序 10 / (1) μg 200 / (20) ng/μl链特异RNA测序 10 / (3) μg 200 / (60) ng/μlSmall RNA测序 10 / (3) μg 1000 / (500) ng/μlChIP测序 20 / (5) ng 5 / (1) ng/μlMulti-PCR产物高通量20 / (5) ng 5 / (1) ng/μlDNA重测序 10 / (1) μg 200 / (20) ng/μlHuman Exome测序 10 / (3) μg 200 / (60) ng/μl*最低量或浓度仅以Pico Green (Qubit)检测结果为准,建库有一定风险。
测序实验报告
测序实验报告测序实验报告序言近年来,随着生物技术的不断发展,基因测序技术已经成为生物学研究和医学诊断的重要手段之一。
本篇文章将介绍一项基因测序实验的过程和结果,旨在展示该技术在生物学领域的应用。
实验目的本次实验的目的是对一种未知细菌的基因组进行测序,以了解其基因组结构和功能,为进一步研究提供依据。
实验步骤1. 样品准备:从培养基中取出待测细菌样品,进行细菌培养和提取DNA。
2. DNA纯化:通过离心和酶处理等步骤,将提取到的DNA纯化。
3. DNA片段构建:将纯化后的DNA进行打断,得到一系列短小的DNA片段。
4. 连接接头:在DNA片段的两端连接上适当的接头序列,以便后续扩增和测序。
5. 扩增:利用聚合酶链式反应(PCR)技术,对连接好的DNA片段进行扩增,得到大量的DNA模板。
6. 准备测序样品:将扩增得到的DNA模板进行纯化和浓缩,得到适合测序的样品。
7. 测序:将样品送入高通量测序仪中进行测序,获得大量的测序数据。
实验结果通过测序仪获得的原始数据需要进行一系列的数据处理和分析,才能得到有用的信息。
首先,对原始数据进行质量控制,去除低质量的碱基,减少测序误差。
然后,将清洗后的数据与已知基因组数据库进行比对,以确定待测细菌的亲缘关系和物种分类。
接下来,对测序数据进行组装,将碎片化的DNA片段拼接成连续的序列,得到待测细菌的基因组序列。
最后,对基因组序列进行注释,识别出其中的基因、调控元件和重要功能区域。
讨论与结论通过本次实验,我们成功地对一种未知细菌的基因组进行了测序,并获得了该细菌的基因组序列。
通过对基因组序列的分析和注释,我们发现该细菌拥有多个重要的代谢途径和抗生素抗性基因。
这些发现为进一步研究该细菌的生物学特性和致病机制提供了重要线索。
总结基因测序技术的发展使得我们能够深入研究生物体的基因组结构和功能。
本次实验展示了基因测序的整个过程,从样品准备到数据分析,再到结果解读。
通过测序实验,我们不仅可以了解未知生物的基因组信息,还可以揭示其潜在的生物学特性和重要功能。
锐博生物高通量测序样品质量及运输要求
细胞样本 (包括培养微生物样本) 1、 准备:高速离心收集细胞,存于 TRIzol/ RNAlater 中。 2、 贴壁或悬浮细胞:>5X106 细胞/样品。(注:不同类型的细胞 DNA/RNA 产量差别较大,
建库类型 RNA‐Seq ( 包 括普通转录 组及链特异 性转录组)
样品类型
人 、 鼠 Total RNA
检测方法
Agilent 2100/2200 , NanoDrop
检测结果 m≥10μg
5μg≤m<10μg
c≥65 ng/μL RIN≥7.0 OD260/280≥1.8 OD260/230≥1.5
RNA样品要求
