黄瓜抗霜霉病相关EST—SSR的信息分析

Ａｎ ｌｓｓ ｏ ａｙ ｉ ｆＥＳＴ－ ｎｏ ｍａ ｉｎ ｒ ｌｔ ｄ ｔ ｏ ｙ ｍ ｉ ｅ ｒｓｓａ ｃ ＳＳＲ ｉｆ ｒ ｔ ｅａｅ ｏ ｄ ｗｎ ｌ ｗ ｅ ｉｔ ｎ ｅ ｏ ｄ ｉ Ｃ ｃ ｍ ｂ ｒ Ｎ ｉａ ’ Ｕ ａ ｕ ＩＹ ｎ ｘ ｎ，ＱＮ Ｚ ｉｅ（． ｏｅ ｅ ｏ ｉ ｎ ｕｕ ｅ／ ＷＡ Ｇ Ｌｕ ｎ ｊ ，Ｓ Ｎ Ｃ ｉ ’ ｏ ｇｉ Ｉ ｈ ｉ１ Ｃ ｌｇ ｆＬｅ ｙ ，Ｂ ａ ｗ 。 ｌ ｆ
（Ｃ ８３ ） １ ０ Ｃ ４ ；东北农 大学 自然科学基 金 ， 作者简介 ：乇丽娟（９ ７ ） １ ６ 一 ，女 ，副研究 员 ， 硕士生 导师 ，研究方向为植物胚胎发育与分子生物。Ｅ ｍ ｉ ｌ ｗ ｎ ＠ ６ ．ｏ － ａ ｊ ａ ｇ １ ３ｃ ｒ ｈ＿ ｎ 通讯作者：秦智伟 ，教授 ， 博士生导师 ， 研究方 向为蔬菜遗传育种 。 － ａ ：ｚ ３ ３ ２ ． ｏ Ｅ ｍ ｉ ｑｗ ０ ＠１６ ｃｎ ｌ
ｃ ＤＮＡ ｉｒ ｒ ｉｈ ｗｅｒ ｏｎ ｔ ｃｅｄ ｗ ｉ ｕ ｕ ｂ ｒｌａ ｅ ｎ ｃ ｄ ｂ ｅ ｄ ｐ ｒ ｎ ｓ ｏ ａ ｃ ｂ ｎ ￣．Ａ ｌ ａｙ ｗｈｃ ｂ ｅ ｃ ｓ ｒ ｔ ｔ ｃ ｃ ｍ ｅ ｅ ｖ ｓ ｉｄｕ ｅ ｙ Ｐｓ ｕ ｏ ｅ ｏ ｏ ｐ ｒ ｕ ｅ ｓ ｕ ｈ ｔｔ ｌ ｆ２ ５ ７ ｕ ｉｅ ｅ ｅ ｕ ｎ ｅ ｏ ａ ０ ｎｇ ｎ ｓ ｓ ｑ ｅ ｃ ｓｗｅｒ ｂ ａｎ ｄ ａ ｅ ｒ ｃ ｓ ｉｇ ａ ｄ ｓ ｉｉｇ Ｔｈ ｉｔｉｕｉ ｒ ｑ ｅｎ ｙ ｏ ｅ ｏ ｔ ｉｅ ｆ ｒｐ ｏ ｅ ｓｎ ｎ ｐｌ ｎ ． ｅ ｄｓｒ ｔ ｔ ｃ ｂ ｏｎｆｅ ｕ ｃ
２５ ７ Ｕ ｉｅｅ。应用生物信 息学方法 ，对黄瓜 抗霜霉病相关 Ｅ Ｔ Ｓ Ｒ 的分布频率和碱基重复特点进行 了归纳 ０ 条 ｎ ｎ ｓ ｇ Ｓ —Ｓ ｓ 及 分析 ．结果表 明，２５ ７ Ｕ ｉ ｎｓ ． ０ 条 ｎｇ ｅ 中共检 索到 ２ １ Ｅ Ｔ Ｓ Ｒ， 出现 频率为 ７ ７ ｅ ３ 个 Ｓ —Ｓ ． ％，平均 分布距 离为４５ ｈ ４ ．８ｋ 。 Ｅ Ｔ Ｓ Ｒ 包括 ５ 种 重复单元 ，以二核 苷酸和三核 苷酸重 复基 元为主 ，二者分别 占总Ｓ Ｒ 的５ ． ％和 ３ ． ％， Ｓ —Ｓ ｓ １ Ｓ ｓ ９７ ４ ４３ ６
