单核苷酸多态rs386585341影响miR-499a-3p下游调控免疫和血管新生的网络

单核苷酸多态rs386585341影响miR-499a-3p下游调控

免疫和血管新生的网络

丁素玲;张志伟;杨茜洋;朱宝玲;张伟伟;王翔飞;杨向东

【期刊名称】《中国动脉硬化杂志》

【年(卷),期】2022(30)4

【摘要】目的发生在microRNA基因前体或成熟序列或靶基因3′非翻译区结合位点的单核苷酸多态性(SNP)可能通过影响microRNA对靶基因的识别调控过程,参

与许多疾病如肿瘤、神经系统疾病、肌肥大、心血管疾病等的发生发展过程。本研究采用生物信息学技术分析位于miR-499a-3p种子序列第4位的SNP

rs386585341 A>G可能影响生物学过程及信号通路。方法应用RNAfold数据库

预测rs386585341 A>G是否影响pre-miR-499a的二级结构,分别构建pre-

miR-499a-A和pre-miR-499a-G过表达质粒检测rs386585341 A>G是否影响

成熟miR-499a的表达,利用基因表达谱芯片和生物信息学分析rs386585341

A>G对miR-499a-3p功能的影响,取差异基因表达谱和TargetScan靶基因交集,

分析rs386585341不同等位点miR-499a-3p-A和miR-499a-3p-G靶基因差异。结果rs386585341 A>G不影响pre-miR-499a的二级结构,也不影响成熟miR-499a-5p和miR-499a-3p的表达水平,但影响成熟miR-499a-3p调控的靶基因网络。取差异表达基因(DEG)谱行GO和pathway分析,发现miR-499a-3p-A和miR-499a-3p-G展示不同的生物学功能,miR-499a-3p-A的下游基因网络主要富集在免疫调控方面,而miR-499a-3p-G的下游基因网络主要富集在血管新生方面;

下调表达基因和TargetScan靶基因交集分析得到4个miR-499a-3p-A直接靶基因(Spry2、Pcnx、Ndufa5及Tcf7l2),而未能得到miR-499a-3p-G直接靶基因,提

示miR-499a-3p种子区域第4号位由A转换成G后,调控靶基因方式可能由促进靶基因mRNA的降解转换为仅抑制靶基因的蛋白翻译。结论rs386585341 A>G 可能通过影响miR-499a-3p下游调控网络在免疫和血管新生方面发挥功能。【总页数】9页(P295-303)

【作者】丁素玲;张志伟;杨茜洋;朱宝玲;张伟伟;王翔飞;杨向东

【作者单位】复旦大学附属中山医院心血管研究所;复旦大学附属中山医院生殖医学中心;复旦大学生物医学研究院;复旦大学附属中山医院吴淞医院心内科

【正文语种】中文

【中图分类】Q81

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