2019精品基于结构的药物分子设计英语
药物分子设计
O
a
OH
H3C N
CH3
b
CH3
O OH
N H3C
OH
O
NH2
CH3
O
O
OH
NC
N
O
OH NO
如将叔丁基环合到苯环上（a），则成为苯并氮氧杂环辛烯，为 强效β受体阻断剂，将亚胺水解得到开链苯乙酮化合物，活性只 为环状物的25%；若将连接胺基的亚甲基环合到苯环上（b），得 苯并二氢吡喃化合物，再经适当修饰，则消除了β受体阻断作用， 为钾离子通道开放剂，具有降压活性。
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新药设计与研究
的发现 的优化
靶标的确定 模型的建立 先导化合物
先导化合物
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靶标的确定
• 过去谈到药物设计研究的方法和途径时，往往仅提两后者。 而现今的新药设计与研究的起点，已经由过去的化学驱动 转变为生物学主导。一方面是由于后基因组时代陆续提供 丰富和新颖的靶标；另一方面是选择病种和靶标，除旨在 创制非盈利和社会公益性药物外，大都是为了市场的需求 和回收投入的经济因素。
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脂氧合酶 ( 5- LOX) 环氧合酶( COX)双效抑制。 花 生四烯酸经历COX 和5- LOX 两种酶的代谢, 在NSAID 阻 断前列腺素合成的同时, LOX 催化的代谢产物白三烯 ( LTS) 之生成将相对增加, 而LT S 又是一类重要的致 炎物质, 这就要求新型NSAID 必须对COX 和5- LOX 产生
而且不含手性中心，活性也提高了80倍。
NCH3
HO O OH Morphine
O C2H5 N N
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Fentanyl
雌二醇的开环类似物
雌二醇（Estrsdiol）C、D环的开环类似物阿仑雌酚（
药物设计-第四章-基于配体结构的药物设计
第一节 定量构效关系
• 定量构效关系研究是应用数学模式来表达药物的化学结 构因素与特定生物活性强度的相互关系，通过定量解析 药物与靶点特定的相互作用，从而寻找药物的化学结构 与生物活性间的量变规律，从而为新一轮的结构优化提 供理论依据。
定量构效关系
化合物 训练集 参数计算 统计分析 定量构效关系模型
5. CATALYST
• CATALYST是美国MSI公司开发的面向药物研究领域 的综合性的药物开发软件。由于这一软件为药效团模 拟提供了完善的解决方案，使得CATALYST 成为近年 来在国际上应用最为广泛的基于药效团模型的药物开 发软件。
每一药效特征元素包括： （1）化学功能
• 包括疏水团、正电/负电基团和氢键供体/受体。这些 默认的化学功能还可以进一步细化或重新定义，进行 灵活和独立的分析。
2. DISCO（距离比较法，distance comparison）
• 距离比较法是MARTIN开发的药效团识别方法，已经 成为SYBYBL的一个模块实现商业化。一般可以提供 多个药效团模型，对每一种模型均需要验证，求选出 最好的药效团模型。在SYBYL软件包中，DISCO 得 到的药效团模型可以作为提问结构，采用Unity 模块 进行基于药效团模型的数据库搜索来寻找先导化合物。
• 现在已有很多商用数据库系统可支持基于药效团结构 特征的结构搜索。比较常用的有早期的3D-SEARCH、 MDL 信 息 系 统 公 司 的 ISIS/Base 、 化 学 设 计 公 司 的 Chem-X 、 Tripos 公 司 的 Unity 和 MSI 公 司 （ 现 为 Accerlry公司）的CATALYST等软件。我国自行设计 的三维结构搜索软件3DFS近年在科研工作中也得到一 定应用 。
基于结构的药物设计
1.1.1 药物-受体相互作用
• 空间形状契合 形状互补
• 诱导契合* 通过各自的变构作用——形状互补
• 相互作用力契合 性质互补
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A.空间形状契合： 受体生物大分子的结构具有不对性，药物
和受体的形状互补才能结合起效。
异丙肾上腺素
肾上腺素
肾上腺素能激动α- 和β- 肾上腺素受体 而异丙肾上腺精素品课仅件能激动β-肾上腺素受体
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C.相互作用力契合
化学反应（即成键）、分子间作用力（即缔合） 药物-受体相互作用力的类型和性质：
共价键>离子键>氢键>疏水精键品>离课子件—偶极键>范德华力>偶极偶极>诱导偶极
共价键（covalent bond）：两个或多个原子共同使用它们的外层
电子，达到电子饱和的状态，由此组成比较稳定的化学结构。
1.2.1 药效基团 （pharmacophore或biophore）
➢ 指一系列生物活性分子所共有的、对药物活性起 决定作用的分子片段及其三维空间位置结构特征 。
➢ 能被受体所识别、与受体受点结合起关键作用。 ➢ 当与受体受点结合后，产生特定的生理活性。 ➢ 具有类似结构的化合物往往有着相近的药理作用
有机磷杀虫剂可以将乙酰胆碱酶中的丝氨酸残 基的羟基酯化，使其失去水解乙酰胆碱的活性。
有机磷 类
脱磷酰基 水解作用
其中PX：代表有机磷酸酯杀虫剂 ； X：代表脱离基；PE：磷酰化酶， 反应的三步为： （1）形成可逆性复合体（在酶的阴离子部位）。 （2）磷酰化反应。有机磷是通过酰化反应产生对AchE的抑制作用。 （3）酶的复活。
• 极性分子本身存在的 偶极，是固有偶极。
基于药效团模型的药物设计与筛选
2020年34期设计创新科技创新与应用Technology Innovation and Application基于药效团模型的药物设计与筛选*刘景陶（河套学院，内蒙古河套015000）1计算机辅助药物设计方法学随着计算机技术与药物设计学科的融合，利用计算机的模拟技术和图形技术进行药物分子筛选成为一门崭新的学科。
计算机辅助药物设计通过对配体和受体间相互作用的原理的研究。
是基于各种分子模拟技术及各种数理统计方法，在缺乏受体结构的情况下，可以进行基于配体小分子的虚拟筛选。
即间接法，从一系列分子中寻找出受体活性位点，再以此设计新的配体。
现代药物研发工作中，基于结构的分子设计已成为临床前药物开发有效策略的标志。
随着对蛋白结构和功能的认识越来越深入，以及基因组学推进了基于结构设计新药的进步，并为该策略应用于新疗法的药物开发提供了巨大的保障。
人类基因组测序结果表明有20000~25000个人类蛋白编码基因，每个基因可以为一种蛋白质编码，这些蛋白负责实现人体内所有的细胞功能。
同时这些蛋白也可以参与病理过程。
为了充分利用新靶点和结构信息，需要深入了解酶的功能、理解分子设计的基本原理、并明确基于结构设计药物活性分子时可能面临的障碍，因而为基于结构的新药设计和新药研发提供独特的机会和挑战。
基于结构设计的方法彻底改变了药物化学实践过程和临床前药物研发过程。
2通过间接法进行药物设计相似的化学结构可能产生相似的生物活性，这就是配体相似性原则，在配体相似性原则指导下，将化学结构相似的一对生物靶标的活性作系统的相关性分析，采用“全局”或“局部”的分子观点，揭示并预测化学结构与药理活性的关系。
化学结构决定着药理作用和成药性，杂泛性关系到药效、药代和安全性等内容，利用靶标的三维结构或根据药物分子的结构的相似性或药效团总结出的规律或模型，可对药物分子的杂泛性进行预测。
基于结构的设计，在许多首创药物发现和开发中的成功应用，产生了药物发现和开发中的新概念和新工具。
基于结构的药物设计流程
基于结构的药物设计流程下载温馨提示:该文档是我店铺精心编制而成，希望大家下载以后，能够帮助大家解决实际的问题。
文档下载后可定制随意修改，请根据实际需要进行相应的调整和使用，谢谢!Download tips: This document is carefully compiled by theeditor. l hope that after you downloadthem,they can help yousolve practical problems. The document can be customized andmodified afterdownloading,please adjust and use it according toactual needs, thank you!基于结构的药物设计流程简要概括如下：①靶标识别：确定疾病相关生物分子（如酶、受体）作为药物作用的目标。
②靶标结构解析：通过X射线晶体学、核磁共振或冷冻电镜等技术获取靶标分子的三维结构信息。
③活性位点分析：识别靶标分子上的活性位点，即药物小分子可能结合的区域。
④虚拟筛选：利用计算机软件，在大规模化合物库中筛选与活性位点匹配度高的候选药物分子。
⑤分子对接：模拟候选分子与靶标活性位点的相互作用，评估结合模式与亲和力。
⑥分子优化：根据对接结果，调整候选分子的结构，改善药效学性质（如提高选择性、降低毒性）。
⑦合成与测试：合成优化后的候选药物，进行生物活性实验验证，包括体外活性测试、细胞水平评估等。
⑧ADME/T预测：评估候选药物的吸收、分布、代谢、排泄和毒性（ADME/T）特性，筛选出符合药物开发标准的候选分子。
⑨结构-活性关系(SAR)分析：通过一系列化合物的生物活性测试，建立结构与活性之间的关系，指导进一步优化。
⑩临床前与临床研究：经过严格筛选的候选药物进入临床前毒理学评价，随后推进至不同阶段的临床试验，验证安全性和有效性。
基于靶点结构的药物设计的名词解释
基于靶点结构的药物设计的名词解释下载提示：该文档是本店铺精心编制而成的，希望大家下载后，能够帮助大家解决实际问题。
文档下载后可定制修改，请根据实际需要进行调整和使用，谢谢！本店铺为大家提供各种类型的实用资料，如教育随笔、日记赏析、句子摘抄、古诗大全、经典美文、话题作文、工作总结、词语解析、文案摘录、其他资料等等，想了解不同资料格式和写法，敬请关注！Download tips: This document is carefully compiled by this editor. I hope that after you download it, it can help you solve practical problems. The document can be customized and modified after downloading, please adjust and use it according to actual needs, thank you! In addition, this shop provides you with various types of practical materials, such as educational essays, diary appreciation, sentence excerpts, ancient poems, classic articles, topic composition, work summary, word parsing, copy excerpts, other materials and so on, want to know different data formats and writing methods, please pay attention!1. 概述在药物设计领域，基于靶点结构的方法是一种重要的策略，它通过对药物与生物靶点相互作用的结构进行分析和优化，以设计出具有更高效率和更低副作用的药物。
药物化学专业英语词汇
