双脱氧法
双脱氧核苷酸测序法
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双脱氧核苷酸测序法实验原理双脱氧测序▼▼▼▼▼▼▼▼▼▼▼▼▼▼▼▼▼▼▼▼▼▼▼▼▼▼▼▼▼双脱氧测序法是根据核苷酸在某一固定的点开始,随机在某一个特定的碱基处终止,并且在每个碱基后面进行荧光标记,产生以A、T、C、G结束的四组不同长度的一系列核苷酸,然后在尿素变性的PAGE胶上电泳进行检测,从而获得可见的DNA碱基序列。
▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲▲DNA测序DNA测序技术,即测定DNA序列的技术。
在分子生物学研究中,DNA的序列分析是进一步研究和改造目的基因的基础。
目前用于测序的技术主要有Sanger等(1977)发明的双脱氧链末端终止法和 Maxam和 Gilbert(1977)发明的化学降解法。
这二种方法在原理上差异很大,但都是根据核苷酸在某一固定的点开始,随机在某一个特定的碱基处终止,产生 A,T,C,G四组不同长度的一系列核苷酸,然后在尿素变性的PAGE胶上电泳进行检测,从而获得DNA序列.目前 Sanger测序法得到了广泛的应用.测序原理DNA链中的核苷酸是以3’,5’-磷酸二酯键相连接,合成DNA 所用的底物是2’-脱氧核苷三磷酸(dNTP),属于单脱氧核苷酸,Sanger 双脱氧链终止法中被掺入了少量2’3’-双脱氧核苷酸(ddNTP),在核酸聚合酶链式反应(PCR)过程中,ddNTP 会随机地代替dNTP参加反应,一旦ddNTP加入了新合成的DNA 链, 由于其3位的羟基变成了氢, 不能再与其它的脱氧核苷酸形成3′,5′-磷酸二酯键,DNA合成便在此处终止,如果此处掺入的是一个ddATP,则新生链的末端就是A,依次类推可以通过掺入ddTTP、 ddCTP、 ddGTP ,则新生链的末端为T、C或G。
测序应用测序时分成四个反应, 每个反应除上述成分外分别加入2,3-双脱氧的A, C, G, T核苷三磷酸(称为ddATP, ddCTP, ddGTP, ddTTP), 然后进行聚合反应。
双脱氧技术的原理及应用
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双脱氧技术的原理及应用1. 双脱氧技术的定义双脱氧技术是一种基因工程技术,通过将目标基因片段的两个碱基对脱氧,使其对应的核苷酸发生缺失,从而实现特定基因的编辑和功能研究。
2. 双脱氧技术的原理双脱氧技术的原理基于一种特殊的酶,称为CRISPR-Cas9(聚合酶链反应 - Cas9),它是一种天然存在于细菌中的防御机制。
该机制通过识别和切断外来基因组的DNA,以防止病毒侵入。
在双脱氧技术中,科学家将CRISPR-Cas9系统应用于特定基因的编辑和研究。
步骤如下:1.设计导向RNA(gRNA):根据目标基因的序列,科学家可以设计出特异性的导向RNA,将其引导Cas9蛋白靶向到目标基因的特定区域。
2.合成和导入Cas9和gRNA:将合成的Cas9蛋白和gRNA导入到目标细胞中,使其与细胞内部的DNA发生结合。
3.DNA切割和修复:一旦Cas9蛋白与gRNA识别到目标基因的特定区域,Cas9蛋白会切割目标DNA,导致基因片段发生缺失。
细胞会利用自身的修复机制来恢复DNA,但通常会导致缺失的区域出现插入或缺失的突变。
4.验证编辑结果:科学家可以通过测序和其他分子生物学技术来验证基因编辑的结果,以确保目标基因的特定区域已经发生了双脱氧。
3. 双脱氧技术的应用双脱氧技术在基因工程和生物学研究中有广泛的应用。
3.1 基因敲除通过双脱氧技术,可以选择性地敲除目标基因的特定区域,从而研究基因在生物体中的功能和调控机制。
这种方法可以帮助科学家深入了解特定基因的作用,从而揭示相关疾病的发病机制。
3.2 基因突变通过双脱氧技术,科学家可以引入特定的基因突变,从而研究这些突变对基因功能的影响。
这种方法可以帮助科学家了解基因突变与人类遗传病之间的关系,并为疾病治疗提供新的方法和观点。
3.3 基因修复双脱氧技术还可以用于修复某些遗传病的基因缺陷。
通过修复特定基因的缺失或突变,可以恢复基因的正常功能,从而治疗遗传性疾病。
3.4 转基因生物的构建利用双脱氧技术,科学家可以有效地构建转基因生物。
dna双脱氧末端终止法名词解释
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DNA双脱氧末端终止法1. 介绍DNA双脱氧末端终止法(DNA double-stranded termination method),简称为双脱氧法,是一种用于测定DNA序列的方法。
它是由弗雷德里克·桑格和沃尔特·吉尔伯特于1977年首次提出的。
该方法通过在DNA合成过程中加入一种特殊的二进制末端标记物,使得DNA合成在特定位置停止,从而确定目标DNA序列。
2. 原理DNA双脱氧末端终止法的原理基于DNA链延伸和合成的过程。
在实验中,需要使用一小段已知序列的DNA作为引物(primer),通过引物与待测DNA序列的互补配对,引导DNA聚合酶(DNA polymerase)在待测序列上进行链延伸和合成。
为了标记终止位点,实验中会加入四种不同的二进制末端标记物:A、T、C、G(即脱氧核苷三磷酸)。
这些标记物与待测序列中下一个碱基互补配对,并由聚合酶添加到扩增链上。
然而,在添加完一个脱氧核苷三磷酸后,聚合酶无法再添加新的核苷酸,导致DNA链的终止。
在实验中,会同时进行四个反应管,每个反应管中只加入一种特定的脱氧核苷三磷酸。
通过控制不同脱氧核苷三磷酸的浓度和添加顺序,可以得到标记了不同碱基的DNA片段。
这些片段经过电泳分离后,就可以得到一个带有不同长度的DNA序列。
