基因组表观遗传
表观遗传学
表观遗传表观遗传是研究基因在不改变DNA序列的前提下,通过某些机制引起可遗传的基因表达或细胞表现型的变化。
现象很多:DNA甲基化、基因组印记、母体效应、基因沉默、核仁显性、休眠转座子激活和RNA编辑等。
1.DNA甲基化DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下,在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5'碳位共价键结合一个甲基基团。
正常情况下,人类基因组“垃圾”序列的CpG二核苷酸相对稀少,并且总是处于甲基化状态,与之相反,人类基因组中大小为100—1000 bp 左右且富含CpG二核苷酸的CpG岛则总是处于未甲基化状态,并且与56% 的人类基因组编码基因相关。
由于DNA甲基化与人类发育和肿瘤疾病的密切关系,特别是CpG岛甲基化所致抑癌基因转录失活问题,DNA甲基化已经成为表观遗传学和表观基因组学的重要研究内容。
通过增加位于CpG岛上的DNA的甲基,使胞嘧啶转化为5-甲基胞嘧啶。
5-甲基胞嘧啶同正常的胞嘧啶一样与鸟嘌呤配对,然而,基因组某些区域的甲基化较多,甲基化较高的区域通过不完全清楚的机制使得转录的活力减小。
甲基化的胞核嘧啶也可以从父母一方的生殖细胞保留在受精卵中,标记染色体遗传自双亲(遗传印记)。
细胞分化过程中DNA甲基化将导致组蛋白性状的变化。
某些酶(如DNMT1 )对甲基化胞嘧啶有较高的亲和力。
如果这种酶达到DNA的“半甲基化”部分(两条DNA链中只有一个甲基胞嘧啶),这种酶将催化另一部分。
2.组蛋白修饰组蛋白修饰包括乙酰化,甲基化,泛素化,磷酸化和修饰作用。
组蛋白甲基化也证实了由相关因素导致的对接模块作为一种修饰方式的推断。
组蛋白H3赖氨酸9的甲基化与组成型转录沉默染色质(组成型异染色质)有关。
乙酰化是这些修饰中研究得最多的。
组蛋白乙酰化与基因活化以及DNA复制相关,组蛋白的去乙酰化和基因的失活相关。
乙酰化转移酶(HATs)主要是在组蛋白H3、H4的N端尾上的赖氨酸加上乙酰基,去乙酰化酶(HDACs)则相反,不同位置的修饰均需要特定的酶来完成。
表观基因组学和表观遗传学的发展
表观基因组学和表观遗传学的发展随着生命科学的发展,表观基因组学和表观遗传学逐渐成为研究热点。
表观基因组学是研究基因组上甲基化、染色质修饰、组蛋白修饰和非编码RNA等表观遗传信息的科学,它研究的是影响基因表达的四级结构,而表观遗传学是研究细胞可以通过非DNA序列的遗传元素来传递表观special信息的学科,它研究的是真核生物中除 DNA 以外遗传信息的传递和表达。
本文将从表观基因组学和表观遗传学的历史、技术、应用等多个角度出发,探究其发展现状和未来趋势。
一、历史表观基因组学是关于DNA相关的表观特征,包括甲基化、组蛋白修饰和RNA调控,还包括染色体构象和位点绑定等。
表观遗传学是关于不同于基因序列的特征,在通过遗传和非遗传方式传递到下一代的时候,对表观特征的影响以及表观特征的遗传方式。
早在 1960 年代末期,科学家们发现 DNA 中的腺嘌呤和胸腺嘧啶之间的磷酸二乙酯键可以通过为 DNA 添加印迹酶 (DNase) 来容易地识别。
此后不久,研究人员还发现,通过不同的印迹酶(例如,Hae III 和 Hinf I) 来切割 DNA,会产生不同的 DNA 片段,因为印迹酶具有特异性,可以切除 DNA 上部分区域的磷酸二乙酯键,这些酶作为“检查器”标记出不同的表观遗传特征和表观基因组学。
制定血清补体反应或酶联免疫吸附实验 (ELISA) 检测特定化合物(例如乙酰化肽或甲基化转录因子)的抗体也成为了研究表观遗传学的常用工具。
此外,还开发了抗体浓缩免疫检测(ChIP)和详细地描述了 DNA 设计、合成、克隆和扩增的先进技术,这些技术都应用于表观基因组、表观修饰、微小 RNA 和 Noncoding RNA 以及调控因子的定量分析上。
二、技术表观基因组学和表观遗传学技术主要有基于 DNA 变化的技术和基于 RNA 变化的技术两大部分,下面将从两方面进行阐述。
基于 DNA 变化的技术:(1)甲基化识别:MSRA-Seq(全基因组甲基化识别测序)是一项定量描述 DNA 甲基化状态的技术,其基本原理就是通过比对甲基化和非甲基化的读数来估算甲基化的水平。
表观遗传
组蛋白乙酰化的生物学功能
1.激活基因转录 2.参与DNA损伤修复 3.一些染色质功能区组蛋白乙酰化可造成生长抑制 4.与细胞分化及原肠胚发育有关