一
使用 Ｓｑ ｌ ｎ ｅＣｅ 软件 对获得 的 Ｅ Ｔ ａ Ｓ 进行前 期处
理 ，包 括 去 载体 序 列 、重 复序 列 和排 除长 度 小 于 １０ｂ ０ ｐ的序列 等 后 ，得 到 高 质量 的 Ｅ Ｔ 序 列 ２９３ Ｓｓ ０
１
，
世界范围内大约有 ７ 多个国家受其危害 ，严 ０
ａ ｄ ｃ ａ ａ ｔ ｒ ｔ ｆｂ ｓ ｅ ｅ ｔｏ ｎ ｈ ｒ ｃｅ ｉ ｉ ｏ ａ ｅ ｒ ｐ ａ ｆＥＳＴ ＳＳＲｓ ｗｅｒ ｎ ｌｚ ｄ ｉ ｕ ｕ ｅ ｙ ｂｏｎｏ ｍａ ｉｓ ｍｅ ｈ ｄ ， ｅ ｓｃ — ｅ ａ ａｙ ｅ ｎ ｃ ｃ ｍｂ ｒｂ ｉｉｆｒ ｔ ｔ ｏ ｓ Ｔｈ ｃ
ｒ ｓ ｌ ｈ ｗｅ ｈ ｔ２ ５ ｎｇ ｎ ｓ ｗｅ ｅ ｓ ｒｅｎ ｄ ａ ｄ ２ １ ＳＴ－ ｅ ｕｔ ｓ ｏ ｄ ｔ ａ ０７ ｕ ｉｅ ｅ ｒ ｃｅ ｅ ｎ ３ Ｅ ｓ ＳＳＲｓｗｅｒ ｉｅ ｕ ． ｅ ｆ ｑｕ ｎ ｙ ｏ ｅ ｍ ｎ ｄ ｏ ｔ Ｔｈ ｅ ｅ ｃ ｆ
ｔｅｓ ｈ ｅ ＥＳＴ． ＳＳＲｓ ｗａ ．７ ａｎ ｈ ｍｅ ｎ ｄｓａ ｃ ｆｄｓｒ ｕｉｎ ｗａ ５ ｂ ｉ ｈ ｓ ｓ ７４ ％ ｄ ｔｅ ａ ｉｔ ｎ ｅ ｏ ｉｔｉ ｔ ｓ ４．８ ｋ ｎ ｔ ｅ ｅ ＥＳＴｓ Ｔｏ ａ １ ｂ ｏ ． ｔ Ｉ５ ｋｎ ｓ ｏ ｅ ｅ ｔ ｉｄ ｆ ｒ ｐ ａ ｍｏ ｉ ｔｓ ｗｅｒ ｉｃｕ ｅ ｉ ｔ ｅ ｅ ｆ ｅ ｎ ｌｄ ｄ ｎ ｈ ｓ ＥＳ ＳＳＲｓ Ｔ－ ．Ａｍｏ ｇ ｈ ｎ ｔｅｍ，ｄｎ ｃｅ ｔ ｅ ｅ ｅ ｔ ｍｏ ｉ ａ ｄ ｉｕ ｌｏ ｉ ｒ ｐ ａ ｔ ｎ ｄ ｆ
ｅ ｇ Ｎ Ｈ．Ａｔ ＧＲＸ４ ａ ａ ｉｏ ｓ ｃ ｌｒｐａ ｔ ｎ ｔｉｌｇｕ－ ， ｎＡｒｂｄ ｐ ￣ ｈｏｏ ｌｓｉ ｍｏ ｏｈｏ ｌｔ ｃ 【８ Ｃｈ ｎ １ Ｊ
ｏｉａｉｅ ａ ｇ［． ｉＩ ｈｍ， ０ ６ ２ １ ２ ２０ ２ ２ ８ ｘｄ ｔ ｍａｅＪ ＪＢｏ ｅ ２ ０ ， ８ ：６ ８ — ６ ８ ． ｖｄ ］ Ｃ