3. 实验步骤DNA双脱氧末端终止法包括以下几个主要步骤:3.1 DNA提取和纯化首先需要从待测样品中提取出目标DNA,并进行纯化以去除杂质。
这通常涉及到细胞裂解、蛋白酶处理、有机溶剂萃取等步骤。
3.2 引物设计和合成根据已知的目标序列设计引物,并通过化学合成方式合成引物。
引物通常由15-30个碱基组成,并具有与待测序列互补的区域。
3.3 PCR扩增将待测DNA与引物一起加入PCR反应体系中,通过多轮循环扩增,使得目标DNA序列得到大量复制。
PCR反应包括DNA变性、引物结合和扩增等步骤。
3.4 标记DNA片段在PCR反应中加入四种不同的脱氧核苷三磷酸(A、T、C、G),使得DNA链的合成在特定位置停止。
双脱氧测序法原理
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双脱氧测序法原理引言:双脱氧测序法(Double-stranded DNA Sequencing)是一种常用的基因组测序技术,它能够准确地测定DNA序列。
本文将介绍双脱氧测序法的原理和步骤。
一、原理概述双脱氧测序法是以DNA聚合酶为基础的测序技术。
它利用DNA聚合酶的特性,在DNA合成过程中加入少量的双脱氧核苷酸(ddNTP),从而导致DNA链的终止。
通过检测终止位置的ddNTP类型,就可以确定原始DNA的序列。
二、步骤详解1. DNA提取和纯化:从待测序的样品中提取DNA,并经过一系列纯化步骤,以去除杂质和其他干扰物质。
2. DNA扩增:采用聚合酶链式反应(PCR)技术,选择性地扩增待测序列的DNA片段。
PCR反应中,引物(primer)与DNA序列的两端结合并在其上进行DNA合成,从而产生多个DNA复制体。
3. DNA片段准备:将扩增得到的DNA片段进行电泳分离,获得单链DNA片段。
4. 生成测序模板:将单链DNA片段与引物进行杂交,形成DNA-引物复合物。
引物与DNA片段的连接部位作为起始点,DNA聚合酶将在其上合成新的DNA链。
5. DNA合成反应:在DNA合成过程中,引入四种不同的双脱氧核苷酸(ddNTP),其与普通脱氧核苷酸(dNTP)竞争进入新合成的DNA链。
ddNTP在DNA链上连接后,由于其缺少3'-OH基团,无法继续延长链的长度,从而导致DNA链的终止。
6. 电泳分离:将反应产物进行电泳分离,使不同长度的DNA链迁移到不同位置。
电泳结束后,可以得到一系列由不同长度的DNA 链组成的序列。
7. 序列分析:通过读取电泳分离结果,根据不同长度的DNA链对应的ddNTP类型,可以确定原始DNA序列。
三、优势和应用双脱氧测序法具有高度准确性、较低的成本和高通量的特点,因此被广泛应用于基因组学、遗传学、疾病研究等领域。
它可以用于研究基因变异、寻找突变位点、确定DNA修饰模式等。
四、发展与展望双脱氧测序法在过去几十年中不断发展,出现了多种改进和衍生技术,如Sanger测序、Next-Generation Sequencing(NGS)等。
双脱氧法测序检测方法
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双脱氧法测序检测方法说实话双脱氧法测序检测方法这事,我一开始也是瞎摸索。
我最初看那些专业资料的时候,看得云里雾里的。
我就想,这东西咋这么复杂呢。
那资料里又是说原理又是说步骤的,原理我就看了好久才似懂非懂。
它不就是利用双脱氧核苷酸终止链的延伸嘛,就好像一群人跑步,突然给某些人前面设个障碍让他们不得不停下来,这些停下来的人对应的位置就是我们要的信息。
这是我自己琢磨出来的比较通俗的理解方法。
我开始做实验的时候啊,就先准备样品。
这样品的准备可不能马虎,我有一次就因为样品纯度不够,结果那数据测出来乱七八糟的。
就像你做饭,食材本身不好,做出来的饭肯定难吃,这是一个道理啊。
然后那个反应体系的构建,各种试剂的量得控制好。
我就小心翼翼地按照比例加那些东西,像加双脱氧核苷酸的时候,感觉就像是在给精密的机械上螺丝,多一点少一点可能都不行。
有一回我不小心加多了一种试剂,整个实验结果就全毁了,当时那个挫败感啊,就像是搭了很久的积木,一下被推倒了。
退火温度也很关键呢。
这个我也是不断尝试才找到合适的值。
温度高了低了都不好,就好像穿衣服,温度不合适就会让你感觉不舒服一样。
测序过程中,我还发现仪器的调整也很重要。
我试过一个仪器,看起来很高级,但我没调好一些参数,出来的信号就很弱,就像收音机没调好台,听到的只是嘈杂声一样。
我觉得双脱氧法测序检测是得细心再细心的事儿。
每一步都像是在走钢丝,不容许有太多偏差。
你要是开始做这个实验,可千万别急功近利,要一步一步来,把基础的东西做好,像样品准备、试剂比例这些,还有别害怕失败,我也是失败了好多次才慢慢找到感觉的。
双脱氧法测序的原理
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双脱氧法测序的原理双脱氧法测序的原理双脱氧法测序是一种广泛应用于基因组研究的DNA测序技术,它是由Frederick Sanger于1977年提出的。
这种技术是在DNA链延伸的过程中,将特定的双脱氧核苷酸(ddNTP)作为集成的终止剂,以减慢碱基添加并标记DNA 单链。
通过分析被终止的位置就可以确定DNA的序列。
1. DNA复制和双脱氧核苷酸在DNA复制过程中,DNA的两条链分开形成两条互补的单链。
在生成新DNA链的同时,DNA聚合酶会将核苷酸依照其互补关系添加进新的DNA链中。
这就是DNA复制最核心的过程,DNA的指定位置与碱基对应关系是DNA测序的基础。
双脱氧核苷酸是DNA聚合酶所需的核苷酸的一种,它的结构与标准的核苷酸不同,并且缺少3’羟基,这样它就不能与下一个核苷酸连接在一起形成链,从而使聚合酶停止操作。
这是双脱氧核苷酸可以用来终止DNA链的原因。
