NCBI使用方法详解
ncbi使用指导
ncbi使用指导导言：NCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心，是全球最大的生物信息学数据库。
NCBI提供了丰富的生物学资源，包括基因序列、蛋白质序列、科学文献等。
本文将为您介绍如何使用NCBI来获取和利用生物学信息。
一、注册NCBI账号在使用NCBI之前，首先需要注册一个账号。
在NCBI官方网站（）的主页上，点击右上角的“Sign In”按钮，并选择“Register for an NCBI account”。
根据提示提供相关信息，完成注册流程。
二、搜索和获取基因序列1. 打开NCBI网站后，点击主页上的“Search”按钮，进入搜索页面。
2. 在搜索框中输入您感兴趣的基因名称或者序列标识符，如“BRCA1”。
3. 点击“Search”按钮进行搜索。
4. 在搜索结果中，选择您需要的基因序列，点击链接进入该基因的详细信息页面。
5. 在详细信息页面中，您可以获取该基因的序列信息，可以下载或拷贝该序列以供后续分析使用。
三、检索科学文献1. 在NCBI主页上方的搜索框中，选择“PubMed”为搜索目标。
2. 输入您感兴趣的科学文献关键词，如“cancer treatment”。
3. 点击搜索按钮进行检索。
4. 在搜索结果中，选择您需要的文献，点击链接进入该文献的详细页面。
5. 在详细页面中，您可以阅读文章摘要，并根据需要下载全文或进行其他操作。
四、利用NCBI工具进行序列分析1. 在NCBI主页上方的菜单栏中，选择“Tools”进行工具选择。
2. 根据您的需求选择相应的工具，如“BLAST”进行序列比对分析。
3. 进入选择的工具页面后，按照提示上传或输入您的序列数据。
4. 设定参数并运行分析。
5. 分析完成后，您可以查看比对结果、序列保守性等信息，并进行进一步的分析和解释。
五、订阅NCBI数据库更新信息1. 在NCBI主页上方菜单栏中选择“NCBI Account”。
ncbi使用指导
ncbi使用指导摘要：一、NCBI简介1.NCBI的定义与作用2.NCBI的主要数据库二、NCBI数据库的使用1.基因数据库1.1 基因序列数据库1.2 基因表达数据库1.3 基因调控数据库2.蛋白质数据库2.1 蛋白质序列数据库2.2 蛋白质结构数据库3.核酸序列数据库3.1 核酸序列数据库概述3.2 核酸序列数据库的使用方法4.文献数据库4.1 PubMed简介4.2 如何利用PubMed进行文献检索三、NCBI工具的使用1.基因芯片数据分析工具2.基因序列比对工具3.蛋白质结构预测工具四、NCBI的进阶使用技巧1.如何利用NCBI进行基因注释2.如何利用NCBI进行基因家族分析3.如何利用NCBI进行共表达网络分析正文：一、NCBI简介CBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）是一个提供生物信息学资源的网站，它为全球科研工作者提供了大量的生物学数据和工具。
NCBI的主要数据库包括基因数据库、蛋白质数据库、核酸序列数据库和文献数据库等。
二、NCBI数据库的使用1.基因数据库基因数据库包括基因序列数据库、基因表达数据库和基因调控数据库。
基因序列数据库提供了大量的基因序列信息，用户可以通过关键词搜索、序列相似性搜索等方式找到需要的基因序列。
基因表达数据库则提供了基因在不同生物体、不同组织、不同发育阶段的表达信息。
基因调控数据库则包含了基因调控相关的信息，如启动子、转录因子结合位点等。
2.蛋白质数据库蛋白质数据库包括蛋白质序列数据库和蛋白质结构数据库。
蛋白质序列数据库提供了蛋白质的氨基酸序列信息，用户可以通过序列相似性搜索找到相似的蛋白质序列。
蛋白质结构数据库则提供了蛋白质的三维结构信息，用户可以通过结构域、功能域等关键词搜索需要的蛋白质结构。
3.核酸序列数据库核酸序列数据库包括DNA序列数据库和RNA序列数据库。
ncbi使用方法
ncbi使用方法（原创版4篇）《ncbi使用方法》篇1CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写，它提供了许多生物学和生命科学相关的数据库和工具。
以下是使用NCBI 的一些基本方法：1. 核酸序列数据库（Nucleotide Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择核酸序列数据库，输入序列名称或序列号，然后点击“Search”按钮即可查询序列信息。
2. 蛋白质序列数据库（Protein Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择蛋白质序列数据库，输入蛋白质名称或蛋白质号，然后点击“Search”按钮即可查询蛋白质信息。
3. 基因组数据库（Genome Database）：在NCBI 主页上，可以选择基因组数据库，输入基因组名称或基因组号，然后点击“Search”按钮即可查询基因组信息。
4. 代谢通路数据库（Metabolic Pathway Database）：在NCBI 主页上，可以选择代谢通路数据库，输入代谢通路名称或代谢通路号，然后点击“Search”按钮即可查询代谢通路信息。
5. 生物投影数据库（BioProject Database）：在NCBI 主页上，可以选择生物投影数据库，输入生物投影名称或生物投影号，然后点击“Search”按钮即可查询生物投影信息。
6. 序列比对工具（Sequence Alignment Tool）：NCBI 提供了一款名为“Clustal Omega”的序列比对工具，可以在NCBI 主页上使用该工具进行序列比对。
7. 基因表达数据库（Gene Expression Database）：NCBI 提供了一款名为“GEO”的基因表达数据库，可以在NCBI 主页上查询基因表达数据。
8. 蛋白质结构数据库（Protein Structure Database）：NCBI 提供了一款名为“RCSB PDB”的蛋白质结构数据库，可以在NCBI 主页上查询蛋白质结构信息。
NCBI数据库使用方法快速入门!