组蛋白甲基化
定义:组蛋白甲基化是指发生在H3和H4蛋白质N端赖氨酸 或者精氨酸残基上的甲基化,由组蛋白甲基转移酶介导催 化 主要相关酶类: 1、组蛋白甲基转移酶 精氨酸甲基转移酶、赖氨酸甲基转移酶; 2、组蛋白去甲基化酶
表观遗传学A序列未发生改变, 而基因表达及基因功能的诱导和维持却发生可遗 传变化的科学。
表观遗传学的意义
• 受困于经典的分子生物学理论,现代遗传学的发展曾经受 到极大的阻碍;表观遗传学的出现,修补了经典理论,开 创了遗传学研究的新局面。 • 表观遗传学的研究已经成为基因组测序后的人类基因组重 大研究方向之一。这一飞速发展的科学领域从分子水平揭 示了复杂的生物学现象,为解开人类和其它生物的生命奥 妙、造福人类健康带来了新希望。
组蛋白甲基化过程
组蛋白去甲基化
1. LSD1(赖氨酸特异性组蛋白去甲基化酶1)家族: 仅作用于 单甲基化或双甲基化,对三甲基化无作用; 2. JHDM(含有JmjC结构域的组蛋白去甲基化酶)家族:可作 用于三甲基化位点。
DNA甲基化过程
DNA甲基化抑制基因表达
DNA甲基化模式可以在DNA复制后被保存下来
DNA甲基化的生物学功能
1.DNA甲基化抑制基因表达 2.建立特定的基因表达模式:组织特异性、生殖特异性等 3.与基因印记、X染色体失活有关
CpG岛
定义:在结构基因的5‘端调控区域,CpG二联核苷常常 以成簇串联形式排列,这种富含CpG二联核苷的区域称为 CpG岛。 CpG岛大小为500-1000bp,约56%的编码基因含该结构; CpG岛中CG二核苷酸含量大于50%,且CpG岛通常分布 在基因的启动子区域. 当一个基因的启动子序列中的CpG岛被甲基化以后,尽管 基因序列没有发生改变,但基因不能启动转录,也就不能 发挥功能,导致生物表型的改变。 CpG岛的甲基化会稳定核小体之间的紧密结合而抑制基因 的表达
生命科学中基因组及表观遗传现象解读
生命科学中基因组及表观遗传现象解读在生命科学领域,基因组和表观遗传现象是研究的重点之一。
基因组是一个有机体或细胞中所有基因的总体组合,而表观遗传现象则是指基因组中遗传信息的表达方式和调控机制。
本文将深入探讨基因组的结构、功能以及表观遗传现象对基因组调控的影响。
首先,基因组是生物体内遗传信息的重要载体,它包含了所有与生命过程相关的基因。
基因组的结构可以分为核糖核酸(DNA或RNA)和蛋白质两个组成部分。
DNA是遗传物质的主要形式,它以双螺旋结构存在于细胞的染色体中。
DNA通过四种碱基(腺嘌呤、鸟嘌呤、胸腺嘧啶和鳕虽嘧啶)的排列组合,编码了生物体细胞内所有蛋白质的信息。
基因组通过遗传物质的复制和传递,确保后代能够继承基因,并完成新的生命过程。
除了基因组结构的研究,生命科学家还对基因组的功能进行了深入探究。
基因组中的每一个基因都承载着细胞内特定蛋白质的合成指令,从而决定了生物体的形态、功能和遗传特性。
基因组可以被视为生物体的“操作手册”,它编码了蛋白质的合成所需的信息。
通过不同的基因组序列,细胞可以合成各种不同的蛋白质,从而完成特定的生物功能。
基因组的研究使得科学家能够更好地理解基因和生物体之间的关系,为基因工程、遗传疾病的治疗和基因编辑技术的应用提供了理论基础。
然而,在基因组中,不仅仅有基因的顺序排列,还存在着许多表观遗传现象。
表观遗传是指由于基因组中特定区域的修饰,而影响基因的表达方式和调控机制。
这些修饰可以是DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑等等。
通过对基因组中不同区域的表观遗传修饰的研究,科学家们发现这些修饰在基因表达中起到了重要的调控作用。
DNA甲基化是表观遗传的重要调控方式之一。
DNA甲基化是指DNA分子上甲基基团的添加,通常发生在胸腺嘧啶的C位点上。
DNA甲基化可以影响基因的启动子和增强子区域的结构,从而影响基因的转录和翻译过程。
某些DNA甲基化可以静默特定基因,导致其表达受到抑制。
这种表观遗传现象被广泛应用于细胞分化和胚胎发育等研究中。
表观遗传学和基因组学研究
表观遗传学和基因组学研究在生物学领域,表观遗传学和基因组学是两个非常热门的研究方向。
表观遗传学主要研究影响基因表达和细胞分化的化学修饰和激活,探究外部环境对基因表达的影响。
而基因组学则是研究基因在整个基因组中的结构、功能和相互关系,解析遗传信息对个体发育和疾病的影响。
本文将详细探讨表观遗传学和基因组学的研究进展和应用前景。
一、表观遗传学1. DNA甲基化DNA甲基化是表观遗传学中最常见的一种化学修饰。