1、 完整度:28S/18S>1.5;RIN>8。 2、 纯度:OD 值介于 1.8~2.0;无蛋白质、RNA 或肉眼可见污染。 3、 浓度:>400ng/μl。 4、 备份:接收样品前要求客户分装备份,用于样品检测不合格时分析原因。 5、 运输 RNA 样品时,推荐保存在 70%乙醇中(处理方法如下);如寄送溶解后的
冰上预冷 PBS(无 DNase 及 RNase); 贴壁细胞:去掉培养基后,加入适量预冷 PBS 漂洗一次,按每 10cm2 培养面积加
1mL TRIzol 的比例加入 TRIzol,反复吹打使所有细胞充分消化,转移到离心管或冻 存管中; 悬浮细胞:离心收集细胞,弃培养液,用预冷 PBS 漂洗一次,按每 5X106 细胞加 1mL TRIzol 的比例加入 TRIzol,反复吹打使所有细胞充分消化,转移到离心管或冻存管 中; 液氮速冻后用封口膜封口。
rna seq送样标准
rna seq送样标准
RNA测序(RNA-Seq)作为一种高通量测序技术,广泛应用于生物学和医学研究领域。
对于送样标准,以下是一般情况下的建议:
1. 样本质量:确保样本质量好,没有明显的降解,以免影响测序结果。
推荐使用RNase-free的试剂和材料进行样品处理。
2. 样本数量:根据具体实验目的和要求,确定合适的样本数量。
通常建议至少3个重复样本,以提高实验结果的可靠性和统计学意义。
3. 样本类型:RNA-Seq适用于多种不同类型的样本,包括细胞系、动植物组织、生物液体等。
不同样本类型需要选择合适的提取方法和试剂盒。
4. RNA提取:选择合适的RNA提取方法,确保提取到高质量、高纯度的总RNA。
常用的方法包括酚/氯仿法、磁珠法或柱式纯化法等。
5. RNA质检:对提取得到的RNA样品进行质检,包括测定RNA的浓度、纯度和完整性。
常用的检测方法有紫外吸收光谱、琼脂糖凝胶电泳、荧光分析等。
6. 样品存储:提取得到的RNA样品需要储存在-80℃的超低温冰箱中,以保证其稳定性和可靠性。
7. 样品文档:提供详细的样品信息文档,包括样品名称、来源、处理方法、实验目的等,以便后续数据分析和解释。
请注意,以上仅为一般性的送样标准建议,实际情况可能会因不同实验目的、样本类型和研究要求而有所差异。
建议在选择测序服务提供商时,与其进行详细沟通,并根据其具体要求进行样品准备和送样。
DNA测序样品要求
附:测序样品的要求
一、PCR原液
∙片断通常大于200bp;
∙提供浓度大于50ng/ul,体积大于50ul;
∙2ul电泳检测条带清晰无杂带。
二、PCR已纯化
∙PCR产物溶于超纯水中;
∙浓度大于50ng/ul,体积大于20ul;
∙电泳检测条带单一。
三、质粒要求
∙质粒浓度大于100ng/ul,体积大于20ul;
∙建议使用相关试剂盒提取;
∙建议同时提供1ml菌液;
∙大质粒需要注明载体长度。
四、菌液模板要求
∙说明载体的抗性,我们提供Amp 、kan、chl、tet四种抗生素;
∙对于低拷贝质粒请直接提供1ug纯化质粒;
∙提供1ml左右的过夜培养菌液,加15%灭菌甘油,于离心管中封口保存,防止交叉污染或泄漏;∙建议尽量提供穿刺培养的菌种。
五、引物要求
∙浓度5umol/l,体积大于20ul;
∙随机引物和兼并引物不适合测序;
∙尽可能提供引物全序列,PCR退火温度;
∙T7、SP6、M13(+)、M13(-)、T3等通用引物我们免费提供。
样品类型及注意事项。
艾博思生物转录组测序样品要求
艾博思⽣物转录组测序样品要求1. 艾博思⽣物质量控制体系质量标准严格:QA系统为您的实验全程护航,实验严格按照153个SOP⽂件进⾏。
实验记录完备:⼯⼚化的流⽔线作业项⽬流程,保证所有实验记录可供回溯。
