discover分子动力学软件使用攻略

1、现在发现，好像最好不要进行SHAKE处理。那么步长就为0.001.

2、并且，如果你想画从时间为0开始的图的话，你就需要不要把最后一个构象拷贝到新窗口，只需打开上一步的输出结果，然后把最后一个构象在table中的conformation点中最左边数字，使其成为active。

3、把保存的频率改为1000也许文件更小些，更好点。

4、equilibration时间尽量长点，也许500ps更合适。你要做总能量对时间作图，看稳定否，做temperature 对time作图，看稳定否。有时，后者变化一直很大。并且，我还遇到一个问题，就是做production 经常出错。不知道什么原因。

5、希望大家伙继续补充个人使用经验。

再次更新（也许是last）：

先加溶剂分子，记住要加抗衡离子。Cell shape选择加水子最少的也许好点，记住最好把Minimum Distance From Boundary设置大一点，如12。不过计算会变慢。

然后把多肽进行Steepest Descent，即最陡下降法进行minimization，先限制多肽，用tools中的simulation 中的constraints中的create fix atom constraints处理，其中把模建最好的结果用CHARMm力场，作为input typed molecular的分子，max steps选择6000，electrostatics选择particle mesh ewald，algorithm 为Steepest Descent，number of processors选择2，使RMS Gradient为0.1，用最陡下降法优化水分子6000步。

然后把结果用Conjugate Gradient即共轭梯度法优化6000步，限制为fix，rms gradient设为0.001，electrostatics选择particle mesh ewald，number of processors选择2，其它参数默认。

然后把fix删除。即在hierarchy中用delete删除。

然后，进行Steepest Descent，即最陡下降法进行minimization，max steps选择6000，electrostatics 选择particle mesh ewald，number of processors选择2，使RMS Gradient为0.1，用最陡下降法优化6000步。做完之后，用tools中的protein modeling中的protein health中的check structure处理，看看结构变好没有。有时候结果会很坏，那么就希望在以后的优化中，结果会越来越好。主要是把时间设置长一点。

然后用共轭梯度法优化6000步，rms gradient设为0.001（看实验而定），electrostatics选择particle mesh ewald，number of processors选择2，其它参数默认。做完之后，用protein model中的check structure 处理，看看结构变好没有。有时候结果会很坏，那么就希望在以后的优化中，结果会越来越好。

然后进行dynamics(heating or cooling),其中input typed molecular为上步conjugate gradient法得到的outputfile（包含水分子和离子），steps设置为100000，save results frequency为1000，electrostatics为particle mesh ewald，heating save restart file为true，number of processors选择2，没有限制常数，其它

参数默认。温度当然要看你的试验情况了。做完之后，用protein

model中的check structure处理最后一个构象（需要把最后构象复制到新窗口，即选中最后一列数字，然后在hierarchy中点击右键选择copy，然后选择file-new-3d windows，然后paste），看看结构变好没有。

然后进行dynamics(equilibration)，其中input typed molecular为上步dynamics(heating or cooling) 中的output中结果（要包括水分子和离子，不用复制最后构象到新窗口，只要打开含有全部构象的文件就行），记住把最后一个构象变为active（即选中最后一列数字），温度当然要看你的试验情况了,steps 设置为500000，save results frequency为1000，constant pressure为true（根据实验而定），electrostatics 为particle mesh ewald，equilibration save restart file为true，其中equilibration restart file为上步得到的output中的rst文件，number of processors选择2，其它参数默认。

然后进行dynamics（production），其中的input type molecular为上步dynamics(equilibration)中output 中的结果（要包括水分子和离子，不用复制最后构象到新窗口，只要打开含有全部构象的文件就行），记住要把最后一个构象选中（即选中最后一列数字），使其变为active，温度当然要看你的试验情况了，steps设置为1000000，save results frequency为1000，production type为NPT（根据你实验情况而定），electrostatics为particle mesh ewald，production restartfile为上步得到的output中的rst文件，production save restart file为true，number of processors选择2，其它参数默认。用protein

model中的check structure处理最后一个构象（需要把最后构象复制到新窗口），看看结构变好没有。时间可以设置更长，现在好象要求越来越长了。不过，我一般开始先跑500ps，然后才1ns。主要怕出错。

这是我的基本步骤，主要处理蛋白质的，并且加了水分子和离子，不知道有什么不足。对于小分子，可能没有这么麻烦，可以用最简单的方法进行优化（即进行minimization时，algorithm选择smart minimizer处理，其中implicit solvent model选择GBSW，max steps选择5000，其它默认）。对于蛋白质用隐形模型处理的话，Implicit Solvent Model最好选择GBSW, Electrostatics最好为Spherical Cutoff。综上，也许有不对之处请指出。谢谢！

说句题外话，分区格式最好为NTFS，因为FAT32最大支持文件为4G。

更新：

好像跑平衡跑500ps太少，我打算先跑2ns，再跑production。因为我做的东西总是production出错。