具体来说,当聚合酶遇到一个ddNTP分子时,已有的DNA 链上的碱基添加到一个停止DNA链的位置,并且终止DNA 合成。
因此,这种技术利用了双脱氧核苷酸的特殊性质,使得在DNA复制和测序中,我们可以区分和标识出不同的碱基。
2. 标记DNA链对于DNA测序来说,首先要做的是通过标记DNA链来确定DNA序列。
为了标记DNA链,我们需要将特定的放射性标记分子标记在DNA末端,其中最常用的放射性标记是放射性同位素,例如32P。
实际上,在每个继承DNA链的末端,DNA聚合酶选择一个携带标记(例如放射性标记)的普通的核苷酸,这个被选择的核苷酸就成了终止这条DNA链的位置。
因为聚合酶找不到连接下一个核苷酸的能力,所以只能停止操作。
因此,我们可以看到,虽然终止核苷酸的位置是随机的,但我们可以通过在所制备的特异性模板DNA片段中可重复地制备该特定位置,从而确定去除终止基团之前的所有碱基。
3. 分离DNA链上的碱基接下来,我们需要将DNA链分离并分级分离。
这可以通过将测序扩增产物分离到不同的单元格提示来实现。
双脱氧末端终止法的原理
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双脱氧末端终止法的原理双脱氧末端终止法是一种常用的 DNA 测序技术。
在这种技术中,DNA 被将其序列确定,其中使用一种特殊的DNA 多聚酶来合成新的 DNA 链,这种酶被称为 DNA 聚合酶。
双脱氧末端终止法的原理是在 DNA 合成过程的每个碱基加入一种化学试剂,即双脱氧核苷酸。
这些双脱氧核苷酸缺乏一个 2' 羟基,这是合成新 DNA 链所必需的。
这种化学试剂阻止 DNA 聚合酶进行下一个碱基的取代,最终导致哪个碱基是消耗完。
每个反应中使用的四种不同的核苷酸中只包含一种特殊的双脱氧核苷酸。
在双脱氧末端终止法中,DNA 片段首先通过 PCR 扩增,形成双脱氧核苷酸。
在扩增 PCRs 过程中,单独的DNA 片段在不断地复制,每个循环都会产生双脱氧核苷酸,从而形成了一系列短 DNA 片段。
每个片段长短不一,但每个片段上的双脱氧核苷酸都在特定的位置。
每个片段在电泳过程中根据其长度分离。
在测序过程中,这些分离的片段分别通过一定使定量分析技术,比如测出其荧光强度或飞行时间等等。
根据其中双脱氧核苷酸测序,确定所需要的 DNA 链。
由于DNA 聚合酶必须依赖于 3' 羟基,因此向 3' 端添加新核苷酸是 DNA 合成的第一步。
DNA 合成过程中需要四种不同的碱基,吉妥氨酸、胸腺嘧啶、腺嘌呤和胞嘧啶(G, C, A 和 T)。
DNA 聚合酶会扫描 DNA 模板,与其互补的碱基会被连接到正在合成的 DNA 链的 3' 端。
DNA 聚合酶在进行这种扫描操作时,需要 DNA 模板上存在的已经合成的 DNA链。
在终止法初始的反应混合物中,单纯的DNA 片段和逆转录酶聚合的引物片段和逆转录酶聚合问题都会包含特定的核苷酸,这意味着特定的度数,比方说三十分之一,将以双脱氧核苷酸的形式出现。
这个度数非常重要,如果摆错了,整个分离过程都将失败。
在分离过程结束后,我们可以检查荧光读数或者例如飞行时间的大小,根据这些数据来确定每个片段上特定的核苷酸。
双脱氧测序法原理
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双脱氧测序法原理双脱氧测序法(Double-stranded DNA sequencing),简称双脱氧测序,是一种用于测定DNA序列的重要方法。
它的原理是通过DNA聚合酶酶链终止法,将待测序列DNA复制成一系列不同长度的DNA片段,然后通过电泳技术将这些片段分离并测定其长度,最终得到DNA的序列信息。
双脱氧测序法的步骤如下:1. DNA样本制备:首先,需要从待测序的DNA样本中提取纯净的DNA。
通常使用化学方法或商用DNA提取试剂盒进行提取。
2. DNA扩增:将DNA样本分成两条单链,然后加入特定的引物(寡核苷酸序列),利用DNA聚合酶进行扩增。
引物会选择性地结合到待测序列的起始点,并向其延伸,最终得到两条单链的复制物。
3. 双脱氧核苷酸反应:在扩增反应中,除了常规的四种脱氧核苷酸(dATP、dCTP、dGTP和dTTP)外,还添加了少量的双脱氧核苷酸(ddATP、ddCTP、ddGTP和ddTTP),它们缺少3'羟基,无法与下一个核苷酸连接,从而使DNA聚合过程停止。
4. 片段分离:将反应产物进行电泳分离,通常使用聚丙烯酰胺凝胶电泳。
由于双脱氧核苷酸的引入,会在不同位置导致DNA链的延伸终止,从而产生一系列不同长度的DNA片段。
5. 读取序列:通过测定电泳图谱上每个片段的长度,可以确定DNA 序列。
通常使用自动测序仪进行测定,它能够自动识别并记录不同长度的片段,并将其转化为对应的DNA序列。
双脱氧测序法的原理简单明了,但是在实际操作中仍需注意一些细节。
首先,引物的选择非常重要,它应该与待测序列的起始点相匹配,以确保扩增反应的准确性。
其次,双脱氧核苷酸的浓度需要控制在适当的范围内,以避免过多或过少导致测序结果的错误。
此外,电泳条件的优化也是至关重要的,可以通过调整电场强度和电泳时间来提高分离效果。
双脱氧测序法的应用非常广泛,它在基因组学研究、遗传学分析、疾病诊断等领域发挥着重要作用。
通过测定DNA序列,科学家可以揭示基因的结构与功能,研究基因变异与疾病的关系,甚至进行个体化医学的实践。
双脱氧链端终止法
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双脱氧链端终止法
双脱氧链端终止法(Double-dideoxy chain termination method),也称为Sanger法,是一种常用的DNA测序技术。
该方法通过使用带有特殊标记的二脱氧核苷酸(ddNTPs)来终止DNA合成过程,从而确定DNA序列。