多重实验质控:实验室QC、数据分析QC、项⽬QC—3重QC,减少低质量数据。
(1)样品运输和储存的质量控制(2)实验过程的质量控制(3)结果数据运输和储存的质量控制2.艾博思⽣物RNA-Seq服务样品要求A 样品要求(RNA)1) 样品纯度:OD 260/280值应在1.9~2.2 之间,RNA 28S:18S≥1.5推荐 RIN≥8;DNA 应该去除⼲净。
2) 样品浓度:最低浓度不低于100ng/µl。
3) 样品总量:每个样品总量不少于15µg。
4) 样品溶剂:要溶解在H20或TE (pH 8.0)中。
5) 样品运输: RNA⽤冻存管保存,并⽤⼲冰或液氮运输。
B 样本准备应该遵循的基本原则1) 代表性原则:取样的代表性关系到实验结果是否具有科学意义,因此您应该根据实验⽬的慎重选择您的取样⽅案。
病变组织样本中应不夹带正常组织,正常组织样本中不能含有病变组织。
有条件时,应做到实验组与对照组的样本在取材时间、部位、处理条件等⽅⾯尽可能保持⼀致,否则可能会影响实验结果的可信度。
2) 准确性原则:代表性样本的各种特征数据必须被准确记录,并按要求(低温、迅速)采集、制备、贮存、运输,最终正确地按实验设计进⾏实验和数据处理。
3) 迅速性原则:样本质量是实验中影响实验结果的最关键因素,因此⽤于实验的样本,在采集、制备、贮存、运输过程中应尽可能地做到迅速,最⼤限度的缩短从样本采集到实验的时间。
4) 低温原则:所取样本离体后,应尽快置于液氮、⼲冰或-80℃冰箱中,并保证在实验前始终处于-70℃以下,以避免RNA的降解。
C 样本准备⽅法:详见《艾博思⽣物样品采集操作指南》D 注意事项1) 我们不接收未经TRIzol试剂处理的细胞样本。
一代测序质量标准要求
一代测序质量标准要求
1. 测序错误率:测序错误率是指测序过程中碱基识别错误的频率。
一代测序质量标准要求测序错误率较低,通常要求在0.1%以下。
2. 测序覆盖深度:测序覆盖深度是指基因组中每个位置被测序的次数。
一代测序质量标准要求测序覆盖深度足够高,通常要求在10倍以上,以保证测序结果的准确性。
3. 测序均匀性:测序均匀性是指测序系统在不同位置进行测序的能力是否一致。
一代测序质量标准要求测序均匀性较好,避免存在位置偏差较大的情况。
4. 测序标记质量:测序标记质量是指测序过程中使用的荧光标记物的质量。
一代测序质量标准要求使用高质量的荧光标记物,以保证测序结果的准确性和可靠性。
5. 数据准确性和可靠性:一代测序质量标准要求测序结果的数据准确性和可靠性较高,以保证后续的数据分析和应用的准确性。
总的来说,一代测序质量标准要求测序结果的准确性、可靠性和一致性较高,以确保测序数据的质量和可应用性。
PCR产物测序送样要求
PCR产物测序送样要求摘要PCR(聚合酶链式反应)产物测序是一种常用的DNA测序方法,可以获取DNA序列信息。
在进行PCR产物测序时,我们需要注意一些送样要求,以确保测序结果的准确性和可信度。
一、样本准备1.请提供纯净、高质量的PCR产物样本。
样本应使用纯化试剂除去污染物,如杂质、其他DNA片段和酶等。
2.样本的浓度应在10-100 ng/μl之间,以确保测序过程中有足够的DNA模板。
可使用比色法或荧光法测定样本浓度。
3.确保样本的完整性。
避免产生断裂、分解或损伤的DNA片段。
二、样品标记和包装1.使用透明、密封的容器保存样品。
可选择离心管或96孔板等合适的容器。
2.在容器上标记样品编号,并确保标记清晰、易于辨认。
避免使用容易褪色或模糊的标签。
3.如果有多个样品,建议同时提供样品列表,列出每个样品的详细信息,如样品编号、样品名称、目的等。