NCBI数据库使用方法快速入门！
Taxonomy界面，会显示该物种的Nucleotide和Protein，选择“Protein
Protein界面，点击“RefSeq”（该数据库包括具有生物意义上的非冗余基因、转录本和蛋白序列，使用人类基因命名委员会定义的术语，并且包括了官方的基因符号和可选的符号）：
二、蛋白信息查询
、将该文件导入搜库软件，可对蛋白进行定性分析，继而得到差异蛋白。
在NCBI Protein”，并输入差异蛋白的Accession Number，点击“Search”：
Protein界面，就会显示该蛋白的信息（如氨基酸个数、蛋白名称、蛋白序列和序列等）：
一般情况下，如果蛋白质组所研究的物种已经被测序，推荐使用Uniprot数据库作为搜库的数据库，如果所研究的物种在Uniprot数据库中蛋白数据较少，推荐使用NCBI数据库进行搜库。
好了，今天的介绍就到这里，感兴趣的小伙伴们收藏起来吧~希望对大家有所帮助！。
ncbi使用指导
ncbi使用指导【原创版】目录1.NCBI 的概述2.NCBI 的使用方法3.NCBI 的数据库资源4.NCBI 的实用工具5.NCBI 的注意事项正文CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写，是一个提供生物学和医学信息的数据库和工具的官方网站。
该网站由美国国家卫生研究院（NIH）建立，旨在为科学家、医生、研究人员和学生提供免费的生物学和医学信息。
以下是 NCBI 的使用指导：一、NCBI 的概述CBI 提供了多种数据库资源和实用工具，包括基因序列、蛋白质序列、基因组信息、生物学文献等。
这些资源对于生物学和医学研究非常重要。
二、NCBI 的使用方法1.访问 NCBI 的官方网站：https:///2.在主页上，你可以看到 NCBI 提供的各种数据库和工具的链接。
你可以点击链接进入相应的数据库或工具页面。
3.在数据库或工具页面，你可以使用各种搜索框和过滤器来查找你需要的信息。
例如，在基因序列数据库中，你可以输入基因名称或序列号来查找相关的基因序列信息。
三、NCBI 的数据库资源1.基因序列数据库（GenBank）：提供了全球各种生物的基因序列信息。
2.蛋白质序列数据库（Protein Database）：提供了全球各种生物的蛋白质序列信息。
3.基因组数据库（Genome Database）：提供了全球各种生物的基因组信息。
4.生物学文献数据库（PubMed）：提供了全球生物学和医学领域的文献信息。
四、NCBI 的实用工具1.BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）：用于比较基因序列或蛋白质序列的相似性。
2.Entrez：用于在 NCBI 的数据库中搜索和获取相关的生物学信息。
3.Coffee Break：用于查看和下载基因序列或蛋白质序列的图片。
五、NCBI 的注意事项1.在使用 NCBI 的数据库和工具时，请遵守相关的知识产权和版权规定。
ncbi使用指导
NCBI使用指导1. 什么是NCBINCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心，是一个提供生物信息学相关服务的综合性数据库和资源平台。
NCBI的目标是收集、存储和分析全球生命科学研究数据，并为科学家和研究人员提供免费的访问和使用。
2. 注册和登录要使用NCBI提供的服务，首先需要注册一个账号。
在NCBI的官方网站上找到注册页面，填写相应的信息并创建账号。
注册成功后，可以使用注册邮箱和密码登录。
3. 常用功能介绍3.1 数据库搜索NCBI提供了多个数据库，包括PubMed、GenBank、BLAST等。
在首页可以看到这些数据库的链接。
通过点击相应的链接，可以进入对应数据库进行搜索。
3.1.1 PubMedPubMed是一个包含生命科学和医学文献的数据库。
在PubMed上可以搜索相关文献，并获取摘要或全文。
使用方法： - 在搜索框中输入关键词，点击搜索按钮。
- 在搜索结果页面中可以按照时间、相关度等进行排序。
- 点击文章标题可以查看详细信息。
- 可以通过邮箱将文章发送给自己或他人。
3.1.2 GenBankGenBank是一个包含DNA序列和相关注释信息的数据库。
研究人员可以在GenBank中搜索并下载DNA序列。
使用方法： - 在搜索框中输入关键词，点击搜索按钮。
- 在搜索结果页面中可以按照时间、相关度等进行排序。
- 点击序列编号可以查看详细信息。
- 可以将序列下载到本地。
3.1.3 BLASTBLAST是一种用于比对DNA、RNA或蛋白质序列的工具，可以找到与输入序列相似的序列。
使用方法： - 在搜索框中输入待比对的序列。
- 选择相应的数据库和参数设置。
- 点击搜索按钮，等待比对结果。
3.2 数据上传与下载NCBI允许用户上传自己的数据，并提供了相应的工具和接口。
同时，用户也可以从NCBI下载他人共享的数据。
NCBI使用方法介绍
NCBI使用方法介绍一、Map viewer查找基因序列，RNA，启动子下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤1、A. 打开Map viewer页面，网址为在search的下拉菜单里选择物种，for后面填写你的目的基因。
2、B. 点击“GO”：C. 在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter：说明一下：1.1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
1.2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。
现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。
我也推荐大家使用这个序列。
1.3、点击上述三条序列第一条序列（即reference）对应的"Genes seq"，出现新的页面，1.4、点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能，先对上面这张图做点简要的说明，在Sequence Format（序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为FASTA格式，还有一个是GenBank 格式。
