关联分析的一般方法_杨小红

关联分析的一般方法关联分析的般方法

杨小红

中国农业大学国家玉米改良中心

2011.5.25

一、候选基因关联分析（TASSEL V2.1）

二、全基因组关联分析（TASSEL V3.0）二全基因组关联分析（V30

数据输入12

3

SNP抽提

3

1

2

4

SNP抽提结果

位点序号与实际序号差1

InDel 抽提

3

12

4

InDel抽提结果

SNP InDel

与的整合1

3 2

SNP与InDel的导出1

3

2

4

LD分析

1

3

2

4

LD plot

1

3

2

LD decay的绘制

多态性位点、群体结构、表型的整合多态性位点群体结构表型的整合

3

1

2

整合数据的核对

3

1

2

4

1

2

1

2

Manhanttan图

单个位点所解释的表型变异R2──ANOVA (Excel)

R2=SS intergroup/SS overall

单因素方数据数据分析

差分析

单倍型分析

1

3

4 2

5

数据的输入1

2

数据的导出12

基因型数据的抽提

3

1

2

4

基因型数据抽提结果

群体结构的设置

2

4

13

分析表型的设置

12

43

基因型表型群体结构的整合

基因型、表型、群体结构的整合12

ctrl

整合数据的核对

运行

——GLM

1

23

4

GLM1

结果

GLM结果2

运行

——MLM_P3D&Compression 3

12

MLM——Compression1

p结果

MLM——Compression2

p结果

MLM——Compression3

p结果

最优Compression 的选择

2760

2780

2720

2740

L k

2660

2680

2700

‐2L n 2620

2640

1.0 1.5

2.3

3.4 5.2 7.8 11.9 22.7 250.0

Compression

运行——MLM_P3D&No Compression

1

23

MLM_P3D&No Compression结果

QQ plot_TASSEL

13 2

Manhattan plot TASSEL

p_

13

2

数据输入

Obp1

Obp2

观察值p

预测值

定义数据标记

定义坐标轴格式

绘图程序

QQ plot_SAS结果