曙光高性能集群系统使用及管理-201408
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运行程序的命令及PBS环境变量设置组成PBS作业脚本，格式如下： • • • • 注释以“#”开头 PBS指令以“#PBS”开头 SHELL命令 运行程序的命令及PBS #PBS -N test #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -l walltime=12:00:00 #PBS -q batch cd $PBS_O_WORKDIR mpirun ./test.exe
cd $PBS_O_WORKDIR LOGFILE=openmpi.log NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`
echo my job id is $PBS_JOBID | tee $LOGFILE echo run nodes is following: | tee -a $LOGFILE cat $PBS_NODEFILE | tee -a $LOGFILE
export PATH=/home/your_account/your_workdir:$PATH
并行程序的编译运行（openmpi）
OpenMPI 提供了C/C++，Fortran等语言的MPI编译器，如下表： 语言类型 C C++ Fortran77 Fortran90 MPI编译器 mpicc mpicxx mpif77 mpif90
并行程序的编译运行（openmpi）
编译程序： $ source /public/software/profile.d/openmpi-intel-env.sh $ mpicc -o hello hello.c $ mpif90 -o hello hello.f90 运行程序：OpenMPI 使用自带的 OpenRTE 进程管理器，启动命令为 mpirun/mpiexec/orterun，基本格式如下：
echo begin time is `date` | tee -a $LOGFILE mpirun -np $NP -hostfile $PBS_NODEFILE --mca orte_rsh_agent ssh --mca btl self,openib,sm ./cpi 2>&1 | tee -a $LOGFILE echo end time is `date` | tee -a $LOGFILE
Windows 用户推荐使用RealVNC软件，登录时输入集群 登录节点IP地址加VNC会话号即可：
$ vncviewer [登录节点IP地址]:[session number]
Linux 用户可直接在命令行终端中执行 vncviewer 命令
Gridview Web 登录
普通用户可通过Web方式登入曙光GridView集群管理系统， 进行查看、监控、和使用等操作。 在浏览器中输入以下URL即可出现登录界面：
普通用户可通过Web方式登入曙光GridView集群管理系统， 进行查看、监控、和使用等操作。 在浏览器中输入以下URL即可出现登录界面：
http://*.*.*.*:6080/gridview_portal
needed
使用 Gridview 和 Clusportal
普通用户可以做什么？
普通用户可以做什么？
PBS的基本命令
qmgr -c 'p s' 此命令可以查看作业调度系统的配置信息； qstat –q 该命令可以查看系统中存在的队列，qstat还有其他参数比较常用：
-B：列出PBS服务器的相关信息 -Q：列出队列的一些限制信息 -an：列出队列中的所有作业及其分配的节点 -r：列出正在运行的作业 -f jobid：列出指定作业的详细信息 -Qf queue：列出指定队列的所有信息
曙光高性能集群管理及使用
解决方案中心 2014 年 8 月
目录
集群系统的登录方式
程序编译与作业提交 使用 Gridview和ClusPortal 提交和管理作业 集群系统的管理与维护
命令行终端登录
Windows 用户可以用SSH Secure Shell Client，Xshell, PuTTY，SecureCRT 等 SSH客户端软件登录。 推荐使用SSH Secure Shell Client
$ cat TORQUEHOME/server_priv/nodes
node01 np=4 server dualcore ib
node02 np=8 bigmem matlab ib ……
#PBS -l nodes=2:blue:ppn=2+red:ppn=3+b1014
#PBS -l nodes=4:ppn=4,mem=200mb #PBS -l other=matlab
目录
使用 Gridview和ClusPortal 提交和管理作业
集群系统的管理与维护 集群系统的登录方式 程序编译与作业提交
使用 Gridview 和 Clusportal
应用模板
队列管理
策略管理 作业提交
用户记账
作业管理
调度器管理 用户管理 节点管理
使用 Gridview 和 Clusportal
pestat 该命令可以查看节点的状态信息，其中
excl：所有CPU资源已被占用； busy：CPU已接近满负荷运行； free：全部或部分CPU空闲； offl：管理员手动指定离线状态；
PBS的基本命令
qdel <作业号> 此命令可以删除队列中的作业，普通用户只能删除自己的作业； pbsnodes 此命令也可以查看节点的状态，该命令常用以下参数：
#PBS -l nodes=1:ppn=1 表示申请1个节点上的1颗CPU。
#PBS -q serial 表示提交到集群上的serial队列。
并行脚本示例（openmpi for cpi）