4.保持样品冷藏或冷冻状态,以防止样品衰变或污染。
三、填写样品信息表1.填写准确完整的样品信息表。
样品信息表是对样品进行登记和追溯的重要依据。
2.样品信息表中应包括样品编号、样品来源、样品类型、测序方法等详细信息。
3.请确保填写的样品信息与实际样品一致,避免混淆和错误。
四、送样方式1.可选择快递、邮寄或直接送样的方式。
根据实际情况选择最便捷和可靠的送样方式。
2.在送样时,请保证样品的安全和完整。
可以选择适当的包装材料和保护措施。
3.如选择快递或邮寄方式,请注意选择可追踪和有保险的服务,以确保样品的安全和到达时间。
五、测序结果解读与分析1.测序结果通常以测序电荷或文本形式返回。
请保持联系方式畅通,以便及时获得测序结果。
2.对于复杂的测序结果,建议咨询专业的生物信息学分析人员进行结果解读和数据分析。
结论在进行PCR产物测序时,遵循以上送样要求可帮助获得准确可靠的测序结果。
样品的准备、标记、包装和送样方式都需要仔细考虑,以确保样品的完整性和测序过程的质量。
同时,对于测序结果的解读和分析也需要专业人员的帮助,以最大程度地利用测序数据。
测序样品要求
一、测序样品要求:质粒:1. 已纯化质粒大于20ul,溶于超纯水浓度大于100ng/ul;2.大质粒必须注明载体长度;3.质粒拷贝数低的样品,请提供质粒。
菌液:1. 请提供1ml以上过夜培养新鲜无污染菌液,用Ependorf管装,并注意封口,以免污染.保存时间较长的甘油菌,请重新摇菌后送样. 2.培养基和抗生素:本公司提供LB培养基和胺卞青霉素、卡那青霉素、氯霉素三种抗生素。
若您的菌株培养时有其他要求,请你提供4~5ml培养好的新鲜菌液或沉淀下来的菌体。
3.请提供质粒的名称、抗性、插入片段的长度,指定确切的通用引物。
PCR产物:1. 样品检测标准:上样3~5ul,琼脂糖电泳鉴定,为清晰可见的单一亮带。
2.不接受样品小于150bp、电泳检测有弥散的,多带的样品,非单一条带样品,建议克隆后测序。
3.未纯化的PCR产物样品,体积大于50ul,浓度大于50ng/ul;已纯化PCR产物体积为20ul,浓度大于50ng/ul,可取2ul样品电泳检测条带清晰PCR产物明亮,长片段需加浓度。
不管测序是否成功,本公司都将收取纯化费用。
4.若您自己纯化,请一定要进行Agarose凝胶电泳方式纯化回收,溶解在超纯水中(勿用TE溶解),浓度>30 ng/ul ,同时提供PCR引物。
5.长度超过1kb,需要2个以上的测序反应才能测通的PCR样品,建议克隆后测序,否则单覆盖难以得到包括PCR引物序列在内的完整序列号。
6.引物请提供20ul,浓度大于3μM。
二、免费提供通用引物列表:T7;SP6;M13F;M13R;M13F(-47);M13R(-48);M13(-96);T7TER;T3;S.TAG;A-FACTOR;PBV220F;PBV220FR;5’AOX;3’AOX;PGEX-5’;PGEX-3;PEGFP-C-5’;PEGFP-C-3’;PEGFP-N-5’;PEGFP-N-3’;PCDNA3.1F;PCDNA3.1R三、注意事项:1.客户样品编号请用数字、英文字母(大写)或下划线,不超过5个字符;E-Mail要用大写字母填写,并要求字迹规范、工整、清楚。
转录组测序技术参数
转录组测序技术参数
转录组测序技术参数
1. 样品要求
a) 用混合的体细胞(或细胞系)悬浮液建立转录组测序样品,或直接从细胞实验中采集。
b) 从细胞实验中采集样品时,需要对细胞进行注射或病毒感染(可以测试不同抗原感染组细胞的转录组)。