ａ ｄ ２．９ ｉ Ｊｔ ｅ ＥＳＴｓ ｒ ｓ ｅ ｔ ｅｙ 丁Ｃ／ ｎ ５ ％ ｎ ａＪｈ ， ｅ ｐ ｃｉ ｌ． ｖ ＡＧ ｒ ｈ ｓ ｏ ｗｅ ｅ ｔｅ ｍｏ ｔ ｍｍｏ ｔ ｉｕ ｌｏｔ ｅ． ｎ ｃ ｎ ｍｏ ｉｉ ｄｎ ｃｅ ｉ ａ ｄ ＴＣＴ ｓ ｆｆ ｌ ｄ ｗａ ｔ ｅ ｍｏ ｔｃ ｈ ｓ ｏｍｍｏ ｔ ｒ ｕ ｌｏ ｉｅ． ｌｈｅ ｅ ｅ ｔ ｂｉｈ ｄ ｔ ｅ ｔ ｅ ｒ ｔ ｎ ａｉｎ ｆ ｒｄ ｖ ｌｐ ｎ ｍｏ ｉ ｉ ｔｉ ｃｅ ｔ ｆｎ ｎ ｄ Ａｌｔ ｓ ｓ ａ ｌ ｅ ｈ ｈ ｏ ｅｉ ｆ ｄ ｔ ｅ ｅｏ ｍｅｎ ｓ ｃ ｏｕ ｏ ｏ ｔＥＳＴ ｒ ｓ ｕ ｃ ｆ ｕ ｕ ｅ ｄ ｒ ｓｓａｎ ｅ ｇ ｎ ｓｇ ｎ ｔ ｌｃ ｌｒ ｒｅｒ ． ｅ ｏ ｒｅ ｏ ｃ ｍｂ ｒ ｃ ａｎ ｅ ｉｔ ｃ ｅ ｅ ｅ ｅ ｉ ｍｏｅ ｕａ ｋ ｓ ｃ ｍａ
在 Ｅ Ｔ中的 总 出现 频 率 分 别 为 ４４ ％和 ２５ ％，二 核 苷 酸 的 重 复 基 元 以 Ｔ ／ Ｇ为 主 ，三 核 苷 酸 重 复 基 元 以 Ｔ Ｔ所 Ｓ ．６ ． ９ ＣＡ Ｃ
占比例 最高。研究结果为黄瓜 Ｅ Ｔ 源开发和黄瓜抗 霜霉病基 因遗传标记奠定 了基础。 Ｓ资 关键词 ：黄瓜 ；霜霉病 ；Ｅ Ｔ Ｓ Ｒ；重复基元 Ｓ —Ｓ 中图分类号 ：￥４ ． ６２ ２ 文献标 志码 ：Ａ 文章编号 ：１０ — ３ ９ ２ １ ）０ ０ ５ — ５ ０ ５ ９ ６ （０ １ — ０ ２ ０ １
ｏ 【０ Ｇ ｏ Ｙ Ｓ Ｈｕ ｎ ， ｉ ， ｔａ． ｏ ｔ ｌｔｒｄ ｘｎ ｇ ｎ ２ 】 ｕ ， ａ ｇ Ｃ Ｊ Ｘ ｅ Ｙ ｅ １ Ａ ｔｍａ ｇｕａｅ ｏ ｉ ｅ ｅ
Ｓ Ｇ ＸＩ ｒｇ ｌｔｓ ｐａ ｔｒｓ ｏ ｓｓ ｔ ｘｄ ｔ ｅ ｒ ｕ ｈ ｎ ａｔ Ｉ Ｒ ｅ ｕａｅ ｌｎ ｅｐ ｎ ｅ ｏ ｏ ｉａｉ ，ｄｏ ｇ ｔａ ｄ ｓｌ ｖ
Ｋｅ ｏｒ ： ｕ ｕ ｅ； ｏ ｙｍｉｅ Ｅ Ｔ Ｓ Ｒ；ｅ ｅ ｔ ｔ ｙ ｗ ｄｓ ｃ ｃ ｍｂ ｒｄ ｗｎ ｌ ｗ； Ｓ － Ｓ ｒｐ ａ ｉ ｄ ｍｏ ｆ