#PBS #PBS #PBS #PBS -N -l -j -l openmpi nodes=1:ppn=8 oe walltime=2:00:00
qorder <作业号1> <作业号2> qmove <队列名> <作业号> qalter -l <所需资源> <作业号> qhold <作业号> qrls <作业号> qsub -N <作业名> -l <所需资源> -q <队列名> <PBS作业脚本>
PBS 资源的申请
#PBS -l mem=200mb #PBS -l walltime=01:00:00 #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -l nodes=4:ppn=2 #PBS -l nodes=node01+node02+node03 #PBS -l nodes=server:ib+3:bigmem:ib
PBS 常用环境变量
变量名 登陆SHELL继承来的变量 $PBS_O_HOST $PBS_O_QUEUE $PBS_O_WORKDIR $PBS_JOBID $PBS_JOBNAME $PBS_NODEFILE 说 明
$HOME，$LANG，$PATH，$MAIL，$SHELL等
qsub 提交的节点名称 qsub 提交的作业的最初队列名称 qsub 提交的作业的绝对路径 作业被PBS系统指定的作业号 用户指定的作业名，可以在作业提交的时候用qsub –N <作业名 >指定，或者在PBS脚本中加入#PBS –N <作业名>。 PBS系统指定的作业运行的节点名。该变量在并行机和机群中使 用。当在PBS脚本中用#PBS –l nodes=2:ppn=2指定程序运 行的节点数时，可以使用$PBS_NODEFILE在脚本中引用PBS 系统指定的作业运行的节点名。比如： #PBS –l nodes=2:ppn=2 mpirun –np 4 –machinefile $PBS_NODEFILE <程序名> PBS脚本在执行时的队列名
http://*.*.*.*:6080/gridview_portal
needed
目录
程序编译与作业提交 使用 Gridview和ClusPortal 提交和管理作业 集群系统的管理与维护 集群系统的登录方式
串行程序的运行
方法一： $ cd /home/your_account/your_workdir $ ./your_code 方法二： $ cd $HOME $ vim .bashrc $ your_code
MPI编译器是对底层编译器的一层包装，通过-show参数可以查看实际 使用的编译器： $ mpicc -show icc -I/public/software/mpi/openmpi-16-intel/include -pthread L/public/software/mpi/openmpi-16-intel/lib -lmpi -ldl -lm -lnuma Wl,--export-dynamic -lrt -lnsl -lutil
$ mpirun -np N -hostfile <filename> <program>
其中 -np N：表示运行N个进程 -hostfile：指定计算节点，
文件格式如：
node1 slots=8 node2 slots=8
创建脚本并提交作业
在PBS系统中，可以使用qsub命令提交作业
$ qsub xxx.pbs
简单脚本提交示例：
$ vim test.pbs $ qsub test.pbs
PBS 作业提交步骤
准备：编写描述改作业的脚本，包括作业名，需要的资源等。 提交：使用qsub命令将该作业提交给PBS服务器
排队：服务器将该任务排入适当的队列
调度：服务器检查各工作节点的状态是否符合该作业的要求，并进 行调度。 执行：当条件满足时，作业被发给相应的执行服务器执行。程序运 行时执行服务器会收集程序的标准输出和标准错误流，等程序结束 时，将这些信息返回给用户。 查询和调整：当作业在运行时，用户可以使用qstat进行状态查询。 用户发现作业提交错误时，可以使用qdel删除正在运行的作业。 查看结果：使用文本编辑软件vi或者系统命令cat, less等查看输出及 错误信息显示。
普通用户可以做什么？
普通用户可以做什么？
使用 Clusportal 提交作业
多ห้องสมุดไป่ตู้集群
完善的 参数
$PBS_QUEUE
串行脚本示例
#PBS #PBS #PBS #PBS #PBS -N -l -j -l -q serial nodes=1:ppn=1 oe walltime=60:00:00 serial
echo "This jobs is "$PBS_JOBID@$PBS_QUEUE cd ${PBS_O_WORKDIR} echo begin time is `date` sleep 100 hostname echo end time is `date`
$ scp 文件名 username@登录节点IP地址:文件路径
Linux 用户可直接在命令行终端中执行scp命令登录
图形界面登录（远程桌面）
远程图形界面登录推荐使用VNC方式。
第一次使用VNC登录前，需要先以命令行终端方式登录到集群登录节点，执行 vncserver命令，会提示用户输入VNC登录密码，输入后会得到一个VNC会话， 一般是“主机名:VNC会话号”格式，如“node32:4”。
-a：列出所有结点及其属性，属性包括“state”和“properties” -l：以行的方式列出被标记的结点的状态，如 -l free，-l offline -o：将指定结点的状态标记为“offline”（管理员） -c：清除结点列表中的“offline”状态设置，使结点可用（管理员） -r：重设“offline”或“down”的节点的状态，如果可用，设为free（管理员）