我推荐大家选择GenBnak格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA格式只有基因序列。
1.5、在Sequence Format后选择GenBank，然后点击下面的Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。
在上述打开的网页中，你可以看到基因长度，基因序列，以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。
你会看到: mRNA join(3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..8394) 这代表了从基因的3598位开始就是转录区了，即我们常说的mRNA 片断，由于内含子的存在，所以mRNA在DNA序列上分成了几段。
ncbi的使用方法
ncbi的使用方法
1.功能：
-在NCBI网站的主页上，可以找到一个栏。
在栏中输入关键词，可以特定的基因、蛋白质、序列或文献等。
-在结果页面中，可以使用筛选器（过滤器）来缩小范围，例如按照物种、文章类型、出版日期等进行筛选。
2.数据库浏览：
- NCBI拥有多个数据库，包括GenBank、PubMed、Protein、Nucleotide等。
用户可以通过点击导航栏上的“主页”选择相应的数据库。
- 在每个数据库页面上，用户可以找到相关的方法和信息。
例如，在GenBank数据库页面上，用户可以和浏览基因序列的信息。
- NCBI 的PubMed数据库提供了数百万篇生物医学文献的摘要和全文信息。
用户可以通过在栏中输入关键词来特定的文献。
- 在结果页面上，用户可以点击文章标题来查看摘要，进一步点击“Full Text”或“PDF”链接来获取全文。
一些文章可能需要订阅或付费获取。
- 用户还可以使用PUBMED Central（PMC）数据库来获取免费的全文文章。
4.序列和分析：
- NCBI 的Nucleotide和Protein数据库提供了大量的基因和蛋白质序列。
用户可以通过在栏中输入基因或蛋白质的名称、序列号或其他相关信息来相应的序列。
- NCBI还提供了一些序列分析工具，例如BLAST（Basic Local Alignment Search Tool），可以对新序列进行比对和分析。
6.创建和保存历史：
7.利用NCBIAPI：。
NCBI(美国国立生物技术信息中心)使用方法
雨的印记乮潜伏系列乯NCBI(美国国立生物技术信息中心)资源介绍及使用手册 作者：未知 来源：中科院上海生命科学研究院生物信息中心 时间：2006-12-27 NCBI 资源介绍本文目录：NCBI(美国国立生物技术信息中心) 简介NCBI 站点地图NCBI 癌症基因组研究NCBI －Coffee BreakNCBI －基因和疾病NCBI －UniGeneCluster of Orthologous Groups of proteins（COG ）介绍Gene Expression Omnibus （GEO ）介绍 LocusLink 介绍 关于RefSeq ：NCBI 参考序列 NCBI(美国国立生物技术信息中心)简介介绍理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。
通过只有四个字母来代表DNA 化学亚基的字母表，出现了生命过程的语法，其最复杂形式就是人类。
阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。
数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。
挑战在于发现新的手段去处理这些数据的雨的印记乮潜伏系列乯容量和复杂性，并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具，以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。
国立中心的建立后来的参议员Claude Pepper 意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性，发起了在1988年11月4日建立国立生物技术信息中心（NCBI ）的立法。
NCBI 是在NIH 的国立医学图书馆（NLM ）的一个分支。
NLM 是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的，而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。
NCBI 的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。
它的使命包括四项任务： 建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分析的自动系统 实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的，先进方法的研究 加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解