medicinal药品,药物, 药的,药用的be split into 分成，分为pharmaceutical 药学的，制药的，药品 starting materialsynthetic, 合成的，人造的，；synthetics化学合成品, synthesis合成(法),semisynthetic, synthesize,synthesesalkaloid 生物硷lead structure 先导结构intermediate中间体isolation 分离natural source 天然来源enzyme 酶 heart glycoside 强心苷steroid 甾体precursor 前体organ/target organ 靶器官 peptidehormone 激素 insulinpancreas vaccinepolysaccharide serumcholesterol 胆固醇amino acidgelatine hydrolysis水解/hydrolysate水解产物/hydrolyze水解hydroxylation antibiotic 抗生素，抗菌的antibody interferon 干扰素fermentation 发酵 dextran 葡聚糖ーlactam natural producttherapy/therapeutic治疗的/therapeutic margincaffeine咖啡因 yeastmicrobiological mutantmicroorganism geneticmould high performancebacterial proteinmucous membranemetabolism新陈代谢metabolite代谢物plasma 血浆 molecule /molecular weightfood additive organiclactic acid乳酸citric acid 柠檬酸penicillin penicilliumtetracyclinederivative衍生物contamination污染 sterile无菌的aerobic oxygencarbon dioxide carbohydratestarch saccharide/ polysaccharideglucose葡萄糖nitrogenureaPhosphate optimalammonium sulfate ammoniaseparate filtrateabsorption extractionrecombinant encodepurification chromatographic procedurecalciumregiospecific reaction区域专一性反应stereospecific reaction 立体专一性反应isomerization/isomeric fructosecountless test diagnosediagnosticanalysis/ analyst/ analytical/ analyze protease Ingredient in combination withDigestion enymatic cleavageBy means of fumaric acidBindimmobilize racemate /racemicacetyl heterogeneouscatalysis mediumester synthetic routeregistration compoundOrganometallic pyridinearomatic toluenexylene phenolrecrystallization/crystalmethanol/ethanolacetone ethyl acetatebenzene/ chlorobenzenediethyl ethersodium hydroxide hydrochloric acidsulfuric acid nitric acidacetic acid potassium carbonatechlorine/ chloride iodine/iodidefluorine/ fluoride bromine/bromideimpurity quality certificateGMP in large amountfacilityInspectionanalogousHygienicbe subjected toadminister/administration biologic response biologicmembrane to a large extentpenetration spatial arrangementpharmacologic stereochemistrythree-dimensional structure lipidstructure-activity relationship stericcorrelation parameterpartition coefficient distribution fuction conformation extractionoptical isomerism/opticalisomer enantiomorphic/ enantiomorphby no means tartaric acidManually magnificationdrug designpolarized lightdextrorotatory levorotatoryClokwise countclockwiseAntipode nonsuperimposable mirror image Coincide with glyceraldehydeAbsolute literatureconfiguration crystallographyasymmetric center accessisomeric enantiomerdiastereoisomeratomic numberPrioritymagnificationsolubilityspatial sequencein vivo/in vitroreceptorintravenous injection静脉注射be susceptible to敏感的With respect to contractSubstrate epoxidationcarcinogen oxidation /oxidasepreparationpredominantspeciescomplexdehydrase/dehydrogenase/decarboxylase/hydrolytic enzymes/isomerase/permease Choline one out of every ten 十分之一clinical 临床的interactionexcrete/excretioninversionCoordination DelayEfficacy in place相称的，合适的entity drug developmentattrition toxicity/toxic/ toxicology/Anti-infectives Healthcarerepro-toxicology/genotoxicity drug candidate indicationpharmacokineticsadverse profileformulary/formulation/formulor onsetdose/once a day dosing dosage/dosage form/overdosageregulatory interdependentsubacute亚急性的/chronic clinical/preclinicalvital optimum/ optimizeimpurity pilot plantcritical path criteriaupdate in paralleladequate stabilitypotency dermalcardiovascular 心血管的respiratory nervousconcurrently labelsynergies 协同作用antagonizereversible/irreversible permissiblelifespandiseasetumourinhalercapsule rodentfoetal teratologyexposurepatchset-up hazardOn a large scale shelf-lifetannin caffeineIn common vacuum fitrationhomogeneous gallic acidhydroxyl group esterifyphenolic precipitatenon-hydrolyzable carboxyl groupacidic calcium carbonatechloroform flavonoiddistillation sublimationsalicylic acid three neck round bottom flask separatory funnel steam bathdistillation flask beakerrinse ozoneice water bath condenserheparin digestionAside from fall intoProvide for as withCation compendialBatch –to batchcoagulation clotdecolorize anticoagulantprecipitation methodologyextraneous intestinalmucosa casingnitrate proteolyticdegrade/ degradation peroxideantithrombin thrombinplatelet aggregationintratracheal parenteraltopical comatoserelegate tabletsyrup suspensionemulsion versusbreakage leakagechip cracktaste masking expirationEven partially portableAdsorbent be free of / be free from Preference 偏爱 otherwise ad. 另外，别样Burden 负担，负重， on standing 搁置microbiologic preservationdispense bioavailabilitysystemic effects self-administration of medication motion sickness medical emergencysterile ophthalmicirrigate mucousabradeViable 能生长发育的，生存的 Mucous menbraneBody compartment 体室，体腔 Body cavityCircumvent 围绕，包围，智胜，防止…发生，迂回 Exceptionally 特殊地，异常地Wound受伤 Vessel 管，脉管Specialized 专业的，专业性的 By far 非常，更加Monograph专题文章，专题论文 Stringent 严格的，严厉的Inclusive 范围广的 Gravimetric 重量分析法的Electrolytic 电介质的，电解的 Conductivity 电导率Conductance 电导，电导性 Immerse 将…浸入Electrode 电极 Specific 比的Resistance Withstand 经受得住Stress 恶劣的 Redictable 可预报的Reproducible 可重现的 Necessary 必然的Solubilizers 加溶剂 Chelate 螯合Excipient 赋型剂 Ingredient 配料Medicinal agent Dispense 使分散，使疏开，配方（药）Ingenuity 独创性，精明 FormulatorMeager 贫乏的 Continuance 持续pellet vehiclegravimetric instantaneousosmosis dissociatepyrogen antioxidantbuffer tonicityantifungal inhibitorantifoaming colligativeextemporaneous specificationpreparation optimizeaccumulation availabilitydelivery/ deliver peroralrelease sustaingastrointestinal predefinecavity marginionic/ion simulatedistinctly efficacypaddle intestinalinterval a steady-state blood or tissue levelelimination blood vesselelectrode/electrolyticconductivity/conductanceresistanceexcipientthermalviabledisintegrationresidence time accomplishmaximum/maximizepotentiateprescribeuniformitycompliancespecificationphysiologicagitationIn the face of 面临 Fluctuation 波动Deliberate 深思熟虑的 Peroral 经口的Depot 仓库 Repository 仓库Sustained release， Sustained action，prolonged action， controlled release，extended action， timed release，repository dosage forms Implicit固有的peak 峰 dumpmaintenance dose maintenance periodmethane, ethane, Propane, butane/tetrane, pentaneethylene, Propylene/propene, butylene, 1-pentenemethanol,ethanol/ethyl alcohol, Propanol/ propyl alcohol, Butanol/Butyl alcohol, 1-pentanolcalibrateasepticstoichiometry replenishmenttubularproduct yieldscirculate atomizediscrete reactantmaterial transfer regenerationreactant conversion deviate fromviscosityexothermic endothermicshort-circuiting 短路laminar flowadiabatic radialproduct yields well-stirred batch reactorreactor configuration semibatch reactorcontinous-flow stirred-tank reactorback-mixing返混cross-sectionpressue drop countercurrentpacked-column rate-limiting