PCR引物设计方法和原理
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软件的引物设计功能主要体现在两个方面：首先是
引物分析评价功能，该功能只有少数商业版软件能够做 到，其中以“Oligo 6”最优秀；其次是引物的自动搜索功能， 各种软件在这方面的侧重点不同，因此自动搜索的结果 也不尽相同。据笔者的经验，自动搜索功能以“Premier Primer”为最强且方便使用，“Oligo 6”其次，其他软件如 “Vector NTI Suit”、“Dnasis”、“Omiga”和“Dnastar”都带有 引物自动搜索功能，但搜索结果不是十分理想。要想得 到效果很好的引物，在自动搜索的基础上还要辅以人工 分析。笔者认为引物设计软件的最佳搭配是“Oligo”和 “Premier”软件合并使用，以“Premier”进行自动搜索， “Oligo”进行分析评价，如此可快速设计出成功率很高的 引物。
四、PCR引物设计的原则
n 引物长度（primer length）: 18-27 bp n GC钳(GC clamp}: 引物3’端出现3 个以上的连
续碱基，如GGG 或CCC，也会使错误引发机 率增加 n 3’末端碱基（3’End Sequence）: ＧＣＴ n Tm 值(melting temperature) ：52~60℃ n GC 含量（composition） ：40-60%
四、PCR引物设计的原则
n ∆G 值是指DNA 双链形成所需的自由能 (internal stability, 用∆G 值反映) :选用3’端∆G 值较低（绝对值不超过9），而5’端和中间∆G 值相对较高的引物
n 引物二聚体(primer dimer)及发夹结构（duplex formation and hairpin）的能值 :超过 4.5kcal/mol易导致产生引物二聚体带，并且降 低引物有效浓度而使PCR 反应不能正常进行
n 引物的修饰 :一般是在5’端增加酶切位点
Breslauer,邻近法的相邻核苷酸的动 力学数值(自由能)来预测双链稳定 性
五、简并引物的设计
五、同源引物设计
六、网络免费在线引来自百度文库设计软件
六、引物设计常用商业软件包
七、Primer Premier和Oligo引物软件
使用方法
n 常有引物设计软件的引物的自动搜索和评价分析
PCR引物设计方法和原理
一、引物设计的目的
n 获得目标片段 n DNA测序 n 基因克隆 n 体外转录 n 突变 n 探针设计 n 分子标记
二、引物设计的类型
n 常规PCR引物 n PCR同源引物和简并引物 n 探针
引物设计的步骤
n 下载DNA模板或蛋白质序列 n 进行同源比较，找到保守同源序列 n 设计引物
引物分析评价功能，该功能只有少数商业版软件能够做 到，其中以“Oligo 6”最优秀；其次是引物的自动搜索功能， 各种软件在这方面的侧重点不同，因此自动搜索的结果 也不尽相同。据笔者的经验，自动搜索功能以“Premier Primer”为最强且方便使用，“Oligo 6”其次，其他软件如 “Vector NTI Suit”、“Dnasis”、“Omiga”和“Dnastar”都带有 引物自动搜索功能，但搜索结果不是十分理想。要想得 到效果很好的引物，在自动搜索的基础上还要辅以人工 分析。笔者认为引物设计软件的最佳搭配是“Oligo”和 “Premier”软件合并使用，以“Premier”进行自动搜索， “Oligo”进行分析评价，如此可快速设计出成功率很高的 引物。
四、PCR引物设计的原则
n 引物长度（primer length）: 18-27 bp n GC钳(GC clamp}: 引物3’端出现3 个以上的连
续碱基，如GGG 或CCC，也会使错误引发机 率增加 n 3’末端碱基（3’End Sequence）: ＧＣＴ n Tm 值(melting temperature) ：52~60℃ n GC 含量（composition） ：40-60%
四、PCR引物设计的原则
n ∆G 值是指DNA 双链形成所需的自由能 (internal stability, 用∆G 值反映) :选用3’端∆G 值较低（绝对值不超过9），而5’端和中间∆G 值相对较高的引物
n 引物二聚体(primer dimer)及发夹结构（duplex formation and hairpin）的能值 :超过 4.5kcal/mol易导致产生引物二聚体带，并且降 低引物有效浓度而使PCR 反应不能正常进行
n 引物的修饰 :一般是在5’端增加酶切位点
Breslauer,邻近法的相邻核苷酸的动 力学数值(自由能)来预测双链稳定 性
五、简并引物的设计
五、同源引物设计
六、网络免费在线引来自百度文库设计软件
六、引物设计常用商业软件包
七、Primer Premier和Oligo引物软件
使用方法
n 常有引物设计软件的引物的自动搜索和评价分析
PCR引物设计方法和原理
一、引物设计的目的
n 获得目标片段 n DNA测序 n 基因克隆 n 体外转录 n 突变 n 探针设计 n 分子标记
二、引物设计的类型
n 常规PCR引物 n PCR同源引物和简并引物 n 探针
引物设计的步骤
n 下载DNA模板或蛋白质序列 n 进行同源比较，找到保守同源序列 n 设计引物