在双脱氧链端终止法中,DNA片段作为模板,酶(如DNA聚合酶)和引物被加入到反应体系中。
该体系中还加入了四种常规的脱氧核苷酸(dNTPs),以及四种带有不同荧光标记的二脱氧核苷酸(ddNTPs)。
ddNTPs会在DNA合成过程中发生随机终止,从而产生不同长度的DNA片段,每个终止位置对应一种ddNTP。
反应混合物中的DNA片段随后被分离并利用凝胶电泳技术进行分析。
通过观察在不同波长下的荧光信号,可以确定每个ddNTP的终止位置,从而推断出DNA序列。
双脱氧链端终止法具有高度准确性和可靠性,广泛应用于DNA测序、基因组学研究、致病基因检测等领域。
该方法的原理和步骤相对简单,但是处理大规模样本时工作繁琐,且测序长度有限。
因此,在现代基因组学研究中,已有更先进的测序技术替代了双脱氧链端终止法,例如高通量测序技术(如Illumina 测序、Ion Torrent测序等)更快速、高效。
双脱氧终止法的原理(一)
![双脱氧终止法的原理(一)](https://img.taocdn.com/s3/m/df2013b9e43a580216fc700abb68a98271feac27.png)
双脱氧终止法的原理(一)双脱氧终止法1. 介绍•双脱氧终止法是一种常用的DNA测序技术,也被称为Sanger测序法。
它是由弗雷德里克·桑格(Frederick Sanger)在20世纪70年代开发的。
•这种技术基于DNA的合成与复制原理,通过测定DNA链上不同位置的碱基序列,从而揭示DNA分子的结构和功能。
2. 原理该方法主要包括以下步骤:DNA复制•首先,需要复制待测DNA片段。
这一步通过PCR(聚合酶链式反应)来实现,PCR能够使DNA在体外被扩增成大量拷贝。
dNTP与ddNTP的标记•在复制的过程中,需要加入一种更特殊的DNA构建块:ddNTP (2’, 3’- 二脱氧核苷三磷酸),与普通的dNTP(2’, 3’-二脱氧内苷三磷酸)有所不同。
•ddNTP会在DNA链的延伸过程中停止进一步延伸,而dNTP可以持续延伸。
反应体系•反应体系中,含有待测DNA片段的DNA模板、引物(合成DNA的起始点),dNTPs(分子内苷三磷酸)、ddNTPs和DNA聚合酶。
•反应体系中含有4种不同的ddNTP,分别对应A、T、C和G四种碱基。
DNA合成与终止•反应进行时,聚合酶从引物延伸模板,向复制链上加入适当碱基,与模板DNA的互补碱基对应。
•当遇到某个ddNTP时,链的延伸被终止,因为ddNTP没有羟基(OH)可以与下一个碱基连接。
•这样,在反应体系中就会产生一系列碱基长度不同的DNA片段。
碱基定序•终止反应后,产生的DNA片段通过电泳分离。
电泳是一种根据DNA片段大小和电荷质量之比进行分离的技术。
•在电泳过程中,DNA片段会根据其长度从短到长依次分离出来。
•最终,可以以碱基对应的顺序来识别不同长度的DNA片段,从而得出DNA的碱基序列。
3. 结论•双脱氧终止法是一种可靠而有效的DNA测序技术,被广泛应用于生物学、医学等领域。
•通过特殊标记的ddNTP与普通的dNTP的结合,可以在延伸过程中终止链的延伸,从而产生一系列长度不同的DNA片段。
阐述双脱氧法的原理
![阐述双脱氧法的原理](https://img.taocdn.com/s3/m/d26daf9da48da0116c175f0e7cd184254b351bd8.png)
阐述双脱氧法的原理一、双脱氧法简介双脱氧法,也称为双脱氧指纹技术,是一种在DNA序列分析中用于确定DNA序列的技术。
该技术利用脱氧核苷酸中的特殊化学键,即2'-脱氧核糖上的羟基,将DNA序列中的每个碱基与特定的化学标记物连接,从而产生一种独特的指纹图谱。
通过分析这种指纹图谱,可以确定DNA序列中的碱基排列顺序。
二、双脱氧法的基本原理双脱氧法的原理基于链终止反应和荧光标记。
在DNA序列分析中,DNA 聚合酶在复制DNA时,遇到双脱氧核苷酸会停止复制,产生一个终止点。
通过在复制过程中依次加入不同种类的双脱氧核苷酸,可以控制终止点的位置,从而确定DNA序列中的碱基排列。
同时,利用荧光标记技术对每个碱基进行标记,可以更快速、准确地检测终止点的位置。
三、双脱氧法的操作流程1.准备样品:将待测DNA片段与引物混合,并进行高温变性处理,使DNA双链解开成单链。
2.聚合酶链反应(PCR):在DNA聚合酶的作用下,根据引物扩增DNA 片段。
在每个扩增循环中,依次加入四种单核苷酸和双脱氧核苷酸。
3.终止反应:当聚合酶遇到双脱氧核苷酸时,会停止复制并产生一个终止点。
在每次加入双脱氧核苷酸后,对PCR产物进行变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,使不同长度的DNA片段分离。
4.荧光标记:通过荧光标记技术对每个碱基进行标记,在电泳过程中可以检测到荧光信号。
根据荧光信号的位置和强度,确定DNA序列中的碱基排列顺序。
5.数据解析:通过计算机软件对数据进行解析,生成DNA序列图谱。
四、双脱氧法的应用场景双脱氧法广泛应用于生物医学领域,如基因组学、遗传学、分子生物学和法医学等。
在基因组学中,双脱氧法可用于基因组测序、基因突变检测和基因表达分析等研究;在遗传学中,双脱氧法可用于单核苷酸多态性(SNP)检测、突变筛查和基因组印记分析等;在分子生物学中,双脱氧法可用于DNA分子结构和功能的研究;在法医学中,双脱氧法可用于亲子鉴定、个体识别和法医病理学研究等。
双脱氧法测序读法
![双脱氧法测序读法](https://img.taocdn.com/s3/m/3f978640773231126edb6f1aff00bed5b9f373f0.png)
双脱氧法测序读法
双脱氧法测序,也称为Sanger测序,是一种常用的DNA测序技术。
其原理是通过四种不同的脱氧核苷酸,分别标记上不同的颜色,然后在DNA合成过程中加入双脱氧核苷酸,从而确定DNA序列。
