寡核苷酸芯片技术

寡核苷酸探针的合成 及纯化
与载体基片通过化学反应连接
处理标本 （外周血或口腔粘膜） 提取基因组DNA PCR扩增并用引物标记
杂交 检测及数据分析
核酸分子杂交
杂交前
杂交后
七、杂交结果的检测方法
激光共聚焦扫描
激光共聚焦扫描原理
Laser beam
Detector lens
Detector
Filter Confocal pinhole
探针
23 mer
50 mer
50mer 基因特异性探针 每个微珠连接有近百万探针 每种类型微珠～30倍重复 探针设计:生物信息学分析挑选几个候选探针,动力学反应扫描确定(专利)
Scanned Image and Data output analyzed with
BeadStudio
2、寡核苷酸检测芯片技术方法流程
姜振玲
一、基因芯片概念
基因芯片（gene chip）又称DNA芯片， 是指将许多特定的寡核苷酸片段或基因片 段有序地、高密度地排列固定于支持物上， 待测样品核算分子经过标记，与固定在载 体上的DNA阵列中的点按碱基配对原理 同时进行杂交。杂交形式属于固液杂交。 通过激光共聚焦荧光检测系统进行扫描以 获取样品数量和序列信息。
Objective lens Substrate
检测芯片扫描图示
谢谢! The End
二、基因芯片的主要特征
高通量－－提高信息量 平行化－－提高信息的可比性 微量化－－降低待测样本的用量 自动化－－提高工作效率 低成本－－可迅速普及推广
三、基因芯片分类
cDNA芯片 寡核苷酸芯片
寡核苷酸芯片和cDNA芯片的比较
比较内容 DNA类型 DNA长度 DNA链 DNA制备 连接方式 应用
寡核苷酸芯片 寡核苷酸 小于80碱基 单链 预合成或原位合成 共价键 基因表达谱、突变等
cDNA芯片 cDNA 500-3000碱基 双链 PCR产物 共价键或离子键 基因表达谱
四、寡核苷酸芯片的特点
序列经过优化，减少非特异杂交，能有效 区分有同源序列的基因；
减少二级结构； 杂交温度均一，提高杂交效率； 合成产物浓度均一，避免因样品浓度差异
而造成的点样量差异； 无需扩增，防止扩增失败影响实验
五、寡核苷酸芯片分类
根据寡核苷酸应用方向的不同，可将其分为 两类：
表达谱芯片：用于检测基因的表达状况 （我公司目前使用的illumina表达谱芯片 即为此类）
检测芯片: 用于检测特定基因是否存在 （我公司使用的DRB检测芯片为此类）
六、寡核苷酸芯片的技术原理
1.寡核苷酸表达谱芯片的技术方法流程：
寡核苷酸探针的合成 及纯化
实验组样本
对照组样本
RNA分离
与载体基片通过化学反应连接
RNA反转录扩增标记
杂交 激光共聚焦扫描检测及数据统计
筛选不同处理后表达的差异基因

完整RNA检测:直接杂交
** *
** *Biotin 标记 cRNA * ***
微珠
地址序列