$ ssh username@登录节点IP地址
Linux 用户可直接在命令行终端中执行ssh命令登录
文件上传下载
Windows 用户可使用SSH Secure Shell Client，Xftp, WinScp 等软件实现文件的上传下载 推荐使用SSH Secure Shell Client
cd $PBS_O_WORKDIR LOGFILE=openmpi.log NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`
echo my job id is $PBS_JOBID | tee $LOGFILE echo run nodes is following: | tee -a $LOGFILE cat $PBS_NODEFILE | tee -a $LOGFILE
export PATH=/home/your_account/your_workdir:$PATH
并行程序的编译运行（openmpi）
OpenMPI 提供了C/C++，Fortran等语言的MPI编译器，如下表： 语言类型 C C++ Fortran77 Fortran90 MPI编译器 mpicc mpicxx mpif77 mpif90
并行程序的编译运行（openmpi）
编译程序： $ source /public/software/profile.d/openmpi-intel-env.sh $ mpicc -o hello hello.c $ mpif90 -o hello hello.f90 运行程序：OpenMPI 使用自带的 OpenRTE 进程管理器，启动命令为 mpirun/mpiexec/orterun，基本格式如下：
echo begin time is `date` | tee -a $LOGFILE mpirun -np $NP -hostfile $PBS_NODEFILE --mca orte_rsh_agent ssh --mca btl self,openib,sm ./cpi 2>&1 | tee -a $LOGFILE echo end time is `date` | tee -a $LOGFILE
Windows 用户推荐使用RealVNC软件，登录时输入集群 登录节点IP地址加VNC会话号即可：
$ vncviewer [登录节点IP地址]:[session number]
Linux 用户可直接在命令行终端中执行 vncviewer 命令
Gridview Web 登录
普通用户可通过Web方式登入曙光GridView集群管理系统， 进行查看、监控、和使用等操作。 在浏览器中输入以下URL即可出现登录界面：
普通用户可通过Web方式登入曙光GridView集群管理系统， 进行查看、监控、和使用等操作。 在浏览器中输入以下URL即可出现登录界面：
http://*.*.*.*:6080/gridview_portal
needed
使用 Gridview 和 Clusportal
普通用户可以做什么？
普通用户可以做什么？
PBS的基本命令
qmgr -c 'p s' 此命令可以查看作业调度系统的配置信息； qstat –q 该命令可以查看系统中存在的队列，qstat还有其他参数比较常用：
-B：列出PBS服务器的相关信息 -Q：列出队列的一些限制信息 -an：列出队列中的所有作业及其分配的节点 -r：列出正在运行的作业 -f jobid：列出指定作业的详细信息 -Qf queue：列出指定队列的所有信息
曙光高性能集群管理及使用
解决方案中心 2014 年 8 月
目录
集群系统的登录方式
程序编译与作业提交 使用 Gridview和ClusPortal 提交和管理作业 集群系统的管理与维护
命令行终端登录
Windows 用户可以用SSH Secure Shell Client，Xshell, PuTTY，SecureCRT 等 SSH客户端软件登录。 推荐使用SSH Secure Shell Client
$ cat TORQUEHOME/server_priv/nodes
node01 np=4 server dualcore ib
node02 np=8 bigmem matlab ib ……
#PBS -l nodes=2:blue:ppn=2+red:ppn=3+b1014
#PBS -l nodes=4:ppn=4,mem=200mb #PBS -l other=matlab
目录
使用 Gridview和ClusPortal 提交和管理作业
集群系统的管理与维护 集群系统的登录方式 程序编译与作业提交
使用 Gridview 和 Clusportal
应用模板
队列管理
策略管理 作业提交
用户记账
作业管理
调度器管理 用户管理 节点管理
使用 Gridview 和 Clusportal
pestat 该命令可以查看节点的状态信息，其中
excl：所有CPU资源已被占用； busy：CPU已接近满负荷运行； free：全部或部分CPU空闲； offl：管理员手动指定离线状态；
PBS的基本命令
qdel <作业号> 此命令可以删除队列中的作业，普通用户只能删除自己的作业； pbsnodes 此命令也可以查看节点的状态，该命令常用以下参数：
#PBS -l nodes=1:ppn=1 表示申请1个节点上的1颗CPU。
#PBS -q serial 表示提交到集群上的serial队列。
并行脚本示例（openmpi for cpi）
#PBS #PBS #PBS #PBS -N -l -j -l openmpi nodes=1:ppn=8 oe walltime=2:00:00
qorder <作业号1> <作业号2> qmove <队列名> <作业号> qalter -l <所需资源> <作业号> qhold <作业号> qrls <作业号> qsub -N <作业名> -l <所需资源> -q <队列名> <PBS作业脚本>
