QTL IciMapping3.0 简单教程

QTL IciMapping3.0 定位简单应用教程

张茜

中国农科院

2012.6.14

主要步骤

•数据准备

•新建project

•导入数据

•构建图谱

•QTL定位

准备数据

•.map格式

将txt格式后缀名改成.map即可（表头信息不能动），一个map文件中包括General Information、Marker Types 、Information for Chromosomes and Markers三部分信息

主要更改数据：7为F2群体；1一般不动；Marker space type 选1或2均可，只要保持数据对应

Maker Types

带型统计方法

这些数据是标记在第几条染色体（group）上，未构建图谱侧全为0

点File 选New Project新建一个工作项

命名

保存路径

点File 选*map导入构建准备好的map格式图谱的数据打开，完成数据导入

点击分组，

在此处出现group群

点可以看到一个group下所含标记，右键点击一个标记可以对其位置调动或者删除

完成分组后，

点击ordering，

转换成染色体组再点此按钮完成沟通准备工作，

工具栏上的map图标变蓝可以点击构图了

点击map 按钮出现图谱

（右）

点击即可出现下一个染色体图谱

点击出现整体图谱

Save 可以保存各种格式的图

QTL定位

数据准备

将构图所得结果F2bip（在project-map-result文件下）先复制一份，再用txt打开方式打开所复制文件。Bip文件中包含5部分General Information、Information for Chromosomes and

Markers、Linkage map (Marker name

followed by position or the interval length)、 Marker Type 、Phenotypic Data

更改数据：0改成1

选File-open file-*bip打开更改保存好的bip格式文件

选ICIM-ADD添加的下框

（一般都默认），此时start按钮从灰色变黑色，单击即可进行定位

Start 完了点ADD即出现下图

加性效应图显性效应图总染色体添加lod值线

下一个染色体

在Graph 下可以选择连锁图和lod （上）或者连锁图和QTL（下）

图谱结果信息在map目录下QTL结果信息在BIP目录下

信息栏

补充

•QTL ICIMapping是在*map（oppen file子菜单下）下完成构件图谱，在*bip（oppen file子菜单下）下完成QTL定位。

•前面是以map格式构建图谱，再在其结果中（bip文件）添加表型数据进行定位。

•也可以用excel数据构建图谱和定位，同样是在*map下完成构建图谱和在*bip下完成QTL定位（在导入数据时选中）

标记名标记名

•第一列为标记名称，

•第二列为第几条染色体，

•第三列为标记间距或位点，这一列数据要

与GeneralInfo相对应！

性状数据

和构建图谱一样

其他步骤不变

谢谢！