细菌分类鉴定方法的研究进展
细菌分子鉴定技术的研究进展
Ｗ ＡＮＧ ｏ－ｈ ｅ ｌ ｆ ｙ Ｌ ｂ ｒｔｒ ｆＩｄ ｔ ａ ｏｅ ｈｎ ｌｇ Ｈａ ｚ ｕ ｔａ ａ ｏ ａｏｙ ｏ ｎ ｕｓｒ ｌＢｉｔｃ ｏｏ ｙ．Ｃｕ ｔｒ ｎｄ Ｉｆ ｒ ｔ ｎ Ｃｅ ｔｒｏ ｎ ｕ ｔ ａ ｃｏ ｒ ａ ｉｍｓｏ ｉａ Ｋｅ ｉ ｌｕ ｅ ａ ｎｏ ｍａｉ ｎ ｅ ｆＩ ｄ ｓｒ ｌＭｉｒ ｏｇ ｎｓ ｆＣｈｎ ｏ ｉ
细菌在 生化循环 （ 、 以及其他 矿物质 ） 能 源转化 、 碳 氮 、 生
物催化等方 面扮演着重 要角色 ， 这使得 细菌 在新 的工业 和生
物 医学方法领 域成为重 要 的资源 。然 而 ， 目前 已知 的细 菌 种类有 限 ， 大概 有 ６３０种 。随 着越来 越 多 的细菌 的发 ７ 现， 对其分类 鉴定也就 变得非常 重要 。虽然 目前传 统 的表型 和化 学鉴定方 法是不可 缺少 的 ， 但是很 多种 属之 间生理生 化
鉴 定方法 。 １ 多位点 测序技 术 （ Ｓ ＭＬ Ｔ）
注 ： 用 限 制 性 片段 长度 分 析 （ Ｆ Ｐ）扩 增 的 ｒＮ 限制 性 分 应 ＲＬ 、 ＤＡ 析 （ Ｒ Ｒ 、 性梯 度 凝 胶 电泳 （ Ｇ Ｅ） 温 度 梯 度 凝 胶 电 Ａ Ｄ Ａ） 变 ＤＧ 、 泳 （ Ｇ Ｅ）单 链 构 象 多肽 性 （Ｓ Ｐ 、 光 原 位 杂 交 （ ＩＨ） ＴＧ 、 ＳＣ ）荧 ＦＳ 方 法 进 行 格局 分 析 。
Ｕ ｉｅｓ ｙ ｎｖ ｒｔ ，Ｍｉｉ ｒ ｆ ｄ ｃ ｔ ｎ Ｗｕ ｉ Ｊａ ｇｕ２ ４ ２ ） ｉ ｎｓ ｏ ｕ ａｉ ， ｘ． ｉｎ ｓ １ １ ２ ｔ ｙ Ｅ ｏ
DNA测序鉴定非结核分枝杆菌的研究进展
DNA测序鉴定非结核分枝杆菌的研究进展DNA测序是一种广泛应用于研究和诊断领域的技术，它能够揭示生物体的遗传信息。
对于非结核分枝杆菌（non-tuberculous mycobacteria，NTM）的鉴定和分类也可以借助DNA 测序的技术手段进行研究。
非结核分枝杆菌是一类常见的病原微生物，可以引起多种疾病，如肺炎、淋巴结炎等。
由于非结核分枝杆菌的种类繁多，传统的病原学鉴定和分类方法往往存在一些局限性，例如需要繁重的实验操作、缺乏灵敏度等。
而DNA测序则可以通过测定非结核分枝杆菌的基因组序列，来准确鉴定并分类不同的菌株。
近年来，随着高通量测序技术的发展，使得DNA测序研究在非结核分枝杆菌的鉴定和分类中得到了广泛应用。
通过对非结核分枝杆菌的基因组DNA进行测序，可以获取大量的遗传信息，例如基因组组成、基因间的序列差异等。
这些信息可以用于构建非结核分枝杆菌的遗传关系树，进而进行鉴定和分类。
在非结核分枝杆菌的DNA测序研究中，常用的方法包括全基因组测序和16S rRNA基因测序。
全基因组测序是一种高通量的测序方法，可以获得非结核分枝杆菌的整个基因组序列，从而揭示其完整的遗传信息。
而16S rRNA基因测序则是一种相对简单的测序方法，可以通过对非结核分枝杆菌的16S rRNA基因进行测序，来获取其与其他细菌的区别。
通过DNA测序的方法，研究人员已经对非结核分枝杆菌的分类和鉴定进行了一系列的研究。
利用全基因组测序技术，可以将非结核分枝杆菌进一步分为不同的种类和亚种，进而帮助医生选择更合适的治疗方法。
一些新的非结核分枝杆菌的种类也得到了发现和鉴定。
一项研究发现了一种名为Mycobacterium sherrisii的新的非结核分枝杆菌种类，并对其进行了基因组分析和药物敏感性测试。
DNA测序技术在非结核分枝杆菌的鉴定和分类方面取得了显著的进展。
随着技术的不断发展和完善，相信DNA测序技术将在非结核分枝杆菌的研究和临床应用中发挥越来越重要的作用。
基于生物信息学的微生物分类与鉴定研究
基于生物信息学的微生物分类与鉴定研究第一章概述微生物是一类重要的生物资源，具有丰富的生物学功能和广泛的应用前景。
其中，微生物分类与鉴定是微生物学研究中至关重要的一环。
近年来，随着生物信息学技术的快速发展，基于基因组学等手段对微生物分类与鉴定的研究得到了极大的促进。
本文将对基于生物信息学的微生物分类与鉴定的相关研究进行介绍和探讨。
第二章基于生物信息学的微生物分类生物信息学技术能够帮助我们更深入地理解微生物之间的生物学关系并进行更精确的分类。
其中，微生物分类的主要手段包括基因序列分析、代谢物分析、形态学特征等。
基于基因序列分析的微生物分类方法主要包括传统的16S rRNA序列分析和全基因组序列分析。
16S rRNA序列是细菌和古菌的小亚基核糖体RNA的部分序列，是进行细菌和古菌分类的重要工具。
与之相关的16S rRNA分析方法是一种基于比较序列相似度的分类方法，可以用于快速鉴定和分类细菌。
近年来，由于基因组学技术的发展，全基因组序列分析也被广泛应用于微生物分类中。
全基因组序列分析方法可以通过比对细菌全基因组的变异点来准确地分类和鉴定不同的微生物。
此外，微生物菌种分类的目的之一是确定该菌的有效名称。
基于基因组序列的分类方法可以使得命名更加准确和规范化。
第三章基于生物信息学的微生物鉴定微生物鉴定是通过对微生物形态特征、生理生化指标及代谢物等进行分析，根据某些标准，确定微生物种属及其学名的过程。
随着微生物鉴定技术的不断升级和生物信息学技术的发展，基于生物信息学的微生物鉴定方法也不断更新。
基于多重PCR技术的微生物鉴定技术是一种便捷、快速的鉴定方法。
在该技术中，通过选择和设计特定的引物，以鉴定特定目标基因的变异模式为依据，对微生物进行快速鉴定。
此外，基于基因测序技术的微生物鉴定方法也相当流行。
这种方法利用基因测序技术，通过对微生物基因组序列的分析，进行物种鉴定。
它可以进行更加快速、精确的微生物鉴定和分类。
第四章生物信息学在微生物分类和鉴定中的应用近年来，生物信息学在微生物学研究中的应用越来越广泛。
两株异养硝化—好氧反硝化细菌的分离、筛选、鉴定和特性研究
两株异养硝化—好氧反硝化细菌的分离、筛选、鉴定和特性研究一、本文概述本文旨在探讨两株异养硝化-好氧反硝化细菌的分离、筛选、鉴定及其特性研究。
异养硝化-好氧反硝化细菌是一类特殊的微生物，能够在好氧条件下进行硝化和反硝化过程，对于氮循环和环境保护具有重要意义。
本文首先通过分离和筛选方法，从自然环境中获取两株具有异养硝化-好氧反硝化功能的细菌，并对其进行初步的生理生化特性分析。
接着，采用分子生物学手段对这两株细菌进行鉴定，明确其分类地位和系统发育关系。
在此基础上，进一步深入研究这两株细菌的生长特性、硝化反硝化性能、以及环境因子对其生长和代谢的影响。