c) 建议样品浓度在2-7X10^6个细胞/ μL,可以根据具体实验需要进行调整,以避免细胞数过多、细胞浓度过低的情况。
2. 测序技术参数
a) 样品制备:一般采用NEB UltraTM RNA Library Prep Kit(New England Biolabs)或ATLAS cDNA Synthesis Kit(RiboBio)进行样品制备。
b) 测序深度:在每个板块上,建议最低要求测序深度不低于200M个reads,以便获得更可靠的数据分析结果。
c) 测序平台:建议采用Illumina HiSeq X或Illumina NovaSeq 6000测序系统,可以获得更高质量的数据分析结果。
3. 数据分析
a) 转录组测序数据分析流程:经过质控、序列比对、可变剪接预测、聚类及注释等步骤,最终可以获得转录组数据分析的结果。
b) 样品数据的质量控制:必须仔细检查每个样品的质量评估,以确保样品质量良好。
c) 可变剪接分析:需要利用可变剪接预测工具来预测转录组中可能存在的可变剪接事件,如外显子删除、重排、融合等。
d) 注释分析:通过比对数据库(如NCBI、UCSC等),利用BLAST 等工具来对转录组序列进行注释,以确定序列的功能信息。
二代测序pcr样品要求诺禾致远
二代测序pcr样品要求诺禾致远二代测序PCR样品要求诺禾致远概述:PCR是一种基于DNA模板的技术,用于扩增目标DNA片段。
它是二代测序的重要前提,因为二代测序需要大量的PCR产物。
在进行PCR 反应之前,必须准备好高质量的样品。
本文将介绍诺禾致远所需的二代测序PCR样品要求。
1. 样品类型首先,根据实验设计和研究目标确定所需的样品类型。
对于DNA分析,可以使用血液、唾液、组织、细胞、粪便等多种样品类型。
对于RNA 分析,则需要使用RNA样品。
2. 样品质量其次,确保样品质量良好。
为了获得高质量的PCR产物,必须从高质量的DNA或RNA开始。
在处理样品之前,请确保它们没有受到污染或降解。
3. 样品数量然后,确定所需的样品数量。
这取决于实验设计和研究目标。
一般来说,在进行PCR反应之前需要准备足够数量的样品。
4. 样品存储接下来是样品存储问题。
不同类型的样本需要不同方式存储,并且在不同的温度下可以存储不同的时间。
例如,血液和组织样本需要在-80℃下存储,而唾液样本则可以在-20℃下存储。
5. 样品处理最后是样品处理问题。
在进行PCR反应之前,必须对样品进行一些处理。
这可能包括DNA或RNA提取、纯化、浓缩等步骤。
此外,还需要检查DNA或RNA的质量和浓度,并根据需要进行稀释或浓缩。
总结:以上是诺禾致远所需的二代测序PCR样品要求。
为了获得高质量的PCR产物,必须从高质量的DNA或RNA开始,并且在进行PCR反应之前必须对样品进行一些处理。
同时,请注意正确存储样品,并确保准备足够数量的样品以满足实验设计和研究目标。
单细胞及微量动植物样品要求
单细胞测序项目样品要求
单细胞样品要求
1)样品记录
指明取样时间、地点、责任人以及样品类型、处理过程等,并给每个样品指定编号。
2)样品取材
要避免不同样品之间的污染,以及外界环境对样品的污染。
3)取样及取样量
单细胞样品:细胞分选入装有3~5μlPBS缓冲液的200μlPCR管中,不建议另外加入其他细胞保护剂,如有特殊情况,加入其他试剂,或者经过其他处理请在送样说明中做好备注;细胞分离完成后,在10min内放入-80℃(冰箱、液氮均可)或者-20℃保存,但-20℃保存不得超过3hours。
每个需测序细胞建议送4管重复,保证后续实验成功率。
4)冻存与解冻