stepfluidized or fluid bed tubular reactortubular plug-flow reactor batch operationturbulent trickle bedmultiplicity in series 逐次的，串联的feed Cross－flow 错流，横向流Panel－bed 板式床reaction driving froces 反应驱动力Chain－terminating Hydraulic 水力学的mechanical seal 机械密封 viscous 粘滞的Be prone to 倾向于, 易于中药traditional Chinese drug生药crude drug草药medicinal herb民族药ethnic drug地产药材native drug道地药材famous-region drug中成药Chinese patent medicine海洋生药学marine pharmacognosy药用植物学medicinal botany植物化学phytochemistry植物化学分类学plant chemotaxonomy生药拉丁名Latin name of crude drug学名scientific name来源source混淆品adulterant类同品allied drug伪品counterfeit drug代用品substitute掺伪adulteration天然产物natural product化学成分chemical constituent有效成分effective constituent主成分main constituent活性成分active constituent莽草酸途径shikimic acid pathway乙酸一丙二酸途径acetate-malonate pathway乙酸- 甲瓦龙酸途径acetate-mevalonate pathway单糖monosaccharide戊糖pentose己精hexose庚糖heptose辛糖octose脱氧糖deoxysaccharide, deoxysugar呋喃糖furanose吡喃糖pyranose寡糖oligosaccharide二糖disaccharide三糖trisaccharide四糖tetrasaccharide五糖pentosacc haride多糖polysaccharide淀粉starch树胶gum果胶pectin半纤维素hemicellulose纤维素cellulose甲壳质chitin肝素heparin硫酸软骨素chondroitin sulfate玻璃酸hyaluronic acid直链淀粉amylose支链淀粉amylopectin糖原glycogen费林试验Fehling test苷glycoside糖杂体heteroside苷元aglycone苦杏仁酶emulsin氰苷cyanogenic glycoside, cyanogenetic glycoside酚苷phenolic glycoside多酚polyphenol醛苷aldehyde glycoside醇苷alcoholic glycoside吲哚苷indole glycoside树脂醇苷resinol glycoside硫苷thioglycoside呫吨酮xanthone呫吨酮苷xanthonoid glycoside蒽醌anthraquinone蒽醌苷anthraquinone glycoside蒽酚anthranol氧化蒽酚oxanthranol蒽酮anthrone二蒽酮dianthrone羟基蒽醌hydroxyanthraquinone博恩特雷格反应Borntrager reaction 黄酮类flavonoid黄酮苷flavonoid glycoside黄酮flavone黄烷flavane黄酮醇flavonol黄烷酮flavanone黄烷酮醇flavanonol异黄酮isoflavone异黄烷酮isoflavanone新黄酮类neoflavonoid裂环烯醚萜苷secoiridoid glycoside 木脂体lignan木脂内酯lignanolide新木脂体neolignan木素lignin萜terpene萜类terpenoid半萜hemiterpene单萜monoterpene倍半萜sesquiterpene二萜diterpene三萜triterpene四萜tetraterpene多萜polyterpene齐墩果烷oleanane挥发油volatile oil精油essential oil鞣质tannin鞣酸tannic acid可水解鞣质hydrolysable tannin缩合鞣质condensed tannin鞣酐phlobaphene鞣花鞣质ellagitannin没食子鞣质gallotannin双缩脲反应biuret reaction 脂肪fat脂肪油fatty oil去油de-fatting蜡wax环烯醚萜苷iridoid glycoside环烯醚萜iridoid裂环烯醚苷secoiridoid皂化saponification酸败rancidity饱和脂肪酸saturated fatty acid不饱和脂肪酸unsaturated fatty acid有机酸organic acid树脂resin油树脂oleoresin树胶树脂gum resin香树脂balsam香脂酸balsamic acid苷树脂glycosidal resin苦味素bitter principle色素pigment微量元素trace element生物碱alkaloid吖啶生物碱acridine alkaloid阿朴啡类生物碱aporphine alkaloid苄基异喹啉生物碱benzylisoquinoline alkaloid双苄基异喹啉生物碱bisbenzylisoquinoline alkaloid双吲哚生物碱bisindole alkaloid咪唑生物碱imidazole alkaloid吲哚生物碱indole alkaloid吲哚联啶生物碱indolizidine alkaloid吲哚烷胺生物碱indolylalkylamine alkaloid异喹啉生物碱isoquinoline alkaloid大环生物碱macrocyclic alkaloid吗啡烷生物碱morphinane alkaloid羟吲哚生物碱oxindole alkaloid菲啶生物碱phenanthridine alkaloid苯烷胺生物碱phenylalkylamine alkaloid哌啶生物碱piperidine alkaloid嘌呤生物碱purine alkaloid吡啶生物碱pyridine alkaloid吡咯生物碱pyrrolidine alkaloid吡咯联啶生物碱pyrrolizidine alkaloid喹唑啉生物碱quinazoline alkaloid喹啉生物碱quinoline alkaloid喹啉联啶生物碱quinolizidine alkaloid甾体生物碱steroid alkaloid萜类生物碱terpenoid alkaloid四氢异喹啉生物碱tetrahydroisoquinoline alkaloid碘化汞钾试剂Mayer's reagent碘化铋钾试剂Dragendorff's reagent碘化钾碘试剂Wagner's reagent硅钨酸试剂Bertrand's reagent, silicotungstic acid reagent磷钼酸试剂Sonnenschein's reagent, phospho-molybdic acid reagent苦味酸试剂Hager's reagent, picric acid reagent矾酸铵-浓硫酸试液Mandelin test solution 钼酸铵-浓硫酸试液Frohde test solution甲醛-浓硫酸试液Marquis test solution莨菪烷tropane莨菪烷生物碱tropane alkaloid除虫菊素类pyrethroid-acetal 醛缩醇acetal- 乙酰acid 酸-al 醛alcohol 醇-aldehyde 醛alkali- 碱allyl 丙烯基alkoxy- 烷氧基-amide 酰胺amino- 氨基的-amidine 脒-amine 胺-ane 烷anhydride 酐anilino- 苯胺基aquo- 含水的-ase 酶-ate 含氧酸的盐、酯-atriyne 三炔azo- 偶氮benzene 苯bi- 在盐类前表示酸式盐bis- 双-borane 硼烷bromo- 溴butyl 丁基-carbinol 甲醇carbonyl 羰基-caboxylic acid 羧酸centi- 10-2chloro- 氯代cis- 顺式condensed 缩合的、冷凝的cyclo- 环deca- 十deci 10-1-dine 啶dodeca- 十二-ene 烯epi- 表epoxy- 环氧-ester 酯-ether 醚ethoxy- 乙氧基ethyl 乙基fluoro- 氟代-form 仿-glycol 二醇hemi- 半hendeca- 十一hepta- 七heptadeca- 十七hexa- 六hexadeca- 十六-hydrin 醇hydro- 氢或水hydroxyl 羟基hypo- 低级的，次-ic 酸的，高价金属-ide 无氧酸的盐，酰替…胺，酐-il 偶酰-imine 亚胺iodo- 碘代iso- 异，等，同-ite 亚酸盐keto- 酮ketone 酮-lactone 内酯mega- 106meta- 间，偏methoxy- 甲氧基methyl 甲基micro- 10-6milli- 10-3mono- ( mon-) 一，单nano- 10-9nitro- 硝基nitroso- 亚硝基nona- 九nonadeca- 十octa- 八octadeca- 十八-oic 酸的-ol 醇-one 酮ortho- 邻，正，原-ous 亚酸的，低价金属oxa- 氧杂-oxide 氧化合物-oxime 肟oxo- 酮oxy- 氧化-oyl 酰para- 对位，仲penta- 五pentadeca- 十五per- 高，过petro- 石油phenol 苯酚phenyl 苯基pico- 10-12poly- 聚，多quadri- 四quinque- 五semi- 半septi- 七sesqui 一个半sexi- 六sulfa- 磺胺sym- 对称syn- 顺式，同，共ter- 三tetra- 四tetradeca- 十四tetrakis- 四个thio- 硫代trans- 反式，超，跨-yl 基-ylene 撑(二价基，价在不同原子上）-yne 炔。
第05讲-基于结构的药物设计
间接药物设计
直接药物设计
2
基于配体结构的药物设计——直接法
已知活性化合物
结构分析
QSAR
药效基团
虚拟受体
结构优化
先导化 合物
活性测试 合成 候选药物
3
第二节 基于配体的药物设计方法之一
——定量构效关系（QSAR）
4
思考题
• 通过计算手段可以获得哪些类型的结构描述 符； • 简述一个定量结构活性关系研究的主要步骤。 • 如何评价一个定量构效关系模型的好坏。
log (1/C) = 1.259 π - 1.460 s + 0.208 Es(meta) + 7.619
(n = 22; r = 0.959)
π = 疏水性参数 σ = Hammett电性效应 Es(meta) = Taft 立体参数
12
预测结果
m-X H F H Cl Cl Br I Me Br H Me H Cl Br Me Cl Me H H Me Br Br p-Y H H F H F H H H F Cl F Br Cl Cl Cl 1.78 Br I Me Me Br Me
Br
13
Free-Wilson模型
• 基本假设
对于母体骨架相同的系列化合物，它们的活性是某些特定位臵上的
取代基所产生的活性加和
log(1 / C) A Gij X ij
i j
Gij X ij 其中A是基准化合物活性的负对数值； 是取代 i j X ij 基所产生的活性加和， Gij 是取代基i在第j个位臵上的基团活
Hansch模型应用举例
π 0.00 0.13 0.15 0.76 0.91 0.94 1.15 0.51 1.09 0.70 0.66 1.02 1.46 1.64 1.21 0.55 1.53 1.26 0.52 1.03 1.96 1.46 σ 0.00 0.35 -0.07 0.40 0.33 0.41 0.36 -0.07 0.34 0.11 -0.14 0.15 0.51 0.52 0.04 0.27 0.08 0.14 -0.31 -0.38 0.56 0.10 Es(meta) log (1/C)obs 1.24 0.78 1.24 0.27 0.27 0.08 -0.16 0.00 0.08 1.24 0.00 1.24 0.27 0.08 0.00 9.00 0.00 1.24 1.24 0.00 0.08 0.08 log (1/C)a 7.46 7.52 8.16 8.16 8.19 8.30 8.40 8.46 8.57 8.68 8.82 8.89 8.89 8.92 8.96 9.06 9.22 9.25 9.30 9.30 9.35 9.52 7.82 7.45 8.09 8.11 8.38 8.30 8.61 8.51 8.57 8.46 8.78 8.77 8.75 8.94 9.15 9.11 9.46 9.06 8.87 9.56 9.25 9.35 log (1/C)b 7.88 7.43 8.17 8.05 8.34 8.22 8.51 8.36 8.51 8.60 8.65 8.94 8.77 8.94 9.08 9.43 9.26 8.98 9.47 9.29 9.33