在双脱氧法测序结果中,每个位置上的碱基会被标记为A、T、C或G,并且会显示相应的颜色。
例如,如果一个位置上的碱基是A,那么该位置会显示蓝色;如果是T,则显示红色;如果是C,则显示绿色;如果是G,则显示黑色。
通过这种方式,我们可以确定DNA序列中每个位置上的碱基。
在读双脱氧法测序结果时,需要注意以下几点:
确认每个位置上的碱基是否与预期的碱基相符。
如果有任何差异,这可能表明存在基因突变或变异。
注意双脱氧核苷酸的位置。
它们通常出现在DNA序列的终止位置,表明这是DNA链的末尾。
注意颜色的深浅和清晰度。
如果颜色很浅或不清晰,可能需要重新检查该位置的碱基。
对于不明确的碱基或模糊的颜色,需要进行进一步的验证和确认。
总之,双脱氧法测序是一种非常有用的技术,可以帮助我们确定DNA序列和发现基因突变或变异。
正确地读取和解释测序结果需要仔细的观察和准确的分析。
双脱氧终止法测序的原理
![双脱氧终止法测序的原理](https://img.taocdn.com/s3/m/ffd388dbed3a87c24028915f804d2b160a4e866c.png)
双脱氧终止法测序的原理双脱氧终止法测序,听起来是不是有点复杂?其实它就像一场科学界的精彩戏剧,让我们一起看看这个有趣的过程吧!这种测序方法的名字就有点意思,“双脱氧”听上去像是什么魔法药水,其实它是DNA的基本构件之一。
想象一下,DNA就像一条长长的双螺旋楼梯,而我们要做的,就是找出这条楼梯上每一步的秘密。
说白了,就是要弄清楚DNA里面的“字母”是什么。
好了,首先要准备一些小助手,叫做“脱氧核苷酸”,这些小家伙是DNA的拼图块,它们有四种,分别是腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶和胸腺嘧啶。
这个时候,我们的主角“DNA模板”登场了,科学家们会把要测序的DNA分子放进去,然后加上这些脱氧核苷酸。
听到这,你是不是有点兴奋?就是关键时刻,加入了特殊的“终止剂”,就像在比赛中设立了终点线。
这时候有趣的事情发生了!终止剂会和脱氧核苷酸结合,导致DNA合成在某个特定位置停止。
就像我们在聚会上跳舞,忽然DJ放了一首慢歌,大家都停下来了。
这个停下来的点,正好就是我们需要记录的“字母”。
科学家们用各种方法把这些终止的DNA 片段分开,然后再进行分析,最终把每一个“字母”都一一拼凑起来。
可能有些朋友会问了,这种方法有什么特别之处呢?双脱氧终止法是非常准确的,就像精致的钟表,能精确到每一秒。
这种方法的发明者还因此获得了诺贝尔奖,真是值得点赞!这种测序方式的应用可广泛了,比如在医学上帮助我们了解基因病,或者在考古学上让我们找到古老DNA的秘密。
多么令人兴奋的科学探索啊!这一切的背后,都离不开科学家们的努力。
想象一下,他们在实验室里穿着白大褂,手里拿着各种设备,脸上挂着认真又兴奋的神情。
为了一个个数据,他们可谓是绞尽脑汁,有时候甚至会遇到意想不到的挑战。
比如,可能会出现一些干扰因素,影响测序的准确性,这时候就得重新审视整个过程,确保每一步都走得稳稳当当。
双脱氧终止法测序就像是科学界的一场大冒险,既有挑战又有惊喜。
每一个字母的拼凑,都像是解开了一道道谜题,让我们更加了解生命的奥秘。
双脱氧链终止法原理
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双脱氧链终止法原理双脱氧链终止法(又称Sanger法)是一种通过测序DNA分子中的核苷酸序列的方法。
它是由Frederick Sanger在1977年首次提出的,因此得名。
这种方法是通过测定DNA链的末端来确定其序列,是DNA测序的重要技术手段之一。
在双脱氧链终止法中,首先需要将待测DNA分子进行复制,得到一系列长度不同的DNA分子。
然后,将这些DNA分子与一种特殊的双脱氧核苷酸(ddNTP)一起进行反应。
这种特殊的ddNTP与普通的脱氧核苷酸(dNTP)相比,它在连接上缺少了一个3'羟基,因此无法再延长DNA链。
在反应过程中,当DNA链合成到ddNTP时,反应就会终止,形成一系列长度不同的DNA分子。
接下来,需要将这些终止的DNA分子进行分离和检测。
一般来说,可以通过凝胶电泳的方法将这些DNA分子按照长度进行分离。
然后,可以利用放射性同位素或荧光标记的探针来检测DNA分子的长度和序列。
通过测定不同长度的DNA分子,就可以确定原始DNA链的序列。
双脱氧链终止法的原理相对简单,但是在实际操作中需要高度的精确度和技术要求。
首先,需要保证DNA链的复制过程尽可能准确,避免出现错误的复制。
其次,需要保证ddNTP的浓度和反应条件的控制,以确保反应能够在正确的位置终止。
最后,需要对终止的DNA分子进行准确的分离和检测,以得到准确的测序结果。
双脱氧链终止法在DNA测序中具有重要的应用价值。
它可以用于测定DNA分子的序列,帮助科学家们研究基因的结构和功能,以及进行基因工程和遗传学研究。
同时,双脱氧链终止法也为医学诊断和药物研发提供了重要的技术手段。
总的来说,双脱氧链终止法是一种重要的DNA测序技术,通过对DNA分子进行复制、终止和检测,可以帮助科学家们准确地测定DNA分子的序列,为基因研究和医学应用提供重要的支持。
双脱氧末端终止法测序的原理
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双脱氧末端终止法测序的原理双脱氧末端终止法测序,也称为Sanger测序法,是一种经典的DNA测序方法,被广泛应用于基因组学和分子生物学研究中。
该方法的原理是利用DNA聚合酶在DNA合成过程中加入的一种特殊的二进制分子,即二进制脱氧核苷酸(dideoxynucleotide),来终止DNA链的延伸,从而得到一系列以不同二进制脱氧核苷酸为终止点的DNA片段。