收 稿 日期 ：２ １一 ３ １ ０ １Ｏ — Ｏ
基金项目：国家 “６ ” ８ ３ 计划 项 目（０ ７ ２ ０ ＡＡ１Ｚ ７ ） ０ １７ ；黑 龙江 省博士后 专项科 研基 金 资助项 目（ Ｂ Ｚ ７ １ ） Ｌ Ｈ— ０ ２ ３ ；黑 龙江省 归国 留学基金
库 ，共 有 ３ ９ 条 Ｅ Ｔ 序 列 。 １ Ｓｓ ０ １ 黄 瓜霜 霉病 相关 Ｅ Ｔ的前 期 处理 ． ２ Ｓ
很强 的黄瓜 叶部病 害 ，也是保护地栽培黄瓜 的主
要病害” ，给 黄 瓜 生 产 带 来 很 大 威 胁 口 黄 瓜 霜 霉 。 病 是 由古 巴假 霜霉 菌 （ ｓｕｏｅｏｏ ｏａｃｂｎｉ） Ｐｅｄｐｒｎｓ ｒ ｅｓ 引 ｐ ｕ ｓ 起 的 ，是 全 球 范 围 内 黄 瓜 产 区 主 要 叶 部 病 害 之
Ａｂｓ ｒ ｃ ： ｏａ ３０ １ｅ ｐｅ ｓ ｄ ｓ ｑ ｅ ｃ ａ ｓｗｅｅ ｉｖ ｓｉａｅ ｈ ｎ ｅ ｅ ｓ ｑ ｅ ｃ ｓｆ ｍ ｔａ ｔ Ｔ ｔｌ ９ ｘ ｒｓ ｅ ｅ ｕ ｎ ｅｔｇ ｒ ｅ ｔ ｔｄ ｉ ｔｅ ｕ ｉ ｎ ｅ ｕ ｎ ｅ ｒ ｎ ｇ ｎ ｇ ｏ
ａｅ ｏｉ，ｉ ａｌ ｏｓｐ ｒｓ ｅｓ ｇｘ ｕａ ｔｐ ｅｏｙｅ ｎ ｒｄｘｎ ｓ ｂｅｔ ｕ ｐｅｓｙａｔ ｒ５ ｍ ｔｎ ｈ ｎ ｔ ｓａ ｄ ｐ ｒｓｏｄｔ ｏｉａｉｅ ｔ ｓ［． Ｅ ＳＬ ｔ ２ ０ ， ８ ： ４ —８４ ｅｐｎ ｘｄ ｔ ｒ ｓ ］Ｆ Ｂ ｅ， ０ ８５ ２ ８ ８ ５ ． ｏ ｖ ｓｅ Ｊ ｔ
ｓ ｅｓｓ ］Ｐａ ｔ ２ １， ３ ： ４ ９ １０ ． ｔ ｓｅ［ ． ｌｎａ ０ ０ ２ ２ １９ － ５ ９ ｒ Ｊ ，
第 ｌ 期 ０
王丽娟等 ：黄瓜抗霜霉病相关 Ｅ Ｔ Ｓ Ｒ的信息分析 Ｓ—Ｓ
黄 瓜 （ ｕｕ ｓ ａｉ ｓ ．霜霉 病 是 一 种 流 行 性 Ｃ ｃｍｉｓｔｕ ） ｖ Ｌ
Ｓ ｉｎ ｅ ，Ｎｏ ｔ ｅ ｓ ｇ ｉ ｕｔ ｒ ｌＵｎｖ ｒ ｉ ，Ｈ ｒ ｉ ０ ３ ，Ｃｈ ｎ ；２ ｃｅ ｃ ｓ ｒ ａ ｔＡ ｒ ｌ ａ ｈ ｃ ｕ ｉｅ ｓｔ ｙ ａ ｂｎ １ ０ ０ ５ ｉ ａ ．Ｈ ｒ ｉ ｉｅ ｓｔ ，Ｈａ ｂ ｎ ａ ｂｎ Ｕｎｖ ｒ ｉ ｙ ｒ ｉ