药学专业常用英文术语
药学Pharmacology前沿·热点Research Hot/Frontiers计算机辅助药物设计Computer-Aided Drug Design 新药研发Drug Discovery药物输送Drug Delivery药物转运体Drug Transporter药物不良反应Adverse Drug Reaction药物代谢酶Drug Metabolizing Enzymes潜在药物靶点Potential drug targets药物相互作用Drug-Drug Interaction基因多态性Single Nucleotide Polymorphisms多药耐药Multidrug resistance交叉耐药Cross-resistance剂量-反应曲线Dose-response curve给药途径Route of Administration药物代谢Drug Metabolism药物载体Drug carrier药物评价Drug Evaluation药物筛选Drug Screening配药学Pharmacy药剂师Pharmacists制药历史History of pharmacy中药Chinese Pharmacy日本汉方药学Japanese pharmacy社区药房Community pharmacy医院药房Hospital pharmacy临床药学Clinical pharmacy组合药学Compounding pharmacy高级顾问药师Consultant pharmacy互联网药房Internet pharmacy兽药Veterinary pharmacy核药学Nuclear pharmacy军事药学Military pharmacy药学情报Pharmacy informatics药剂学Pharmaceutics新化学个体new chemical entity (NCE)剂型设计dosage form design纯药pure drug substance药片Tablet胶囊Capsule硬胶囊Hard Capsule软胶囊Soft Capsule微型胶囊Microencapsule栓剂Suppository注射Injection阴道栓剂Pessary乳霜剂Cream软膏剂Ointment滴眼药Eye drop滴耳药Ear drop吸入剂Inhalation鼻喷剂Nasal spray穿透皮肤药贴Transdermal patch乳胶剂Emulsion悬浮剂Suspension散布剂Dispersion溶解Solution体内植入物Implant洗剂Lotion嵌入Inserts粉末Powder凝胶Gels药贴Paste新药物缓释系统Novel drug delivery systems药物化学Medicinal chemistry配药化学pharmaceutical chemistry结构-活性数量关系quantitative structure-activity relationships (QSAR)金属基药物metal-based drugs合成化学combinatorial chemistry药效团pharmacophore先导化合物lead compounds最优化Optimization临床试验clinical trials药学实习Pharmacy practice药理学Pharmacology药效drug action医药品pharmaceuticals药物成分drug composition毒物学toxicology代谢途径metabolic pathways药代动力学Pharmacokinetics治疗指数therapeutic index治疗窗Therapeutic Window治疗药物临测therapeutic drug monitoring 心理药理学Psychopharmacology潜在药物potential drugs有效成分Constituents迷幻药psychedelic兴奋剂recreational drugs精神障碍mental disorders精神活性药物Psychoactive drugs致幻药hallucinogenic drugs镇定剂tranquillizers抗抑郁药antidepressants精神分裂症schizophrenia血脑屏障blood-brain barrier副作用side effects药物遗传学Pharmacogenetics遗传变异genetic variation药物基因组学pharmacogenomics药物不良反应Adverse drug reactions生物异源物质xenobiotics自身免疫病autoimmune disease药物代谢drug metabolismThiopurinesTPMT药物流行病学Pharmacoepidemiology毒理学Toxicology毒性toxicity剂量dose剂量反应关系dose-response relationship半數致死量LD50 Toxicogenomics毒液venom毒素toxins剂量学posology生药学Pharmacognosy人种药理学Ethnopharmacology 植物治疗法phytotherapyDrug Synergism天然药crude drugs植物化学phytochemistry替代疗法alternative medicine。
基于结构的药物设计名词解释
基于结构的药物设计（Structure-based drug design）又被称为直接药物设计法，它最基本的要求是清楚的知道作用受体的三维空间构型。
根据受体受点的形状和性质要求，直接借助计算机自动构造出形状和性质互补的新的配基分子的三维结构。
基础是受体受点与配基之间的互补性。
直接药物设计法存在的问题有：
①人体结构复杂，大部分受体结构不知道；
②测试水平和晶体获得受到一定的限度，现在能够获得的三维结构有限；
③受体是嵌在细胞膜上的蛋白结构，当从半流态的细胞膜上分离出来以后，脱离原来的环境，其空间结构排列发生很大的变化，很难得到真实的三维空间结构。
被成为直接药物设计。
基于配体的药物设计，又被称为间接药物设计法，是指在受体结构未知的情况下，利用计算机技术对有活性的各种类型生物活性分子进行计算分析，得到三维构效关系模型，通过计算机显示其构象推测受体的空间构型，并以此虚拟受体进行药物设计，这种方法犹如量衣裁新衣订做服装。
思考题
1.什么是分子设计定义：用计算机借助于经验或理论设计一种具有特定性能的分子。
分子设计分为药物设计和材料设计2.药物设计药物设计包括基于筛选途径的药物设计、基于靶点的药物设计、基于结构的药物设计、基于性质的药物设计。
(1).药物：诊断、治疗和预防疾病的分子(2).药物与化合物的区别：药物是一种化合物，满足如下特性：Effective、Safety、Quality can be controlled(3).药物设计定义：Drug design is a stepwise process combining methods of manyfields of science to create compounds with desired effects on health.药物设计是结合多个科学领域方法创造出对健康有预期效果的化合物的逐步的过程。
i.药物设计：随机筛选（——先导化合物及优化）——候选药物ii.药物开发：临床前研究——临床研究——上市药物(4).先导发现的两条途径：1. 随即筛选/偶然发现2. 合理药物设计i.随机筛选/偶然发现（直到20世纪70年代，最主要的先导发现方式）思考题：药物分子随机筛选的途径，自动化方法包括哪些内容？1.天然/合成化合物的随机筛选/偶然发现（药化主导）天然：(1).屠呦呦：黄花蒿中提取青蒿素（治疗疟疾，后开发出复方蒿甲醚，药效比青蒿素高10倍，并减少了疾病复发的风险）(2).阿片中提取吗啡（吗啡是一种阿片类止痛剂，会直接作用于中枢神经系统，改变人体对疼痛的感觉，可用于缓解急性或慢性的疼痛。
）(3).红豆杉树皮中提取紫杉醇（细胞有丝分裂抑制剂，被用于癌症治疗。
卵巢癌和转移性乳腺癌治愈率达33%，总有效率达75%以上）(4).溶栓药物的寻找：金黄色葡萄球菌中提取葡激酶，水蛭中水蛭素，吸血蝙蝠中唾液纤溶酶原激活剂，蝮蛇中蛇毒溶栓酶，人源性的组织型纤溶酶原激活剂t-PA（重组第三代溶栓药）合成化合物的偶然发现：1.唾液酸是流感病毒的受体，是流感病毒结合在黏液细胞中的结合位点。
molecular pharmaceutics模板
molecular pharmaceutics模板什么是分子制药学？分子制药学是一门研究药物的发现、设计、制备和评价的学科。
它结合了化学、生物学和药理学的原理与方法，致力于开发创新的药物治疗方法。
分子制药学的目标是开发具有高效性和安全性的新药物，提高药物的选择性和特异性，并减少对患者的副作用和毒性。
分子制药学的步骤：1. 药物发现：药物发现是分子制药学中的第一步，旨在发现新的药物分子。
这个过程可以采用不同的方法，如自然产物筛选、高通量筛选（HTS）和计算机辅助药物设计（CADD）。
通过对大量化合物进行筛选，可以鉴定出具有生物活性的分子。
2. 药物设计：药物设计是根据疾病的特定靶点和分子机制，设计新的药物分子。
这可以通过结构活性关系（SAR）的研究，以及计算机模拟和分子对接技术来实现。
药物设计的目标是优化药物分子的吸收、分布、代谢和排泄（ADME）特性，并提高药物与靶点的结合亲和力。
3. 药物制备：药物制备是将药物设计方案转化为可供临床使用的药物制剂。
这涉及到药物的有机合成、药物的纯化和药物的结构表征等工艺步骤。
在药物制备的过程中，需要确保药物的质量、纯度和稳定性。
4. 药物评价：药物评价是评估药物性能和效果的过程。
这包括药物的生物活性、毒性、药代动力学和药效学评价。
通过临床试验，可以确定药物的安全性和有效性，并获得药物注册和上市的批准。
5. 药物上市和监管：一旦药物通过了临床试验和监管审批，可以获得上市许可证并投入市场。
药物的监管工作包括对药物生产、质量控制和药物使用的监督和管理。
分子制药学的应用：分子制药学的研究成果被广泛应用于医药行业。
新的药物分子可以用于治疗多种疾病，如癌症、心血管疾病、神经系统疾病等。
分子制药学也在药物导入系统的研究和开发中发挥重要作用，如靶向药物传递系统、纳米药物传输系统等。
此外，分子制药学还涉及药物配方、药物交付和药物稳定性的研究。
总结：分子制药学是一门综合性的学科，涉及药物的发现、设计、制备和评价。
107864-药物设计-04基于性质的药物设计
CH3
O
N
N
Fentanyl
Highly lipophilic compound and about 80% binds to plasma proteins, has a rapid onset and a short duration of action. The compound is rapidly transported into the CNS and lipid tissues. The short duration of action is due to redistribution rather than
口服上市药物的亲脂性比较
亲脂性变化改变药物行为
CH3
O
N
N
芬太尼
起效快，超短效—— 血浆蛋白结合/脂肪组织分 布，T1/2可达7h
H3C O H3C
O H3C
SNa 硫喷妥钠
注射给药后30-45秒起效，1分钟 内脑内分布可达总剂量的60%
甲基纳曲酮
N CH3 OH
EnteregTM HO
O
O
肠梗阻，便秘
普伦蒂斯发现：
• 药动学性质不佳和副作 用占药物研发失败以上 一半比例；
• 药物缺乏药效同样可能 与药动学性质密切相关。
这是“基于性质的药物 设计”所要解决的基本问
怎样理解“基于性质的药物设计”？
• 药物的药物动力学是药物的宏观性质在吸 收、分布、代谢和排泄上的反应
☆基于性质的药物设计（PBDD）指的是针对药物或 药物候选物结构进行药动学性质设计与优化，以 实现药物或药物候选物的良好口服吸收、定向分 布、可控代谢、优化消除或降低毒副作用的目的。
超短效强镇痛药的设计与开发
药物化学名词解释
1.非特异性结构药物（structurally nonspecific drug）：药物的生物活性和化学结构关系不大与理化性质有关。
2.特异性结构药物（structurelly specific drug）：药物的作用依赖于药物分子的特异化学结构及空间相互排列。
3.新药（New Chemical Entity）（NCE）：第一次用作药物的化学实体。
4.合理药物设计（rational drug design）：根据对生理病理的了解来研究新药。
5.组合化学（combinational chemistry）：对含有数十万乃至数百万化合物的化学品库进行同步的合成和筛选。
6.非合理药物设计（irrational drug design）：采用构建大量不同结构的化合物库，并不进行混合物的分离，通过高通量筛选，发现其组分具有生物活性后再进行分离，并确定其活性化合物的结构。
7.原药（母体药物）（parent drug）：药物在体内转化后起作用的活性形式。
8.前药（prodrug）：药物未被转化前，相应的在体内无活性或者低活性的形式。
9.载体联合前药（carrier-prodrug）：由一个活性药物和一个可被酶除去的载体部分连接的前药。
10.生物前体前药(bioprecursor)：相对载体联结前药而言，在体内经过酶的催化除水解反应外的氧化、还原、磷酸化和脱羧反应等方式活化的前药。
11.硬药（hard drugs）：在体内不受任何酶攻击的有效药物。
12.软药（soft drugs）：容易代谢失活的药物，使药物在完成治疗作用后，按预先规定的代谢途径和可以控制的速率分解，失活并迅速排除体外，从而避免药物的蓄积毒性。