本文的研究结果不仅有助于深入了解异养硝化-好氧反硝化细菌的生物学特性和生态学功能，同时也为该类微生物在环境修复、污水处理等领域的应用提供理论支撑和实践指导。
二、材料与方法为了分离和筛选异养硝化—好氧反硝化细菌，我们从多个不同的生态环境中采集了土壤和水样，包括污水处理厂、河流、湖泊以及农田土壤等。
为了培养和筛选目标细菌，我们使用了多种培养基，包括常规的好氧反硝化培养基和异养硝化培养基。
这些培养基根据细菌的生长特性和需求进行了优化。
实验过程中使用了多种分子生物学试剂，如PCR引物、DNA提取试剂盒等。
同时，还使用了多种仪器，如PCR仪、凝胶电泳仪、微生物培养箱等。
采用稀释涂布法将采集的样品接种到含有相应培养基的平板上，通过观察菌落的形态、大小和颜色等特征，初步筛选出具有异养硝化—好氧反硝化能力的细菌。
通过形态学观察、生理生化特性分析以及分子生物学方法（如16S rDNA序列分析）对筛选出的细菌进行鉴定。
对筛选和鉴定出的细菌进行详细的特性研究，包括生长曲线测定、异养硝化速率测定、好氧反硝化速率测定等。
还研究了环境因子（如温度、pH、碳源和氮源等）对细菌生长和硝化反硝化活性的影响。
实验数据采用统计学方法进行分析，以揭示细菌的生长规律和硝化反硝化特性。
还通过图表等形式直观地展示了实验结果。
细菌分类鉴定的分子生物学方法研究进展
细菌分类鉴定的分子生物学方法研究进展一、本文概述随着分子生物学技术的快速发展，其在细菌分类鉴定领域的应用已经取得了显著的进展。
本文旨在对细菌分类鉴定的分子生物学方法研究进展进行系统的梳理和总结，以期为相关领域的学者和从业人员提供全面的科研进展参考。
本文将重点介绍分子生物学技术在细菌分类鉴定中的应用，包括基因测序技术、PCR技术、基因芯片技术、宏基因组学方法等，并探讨这些技术在细菌分类鉴定中的优势、挑战以及未来发展趋势。
同时，本文还将对近年来细菌分类鉴定领域的重要研究成果进行综述，以期为细菌分类鉴定领域的研究提供有益的参考和启示。
二、细菌分类鉴定的传统方法及其局限性传统的细菌分类鉴定方法主要依赖于细菌的表型特征，包括菌落形态、细胞形态、生理生化特性、血清学反应以及生态习性等。
这些方法在过去的一个多世纪里为细菌学的发展做出了重要贡献，随着科学技术的进步和细菌学研究的深入，传统方法的局限性逐渐显现。
传统方法的鉴定过程往往繁琐耗时，需要经过多步实验操作，包括细菌培养、形态观察、生理生化试验等，这不仅增加了实验成本，也限制了鉴定效率。
传统方法对于某些表型特征相似的细菌种类往往难以准确区分，容易出现误判或漏判的情况。
传统方法对于新出现的、未知的或者难以培养的细菌种类往往束手无策，无法进行有效的鉴定。
随着分子生物学技术的发展和应用，人们开始尝试将分子生物学方法引入细菌分类鉴定领域，以期能够更快速、更准确地进行细菌鉴定。
分子生物学方法以其高灵敏度、高分辨率和高通量的特点，为细菌分类鉴定提供了新的可能性和解决方案。
三、分子生物学方法在细菌分类鉴定中的发展与应用近年来，分子生物学技术的飞速发展极大地推动了细菌分类鉴定领域的研究进展。
这些技术以其高度的特异性和灵敏度，为细菌分类鉴定提供了全新的视角和强大的工具。
在细菌分类鉴定中，16S rRNA基因序列分析已成为最常用的方法之一。
16S rRNA基因在细菌中高度保守，同时又在不同种属间存在足够的变异，使得其成为细菌分类鉴定的理想靶标。
细菌的分类
放线菌、酵母菌与真菌的分类与特点
• 放线菌（Actinomycetes） • 分类：属于放线菌门（Actinomycetes），放线菌纲（Actinomycetales） • 特点：具有分支状菌丝体，需用显微镜观察，具有多种代谢途径，部分放线菌具有致病性，如结核分枝杆菌（ Mycobacterium tuberculosis）
生长环境
• 厌氧细菌主要分布在缺氧环境中，如肠道、沼泽、土壤 等 • 厌氧细菌可与其他细菌共生，形成复杂的微生物生态系 统
厌氧细菌的主要类群与代表物种
梭菌科（Clostridiaceae）
• 代表物种：梭状芽孢杆菌（Clostridium）、肉毒梭菌（Clostridium botulinum） 等 • 生理特性：严格厌氧，可产生多种毒素，如肉毒毒素、破伤风毒素等
02 弧菌科（Vibrionaceae）
• 代表物种：霍乱弧菌（Vibrio cholerae）、副溶血性弧 菌（Vibrio parahaemolyticus）等 • 生理特性：好氧或兼性厌氧，代谢多样性，可产生多种 酶和毒素，部分菌种具有致病性
03 嗜血杆菌科（Haemophilusaceae）
生长繁殖方式： 革兰氏阳性细 菌主要通过二 分裂方式进行 生长繁殖，生 长速度较快
革兰氏阳性细菌的主要类群与代表物种
01 链球菌科（Streptococcaceae）
• 代表物种：链球菌（Streptococcus）、乳球菌 （Lactococcus）等 • 生理特性：嗜氧或兼性厌氧，代谢多样性，可产生多种 酶和毒素
我国植物内生菌研究进展
我国植物内生菌研究进展一、概述植物内生菌，指的是在其生活史的某一阶段或全部阶段生活在健康植物组织内部的微生物。
这些微生物与宿主植物建立了复杂而微妙的共生关系，对植物的生长、发育和抗逆性等方面产生深远影响。
近年来，随着生物技术的快速发展和人们对植物微生物互作认识的加深，植物内生菌的研究已成为国内外生物学、农业科学和生态学等领域的热点之一。
我国作为世界上生物多样性最为丰富的国家之一，拥有大量的植物种类和丰富的植物内生菌资源。
在过去的几十年里，我国科研人员在植物内生菌的分离鉴定、功能挖掘和应用开发等方面取得了显著进展。
这些研究不仅增进了我们对植物内生菌多样性和生态功能的理解，也为农业可持续发展、生态环境保护和人类健康提供了新的思路和策略。
本文旨在综述我国植物内生菌研究的最新进展，包括植物内生菌的分离鉴定技术、种类多样性、功能特性、生态分布以及应用前景等方面。
通过系统总结和分析近年来的研究成果，旨在为植物内生菌的深入研究提供理论支撑和实践指导，同时也为我国农业生物技术的创新发展和生态环境保护贡献力量。
1. 内生菌定义与分类内生菌（Endophytes）是一类在植物组织内部生活而不引起明显病害症状的微生物，它们存在于植物的健康组织中，与宿主植物建立了密切的共生关系。
这些微生物可以是细菌、真菌或放线菌，它们的生活史大部分时间都在植物组织内部度过，从中获取营养并进行繁殖。
根据分类学上的特点，内生菌可分为多种类型。
内生真菌是最常见的一类，它们广泛存在于各种植物组织中，包括种子、叶片、茎干和根部等。