N C B I在线B L A S T使用方法与结果详解BLAST Basic Local Alignment Search Tool是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具;BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较;BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明;BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列;Blast中常用的程序介绍：1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询;库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对;2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询;先将核酸序列翻译成蛋白序列一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白,再对每一条作一对一的蛋白序列比对;3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询;库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对;4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询;与BLASTX相反,它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列,再同所查序列作蛋白与蛋白的比对;5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询;此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列,这样每次比对会产生36种比对阵列;NCBI的在线BLAST：下面是具体操作方法1,进入在线BLAST界面,可以选择blast特定的物种如人,小鼠,水稻等,也可以选择blast 所有的核酸或蛋白序列;不同的blast程序上面已经有了介绍;这里以常用的核酸库作为例子;2,粘贴fasta格式的序列;选择一个要比对的数据库;关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明;一般的话参数默认;3,blast参数的设置;注意显示的最大的结果数跟E值,E值是比较重要的;筛选的标准;最后会说明一下;4,注意一下你输入的序列长度;注意一下比对的数据库的说明;5,blast结果的图形显示;没啥好说的;6,blast结果的描述区域;注意分值与E值;分值越大越靠前了,E值越小也是这样;7,blast结果的详细比对结果;注意比对到的序列长度;评价一个blast结果的标准主要有三项,E值Expect,一致性Identities,缺失或插入Gaps;加上长度的话,就有四个标准了;如图中显示,比对到的序列长度为1405,看Identities这一值,才匹配到1344bp,而输入的序列长度也是为1344bp看上面的图,就说明比对到的序列要长一点;由Qurey起始1和Sbjct起始35的起始位置可知,5'端是是多了一段的;有时也要注意3'端的;附：E值Expect：表示随机匹配的可能性,E值越大,随机匹配的可能性也越大;E值接近零或为零时,具本上就是完全匹配了;一致性Identities：或相似性;匹配上的碱基数占总序列长的百分数;缺失或插入Gaps：插入或缺失;用"—"来表示;。
ncbi使用指导
ncbi使用指导NCBI是美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information）的缩写，是一个提供生物医学和遗传学相关数据和信息的数据库。
NCBI提供了许多工具和资源，以帮助研究人员在基因组学、蛋白质学、遗传学和生物信息学等领域进行研究。
以下是使用NCBI的一些基本指南：1. 访问NCBI网站：使用任何现代网络浏览器，打开NCBI的主页（https://）即可开始使用。
2. 搜索文献：在NCBI主页上的搜索框中，输入你要搜索的关键词，如基因名、疾病名或其他相关的信息。
点击“搜索”按钮，即可看到与你的搜索关键词相关的论文和研究。
3. 搜索序列：如果你希望搜索某个特定基因或蛋白质的序列，可以使用“基因”或“蛋白质”选项卡下的搜索工具。
在搜索框中输入你要搜索的序列信息，点击“搜索”按钮，即可找到与该序列相关的信息和研究。
4. 访问数据库：NCBI提供了许多数据库，如GenBank（基因组数据库）、PubMed（文献数据库）和BLAST（序列比对工具）。
你可以使用NCBI的导航菜单，选择你感兴趣的数据库进行浏览和搜索。
5. 下载数据：在NCBI的数据库中，你可以找到大量的基因组序列、蛋白质序列和其他相关数据。
你可以通过点击数据记录的链接，进入详情页，然后选择下载你需要的数据文件或信息。
6. 利用NCBI工具：NCBI还提供了一些生物信息学工具，如BLAST（序列比对工具）、Primer-BLAST（引物设计工具）和Gene Expression Omnibus（基因表达数据库）。
你可以使用这些工具进行基因序列比对、引物设计和基因表达分析等。
7. 阅读文献：NCBI的PubMed数据库是一个广泛的生物医学文献数据库，你可以使用关键词搜索文献，并阅读或下载全文。
你还可以使用PubMed Central（PMC）访问免费的全文文章。
总之，NCBI是一个丰富的生物医学信息资源，提供了许多工具和数据库，以帮助研究人员进行基因组学和生物信息学研究。
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解NCBI在线BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种广泛使用的生物信息学工具，用于比对和分析DNA、RNA或蛋白质序列。
它可以对已知和未知序列进行，找到与查询序列相似的序列，并提供有关相似性和功能的信息。
使用NCBI在线BLAST可以分为四个主要步骤：选择BLAST程序，输入查询序列，选择目标数据库，解析和分析结果。
第一步：选择BLAST程序NCBI提供了多种BLAST程序可供选择，包括BLASTN（DNA对DNA的比对）、BLASTP（蛋白质对蛋白质的比对）、BLASTX（DNA对蛋白质的比对）等。
根据实际需求选择相应的BLAST程序。
第二步：输入查询序列在查询序列的文本框中输入待比对的序列。
可以输入单个序列，也可以上传包含多个序列的文件。
如果输入的序列是DNA或RNA序列，需要选择相应的序列类型。
此外，还可以选择是否使用掩码序列或低复杂性筛选来优化比对结果。