13.构效关系（SAR）：药物化学结构与活性的关系。
14.先导化合物（Lead Compound ）：简称先导物，具有一定的生理活性的化合物，根据其结构进行改造能合成新型药物的化合物。
15.电子等排体（isostere ）：具有类似的电子或立体构型的原子集团或分子，如最外层电子书相等，基团的空间构型中的夹角相等。
药学专业词汇英文
药学专业词汇英文abbreviated or abridged applicat i on简略申请abnormal karyology异常核型absorbed moisture 吸附水acceptable daily intake可接受的日摄入量acceptable test加速试验acceptance criteria认可标准accuracy准确性accelerated/stress stability studies加速/强力破坏稳定性研究acetylation乙酰化作用achiral assay非手性测定achlorhydric elderly老年性胃酸缺乏症action limits内控限值active components/compound/moiety活性成分active ingredient活性组分adaption to specific culture conditions特定培养条件的适应additives添加剂adjuvant佐剂adventitious agents外源性因子adventitious contaminants 外来污染物adventitious viral or mycoplasma contamination外源性病毒或支原体污染adventitious viruses外源病毒adverse reaction不良反应aerobic microorganisms需氧微生物affinity 亲和力affinity chromatography亲和层析affinity column亲和柱agar and broth琼脂和肉汤aggregates聚合体aggregation聚集allergenic/allergic extracts过敏源抽提物altered conjugated forms改变的结合物形式ambient condition自然条件amino acid composition氨基酸组成amino acid sequence氨基酸序列amino acids氨基酸amino sugars氨基糖amino-terminal amino acids 氨基端氨基酸ammonia production Rates产氨率analyte被测物analytical procedure分析方法animal cell lines动物细胞系animal tissues or organs动物组织或器官anternnary profile触角形状antibiotic resistance genes抗生素耐药基因antibiotics抗生素antibody抗体antibody production tests抗体产生实验antisera抗血清applicant申报者ascites腹水assay含量测定assay procedure定量方法avian鸟类avidity亲和性background背景bacteria细菌batches批次batch-to-batch逐批between-assay variation试验间变异binary fission双数分裂binding assays结合试验bioburden生长量/生物负荷biochemical methods生化方法bioequivalency生物等效性biohazard information生物有害信息biological ativity生物活性biological products生物制品bioreactor生物反应器biotechnological/biological products生物技术/生物产品biotechnological products生物技术产品biphasic curve双相曲线blood plasma fators血浆因子body fluids体液bovine牛bovine spongiform encephalopathy(BSE)疯牛病bracketing括号法breeding conditions饲养条件by-prducts副产物calibrate标化canine犬cap liner瓶帽内垫capillary electrophoresis毛细管电泳carbohydrate碳水化合物carboxy-terminal amino acids碳基端氨基酸carrier载体/担体catalysts催化剂cell bank细胞库cell bank system细胞库系统cell banking procedures细胞建库过程cell banking system细胞库系统cell culture-derived impurities来源于细胞培养基的杂质cell cultures细胞培养物cell expansion细胞扩增cell lines细胞系cell metabolites细胞代谢物cell pooling细胞混合cell substrate-derived impurities来源于细胞培养基质的杂质cell substrates细胞基质cell viability细胞活力cell–derived biological products细胞来源的生物制品cell fusion细胞融合cellular blood components血细胞成分cemadsorbing viruses红细胞吸附病毒characterization and testing of cell banks细胞库鉴定及检测charcoal活性炭charge电荷chemical actinometric system化学光化线强度系统chemical reactivity化学反应性chemical syntheses化学合成chemically inert化学惰性chewable tablets咀嚼片chiral impurities手性杂质chromatograms色谱图chromatographic behavior色谱行为chromatographic procedures色谱方法chromatography columns色谱柱circular dichroism圆二色性clearance studies清除研究climatic zones气候带clinical research临床研究clinical trial application临床实验申请cloning克隆closure闭塞物code number编号coding sequence编码序列coefficient of variance变异系数collaborative studies协作实验研究colony isolation菌落分离colony-stimulating factors集落刺激因子combination product复方制剂components成分confidence interval置信区间confidence limits 可信限confirmatory studies确认研究conformance to specifications符合规范conformation构型conjugat ed product连接产物consistency一致性container容器container/closure容器/闭塞物container/closure integrity testing 容器/密封完整性实验contaminants污染物content uniformity含量均匀性control methodology控制方法学controlled released product控制制剂conventional vaccines传统疫苗conventional live virus vaccines传统的活病毒疫苗cool white fluorescent冷白荧光灯correction factor校正因子correlation coefficient相关系数covalent or noncovalent共价或非共价creams霜剂cross-contamination交叉污染cross-reactivity交叉反应cryopreservation冷冻保存cryoprotectants防冻剂crystals晶体culture components培养基成分culture media/medium培养基cyanogens bromide溴化氰cytogenetic细胞遗传学的cytokines细胞因子cytopathic细胞病的cytoplasmic A-and R-type particles细胞浆a型和r型颗粒dark control暗度对照deamidation 去氨基deaminated去酰胺化的decision flow chart/tree判断图definable and measurable biological activity明确和可测定的生物学活性degradant降解产物degradation降解degradation pathway降解途径degradation product降解产物degradation profile降解概况degree of aggregation 凝集程度degree of scatter离散程度delayed –release延迟释放deleterious有害的delivery systems给药体系derivatives衍生物description性状detection limit检测限度dilivery systems释放系统dilution ratio稀释倍数dimmers二聚体diode array二极管阵列diploid cells二倍体细胞dissociation解离dissolution testing 溶出实验dissolution time溶出时间dosage form剂型downstream purification下游纯化drug product制剂drug product components制剂组方drug substances原料药ectromelia virus脱脚病病毒elastomeric closures橡皮塞electron microscopy (EM)电镜electrophoresis电泳electrophoretic pattern电泳图谱elution profile洗脱方案embryonated eggs鸡胚enantiomer对映体enantiomeric对映异构体enantioselective对映体选择性encephalomyocarditis virus(EMC)脑心肌炎病毒endogenous agents内源性因子endogenous retrovirus内源性逆转录病毒endotoxins内毒素end-product sterility testing 最终产品的无菌试验enhancers增强子enveloped RNA viruses包膜RNA病毒environmental factors环境因素enzymatic reaction rates酶反应速率enzyme酶epitope表位Epstein-Barr virus(EBV)EB病毒equine马Erythropoietins促红细胞生成素ethnic origin种族起源eukaryotic cell真核细胞ex vivo体外excipient赋形剂excipient specifications赋形剂规范expiration date/dating 失效日期exposure level暴露程度exposure period光照时间expression constract表达构建体expression system表达系统expression vector表达载体extended-release延时释放extent of the virus test病毒测试程度extinction coefficient消光系数extrachromosomal染色体外extraneous contaminants 外源性污染物exprapolation外推法fermentation发酵fermantation products发酵产物fill volume装量filter aids过滤介质final manufacturing最终生产finished product成品flanking region侧翼区forced degradation testing 强制降解物质foreign matter异质性物质formal labeling 正式标签formal stability studies正式的稳定性研究formulation处方/配方fragmentation片段化freeze-dried product冻干产品friability脆硬度fungi真菌fusion partnters融合伴侣fusion protein融合蛋白gel filtration凝胶过滤gene amplification基因扩增gene therapy基因疗法generation of the cell substance细胞基质的产生genetic manipulation基因操作genomic dinucleotide repeats基因组双核苷酸重复数genomic DNA基因组DNAgenomic polymorphism pattern基因组形态类型glucose consumption rates耗糖率glycoforms糖化形式glycosylation糖基化goegrapgical