这些真菌与植物之间建立了复杂的相互作用关系，对植物的生长发育和抗逆性产生重要影响。
内生细菌也是一类重要的内生微生物。
它们存在于植物的组织和细胞间隙中，与植物建立共生关系，对植物的生长和健康状况具有重要影响。
与内生真菌相比，内生细菌在植物体内的数量和种类相对较少，但它们对植物的生长和抗逆性也具有重要作用。
除了内生真菌和内生细菌外，还有一些其他类型的内生微生物，如放线菌等。
Deinococcus属细菌分类和应用的研究进展
７ ３
Ｄｅ ｏｏｃ ｓ 细 菌分 类 和 应 用 的研 究 进 展 ｉ ｃｃｕ 属 ｎ
陈 立 ， 瑞 云 ，董俊 兴 邢
（ 事 医 学科 学 院 放 射 与 辐 射 医学 研 究 所 ， 京 军 北 １０ ５ ） ０ ８０
摘
要
Ｄ ｉ ｃｃｕ 属 茵株 是 一 类 对 引起 细胞 致 死 效应 的 辐射 有 极 强 抵 抗 能 力 的 细 茵 。 目前 已 有 ２ 个有 效 ｅ ｏｏｃｓ ｎ ３
Ａｄ ａ ｃ ｎ Ｔａ ｏ ｍ ｙ ａ ｖ ｎ ｅ ｉ ｘ ｎｏ ｎｄ Ａｐｐ ｉ ａ ｉ ｎ ｆ ｔ ｅ ｕ ｉ ｏ ｏ ｃ ｓ ｌｃ ｔｏ ｏ ｈｅ Ｇ ｎ ｓ Ｄｅ ｎ ｃ ｃ ｕ
Ｃ ＨＥＮ Ｌ ，ＸＩ ｉｙ ｎ，ＤＯ ｕ — ｉ ｇ ｉ ＮＧ Ｒｕ － ｕ ＮＧ Ｊ ｎ ｘｎ
１ Ｄｅ ｏｏｃｓ 的分 类 学特 征 ｉ ｃｃｕ 属 ｎ
细胞 多数 呈 球形 或杆 状 ， 形 细 胞革 兰染 色 球 反 应多 呈阳性 ， 杆状 细胞革 兰 反应 则 多呈 阴性 ； 不 形成 内生孢 子 ， 具运 动性 ； 落颜 色 多呈 红 至桔 不 菌 黄色 ， 落 表 面 干燥 、 呈 褶 皱 。化 能 有 机 营 养 菌 稍 型 ， 氧化氢 酶 阳性 ， 化酶 多 为 阴性 。在贫 营养 过 氧 的培养 基上 生 长 良好 ， 多数 菌株 在 一 般 培 养 基 但 上都能 够生 长。不 同菌 株对 温度 耐 受 范 围差 异 较
分支 上 ， 该分 支 紧邻 于 Ｔ ｅｍ ｓ属… ， 以 Ｍｉ ｏ ｈｒ ｕ 与 ｃ． ｒ
芽孢杆菌的分类鉴定及其相关属的分类系统演变的研究(可编辑)
芽孢杆菌的分类鉴定及其相关属的分类系统演变的研究（可编辑）芽孢杆菌的分类鉴定及其相关属的分类系统演变的研究福建农林大学硕士学位论文芽孢杆菌的分类鉴定及其相关属的分类系统演变研究姓名:刘国红申请学位级别:硕士专业:植物检疫指导教师:林乃铨;刘波20090401中文摘要采用稀释涂布法从我国15个省15份土样标本中分离出322株芽孢杆菌。
通过表型特征、脂肪酸成分、ITS测序等手段将322株菌鉴定为3个属，芽孢杆菌属Bacillus11个种，类芽孢杆菌属Paenibacillus属2个种，短短芽孢杆菌属Brevibacillus属2个种。
本文对芽孢杆菌的生物学特性进行了研究，观察了枯草芽孢杆菌、简单芽孢杆菌、多粘类芽孢杆菌的细胞形态，并对几种常见芽孢杆菌的菌落形态进行了描述，也对枯草芽孢杆菌的生长特性做了相关的研究。
根据鉴定结果，统计分析了我国部分省芽孢杆菌的多样性，研究结果表明每个样点分离到芽孢杆菌的数量差异很大，每个采样点的优势种群的种类和数量也有很大差异。
15个采样点土样分离到的芽孢杆菌丰富度在2(8之间。
其中，青海采样点的芽孢杆菌丰富度最小，只分离到2种;新疆、内蒙古和宁夏芽孢杆菌的丰富度最大，为8。
新疆采样点的丰富度和多样性指数最高，其均匀度指数较高，生态优势度指数较低。
西藏的芽孢杆菌丰富度较低，多样性指数和均匀度指数最低，生态优势度指数最高。
因此物种多样性不仅与物种的丰富度有关，还可能与物种间数量差异程度有一定关系。
本文还初步研究了芽孢杆菌对香蕉枯萎病病原菌和青枯雷尔氏菌的拮抗作用，筛选到22株对香蕉枯萎病病原菌有拮抗作用，15株对青枯雷尔氏菌有拮抗作用。
从空间分布来看，具有拮抗作用的菌株大部分是从北方各省分离到的。
(最后，本文讲述了芽孢杆菌属属水平上的分类变化现状，叙述了芽孢杆菌属相关属的分类依据种有112个。
本论文还根据IJSEM上发表的文章对112个芽孢杆菌种的特征进行整理，记录了每个种的特征、16SrRNA序列号和菌株编号。
2020大肠杆菌的分型方法及其研究进展
2020大肠杆菌的分型方法及其研究进展肠埃希氏菌是一种条件性致病菌，致病性的大肠埃希氏菌具有高度的传染性，会严重危害健康。
快速准确地测定大肠埃希氏菌的污染来源对有效缩小疫情影响范围极有帮助，从而避免对人类健康和经济贸易造成重大损失。
建立简便高效的分型方法是微生物溯源的关键，常见的大肠埃希氏菌分型方法可分为表型分型和分子分型，这些分型方法各有优劣，具有不同的适用范围。
大肠埃希氏菌(Escherichia coli，E. coli)又称大肠杆菌，属革兰氏阴性菌，于1885年首次被发现[1]，是人和动物体内的正常寄居菌。
大肠埃希氏菌是一种条件致病菌，在正常情况下不致病，然而一些特殊血清型菌株可导致人或动物腹泻、腹痛甚至会产血性粪便，重症病例会并发溶血性的尿毒综合征以及血小板减少性紫癜[2-3]。
根据大肠埃希氏菌对人类的致病机理不同，可将其分为5种类型：.肠致病性大肠埃希氏菌(Enteropathogenic escherichia coli，EPEC).肠产毒性大肠埃希氏菌(Enterotoxigenic escherichia coli，ETEC).肠侵袭性大肠埃希氏菌(Enteroinvasive escherichia coli，EIEC).肠出血性大肠埃希氏菌(Enterohemorrhagic escherichia coli，EHEC) .肠集聚性大肠埃希氏菌(Enteroaggregative escherichia coli，EAEC) 大肠埃希氏菌的肠道传染具有比较广泛的特性，而食品在生产、包装及运输过程中极易感染此菌，进而引发传染性疾病[5]。
2018年6月，大肠埃希氏菌O157:H7污染生菜事件的暴发，影响了美国36个州，事件造成96人住院和5人死亡[6]。
2019年4月，美国的10个州暴发牛肉感染大肠埃希氏菌O103事件，导致177人感染，其中21人住院，涉事公司紧急召回了53 200磅牛肉[7]。
细菌sRNA功能、预测及鉴定方法的研究进展
平 上 调 节 其 表达 ， 从而 在 对 环 境的 应 答 反 应 中发 挥 着 重 要作用 。 目前研 究 发 现 有 ４ ｓ Ｎ ： ｘ Ｓ、 ｓ Ａ、 ｐ Ａ、 种 Ｒ Ａ Ｏ ｙ Ｄｒ Ｒ ｒ
Ａ ｃ 参与ｒ ｏ ｒｚ ｐ Ｓ的转 录 后 调 控过 程 。 ｓ Ａ、 ｐ Ａ Ａ ｃ Ｄｒ Ｒｒ和 ｒｚ
能 够 激 活 Ｒ ｏ 蛋 白的 翻 译 ， Ｏ ｙ 贝 抑制 其 表 达 。 ｐＳ 而 ｘＳ Ｕ