第三步：选择目标数据库用户可以选择目标数据库来与查询序列相似的序列。
NCBI提供了多个常用的数据库，如nr（非冗余蛋白质数据库）、nt（核酸数据库）等。
此外，还可以选择特定的物种数据库来限制比对范围。
第四步：解析和分析结果在BLAST运行完成后，会生成一个结果页面，其中包含了比对结果的详细信息。
结果页面包括比对统计信息、序列比对图、E值、分数等。
通过分析这些信息，可以了解查询序列与目标数据库中的序列之间的相似性和可能的功能。
此外，NCBI在线BLAST还提供了一些高级选项，例如使用特定的算法或参数来进行比对、设置比对阈值、选择比对输出格式等。
这些选项可以根据实际需求进行调整。
总结起来，使用NCBI在线BLAST可以通过选择BLAST程序、输入查询序列、选择目标数据库以及解析和分析结果来比对和分析序列。
通过权衡算法和参数选择，在特定数据库中找到与查询序列相似的序列，从而获得有关其相似性和功能的信息。
ncbi使用指导
NCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information）的简称，是美国国立卫生研究院（NIH）资助的专门网站，为全世界科研人员提供大量的生物信息学数据库和信息服务。
在使用NCBI时，有几个常用的服务和工具需要注意：一、PubMedPubMed是NCBI的一个主要数据库，是一个免费的搜索工具，专门为检索生物医学文献而设计。
它包含了超过1300万篇生物医学论文，覆盖从1950年代开始至现在的所有生物医学研究。
使用步骤如下：1. 输入你想要查询的关键词或者题目，可以输入英文关键词或者作者名字，并使用逻辑词组合查询。
2. 可以使用"AND"组合多个关键词进行查询，比如在搜索框中输入“lung cancer AND chemotherapy”。
3. 在搜索结果页面，你可以查看每个文献的摘要和链接到原始的研究文章。
如果想要查看更详细的信息，可以直接点击论文标题进入PubMed数据库查看。
二、NCBI BLASTBLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种用于比较序列的工具，可以帮助你查找和比较基因、DNA、RNA和蛋白质序列。
它可以帮助你找到与你的序列最匹配的已知序列。
使用步骤如下：1. 打开NCBI的BLAST主页，选择合适的BLAST工具，如BLASTP（蛋白质序列比对）、BLASTN （DNA序列比对）等。
2. 输入你的序列，可以选择从数据库下载的序列或者自己输入的序列。
3. 选择合适的数据库，如NCBI GenBank、SwissProt等，然后点击“BLAST”按钮开始搜索。
4. BLAST会返回与你输入序列最匹配的序列及其相关信息，如相似度、E值等。
三、GEO基因表达数据库GEO（Gene Expression Omnibus）是一个公开可用的基因表达数据库，包含了许多组织和疾病类型的数据。
NCBI使用方法
NCBI使用方法NCBI（National Center for Biotechnology Information）是一个提供生物学数据库和工具的公共资源。
它提供了许多与生物学相关的数据库，如基因、蛋白质、序列、文献等。
这些数据库对于生物学研究者和生物信息学家来说是非常有用的。
本文将介绍如何使用NCBI进行常见的生物学研究。
另一个常用的NCBI数据库是GenBank，它是一个包含DNA序列、RNA序列和蛋白质序列的数据库。
要在GenBank中查找特定序列，可以在NCBI主页中的框中输入序列信息，如基因名称、序列碱基或蛋白质序列；还可以输入序列的GenBank号、Accession号或序列的FASTA格式。
点击后，系统会返回与查询相关的序列记录。
每个记录都包含序列信息、注释和相关文献等。
当找到感兴趣的序列后，可以查看其详细信息。
如果序列是基因，可以了解它的基因组位置、启动子区域、外显子和内含子等信息。
如果序列是蛋白质，可以了解其氨基酸序列、结构、功能等信息。
此外，在GenBank中还可以找到与特定序列关联的其他序列记录，如同一基因的多个转录本、同源基因等。
除了PubMed和GenBank外，NCBI还提供了许多其他有用的数据库和工具。
例如，BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一个用于比较序列相似性的工具，可以帮助找到特定序列的同源序列。
通过输入查询序列，BLAST可以在NCBI的数据库中相似的序列，并对它们进行比对。
这对于鉴定未知序列的功能以及研究序列进化关系非常有用。
此外，NCBI还提供了一些用于序列分析和生物信息学研究的工具。
例如，COBALT（Constraint-Based Multiple Alignment Tool）可以用于多序列比对，Open Reading Frame Finder可以用于预测DNA序列中的开放阅读框，而RefSeq database则提供了高质量的基因组和蛋白质序列等。
ncbi使用指导
ncbi使用指导摘要：一、NCBI 简介1.NCBI 的定义和作用2.NCBI 的主要数据库二、NCBI 数据库使用方法1.基因数据库查询2.蛋白质数据库查询3.核酸序列数据库查询4.文献数据库查询三、NCBI 工具使用方法1.BLAST 工具2.ClustalW 工具3.Primer-BLAST 工具四、NCBI 的高级功能1.基因变异数据库查询2.基因表达数据库查询3.基因组数据库查询正文：一、NCBI 简介CBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）是一个提供生物科学和生物医学研究的公共资源网站。
它包含了大量的生物学和医学信息，为科研工作者提供了便捷的生物信息学资源。
NCBI 的主要数据库包括基因数据库、蛋白质数据库、核酸序列数据库和文献数据库等。
二、NCBI 数据库使用方法1.基因数据库查询基因数据库（Gene Database）是NCBI 的核心数据库之一，包含了大量已知的基因信息。
用户可以通过基因名称、序列标签、转录因子结合位点等信息进行查询。
查询结果包括基因的详细信息、基因序列、表达数据等。
2.蛋白质数据库查询蛋白质数据库（Protein Database）包含了大量已知的蛋白质信息，包括蛋白质序列、功能域、结构域等。