另外,客户也可以根据自己的需要,使用不同的保护剂和冻存方法,但是需要给出保护剂的成分以及相应的解冻说明(保护剂成分可能影响测序)。
在无特别说明情况下,一律按照37度5分钟水浴快速解冻处理。
5)运输
A.将单细胞样品保存于冻存管内,用干冰进行运输;冻存管表面需标明样品的编号
等详细信息。
B.注意:请选用优质的冻存管,避免冻存管爆炸造成的样品丢失、污染和混淆;切
勿使用Eppendorf管,否则极易造成爆炸。
一、测序样品要求
⼀、测序样品要求⼀、测序样品要求:质粒:1. 已纯化质粒⼤于20ul,溶于超纯⽔浓度⼤于100ng/ul;2.⼤质粒必须注明载体长度;3.质粒拷贝数低的样品,请提供质粒。
菌液:1. 请提供1ml以上过夜培养新鲜⽆污染菌液,⽤Ependorf管装,并注意封⼝,以免污染.保存时间较长的⽢油菌,请重新摇菌后送样. 2.培养基和抗⽣素:本公司提供LB培养基和胺卞青霉素、卡那青霉素、氯霉素三种抗⽣素。
若您的菌株培养时有其他要求,请你提供4~5ml培养好的新鲜菌液或沉淀下来的菌体。
3.请提供质粒的名称、抗性、插⼊⽚段的长度,指定确切的通⽤引物。
PCR产物:1. 样品检测标准:上样3~5ul,琼脂糖电泳鉴定,为清晰可见的单⼀亮带。
2.不接受样品⼩于150bp、电泳检测有弥散的,多带的样品,⾮单⼀条带样品,建议克隆后测序。
3.未纯化的PCR产物样品,体积⼤于50ul,浓度⼤于50ng/ul;已纯化PCR产物体积为20ul,浓度⼤于50ng/ul,可取2ul样品电泳检测条带清晰PCR产物明亮,长⽚段需加浓度。
不管测序是否成功,本公司都将收取纯化费⽤。
4.若您⾃⼰纯化,请⼀定要进⾏Agarose凝胶电泳⽅式纯化回收,溶解在超纯⽔中(勿⽤TE溶解),浓度>30 ng/ul ,同时提供PCR引物。
5.长度超过1kb,需要2个以上的测序反应才能测通的PCR样品,建议克隆后测序,否则单覆盖难以得到包括PCR引物序列在内的完整序列号。
6.引物请提供20ul,浓度⼤于3µM。
⼆、免费提供通⽤引物列表:T7;SP6;M13F;M13R;M13F(-47);M13R(-48);M13(-96);T7TER;T3;S.TAG;A-FACTOR;PBV220F;PBV220FR;5’AOX;3’AOX;PGEX-5’;PGEX-3;PEGFP-C-5’;PEGFP-C-3’;PEGFP-N-5’;PEGFP-N-3’;PCDNA3.1F;PCDNA3.1R三、注意事项:1.客户样品编号请⽤数字、英⽂字母(⼤写)或下划线,不超过5个字符;E-Mail要⽤⼤写字母填写,并要求字迹规范、⼯整、清楚。
蛋白从头测序的样本处理
百泰派克生物科技
蛋白从头测序的样本处理
从头测序是一种不依赖于已知蛋白序列数据库的序列分析方法,它利用质谱检测到的两个片段离子之间的质量差来计算肽链上氨基酸残基的质量,进而推断多肽或蛋白的氨基酸序列。
对于一个没有相应理论数据库、或者新发现的蛋白/多肽来说,
从头测序就显得十分重要。
进行蛋白质分析首先要制备合适的蛋白样品。
制备从头测序的蛋白样本应从其含量、纯度、保存以及运输等方面进行考虑:(1)可以制备液体或冻干粉样品,保证样品含量在20 -100 ug左右,最好不要低于20ug;(2)蛋白纯度应尽可能高,如果是
液体样品,应保证缓冲液中不含高盐和SDS等去垢剂;(3)制备好的样品可于室温或4℃密封无菌保存;(4)运输过程中应注意液体样品通过干冰运输或进行真空/
冷冻抽干后冰袋运输,固体样本可直接使用冰袋运输。