在 环 境 压 力 下 ，如在 低 温 时 ， ｓ Ａ 过 干 扰 ５’ Ｔ Ｄｒ 通 ＵＲ 的 抑 制 子 二级 结 构 来 激 活 Ｒ ｏ ｐ Ｓ蛋 白的 翻 译 ，以适 应 环 境 ， Ｅ Ｄ ｂ ｘ 为 辅 助 因子 。 。 ｓ Ａ 能 保 护 ｒ ｏ ， Ｄ Ａ —ｏ 作 。 Ｄｒ 还 】 ｐ Ｓ 防
可 转 录 大量 应 答 基 因 ， 出应 激 反 应 ， 应环 境 变 化 。 作 适 研 究 发 现 一 些 ｓ Ｎ ￣ 与靶 ｍ Ｎ ｐ Ｓ 基 配 对 ， 翻 译 水 Ｒ Ａ… ｍ Ｒ Ａｒ ｏ碱 在
（ ｉ Ｎ ｓ 、 ｃ ｎ Ｎ ｓ（ ｃ Ｒ Ａ ） 。 中 ， 度 ４ 至 Ｐ ＲＡ ） Ｓａ ＲＡ ＳｎＮ ｓ 等 其 长 ｏ
１ １ 调控 Ｒ ｏ 蛋 白 （ Ｎ ． ｐＳ Ｒ Ａ聚 合 酶 的 。亚 基 ） ｓ Ｎ 细 的 ＲＡ
外 ， 存 在 大量 的 非编 码 Ｒ Ａ（ ｏ —ｏ ｉ ｇ Ｒ Ａ 。 还 Ｎ ｎ ｎｃ ｄ ｎ Ｎ ） 它们 隐 藏 于基 因组 内的 信 息层 ， 学者称 之 为基 因组 内“ 有 暗物
生 物 体 中除 了ｍ Ｎ ｔ Ｎ ｒ Ｎ 三种 我们 熟 知 的Ｒ Ａ Ｒ Ａ、Ｒ Ａ、Ｒ Ａ Ｎ
细菌L型感染的意义和研究进展(四)——细菌L型的检验和鉴定
明显提 高诊 治 率 。本 文 就 Ｌ型 的检 测 和 鉴 定 作 进 步 的评 述 。
１ 细菌 Ｌ型 生物学 特性 的改 变 １ １ 形态 及染 色特 性 细 菌细胞 壁 的肽 聚糖 坚韧 ， ．
板， 见有 丝状 透 明物 ， 片 染 色 ， 长丝 或 其 中有 巨 涂 见
形体， 亦为 Ｌ型 ， 因菌 量 少 不 能形 成 可 见 的 菌 落。 只
１ ２ ２ 液体 培 养基 中生长情 况 ．． Ｌ型 由于缺壁 ， 表
体（ 如无壁 的 病毒 ） 或 因不 能按 时 分 裂 而增 殖成 长 ， 丝 。长丝 体 中有 时见 有 巨形 体 膨 出， 多为 革 兰 阴 且
性， 这点 可与 真 菌或放 线 菌 区别 。Ｌ型革 兰 染 色 因 有 细胞壁 缺 陷 ， 乙醇容 易透 过使 结 晶 紫脱 色。 因此
维普资讯
蚌 埠 医学院 学报 ２ ０ ０ ８年 ３月第 ３ ３卷第 ２期
［ 章 编 号 ］１０ —２０ ２０ ）２ １７Ｄ 文 ０ ０２ ０ （０ ８ ０ ２ —５
・
１ ７ ２
述
评
・
细 菌 Ｌ型感 染 的意 义 和 研 究 进 展 （ ） 四 细 菌 Ｌ型 的检 验 和鉴 定
一
颗粒型（ Ｃ型 ） 全部 由大 小 巨形体 构成 粗 颗粒 ； ３ ， （）
丝状型（ Ｆ型 ） 中心致 密 ， ， 边缘 由长丝组 成 。临床 最 为 多见 的 为 Ｃ型 ， 占 ８ ％ 。我 室从 Ｅ ｏ 型霍 乱 约 ０ １ ｒ Ｔ 弧菌 、 痢疾 志贺 菌 、 大肠埃 希 菌、 链球 菌、 型 隐球 菌 新 幽 门螺 杆 菌和 金 黄 色葡 萄球 菌 （ 简称 佥 葡 菌）中均
ｃ 常染成 ｃ一 有 时 Ｌ型不 能及 时分 裂 ， 酸 大量 堆 ， 核 积 ， 可使 Ｃ一 又 菌呈 Ｃ 。 同样 ， 结核 分 支杆 菌 （ 下 以 简称结核 菌）由于 细 胞 壁 中有 分 支 菌 酸 ， 抗 酸 染 在 色时不 易被 乙醇脱 色而成 红 色。Ｌ型 可 因不 同程 度
白色念珠菌分子生物学分型方法研究进展
动物医学进展,2006,27(11):427Progress in Veterinary Medicine白色念珠菌分子生物学分型方法研究进展3王惠芳1,2,陆慧君1,贺文琦1,刘立国1,张素阁2,邓旭亮33(1.吉林大学畜牧兽医学院,吉林长春130062;2.济南军区总医院,山东济南250031;3.北京大学口腔医院口腔医学院,北京100081)中图分类号:S852.661;R519.3文献标识码:A文章编号:100725038(2006)1120004204摘 要:白色念珠菌是一种致病性酵母真菌,可引起人畜口腔、上呼吸道、阴道黏膜及全身性感染。
随着抗真菌药物的长期大量使用,真菌的耐药性越来越严重。
临床调查结果表明,白色念珠菌感染在真菌感染病例中跃居第2位。
正确鉴定与分类有利于对白色念珠菌感染进行及时诊断、预防和治疗。
文章主要对白色念珠菌的分子生物学分型方法进行综述。
关键词:白色念珠菌;分型;随机扩增多态性DNA技术念珠菌属(Genus Candida)包括大约150种不产生芽孢的酵母菌种属,现已命名的有81种。
由于它们没有能力形成有性生殖阶段,所以属于真菌超纲(Eumycetes)、不全菌纲(Deuteromycetes or f ungi imperfecti)、隐球菌科(Family cryptococcaceae)。
对人类有致病作用的有11种念珠菌,包括白色念珠菌(C.albicans)、热带念珠菌(C.tropicalis)、近平滑念珠菌(C.para psilosis)、星形念珠菌(C.stell atoi dea)等[1]。
其中,白色念珠菌、热带念珠菌和近平滑念珠菌是经常从医学标本中分离出来的3个菌种,白色念珠菌的致病力最强。
而在医院临床感染的致病菌中,白色念珠菌感染已跃居第4位[2]。
对白色念珠菌感染进行正确的诊断、有效的治疗及预防,首先需要可靠的菌种鉴定分类方法,特别是菌株间关系的分析判断,对确定传染源和传播途径十分重要。
布鲁氏菌鉴定和检测方法研究进展
文对近年来布 鲁氏 茵 Ｄ ＮＡ 同源性 及其 内切 酶 图谱分析 、 清学检 测、 Ｃ 血 Ｐ Ｒ扩增 、 核酸探针 杂 交 等鉴 定 、 测 方 法进 行 了综述 ， 检 并展 望 了分 子 生物学技 术在 布鲁 氏茵快速 、 准确鉴定 、 测中 检
的 艮好 前 景 。
内蒙 古 地方 病研 究所 郭 秀兰 等 用 细 菌 ＤＮＡ 分 子 热变
～
菌、 马尔他 布 鲁 氏菌 、 猪布 鲁 氏菌 、 布 鲁 氏菌 和 羊布 犬 鲁 氏菌的图谱 有 区别 。 ｈ ｒ 采 用 】 种 不同 的限 制 Ｏ‘ａａ等 】 性 核 酸 内切 酶 消 化 ３ ５株 羊 布 鲁 氏菌 Ｄ ＮＡ， 到 相 同 得 的 消化 图谱ｕ 资料 表明 ， 一 布鲁 氏 茁的 核酸 内切 酶研究 报道 较多 ， 还 不 能将 其 作 为 一 种合 适 的布 鲁 鉴 检测