通过测定这些DNA片段的长度和顺序,进而推导出原始DNA序列。
在双脱氧末端终止法测序中,首先需要将待测序列DNA分离成单链,并制备出一系列的DNA模板。
这些DNA模板中包含了待测序列DNA的不同长度的延伸片段,并且每个片段的延伸末端都是以一种特定的二进制脱氧核苷酸(ddNTP)为终止点。
这些ddNTP 与普通的脱氧核苷酸(dNTP)只有一个氧原子的差异,这个氧原子的缺失使得在DNA链的延伸过程中无法再连接新的核苷酸,从而终止了DNA链的生长。
接下来,将DNA模板与DNA聚合酶、DNA引物和dNTPs(包括普通的脱氧核苷酸和ddNTPs)一起放入反应体系中。
DNA聚合酶会根据DNA模板的序列,选择配对的dNTPs与DNA模板上的碱基进行连接,形成新的DNA链。
当DNA聚合酶遇到ddNTP时,由于ddNTP的特殊结构,无法与DNA模板上的碱基进行连接,因此DNA链的延伸被终止。
在反应结束后,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳等方法,可以将不同长度的DNA片段分离开来。
然后,根据片段的大小顺序,可以推断出原始DNA序列。
由于每个终止点对应的ddNTP是特定的,因此可以通过识别终止点所对应的ddNTP,来确定原始DNA序列中相应位置的碱基。
双脱氧末端终止法测序具有一定的优势。
首先,该方法可以对较长的DNA片段进行测序,通常可以测序500至1000个碱基。
其次,该方法的准确性较高,错误率通常在1%以下。
此外,该方法操作简单,所需的设备和试剂相对较少,适用于大规模测序。
双脱氧终止法的原理
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双脱氧终止法的原理引言:双脱氧终止法是一种常用的DNA测序技术,它在DNA测序的过程中起到了至关重要的作用。
本文将详细介绍双脱氧终止法的原理及其在DNA测序中的应用。
一、原理概述:双脱氧终止法(Double-strand DNA Sequencing)是一种利用DNA聚合酶合成新DNA链的特性进行测序的方法。
该方法的核心原理是在DNA复制过程中引入一种特殊的二进制标记物,即双脱氧核苷酸(ddNTP),以终止DNA链的合成。
通过使用不同的ddNTP,可以得到一系列以不同ddNTP为终止点的DNA片段。
这些DNA片段经过分离和检测后,即可得到目标DNA序列的测序结果。
二、步骤详解:1. DNA模板制备:首先,需要从待测序的DNA样品中提取目标DNA片段,并将其进行放大扩增,得到足够多的待测序DNA模板。
2. DNA链合成:将待测序DNA模板与一段已知序列的引物(primer)进行混合,加入DNA聚合酶、四种常规核苷酸(dNTP)和少量的特殊双脱氧核苷酸(ddNTP)。
在DNA聚合酶的作用下,引物与待测序DNA模板进行互补配对,形成新的DNA链。
3. ddNTP的引入与终止:在DNA链合成的过程中,当聚合酶在合成DNA链时遇到ddNTP时,合成链的延伸会被终止,因为ddNTP缺失3'-羟基,无法连接下一个核苷酸。
而在合成链的其他位置,由于有dNTP存在,DNA链可以继续延伸。
4. DNA片段分离:通过对DNA反应产物进行电泳分离,根据DNA片段的长度差异,可以将不同长度的DNA片段分离出来。
通常,较短的DNA片段会迁移得更快,较长的DNA片段则迁移得更慢。
5. DNA片段检测:通过染料染色或放射性同位素标记等方法,对分离出来的DNA片段进行检测。
可以使用荧光标记的引物或荧光标记的ddNTP,通过荧光检测系统进行检测。
6. 数据分析:根据DNA片段的长度顺序,即可得到目标DNA序列的测序结果。
通过将测序结果与已知序列比对,可以确定目标DNA的序列。
简述双脱氧法测序的原理
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简述双脱氧法测序的原理双脱氧法测序(Double-stranded DNA Sequencing)是一种常用的DNA测序方法,也是基因组学和生物学研究中最重要的技术之一。
它通过测量DNA链中的不同核苷酸的排列顺序,来确定DNA序列。
双脱氧法测序的原理相对简单,以下将详细介绍。
让我们先了解DNA的结构。
DNA由四种不同的核苷酸组成,分别是腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(C)。
DNA的两条链通过互补配对相互连接,其中A与T互补,G与C互补。
这种互补配对的规则使得DNA能够复制和传递遗传信息。
在双脱氧法测序中,首先需要将待测序列DNA复制成许多不同长度的片段。
这一步骤通常通过聚合酶链式反应(PCR)来实现。
PCR可以在体外将DNA特异性地扩增为大量的复制产物。
这些片段将被用作测序的模板。
接下来,使用DNA聚合酶和DNA引物,进行测序反应。
在每个反应中,会加入四种不同的二脱氧核苷酸(ddNTPs),它们与正常的四种脱氧核苷酸(dNTPs)类似,但在化学结构上有所不同。
ddNTPs缺少3'端的羟基,因此无法继续延伸DNA链。
当ddNTPs被加入反应体系中时,DNA聚合酶会随机地在不同的位置停止合成新的链。
在反应中,还会加入大量的dNTPs,其中包含有荧光染料。
这些染料在不同的颜色中发出荧光,并且每种颜色对应一种不同的ddNTPs。
当DNA聚合酶在某个位置停止合成链时,它会在该位置加入一个ddNTPs,从而导致DNA链的终止。
通过PCR扩增得到的DNA片段具有不同的长度,因此在测序反应中,会产生一系列以不同长度终止的DNA片段。
这些片段经过电泳分离,将具有不同长度的片段分离开来。
分离过程中,使用荧光探测器来检测每个片段的荧光信号,并记录下来。
根据荧光信号的顺序,可以确定每个片段的长度和终止核苷酸的类型。