用户可以通过蛋白质名称、序列、功能等信息进行查询。
查询结果包括蛋白质的详细信息、序列、结构等。
3.核酸序列数据库查询核酸序列数据库（Nucleotide Database）包含了大量已知的核酸序列信息，包括基因组序列、cDNA 序列等。
用户可以通过序列名称、物种等信息进行查询。
查询结果包括核酸序列的详细信息、序列等。
4.文献数据库查询文献数据库（PubMed Database）是生物医学领域的文献摘要数据库，收录了大量的生物学和医学文献。
用户可以通过关键词、作者、杂志等信息进行查询。
查询结果包括文献的详细信息、摘要等。
NCBI使用攻略
（一）DNA序列比对分析一）两个DNA序列的相似性比对分析1．进入NCBI主页（）2. 点击所有资源（All Resources）3．点击工具栏目（Tool）点击进入。
5. 找到Specialized BLAST，点击Align two (or more) sequences using BLAST (bl2seq)6. 将序列1复制、黏贴到Enter Query Sequence框中。
7. 将序列2复制、黏贴到Enter Subject Sequence框中。
8. 在Program Selection下面，选择Highly similar sequences (megablast) （高度相似序列）或其他分析程序9、点击BLAST按钮，进行比对分析。
10、观察、记录和分析两序列比对结果。
二）待查DNA序列与国际基因数据库中已有DNA序列的相似性比对分析。
1、进入NCBI主页（）2、点击所有资源（all resources）3．点击工具栏目（Tool）点击进入。
5．在Basic BLAST下，找到nucleotide blast（Search a nucleotide database using a nucleotide query），点击进入。
6. 将DNA序列复制、粘贴到Enter Query Sequence下面的方框中。
7. 在Choose Search Set栏目下，选择others数据库8. 选择Highly similar sequences (megablast)或其他程序。
9. 按BLAST按钮。
10. 观察、记录和分析DNA序列与国际基因库已有序列的比对结果。
（二）DNA序列开放阅读框的分析1．进入NCBI主页（）2．点击所有资源（all resources (A-Z) ）3．点击工具栏目（Tool）4. 找到Open Reading Frame Finder (ORF Finder)，点击进入。
NCBI使用方法详解
NCBI使用方法详解NCBI是美国国家图书馆国家医学院的生物信息学中心（National Center for Biotechnology Information）的缩写。
该中心为生物学研究提供了大量的数据库资源和工具，供科学家和研究人员使用。
NCBI的数据库涵盖了生物学、医学和生物化学等领域的各种数据，包括基因序列、蛋白质序列、文献数据等。
这些数据资源可以帮助研究人员进行基因和蛋白质的功能注释、序列比对、基因表达分析等生物信息学分析。
以下是NCBI的使用方法的详细介绍。
1.访问NCBI网站2.注册NCBI账号如果是第一次使用NCBI，建议注册一个账号。
点击页面右上方的“Sign In”按钮，再选择“Register for an NCBI Account”选项，根据指引填写必要的信息，完成注册。
3.和浏览数据库NCBI提供了多个数据库，如Pubmed（文献数据库）、GenBank（基因序列数据库）和Protein（蛋白质序列数据库）等。
在首页的框中输入关键词，即可相应的数据库。
4.进行基因和蛋白质的序列比对在NCBI中进行序列比对，可以使用BLAST（基本局部序列比对工具）或者BLAST+（改进版局部序列比对工具）工具。
点击首页的“BLAST”链接，选择相应的工具，输入查询序列，选择目标数据库和参数，点击“Submit”按钮开始比对。
5.获取文献信息NCBI的Pubmed数据库包含了大量的科学文献，可以通过关键词或是使用高级功能来获取所需的文献。
在结果页面，可以查看摘要、全文以及相关的引用文献。
6.分析基因表达数据NCBI提供了一系列工具，用于分析基因表达数据，如GEO（基因表达数据库）和SRA（短读测序存储库）等。
可以在首页的“Datasets”菜单中选择相应的工具，上传或所需的基因表达数据进行分析。
7.获取基因和蛋白质的注释信息NCBI的GenBank和Protein数据库中包含了大量的基因和蛋白质的序列和注释信息。
ncbi使用方法
ncbi使用方法NCBI (National Center for Biotechnology Information) 是一个提供生物信息学工具和数据库的资源。
它为生物学家和研究人员提供了许多用于分析和研究生物信息的工具和数据库。
以下是一些使用 NCBI 的基本方法。
1.注册和登录：2. PubMed ：3.基因组检索和比对：NCBI 提供了多个基因组数据库，如 GenBank 和 RefSeq。
这些数据库包含了大量的基因组序列和注释信息。
您可以使用 BLAST 工具来进行基因组比对。
在 NCBI 的主页上点击 BLAST 链接，选择您要比对的数据库和序列类型，然后输入您的查询序列。
点击按钮后，您将获得与查询序列匹配的相关结果。
4.基因和蛋白质序列：如果您有一个具体的基因或蛋白质序列，您可以使用 NCBI 提供的工具进行。
在 NCBI 的主页上找到“nucleotide”或“protein”链接，然后在框中输入您的序列。
点击按钮后，您将获得与查询序列相关的数据库记录和注释信息。
6.文献管理：7.数据库交叉：NCBI 提供多个数据库，它们彼此之间可能存在关联。
您可以利用NCBI 的链接和工具来进行数据库间的交叉。
例如，在 PubMed 的结果中，您可以找到与其他数据库相关的链接和注释信息。
8.其他工具和资源：总结起来，NCBI提供了丰富的生物信息学工具和数据库，可以帮助生物学家和研究人员在基因组学、生物医学和其他生物领域进行各种类型的研究和分析。
熟练掌握NCBI的使用方法将能够提高您在生物信息学研究中的效率和准确性。