照 ， 国内外实 验室参 考 菌种 ｌ 对 ４株及 地 方 疑难菌 种 ｎ 布鲁 氏菌是 人畜 共患 布鲁 氏菌病 的 病愿菌 。该病 株结 合 常规 方 法进 行 了 ＤＮＡ Ｇ１ Ｃ ｍｏ 测 定 ， 时 ＿ ｌ 同 在世界各 国广泛流行 ， 严重危害人类健康 和畜牧业发 以羊 种 菌 Ｍ１ ＮＡ 为 标 准 ， 布 鲁 氏菌 所有 种 和 型 ６Ｄ 与 展 ， 且还被 国外列 为生物 战剂之～ 。 而 该病受到 各 国政 的２ ４个 代 表 株及 ８株 地 方 疑 难 菌种 进 行 了 Ｄ ＮＡ～ 府及 医学 、 医学工作 者 的高度 重视 ， 兽 积扳 开展 了有关 ＤＮ 杂 交 测 定 ． 鲁 氏菌 及 地 方 疑 难 菌 种 的 Ｇ＋Ｃ Ａ 布 科研工作 。 特别是该 病多发 地 区和国家 ， 对其研 究 内容 ｍｏ 值 范 围 为 ５， ～５ ， ， ６株 与布 鲁 氏菌 参 考 ［ ４ ｌ ９ ３ Ｍ１ 较多而且 深入 。 布鲁 氏菌分 为猪 、 、 、 、 羊、 牛 羊 犬 绵 沙林 菌 种 的 杂交 率 ８ ， ～ １ ９ ． 地 方 疑 难 菌 种 的杂 １７ Ｏ 与 鼠 ６个种 ， 由于不 同种之 间 流行 特 点 、 疫原 性 、 免 致病 交率 除 一株 为 ７． 外 ， 余 为 ８ ． ～ｌ９ 属高 ２１ 其 ４２ ０ ％， 性等 均有 较 大差 异 ， 因而 准 确检 测该 病 一直是 国内外 度 同源 ， 鉴定 为布鲁 氏菌 布 鲁 氏菌 ＤＮＡ 同源 性研 ］ 学者 广 泛关 注并 集 中研 究 的课 题 ， 更是 布病 的 诊、 、 检 究的开 展 ． 对该 菌的鉴 定 和分 类具 有重 要 意义 。 防以及 反生物 战防护环 节 中十分关键 的技 术 。 近年来 ， ２ ＮＡ 限 制 性 内切 酶 图谱 分 析 随着分 子生物学 技术 的 发展 、 善 ， 完 为细菌 分类 鉴定提 各 种布 鲁 氏菌 的基 因组 中均 含 有 超 变 序 列 ． 样 这 供 了有效 的方 法 ， 细菌 分 类鉴 定 工作从 一般 表 型 特 使 可 以借 助 Ｍ Ｄ １ ＮＡ 利用 Ｄ ３ ＮＡ 酶切 图谱 来检 测 鉴 别 征 鉴定 深 化 为遗 传 特 征 的 鉴定 ， 一般 形 态 、 从 生理 生 布鲁 氏菌 。 １ ｒｅ 等提 取纯 化 ２ 布鲁 氏菌 Ｄ Ａ［ａｄｔ ａ ３株 ＮＡ． 化 、 清学试验 深入 到细胞分 子水平 。 血 布鲁 氏菌的诊 断 其 中包括 ｌ ９株参 考菌 株 ， 通过 低 酶切 频 率 的限 制性 内 也取得 了较大 的进展 ， 出现 了 一些新 方法和 新技 术 ， 本 切 酶 消 化 、 冲 场 凝胶 电 泳 进 行 布 鲁 氏菌 Ｄ 脉 ＮＡ 多 态 文 就此作 一综述 性研究 。 发现 ｊ 电泳 型 与 ５ 已知菌 种 ： 个 个 流产 布鲁 氏
诺卡菌分子鉴定方法的研究进展
诺卡菌分子鉴定方法的研究进展黄磊【期刊名称】《检验医学与临床》【年(卷),期】2018(015)018【总页数】4页(P2814-2817)【关键词】诺卡菌;基因测序;质谱;鉴定【作者】黄磊【作者单位】北京大学第一医院检验科,北京100034【正文语种】中文【中图分类】R446.5诺卡菌是一群需氧革兰阳性分枝杆菌，可存在于土壤、空气、水、动植物排泄物中，主要通过吸入或破损皮肤侵入人体引起感染，可引起局部或全身感染，好发于免疫功能低下患者(例如器官移植后，使用糖皮质激素，HIV感染等免疫抑制状态)，也可见于健康人[1- 2]。
近年来国际上和我国有关诺卡菌感染的报道不断增多，日益受到关注[3-6]。
诺卡菌感染在临床及影像学上缺乏特异性，其诊断往往依靠实验室检测，涂片镜检的灵敏度低且不能鉴定到种，培养出可疑菌落后用生化方法仅有少数几种诺卡菌能鉴定到种[7]。
诺卡菌有50多个种，其中脓肿诺卡菌、皮疽诺卡菌、巴西诺卡菌、新诺卡菌、豚鼠耳炎诺卡菌等13个菌种可引起人类感染，且不同菌种对抗菌药物的敏感性不同，所以对早期诊断和治疗，鉴定到种非常重要。
目前只有分子生物学方法能将诺卡菌准确鉴定到种，从早期的PCR扩增目的片段后电泳检测、PCR-限制性核酸内切酶分析、反向点杂交、焦磷酸测序等，发展到目前广泛应用的基因测序(16S rRNA、hsp65、recA1、gyrB和rpoB)、多位点序列分析(MLSA)和质谱(MALDI-TOF MS)技术[7]。
以上方法各有优势和局限性，本文对目前广泛应用的3类方法作一综述。
1 基因测序1.1 16S rRNA基因细菌16S rRNA序列内同时存在高度保守和高度变异的区域，是一个稳定的遗传标记，可将细菌鉴定到种水平，获得不依赖表型特征的客观结果，是最早和最广泛用于诺卡菌鉴定的基因[1,8]。
但是在诺卡菌中的某些种，该基因存在多拷贝现象，不同拷贝显示为不同的碱基序列，在测序峰图上显示为多个重叠峰。
衣原体最新分类体系与分类鉴定方法研究进展
衣原体最新分类体系与分类鉴定方法研究进展李鹏(综述);端青;宋立华(审校)【摘要】衣原体是一大类严格真核细胞内寄生、具有独特发育周期、与人类生活关系密切的细菌。
近年来衣原体遗传学特别是比较基因组学研究，和新发衣原体如朱鹭衣原体、鸟衣原体、家禽衣原体等改变了旧的衣原体分类体系。
最大的变化是嗜衣原体属被取消，该属原来的6个种被归到了衣原体属中，与新发衣原体一起使衣原体属扩展到了12个种。
本文简要综述了衣原体分类现状与衣原体分类鉴定依据，包括传统的生物学特征、理化性质、分子遗传学方法及最近发展起来的全基因组分析。
目前分子遗传学方法是衣原体分类鉴定的标准方法，包括16S rRNA、ompA与其它衣原体特有基因的序列分析等。
%ABSTRACT:Chlamydiae are obligate intracellular bacteria with a unique biphasic developmentalcycle ,and have close rela‐tionships with human .Emerging Chlamydia species such as Chlamydia ibidis ,Chlamydia avium and Chlamydia gallinacea changed the chlamydial taxonomy .The biggest change is the abandon of genus Chlamydophilaand its previous six species were recombined into genus Chlamydia ,which in together with the emerging species ,expands genus Chlamydia to 12 species .This paper briefly reviewed the latest taxonomy of Chlamydiae and their identification methods ,which include the classical biological characteristics and physico‐chemical properties ,modern molecular genetics ,and the newly developed whole genome analysis . Presently ,molecular genetics methods ,including sequence analysis of 16S rRNA ,ompA and other Chlamydia‐specific genes , are commonly used for chlamydial identification .