百泰派克生物科技采用Thermo公司最新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪结合Nano-LC纳升色谱技术,提供可靠、快速且经济高效的蛋白质从头测序服务技术包裹,可对未知理论序列的或全新的蛋白质或多肽进行精准的全序列分析,欢迎免费咨询。
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一、测序样品要求:
质粒:1. 已纯化质粒大于20ul,溶于超纯水浓度大于100ng/ul;
2.大质粒必须注明载体长度;
3.质粒拷贝数低的样品,请提供质粒。
菌液:1. 请提供1ml以上过夜培养新鲜无污染菌液,用Ependorf管装,并注意封口,以免污染.保存时间较长的甘油菌,请重新摇菌后送样. 2.培养基和抗生素:本公司提供LB培养基和胺卞青霉素、卡那青霉素、氯霉素三种抗生素。
若您的菌株培养时有其他要求,请你提供4~5ml培养好的新鲜菌液或沉淀下来的菌体。
3.请提供质粒的名称、抗性、插入片段的长度,指定确切的通用引物。
PCR产物:1. 样品检测标准:上样3~5ul,琼脂糖电泳鉴定,为清晰可见的单一亮带。
2.不接受样品小于150bp、电泳检测有弥散的,多带的样品,非单一条带样品,建议克隆后测序。
3.未纯化的PCR产物样品,体积大于50ul,浓度大于50ng/ul;已纯化PCR产物体积为20ul,浓度大于50ng/ul,可取2ul样品电泳检测条带清晰PCR产物明亮,长片段需加浓度。
不管测序是否成功,本公司都将收取纯化费用。
4.若您自己纯化,请一定要进行Agarose凝胶电泳方式纯化回收,溶解在超纯水中(勿用TE溶解),浓度>30 ng/ul ,同时提供PCR引物。
5.长度超过1kb,需要2个以上的测序反应才能测通的PCR样品,建议克隆后测序,否则单覆盖难以得到包括PCR引物序列在内的完整序列号。
6.引物请提供20ul,浓度大于3μM。
二、免费提供通用引物列表:
T7;SP6;M13F;M13R;M13F(-47);M13R(-48);M13(-96);T7TER;T3;S.TAG;A-FACTOR;PBV220F;PBV220FR;5’AOX;
3’AOX;PGEX-5’;PGEX-3;PEGFP-C-5’;PEGFP-C-3’;PEGFP-N-5’;PEGFP-N-3’;PCDNA3.1F;PCDNA3.1R
三、注意事项:
1.客户样品编号请用数字、英文字母(大写)或下划线,不超过5个字符;E-Mail要用大写字母填写,并要求字迹规范、工整、清楚。
2.T载体请注明是PGEM-T还是PMD18T、PUC18、PUC19。
3.M13+/-请注明是M13F,M13R,还是M13F(-47),M13R(-48)。
4.一般测序样品浓度要求:100ng/ul。
5.若临时变更测序,请尽快电话联系我们,E-Mail通知无效,对于通知前已经安排的反应,照常收费。
6.超过3K需要测通的样品,请客户自己提供引物进行测序。
7.简并引物和随机引物不宜用于测序。
8.样品如需返还请填写备注栏,无特殊要求不返还。
9.所送样品及引物,我们将免费保存一个月,超过一个月后如客户无特殊要求,样品自动被销毁。
10.由于自带引物问题或样品本身原因(复杂结构,高级结构等)造成测序失败照常收费,非样品原因造成测序失败免费。
11.对于选择E-mail发送报告的,如对结果有异议,请在接到报告后3天内用电话联系我公司,未联系的则认为您接受结果与费用。
测序定单
客户姓名:必填手机:必填科室电话:必填 E-Mail(1): 必填
单位科室: E-Mail(2):
总反应数:
客户签字:。