它是指DNA分子上附着着甲基基团,通过甲基化使得DNA分子不适合被转录因子结合,抑制基因表达。
除了经典的CpG甲基化,研究者们还发现了非经典的甲基化形式,例如5hmC、5fC、5caC等。
这些新型的甲基化类型有可能对人类疾病的发生发展有着潜在的影响。
2. 着丝点修饰外层着丝点代表新型表观遗传学的重要研究领域。
在有丝分裂过程中,着丝点扮演着拆分染色体、保持染色体相对稳定性的重要角色。
新型的表观遗传学学派发现了着丝点的化学修饰在染色体的不对称性中起到了重要作用。
着丝点修饰与人类疾病的关系尚未被完全探究,但是这个领域的创新研究为细胞分裂和染色体在细胞内的维持等方面提供了新的方式和视角。
3. 组蛋白修饰组蛋白修饰在表观遗传学中占据着非常重要的地位。
不同的化学修饰可以组成不同的“标记”,为基因表达、DNA复制和调节过程提供指导。
调控组蛋白修饰的产生和分解是表观遗传学中的重要研究方向,有助于解析基因活动的复杂性和多样性。
4. 环状RNA环状RNA (circRNA) 是一种闭合的RNA技术。
环状RNA的产生发生在转录过程中,由于RNA聚合酶的同向移动和背反移动造成一些RNA序列在基因组上的环状连接。
环状RNA具有抑制常规RNA降解的作用,并在基因表达和转录调节等领域扮演重要角色。
环状RNA的研究还是一个比较新颖的领域,目前仍有很多未解之谜等待研究人员来解答。
二、基因组学1. 功能基因组学随着基因组技术的不断进步,大量的基因信息被快速地产生和积累。
26-第10章 基因组表观遗传-组蛋白乙酰化
人类 基因 组组 蛋白 修饰 作图
上图图示为Chr.21染色质的部分作图结果,下面为染色质免疫沉淀抗体: H3K4me1, H3K4me2, H3K4me3; H3K9me1, H3K9me2, H3K9me3; H3K27me1, H3K27me1, H3K27me3; H3K36me1, H3K36me3; H3K79me1,H3K79me2, H3K79me3; H4K20me1, H4K20me3; H3R2me2 (as), H2A+H4R3me2, H2BK5me1, H2A.Z, Pol II, CTCF
HAT功能域有四个保守的基序(A,B,C和D)。 染色质又被去乙酰化。
组蛋白去乙酰化酶家族
根据功能与DNA序列相似性,将组 蛋白去乙酰化酶分为四大类: HDACI (histone deacetylase 1): HDAC1, HDAC2, HDAC3和 HDAC8. HDAC1, HDAC2和 HDAC8主要分布于细胞核, HDAC3主要分布于细胞质; HDACII (histone deacetylase 2): HDAC4, HDAC5, HDA6C, HDAC7, HDAC8,HDAC9 和HDAC10, 类同于HDACI. HDACII可在细胞核和细胞 质之间穿梭分布. HDACIII(histone deacetylase 3): SIRT1, SIRT2, SIRT3, SIRT4, SIRT5, SIRT6 和 SIRT7. HDACIV (histone deacetylase 4): HDAC11, 非典型去乙酰化酶.
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组蛋白乙酰化酶
根据在细胞中的分布特点, 传统上将HA T 分为两大类。 A 型:位于细胞核,通过 核小体组蛋白的乙酰化调 控基因表达,可识别并乙 酰化组蛋白赖氨酸, Gcn5 p300/CBP和TAF11 250属 于此类,含bromodomain 结构域。B型:位于细胞 质,在组装为核小体前将 组蛋白乙酰化。B型HA T 缺少bromodomain结构域, 其功能是将新生的核心组 蛋白乙酰化。这些乙酰化 组蛋白一旦进入核内渗入
《基因组表观遗传》课件
基因组表观遗传学涉及到DNA甲基化 、组蛋白修饰和非编码RNA等机制, 这些机制可以调控基因的表达,影响 生物体的发育和疾病发生。
表观遗传学的重要性
疾病发生
01
表观遗传学异常可以导致多种疾病,如癌症、神经退行性疾病
和代谢性疾病等。
药物研发
02
理解表观遗传学机制有助于开发新的药物,针对特定的表观遗
通过染色质免疫沉淀技术,研究 蛋白质与DNA的相互作用和染色 质结构的变化。
02
甲基化检测技术
利用甲基化检测技术,了解DNA 甲基化水平及其在基因表达调控 中的作用。
03
蛋白质相互作用研 究
通过蛋白质相互作用研究,揭示 蛋白质之间的相互作用和功能关 联。