【期刊名称】《中国人兽共患病学报》【年(卷),期】2014(000)012【总页数】5页(P1262-1266)【关键词】衣原体;衣原体分类;细菌分类;细菌鉴定【作者】李鹏(综述);端青;宋立华(审校)【作者单位】病原微生物生物安全国家重点实验室，军事医学科学院微生物流行病研究所，北京 100071;病原微生物生物安全国家重点实验室，军事医学科学院微生物流行病研究所，北京 100071;病原微生物生物安全国家重点实验室，军事医学科学院微生物流行病研究所，北京 100071【正文语种】中文【中图分类】R374衣原体是一类专性真核细胞内寄生、具有独特发育周期、可以在多种真核生物宿主(包括人、动物、原虫等)中繁殖的细菌。
微生物生态学的研究进展及其应用
微生物生态学的研究进展及其应用介绍微生物生态学是研究微生物在自然环境中活动的学科，它对于人类了解生态环境、防治疾病以及开发新型生物技术等领域有着重要意义。
随着科技的不断发展，微生物生态学的研究也不断深入，越来越多的微生物种类被发现，它们在生态系统中的作用也越来越受到关注。
本文将介绍微生物生态学的研究进展及其应用。
微生物生态学的研究进展1.微生物多样性及其分类微生物是指肉眼无法看到的微小生物体，包括细菌、真菌、病毒、原生动物等。
这些微生物种类众多，俗称“微生物世界”。
在微生物生态学的研究中，对微生物的分类是一项基础工作，因为只有将微生物归类才能更好地研究它们在自然环境中的生存与作用。
近年来，随着DNA测序技术的不断发展，人们对微生物的了解也越来越深入。
通过对微生物的基因序列进行测序和比对，可以更精准地判断它们之间的亲缘关系。
目前，已有很多针对微生物的分类方法被提出，例如根据16S rRNA基因分析细菌分类、ITS序列分析真菌分类等。
2.微生物群落结构与功能微生物群落是指在某一生态系统内的所有微生物的总体群体，并且微生物群落不是简单的单一细菌或其他微生物的存在，而是由多个种类的微生物相互作用、共生共存的系统。
在微生物群落中，微生物之间通过共生和竞争等方式相互作用，形成了一种稳定的生态系统。
通过对微生物群落结构和功能的研究，我们可以更好地了解微生物之间的相互作用和生态系统的稳定性。
例如，通过对土壤微生物群落的研究，可以发现不同微生物种类在土壤中所占比例的差异，以及它们在养分循环、土壤肥力维持等方面的不同作用。
3.微生物在环境污染治理中的应用微生物在环境污染治理中的应用是微生物生态学的一个热点研究方向。
微生物是自然界中分解物质和去除污染的重要角色。
利用微生物能力分解、降解有害物质的特性，可以开发出多种微生物处理技术，例如微生物浸出、生物吸附、生物反应器等。
其中，微生物浸出技术是一种利用微生物酶解、溶出有价金属的技术，在金矿、铜矿、钛铁金矿等矿山开采中得到广泛应用。
植物细菌性病害和病原细菌分类研究进展
植物细菌性病害和病原细菌分类研究进展彭炜（四川省农业管理干部学院，中国成都610072）摘要迄今为止已经描述的植物病原细菌约有30个属和650个种，其中我国记录的细菌约150种以上。
本文主要讨论植物病原细菌分类的历史演变与发展，简要描述生产上造成显著危害的黄单胞菌属、假单胞菌属、欧文氏菌属、土壤杆菌属、棒形杆菌属及支原体等6类主要细菌及其所致病害，并对已经发现并证实的植物细菌性病害种类作出粗略的统计，这些数据对于研究植物病原细菌的系统分类学和植物病害信息数据库查询系统具有重要的参考价值。
关键词：植物细菌性病害；细菌分类；种类/属；真细菌；植原体Advances in classification of plant bacterial diseases and thepathogenic bacteriaPeng WeiSichuan College of Agricultural Administration and Sciences, Chengdu, ChinaAbstract. About 650 species of plant pathogenic bacteria in 30 genera have been reported around the world amongst which 150–200 species have been recorded in China. In the present paper we review the historic development in plant bacterium classifiction and bacterial disease studies. The 5 most important plant pathogenic bacteria are described and they include Xanthomonas, Pseudomonas, Ewinia, Agrobacteria, Clavibacter and Mycoplasma. These data are important and can be useful in studies on systematics of plant bacteria and on construction of plant bacterial disease information platforms.Keywords. plant pathogenic bacteria; systematics; species and genera; eubacteria; phytoplasmae————————————————————作者简介：彭炜(1955-)，四川省资中县人，研究员，主要从事植物保护专业教学、科研及行政管理等工作。
