分数坐标

根据固体物理基本理论，任何晶系的单胞的三个基矢都是可以用笛卡尔坐标系中起始于原点的三个矢量表示，处于单胞中的不可约原子（不对称原子）的位置矢量的分量值就是绝对直角坐标。计算出三个单胞基矢的模并找到最大的那个模，所有的不可约原子的坐标分量除以这个最大的模即是各不可约原子的分数坐标。

引用-- 运行vasp

2008-08-24 16:36:32| 分类：默认分类| 标签：|字号大中小订阅

要用vasp来算东西，首先得准备四个输入文件：POTCAR , KPOINTS , POSCAR , INCAR。这四个输入文件将告诉vasp该算什么系统，怎么算。假设你通过某种途径已经有了这些文件，你需要做的就是建一个工作目录，如mkdir GaAs ，将这四个文件一起放在里边。这里假设安装vasp的时候已经将vasp加入系统路径中。

1. 单机情况，在工作目录里敲入vasp > out &

这里的“>” 表示把程序运行时屏幕上输出的东西转到out 这个文件里，程序运行完后可以用vim out 或more out 查看这个文件。"&" 表示让程序后台运行，这样你还可以继续用当前打开的窗口继续操作。

2. 并行情况，在工作目录下敲入mpirun -np 4 vasp-mpi > out &

这个例子里并行计算用的是mpirun，有四个节点，vasp并行计算的可执行文件名是vasp-mpi。其它与前面单机情况类似。

接下来需要用top命令检查一下vasp有没有成功运行，敲入

top

这个命令是用来看系统进程的。你就可以知道任务有没有挂上，并行有没有成功。退出进程查看模式的方法是直接敲一个q然后按回车。

程序结束后，可以查看out 文件，看看里边是否有错误信息出现。

vim out

或者更方便的是

grep -in “error”out

这里vim是编辑器命令，grep 是查找命令，查找out文件里含有字符"error"的行。标签-in 表示不区分大小写，并列出匹配内容所在行号。

如果你想中途中止vasp，我的办法是先用top查看相关进程号，如12321，然后按q退出，然后在命令模式下用kill命令，敲入kill 12321 。然后再yongtop复查看看是不是相应进程都被杀了，就完事了。

引用如何使用VASP计算掺杂原子的影响

2008-08-24 15:42:08| 分类：默认分类| 标签：|字号大中小订阅

引用

Hookah的如何使用VASP计算掺杂原子的影响

以下信息来源于()

手册上有，给你个例子吧

ZnO 的N 参杂POSCAR：（2*2*1的超胞（掺杂当然一般要用超胞才行））

Hcp-ZnO -------------------------注释行

6.50

0.5 -0.866 0.0 --------------------原胞基矢和未掺杂时一样

0.5 0.866 0.0

0.0 0.0 0.801

7 8 1 -------------原子类型和个数：7--O，8--Zn，1--N（替换O）（顺序要和POTCAR中一致）

D

0.0 0.0 0.0

0.33333 0.16667 0.5

0.5 0.0 0.0

0.0 0.5 0.0

0.33333 0.66667 0.5

0.5 0.5 0.0

0.83333 0.66667 0.5 ------------前七行是O的位置

0.0 0.0 0.61766

0.33333 0.16667 0.11766

0.5 0.0 0.61766

0.83333 0.16667 0.11766

0.0 0.5 0.61766

0.33333 0.66667 0.11766

0.5 0.5 0.61766

0.83333 0.66667 0.11766 -----------这八行是Zn的位置

0.83333 0.16667 0.5 -------------最后是掺杂元素N的位置(在POTCAR中已设置为O-Zn-N 的顺序）

////////////////////////////////////////////////////+

过一段时间我作掺杂计算的时候会有很大用途!

引用--vasp 学习笔记POTCAR 的建立

2008-08-24 16:35:16| 分类：默认分类| 标签：|字号大中小订阅

vasp 学习笔记POTCAR 的建立

POTCAR将要告诉vasp计算的系统中所包含的各种元素的赝势pesudopotential，vasp本身就带有比较完善的赝势包，我们需要做的就是选择我们需要具体哪种赝势，然后把相应的文件拷贝形成我们具体的POTCAR文件。我们以GaAs为例。

1.赝势的选择：

vasp的赝势文件放在目录~/vasp/potentials 下，可以看到该目录又包含五个子目录

pot pot_GGA potpaw potpaw_GGA potpaw_PBE ，其中每一个子目录对应一种赝势形式。

赝势按产生方法可以分为PP (standard pesudopotential，其中大部分是USPP, ultrasoft pesudopotential) 和PAW (projector augmented wave method)。按交换关联函数的不同又可以有LDA (local density approximation) 和GGA (generalized gradient approximation)，其中GGA之下又可以再分为PW91和PBE。

以上各个目录对应起来分别是pot ==> PP, LDA ; pot_GGA ==> PP, GGA ; potpaw ==> PAW, LDA ; potpaw_GGA ==> PAW, GGA, PW91 ; potpaw_PBE ==> PAW , GGA, PBE。选择某个目录进去，我们还会发现对应每种元素往往还会有多种赝势存在。这是因为根据对截断能量的选取不同还可以分为

Ga,Ga_s,Ga_h，或者根据半芯态的不同还可以分为Ga,Ga_sv,Ga_pv的不同。

一般推荐选取PAW_PBE。其中各个元素具体推荐哪种形式的赝势可以参考vasp workshop中有关赝势部分的ppt。当然自己能测试之后在选择是最好不过的了，以后再聊。

2.POTCAR的建立：

选好哪一种赝势之后，进入对应的目录，你会看到里边有这么几个文件，

POTCAR.Z PSCTR.Z V_RHFIN.Z WS_FTP.LOG 。我们需要的是第一个。把它解压，如zcat POTCAR.Z > Ga 。对As元素我们也可以类似得到一个As文件。用cp 命令或者mv 命令把这两个文件都移到我们的工作目录里。然后再用cat 命令把这两个文件合并在一起，如cat Ga As > POTCAR ，这样就得到了我们需要的POTCAR。同理，有多个元素的POTCAR也可以这样产生。这里需要注意的是，记住元素的排列顺序，以后在POSCAR里各个元素的排列就是按着这里来的。