遗传学技术
遗传分离分析
利用遗传分离分析技术,研究基因与性状之间的遗传关系和遗传 规律。
基因组表观遗传学
目录
• 基因组表观遗传学概述 • 表观遗传学的主要机制 • 表观遗传学与疾病 • 表观遗传学的研究方法 • 表观遗传学的应用前景 • 表观遗传学的挑战与展望
01
基因组表观遗传学概 述
定义与特点
定义
基因组表观遗传学是一门研究基因表 达方式如何在基因序列不发生变化的 情况下发生可遗传变化的科学。
数据挖掘
利用数据挖掘技术,从大规模基因组数据中提取 有意义的信息,揭示基因组中的模式和规律。
统计分析
通过统计分析方法,对基因组数据进行处理和解 释,以发现其中的统计学规律和关联性。
3
数据库和资源
利用生物信息学数据库和资源,存储、管理和查 询基因组数据,提供数据共享和交流的平台。
分子生物学技术
01
染色质免疫沉淀技 术
表观遗传学&基因与基因组学
第十三章 表观遗传学第一节 概 述基因的表达相同的基因型不同的表型:一.表观遗传学(epigenetic)DNA的序列不发生变化、基因表达改变、并且这种改变可稳定遗传。
二.表观遗传学研究的内容:1.基因选择性转录、表达的调控。
2.基因转录后调控。
(表观遗传通常被定义为DNA的序列不发生变化但是基因表达却发生了可遗传的改变,也就是说基因型未变化而表型却发生了改变,这种变化是细胞内除了遗传信息以外的其他可遗传物质的改变,并且这种改变在发育和细胞增殖的过程中能稳定的传递下去。
表观遗传学研究内容具体来说主要包括DNA甲基化表观遗传、染色质表观遗传、表观遗传基因表达调控、表观遗传基因沉默、细菌的限制性基因修饰等。
从更加广泛的意义上来说,DNA甲基化、组蛋白甲基化和乙酰化、基因沉默、基因组印记、染色质重塑、RNA剪接、RNA编辑、RNA干扰、x染色体失活等等都可以归入表观遗传学的范畴,而其中任何一个过程的异常都将影响基因结构以及基因表达,导致某些复杂综合症、多因素疾病或癌症。
) 三.表观遗传修饰从多个水平上调控基因表达:1.RNA水平:非编码RNA可通过某些机制实现对基因转录以及转录后的调控,例如microRNA、RNA干扰等2.蛋白质水平:通过对蛋白质的修饰或改变其构象实现对基因表达的调控,例如组蛋白修饰3.染色质水平:通过染色质位置、结构的变化实现对基因表达的调控,例如染色质重塑以上几个水平之间相互关联,任何一方面的异常都将影响染色质结构和基因表达。
四.表观遗传学的研究意义:1.表观遗传学补充了“中心法则”所忽略的两个问题,即哪些因素决定了基因的正常转录和翻译以及核酸并不是存储遗传信息的唯一载体。
2.表观遗传信息可以通过控制基因的表达时间、空间和方式来调控各种生理反应。
所以许多用DNA序列不能解释的现象都能够找到答案。
3.与DNA序列的改变不同,许多表观遗传的改变是可逆的,这使表观遗传疾病的治愈成为可能。
第10篇 基因组表观遗传
核小体旋转定位
旋转定位(rotational position) 缠绕在核小体上的 DNA分子总是一面 朝外,一面朝内。 当移动缠绕在核小 体上的DNA时,若 改变的顺序少于整 圈螺旋碱基对数 (≠10.2 bp),原 有的顺序朝向将发 生变化。因朝外一 侧比朝内一侧更易 受到核酸酶的攻击, 采用合适的酶处理 可检测到这种变 副突变不涉 及基因结构 的改变,只是 等位基因的 表达模式不 同于原来的 同源基因.
副突变遗传效应
10.3 DNA甲基化与表观遗传
基因组的甲基化模式可影响表型并能通过 体细胞遗传,但不改变细胞的基因型.
A甲基转移酶主要存在于低等真核生物 C甲基转移酶主要存在于高等真核生物 两者都以SAM(S腺苷甲硫氨酸)为底物.
果蝇绝缘子(insulator)
果蝇多线染色体横纹区SCS 专一性结合蛋白质
Interband
Scs,
BEAF-32
绝缘子可阻止相邻基因之间 增强子的彼此干扰
1) 真核生物增强子具有双向作用, 超长距离功 能, 从而带来位置相邻基因之间的彼此干扰 问题. 2) 有些基因位与异染色质邻近, 会受到抑制效应 的干扰. 绝缘子可以阻止上述因位置原因产生的对基因表 达的抑制.
核小体平移定位
平移定位(translational position) 假定核小体与DNA的结合存在特 异性,当移动10 bp 倍数的顺序时,缠绕核小体的序列将会改变位置, 从而使核小体之间连接的顺序发生移位,但不改变DNA顺序原有的 朝向。 移位可使下一轮暴露的连接DNA顺序增加或减少。用微球菌 核酸酶处理样品,可发现移位的顺序 .
