实验报告解析—微生物多样性(扩增子-16S rDNA测序)

实验报告解析—微生物多样性（扩增子/16S rDNA测

序）

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1.实验报告的主体框架内容

a)封面信息

b)项目实施信息

c)元基因组DNA提取过程及结果

d)PCR扩增过程及结果

e)样品是否成功的判定标准

a）封面信息

主要包含：客、服双方的主要联系人相关信息，样品对接人，

实验操作组及实验主要负责人信息，报告生成时间、项目名称及唯一标识号等方面内容。

主要目的：用于追溯实验流程过程，客、服双方在实验方面内容的沟通及对接。

b）项目实施信息

主要包含：样品的详细情况（客户方提供的每例样品的名称、服务方提供的每例样品在服务方内部查询及流转的唯一名称、样品类型等方面内容），以及每例样品在实验后是否有剩余的统计情况。

主要目的：让客户方了解每一个样本的基本情况；与服务方内部的对应关系，便于查询；实验操作后，样品的剩余情况或其他需要备注的特殊情况。

c）元基因组DNA提取过程及结果

主要包含：提取过程的核心步骤概括；参考文献或试剂盒使用说明书；DNA质量检测的方法；结果展示与汇总（DNA 完整性的检测电泳图，浓度及纯度的测定结果，获取核酸溶液的总体积等必要信息）。

主要目的：使得客户方了解提取的环节和细节；实验过程的最终情况及质控情况。

d）PCR扩增过程及结果

主要包含：扩增16srDNA的哪些区域，引物名称及引物序列；每例样品的稀释情况汇总（DNA溶液的消耗、稀释终浓度

等）；PCR扩增最终反应体积及扩增条件；扩增结果检测电泳图及结果汇总等。

主要目的：了解扩增过程实验详情、质控情况；样品实验成功及失败的情况，便于调整下一步实验计划和安排。

e）样品是否成功的判定标准

主要包含：对结果等级判别进行标准化并给予确切描述。主要目的：解释和说明结果成功或失败的原因。

2. 实验结果内容的体现及判定

实验结果内容体现：在报告中，此部分往往是通过汇总表格进行体现。表格体现比较清晰且有条理。因此，报告中表格部分，往往是每例样品的具体信息，若关注样品的具体情况，需要留意报告中的每一份表格内容。

结果的判定：结果的判定依据往往在报告最末处给出的评判标准（可能以表格形式进行给出评判标准，也可能文字形式进行陈述），包含直接判定或等级（等第）划分等情况。

3. 实验方法的获取与撰写

报告中往往包含量实验的流程，核心步骤和基本方法。如何进行获取和撰写？

a. 毕业论文中实验方法的获取与撰写：

毕业论文中往往要求撰写明确的方法及步骤，抽提环节可以略过报告中的简要步骤的描述，直接根据参考文献或者使用的操作说明书进行具体方法的获取，在毕业论文中直接进行

撰写使用；PCR扩增环节，根据报告提供的PCR扩增引物、试剂（试剂货号）等信息可以获得试剂生产商提供的使用说明书，根据说明书、报告中给出的体系和反应条件，完成毕业论文中该部分的撰写工作；报告中提供的胶图，统计的数据可以直接使用。

b. 科技论文中实验方法的获取与撰写

1）根据报告中提供的参考文献进行参考性撰写，或者利用操作说明书和报告中写明的主要步骤进行汇总撰写。

例如：TheXX sample was suspended in XX μl ofsterile lysis buffer in 2 ml screw-cap tube containing Xgglass beads. This mixture was vortexed vigorously then incubate at XX ℃for XXh. After incubation by bead beating for XX min at maximum speed. ……【汇总自：试剂盒操作说明书】

DNA was extracted byfollowing the manufacturer’s instructions for bacterial DNA extraction usingXXX Kit (Production information, Nation).【直接告知使用哪种试剂盒进行操作】The primers F1 and R2were used to amplify the VX1~VX2 region of each sample by PCR. PCR reactionswere run in a PCR system using the following program: X min of denaturation atX ℃followed by XX cycles of Xminat X ℃(denaturation), X min for annealing at X ℃, and X min at X℃(elongation), with a final extension at X℃for X min.

2）直接引用报告中提供的参考文献

例如：DNA was extracted using amethod described by XX[reference].

4. 整体实验细节的整理与明确

获取实验报告后，可以获知哪些具体信息：

a) 寄送的原始样本在实验后是否有剩余：在项目实施的汇总表中会针对每例样本进行分别统计汇总。

b) 实验时获得了多少DNA溶液：提取完成后会汇总提取信息包含浓度、OD值、提取终体积等，此时终体积的统计即为每例样本最终的获得的量。

c) 实验过程中消耗了多少DNA溶液：Nanodrop定量消耗1-2μL；电泳检测一般消耗2μL；PCR扩增稀释一般使用2-5μL，以上是实验过程的主要消耗量，具体每个环节消耗多少根据具体报告中展示为准。

d) DNA溶液是否有剩余：提取获得的终体积减去实验中的消耗，若大于零，就一定有剩余

e) PCR过程为什么要稀释DNA：DNA提取后浓度参差不齐，稀释到同一浓度进行扩增，增加样本之间的可比性，增加了比较分析时的可信度。