黄单胞菌属的分类研究进展
黄单胞菌属的分类研究进展黄单胞菌属的分类研究进展郭亚辉(河北省邯郸农业高等专科学校05引起植物病害的细菌约有300多种,广义的细菌是原核生物界中引起各种植物病害的一类最大的群体.黄单胞菌属的所有种都是植物病原细菌,引起植物病害症状多为叶斑,叶枯,少数为萎蔫,溃疡.黄单胞菌属(Xa.thomo.a~)属于薄壁菌门,假单胞菌科,菌体短杆状,0.4--1.0×L2—3.0m,根极生鞭毛,严格好气性,革兰氏染色阴性.DNA中的G+C含最为63--71moi铀.细菌的分类地位和分类系统曾有过多次变动,迄今仍不完善.过去,黄单胞菌属的分类单一利用寄主的专化性划分种,即从一株寄主植物上分离到新的黄单胞菌菌株,便定为一个种,由此过多地命名了许多不适当的种.在第七版的伯杰氏手册中,黄单胞菌属包括125个种,但细菌分类学家认为这些种除了在致病的寄主范围和症状方面略有不同外,很少有细菌学方面的差异.在第八版的伯杰氏手册中,除保留5个种外,其它的病菌都安排在甘兰黑腐黄单胞菌下,称为不同的致病变种,这样,在甘兰黑腐黄单胞菌种内有120个致病变种,黄单胞菌属共有6个种.近年来,分子遗传学技术引入到细菌的分类中,分子遗传学技术包括G+Ctool嘶测定,DNDNA分子杂交,16sRNA寡聚核苷酸序列分析,核糖体蛋白的组成分析等多种分类方法.7l5.)/在黄单胞菌属的分类研究中,DNDNA分子杂交的方法用的较多.此方法的原理是提取细菌的DNA,在108~C高温下DNA分子的双链解离成单链状态(变性),待冷却到60—75℃时,其解离的单链又会互相结合(复性),重新形成双链的DNA.不同细菌的DNA混在一起令其变性后再复性,在重新结合成双链的过程中,不同细菌的DNA单链也能结合成双链,其结合率的高低随菌株的亲缘关系远近而定.Murata等最早采用DNA—DNA杂交试验对黄单胞菌属的分类进行研究,提出了50铀DNA结合值作为.种的命名依据. 后来,Schroth等广泛根据蛋白质PAGE, FAME,RFLP及rRNA谱型分析和DNA —DNA杂交实验结果,证明在油菜黄单胞菌种下的致病变种群体中存在异质性,认为黄单胞菌DNA同源值矩阵应作为属下种和致病变种重新分类的依据.1995年, L.V auterin用DNA—DNA杂交的方法对黄单胞菌属的183个菌株进行了分类分析,结合BiologGN微板分析自动系统的生理生化测定,将黄单胞菌株分为20个DNA基因组,而把对植物无致病能力的放在一组为未归类组,20个DNA基因组可以认为是20个种.同一基因组菌株之间DNA结合值水平较高,约为80一iO0嘶,而不同基因组菌株之间DNA结合值低于第4期郭亚辉:黄单胞菌属的分类研究进展515O%,所以,60—7O%DNA同源值可作6,.codiae变叶木黄单胞菌为黄单胞菌属内同种菌系的最低标准.7,.bramei雀麦黄单胞菌对于命名的更改,尽可能使其命名与8,.cucurbitd8瓜类黄单胞菌植物病理学名称相关,并且遵守国际细菌9,.axonopodis地罐草黄单胞菌学命名规砌,在来自不同寄主植物的致病l0,.oryzae水稻黄单胞菌变种构成一个新种的情况下,采用一个普ll,.vaSicola维管束黄单胞菌遍,通用的名称,如树生黄单胞菌为树术l2,.pisi豌豆黄单胞菌上的病原物.当新种不包括以前的油菜黄l3,.melonis甜瓜黄单胞菌单胞菌致病变种的代表菌株时,刚建议重l4,.sicat0r辣椒黄单胞菌新命名.’15,campe~frfs甘蓝黄单胞菌新的黄单胞菌分类系统的2O个种名如l6,.fran~l”c8s透明黄单胞菌下:l7,.hyacinthf风信子黄单胞菌1,.fragarae草毒黄单胞菌l8,.f8icola茶黄单胞菌2,.hortorum花草黄单胞菌lg.sacchari甘蔗黄单胞菌3,.populi杨树黄单胞菌20,.albilineans甘蔗白条黄单胞菌4,.arbolicola树生黄单晦菌21,.尚束归组黄单胞菌5,.caSavae木薯黄单胞菌(1j王大耜细菌分类基础科学出越社1977h~b:idizationasataxonomictoolfor[2)林万明细菌DNA中G+C含量测定和桉酸phytopath—ogenlcbacteria.JapsnAg分子杂置技术殛其在细菌分类鉴定中拘应用rlcultareResearchQnar(er~.yl975科学出版社分析微生物专辑73:549—553[3)任欣正主编植物病原细菌的分类和鉴定[6]V attterinL.Rec’~asslficationofXan一生国高等农业院校教材农业出发社1994thomonas,InternationalJoaraalof(4)林万明细菌分子遗传学分类鉴定注上海systematiecterio’.Ey,19997:科学技术出版社1990472—489(5)Mn~ataN,Improvs~DNA—DNA(上接59页)[1)张树政等社1984C2)谢舜珍等299--264[3)施巧琴等[4)豫家立等136一l42参考文献酶豁耕工业(下册)科学出版655—670微生物193986(3):微生物100292(6):真菌199314(2)[5)Ibrahim?C.0.etalAgIicBiolchum198791(8):2145—2191[6)黄建忠等工业微生物199525(3):1J8[T)MotoyasuJO.etal:.FermentThchnol1986.94(5):韩7—3T1(8)Okumara,S.etal:AgrieBioIthem,1978?40,655[9)孙万儒药物生物技水19993(4):238--245[1o)曹i鼠挂等生物化学与生物物理进展1895 22(1)lS--I3。
植物病原棒形细菌的分类研究进展
植物病原棒形细菌的分类研究进展
郭坚华;蔡永健;陈永芳;葛云英
【期刊名称】《微生物学通报》
【年(卷),期】2002(029)001
【摘要】植物病原棒形细菌从棒杆菌属中独立出来之后,对于其中各菌分类地位的确立一直有较多争议.近年来已分别归入棒形杆菌属(Clavibacter)、短小杆菌属(Curtobacterium)、节杆菌属(Arthrobacter)、红球菌属(Rhodococcus)和拉氏杆菌属(Rathayibacter)5个属中.但此后又有人提出有些属中仍有异质性.这些分类上的变化主要是由于分类手段逐渐由传统的形态学分类方法向分子生物学方法和多相分类法过度.新的方法还在不断的完善之中.此外,植物病原棒形细菌分类系统的完善还有赖于植物病理学家和微生物学家等多学科科学家的合作.
