小木虫 Diamond 软件问题集锦

小木虫Diamond软件问题集锦

1. Diamond出图时怎么设置dpi数目

我在使用Diamond出图时分辨率并不算小,可是编辑说我的图只有96dpi,但杂志要求至少600dpi,请问我该怎么设置? 答: 在picture/layout.../对话框的Targets中选择Bitmap,然后就可以自己输入需要的分辨率了.要保存为位图格式才可以.如果是JPG格式,还是96dpi. 答: 呵呵,发现在tools 下拉菜单的option 里.

2. Diamond椭球图阴影画图如图中所示,怎么画出每个椭球中的阴影部分?我用的是

3.1d 版本.

答: 这个是在diamond中的' 原子设置中' 中选的, 具体如下: picture-------atoms design-------style and colors-------style 中选择octant 即可.

3.怎样建立氢键我这儿有一个cif 文件,一个tab 文件和两个已经用diamond作好的图,但不知道这两个图是怎么画出来的,想知道作图过程,请diamond高手用word 或pdf 写出作图过程.

答:没什么技术含量的吧,堆积一下,删掉多余的原子,创建氢键就好.

4.怎样建立单个分子

diamond一打开cif,就是堆积图,怎么才能显示一个分子.

答:好像最新的更新包已经改过这个bug 了.但是因为没有对应的破解程序,所以俺还是用以前的 3.0,经常遇到这个问题.如果你的分子间没有作用,即:没有乱七八糟的键连在一起,选中一个原子,然后,ctrol+M, 选中一个分子,然后,反选,即选中除该分子之外的所有分子,然后一键delete, 就ok 了.如果分子连成片,就删吧. 对于非中心分子,即含反离子的分子结构要小心,不要把反离子漏掉了.当然,如果不用画就没问题了.以上拙见,仅供参考. 答:diamond打开cif 时选"建立单个分子",然后点完成,不要点下一步. 请教diamond画C60 遇到的问题(1)我这个C60 在画多面体的时候,中间inset 的atom 的半径在每个面上都要自己一个一个去设定radium,有没有同类原子半径一起设置的?里面没有找到. (2)当我把中间的dummy 原子(就是为了画多面体的时候新加入的)的半径设为0 后,如果想改C60 的每个面的颜色的画,这个怎么改的? (3)最后问一下,我保存的图片中背景的diamond demonstrator 如何去掉. 另献上我第一幅diamond图,如下. 6. 7. 答:1. 可以在atom 设置里找到假原子直接设置 2. 以假原子为中心画多面体 3. 你用的应该是未破解版本. diamond中如何在螺旋链中插入一根棒diamond中如何在螺旋链中插入一根棒,以及如何看结构是单螺旋还是双螺旋结构,如何画出单,双螺旋结构? 答:插入几个哑原子,然后连键,进行一些设置就可以了.前段时间有人传了一些Diamond的说明,其中有一个文件就是详细说明这个棒怎么画的. 找到了这个文件,感谢原作者Crystalsnet,我把它上传到纳米盘,你自己下载下来看看就知道怎么做了. 答:在孔道两侧虚拟两个原子,然后在这两个原子间成建,设置一下键参数就可以了! 答:具体说,选择两端的几个院子,再找这几个的中心位置,分别insert atoms , 再连接心连接, insert bond, 在按你的意思edit the bond. 如何去掉M-C,M-H 连接打开一个晶体数据后,在connectivity 中把M-C,M-H 去掉后.再点complete fragments 第3 页共13 页

小木虫Diamond软件问题集锦 8. 9. 10. 11. 12. 13. 后,这些M-C,M-H 又连上了,求助高手. 答:点下connect now 再确定试试. diamond里面如何定义元素化合价怎么样定义元素的化合价,然后使半径比例随之改变??默认设置好像都是原子半径. 答:问题解决了,在atomic parameter 里面. diamond画配位环境时到一定程度原子就长不出来了,是怎么回事今天用diamond画配位环境时画到一定程度(配位环境没画完)原子就长不出来了,不知是怎么回事?请高手指点,谢谢! 答:试试在"Type of sphere"中把Rmax 值设大一些. 答:或者试试用小太阳符号"Fill coordination directly". 修改Diamond的默认单胞数我不知道动了什么参数让Diamond的默认单胞数为 2 了,也就是说每次一打开就是两个单胞里的不对称结构单元,在哪改回去吖? 答:菜单栏的picture-->guidance-->picture creation assistant-->destroy all atoms, bonds 项选勾,下一步-->在fill cell range with 项里选择需要的单胞数,按完成.OK!每次用diamond打开cif 文件时,在引导项中注意选择单胞数,就可以控制显示的单胞数了. 在diamond里怎么让所有一定键长的原子连起来呢如题.我怎么选connectivity,设上DMAX,按OK,不管用呢? 答:我这么做也不管用,后来就在读入cif 之后先不生成图,先在connectivity 里设定要的健长范围就可以了. 答:那是没有设上,该了之后要再点一下需设原子才行. 答:管用的,应该是你操作有问题. 怎么取消透视图我用的是 3.0 读完cif 之后出现的直接是透视图,怎么取消啊? 答:应该是用Representation Settings. 答:用central projection 命令! 绘制黄色和蓝色矩形请高手帮忙看一下图中的黄色和蓝色矩形区域如何画?通过原子建立平面时, 所得的矩形太大,不知道如何调整到所要的大小. 答: 好像Diamond里没法加这样的矩形框, 这个图好像中的矩形框应该是在其它软件中加的,或者不是用Diamond绘制的,比如,可以在Word 里加矩形框,然后设置透明度或许可以. 答:在Diamond里加平面是很大,因为平面是无限延伸的,像这种有限的平面实际是些多面体,通过共面的点建立的,像拓扑图里经常出现一些表示两个面夹角的情况,就是这么做出来的,你可以尝试一下. 答:不错,用加多面体的方法,借助哑原子可以做的. 第 4 页共13 页