通过将这些片段的顺序按照长度的从小到大重新排列,就可以获得DNA的完整序列。
双脱氧法测序的优点在于其简单、高效、可靠。
双脱氧法测序的原理和应用
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双脱氧法测序的原理和应用前言双脱氧法测序是生物信息学领域中常用的一种DNA测序方法。
本文将介绍双脱氧法测序的基本原理和其在生物学、医学和农业等领域的应用。
原理双脱氧法测序是一种建立在DNA聚合酶链反应(PCR)技术基础上的测序方法。
其基本原理是通过DNA聚合酶合成新DNA链时,将ddNTP(二脱氧核苷酸三磷酸盐)引入反应混合物中,从而在DNA链上阻断聚合酶的进一步合成。
具体步骤如下: 1. 首先,将待测DNA样品进行PCR扩增,得到目标DNA序列的数百万个拷贝。
PCR扩增是通过引物引导DNA的合成,产生大量的复制物。
2.然后,将PCR扩增产物分成4个反应管,分别加入不同的ddNTP(如ddATP、ddGTP、ddTTP和ddCTP)。
这样在每个管中都会形成反应混合物,其中含有各种类型的ddNTP。
3.接下来,使用DNA聚合酶进行DNA的合成反应。
DNA聚合酶会在每次合成DNA链时,在ddNTP和dNTP之间进行选择,如果是ddNTP,则会阻断DNA链的继续合成。
4.最后,利用电泳技术将反应产物进行分离,得到一系列不同长度的DNA片段。
通过读取这些片段的顺序,就可以推断原始DNA序列。
应用双脱氧法测序的应用十分广泛,涵盖了多个领域,如以下所示:生物学领域•基因组测序:双脱氧法测序是对生物体基因组进行测序的主要方法之一。
通过测序分析,可以了解生物体的基因组结构、功能和遗传变异等信息,为进一步的基因研究提供重要的数据基础。
•基因变异研究:通过对基因序列的测序,可以发现基因的变异情况,如突变、插入、缺失等。
这对于研究基因与遗传病之间的关联,以及探索基因的进化历史具有重要意义。
•系统发育分析:双脱氧法测序可以提供大量的DNA序列信息,因此可用于构建物种间或群体间的系统发育关系,揭示物种演化的模式和过程。
医学领域•疾病诊断和治疗:双脱氧法测序可以用于检测某些遗传病的致病基因,从而为临床诊断和治疗提供依据。
例如,在癌症研究中,通过测序检测肿瘤细胞中的突变,可以帮助选择更有效的治疗方案。
双脱氧法测序的原理
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双脱氧法测序的原理双脱氧法测序是一种常用的DNA测序技术,也是现代生物学和基因组学研究的重要工具之一。
本文将详细介绍双脱氧法测序的原理、步骤和应用。
一、双脱氧法测序的原理DNA序列是生物遗传信息的重要组成部分,而DNA测序就是确定DNA序列的过程。
双脱氧法测序是一种基于化学反应的DNA测序技术,其原理基于DNA的复制过程中的碱基互补特性和DNA聚合酶的活性。
DNA复制是生物体内的一个常见过程,其过程中DNA聚合酶通过读取DNA模板链的信息,将新的DNA链合成与模板链互补的链。
在DNA聚合过程中,DNA聚合酶会选择一种特定的核苷酸(dNTP)与DNA 模板链上的碱基进行互补配对,并将其加入到正在合成的新链中。
当DNA聚合酶遇到一个双脱氧核苷酸(ddNTP)时,它将无法进一步添加新的核苷酸,从而终止DNA链的合成。
双脱氧核苷酸是一种特殊的核苷酸,其分子结构与普通的核苷酸相似,但它缺少一个羟基(OH)基团。
这个羟基基团是DNA聚合酶在合成DNA链时所需要的,如果缺少了这个基团,DNA聚合酶就无法将新的核苷酸添加到DNA链中。
因此,当双脱氧核苷酸被加入到DNA合成反应中时,它会导致DNA链的终止,从而生成一系列不同长度的DNA片段。
利用这种原理,科学家可以将DNA模板链与DNA聚合酶和一定浓度的dNTP和ddNTP加入到反应体系中,然后通过一系列的化学反应,将DNA片段分离并进行测序。
具体来说,测序过程可以分为四个步骤:DNA片段的制备、DNA片段的分离、DNA片段的扩增和DNA片段的检测。
二、双脱氧法测序的步骤1. DNA片段的制备在双脱氧法测序中,需要制备一定长度的DNA片段,以便进行测序。
这些DNA片段可以通过多种方法获得,例如使用限制性内切酶或PCR扩增等技术。
一旦得到了合适的DNA片段,就可以将其与DNA聚合酶和dNTP和ddNTP一起加入到反应体系中。
2. DNA片段的分离在反应体系中,DNA片段会被随机地终止,并产生一系列不同长度的DNA片段。
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双脱氧链终止法
概述:双脱氧链终止法是现在应用最多的核酸测序技术,由Sanger等1977年提出。
主要用于DNA基因分析。
原理:核酸模板在核酸聚合酶、引物、四种单脱氧碱基存在条件下复制或转录时,如果在四管反应系统中分别按比例引入四种双脱氧碱基,只要双脱氧碱基掺入链端,该链就停止延长,链端掺入单脱氧碱基的片段可继续延长。
如此每管反应体系中便合成以共同引物为5'端,以双脱氧碱基为3'端的一系列长度不等的核酸片段。
反应终止后,分四个泳道进行电泳。
以分离长短不一的核酸片段(长度相邻者仅差一个碱基),根据片段3'端的双脱氧碱基,便可依次阅读合成片段的碱基排列顺序。
Sanger双脱氧链终止法(酶法)测序程序:(注:RNA部分不看)(一) Sanger双脱氧链终止法(酶法)测序程序操作程序是按DNA复制和RNA反转录的原理设计的。
1.分离待测核酸模板,模板可以是DNA,也可以是RNA,可以是双链,也可以是单链。
2.在4只试管中加入适当的引物、模板、4种dNTP(包括放射性标记的ddNTP,例如P ddNTP 和DNA聚合酶(如以RNA为模板,则用反转录酶),再在上述4只管中分别加入一种一定浓度的ddNTP(双脱氧核苷酸)。