１ ０ ８ ， ｈｎ ； ． ｏｌｇ ｆ ｏ ｉ ｌ ｒ， ｏ ｈ ａ ｔ ｇｉ ｌ ｒｌ ｎｖ ｒｉ， ａｂ ５ ０ ０ Ｃ ｉａ ５ ０ ６ Ｃ ｉ ３ Ｃ ｌ ｅｏ ｒｃ ｔ ｅ Ｎ ｒ ｅ ｓＡ ｒ ｕｔ ａ Ｕ ｉ ｓ ｙ Ｈ ｒｉ １ ０ ３ ， ｈｎ ） ａ ｅ Ｈ ｔ ｕｕ ｔ ｃ ｕ ｅ ｔ ｎ
第 ４ 卷 第 １ 期 ２ ０
２ １ 年 ｌ 月 ０１ ０
东
北
农
业
大
学
学
报
４ （０： ２ ５ ２１ １５ － ６
０ｃ ． Ｏｌ】 ｔ２
Ｊ ｕ ｎ ｌ ｆ ｒｈ ａ ｔ ｒｃ ｌ ｒｌＵｎｖ ｒｉ ｏ ｒ ａ ｔｅ ｓ Ａｇｉｕｔ ａ ｉｅｓｔ ｏ Ｎｏ ｕ ｙ
黄瓜抗霜霉病相关 Ｅ Ｔ Ｓ Ｒ的信 息分析 Ｓ —Ｓ
王 丽娟 ，孙 彩玉 ，毕永贤 ，秦智伟 。
（． １ 东北农业大学生命科 学学院 ，哈尔滨 １０ ３ ；２ 哈尔滨学院 ，哈尔滨 ５０ ０ ． １０ ８ ；３ 东北农业大学园艺学院 ，哈尔滨 ５０６ ． １０ ３ ５ ０ ０）
Βιβλιοθήκη Baidu
摘
要 ： 对霜霉病 菌诱导 的黄瓜 ｃ Ｎ Ｄ Ａ文库测序获得 的３０ １ Ｅ Ｔ 进行分析 ，经过 除前 处理和拼接后得到 ９ 条 Ｓ ｓ
ｔｎ ｃ ｏｉ ｐ ａ ｍ ｔ ｅｅｔｅｍ ｊｒｙ ｅ ａ ｃｕ ｔ ｇｆｒ ９７ ％ ａ ｄ３ ．３ ｌ ａ ｅＳ Ｒ ， ． ％ ｒ ｕｌ ｔ ｅｒ ｅｔ ｏｉｗ ｒ ｈ ａ ｐ ， ｃｏ ｎｎ ＿ ｉ ｅ ｄ ｅ ｆ ｏｔ ｉ ｏ ５ ４ ｎ ４６ ％ ｎ ｌ ｈ Ｓ ｓ ４ ６ ｌ ｔ ４
ｅ ｇ Ｎ ｉ ，Ｂｒｃ ｏ ｋ Ａ，ｅ １ Ａｔ ｔａ． ＧＲＸｃ ，ａ ａ ｉｏ ｓ ｐ ｎ Ａｒｂｄ ｐｉ ｓ ｆ９ Ｃｈ ｎ Ｈ，Ｌｕ Ｊ Ｚ ｌ１
ｅ ｌ ｒ ｐ ａ ｔ ｌ ｔｒ ｄ ｘ ｎ ｉ ｒｔｃ ｌ ｏ ｒ ｔ ｃ ｉｎ ａ ａ ｎ ｔ ｏ ｅ ｎ ｈ ｏ ｏ ｌ ｓｉ ｇ ｕ ａ ｅ ｏ ｉ ， ｓｃ ｉｉａ ｒｐ ｏ ｅ ｔ ｇ ｉ ｓ ｔ ｉ ｃ ｆ ｏ ｐｒ