PBS 资源的申请
#PBS -l mem=200mb #PBS -l walltime=01:00:00 #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -l nodes=4:ppn=2 #PBS -l nodes=node01+node02+node03 #PBS -l nodes=server:ib+3:bigmem:ib
PBS 常用环境变量
变量名 登陆SHELL继承来的变量 $PBS_O_HOST $PBS_O_QUEUE $PBS_O_WORKDIR $PBS_JOBID $PBS_JOBNAME $PBS_NODEFILE 说 明
$HOME，$LANG，$PATH，$MAIL，$SHELL等
qsub 提交的节点名称 qsub 提交的作业的最初队列名称 qsub 提交的作业的绝对路径 作业被PBS系统指定的作业号 用户指定的作业名，可以在作业提交的时候用qsub –N <作业名 >指定，或者在PBS脚本中加入#PBS –N <作业名>。 PBS系统指定的作业运行的节点名。该变量在并行机和机群中使 用。当在PBS脚本中用#PBS –l nodes=2:ppn=2指定程序运 行的节点数时，可以使用$PBS_NODEFILE在脚本中引用PBS 系统指定的作业运行的节点名。比如： #PBS –l nodes=2:ppn=2 mpirun –np 4 –machinefile $PBS_NODEFILE <程序名> PBS脚本在执行时的队列名
http://*.*.*.*:6080/gridview_portal
needed
目录
程序编译与作业提交 使用 Gridview和ClusPortal 提交和管理作业 集群系统的管理与维护 集群系统的登录方式
串行程序的运行
方法一： $ cd /home/your_account/your_workdir $ ./your_code 方法二： $ cd $HOME $ vim .bashrc $ your_code
MPI编译器是对底层编译器的一层包装，通过-show参数可以查看实际 使用的编译器： $ mpicc -show icc -I/public/software/mpi/openmpi-16-intel/include -pthread L/public/software/mpi/openmpi-16-intel/lib -lmpi -ldl -lm -lnuma Wl,--export-dynamic -lrt -lnsl -lutil
$ mpirun -np N -hostfile <filename> <program>
其中 -np N：表示运行N个进程 -hostfile：指定计算节点，
文件格式如：
node1 slots=8 node2 slots=8
创建脚本并提交作业
在PBS系统中，可以使用qsub命令提交作业
$ qsub xxx.pbs
简单脚本提交示例：
$ vim test.pbs $ qsub test.pbs
PBS 作业提交步骤
准备：编写描述改作业的脚本，包括作业名，需要的资源等。 提交：使用qsub命令将该作业提交给PBS服务器
排队：服务器将该任务排入适当的队列
调度：服务器检查各工作节点的状态是否符合该作业的要求，并进 行调度。 执行：当条件满足时，作业被发给相应的执行服务器执行。程序运 行时执行服务器会收集程序的标准输出和标准错误流，等程序结束 时，将这些信息返回给用户。 查询和调整：当作业在运行时，用户可以使用qstat进行状态查询。 用户发现作业提交错误时，可以使用qdel删除正在运行的作业。 查看结果：使用文本编辑软件vi或者系统命令cat, less等查看输出及 错误信息显示。
普通用户可以做什么？
普通用户可以做什么？
使用 Clusportal 提交作业
多ห้องสมุดไป่ตู้集群
完善的 参数
$PBS_QUEUE
串行脚本示例
#PBS #PBS #PBS #PBS #PBS -N -l -j -l -q serial nodes=1:ppn=1 oe walltime=60:00:00 serial
echo "This jobs is "$PBS_JOBID@$PBS_QUEUE cd ${PBS_O_WORKDIR} echo begin time is `date` sleep 100 hostname echo end time is `date`
$ scp 文件名 username@登录节点IP地址:文件路径
Linux 用户可直接在命令行终端中执行scp命令登录
图形界面登录（远程桌面）
远程图形界面登录推荐使用VNC方式。
第一次使用VNC登录前，需要先以命令行终端方式登录到集群登录节点，执行 vncserver命令，会提示用户输入VNC登录密码，输入后会得到一个VNC会话， 一般是“主机名:VNC会话号”格式，如“node32:4”。
-a：列出所有结点及其属性，属性包括“state”和“properties” -l：以行的方式列出被标记的结点的状态，如 -l free，-l offline -o：将指定结点的状态标记为“offline”（管理员） -c：清除结点列表中的“offline”状态设置，使结点可用（管理员） -r：重设“offline”或“down”的节点的状态，如果可用，设为free（管理员）
$ ssh username@登录节点IP地址
Linux 用户可直接在命令行终端中执行ssh命令登录
文件上传下载
Windows 用户可使用SSH Secure Shell Client，Xftp, WinScp 等软件实现文件的上传下载 推荐使用SSH Secure Shell Client