origin地理起源growth factors生长因子growth hormones生长激素guanidine胍hamster antibody production (HAP) test仓鼠抗体产生实验Hantaan virus汗坦病毒Hardness硬度heavy metals重金属heparins肝素herbal products 草药herpes virus疱疹病毒heterogeneities异质性heterohybrid cell lines异种杂交细胞系high-resolution chromatography高分辨色谱homogeneity均一性host cell宿主细胞host cell banks宿主细胞库host cell DNA宿主细胞DNAhost cell proteins宿主细胞蛋白质hot-stage microscopy热阶显微镜human diploid fibroblasts人二倍体呈纤维细胞human polio virus人脊髓灰质炎病毒human tropism人向性humidity湿度humidity-protecting containers防湿容器hybridization techniques杂交技术hybridoma cell杂交瘤hybridomas水解物hydrolysates水解物hydrolytic enzymes水解酶hydrophobicity疏水性hygroscopic吸湿性idetification/identity鉴别immediate container/closure直接接触的容器/密闭物immediate pack内包装immediate release立即释放immortalization激活immune spleen cells免疫脾细胞immumoassay免疫检测immunochemical methods免疫化学方法immunochemical properties免疫化学性质immunoelectrophoresis免疫电泳immunogenicity免疫原性immunological interations免疫相互作用immunoreactivity免疫反应性impurity profile杂质概况in vitro and in vivo inoculation tests体内和体外接种试验in vitro assay体外检测in vitro cell age体外细胞传代期in vitro lifespan体外生命周期in vitro tests体外试验in vivo 体内in vivo assays体内检测inactivated vaccine灭活疫苗indentification test鉴别试验indicator cell指示细胞indicator organisms指示菌indoor indirect daylight室内间接日光inducers诱导剂infectious agents感染性因子influenza virus流感病毒inhalation dosage forms吸入剂型in-house内部的in-house criteria内控标准in-house primary reference material内部一级参比物质in-house working reference material内部参比物质initial filing原始文件initial submission最初申报initial text最初文件inoculation接种inorganic impurities无机杂质inorganic mineral无机矿物质inorganic salts无机盐in-process acceptance criteia生产过程认可标准in-process controls生产过程中控制in-process testing生产过程中检测insect昆虫insulins胰岛素intake摄入intended effect预期效果intended storage period预期的储藏期intentional degradation人为降解interactions相互作用interferon干扰素interleukins白细胞介素intermediate中间体intermediate precision中间精密度intermediates半成品international reference standards国际参比标准品intra-assay precision间隙含量精密度intracytoplasmic细胞浆内introduction of virus病毒介入inverted or horizontal position倒立或水平位置ion-exchange离子交换ionic content离子含量isoelectric focusing/isoelectrofocusing等电聚焦isoenzyme analysis同工酶分析isoform pattern异构体类型isomerized异构化的Jp /Ph.Eur./Usp.日本药局方/欧洲药典/美国药典K virus K病毒Karyology胞核学laboratory scale实验室规模lactate production rates乳糖产生速率litric deheydrogenase virus(LDM)乳酸脱氢酶病毒leachables沥出物ligand配位体/配体light光照light resistant packaging避光包装limit for in vitro cell age细胞体外传代限度limit of acceptance可接受的限度limit of in vitro cell age体外细胞代次limit test限度试验limulus amoebocyte lysate鲎试剂linear relation ship线性关系linearity线性liquid nitrogen液氮liquid oral dosage forms液体口服制剂live vaccine活疫苗living cells活细胞logarithmic scale对数级long term test长期试验long-time and accelerated stability长期和加速稳定性试验losses of activity活性丧失lot release批签发low molecular weight substances低分子量物质lower-observed effect level(LOEL)能观察到反应的最低量lymphocytic choriomeningitis virus(LCM)淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒lyophilised cakes冻干粉饼lysate of cells细胞溶解物mammalian哺乳类manufacturing scale生产规模marker chromosome标志染色体marketing pack上市包装mass重量mass balance质量平衡mass spectrometry质谱master cell bank (MCB)主细胞库material balance物质平衡matrix基质、矩阵matrix system矩阵法matrixing 矩阵化设计maximum daily dose每日最大剂量mean kinetic temperature平均动力学温度metazoan cell culture后生动物细胞培养microbial cell culture微生物细胞培养microbial cells微生物细胞microbial contamination微生物污染microbial expression system微生物表达系统microbial limits微生物限度microbial metabolites微生物代谢物microbial proteases微生物蛋白酶microbial vaccine antigens微生物疫苗抗原microbiological testing微生物学试验minimum exposure time最低作用时间minimum of pilot plant试验规模minute virus of mice小鼠小病毒mirror image镜像mismatched S-S linked错连的S-S键mork run空白对照试验modified-/modifying release修饰释放modifying factor修正因子moisture level水分molar asorptivity克分子吸收molecular characteristics分子特性molecular confirmation分子构型molecular entities/entity分子实体molecular size分子大小monoclonal antibody单克隆抗体morphological analysis形态学分析mouse antibody production (MAP) test小鼠抗体产生试验mouse cytomegalovirus(MCMV)小鼠巨细胞病毒mouse encephalomyelitis virus(GDVⅡ)小鼠脑脊髓炎病毒mouse hepatitis virus(MHV)小鼠肝炎病毒mouse rotavirus(EDIM)小鼠小轮状病毒MuLV murine leukemia virus鼠白血病病毒murine hybridoma cell lines鼠杂交瘤细胞系mutations突变mycoplasma支原体myeloma cell line骨髓瘤细胞系national or international reference material国家或国际参比物质near ultraviolet lamp近紫外灯neural sugars中性糖new chemical entry 新化学体new dosage form新剂型new drug products/produce新药制剂new drug substance新原料药new molecular entities新分子体no effect level不产生反应的量noncovalent/convalent force非共价/共价键non-enveloped viruses非包膜病毒non-mammalian animal cell lines非哺乳动物细胞系non-recombinant cell-culture expression systems非重组细胞培养表达系统non-recombinant products/vaccines非重组制品/疫苗non-specific model virus 非特异模型病毒no-observed effect level不能观察到反应的量N-terminal sequencing N-端测序nuclear magnetic resonance核磁共振official procedure正式方法ointments软膏oligosaccharide pattern低聚核苷酸opacity浊度origins of replication复制起点osmolality摩尔渗透压浓度outdoor daylight室外阳光oxidation氧化oxygen consumption rates耗氧率package包装parainfluenza virus副流感病毒parallel control assays平行对照分析parent stability Guideline稳定性试验总指导原则patrental cell line母细胞系parenterals非肠道制剂particle size粒度particulate matter微粒parvoviruses细小病毒passage history of the cell line细胞系的传代史pathogenic agents致病因子pathogenicity致病性patterns of degradation降解方式peptide肽peptide map肽图percent recovery回收率periodic/skip testing定期检验/抽验permitted daily exposure允许的日接触量phage typing 噬菌体分型pharcodynamic studies药效学研究pharmacopoeial药典pharmacopoeial specifications药典规范pharmacopoeial standards药典标准phenotypic表型phosphorylation磷酸化作用photostability testing光稳定性试验physicochemical changes 理化改变physicochemical methods物理化学方法physico-chemical properties物理化学特性pilot-plant scale试生产规模/中试规模piston release force活塞释放力piston travel force活塞移动力pivotal stability studies关键的稳定性研究plaque assays菌斑测定plasmid质粒plasmid banks质粒库plasminogen activators纤溶酶原激活素pneumonia virus of mice小鼠肺炎病毒Poisson distibution泊松分布polymorphic form多克隆抗体polymorphse chain reaction（PCR）聚合酶链式反应polymorphic form多晶性型polymorphs多晶型polyoma virus多瘤病毒pooled harvest集中回收population