3.与单链模板(如以双链作模板,要作变性处理)结合的引物,在DNA聚合酶作用下从5'端向3'端进行延伸反应,32P随着引物延长掺入到新合成链中。
当ddNTP掺入时,由于它在3'位置没有羟基,故不与下一个dNTP结合,从而使链延伸终止。
ddNTP在不同位置掺入,因而产生一系列不同长度的新的DNA链。
4.用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳同时分离4只反应管中的反应产物,由于每一反应管中只加一种ddNTP(如ddATP),则该管中各种长度的DNA都终止于该种碱基(如A)处。
所以凝胶电泳中该泳道不同带的DNA 3' 末端都为同一种双脱氧碱基。
5.放射自显影。
根据四泳道的编号和每个泳道中DNA带的位置直接从自显影图谱上读出与模板链互补的新链序列。
双脱氧法原理示意图:如下图
双脱氧测序的试剂及具体操作步骤
变性双链模板的制备:(1) 材料Tris/葡萄糖缓冲液(20mmol/L Tris-HCl pH8.0,10mmo1/L EDTA,50mmo1/L 葡萄糖),1% SDS,0.2mo1/L NaOH,异丙醇,TE缓冲液pH8.0,4mol/L LiCl,冰冷70%和无水乙醇,2mol/L NaOH,2mmol/L EDTA。
(2) 配制方法
①取1.5ml处于对数生产期的培养菌液(含有待测病毒核酸的重组质粒模板),离心除去上清液后,用150ml Tris/葡萄糖缓冲液重悬菌团,在室温下放置5分钟。
②加入300ml的1%SDS,0.2mol/L NaOH,颠倒混合约15次,在室温下放置15分钟,加入225ml 3mol/L醋酸钠(pH4.5),颠倒约15次混合,在冰浴中放置45分钟,然后离心5分钟。
③将650ml上清液转移至一支新管中,加入650ml异丙醇,混合后在室温下放置10分钟,离心5分钟后弃去异丙醇,抽真空干燥沉淀。
④用125ml TE(pH 8.0)重新溶解DNA,加入375ml的4mol/L LiCl,在冰浴中放置20分钟后,于4℃下离心5分钟。
⑤将上清液转移至一支新管中用饱和苯酚抽提后再用氯仿抽提,加入2倍体积的异丙醇,在室温下沉淀30分钟,离心5分钟,弃去上清液。
⑥用冰冷的70%乙醇洗沉淀,离心5分钟,弃去上清液并干燥,用50ml TE缓冲液重新溶解沉淀。
用紫外分光光度计测定质粒DNA含量。
⑦取0.2mg质粒DNA,并将体积调至9ml,加入1ml 2mol/L NaOH,2mmol/L EDTA,在室温下放置5分钟,加入2ml 30mol/L醋酸钠(pH 4.5)和8ml水。
⑧加入6ml冰冷无水乙醇,混合后在干冰/乙醇浴中放置15分钟,在4℃下离心5分钟,小心地弃去上清液,用冰冷的70%乙醇洗沉淀,离心5分钟并小心地弃去上清液,真空抽干沉淀,并用TE缓冲液重新溶解沉淀。
延伸和终止反应:以利用T7DNA聚合酶进行的双脱氧链终止反应为例。
(1) 材料变性的双链DNA模板(溶解在TE缓冲液中),0.5pmol/mL寡核苷酸引物(溶解在TE中,-20℃贮存),5×测序缓冲液(200mmol/L Tris pH7.5,50mmol/L MgCl2,-20℃贮存),0.1mol/l DTT(当月新配-20℃贮存),15pmol/L的3种dNTP混合物(缺dATP),1 000至1 500Ci/mmol32p dATP(在-20℃下达4至6周),修饰的T7 DNA聚合酶,标准酶稀释溶液(20mmol/L Tris-HCl pH7.5,0.5mg/mlBSA,10mmol/L- 巯基乙醇,4℃贮存),终止混合物(表2-30),甲酰胺上样缓冲液(0.2ml 0.5mol/LEDTA pH8.0,10mg溴酚蓝,10mg二甲苯青,10ml甲酰胺)。
T7DNA聚合酶终止反应混合物
反应成分ddG ddA ddT ddC 最终浓度
H2O 15 15 15 15 -
5×测序缓冲液6 6 6 6 - 1mmol/L
4dNTP 6 6 6 6 200μmol/L
1mmol/L ddGTP 3 - - - 20μmol/L
1mmol/L ddATP - 3 - - 20μmol/L
1mmol/L ddTTP - - 3 - 20μmol/L
1mmol/L ddCTP - - - 3 20μmol/L
(2) 配制方法
①取4支0.5ml小离心管,标上G、A、T、C,每管加入7ml变性的双链DNA模板(分别为1和2mg),1ml寡核苷酸引物和2ml 5×测序缓冲液混合,65℃保温2分钟,在室温下冷却30分钟。
②每管加入1ml 0.1mol/L DTT,2ml 1.5mol/L 3种dNTP混合物,0.5ml32P dATP和
2ml(2IU)修饰的T7DNA多聚酶混合物,在室温下放置5分钟。
③按标记每管分别加入3ml 4种ddNTP终止混合物的一种。
④短促离心后,在37℃下保温5分钟。
⑤加入5ml甲酰胺上样缓冲液,上样前在80℃下加热2分钟,并迅速置于冰浴上,每个样品取3ml,上样电泳。
折叠测序反应物电泳和序列读取:(1) 按普通聚丙烯酰胺凝胶制作方法制作梯度胶。
(2) 按G、A、T、C次序加入每种样品,在G、A和T各泳道上样1ml,而在C泳道上样1.5ml。
(3) 上样完毕加压1700V电泳,根据样品中溴酚蓝和二甲苯青染料迁移情况确定电泳时间。
(4) 电泳完毕,在10℃冰醋酸中漂洗30分钟脱去尿素。
(5) 在60℃或80℃干燥30分钟后,放射自显影读取序列。
读取合成链的核苷酸序列时,应从下往上读取。
因为电泳时是从上向下的,即上为负极,下为正极,DNA带负电,从负极向正极移动。
其中,小片段DNA移动速度最快,距离正极的点样处最远。
所以,应该从最小片段读起,即,从下向上读取。
而模板链则应该从上向下读取,并且转换为测序的核苷酸的互补的核苷酸。