Acetylation Phosphorylation
Histone Substitution
基因组学数据分析中表观遗传修饰的使用方法
基因组学数据分析中表观遗传修饰的使用方法表观遗传修饰是指通过对基因组中的DNA修饰来调节基因的表达水平而不改变DNA的序列。
在基因组学研究中,表观遗传修饰的分析方法成为了揭示细胞命运决定和疾病发生发展机制的关键。
本文将介绍基因组学数据分析中表观遗传修饰的使用方法,包括常见分析技术、数据处理流程和常见软件工具。
1. 表观遗传修饰的常见分析技术表观遗传修饰的分析技术多种多样,其中最常用的包括DNA 甲基化分析、组蛋白修饰分析和非编码RNA分析。
DNA甲基化分析是最早也是最常见的表观遗传修饰分析技术,通过测量DNA 上的甲基化位点来探究基因调控过程中的表观遗传变化。
组蛋白修饰分析则是通过测量染色质上的不同化学修饰来研究基因表达和染色质状态之间的关系。
非编码RNA分析则主要关注非编码RNA的表达模式和功能,如长链非编码RNA(lncRNA)和微小RNA(miRNA)的作用机制等。
2. 基因组学数据分析中表观遗传修饰的数据处理流程基因组学数据分析中表观遗传修饰的数据处理流程一般分为数据预处理、差异分析和富集分析三个主要步骤。
(1)数据预处理:数据预处理是指对原始数据进行质量控制和过滤,以确保后续分析的准确性和可靠性。
在DNA甲基化测序数据处理中,需要对测序 reads 进行质量控制、去除低质量 reads 和接头序列,并利用软件工具将唯一比对的 reads 保存为 BAM 或者 BED 文件。
组蛋白修饰和非编码RNA测序数据的预处理过程类似,也需要进行质量控制和去除低质量 reads。
(2)差异分析:差异分析是表观遗传修饰研究的关键步骤,通过比较不同样本间表观遗传修饰的水平来筛选差异修饰位点或差异表达基因。
在DNA甲基化测序数据的差异分析中,可以利用统计方法如Fisher精确检验、Student's t 检验或Wilcoxon秩和检验来计算不同组间的甲基化位点的显著差异,统计显著的结果可以进行多重检验校正,如Benjamini-Hochberg 校正。
表观遗传是什么意思有什么特点
表观遗传是什么意思有什么特点表观遗传是指DNA序列不发生变化,但基因表达却发生了可遗传的改变,那么你对表观遗传了解多少呢?以下是由店铺整理关于什么是表观遗传的内容,希望大家喜欢!表观遗传的概述DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下,在基因组CpG 二核苷酸的胞嘧啶5'碳位以共价键结合一个甲基基团。
正常情况下,人类基因组中的“垃圾”序列的CpG二核苷酸相对稀少,并且总是处于甲基化状态;与之相反,人类基因组中大小为100-1000 bp左右且富含CpG二核苷酸的CpG岛则总是处于未甲基化状态,并且与56%的人类基因组编码基因相关。
人类基因组序列草图分析结果表明,人类基因组CpG岛约为28890个,大部分染色体每1 Mb就有5-15个CpG岛,平均值为每Mb含10.5个CpG岛,CpG岛的数目与基因密度有良好的对应关系。
由于DNA甲基化与人类发育和肿瘤疾病的密切关系,特别是CpG岛甲基化所致抑癌基因转录失活问题,DNA甲基化已经成为表观遗传学和表观基因组学的重要研究内容。
表观遗传的特点DNA双螺旋结构的发现和重组DNA技术、PCR技术的产生促进了分子遗传学的发展。
几十年来,人们一直认为基因决定着生命过程中所需要的各种蛋白质,决定着生命体的表型。
但随着研究的不断深入,科研人员也发现一些无法解释的现象:马、驴正反交的后代差别较大;同卵双生的两人具有完全相同的基因组,在同样的环境中长大后,他们在性格、健康等方面却会有较大的差异。
这些现象并不符合经典遗传学理论预期的结果,提示在某些情况下,基因的碱基序列不发生改变,但生物体的一些表型却可以发生了变化。
此外,研究还发现有些特征只是由一个亲本的基因来决定,而源自另一亲本的基因却保持“沉默”。
人们对于这样一些现象都无法用经典的遗传学理论去阐明。
遗传学中的一个前沿领域:表观遗传学(Epigenetics),为人们提供了解答这类问题的新思路。
表观遗传学是研究表观遗传变异的遗传学分支学科。
表观遗传学
表观遗传学是与遗传学(genetic)相对应的概念。
遗传学是指基于基因序列改变所致基因表达水平变化,如基因突变、基因杂合丢失和微卫星不稳定等;而表观遗传学则是指基于非基因序列改变所致基因表达水平变化,如DNA甲基化和染色质构象变化等;表观基因组学(epigenomics)则是在基因组水平上对表观遗传学改变的研究。
所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下,在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5'碳位共价键结合一个甲基基团。
正常情况下,人类基因组“垃圾”序列的CpG二核苷酸相对稀少,并且总是处于甲基化状态,与之相反,人类基因组中大小为100—1000 bp左右且富含CpG二核苷酸的CpG岛则总是处于未甲基化状态,并且与56%的人类基因组编码基因相关。
人类基因组序列草图分析结果表明,人类基因组CpG岛约为28890个,大部分染色体每1 Mb就有5—15个CpG 岛,平均值为每Mb含10.5个CpG岛,CpG岛的数目与基因密度有良好的对应关系[9]。
由于DNA甲基化与人类发育和肿瘤疾病的密切关系,特别是CpG岛甲基化所致抑癌基因转录失活问题,DNA甲基化已经成为表观遗传学和表观基因组学的重要研究内容。