doubling细胞鼠倍增/群体倍增porcine猪post-approval批准后post-translational modification翻译后修饰post-translationally modified forms翻译后修饰形式potency效价potent功效potential adverse consequences潜在的不良后果potential excipients准赋形剂potential impurity潜在杂质potential new drug products准新药制剂potential new drug substances准新原料药potentiometric titrimetry电位滴定powders粉剂power outages and human error断电和人为错误preamble引言pre-approval or pre-liscense stage批准前或发证前阶段precision精密度preclinical and clinical studies临床前和临床研究precursors前体preliminary assessment初步评估preliminary cell bank初级细胞库preparation制剂preservative防腐剂primary cells原代细胞primary stability data主要稳定性数据primary stability study/formal study/formal stability study主要稳定性研究/正式研究/正式稳定性研究primary structure一级结构primer引物priming regimen(s)接种方式probability概率process characterization studies工艺鉴定研究process controls工艺控制process optimization工艺优化process parameters工艺参数process validation工艺确证process –related impurities工艺相关杂质product-related impurities产品相关杂质progenitor祖细胞prokaryotic cell原核细胞promoters启动子proposed commercial process模拟上市protected samples避光样品proteins蛋白质分析技术proteolysis蛋白水解protocol方案pseudopolymorphs伪多晶体pseudorabies virus假狂犬病毒purification纯化purified antigens纯化抗原purity纯度purity test纯度试验pyrogens热原试验qualification界定qualified 合格的quality standards质量标准quantal methods质反应测定法quantitation limit定量限度quantitative characteristics定量参数quantitative detection定量检测quantitative infectivity assays感染性定量测定quantitative method定量方法quantitative test定量试验quantitative virus病毒定量分析quantity含量racemate消旋体radiometers/lux meters测光仪/照度仪radiopharmaceutical放射性药物range范围rat antibody production (RAP) test大鼠抗体产生试验rationale 基本原理raw material原材料raw material testing原材料测试rDNA technology重组DNA技术rDNA-modified cell substrates重组DNA修饰的细胞基质reagent试剂、反应物real condition真实条件real time 真实时间rebank 再建库receptor受体reclone再克隆recombinant cell-culture expression systems 重组细胞培养表达系统recombinant DNA protein products重组DNA蛋白质产品recomibinant-DNA-derived product重组DNA制品recombinant protein重组蛋白质reconstitution重新溶解redispersibility再分散性reduction factors下降因子reference material参比物质reference standard参比标准品regimen方案registration application注册申请regression analysis回归分析regulator/regulatory agencies管理机构related substances有关物质release limit出厂限度“relevant” viruses and “model” viruses“相关”病毒和“模型”病毒reovirus type3(Reo 3)呼吸肠病毒repeatability重复性reproducibility 重现性residual solvents残留溶剂residual sum of squares溶剂残留量resolution test分离度试验response factor响应因子restriction endonuclease mapping限制性内切酶图谱restriction fragment length polymorphism限制性片段长度多态性resuspension再悬浮retention time保留时间retest date再试验日期reverse transcriptase(RT)反转录酶reversed-phase chromatography反相色谱reverse-phase liquid chromatography反相液相色谱revived cells复苏的细胞rheological properties流体学特性risk-benefit analysis利弊分析robustness耐用性rodent retrovirus啮齿类动物逆转录病毒sampling采样scale-up放大scaling down缩小规模scope范围scrapie瘙痒病screening tests筛选试验SDS-PAGE/SDS-polyacrylamide gel electrophoresis十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳sealed ampoules密封安瓿secondary structure二级结构self-replicating agents自我复制因子semi-synthetic products半合成产品Sendai virus仙台病毒Sensitivity灵敏度Senescence老化Separation分离Serum血清Shear切变shelf life货价寿命shipment运输sialic acids唾液酸signal-to-noise信噪比Sindbis virus新德比病毒single-dose and multiple-dose packages单剂量和多剂量包装single-point measurements单点测定single-tiered banking system单级细胞库系统size exclusion chromatography分子排阻色谱skip lot testing随机试验slope of the regression line回归线的斜率solid oral doseage固体口服制剂solvates溶剂化物solvation溶剂化作用solvent溶剂species物种specific gravity比重specific objectionable bacteria控制菌specification规范specification limit规范限度specification –check质控规范specification-release出厂规范specifications规范specificity专属性specified impurities特定杂质specified light exposure特定的光照spectroscopic profiles光谱图spiked samples加料样品spiking experiments叠加试验splicing sequences剪接序列stabilizers稳定剂stability data稳定性资料stability evaluation稳定性评价stability proticol稳定性方案stability study duration稳定性试验期限stability testing稳定性试验stability-indicating profile反应稳定性指标standard deviation标准差standard stock solution标准储备液starting materials起始物statement/labeling说明/标签statistical analysis统计学分析sterility无菌storage condition放置条件strains品系stress condition强力破坏试验条件stress testing强力破坏试验storage conditions储存条件structural heterogeneity结构异质性subcultivations传代培养sulfhydryl groups and disulfide bridges巯基和二硫键sulfoxidation硫酰化support information辅助性资料surrogate test替代试验surrogates替代物suspensions混悬剂swine猪synthesis合成synthetic peptides合成肽syringeability灌注功能systemic exposure全身接触tablet cores片芯tandem repeats串联重复target molecule靶分子temperature changes温度变化terminology术语tertiary structure三级结构test criteria试验标准test intervals试验间隔test parameters试验参数testing frequency试验次数texture质地the method of least squares最小二乘法threshold limits阈值thymic virus胸腺病毒tip cap removal force滴帽移动力tissue-culture-infectious-dose(TCID)组织培养感染剂量titration滴定法tolerable daily intake可耐受的日摄入量toolan virus(Hi)图兰病毒topical formulations局部用药处方toxic impurity毒性杂质toxin毒素tranfection of matazoan cells后生动物细胞的转染transcrption 转录transdermal systems透皮吸收系统transfection转染transfomation转化translational fidelity翻译的忠实性transmission electron microscopy电透镜transparent cover透明盖子truncated forms截短形式tumor necrosis factor肿瘤坏死因子tumorigenicity致瘤性two-tiered cell bank两级细胞库uncloned cell population未克隆的细胞群unicellular life forms单细胞生命形式unidentified impurities未确定杂质uniformity of content 含量均匀度uniformity of dosage units剂量单位的均匀度uniformity of fill 装填均匀度uniformity of mass质量均匀度unitage单位universal tests/criteria常规试验/标准untransfected recipient cell line未转染的受体细胞系UV/visible wavelength紫外可见光波长Vacinnes疫苗Validation论证variant sequences变异序列variants 变异体vector载体vehicle载体/溶酶vesicular stomatitis virus小囊状口腔炎病毒viral clearance病毒清除viral clearance studies病毒清除研究viral contamination病毒污染viral geneme病毒基因组viral infectivity病毒感染性viral safety evaluation病毒安全评估viral vicinnes病毒性疫苗virucidal buffers杀病毒缓冲液virus load 病毒浓度virus titer病毒滴度viscosity粘度visible particulates可见颗粒visual appearance外观visual evaluation直观评价vitamins 维生素water of hydration结晶水well-defined testing program确定的试验项目western blot免疫印迹whole blood全血within-assay variation试验内变异working cell bank工作细胞库yeast酵母y-intercept y轴上的截距。