NCBI使用方法详解
NCBI使用方法详解NCBI（National Center for Biotechnology Information）是一个国际知名的生物技术信息中心，在生物信息学和生物医学研究领域起到重要的引领和支持作用。
在NCBI中，可以获取到海量的生物信息资源，同时也提供了一系列的工具和数据库，方便研究人员进行生物信息分析和研究。
本文将详细介绍NCBI的使用方法。
一、注册和登录在使用NCBI之前，首先需要注册一个账号。
在NCBI主页上，点击右上角的“Sign in to NCBI”按钮，然后选择“Register for an NCBI account”选项。
二、浏览和NCBI提供了海量的生物信息资源，可以通过浏览或者的方式来获取所需的信息。
1.浏览NCBI的主页上展示了许多重要的生物学数据库和工具，如Pubmed、Gene、BLAST等。
通过点击相应的链接，可以进入到对应的数据库或工具页面，进行浏览和。
2.NCBI提供了集中化的检索系统，可以通过关键词或者序列等信息进行。
在NCBI主页的框中输入关键词，然后点击“Search”按钮，即可进行。
结果中会显示相关资源的链接，点击链接即可进入具体的资源页面。
三、基因和序列NCBI提供了全面的基因和序列数据库，方便用户查找和获取相关信息。
1. Gene数据库Gene数据库是一个基因注释和浏览数据库，包含了所有已知的基因信息。
在NCBI主页的框中输入基因名或者ID，然后选择“Gene”选项，点击“Search”按钮即可进行。
结果中会显示与输入关键词相关的基因信息，点击链接即可进入基因信息页面，查看基因注释、对应的序列、蛋白质信息等。
2. Nucleotide数据库Nucleotide数据库是一个存储和管理核酸序列的数据库，包含了各种生物组织中的DNA和RNA序列信息。
在NCBI主页的框中输入序列的名称、ID或者序列本身，然后选择“Nucleotide”选项，点击“Search”按钮即可进行。
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一步一步教你使用NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST序列比对等作者：urbest2007-8-1苏州大学生命科学学院最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST进行序列比对……，这些问题在NCBI上都可以方便的找到答案。
现在我就结合我自己使用NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下BCBI的使用。
希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下NCBI的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用STS查找已经公布的引物序列Part four 如何运用BLAST进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。
关于NCBI其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。
第一部分 利用Map viewer查找基因序列、mRNA序列、启动子（Promoter）下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer页面，网址为：/mapview/index.html 在search的下拉菜单里选择物种，for后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。
现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。
我也推荐大家使用这个序列。
4．点击上述三条序列第一条序列（即reference）对应的"Genes seq"，出现新的页面，页面下方为：5．点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能，结果如图所示：先对上面这张图做点简要的说明，在Sequence Format（序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为FASTA格式，还有一个是GenBank格式。
我推荐大家选择GenBnak 格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA格式只有基因序列。
6．在Sequence Format后选择GenBank，然后点击下面的Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。
点击后如图所示（网页较大，只抓取一小部分以作示范）：在上述打开的网页中，你可以看到基因长度，基因序列，以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。
你会看到: mRNA join(3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..8394) 这代表了从基因的3598位开始就是转录区了，即我们常说的mRNA片断，由于内含子的存在，所以mRNA在DNA序列上分成了几段。
CDS join(3660..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..7970)CDS代表编码序列，即蛋白编码区是从3660开始的（ATG），由于剪接作用所以CDS区也是不连续的。
说到这里，可能很多朋友都已经明白了promoter即启动子区域在哪里了。
但我还是再唠叨几句：转录起始位点前面是基因的调控区，启动子区没有明显的位置定义，大家也只是猜测它的大体位置，如果你要研究promoter区的话，建议你选择转录起始位点前的2000个碱基进行研究，一般默认的是这样。
当然你如果觉得长度太长不好研究的话，也可以只研究-1000到0这一千个碱基，因为一般情况下，启动子区的变异都在这个区域内。