染色质重塑表观遗传学重塑依赖的染色质重塑与人类疾病染色质重塑复合物依靠水解A TP提供能量来完成染色质结构的改变,根据水解ATP的亚基不同,可将复合物分为SWI/SNF复合物、ISW复合物以及其它类型的复合物。
这些复合物及相关的蛋白均与转录的激活和抑制、DNA的甲基化、DNA修复以及细胞周期相关。
ATRX、ERCC6、SMARCAL1均编码与SWI/SNF复合物相关的ATP酶。
ATRX突变引起DNA甲基化异常导致数种遗传性的智力迟钝疾病如:X连锁α-地中海贫血综合征、Juberg-Marsidi综合征、Carpenter-Waziri综合征、Sutherland-Haan综合征和Smith-Fineman-Myers综合征,这些疾病与核小体重新定位的异常引起的基因表达抑制有关。
表观遗传学-基因组印记教学教材
04
表观遗传学与疾病
表观遗传学与疾病的关系
表观遗传学是研究基因表达水平上遗传变异的一 门科学,它与疾病的发生和发展密切相关。
环境因素、生活习惯、饮食等可以通过表观遗传 机制影响基因的表达,进而导致疾病的发生。
表观遗传学的重要性
总结词
表观遗传学对于理解生物学过程、疾病机制和环境影 响等方面具有重要意义。
详细描述
表观遗传学在多个领域都具有广泛的应用价值。首先 ,它有助于我们深入理解生物体的发育和生理过程, 阐明一些生物学现象的机制。其次,表观遗传学对于 疾病的研究和治疗也具有重要意义,它可以揭示疾病 的发病机制,并提供新的治疗策略和药物靶点。此外 ,表观遗传学还能帮助我们了解环境因素对人类健康 的影响,为预防和治疗相关疾病提供科学依据。
组织特异印记基因
指在特定组织或器官中表达的基因,其表达水平受 到表观遗传修饰的影响,这种影响通常与发育和分 化过程中的细胞命运决定有关。
肿瘤相关印记基因
指在肿瘤发生和发展过程中起重要作用的基因,其 表达水平异常与肿瘤细胞的增殖、分化和转移有关 。
基因组印记的生物学意义
基因组印记是生物个体发育和表型形成的重要调控 机制之一,它能够影响个体的生长发育、行为和代 谢等生理过程。
表观遗传学-基因组印记教学 教材
目
CONTENCT
录
• 表观遗传学简介 • 基因组印记 • 表观遗传学与基因组印记的关系 • 表观遗传学与疾病 • 展望与未来研究方向
01
表观遗传学简介
表观遗传学的定义
总结词
表观遗传学是一门研究基因表达方式如何受到环境和其他非基因 序列因素影响的科学。
新高考表观遗传知识点
新高考表观遗传知识点表观遗传是指通过改变基因的表达而不改变基因序列本身来传递信息的现象。
在新高考生物考试中,表观遗传是一个重要的知识点。
本文将介绍新高考中与表观遗传相关的知识点,帮助同学们更好地理解和掌握这一内容。
一、表观遗传的概念与原理表观遗传是指在基因表达过程中,由于各种因素的调控,使得同一基因在不同细胞或组织中表现出不同的表达状态。
表观遗传的原理主要包括DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA等。
这些修饰会改变基因的可读性和可访问性,从而影响基因的表达。
二、DNA甲基化与表观遗传DNA甲基化是DNA分子上甲基(CH3)基团的添加,通过DNA甲基转移酶催化反应完成。
DNA甲基化是表观遗传调控的一种重要方式,可以在基因组水平上调节基因的表达。
DNA甲基化的模式遵循组织特异性和遗传记忆的原则,对于维持基因的沉默状态以及胚胎发育、细胞分化等过程发挥重要作用。
三、组蛋白修饰与表观遗传组蛋白是染色质的基本组成部分,通过与DNA相互作用,调节基因的表达。
组蛋白修饰是指通过改变组蛋白上特定氨基酸残基的化学结构来调控基因的表达。
这些化学修饰包括乙酰化、磷酸化、甲基化等等。
组蛋白修饰可以改变染色质结构的紧密程度,从而影响基因的转录和表达。
四、非编码RNA与表观遗传非编码RNA是一类不具有编码蛋白质的功能RNA分子。
在表观遗传中,非编码RNA可以通过多种方式参与基因表达的调控。
例如,某些长链非编码RNA可以直接与DNA靶序列结合,改变染色质的构象,从而影响基因的表达。
五、环境因素对表观遗传的影响环境因素可以通过改变表观遗传修饰方式来影响基因表达。
例如,饮食结构、生活方式、暴露在毒物中等都可能导致表观遗传修饰的改变,从而影响个体的健康和疾病的风险。
这也是为什么后天环境因素对基因表达的调控具有重要作用的原因之一。
六、表观遗传与细胞分化细胞分化是胚胎发育过程中的关键步骤,也是表观遗传的重要应用场景。
通过对细胞特定的基因组区域进行表观遗传修饰的改变,细胞可以在基因组水平上实现差异化。
基因组 转录组 表观遗传组
基因组转录组表观遗传组基因组、转录组和表观遗传组是生物学中重要的概念,它们揭示了生命的奥秘和多样性。
这些概念的研究不仅让我们更好地理解了生物体的构成和功能,还为人类健康和疾病的治疗提供了新的思路和方法。
基因组是一个生物体所有基因的集合,它包含了生物体的全部遗传信息。
基因组的研究让我们认识到每个生物体都有其独特的基因组组成,这决定了其个体特征和遗传变异。
通过对基因组的研究,科学家们可以揭示生物体的进化历史、物种间的关系以及基因之间的相互作用。
转录组是指在特定条件下,生物体中所有基因的转录产物的集合。
转录组研究的目的是了解基因在特定环境下的表达模式和调控机制。
通过转录组研究,我们可以发现哪些基因在特定条件下被激活或抑制,从而了解生物体对不同环境的适应能力和生理过程的变化。
表观遗传组是指细胞在不改变DNA序列的情况下,通过化学修饰来调控基因的表达。
表观遗传组的研究揭示了基因表达的调控机制,包括DNA甲基化、组蛋白修饰等。
这些化学修饰可以影响基因的可读性和转录活性,从而调控细胞的发育和功能。