药学英语Unit 5 Text B注释及译文
Lead CompoundsBefore any medicinal chemistry project can get underway, a lead compound is required. A lead compound will have some property considered therapeutically useful. The property sought will depend on the tests used to detect the lead compound, which in turn depends on the drug's target. The level of biological activity may not be particularly high, but that does not matter. The lead compound is not intended to be used as a clinical agent. It is the starting point from which a clinically useful compound can be developed. Similarly, it does not matter whether the lead compound is toxic or has undesirable side effects. Again, drug design aims to improve the desirable effects of the lead compound and to remove the undesirable effects.1.seek [si:k] vt. & vi.寻找; 探寻vi.企图; 试图vt.请求, 征求;2.in turn ①依次, 轮流地；②相应地；转而3.target ['tɑ:ɡit]n. (射击的)靶子；(欲达到的)目[指]标；(服务的)对象; (攻击的)对象vt.瞄准某物4.intend [in'tend] vt.意欲, 打算；打算使, 想让…做5.undesirable [,ʌndɪ'zaɪərəbəl] n.不受欢迎的人;不良分子adj.可能招致麻烦或不便的;不想要的；不受大家欢迎的;讨厌的找到先导化合物是开展任何一项药物化学课题研究的前提。
药学英语
药学英语一．单词1.多肽 polypeptide2.异构酶 isomerase3.二氯甲烷 Dichloromethane4.丁基苯 butylbenzene5.高分子macromolecule6.单糖 monosaccharide7.三氯甲烷 trichloromethane8.乙基苯 ethylbenzene9.气相色谱 gas chromatography10.紫外谱图 ultraviolet spectrum11.定性分析 qualitative analysis12.滴定分析titrimetric analysis13.红外谱图 infrared spectra14.定量分析 quantitative analysis二．英译中1.Biochemistry determine how the collections of inanimate molecules that constitute living organisms interact with each other maintain and perpetuate life.生物化学确定构成活生物体的无生命分子的集合如何相互作用保持和延续生命。
2.Enzymes are catalysts that accelerate the rates of biological reactions.Each enzyme is very specific in its function and acts only in a particular metabolic reaction.酶是加速生物反应速率的催化剂。
每种酶在其功能上非常特异，并且仅在特定的代谢反应中起作用。
3.The basic unit of DNA is a linear polymer of four different monomeric subunits arranged in a precise linear sequence.DNA的基本单位是一个线性聚合物，由四个不同的单体亚基排列成精确的线性序列。
精品医学课件-基于靶点结构的药物分子设计
Grantcharova, V.; Alm, E. J.; Baker, D.; et al. Curr Opin Struct Biol 2001, 11, 70.
• 常用的序列比对程序有FASTA和BLAST等。许多药物设计软 件公司也开发了同源模建法预测蛋白的软件，如SYBYL的 Composer、Accerly公司的Homology等
折叠识别（fold recognition）
• 当目标蛋白质找不到已知结构的蛋白质作模板时，可以采 用蛋白质折叠识别方法进行三维结构预测。
Threading Methodology
Information
Method Name
Approach
Amino-acid sequence only
Sequence and predicted secondary structure
Sequence and 3D structure
PDB-BLAST, SAM-T99, SUPERFAMILY, etc. 3D-PSSM, INBGU, FUGUE, etc.
（1）目标序列与模板序列的比对； （2）根据同源蛋白的多重序列比对结果,确定同源蛋
白的结构保守区以及相应的框架结构； （3）目标蛋白质结构保守区的主链建模; （4）目标蛋白质结构变异区的主链建模； （5）侧链的安装和优化； （6）对模建结构进行优化和评估。
序列比对
• 序列比对是同源模建的关键，大多数的序列比对方法都是以目 标蛋白质和模板蛋白质序列之间相似性为基础的，其准确性可 以通过进行多序列比对得到提高。
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Correlation between the calculated pKd values and the experimental values of 170 protein-ligand complexes
Atomic Binding Score
The overall binding affinity can be decomposed into the contribution of individual atoms.
J. Compt.-Aided Mol. Design 13:547-562(1999)
(1) Docking (2) PRO_LEADS (3) (4)
(5)
�
� � � � ......
+ 6
1.
Monte-Carlo
A
r
B 6r C
1
2~2~45
3
Edock = K(ri)(ri -
20 ri>1.5
2. computer-vision mehtod
3. � � �
--- �interface area ~ 15002 �hydrogen bonds: 8~13 pairs �packing density: similar to protein core
ALOHA!
XLOGP: A New Atom-Addition Method for Calculating Partition Coefficients
Renxiao Wang, Ying Fu, and Luhua Lai Institute of Physical Chemistry, Peking University
put.Sci. 1997, 37, 615-621
log P niai mjbj
i
j
Using 80 atom types (C, H, O, N, S, P, halogens) and 5 correction factors
Correlation between the calculated logP values and the experimental values of 1831 organic compounds
1. Soft docking
2. -
3.
4. + induced-fit
DOCK4.0 AutoDock Flex FT-DOCK GRAMM ......
References for Docking
1. Curr. Opin. Struc. Biol. 1993, 3:265-269 2. Protein Engineering 1994, 7:39-46 Molecular surface recognition by a computer visionbased technique 3. J. Mol. Biol. 1992, 225:849-858 Docking by least-squares fitting of molecular surface patterns
(entropic)
Hydrophobic effect
(entropic)
Entropy loss due to rotational constraints
(entropic)
Changes in conformational energy upon binding (enthalpic)
� How to calculate the binding free energy
Problems in Molecular Recognition
� attractions when they are far away
� conformational changes and induced fit
Energetics of the Binding Process
Dissecting the binding free energy into components
Interaction energy between ligand and protein (enthalpic)
Overall loss in entropy due to association
SCORE equation
pKd KVDW KH bond KHydrophobic KRotor Kmetal const.
Taking account for VDW interaction, hydrogen bonding, hydrophobic interaction, deformation entropy loss and metal-bonding upon protein-ligand binding process.
=+ + +
Protein-Ligand Interactions
Electrostatic interaction Coordinate bonding with metal ion Van der Waals interaction Hydrogen bonding
Kinteraction = k1KSB + k2KIB+ k3KVC + k4KVB + k5KHB
J.Mol.Model. 1998, 4, 379-394.
Why to predict binding affinity?
Database search De novo method Manually design
Rank the candidates
Synthesis &
bioassay
It is the central issue in structure-based drug design.
2~3
10000~20000
2~3 2~3
2~3
3~4
10~122.0~3.5
10-12
1
� �
� � �
2
� �
� -
� � X-NMRCD
�
�
Two Key Issues in Lock-Key Model
� How to dock the drug molecule to its target different docking algorithms rigid docking: rotation & translation soft docking
Molecular lipophilicity potential (MLP) of melatonin
Murray, C.W., Baxter, C.A., Frenkel, A.D., The sensitivity of the results of molecular docking to induced fit effects: Application to thrombin, thermolysin and neuraminidase.
SCORE: A New Empirical Method for Estimating the Binding Affinity of a Protein-Ligand Complex
Renxiao Wang, Liang Liu, Luhua Lai, and Youqi Tang Institute of Physical Chemistry, Peking University
� energetic terms � desolvation � dipole-dipole, orbital...
� -
� van der Waals interaction � H-bonds � electrostatic � dipole-dipole � orbital-orbital � solvent effect � .......