这样大家就可以找到自己的目的基因序列和启动子了，这种方法可能使用的人不是很多，但我个人比较喜欢，因为它最大的优点是可以找到启动子区域和其他调控区域。
希望大家可以发帖交流，让我们把NCBI用的更好！第二部分 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列（依然以人类的IL6为例）1．进入NCBI主页：/在search后面选择Gene，在for后面填写需要查找的基因的名字。
如图所示：点击“Go”，出现以下界面：出现了很多基因序列，在每个序列的右边还有“Order cDNA clone” 的链接，这些序列中有些序列是跟你的目的基因同名的，有些是别名（Other Aliases）与你的目的基因一致，根据每个序列的介绍认真选择你的目的基因。
上图中我需要的IL6是标号为2的序列。
2.1 查找cDNA序列2.1.1 点击Order cDNA clone, 出现目的页面如图所示：2.1.2 点击Clone Sequence后面的链接即可得到cDNA序列。
点击后如图所示（只抓取其中一部分）：2.2 查找mRNA、蛋白序列回到步骤1点击“Go”之后出现的页面，点击目的基因的名字，出现以下页面(只抓取相关部分)：页面的下半部分，即可以获取mRNA和蛋白序列的部分：找到“NCBI Reference Sequences (RefSeq)”，它分为几个板块，第一个“mRNA and Protein”区可以让我们找到连续的编码mRNA序列和蛋白序列。
在mRNA and Protein下面有两个序列代码（中间划有一个箭头），这代表了mRNA序列和蛋白序列。
分别点击就可以得到相应的序列页面。
点击后如图所示，mRNA序列：蛋白序列如下：NCBI Reference Sequences (RefSeq)的第二个板块是Reference assembly，它下面显示的是Genomic ，点击Genomic下面Reference assembly对应的Genbank或FASTA即可出现编码的DNA序列（注意：只是编码序列，其中包括内含子，但一般没有5‘非编码区）。
这一步就不做贴图演示了吧，呵呵。
这样我们就可以找到基因的cDNA序列、连续的编码mRNA序列、蛋白序列以及含有内含子的编码DNA序列了。
相信这些操作对很多战友还是有用的。
如果大家有更好的方法，欢迎发帖交流！友情提示：在NCBI里打开的每一个页面都会给我们提供大量的信息，大家不妨好好看看，可能会有令我们惊喜的收获！最后唠叨一句：最近我实验比较忙，只能在深夜发帖，可能要过几天再发第三部分[Part three 运用STS查找已经公布的引物序列]，希望“期待下集”的朋友可以理解。
第三部分 运用STS查找已经公布的引物序列STS，序列标签位点（Sequence Tagged Site）：一段短的DNA序列（200－500个碱基对），这种序列在染色体上只出现一次，其位置和碱基顺序都是已知的。
在PCR反应中可以检测处STS来，STS适宜于作为人类基因组的一种地标，据此可以判定DNA的方向和特定序列的相对位置。
以上内容基本是STS的定义，我主张活学活用，下面就介绍一下我个人用STS数据库查找引物的一点经验。
还是使用人的IL6基因为例，呵呵1． 打开NCBI主页，在Search后面的下拉菜单选择UniSTS，在FOR后面填写目的基因。
操作完毕如图所示：点击GO以后出现以下页面，这是你会发现NCBI又提供了很多序列，下面我们还是要初步筛选我们需要的序列。
2．根据物种、目的阴物所在染色体的位置等选择相应序列（可能不只一个），点击。
下面以点击第一个进入的画面为例。
你会发现这个页面直接就给出了引物序列，PCR之后的片段长度也是给了的（247bp）。
下面还有很多相关的信息……3．点击GeneBank Accession 后面的代码，进入下一个页面。
啊！前后引物都呈现在眼前了，还有反应体系和反应条件！其中Primer A是前引物序列，Primer B则是后引物序列，并且给出了他们在DNA序列中的位置。
有兴趣的朋友可以在序列中找一下，是可以找到的， 不过要注意，PCR是双链扩增，在序列中可以直接找到的是Primer A的原序列 和 Primer B的互补序列。
在步骤二里面我只点开了一个序列，继续打开其他的可能还会有对自己有用的引物，不过这要你自己慢慢发掘了。
这种寻找引物的方法有点投机取巧的味道，实用程度不是很高，但如果这里面恰好有你想P的片段的话，恭喜你，这些引物都是很成熟的引物，可以直接拿过来使用了。
如果想寻找引物，大家可以查阅相关论文，已经报道的引物我们为什么不用呢？！既省时间，可靠性又强。
如果这两种方法都不能找到你需要的引物的话，那就自己设计吧，建议使用Primer 5 和 Oligo。
引物设计的详细内容我在这里就不多说了，推荐两个帖子给大家看一下，第一个是本版版主liuzeyi2002发起的，内容很丰富，很值得学习，另一个则是我发的。
/bbs/post/view?bid=64&id=9517792&sty=1&tpg=1&age=0/bbs/post/view?bid=67&id=9523263&sty=1&tpg=1&age=0第四部分 如何运用BLAST进行序列比对、检验引物特异性提到序列比对，绝大多数战友都会想到BLAST，但BLAST的使用确实又是一个很大的难题，因为他的功能比较强悍，里面涉及到的知识比较多，而且比对结束后输出的结果参数（指标）又很多。
如果把BLAST的使用详细的都讲出来，我想我发帖发到明天也发不完，更何况我自己也不是完全懂得BLAST的使用。
所以我在这里也就“画龙点睛”——以比对核酸序列为例来给大家介绍一下BLAST的使用，也算是BLAST的入门课程吧。
请看帖的战友好好体会，如果你用心看，在看帖完毕之后BLAST的基本使用（包括其他序列的比对）应该没有问题了。
1．打开BLAST页面，/BLAST/ 打开后如图所示：对上面这个页面进行一下必要的介绍：BLAST的这个页面主体部分（左面）包括了三部分：BLAST Assembled Genomes、Basic BLAST、Specialized BLAST。
相信大家可以看懂这三个短语的意思，我就不多说了；我要说的是，可以认为这是三种序列比对的方法，或者说是BLAST的三条途径。