基因组、转录组和表观遗传组的研究为人类健康和疾病的治疗提供了新的思路和方法。
通过对基因组的研究,我们可以了解个体的遗传潜力和易感性,从而预测和预防一些遗传疾病。
通过转录组和表观遗传组的研究,我们可以发现新的药物靶点和治疗方法,从而提高疾病的治疗效果和个体的生活质量。
基因组、转录组和表观遗传组的研究不仅对生物学有重要意义,也对人类社会产生了深远的影响。
它们的发现和应用为生物技术、农业改良、环境保护等领域提供了新的思路和方法。
同时,这些研究也引发了伦理和社会问题的讨论,如个体隐私、基因编辑等。
在未来,基因组、转录组和表观遗传组的研究将继续深入,为我们揭示生命的奥秘和多样性。
我们相信,通过对这些概念的深入研究,我们能够更好地理解生物体的构成和功能,为人类健康和疾病的治疗提供更多的可能性。
让我们一起期待未来的科学发现和进步,为人类福祉做出更大的贡献。
23-第10章 基因组表观遗传-表观遗传现象
1) 什么是表观遗传 2) 表观遗传现象
环境决定基因的表达模式
鳄鱼性别由孵化温度决定
扬子鳄卵在孵化温度为 28.5 摄氏度时,孵出的 全部为雌鳄;当气温在 33.5 摄氏度到35摄氏度 时,孵出的全为雄鳄; 气温在30摄氏度时,雌 雄比例相等。温度越高, 孵化出的雄性幼鳄越多。 基因型不变,但表型依 环境变化发生改变,这 是典型的表观遗传现象。
系失活的染色体相同,。
胎盘哺乳动物X染色体失活模式
胎盘哺乳动物有两种X染色体失活(XCI)模式: 1) 在受精的胚和胚外组织(胎盘)细胞总是父源X
染色体失活(如袋鼠); Takagiand Sasaki 1975; Okamoto et al. 2004 2) 在胚胎发育囊胚期,胚胎植入子宫时内细胞团 (将发育成三胚层的细胞)的X染色体随机失活。 Monk and Harper1979; Mak et al. 2004
玉米中发现。
在杂合子中同
一座位上的一
个等位基因影
响另一个同源
等位基因的表
型, 颜色变浅。
副突变在转基
因表现型中也
已发现, 称为
同源抑制。副
突变可以遗传
给子代。
深紫色等位基因B-I的表达状态转变为淡紫色B’.
基因组印记
genomic imprinting
1) 老鼠类胰岛素生长因子Igf2的基因突变纯合子表现为
3) 位置效应实际上反映了基因组不同区域特定 染色质结构对基因施加的影响。
花斑型
从原来的常染
色质区移到异
染色质区附近,
因异染色质的
扩散效应, 造
成基因表达的
改变。 这种抑
杂斑位置效应(position effect variegation, 制效应的差别 PEV)是一种遗传突变,源于果蝇染色体 使基因表达受
表观遗传概念
表观遗传概念
表观遗传学研究的概念涉及在基因组水平上对遗传模式进行研究和描述,其中包括转录、复制、翻译等基因组学研究等等。
表观遗传学是以蛋白质和其他分子修饰作为研究焦点,通过研究细胞内细胞信号传导和调节等机制来研究基因的表达模式。
表观遗传学的研究领域包括基因组学、转录组学、翻译组学、信号转导组学和蛋白修饰组学,研究的重点是构建细胞内基因表达的架构,以及表达模式的变化与疾病的关系,以及调节的机制。
研究的内容也包括调节基因的元件,如DNA甲基化、核小体、非编码RNA等以及表观遗传学调控机制。
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②表观遗传学研究的范畴仅涉及DNA序列之外 的使基因表达模式发生改变并可使之在世代 之间稳定遗传的因素。
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1992年Hall将其定义为:在发育过程中遗传因 子和非遗传因子作用与细胞使其选择性控制基 因的表达,并逐步增加表型复杂性的过程。
真核生物活细胞很少有裸露的DNA存在,即使处于 活跃转录时期的DNA也或多或少的与转录装置及 RNA聚合酶结合。未转录的DNA则始终保持与核小 体核心组蛋白的结合,一方面阻止转录因子与其 接触,另一方面可避免收到细胞中游离的核酸酶 及其他化合物的伤害。转录的起始和延伸同染色 质结构的动态变化有关。现有两种模型用于解释 染色质中间的机制:先入模型,动态模型。
在经典遗传学中,人们发现在玉米中有一种叶鞘 花色素的表型变异不涉及基因突变,可通过等位 基因的互作改变基因的表达模式并可以传递给下 一代,这种现象称为副突变。
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在果蝇中发现,一个决定复眼颜色的基因由于染 色体区段倒位而转移到靠近异染色质位置时,可 使该基因沉默,但基因本身并未发生突变,这种 现象称为位置效应。
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染色质重建与表观遗传
真核生物中基因表达在很大程度上受到染色质结构的影
响,组蛋白及其他包装蛋白并非只是简单的结构成分, 它们也参与基因的表达调控。染色质的包装可分为2种 水平,即核小体和30nm的染色质纤维。染色质结构至少 在2方面对基因表达施加影响:
1、染色体的某一区段包装程度决定位于该区段的基因 是否表达;
基因组表观遗传
小组成员:20085078 莫楚 20085090 张浩浩 20085096 李睿
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主要内容
1.表观遗传的定义 2.表观遗传的现象 3.表观遗传的机制(重点介绍) 4.研究表观遗传的意义
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一、表观遗传学(epigenetics)定义:
对表观遗传学的定义在所包含的内容方面有 宽泛和狭窄之别,但在两个主要点上是一致 的:
还有因为等位基因来自上一代性别不同的亲本而 使表达模式发生可遗传变化的基因组印记。
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三、表观遗传机制:
虽然表观遗传学现象不涉及基因或DNA序列改变, 但表观遗传仍然具有物质基础,它们同DNA的序列 组成、基因的空间位置、染色质的构型变化和DNA 的碱基修饰有关。主要的机制有:
1、染色质重建 2、DNA甲基化 3、位置效应
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1、染色质重建
在细胞分裂周期的间期,染色体转变为分布在整个细胞 核基质内疏松纤丝状态的染色质,分为常染色质和异染 色质。在常染色质区,转录调控因子可以和DNA分子接 触促使基因表达。异染色质处于收缩状态,转录调控因 子无法与DNA分子结合,基因保持沉默。细胞分化过程 伴随着染色质构型的改变,这种改变的状态在同类型上 下代细胞间是可遗传的,也是一种典型的不涉及DNA序 列改变却使基因表达模式发生改变的表观遗传。染色质 状态的改变称为染色质重组。
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2、DNA甲基化
DNA分子的化学修饰主要是甲基化。DNA的 甲基化在基因的表达调控中起重要作用。 基因组的甲基化模式可影响表型并能通过 体细胞遗传,但不改变细胞的基因型。
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DNA甲基化与表观遗传
例如:脊椎动物肌肉细胞的前身是肌原细胞,在肌 原细胞分化过程中,基因组发生的显著变化是许多 已经甲基化的DNA的胞嘧啶发生去甲基化。如果在体 外培养的肌原细胞中掺入5-氮脱氧胞苷使其在DNA复 制时取代正常的胞嘧啶从而改变DNA的甲基化状态, 培养的肌原细胞在没有外源诱导因子的作用下可以 分化为肌肉细胞。如果将已分化的肌肉细胞DNA提取 并纯化,然后注射到肌原细胞中,也能使肌原细胞 分化为肌肉细胞。
20世纪90年代中期之后, epigenetics的定义 逐步向狭义方向发展,Russo等将其描述为: 不涉及DNA序列的变异但基因的表达模式发生 了可遗传的改变,并能通过有丝分裂和减数分 离将改变的基因表达模式传递给子细胞或下一 代的过程。
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二、表观遗传现象:
古有云:“橘生淮南则为橘,生于淮北则为枳, 叶徒相似,其实味不同”;同一种中药材在不同 产地,其药效差距甚远。说明相同基因型的生物 在不同的环境条件下表型有很大差别。
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这一实验结果表明: ①细胞命运的确定与基因组的甲基化状态有关; ②DNA甲基化是决定基因表达模式的重要因素; ③DNA甲基化模式可以在上下代细胞间传递; ④DNA甲基化只限于碱基的修饰,并不改变DNA的
序列组成。
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基因组印记
概念: 传给子代的亲本基因在子代中表达的状况取决于基 因来自母本还是父本的现象。该现象在合子形成时 已经决定,是涉及基因表达调控的遗传。
机制: 基因组在传递遗传信息的过程中,通过基因组的化 学修饰(DNA的甲基化;组蛋白的甲基化、乙酰 化、磷酸化、泛素化等)而使基因或DNA片段被 标识的过程。
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正
Igf-2 Igf-2 正常小鼠
交
♀ Igf-2m
Igf-2m 矮小型小鼠
反
♂Igf-2m Igf-2m 矮小型小鼠
交
Igf-2 Igf-2 正常小鼠
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染色质状态的改变有可逆和非可逆之分。
染色质重组可以包括整条染色体,如X染色体失 活;也可以涉及某个染色质区段,如果蝇体节 发育模式完成之后许多同源异型基因必须关闭, 有一组称为Pc-G的蛋白质在其中起关键作用。 他们将核小体的空间排列进行压缩,使染色质 的构型转变成异染色质状态。这种构型改变是 持久性的,可传递给子细胞。
2、假如某一基因可以接触,基因所在的核小体位置及 其周边环境会影响到该基因的表达。
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核小体与基因表达
核小体是染色质的基本结构单位,其核心八聚体 与DNA结合可以阻止转录因子的接触
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染色质重建影响到染色质的精细结构,有足够的 数据证明他对基因表达同样有重要影响。这一过 程涉及一组成为染色体重建装置的蛋白质。
Igf-2 Igf-2m
正常小鼠
Igf-2m Igf-2
矮小型小鼠
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由正反交实验可以看出:
印迹基因的正反交结果不一致、不符合孟德尔 定律。
小鼠 Igf-2 基因总是母本来源的等位基因被印迹, 父本来源的等位基因表达,因此是母本印迹。