【总页数】6页(P74-79)
【作者】郭坚华;蔡永健;陈永芳;葛云英
【作者单位】南京农业大学植保学院植病系,南京,210095;南京农业大学植保学院植病系,南京,210095;南京农业大学植保学院植病系,南京,210095;南京农业大学植保学院植病系,南京,210095
【正文语种】中文
【中图分类】S432.4
【相关文献】
1.植物病原细菌分类最新进展 [J], 冯洁
2.植物病原棒形细菌的RAPD分析 [J], 尹燕妮;陈永芳;李师默;郭坚华
3.植物病原细菌的分类地位及其在农科本科教学中的应用 [J], 廖咏梅;张君成;王忠文
4.植物病原棒形细菌的菌种保存 [J], 郭坚华;任欣正
5.小麦上一种新的植物病原棒形细菌的初步鉴定 [J], 刘庆都;郭坚华;任欣正
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细菌分类鉴定方法的研究进展目录细菌分类鉴定方法的研究进展........................................................................错误!未定义书签。
摘要 . (2)ABSTRATC (2)1、引言..............................................................................................................错误!未定义书签。
1.1细菌分类鉴定 (2)1.1.1 细菌常规鉴定方法 (2)1.1.2细菌的数值分类和自动化鉴定 (3)1.1.3化学分类鉴定法 (3)1.1.4分子遗传学分类鉴定法 (3)1.2细菌分类鉴定方法的前景 (3)细菌的鉴定方法的介绍与总结 (3)1、细菌常规鉴定方法 (3)1. 1 免疫诊断技术 (4)1. 1. 1 凝集试验 (4)1. 1. 2 免疫酶技术 (4)1.1. 3 免疫荧光技术 (4)1. 1. 4 放射免疫测定技术 (4)1. 1. 5 免疫胶体金标记技术 (4)1. 2 蛋白质图谱分析 (4)2、细菌的数值分类和自动化鉴定 (4)3、化学分类鉴定法 (5)3.1 磷脂脂肪酸分析技术（PLFA）[6] (5)3．2 高效液相色谱（HPLC）[7] (5)3.3 气相色谱（GC）[7] (5)4、分子遗传学分类鉴定法 (5)4. 1 细菌染色体DNA G+ C mol %含量测定 (5)4. 2 核酸杂交技术 (5)4. 3 限制性核酸内切酶分析法 (6)4. 4 质粒图谱分析法 (6)4. 5 脉冲场凝胶电泳分析法 (6)4. 6 PCR技术 (6)4. 7 16SrRNA 序列和16S～23SrRNA 间区序列分析法 (6)4. 8 微生物全基因组测序 (7)6、参考文献 (7)细菌分类鉴定方法的研究进展摘要细菌分类鉴定方法包括表型鉴定法和分子遗传学鉴定法两大类,分成4个水平:细菌形态和生理生化水平、细胞组分水平、蛋白质水平和核酸水平。
表型鉴定法是对前3个水平的鉴定,包括常规鉴定法、数值分类鉴定法和化学分类鉴定法。
分子遗传学鉴定法[1]是核酸水平的鉴定,对细菌染色体或质粒DNA 进行分析,核酸杂交、PCR 技术、16SrRNA 和16 ～23SrRNA 序列分析、全基因组测序等,此类方法使细菌种属定位和亲源关系判别由表型特征深化为基因型鉴定。
本文主要来介绍各种分类方法以及每种方法的优缺点。
关键词：细菌分类鉴定表型鉴定分子遗传学鉴定Bacterial classification and identification of theresearch progressABSTRATCBacterial classification and identification method two categories, including the the phenotype identification method and molecular genetic identification method is divided into four levels: the bacterial morphological and physiological and biochemical level, the level of cellular components, protein level and the nucleotide level. The phenotypic identification law is the identification of the first three levels, including conventional identification method, numerical classification and identification and chemical classification identification method. Identification of molecular genetics method [1] is the identification of the nucleic acid level, analysis of the bacterial chromosome or plasmid DNA, nucleic acid hybridization, PCR, 16SrRNA and the 16 ~ 23SrRNA sequence analysis of whole-genome sequencing, such positioning method bacterial species and phylogenetic discrimination by the deepening of the phenotypic characteristics of genotyping. This paper is mainly to introduce the various classification methods as well as the advantages and disadvantages of each method.Key word ：Bacterial classification and identificationPhenotypic identification Molecular genetic identification1、引言1.1细菌分类鉴定1.1.1 细菌常规鉴定方法细菌常规鉴定法是细菌形态和生理生化水平及蛋白质水平的鉴定,前者是最经典、最常用的分类鉴定指标,也是现代化分类鉴定的依据,后者包括免疫诊断技术、蛋白质图谱分析和氨基酸序列分析等。
1.1.2 细菌的数值分类和自动化鉴定目前应用较多的自动化鉴定系统主要有:Vitek - AMS(Automated Microbic System) [2]、Biolog、MicroScan 、Entero2tube 、MIDI、Sensititte 、Autosceptor 、Crystal 等鉴定系统。
数值分类法是近20 年来发展起来的细菌分类理论,它应用大量已知菌对相关生化试验反应出现的频率得出数据进行分析,优化组合数10 项生理生化指标集合成套试剂,根据相似系数大小判断细菌种属间的亲源性。
自动化微生物鉴定系统即采用数值分类原理。
微生物数值分类鉴定集数学、电子、信息及自动分析技术于一体,具有系统化、标准化、微量化和简易化等优点,采用商品化的鉴定测试卡,将未知菌鉴定到属、种、亚种或生物型,可不同来源的临床标本进行针对性鉴定,所得结果以数字方式表达,与数据库数据(手册或软件) 对比得出鉴定结果。
1.1.3 化学分类鉴定法20 世纪50 年代中期由Cummins 和Harris 建立起来的化学分类鉴定法[3]主要通过细菌细胞壁化学成分即氨基酸和糖的分析进行分类鉴定,属的分类主要测定各种氨基酸组分,种的鉴定主要是对糖的分析。
另外,还有全细胞水解液糖型分析、脂肪酸分析、磷酸类脂成分分析、枝菌酸分析、醌类分析和光合色素成分分析等,常使用红外光谱、气相色谱、高效液相色谱和质谱等新技术。
1.1.4 分子遗传学分类鉴定法分子遗传学分类法是以微生物的遗传型（基因型）特征为依据，判断微生物间的亲缘关系，排列出一个个的分类群。
目前较常使用的方法有：细菌染色体DNA G+ C mol %含量测定、核酸杂交技术、限制性核酸内切酶分析法、质粒图谱分析法、脉冲场凝胶电泳分析法、PCR技术、16SrRNA 序列和16S～23SrRNA 间区序列分析法、微生物全基因组测序1.2细菌分类鉴定方法的前景每种鉴定方法均有其优点和缺陷,常规鉴定法常出现表型表达不稳定、敏感性不高、测试项目多、费时费力等问题;免疫诊断技术若无相应抗体则无法鉴定;细菌自动化鉴定适于快速鉴定,但目前数据库中模式菌种数量有限,部分细菌只能鉴定至属,对革兰氏阳性菌和厌氧菌的鉴定效果较差;分子遗传学鉴定是从本质上阐明细菌间的亲源关系,但所需试剂和仪器昂贵,鉴定时间较长,专业性强,适于科研上的细菌分类研究,不适于基层和临床微生物的快速鉴定。
因此,细菌分类鉴定必须同时使用几种方法或系统全面鉴定,表型鉴定和分子遗传学鉴定结合可对未知菌进行准确合理定位,目前应充分利用和完善现有鉴定技术,继续积累核酸数据库资源,研究和推广新的分子遗传学鉴定法,使其在敏感性、特异性和实用性上更适合细菌快速准确鉴定的需要,使其发挥应有的和更大的作用。
随着细菌鉴定方法的不断建立和完善,将为科研和临床工作者提供简便、快速、准确、微量、灵敏和成本低廉的检测方法和更先进、更全面的检测手段。
细菌的鉴定方法的介绍与总结1、细菌常规鉴定方法1. 1 免疫诊断技术1. 1. 1 凝集试验目前常用的是葡萄球菌协同凝集试验(SPA - CoA) ,金黄色葡萄球菌细胞壁的A 蛋白(SPA) 能与动物血清中IgG的Fc 结合,成为致敏的颗粒载体,特异性IgG的Fc 与SPA 结合后, F ( ab’) 2 段暴露在葡萄球菌表面,与相应细菌反应呈现凝集现象,此法用于细菌快速鉴定和分型。
1. 1. 2 免疫酶技术免疫酶技术( EIA , Enzymeimmunoa2ssay) 是将酶标记的抗抗体与抗原—抗体复合物结合形成抗原- 抗体- 酶标记抗抗体复合物,加入酶底物产生有色产物。
以酶联免疫吸附测定( ELISA) 和斑点酶联免疫吸附技术(Dot - ELISA) 应用较广泛。
1.1. 3 免疫荧光技术免疫荧光技术( FIA , Fuorescenceimmunoassay) 是将一抗滴加于待检抗原上,再加一抗的荧光抗体(二抗) ,呈现特异性的荧光抗原抗体复合物以鉴定病原菌。
此法比ELISA 更直观,可直接观察到菌体形态。
1. 1. 4 放射免疫测定技术放射免疫测定( RIA , Rad2ioimmunoassay) 是用放射性同位素标记抗原或抗体,与相应的抗体或抗原结合后通过放射自显影定性和定量抗原或抗体。
1. 1. 5 免疫胶体金标记技术胶体金是继酶、荧光素和放射同位素后免疫标记技术中令人瞩目的新标记物。
胶体金是氯金酸(HAuCl4) 在还原剂如白磷、枸橼酸钠等的作用下,聚合成特定大小的金颗粒,通过静电作用与抗体或抗原形成一种稳定的胶体状态,即为免疫金,免疫金与相应的抗原抗体结合后,呈现特定的颜色反应。